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相似文献
 共查询到19条相似文献,搜索用时 187 毫秒
1.
借助细胞流式仪进行枇杷基因组学测序材料的倍性鉴定   总被引:2,自引:0,他引:2  
利用流式细胞仪进行测试枇杷品种的染色体倍数鉴定,并用低深度测序结果进行验证,据此为选择枇杷全基因组测序材料提供依据。结果表明,来自华南农业大学种质资源圃和四川石棉的‘大五星’均与‘解放钟’一样为二倍体,而来自四川农业大学的两份‘大五星’枇杷1号和188号材料均为三倍体。测序结果显示,来自华南农业大学资源圃的‘解放钟’枇杷为二倍体,773 Mb;而来自四川农大的‘大五星’枇杷1号和188号可能都为三倍体,基因组大小分别为749 Mb和765 Mb。以已确定基因组大小的植物萝卜、番茄和大豆为参照测定了‘解放钟’枇杷的基因组大小,结果为654.399 Mb。  相似文献   

2.
刘志强  蔡和序  崔霞 《园艺学报》2022,(10):2263-2272
利用HiFi长片段测序技术对醋栗番茄PI365967的基因组进行测序和从头组装,共构建了924个连续的重叠群序列,N50长度高达12.8Mb,获得了PI365967染色体水平长度为834M的高质量基因组序列。与栽培番茄Heinz1706基因组进行比较分析发现,二者存在倒位、缺失等大量结构变异。GO富集分析揭示了发生结构变异的基因可能的生物学功能。  相似文献   

3.
在前期研究中,从二倍体马铃薯中鉴定了1个短花药突变体sa1,是培育不育系的良好材料。在本研究中,构建了sa1的BC_1F_2分离群体,通过混池测序的方法发现该性状由1个单基因控制,位于6号染色体0~33.9 Mb的区间。为了精细定位sa1,进一步扩大遗传群体,通过对重组单株进行基因型和表型分析,最终将sa1定位到1.4 Mb的区间。根据马铃薯参考基因组的注释信息,该区域包含40个基因,并通过转录组测序对候选基因进行了预测。  相似文献   

4.
《蔬菜》2021,(3):28-28
北京市农林科学院蔬菜研究中心(国家蔬菜工程技术研究中心)左进华副研究员团队与英国诺丁汉大学DonaldGrierson教授(英国皇家科学院院士、中国工程院外籍院士)团队在国际上首次发布了高质量的佛手瓜基因组,通过三代测序技术结合Illumina测序和Hi-C技术,最终组装基因组大小为606.42 Mb,共97.04%的测序序列被锚定在14对染色体上,其中包含473个contigs和103个scaffolds,N50长度分别为8.40 Mb和46.56 Mb,基因组中65.94%为重复序列,含有28237个蛋白质编码基因,为佛手瓜遗传育种和基因发掘提供重要的基因信息。  相似文献   

5.
马铃薯与番茄融合之回交后代染色体的原位杂交检测   总被引:4,自引:0,他引:4  
杨丽梅 Rama.  MS 《园艺学报》1997,24(4):338-342
对3份马铃薯、番茄融合产物与马铃薯的回交二代BC2材料进行原位杂交,可以清楚地区分马铃薯染色体和番茄(外源)染色体,番茄染色体的数目为2~6条。其中2份材料6731-19和6731-24中番茄染色体的数目稳定,另一份材料6731-22,其外源染色体数目不稳定。  相似文献   

6.
正2019年10月31日,由广西农业科学院蔬菜研究所王益奎研究员领衔的研究团队,于BioR xiv在线发布了染色体级别的高质量茄子基因组序列。该基因组采用了当下最先进的基因组测序与组装技术,堪称茄科植物中最连续的基因组,标志着茄子基因组研究迈入了高清时代。茄子(Solanum melongena L.)是茄科最重要的作物之一,在茄属植物中产量和经济价值居第三位。本次公布的茄子参考基因组,Contig N50达到了5.3 Mb,Scaffold N50更是达到了93.9 Mb,序列总长度1 155.8  相似文献   

7.
《蔬菜》2021,(2):73-73
2020年12月28日,南京农业大学园艺学院教授侯喜林团队在《HorticultureResearch》上在线发表研究论文,以不结球白菜"苏州青"为材料,利用最新的测序手段,获得了396.83 Mb近完整的高质量染色体级基因组,并对其功能进行注释。此基因组质量高于现有其他白菜基因组。根据这一新基因组,研究发现重复序列占全基因组的比例约为53%,并且注释得到了48158个蛋白质编码基因。  相似文献   

