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1.
烟草PPO蛋白具有功能多样性。为分析其功能,采用NetPhos、swissmodel和TargetP在线工具分析烟草PPO成员的磷酸化位点、三维结构和亚细胞定位。结果显示:NtPPO1、NtPPO2和Nt PPO3均含有丝氨酸位点、苏氨酸位点和酪氨酸位点,其中NtPPO1和NtPPO2的磷酸化位点数(63和64)及排列规律较为相似,而NtPPO3与其具有较大的差异;NtPPO1和NtPPO2的三维结构模板为4z11.1.A,而NtPPO3模板为4z12.1.A,此外,NtPPO1、NtPPO2和NtPPO3的β-折叠主要集中在序列的N端,具有类似于儿茶酚氧化酶的功能;NtPPO1和NtPPO2主要在线粒体中发挥功能。 相似文献
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为研究烟草PPO的理化特性,采用PROTPARAM、SMART和NPSA-PRABI工具解析烟草PPO成员的生理特性、结构域和二级结构。结果表明:烟草PPO为酸性氨基酸,NtPPO1、NtPPO2和NtPPO3属于不稳定的蛋白,其中以NtPPO1的耐热性相对较强,三者共同含量较高的氨基酸为亮氨酸和脯氨酸;NtPPO1、NtPPO2和NtPPO3均含有Tyrosinase、PPO1_DWL和PPO1_KFDV结构域,且NtPPO1和NtPPO2含有信号肽;烟草PPO成员的二级结构主要为无规则卷曲,其次是α-螺旋,各二级结构排列较为分散。 相似文献
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为从生物信息的角度研究烟草泛素激活酶E1,使用Sopma、Swiss model和Meme工具分析烟草泛素激活酶E1序列的二级结构、空间结构和保守基序。结果表明:烟草泛素激活酶E1的各成员中,以NtUAE2的α-螺旋含量最大,空间结构较为稳定;烟草泛素激活酶E1空间结构的主体结构具有3个分支,功能域位于其间,NtUAE1和NtUAE2空间结构模板为6dc6.2.A;NtUAE3的模板为3cmm.2.A;烟草泛素激活酶E1的保守基序中,Motif 3和Motif 4为泛素激活酶的催化半胱氨酸结构域。 相似文献
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《郑州牧业工程高等专科学校学报》2020,(1)
运用生物信息学对野菊花中植物生长调控因子(Growth Regulation Factors,GRF)基因家族成员的一些基本理化性质、蛋白质的亚细胞定位、进化树的构建、基因结构、保守结构域和保守基序、潜在磷酸化修饰位点以及蛋白质二级结构进行分析发现,野菊花GRF蛋白家族多数成员氨基酸数量相差不大,15个家族成员亚细胞定位均在细胞核。通过进化树构建、基因结构和保守基序、保守结构域分析发现,QLQ和WRC这两个结构域在大部分家族成员中存在,且亲缘关系相近的GRF家族成员所含有的保守基序也十分相似。 相似文献
6.
为从分子层面研究烟草Nt-GAD的氨基酸序列,采用Protparam、Interpro、Blast、Muscle、Phyml和Treedyn工具,分析烟草Nt-GAD氨基酸序列的理化特性、结构域和进化树。结果表明：烟草Nt-GAD成员的等电点均处于5.5～6之间,且Nt-GAD1和Nt-GAD2同源性最高,此外Nt-GAD2的耐热性最好,Nt-GAD3的稳定性最强;烟草Nt-GAD属于磷酸吡哆醛依赖性脱羧酶家族和谷氨酸脱羧酶家族,且具有磷酸吡哆醛依赖性转移酶同源超家族结构域,C末端存在独特区域钙调蛋白结构域,通过进化树分析烟草Nt-GAD成员被划分为三组,其中烟草Nt-GAD3(第一组)分化较为突出,而Nt-GAD2(第三组)则较为保守,而Nt-GAD1和Nt-GAD4被划分为第二组。 相似文献
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利用生物信息学方法,对萝卜全基因组SUS基因家族成员进行鉴定与表达分析,结果表明:1)从萝卜基因组中鉴定出7个SUS基因家族成员,且每个家族成员均包含3个保守基序,外显子数量为11～14个.2)根据进化树聚类结果,7个SUS基因家族成员可分为3大类,即SUS Ⅰ、SUS Ⅱ和SUS Ⅲ,它们分别包含2个、2个和3个SU... 相似文献
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烟草β-1,3-葡聚糖酶的蛋白序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
葡聚糖酶是分布较为广泛且参与植物生理活动的一类蛋白,研究烟草葡聚糖酶蛋白序列,对掌握其作用机制具有重要的意义。分别采用NETPHOS,SMART,MEM,CLUSTAL和MEGA工具检测并分析烟草葡聚糖酶的磷酸化位点、蛋白结构、保守基序和进化树。结果表明,Nt BGl均含有丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸的磷酸位点,其中Nt BGl-2磷酸位点最多(分别为25,8,4个);Nt BGl均含有信号肽和O-糖基水解酶结构域,能够参与多种碳水化合物代谢过程,具有水解酶活性和水解O-糖基化合物的功能;Nt BGl具有的核心保守基序区为Motif-1—Motif-2—Motif-7—Motif-5—Motif-3—Motif-4—Motif-6,Nt BGl-1和Nt BGl-2含有特异的Motif-8,Motif-9和Motif-10;烟草的葡聚糖酶与拟南芥聚为一类,且Nt BGl-1和Nt BGl-2属于亚组Ⅰ,Nt BGl-3属于亚组Ⅱ。 相似文献
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为了解桃AAAP基因家族成员的特征和功能,基于桃基因组,对桃AAAP基因家族成员进行理化性质、系统进化树、基因结构和保守基序以及染色体定位和共线性分析.结果表明,桃中共鉴定到AAAP家族成员101个,氨基酸序列范围在166～593个范围内,亚细胞定位表明AAAP成员全部定位在细胞内膜上;系统进化树分析显示桃AAAP成员... 相似文献