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为了建立适合白桦的cDNA-AFLP体系,对反应体系中的酶切、预扩增、选择性扩增的引物筛选等几个重要的影响因素进行优化,得到了适合白桦的cDNA-AFLP反应体系。选择白桦雄花为研究材料,用改良的CTAB法提取总RNA,采用低频酶EcoRⅠ和高频酶MseⅠ酶切双链cDNA。通过研究发现,预扩增中Mg2+浓度为2mmol/L,引物浓度为0.3μmol/L,dNTP浓度为0.25mmol/L,Taq酶浓度为1U,退火温度控制在60℃时,预扩增结果较好。另外,从16对引物组合中选出11对选择性较好的引物组合,扩增的产物经过6%的聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)电泳和银染检测,得到清晰、分辨率高、信号强度明显且重复性好的结果,表明该cDNA-AFLP分析体系适用于白桦相关的功能基因的研究。 相似文献
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SSAP(sequence-specificam plification polymorphism,序列特异扩增多态性)是种质遗传多样性分析和系统进化研究的有力工具之一。根据10个SSAP引物组合对28份柿属基因型的扩增结果探讨内切酶因素对SSAP逆转座子分子标记扩增的影响。结果表明,在以MseI和EcoRI组合消化的SSAP反应系统,且均以3个碱基作为末端选择性碱基的前提下,MseI与逆转座子引物组合的SSAP扩增性能优于EcoRI与逆转座子引物组合。研究结果为有目的和高效选择内切酶引物进行植物种质资源SSAP分析提供参考。 相似文献
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烟草胞质雄性不育系与保持系线粒体DNA的RAPD分析 总被引：5，自引：0，他引：5
用124个10碱基随机引物对烟草2对雄性不育系及其保持系线粒体DNA的RAPD分析表明，不育系与保持系间有112个引物未扩增出多态性片段，占引物总数的92．56％．这反映了不育系和保持系线粒体的同源性。同时，在不育系与保持系的线粒体基因组间也发现了明显的差异，这些差异片段与雄性不育的关系还需进一步研究。 相似文献
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4种扇贝AFLP分析体系的建立 总被引：1，自引：0，他引：1
构建了4种扇贝扩增片段长度多态性(AFLP)的分析体系,对DNA提取、双酶切反应、连接反应、预扩增反应、选择性扩增反应和银染等条件进行了优化。结果表明:用EcoRⅠ/MseⅠ双酶切,核心序列加3个选择性碱基的选择性扩增引物,E32-M49和E32-M62两个引物组合,以及20μL选择性扩增体积,可得到十分稳定的结果。所得产物经电泳和银染后可获得条带清晰、背景干扰小的图像。该体系的构建为AFLP技术在扇贝相关研究中的应用提供了依据。 相似文献
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应用荧光扩增片段长度多态性（AFLP）标记技术对高邮鸭4个高度纯合的分离体分组混合家系蛋壳颜色性状进行了遗传多样性分析。在高邮鸭分离体分组混合家系AFLP指纹研究中,对AFLP技术中选择性扩增中的引物使用荧光标记代替同位素标记,并对AFLP反应进行了优化。在AFLP分析中,共采用了64个EcoRI／MseI引物组合,每个引物组合扩增出的条带数在40条以上。结果表明：从这64个引物组合中筛选到1个引物组合E-ACT／M—CTC,能同时将供试的4个分离体分组混合家系分开,从而可用于早期青壳性状的鉴定。 相似文献
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建立胡杨抗逆研究的cDNA-AFLP反应体系 总被引：2，自引：2，他引：0
以胡杨为研究材料,建立适用于胡杨抗逆研究的cDNA-AFLP反应体系,对影响反应体系的关键因素(RNA提取、内切酶组合、预扩增体系、选择性扩增体系)进行了探索和优化。结果表明:通过改进后的CTAB法能成功获得高质量的RNA;EcoRⅠ/MseⅠ的组合4.5h内将ds-cDNA酶切完全,与相应接头连接过夜后产物直接用于预扩增;稀释10倍的预扩增产物作为模板用于选择性扩增;通过优化体系得到的选择性扩增产物,银染检测后条带清晰稳定,经RT-PCR检测,证明优化后的cDNA-AFLP技术差异显示的结果可以准确反映基因在植物体中差异表达的真实情况,并利用该技术成功筛选出42对可以获得带型丰富且重复性好的引物组合。 相似文献
