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1.
为了解猪细环病毒（Torque teno sus virus, TTSuVs）在吉林部分规模化猪场的流行及其遗传变异情况。本研究对2017-2018年间，来自吉林地区10家规模化猪场的574份血清样本进行TTSuVs流行情况调查。并根据收地点，对20株TTSuVs进行ORF1全基因序列扩增及遗传变异性分析。结果显示：TTSuV1感染率为35.0%；TTSuV2感染率为63.2%；TTSuV1与TTSuV2混合感染率为30.3％；10株TTSuV1测序株之间的核苷酸同源性为75.7%-94.7%，氨基酸同源性为48.1%-88.2%；10株TTSuV2测序株之间的核苷酸同源性为77.5%-93.7%，氨基酸同源性为70.6%-87.4%；且吉林地区流行的TTSuV1均属于TTSuV1-lb型，而TTSuV2流行情况较为复杂，各种亚型均有涉及。 相似文献
2.
《中国兽医学报》2016,(7)
目前在我省许多地区猪群中是否存在TTSuV感染尚未见相关报道,为更好的了解猪细环病毒1型和2型在猪群中进化情况以及进一步研究其遗传变异,根据NCBI已发表的猪细环病毒两种基因型全基因组序列,在序列保守区域用设计特异性引物,采用聚合酶链反应(PCR)进行该病毒的检测及全基因的扩增。通过将扩增产物胶回收后进行T-A克隆,然后进行序列测定和同源性与系统进化分析。本试验检测出猪群TTSuV1型和TTSuV2型在猪群中的感染情况,全基因测序得到的序列确定为TTSuV1和TTSuV2全基因序列。对测得序列进行同源性分析与遗传进化分析,分析结果表明,分离株(JX TTSuV)与国内外不同地域TTSuV全基因组序列之间差异较大,同源性为67.8%~97.2%;进化分析表明,JX TTSuV与其他株TTSuV参考株亲缘关系远近各不相同,与日本分离株(AB076001)和巴西分离株(AY823991)亲缘关系较近。 相似文献
3.
为了解猪细环病毒1型(TTSuV1)在四川地区猪群中的流行情况及其遗传进化关系,采用PCR对四川省不同地区的5个规模化猪场采集的140份临床健康猪血清进行检测,并根据NCBI已发表的TTSuV1的全基因组序列,对TTSuV1中的2个亚型TTSuV1a和TTSuV1b进行全基因的扩增。结果显示,在140份临床健康猪血清样本中TTSuV1a和TTSuV1b的阳性检出率分别为49.29%(95%CI:40.7%~57.9%)和39.29%(95%CI:31.1%~47.9%)。通过克隆转化,序列测定后拼接获得TTSuV1a的近似全基因组长为2 497bp,TTSuV1b为2 693bp,对测得序列进行同源性和遗传进化分析。结果表明,扩增得到TTSuV1a的ORF1和ORF2序列,与国内外已发表的参考毒株间的核苷酸同源性分别为79.3%~97.5%和92.7%~98.2%,TTSuV1b的ORF1、ORF2序列与其他参考毒株间的核苷酸同源性分别为100%和97.1%~98.6%,分析表明其差异较小,亲缘关系较近。研究结果为四川省部分地区猪群中TTSuV1的流行情况提供数据参考,为进一步研究TTSuV的遗传进化提供一定的理论依据。 相似文献
4.
