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1.
为分析树莓群体的遗传进化关系,开发特异性SNP标记。选用23 个栽培种树莓以用SLAF-seq技术测序,从树莓全基因组范围开发SNP位点,以黑树莓基因组为参考基因组,通过生物信息学分析进行电子酶切预测,筛选特异长度的DNA片断,构建SLAF-seq 文库。通过高通量测序的方式获得海量序列标签,利用软件分析比对,获得多态性SLAF标签,进而开发大量特异性SNP位点。对照水稻的测序数据与参考基因组比对结果,双端比对效率为95.60%,酶切效率为93.52%,说明SLAF建库正常。通过测序共产生59.93 Mb的读长数据,测序质量值Q30 平均为95.07%,所有样品GC含量均值为39.16%,GC含量普遍不高,说明达到测序要求。本研究共获得425402 个SLAF标签,其中多态性的SLAF标签共有121610 个。获得749811 个有效单核苷酸多态(SNP),利用这些SNP分析了23 个树莓种质的群体结构与系统发生树。利用简化基因组测序技术SLAF-seq 可以高效地、低成本地开发出大量的可用于群体遗传结构分析的SNP标记。 相似文献
2.
基于基因组重测序的分子标记研究是一种新的方法。本研究在普通烟草基因组序列已完全测定的基础上重测序了4个烟草品种（系）,包括烤烟类型（LY1306,秦烟96）2个,晒烟类型（Wanmao 3）1个,马里兰烟草类型（Wufeng 1）1个。结合在NCBI中测序并发布的K326和TN90品种的基因组序列,分析了这4个重测序的烟草品种的InDel突变和SNP突变位点,鉴定出7个具有品种多态性的SSR候选位点,其中5个SSR位点可扩增出DNA片段。通过对包括不同烟草类型在内的10个烟草品种进行PCR检测,表明本研究选出的SSR位点可用于烟草品种或烟草类型的分类,其中NW-015889872.1、NW-015854676.1和NW-015890969.1等3个SSR位点可有效区分烤烟、白肋烟和马里兰烟以及晒烟烟草类型。 相似文献
3.
基于SLAF-seq技术的向日葵SNP标记开发与利用 总被引：1，自引：0，他引：1
为解决向日葵基因组序列庞大及基因位点挖掘的问题,试验共收集了122份向日葵资源材料,利用SLAF-seq技术,以菊科小蓬草基因组作为参考基因组进行酶切预测,水稻日本晴测序数据为对照进行比对,获得多态性标签,并开发大量特异性SNP。本研究共获得477.76 M Reads数据,读长范围在1 329 754~5 770 666之间,对照数据的双端比对效率为92.96%,酶切效率为95.07%,平均Q30为92.32%,平均GC含量为43.04%,每个样本平均开发171 684个SLAF标签,样本SLAF标签的平均测序深度为20.07 x,通过生物信息学分析,共获得1 105 347个SLAF标签,其中多态性SLAF标签共有86 985个,共鉴定到414 692个群体SNP。这些SNP位点可为向日葵特异SNP标记的开发、资源鉴定分析以及农艺性状的关联分析等提供理论依据。 相似文献
4.
高粱在粮食安全、人类健康和生物能源的开发上具有非常重要的作用,其被认为是二倍体模式化作物和多倍体能源作物甘蔗和芒草类的参考植物,开发高粱多态性分子标记对促进分子遗传学发展及高粱分子标记辅助育种意义重大。以甜高粱与粒用高粱杂交的F2遗传群体作为研究材料,对其全基因组DNA进行酶切,然后用高通量测序法开发SLAF(Specific-locus amplified fragment sequencing)标签,并经过分析筛选多态性SNP标记。试验过程中测序的reads数达到43 528 021个,母本2 598 472个,父本3 134 524个,子代的reads数为205 083~454 258个,平均为290 732.5个。通过原始数据的评估、聚类和纠错开发的SLAF标签数,父母本分别为44 895,42 100个。测序深度分别为19.78和16.22,F2群体每个个体的SLAF标签为26 737~39 291个,平均为33 445.06个,测序深度2.24~3.72,平均为2.79。通过对聚类群中高深度片段的潜在基因型分析,得到了6 353个多态性SNP标记,其中5 829个标记成功分型,占多态性SNP标记的91.75%,剔除不适宜作图的标记,剩余有效的SNP标记2 246个,占有效标记百分比100%,F2个体的各样品完整度平均为94.99%。所以,对基因组DNA进行酶切和高通量测序,从庞大的reads中获得SLAF标签是得到全基因组SNP标记的有效途径。为高粱高密度图谱构建和QTL定位研究,以及分子标记辅助育种奠定了基础。 相似文献
5.