8.
以结球甘蓝(Brassica oleracea L. var. capitata)育种骨干亲本R2-P2(圆球形,抽薹晚,硫苷含量低,高感黑腐病、枯萎病和霜霉病)为轮回亲本,以野生甘蓝自交系R4-P1(不结球,抽薹早,蜡质厚,硫苷含量高,对黑腐病、枯萎病和霜霉病等多种病害具有抗性)为供体亲本,通过连续回交、自交和分子标记辅助选择,构建出一套由163个具有R2-P2遗传背景且具有R4-P1供体染色体片段单株组成的染色体片段替换系(Chromosome segment substitution line)。该替换系群体具有102个染色体替换片段,均匀分布在1~9号染色体上,平均每个株系携带1.3个染色体片段,平均替换长度为5.62 Mb。替换片段总长度为573.74 Mb,覆盖亲本R4-P1全基因组的73.4%,其中单片段替换片段总长度为139.91 Mb,覆盖全基因组的26.5%,双片段替换片段总长231.41Mb,覆盖亲本R4-P1全基因组的43.82%,含有3个替换片段总长度为201.3 Mb,覆盖供体亲本基因组25.98%。  相似文献   

9.
草菇全基因组框架图   总被引:5,自引:1,他引:4  
采用Roche 454 GS FLX测序技术和Solexa测序技术相结合,进行了草菇(Volvariella volvacea)全基因组的测序,最终获得了长度为35.67Mb的草菇全基因组序列。通过生物信息学预测,获得了11097个蛋白编码基因,其中5516个基因有明确的功能注释信息。这是在国际上首次报道的草菇基因组框架图。  相似文献   

10.
【目的】为了解菠萝蜜基因组特点,研究测定了10份菠萝蜜株系的倍性和基因组大小。【方法】分别以番茄和‘妃子笑’荔枝细胞核DNA含量为内标,Otto为提取液,采用流式细胞术(FCM)测定经碘化丙啶(PI)染色的内标和菠萝蜜细胞核混合样品发出的PI荧光强度,通过比较内标和菠萝蜜DNA峰值的荧光均值比值关系,计算出不同株系菠萝蜜的倍性和基因组大小。【结果】所测的10份菠萝蜜株系都为二倍体,干苞菠萝蜜株系的基因组在(1 243.75±9.21)~(1 540.63±3.55)Mb,湿苞菠萝蜜株系的基因组约为(1 902.87±8.08)Mb。【结论】不同菠萝蜜株系之间基因组大小存在显著差异,且湿苞株系大于干苞株系。  相似文献   

11.
功能基因组学在蔬菜中的应用   总被引:2,自引:0,他引:2  
随着黄瓜、番茄、马铃薯和大白菜等蔬菜作物国际基因组计划的启动和即将完成,宣告蔬菜作物进入功能基因组学时代。本文综述了功能基因组学的研究内容和技术,及在蔬菜作物中的应用,并分析了未来的发展趋势。  相似文献   

12.
醋栗番茄(Solanum pimpinellifolium)与栽培种番茄(Solanum lycopersicum)亲缘关系很近,可与其直接杂交,达到快速转育优良性状的目的。就醋栗番茄的分布、特性、遗传多样性、进化、抗生物和非生物胁迫、优良园艺性状、分子遗传图谱、基因挖掘、全基因组测序等研究和利用现状进行了概述;对其利用过程中的问题进行了分析;对进一步挖掘其潜在的优良基因进行了探讨,旨在为进一步挖掘和利用醋栗番茄优良性状提供信息和理论基础。  相似文献   

13.
为明确山西省晋中市侵染番茄的病毒种类,采用双链RNA(double-stranded RNA,ds RNA)技术和非序列依赖PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)方法对感病番茄进行分子鉴定。序列测定及分析发现,具有花叶、卷曲症状的番茄为烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)所侵染。进一步克隆TMV番茄分离物(TMV-SXFQ)的全基因组序列,得到TMV-SXFQ(Gen Bank登录号为JX993906)全长为6 394 bp,含4个开放阅读框(open reading frame,ORF)。序列比对分析表明,TMV-SXFQ与烟草花叶病毒属其他分离物的同源性为86.3%~99.6%;系统进化分析表明,TMV-SXFQ与韩国分离物IM聚为一簇、亲缘关系最近。  相似文献   