为了解吉林地区猪细环病毒(TTSuVs)与II型猪圆环病毒(PCV2)混合感染情况,分析TTSuVs感染与仔猪多系统衰竭征(PMWS)的相关性。试验通过PCR技术对2019年收集到的吉林部分地区的10家规模化猪场130份血清样本进行检测;并应用本实验已建立的PCV2、TTSuVs实时荧光定量PCR检测方法,对PCV2阳性样品进行病毒载量的分析,区分PMWS病猪与PCV2亚临床感染猪,比较PMWS病猪与PCV2亚临床感染猪中TTSuVs的载量。结果显示:TTSuV1感染率为38.46%;TTSuV2感染率为57.69%;PCV2感染率为46.15%;TTSuV1与TTSuV2的混合感染率为31.54%;TTSuV1与PCV2的混合感染率为32.30%;TTSuV2与PCV2的混合感染率为44.62%;三种病毒的混合感染率为22.30%。且PMWS病猪血清中TTSuV2载量明显高于PCV2亚临床感染猪(P<0.01)。结果表明,TTSuV2载量与PMWS病的发生存在一定程度的相关性。 相似文献
5.
《中国兽医学报》2017,(6):999-1006
为了实现猪细环病毒(TTSuV)快速检测,给TTSuV的调查、监测和防控提供可行性、操作性强的技术支持。本试验根据TTSuV的序列特点设计特异性引物、探针,应用实时荧光PCR技术检测TTSuV1a型和TTSuV1a1b型。以猪细小病毒、猪圆环病毒Ⅱ型和猪伪狂犬病毒进行特异性试验,无交叉反应。该检测方法具有较好的特异性和重复性,TTSuV1a灵敏度可达9.2拷贝/μL,TTSuV1b灵敏度可达5.6×101拷贝/μL;批内变异系数均小于1%,批间变异系数均小于3%。将该方法与PCR法、PCR-DHPLC进行比较,结果证实该方法具有较好的准确性。对92份血清样本进行检测,发现有58份TTSuV1a阳性、62份TTSuV1b阳性、51份TTSuV1a和TTSuV1b共感染阳性。本研究建立的TTSuV实时荧光PCR法具有特异、敏感、快速、重复性好等优点,可用于TTSuV感染的分子流行病学调查。 相似文献
6.
猪细环病毒和猪圆环病毒2型混合感染状况的调查 总被引：4，自引：1，他引：3
为分析我国猪细环病毒(TTSuV)和猪圆环病毒2型(PCV2)的共感染情况,利用所设计的TTSuV(TTSuV1、TTSuV2)和PCV2特异性引物对我国29个省市采集的猪群血清样品同时进行PCV2和TTSuV(TTSuV1、TTSuV2) PCR检测,分析混合感染情况.结果所检测的1898份样品中,TTSuV阳性为1103份(58％),PCV2阳性为435份(23％).阳性样品中呈混合感染的有275份(14％),其中TTSuV1和PCV2为249份(13％),TTSuV2和PCV2为200份(10％),均为阳性的有174份(9％).调查结果显示,我国猪群中TTSuV和PCV2混合感染现象较为普遍,对地区性分布特征和饲养模式等影响因素的分析表明TTSuV和PCV2混合感染情况存在地区性差异(P＜0.01),但饲养模式并不是共感染的关键因素. 相似文献
7.
旨在分析猪流产胎儿中猪圆环病毒3型(porcine circovirus type 3,PCV3)的感染及其遗传进化情况。对2015—2017年采集的湖南省680份猪流产胎儿病料样品进行PCV3检测、扩增和测序,并利用生物信息学软件对获得的序列进行遗传进化分析。结果显示,猪流产胎儿样品中PCV3阳性率为24.4%(166/680),其中,2015—2017年阳性率分别为18.2%(26/143)、22.7%(54/238)和28.8%(86/299)。从PCV3阳性样本中获得了1株PCV3基因组全长序列,命名为PCV3/CN/Hunan-57(GenBank序列登录号为MZ934695),与国内外毒株基因组序列相比,相似性为97.8%~99.2%;获得了5株PCV3 ORF2基因序列,它们的核苷酸和氨基酸相似性为97.5%~98.3%和96.7%~99.7%,与国内外参考毒株ORF2基因序列相比,其核苷酸和氨基酸相似性为96.3%~99.2%和96.8%~100%。基于ORF2基因序列构建遗传进化树和进行多重序列比对,发现获得的PCV3阳性序列分别属于PCV3a(1株)和PCV3c(4株),并鉴定出T100A、G113S和A184S突变位点。综上表明,猪流产胎儿中PCV3感染率较高,且存在不同类型的PCV3毒株感染,为后续深入研究PCV3遗传变异及其相关致病性提供了重要参考信息。 相似文献
8.
