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1.
《江西农业大学学报》2015,(6)
利用荧光AFLP技术,选择EcoRⅠ/MseⅠ酶切组合,应用16对(EcoRⅠ+3)/(MseⅠ+3)引物组合进行选择性扩增,检测9个茶竿竹亚属竹种基因组DNA多态性。结果共获得1 473条谱带,平均每对引物92条,其中多态性条带1 092条,PPB为74.1%。聚类结果表明,正种茶竿竹及其4个变种以相似系数0.78聚在一起,其中铁厘茶竿竹和白水茶竿竹之间的相似系数达到最高为0.88,从分子水平上佐证了铁厘茶竿竹和白水茶竿竹是正种茶竿竹的2个变种。 相似文献
2.
【目的】探讨青藏高原棘豆属植物的系统学关系,为该属植物的研究提供分子系统学方面的资料。【方法】以青藏高原16种棘豆属植物27个地理种群标本为试材,提取其总DNA后,分别对ITS序列和trnL-F序列进行PCR扩增、纯化及测序,并对所测序列进行同源性比对,用Kimura 2-parameter距离模型计算各序列间的进化距离,以乌拉特黄耆(Astragalus hoantchy)和多枝黄耆(A.polycladus)为外类群,利用MEGA软件构建基于ITS序列和trnL-F序列的青藏高原棘豆属植物的系统发育进化树。【结果】ITS序列对位后长度为710bp,有58个简约信息位点,G+C平均含量为54.3%,该序列的平均进化距离为0.016,但进化距离总体较小。trnL-F序列对位后长度为867bp,有94个简约信息位点,G+C平均含量为33.7%,该序列的平均进化距离为0.018,总体进化距离较ITS序列大。ITS序列较叶绿体trnL-F序列含有较多的系统发育信息。在基于2个序列构建的系统发育树中,大花棘豆亚属除少数居群外均形成单系分支,说明以心皮有无隔膜来划分棘豆属属下分类系统可以较好地获得分子系统学的支持;但在其他亚属及组水平上,并不构成单系。【结论】棘豆属各类群间系统发育信息含量明显较低,说明棘豆属物种分化发生较晚,尤其是在青藏高原这样一个始于第三纪造山运动的年轻区域,其棘豆属物种的新近起源和形态的快速分化还难以在遗传水平上固定下来。 相似文献
3.
基于ITS序列探讨南瓜属植物系统发育 总被引：1，自引：0，他引：1
基于ITS序列对南瓜属3个种(中国南瓜、美洲南瓜和黑籽南瓜)的系统发育进行了研究。结果表明,ITS1全长188～191bp,ITS2全长251～263bp;南瓜ITS1序列的变异位点数为33,占ITS1全序列的17.55%,ITS1序列的信息位点数为24,占ITS1全序列的12.77%;南瓜ITS2序列的变异位点数为45个,占ITS2全序列的17.93%,ITS2的信息位点数为31个,占ITS2全序列的12.35%;ITS1的G+C含量变化范围为51.60%～54.50%,ITS2的G+C含量变化范围为53.78%～56.98%;基于ITS1和ITS2分别构建的系统树可以看出,中国南瓜和美洲南瓜的亲缘关系较近,与黑籽南瓜的亲缘关系较远。 相似文献
4.
桑种质资源ITS序列与系统进化分析 总被引：5，自引：1，他引：5
目的分析桑ITS序列,为桑系统位置、进化关系、DNA指纹鉴别、育种亲本选择提供分子生物学依据。方法利用收集的73份桑资源,总DNA提取,PCR扩增,测序,并从GenBank下载桑科Moraceae,桑属MorusITS序列,软件分析ITS长度、变异位点、G+C含量、遗传分歧、同源性百分比差异、系统位置与进化关系。结果获得ITS完整序列,基本序列全长576bp,G+C含量59.55%。(ITS1:174bp,G+C含量61.49%,ITS2:302bp,G+C含量62.25%,5.8S:100bp,G+C含量48.00%)。序列比对表明,共166个变异位点,(ITS1:100,ITS2:66,5.8S:0),一些变异位点有明显的种性特征,可作为特异DNA指纹鉴别位点。最大遗传分歧4.0,山桑(M.bombycis)与其它栽培种遗传分歧0.9—1.4。基于ITS桑系统位置,在非洲硬木树(Milicia excelsa,MEU93585)与新西兰鹊肾树(Streblus glaber,DQ499105)之间,与非洲硬木树(MEU93585)亲缘关系最近。Mrbayes分析,新疆黑桑(M.nigra),北美默里桑(M.murrayana,FJ605515)最原始,进化顺序为新疆黑桑,北美默里桑→白桑(M.alba)→华桑(M.cathayana)→长穗桑(M.wittiorum)。结论ITS长度、G+C含量、变异位点均可作桑种质资源DNA特异指纹鉴别的依据,特别是碱基变异位点。桑属劳亚古陆(Laurasia)高纬度起源,由北向南迁移。桑属可由地理分布间接反映系统进化关系。 相似文献
5.
