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土壤微生物3种DNA提取方法的比较 总被引：4，自引：1，他引：3
以人参地土壤为材料,比较研究SDS高盐加变性剂法、SDS高盐法和试剂盒法等3种土壤微生物基因组DNA提取方法.结果表明,3种方法均可提取人参地土壤微生物基因组DNA,但每种方法所获得的DNA在颜色、提取量及纯度等方面都存在较大差异.普通手工方法(SDS)提取的DNA由于纯度不高等原因很难进行后续的PCR扩增,试剂盒法能够在较短时间内获得用于PCR扩增的较高纯度的DNA,所以该方法是较好的土壤微生物DNA提取方法. 相似文献
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4种不同土壤微生物DNA提取方法对DGGE分析微生物群落的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
分别应用高盐法、玻璃珠破碎法、冻融法和试剂盒法4种不同土壤微生物DNA提取方法提取水稻稻田土壤微生物DNA,并通过细菌16SrRNA V3区通用引物GC338f-530R和真菌18SrRNA特异性引物NS1-GCFung进行PCR扩增结合变性梯度凝胶电泳(CGGE)分析,对4种DNA提取方法进行评价。结果表明,玻璃珠破碎法和试剂盒法提取的DNA均能满足土壤微生物多样性分析的要求;其中试剂盒方法操作简单,提取的DNA质量较高,但DNA产量较低且成本昂贵;玻璃珠破碎法用时较长,步骤繁琐,DNA产量较高,纯度较低,但对后续PCR扩增和DGGE分析没有明显影响,且成本低廉。 相似文献
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橡胶林土壤微生物2种DNA提取方法的比较 总被引：4，自引：0，他引：4
比较了橡胶林土壤微生物CTAB-SDS提取法和SDS提取法的效果.结果表明,2种提取方法均获得约23.1 kb的DNA片段,2种提取方法在颜色、提取量和纯度上存在较大差异.CTAB-SDS提取法提取DNA的纯度较好,不需要纯化可以直接用于PCR扩增、酶切等后续操作;SDS提取法提取的纯度低,不能直接用于PCR扩增.2种方法都适合橡胶林土壤DNA的提取,如果要求获得纯度高的DNA,CTAB-SDS提取法是最佳选择.橡胶林土壤微生物DNA的提取,推荐使用CTAB-SDS提取法. 相似文献
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通过分析细菌16SrDNA基因序列的PCR扩增与克隆测序结果,比较传统方法和试剂盒法对柑橘木虱Diaphorina citri Kuwayama内生菌DNA模板的提取效果。试验表明,4种方法中,FastDNA试剂盒方法提取的DNA模板较适合于后续柑橘木虱内生菌16SrDNA的扩增,且扩增产物可以很好地用于克隆测序;传统提取方法经济节约,但提取的DNA量及纯度较低;试剂盒提取方法,操作简单,质量稳定,易标准化,但成本较高。4种方法各具优缺点,用FastDNA试剂盒提取的DNA模板,其PCR产物能满足克隆需要。 相似文献
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采用改良的方法提取2种土壤微生物总DNA,并采用透析法对提取的DNA进行纯化,与MO BIO公司PowerSoil DNA isolation Kit试剂盒法进行比较,结果表明,改良的土壤微生物总DNA提取方法提取到的DNA明显高于试剂盒提取的DNA,且A260/A280及A260/A230与试剂盒提取的相差不大,片段也较大,是一种经济方便的土壤微生物总DNA提取方法,比较适合用于构建高质量的宏基因组文库. 相似文献
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一种适用于PCR的土壤微生物DNA的提取方法 总被引：1，自引：1，他引：0
[目的]对土壤微生物的DNA进行提取,以建立一种适用于PCR技术分析的土壤微生物DNA的快速提取方法。[方法]采用了2种不同的直接裂解法提取土壤微生物DNA,并用细菌通用引物27F和1492R进行PCR扩增16SrDNA片段。[结果]2种方法提取的土壤微生物总DNA电泳结果显示没有差别,但是只有CTAB、溶菌酶、冻融裂解法提取的总DNA不需要纯化,在增加Mg^2＋用量的条件下,只需用第一轮非特异PCR产物作为模板即可扩增出16SrDNA片段。[结论]CTAB、溶菌酶、冻融裂解法提取土壤DNA,方法操作简单、快捷。同时适用于PCR分析。为土壤微生物群落结构的多样性分析奠定了基础。 相似文献
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采用Bourrain法、Beadbeating法和Martin-Laurent法提取土壤微生物总DNA,并以细菌16SrD-NA通用引物进行PCR扩增。结果表明,3种方法提取的DNA大小都在23.1kb以上。Bourrain法提取到的土壤微生物总DNA量最多,但是蛋白质和腐植酸含量等杂质含量也最高;而Martin-Laurent法提取的DNA量小于Bourrain法,并且含有较多的杂质;Beadbeating法提取的土壤微生物总DNA量较Bourrain法少,腐植酸及蛋白质等杂质含量最少。 相似文献