烟草染色体片段代换系的构建与遗传评价 总被引：1，自引：0，他引：1
以综合性状优良的烤烟种质Y3为轮回亲本,抗烟草黑胫病(0、1号生理小种)和赤星病的雪茄烟种质Beinhart1000-1及优质烤烟品种K326为供体亲本,连续回交并结合分子标记辅助选择,构建国内外第一套由256个具有烤烟Y3遗传背景并渐渗有Beinhart1000-1和K326染色体片段株系代换系群体。该群体携带377个代换片段,分布于烟草24条连锁群上。每个株系携带1~5个代换片段,代换片段长度介于0.05~36.88 cM,平均长度7.75 cM。代换片段重叠累加总长度为2922.57 cM,是烟草基因组总长度的2.61倍。代换片段覆盖总长度为1114.32 cM,烟草基因组覆盖率为99.45%。本研究构建的片段代换系可用于烟草基因定位、复杂性状的QTL分析和标记辅助选择育种。 相似文献
6.
《分子植物育种》2020,(15)
甜菜是一种重要的糖料作物,占世界糖来源的1/3。甜菜品种改良的主要障碍是其遗传变异小、遗传资源有限。在本研究中,我们使用限制性位点相关DNA (restriction-site-associated DNA, RAD)测序技术,在全基因组范围内搜寻20种甜菜基因型的SNPs和SSRs。根据有效限制性酶切片段(restriction fragment, RF)的GO注释,发现7 144个与"生物过程"有关,4 378个与"细胞组份"有关,3 763个与"分子功能"有关。采用多重比对方法,鉴定出甜菜含有38 884 682 SNP位点。这些SNP成功地揭示了甜菜基因型间的遗传关系。此外,在RAD酶切序列中也鉴定出了17 916个SSR位点。甜菜基因组中最常见的SSR序列为二核苷酸(6 019, 33.60%),其次是单核苷酸4 321 (24.11%),再次是三核苷酸3 597 (20.07%)。RAD测序技术使甜菜分子标记的快速全基因组发现成为可能。本研究所鉴定的大量SNP和SSRs位点,对构建甜菜高密度遗传连锁图谱、QTL分析、标记辅助选择和比较研究具有重要意义。 相似文献
7.
《分子植物育种》2015,(11)
以巴西橡胶"热研7-33-97"古铜期嫩叶为材料,采用酶解去壁低渗法来制备中期染色体标本,及利用显微分离方法随机分离橡胶树单条染色体,分离后的单染色体分别用接头引物介导PCR(LA-PCR)和单细胞全基因组扩增方法进行体外扩增。结果表明:经LA-PCR扩增获得了200~2 500 bp之间的DNA片段,单细胞全基因组扩增后产物大小为300~2 500 bp。对橡胶基因组DNA酶切后制备探针,经Southern杂交证实了扩增产物均来自橡胶树基因组。单细胞全基因组扩增法相比较于LA-PCR,具有操作简单、用时短、扩增片段长、产物适用多个平台等优点,将更适用于单条染色体高通量测序等相关方面的研究。 相似文献
8.