采用PCR直接测序法,测定23种兜兰属植物的内部转录间隔区(ITS)序列,并结合GenBank中所查到的德氏兜兰(AJ564372)、波瓣兜兰(AY530916)及麻栗坡兜兰(AJ564357)的核糖体DNA(nrDNA)ITS区序列进行比对,确定23种兜兰的ITS1、5.8S及ITS2的界限。结果表明:23种兜兰植物的nrDNA ITS序列长度为717～787 bp;G+C含量为48.6%～51.5%,其中ITS1和ITS2长度分别为393～451 bp及155～180 bp,包括211个变异位点;109个信息位点。基于贝叶斯法和最大简约法构建系统聚类树,结果表明,2种方法构建的树基本一致,整个树分为2个分支3个亚组,表明基于nrDNA ITS序列能够鉴定分析兜兰属植物种间的亲缘关系。 相似文献
6.
作者采用PCR和DNA测序方法,研究了齿爪金龟属三亚属核糖体DNA(rDNA)的第一内转录间隔区(ITS1)基因序列的特征,并以索鳃金龟属(Sophrops Fairmaire)做外群,构建了分子系统树。研究结果表明:7种金龟甲ITS-1片段序列中,T,A,G,C的含量分别为20.3%、22.9%、29.4%、27.4%,A+T的含量明显低于G+C的含量。分子系统树显示,三亚属的系统发育关系为(齿爪金龟亚属+狭肋金龟亚属)+脊头金龟亚属,齿爪金龟属三亚属间的遗传距离要远远小于与索鳃金龟属间的距离。 相似文献
7.
《东北林业大学学报》2015,(10)
对6个种源辽东冷杉的r DNA ITS序列进行了扩增、纯化和测序,比较分析了各种源r DNA ITS序列的长度、碱基变异位点、(G+C)含量和遗传距离,构建了系统发生树。结果表明:辽东冷杉6个种源的r DNA ITS序列总长度均为1 355 bp,其中ITS1、ITS2和5.8S r DNA序列长度分别为1 162、71和162 bp,种源间无长度差异;r DNA ITS序列中只有8个碱基变异位点,均位于ITS1序列上,碱基变异类型为碱基转换或颠换;ITS1和ITS2序列中的(G+C)含量分别为60.24%~60.59%和58.60%,种源间(G+C)含量差异极小;种源间遗传距离平均值仅为0.002 3,其中清原种源和宽甸种源的遗传距离最小(0),其他种源间的遗传距离在0.000 7~0.003 7。上述结果均表明辽东冷杉种源间亲缘关系较近,遗传变异程度较低。系统发生树将地理距离相近的种源聚在一起,表明辽东冷杉6个种源遗传距离与地理距离有明显的相关性。 相似文献
8.
江苏连云港沿海蛤蜊科贝类18S-ITS1序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用PCR技术扩增了江苏连云港海域3种贝类(西施舌、中国蛤蜊,四角蛤蜊)核糖体RNA基因18S-ITS1区域序列.用DNAStar和MEGA 3.1软件分析序列的碱基组成、进行序列比对,构建系统发育树.结果显示,西施舌、中国蛤蜊、四角蛤蜊18S-ITS1部分序列长度分别为1 052 bp、1 017 bp、1 013 bp,ITS1部分序列长度分别为910bp、875 bp、871 bp,G+C含量为58.90%～60.23%;18S区序列保守,种间仅存一个碱基变异位点.序列分析显示,中国蛤蜊与四角蛤蜊的ITS1同源性为70.1%～71.1%.西施舌与中国蛤蜊、四角蛤蜊的同源性为44.7%～46.3%;18S-ITS1序列适于蛤蜊科种间特别是蛤蜊属内种间的分子系统发育分析. 相似文献
9.