为了解2020—2021年我国部分地区猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)毒株变异及遗传进化情况，试验从多个地区的51家猪场采集340份疑似感染PEDV的猪小肠组织、粪便和肛拭子，提取病毒核酸后采用RT-PCR方法扩增S1、M和ORF3基因并测序，与GenBank中PEDV参考毒株进行比对分析，利用生物信息学软件构建遗传进化树，分析核苷酸序列同源性及氨基酸序列。结果表明：共获得57份PEDV阳性样品，来源于14家猪场，猪场阳性率为27.5%,并对从阳性猪场获得的14株毒株进行命名。与经典毒株CV777相比，14株PEDV毒株的S1、M和ORF3基因均出现不同程度的氨基酸突变。在14株毒株的S1基因中，Heyuan2021-7毒株位于G1-2分支，其余13株位于G2分支，14株毒株与参考毒株GD-A核苷酸序列的相似性较高，为89.3%～99.9%,存在多处氨基酸的缺失和插入。在M基因中，14株毒株位于G2分支且与参考毒株FR-001核苷酸序列的相似性为98.1%～99.7%,只存在氨基酸突变。在ORF3基因中，FC2021-1、GD... 相似文献
9.
猪星状病毒ORF2基因的克隆及序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
参考GenBank上发表的猪星状病毒亚基因组序列,设计1对引物,对猪星状病毒广西流行株衣壳蛋白ORF2基因进行扩增,最终克隆得到PAstV/NNJG7株的衣壳蛋白完整序列.序列分析发现,其ORF2全长2 358 bp,编码786个氨基酸;与猪星状病毒Ⅰ型参考株核苷酸同源性最高,为77.3％～79.4％;在ORF1b和ORF2连接处有一段高度保守的序列,在ORF2 3'端有一段长83 bp非翻译序列及一个含43 bp高度保守的茎环样基序.本试验不仅丰富了猪星状病毒衣壳蛋白基因序列,也为基因疫苗和诊断试剂盒的研制提供材料及理论依据. 相似文献
10.
根据GenBank中已发表PCV2全基因序列,设计1对特异性引物,建立扩增PCV2全基因的PCR方法。用该方法从山东、河北、安徽、甘肃4个省份的4份PMWS患病猪的阳性病料和山东德州、南京、北京、甘肃、甘肃泉州和白银5个屠宰场的7份健康猪阳性样品中直接扩增出11个PCV2全基因片段。将扩增片段克隆于pMD18-T载体,并通过双酶切的方法筛选获得了11个阳性重组质粒,分别命名为SDPCV、HBPCV、AHPCV、GSPCV、DZPCV1、DZPCV2、DZPCV3、NJPCV、BJPCV、BYPCV和QZPCV。测序结果分析表明,除了BJPCV和GSPCV2株PCV2基因组全长为1768bp外,其余9株基因组全长均为1767bp。应用DNAstar序列分析软件,对测定的11个PCV2序列与GenBank中登录的10个不同地区的代表毒株进行同源性比较,发现健康猪群感染毒株的全基因组序列和ORF2及其氨基酸序列同源性比患病猪群略高,ORF1、ORF3及其相应氨基酸序列同源性在2类猪群中则没有明显差异。系统发生进化树显示,DZPCV3与其他10株PCV2亲缘关系较远,但与山东分离株AY556473亲缘关系接近,共同构成一个独立分支;其余10株PCV2之间关系密切,都分布于一个独立的小分支中,并与法国分离株亲缘关系接近。患病猪群和健康猪群感染的PCV2在基因进化树上交错分布,表明2类猪群感染的PCV2在基因水平上差异不显著,在地域分布上也没有明显差异。 相似文献