紫苏(Perilla frutescens(L.))是一种药食兼用型的植物,具有丰富的营养价值和药用价值,本研究利用特异性位点扩增片段测序技术(specific-locus amplified fragment sequencing,SLAF-seq)对30份紫苏种质资源进行了分子标记开发,以‘日本晴’(水稻)为对照,测序获得紫苏全基因组范围内的SNP分子标记。通过测序共获得106.92 Mb Reads数据,各样本Reads数据在1742153~9815872之间,样本平均测序质量值Q30为95.91%;平均GC含量为39.16%。通过生物信息学分析,本研究获得406599个SLAF标签,样本的平均测序深度为19.13倍,其中多态性的SLAF标签共有140387个,共得到419223个群体SNP标记。利用开发的SNP分子标记将30份紫苏种质资源分为2组,紫苏SNP分子标记的研究可为紫苏的遗传图谱构建、种质资源鉴定以及农艺性状的关联分析提供理论基础。 相似文献
9.
基于ISSR和AFLP标记开发甜菜 SSR 引物的研究 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究以ISSR-PCR和AFLP标记原理为基础,介绍一种新的分离甜菜基因组微卫星引物的方法。首先对甜菜基因组DNA进行酶切并连接已知序列的接头,构建基因组DNA酶切文库,同时用一个或两个ISSR引物,扩增文库中两端含微卫星序列片段并进行克隆测序,根据测序结果设计微卫星序列间的IP1引物和IP1与微卫星序列间IP2 引物;再根据侧翼序列克隆原理,采用巢式PCR进行基因组步移,扩增IP2引物下游序列,根据巢式PCR产物测序结果,设计微卫星序列另一侧的引物IP3 ,IP2和IP3即为SSR标记引物,对获得的SSR引物进行PCR验证,结果表明SSR引物产率为16%,本研究获得的SSR引物具有较高的多态性,对于后续的遗传多样性检测和遗传连锁图构建具有重要意义。 相似文献
10.
【目的】随着不同棉种序列数据库的逐步完善以及高通量测序技术的发展,棉花单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记开发可利用的公共数据资源逐步增加。【方法】本研究基于陆地棉祖先基因组的现代种亚洲棉表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)数据库,利用CAP3对亚洲棉EST数据库进行拼接。拼接获得7 187个重叠群(Contig),再利用Quality SNP软件进行SNP位点分析。【结果】在807条含有4条以上EST序列的Contig中查找到2 690个SNP位点。通过筛选次要等位基因频率大于30%的位点,获得953个可靠度较高的候选SNP,通过电子筛选,最终获得可用于陆地棉分析的SNP 149个,利用位点特异性聚合酶链式反应以及酶切扩增多态序列验证了EST-SNP的准确性。【结论】本研究证实基于亚洲棉EST数据库挖掘用于陆地棉研究的EST-SNP切实可行,并有望将EST-SNP用于陆地棉遗传图谱构建、重要性状的基因定位以及分子标记辅助育种。 相似文献
11.
Shi Liu Peng Gao Qianglong Zhu Feishi Luan Angela R. Davis Xiaolu Wang 《Breeding Science》2016,66(2):244-259
12.
13.
【目的】定位徐州142无絮(XZ142w)突变体的短绒控制基因n2。【方法】以陆地棉(Gossypium hirsutum L.)徐州142(XZ142)×XZ142w的F2群体为研究对象,利用108个简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR)标记对n2进行初步定位,再根据2个亲本材料中有单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphic,SNP)的差异基因设计50对SNP引物,用高分辨率熔解曲线(High resolution melting,HRM)技术从中筛选在亲本间有多态性的SNP引物,并用于后代的基因分型。【结果】利用108个SSR标记将n2初步定位在26号染色体的20.2c M的遗传区间内;用HRM技术筛选到9对亲本间有多态性的SNP引物,成功实现基因分型;并结合以SSR构建的连锁图谱,将n2的遗传区间缩小为19.5 c M,n2与最近的SNP标记Cricaas20158遗传距离为5.5 c M,且遗传图谱上的标记与四倍体陆地棉测序物理图谱基本一致。【结论】HRM技术可用于棉花中的SNP检测和n2基因的定位。 相似文献
14.