14.
无选择标记的植物表达载体的构建   总被引:1,自引:0,他引:1  
以双元载体pBINPLUS为基础,在T-DNA侧翼区通过两次特异PCR、酶切和连接相结合的方法,构建了一个无标记载体pBINMF (marker-free vector)。通过酶切后测序分析,这个无标记载体在T-DNA左、右边界之间只有一个多克隆位点 (multiple cloned sites, MCS)。为了验证该载体的遗传稳定性,将gus基因克隆到该载体上并通过农杆菌介导的方法转化番茄栽培品种Moneymaker,特异PCR扩增目的基因和GUS组织染色结果表明,gus基因已经整合进入番茄基因组并得以表达。该载体为今后直接获得无标记基因、生物安全的转化体,尤其为象马铃薯、木薯等无性繁殖材料的无标记基因转化提供了可靠、有效的工具。  相似文献   

15.
番茄褪绿病毒在湖南省首次发生   总被引:1,自引:0,他引:1  
2016年7月在湖南省蔬菜病害调查中发现,4种茄科蔬菜表现出叶脉间褪绿、叶片黄化等症状,疑似被番茄褪绿病毒(Tomato chlorosis virus,To CV)感染,同时叶片背面聚集了大量烟粉虱。采用To CV热激蛋白(heat shock protein 70,HSP70)序列的特异性引物对采集的番茄、茄子、辣椒、马铃薯样品和烟粉虱样品进行RT-PCR检测,均扩增出目标条带,且扩增序列与北京番茄To CV分离物(KC887999.1)部分序列相似度为99.0%,确认采集样品被To CV感染。4种茄科蔬菜To CV的感染率达70%~100%;发病叶片上烟粉虱的带毒率为66.7%~87.5%;鉴定出烟粉虱的生物类型为MED烟粉虱。这是湖南省首次确认该病毒,需要引起关注和加强防范。  相似文献   

16.
氮素营养对茄果类蔬菜品质的影响   总被引:3,自引:0,他引:3  
秦松  王正银 《长江蔬菜》2006,(10):30-33
从氮素营养与茄果类蔬菜的营养品质、风味品质和商品品质关系分类展开叙述,对茄果类蔬菜的氮素营养与品质的研究提出了建议.  相似文献   

17.
Summary

The capacity of nitrate absorption, accumulation and reduction was studied in four species of the Solanaceae. Two were cultivated species, tomato (Lycopersicon esculentum Mill.) and pepper (Capsicum annuum L.), and two weed species, black nightshade (Solanum nigrum L.) and thorn apple (Datura ferox L.), which often infest these crops. Black nightshade and thorn apple absorbed nitrates most rapidly. Maximum nitrate accumulation was observed earlier in tomato than in the other species, and as in pepper coincided with the flower bud stage. Maximum nitrate accumulation in black nightshade and thorn apple took place during flowering. Only in tomato and thorn apple did maximum nitrate reductase activity occur at the time of maximum nitrate accumulation. Growth and soil nitrate absorption was slowest in pepper, but nitrate accumulation by the plant and nitrate reductase activity was more sustained than in the other species. It was concluded that if these weeds emerge simultaneously with the crops, competition for nitrates by thorn apple, and especially black nightshade, would be greater than for the tomato crop and even more so for the pepper crop.  相似文献   

18.

Background

Deep sequencing is a powerful tool for novel small RNA discovery. Illumina small RNA sequencing library preparation requires a pre-adenylated 3?? end adapter containing a 5??,5??-adenyl pyrophosphoryl moiety. In the absence of ATP, this adapter can be ligated to the 3?? hydroxyl group of small RNA, while RNA self-ligation and concatenation are repressed. Pre-adenylated adapters are one of the most essential and costly components required for library preparation, and few are commercially available.

Results

We demonstrate that DNA oligo with 5?? phosphate and 3?? amine groups can be enzymatically adenylated by T4 RNA ligase 1 to generate customized pre-adenylated adapters. We have constructed and sequenced a small RNA library for tomato (Solanum lycopersicum) using the T4 RNA ligase 1 adenylated adapter.

Conclusion

We provide an efficient and low-cost method for small RNA sequencing library preparation, which takes two days to complete and costs around $20 per library. This protocol has been tested in several plant species for small RNA sequencing including sweet potato, pepper, watermelon, and cowpea, and could be readily applied to any RNA samples.  相似文献   

19.
马铃薯(Solanum tuberosum L.)是继水稻、小麦、玉米之后全球第四大粮食作物.然而生产上种植的马铃薯多为四倍体普通栽培种,且由于其复杂的四体遗传和高度杂合的基因组等因素,严重阻碍了马铃薯遗传育种和品种改良的进程.人工诱导方法尤其是孤雌生殖诱导产生马铃薯双单倍体是解决上述问题的有效途径.马铃薯双单倍体不仅...  相似文献   

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