为了探讨枝孢霉属的系统发育情况,采用真菌核糖体基因转录间隔区域(ITS)通用引物,PCR扩增3株来自不同地方的黄瓜黑星病菌核糖体基因的ITS序列,并对PCR产物进行测序和序列分析。结果表明:3株黄瓜黑星病菌之间同源性为100%,ITS全长463bp,其中ITS1长154bp,5.8S rDNA长159bp,ITS2长150bp,各碱基的个数分别为G 119个、C 118个、A 120个、T 106个,GC含量为51.2%。利用MEGA4软件中的NJ法和ME法,对3个样品序列以及GenBank中登陆的枝孢霉属其他25个种构建ITS聚类分析树状图,NJ法和ME法构建的结果基本相同,枝孢霉属可以分为5个聚类组,所测的3个样品和Cladosporium cucumerinum在一个聚类组中。 相似文献
10.
采用改良的CTAB法从硅胶干燥的苞叶姜(Pyrgophyllum yunnanense)叶片中提取总DNA,对nr DNA ITS2和cp DNA psb B-H区域进行PCR扩增、测序和序列分析,初步研究2套植物基因组的变异速率。nr DNA ITS2序列长224 bp,有变异位点3处,变异位点百分率为1.339%,(G+C)含量为60.7%。cp DNA psb B-H序列长623~625 bp,有2个碱基插入缺失,变异位点8处,变异位点百分率1.284%,(G+C)含量为33.9%,cp DNA核苷酸多态性(0.00551)比nr DNA(0.00295)高。苞叶姜的这2个片段,变异速率相近,遗传分化指数相同(Fst=1.000),居群间高度分化。ITS2序列和psb B-H序列单倍型中性检验结果一致,表明苞叶姜居群处于长期稳定状态。psb B-H错配分布(Mismatch-distribution)分析,表示苞叶姜的现有分布范围近期可能经历了居群扩张。因此,苞叶姜的谱系地理学研究可结合nr DNA ITS2序列和cp DNA psb B-H序列来分析。 相似文献
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Phylogenetic Relationships of Sorghum and Related Species Inferred from Sequence Analysis of the nrDNA ITS Region 总被引：3，自引：0，他引：3
GUO Qiong-xia HUANG Ke-hui YU Yun HUANG Zhen WU Zhen-quan 《中国农业科学(英文版)》2006,5(4):250-256
Analysis of phylogenetic and evolution in six species of Sorghum was based on internal transcribed spacer （ITS） sequences in nuclear ribosomal DNA. Results showed that the length of the ITS regions among the six species ranged from 588 to 589 bp and the contents of G＋C in ITS （ITS1 ＋5.8S＋ITS2） regions ranged from 60.27 to 61.05%; the length of ITS1 ranged from 207 to 208 bp and the contents of G ＋ C in the ITS 1 regions ranged from 53.91 to 61.54%. The length of the 5.8S rDNA and ITS2 regions in the six species was 164 and 217 bp respectively, and the contents of G ＋ C ranged from 56.10 to 58.54% in the 5.8S rDNA region and 66.36 to 67,28% in the ITS2 region. Among regions of ITS, ITS1, ITS2, and 5.8S, the best sequence for genetic relationship analysis in the six species was the ITS region. On the basis of the Jaccard coefficient and phylogentic tree, S. sp. was more related to S, propinguum than to other species. This was consistent with the fact that S. sp. is derived from S. propinguum. From the phylogenetic tree based on ITS1, S. halepense, silk sorghum and S. sudanense, are identical in the ITS 1 sequence, whereas the phylogenetic tree based one shows that S. sudanense has a closer genetic association with S. almum rather than with S. halepense and silk sorghum. 相似文献