烟草SRAP和ISSR分子遗传连锁图谱构建 总被引：21，自引：1，他引：20
采用烤烟品种台烟7号与白肋烟品种白肋21杂交,构建了187个单株的F2遗传作图群体,利用所筛选的68个能扩增出多态性条带的SRAP和ISSR引物,对F2作图群体进行PCR扩增和遗传连锁分析,初步构建了一张包含26个连锁群、112个(92个SRAP和20个ISSR)标记位点的烟草遗传连锁图谱。该图谱覆盖长度为1 560.2 cM,平均图距18.1 cM。有16个标记未进入连锁群。26个连锁群包含2~20标记不等,连锁群遗传距离0~291.0 cM。连锁群上有24.1%的标记出现偏分离,主要集中在LG1和LG4连锁群上,其余分散在不同连锁群。该图谱为烟草重要农艺性状的基因定位、以及分子标记辅助选择等研究奠定基础。 相似文献
15.
基于基因重测序信息的大豆基因靶向CAPS标记开发 总被引：1，自引：0，他引：1
为了开发大豆基因靶向的功能分子标记,本研究采用生物信息学方法分析了大豆基因重测序数据,筛选出酶切位点突变的SNP位点,设计PCR引物163对,选用东北地区主栽品种绥农14的DNA为模板进行PCR扩增,其中139对引物获得大小为400~1 200 bp的特异片段。以大豆绥农14、合丰25、Acher、Evans、Peking、PI209332、固新野生大豆、科丰1号和南农1138-2的DNA为模板,采用筛选的139对引物进行PCR扩增,对扩增产物进行酶切分析,发现73对引物的PCR产物具有酶切多态性,开发出CAPS标记73个。通过功能注释分析发现,这73个CAPS标记靶向的基因主要参与细胞内亚细胞定位过程、蛋白质的结合与催化以及代谢过程等,与大豆重要农艺性状的形成相关,可以用于大豆品种的鉴定和分子系统进化的研究。 相似文献
16.
Using a linkage mapping approach to identify QTL for day-neutrality in the octoploid strawberry 总被引：1，自引：0，他引：1
C. K. Weebadde D. Wang C. E. Finn K. S. Lewers J. J. Luby J. Bushakra T. M. Sjulin J. F. Hancock 《Plant Breeding》2008,127(1):94-101
A linkage mapping approach was used to identify quantitative trait loci (QTL) associated with day-neutrality in the commercial strawberry, Fragaria × ananassa (Duch ex Rozier). Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) markers were used to build a genetic map with a population of 127 lines developed by crossing the day-neutral (DN) 'Tribute' with the short-day (SD) 'Honeoye'. The population was genotyped with AFLP markers and 429 single dose restriction fragments (SDRF) were placed on a consensus map of 1541 cM with 43 linkage groups. Individuals from the mapping population were observed for their flowering habit throughout the growing season in Michigan (MI), Minnesota (MN), Maryland (MD), Oregon (OR) and California (CA). Eight QTL were found that were either location specific or shared among locations. None of these QTL explained >36% of the phenotypic variation, indicating that the inheritance of day-neutrality is likely a polygenic trait. 相似文献
17.
一张含有315个SSR和40个AFLP标记的大豆分子遗传图的整合 总被引：6，自引：0，他引：6
本研究是基于“锚定SSR标记”作图策略,利用2个F2群体,选用592对SSR引物,对宛煜嵩等利用重组自交系群体Jinf构建的含有227个SSR标记的图谱的基础上进行整合。整合后的大豆分子遗传图包含315个SSR标记和40个AFLP标记,总图距为1951.7cM,相邻标记间的平均图距为5.48cM。整合后的遗传连锁图归属20个连锁群对应于大豆20条染色体,连锁群长度范围从40.8cM到184.4cM,标记数范围从11到41个。整合后的图谱新增加了87个SSR标记,其中A2、C1、C2、D1b和G连锁群有较多的标记增加。整合后的大豆分子遗传图谱中的标记顺序比原图谱与“公共图谱”有更好的线性符合度。本文还进一步对两种类型的作图群体的配合和不同作图软件的选用等问题进行了比较和深入的讨论。 相似文献
18.