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liubs@sdau.edu.cn 《勤云标准版测试》2006,(5)
以V型小麦细胞质雄性不育系及相应的保持系、恢复系以及其杂种F1为材料,用ISSR、SRAP、RAPD分子标记技术对它们的线粒体DNA进行了比较分析。结果如下:(1)153个SRAP引物组合中139个组合扩增出了多态性,9个组合扩增出不育系特有而保持系、恢复系、F1均缺失的片段,3个组合扩增出不育系特异缺失的片段。(2)92个ISSR引物中45个扩增出了多态性,筛选到了6个不育系特有而保持系、恢复系及杂种F1均缺失的片段。(3)288个RAPD引物中281个扩增出了多态性,4个引物扩增出不育系特有的片段,3个引物扩增出不育系特异缺失的片段。在对线粒体DNA进行分析时,SRAP比ISSR多态性好,比RAPD稳定性好。 相似文献
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为了挖掘光皮桦材性相关基因,本研究以光皮桦木质部为材料,通过对RNA 的提取、cDNA 的反转录及纯化 的对比分析,以及选扩体系优化等,建立了相应的cDNA-AFLP 体系。结果表明:采用CTAB 和RNAiso 试剂相结合 的方法得到的RNA 质量较好,cDNA 经纯化后选扩效果明显变好。选扩体系为:4.0 μL 预扩产物(稀释40 倍)、1.6 μL 的引物(10.0 mmol/ L)、0.2 μL 的dNTP(2.5 mmol/ L)、0.4 μL 的Mg2 + (25.0 mmol/ L),以及0.2 μL 的Taq DNA 聚合酶(5 U/ μL)。进一步以来自不同木质化茎段的cDNA 为模板,筛选出31 对扩增效果较好的引物组合,同时分 离出一些差异表达的基因片段,经测序后探讨了其在木质化发育过程中可能的功能。 相似文献
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以杞柳F1群体为试验材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,经过酶切、连接、预扩增和选择性扩增,建立杞柳AFLP的反应体系,筛选EcoRI和MseI各16条选择性扩增引物组成256对引物组合。结果表明:320 ng基因组DNA采用5U EcoRI和MseI双酶切6 h,20℃连接12 h,连接产物稀释10倍进行预扩增,预扩增产物稀释15倍进行选择性扩增,选择性扩增产物采用ABI-3130检测,可获得条带清晰的指纹图;从256对引物组合中共筛选出98对多态性较高的引物组合。 相似文献
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【目的】建立和优化苹果S-SAP分子标记体系,探讨应用S-SAP技术区分元帅芽变的可能性,为从DNA分子水平上对苹果芽变鉴定和利用奠定基础。【方法】利用富士、寒富和嘎啦初步建立S-SAP分析体系;根据谱带量和多态性等对32对引物组合进行筛选;从DNA酶切、PCR扩增、银染方法等角度对影响S-SAP反应的因子进行优化;利用6对多态性引物,对8个元帅芽变进行S-SAP分析,采用NTsys-pc2软件的SIMQUAL程序计算相似系数,UPGAM方法进行循环同化阶层聚类分析,并通过Treeplot程序生成聚类图。【结果】优化的苹果S-SAP分析体系为,改良CTAB法提取基因组总DNA;MseⅠ和PstⅠ双酶切基因组总DNA;Fermentas公司的TaqDNA聚合酶进行PCR扩增;6%变性聚丙烯酰胺凝胶分离选择性扩增产物;改良弱碱法银染检测差异片段。筛选出6个适宜苹果品种分析的S-SAP引物。发现LTRP1/Mtcc引物组合在元帅芽变分析中具有多态性,矮红、红星与新元帅等具有多态性位点,供试芽变资源的遗传相似系数在0.88—0.98之间,以相似系数0.93为标准,8个元帅芽变资源可分为4类。【结论】建立了基于Ty1-copia组反转录转座子的苹果S-SAP标记体系,筛选出了6个适宜苹果品种分析的S-SAP引物,利用LTRP1/Mtcc引物组合成功区分了元帅芽变。 相似文献
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AFLP在濒危植物岷江柏中的应用初探 总被引：4，自引：0，他引：4
以14个岷江柏野生居群个体为试材,对AFLP分析过程中的影响因子（酶切与连接、预扩增、选择性扩增和银染）进行了研究.筛选出4对扩增稳定且多态性丰富的AFLP引物;得到扩增条带274条,多态性带137条（占50.00%）. 相似文献