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为厘清锦香草及其近缘种的亲缘关系,为其杂交育种提供数据基础,收集我国锦香草及其近缘种短毛熊巴掌与长柄熊巴掌等样品46份,对供试样品核糖体基因(nrDNA)的内转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列进行分析,并构建系统进化树,对其系统发育关系进行研究。结果表明:供试材料的ITS1、ITS2和5.8S的序列长度分别为246、230、160~161 bp;ITS1与ITS2序列存在变异位点426个,信息位点232个;5.8S序列存在202个变异位点,信息位点84个。根据ITS序列构建进化树:供试材料可分为2支,锦香草与短毛熊巴掌在进化树中聚为一支,分支内部互相嵌入;长柄熊巴掌单独聚成一支。以上结果显示,锦香草、短毛熊巴掌亲缘关系较近,它们与长柄熊巴掌亲缘关系较远,该结果支持《Flora of China》将短毛熊巴掌处理为锦香草的异名,长柄熊巴掌为独立种。 相似文献
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基于ITS2序列的12种苔藓植物亲缘关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以尖叶薄鳞苔为外类群,利用ClustalX 2.0和MEGA 4.1软件对12种苔藓植物的ITS2序列进行比对和分析,构建分子系统树.结果表明,12种苔藓植物的ITS2序列长度在432-493bp之间,排序后总长度为540 bp,其中变异位点305个,信息位点200个.12种苔藓植物的遗传距离在0.016～0.472之间,平均遗传距离为0.309.利用MP法建立的系统树显示,12种苔藓植物分为3组,其中7个丛藓科物种聚为一组,3个青藓科物种聚为一组,2种灰藓科植物聚为一组,序列分析结果与形态学分类结果一致,表明ITS2可用于苔藓植物的亲缘关系分析. 相似文献
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中国不同地区杜仲rDNA的ITS序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
运用克隆测序法,对分布于中国不同地区的杜仲(Eucommia ulmoides)的核糖体DNA的ITS区(包括ITS-1,5.8S和ITS-2)进行测定.结果表明,杜仲植物的ITS区序列总长度为587-589 bp,长度变异仅为2 bp,其中ITS-1区为218～219 bp,在ITS-2区为205～206 bp,5.8SrDNA均为164bp,且高度保守,无变异位点.采用DNASTAR软件进行系统发育分析表明,来自不同地区的杜仲样品同源性均在96.9以上.根据ITS序列特征构建的系统树,来自同一地区的样 相似文献
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福木假尾孢菌Pseudocercospora elaeodendri的转录间隔区序列分析 总被引：1，自引：1，他引：1
PCR扩增福木假尾孢菌的转录间隔区序列(ITS)并测序,获得的基因序列长度为581bp,相似性分析发现其与假尾孢属不同种之间的ITS序列相似度极高。进一步对相似度高的不同种、属菌的ITS序列采用Neighbor-joining法构建系统进化树。遗传距离分析结果发现,试验菌株仅与同源性为100%的未知种名的假尾孢菌聚为一类。比较不同种的ITS碱基序列,结果表明,试验菌株与其它种之间的差异碱基分布于ITS1和ITS2区域,说明ITS能够体现假尾孢属的种间变异。 相似文献
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竹材木质素选择性降解菌株的分子鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
鉴定1株从腐竹中筛选的高效选择性降解竹材木质素的优良菌株ZNLD-18,为生物法提取可纺性竹原纤维奠定基础。利用真菌通用引物ITS1和ITS4扩增并测定菌株的rDNA ITS区序列,序列总长541bp。把所得序列在GenBank中进行B1ast搜索得到同源性较高的同属不同种菌株序列。比较这些序列的遗传距离,显示菌株ZNL D～18与Trametes versicolor的ITS区序列同源性为99％以上。利用PAUP软件构建分子系统发育树,通过对该树的分析并综合菌株的形态特征,鉴定菌株ZNLD-18为白腐菌Trametes versicolor。 相似文献
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用清除有机自由基DPPH法评价竹叶挥发油抗氧化能力 总被引：3，自引：0，他引：3
采用水蒸气蒸馏法从15种竹叶中提取挥发油,以TBHQ为对照,用DPPH·法研究竹叶挥发油对自由基的清除作用.结果表明,绿竹竹叶挥发油的得率最高为0.637%,而福建茶竿竹竹叶挥发油的得率仅为0.252%,水蒸气蒸馏法适宜于提取竹叶挥发油.15种竹叶挥发油均有一定的抗氧化活性,竹叶挥发油的抗氧化活性与挥发油的浓度呈正相关性.其中银丝竹竹叶挥发油的抗氧化活性最强,,IC50值为3.605 mg·mL-1,绿竹竹叶挥发油的IC50值为4.464 mg·mL-1,短穗竹竹叶挥发油抗氧化活性最低,其IC50值为12.128 mg·mL-1.综合研究结果表明,竹叶挥发油具有较高的应用价值,可作为天然抗氧化剂进一步开发和利用. 相似文献