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为了寻求一种快速、简便、经济且高效的旱地土壤微生物DNA提取方法,在QIN等的稻田土壤DNA提取方法基础上,进行改良试验:(1)称0.3 g干土加入300μL无菌水,于-80℃过夜;(2)研究加入CTAB和SDS的最适配比,CTAB、SDS的总体积为500μL,并设置加玻璃珠和不加玻璃珠试验,最后将改良方法与试剂盒法进行土壤微生物DNA提取效果对比分析。结果表明,将称取的0.3 g干土中加入300μL无菌水于-80℃过夜,并调整CTAB与SDS的体积配比为100∶400,所提取的红壤旱地土微生物DNA含量最高达到6.29μg/g(略低于试剂盒法的7.46μg/g),纯度较试剂盒法高,PCR扩增效果良好,此法相对于试剂盒提取法更经济、高效。因此,该改良QIN法适合于红壤旱地土壤微生物DNA的提取。 相似文献
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玉米叶面微生物DNA提取方法及PCR引物的筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
传统的微生物培养方法在反映叶面微生态信息上具有局限性,因此逐渐被分子生态学所代替,而获得高质量、大片段、无偏好的总DNA是研究叶面环境微生物的基础。本文采用改进的Sambrook法、CTAB法、改良的化学法以及试剂盒法对玉米生长初期、中期、末期的叶面微生物总DNA进行提取,并对4种方法提取的DNA片段的大小和产量进行综合评价。将得到的DNA用引物357/518以及984/1387对细菌16S rDNA进行扩增;用5种常见引物NS1/fung、ITS1-F/ITS2、NS1/AM1、EF4/fung5、SSU-0817/SSU-1196对真菌18SrDNA进行扩增。结果表明:4种方法提取的DNA片段均适用于PCR,但DNA的得率和纯度有一定差别,其中以试剂盒提取效果最好。PCR结果显示,除化学法外,其他3种方法提取的DNA均能够获得目的条带;并通过比较得出引物984/1387对16S rDNA以及ITS1-F/ITS2对18S rDNA扩增效果较好且扩增量最大。 相似文献
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土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取 总被引：35，自引：0，他引：35
建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法（Lab method）,它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打．SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多性（Restriction fragmentlength polymorphism,RFLP）技术及PCR-温度梯度凝胶电泳（Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE）技术．结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法（Labmethod）得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒（Mo Bio UhraClean Soil DNA Kit和Bio 101 FastDNA SPIN Kit（For Soil1）所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法（Labmethod）的粗DNA产量低于Bio 101 Kit的,但高于Mo Bio Kit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16S rDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异．主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法（Lab method）所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。 相似文献
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适用变性梯度凝胶电泳分析的石油污染土壤微生物DNA模板制备的研究 总被引：1，自引：1，他引：0
[目的]为了快速、简便和经济地获得理化性质不同的石油污染土壤中微生物总DNA,以用于后续微生物群落结构分析及动态监测。[方法]采用3种提取方法对石油污染土壤中细菌总DNA进行提取,并通过DNA产量、纯度、片段大小、基因组完整性等对提取得到的DNA质量进行评价;并对16S rDNAV3可变区的PCR扩增产物进行DGGE分析。[结果]采用3种方法均能从石油污染土壤中提取得到相应的细菌DNA片段,且针对同一种提取方法,土壤理化性质的差异对DNA提取效果影响不明显,但不同方法提取得到的DNA在浓度和纯度上存在明显差异。采用3种方法提取得到的DNA量分别可达98.3、79.9和43.8 ng/μl。[结论]选取方法1提取基因组DNA并进一步纯化,纯化后的DNA分别采用引物F27/R1492和F357/R518进行16S rDNA及116S rDNAV3可变区的扩增,获得了条带清晰、浓度高、无污染的DNA目的片段;对其PCR扩增产物进行DGGE分析,得到的DGGE图谱可直观反应石油污染土壤中微生物的多样性及优势种群。 相似文献