A restriction fragment length polymorphism (RFLP) based linkage map of a cross between two diploid Hordeum bulbosum (2n = 2x = 14) clones, PB1 and PB11, was constructed from 46 recombinant progeny clones. Since both parents are heterozygous,
separate and combined parental maps were constructed. All of the RFLP markers screened had previously been mapped in barley
(H. vulgare L.) so that comparative maps could be produced. The PB1 linkage map consists of 20 RFLP marker loci assigned to four linkage
groups covering 94.3 cM. The PB11 linkage map consists of 27 RFLP marker loci assigned to six linkage groups covering 149.1
cM. Thirteen markers polymorphic in both parents were used as ‘anchors’ to create a combined linkage map consisting of 38
loci assigned to six linkage groups and covering a genetic distance of 198 cM. Marker order was highly conserved in a comparison
with the linkage map of H. vulgare (Laurie etal., 1995). However, in contrast, the genetic distances for the same markers were very different being 649 cM and
198 cM respectively, a genetic distance ratio of 1: 3.3. Thus although the map was short, it can be presumed to cover half
the genome of H. bulbosum. This study provides further confirmation of the close relationship between the two species and gives a basis for the development
of marker mediated introgression through interspecific hybridisation between the two species.
This revised version was published online in July 2006 with corrections to the Cover Date. 相似文献
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Yuki Monden Takuya Hara Yoshihiro Okada Osamu Jahana Akira Kobayashi Hiroaki Tabuchi Shoko Onaga Makoto Tahara 《Breeding Science》2015,65(2):145-153
Sweetpotato (Ipomoea batatas L.) is an outcrossing hexaploid species with a large number of chromosomes (2n = 6x = 90). Although sweetpotato is one of the world’s most important crops, genetic analysis of the species has been hindered by its genetic complexity combined with the lack of a whole genome sequence. In the present study, we constructed a genetic linkage map based on retrotransposon insertion polymorphisms using a mapping population derived from a cross between ‘Purple Sweet Lord’ (PSL) and ‘90IDN-47’ cultivars. High-throughput sequencing and subsequent data analyses identified many Rtsp-1 retrotransposon insertion sites, and their allele dosages (simplex, duplex, triplex, or double-simplex) were determined based on segregation ratios in the mapping population. Using a pseudo-testcross strategy, 43 and 47 linkage groups were generated for PSL and 90IDN-47, respectively. Interestingly, most of these insertions (~90%) were present in a simplex manner, indicating their utility for linkage map construction in polyploid species. Additionally, our approach led to savings of time and labor for genotyping. Although the number of markers herein was insufficient for map-based cloning, our trial analysis exhibited the utility of retrotransposon-based markers for linkage map construction in sweetpotato. 相似文献
20.
Increased labor costs and reduced labor pools for hop production necessitate the development of strategies that improve efficiency and automation of hop production. One solution for reducing labor inputs is the use of “short-trellis” hop varieties. Unfortunately, little information exists on the genetic control of this trait in hop, and there are no known molecular markers available for selection. This preliminary study was enacted to identify QTLs associated with expression of short-stature growth phenotype using SNPs identified within genome-assembled scaffolds. A bi-parental mapping population of 87 offspring was obtained from the cross, “Pioneer × 25/95/15”. Genotyping-by-sequencing was performed on parents and offspring. SNPs were identified using TASSEL v3.0 with either ‘Teamaker’ reference genome or ‘Shinsuwase’ genome. The genetic map derived from ‘Teamaker’ SNPs was far superior and was used for all further analysis. QTL analysis identified eight QTLs linked to short stature with five showing strong statistical association based upon three different statistical analyses. All eight QTLs were found on linkage group one. Evaluation of scaffolds containing SNP markers located at or surrounding QTL regions (±1 cM) identified 67 putative genes—several of which are known structural genes. A genome-wide scan of SNP markers identified an additional marker found on a scaffold containing a putative gene (Aspartyl protease family protein) known to induce dwarf characteristics in other species. Further validation of significantly associated markers on different populations is necessary prior to implementation in marker-assisted selection. 相似文献