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4种水稻基因组DNA微量提取方法对ISSR-PCR试验的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]找出适用于ISSR试验的效果好、操作简便的水稻DNA提取方法。[方法]采用高盐十二烷基硫酸钠（SDS）法、十六烷基三甲基溴化铵（CTAB）法及2种型号试剂盒（DP305、DP320）法提取基因组DNA,利用核酸蛋白检测仪及琼脂糖电泳法测定其纯度与浓度,并比较其作为模板用于ISSR-PCR的效果。[结果]发现SDS法与CTAB法提取的DNA浓度与纯度均不高,在ISSR-PCR中虽能扩增出条带,但结果不能重复;试剂盒DP305与DP320提取的DNA浓度与纯度较好,其中试剂盒DP320效果更优,PCR结果能稳定重复。[结论]试剂盒DP320提取DNA的方法是最适合水稻ISSR试验的DNA提取方法。 相似文献
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比较不同提取原理的试剂盒对动物生鲜肌肉组织DNA提取效果,为日常肉制品掺假检测与监测选择合适的DNA提取方法提供参考。以生鲜牛肉、羊肉、猪肉、鸡肉和鸭肉为试验材料,采用改良CTAB法、蛋白酶K法、SDS法和快速萃取法等原理的8种不同方法来提取组织样品DNA,并对提取DNA的完整性、浓度、纯度、试验耗时和后续实时荧光定量PCR检测等指标进行评价。结果表明,8种提取方法均可用于常见动物源性肌肉DNA的提取。与改良CTAB法相比,原理为蛋白酶K法、SDS法和快速萃取法的试剂盒避免了有机试剂的使用,且操作耗时短。实际操作中,可优先选择基于蛋白酶K法和SDS法的试剂盒进行DNA提取,其提取的DNA纯度和总量高,盐残留少,对实时荧光定量PCR的抑制少,满足肉制品掺假检测与监测的核酸提取需求。 相似文献
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《沈阳农业大学学报》2017,(4)
获得高纯度的总DNA是进行土壤微生物宏基因组学研究的基础,也是分析生物炭作为土壤改良剂对土壤菌群结构影响的关键。由于生物炭对DNA中磷酸骨架的吸附作用,从添加生物炭的土壤中提取总DNA较为困难。为了寻找合适的提取混有生物炭的土壤总DNA的方法,本研究分别采用E.Z.N.A.Soil DNA Kit法(方法 1)、改良的E.Z.N.A.Soil DNA Kit法(方法 2)、SDS-玻璃珠法(方法 3)、Mo-Bio Power Soil DNA Isolation Kit法(方法 4)和改良的Mo-Bio Power Soil DNA Isolation Kit法(方法 5)对两种类型的混有生物炭的土壤样品进行总DNA的提取,并对提取的DNA进行琼脂糖凝胶电泳分析以及浓度和纯度的测定。结果表明:5种方法均可从土壤中提取到DNA,并且DNA大小一致,条带也比较单一。同时,采用不同的方法从两种混合土样中提取的DNA浓度范围为3.22~37.80μg·g-1干土,且土样1的DNA提取量明显大于土样2的DNA提取量。但是不同方法提取到DNA的产量和质量存在明显差异,其中方法 3提取的DNA得率最高,两种土样分别为37.80μg·g-1干土和10.78μg·g-1干土,但是该方法提取的DNA纯度最低,两种土样DNA的A260/A230值仅为0.664和0.684,A260/A280值小于1.6,说明提取产物中存在严重的蛋白质和腐殖酸的污染,不能直接用于PCR扩增。而方法 2虽然提取的DNA得率相对较低,但纯度最高,两种土样的A260/A280值分别为1.854和1.844,A260/A230值分别为1.857和1.663,说明蛋白质和腐殖酸的去除较彻底,并且该方法是在商品化的试剂盒基础上进行的改进,操作简单、省时,重复性好。这些研究结果证明方法 2即改良的E.Z.N.A.Soil DNA Kit提取方法,提取到的DNA纯度最高,是较为理想的混有生物炭土壤的DNA提取方法,可以满足构建宏基因组文库的要求。 相似文献
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[目的]研究5种提取方法对甘蔗汁中DNA提取的效果。[方法]以甘蔗种茎中获得的蔗汁为材料,采用2种植物基因组提取试剂盒柱式法和磁珠法、SDS法、CTAB法及简化提取法5种方法提取DNA,对比所提取的DNA浓度、纯度及后续PCR扩增的影响。[结果]以SDS法提取获得的蔗汁DNA浓度最高,平均可达377.50 ng/m L。而柱式法的试剂盒,提取的DNA浓度最低,PCR检测没有能够获得特异的目标条带,不适合用于蔗汁DNA的直接提取。虽然简化法提取的DNA浓度较低,但是能够满足PCR扩增的要求,由于不涉及氯仿等有害物质,操作简单,适用于对DNA质量要求不高时的快速提取。[结论]SDS法最适合用于蔗汁中DNA的提取。 相似文献