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对基于高通量测序拼接获得的99 741条四球茶嫩叶Unigenes进行了SSR(simple sequence repeats)位点分析,共揭示了23 732个SSR位点,分布于18 552条Unigenes中,SSR发生频率为23.79%;含有SSR位点的Unigenes的总长度为226 188 bp,SSR位点间的平均距离为1/2.07 kb,重复长度平均长度为9.53 bp。在四球茶转录组SSR中,二核苷酸重复和三核苷酸重复是主要的重复类型,分别占总SSRs的47.53%和25.92%;在181种重复基元类型中,优势重复基元分别是AG/CT、A/T、ACC/GGT,分别占总SSRs的41.38%、22.10%和6.49%,共占总SSRs的比例达69.97%。 相似文献
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【目的】鉴定花生RNA-seq数据中的SSR位点,明确转录组中SSR位点的分布和结构特点,开发与花生基因相关联的SSR标记,为花生重要功能基因的挖掘、等位变异研究和分子标记辅助育种奠定基础。【方法】根据栽培种花生全生育期中22种不同类型的组织RNA-Seq数据,使用MISA软件分析SSR位点分布及特征,采用Primer 3设计基因关联的SSR引物,并利用电子PCR软件对引物的质量进行检测,随机合成38对引物,进行多态性检测。【结果】从52 280条转录本中共鉴定19 143个SSR位点,分布于14 084条转录本,发生频率为26.94%。重复单元类型为单核苷酸—五核苷酸,以单核苷酸和三核苷酸为重复单元的SSR位点数最多,分别占位点总数的39.24%和38.40%。各重复单元优势基序类型分别为A/T、AG/CT、AAG/CTT、AAAG/CTTT和AACAC/GTGTT,占所在重复单元中的比例分别为97.62%、72.01%、30.96%、24.59%和16.67%。重复单元的重复次数为5—47次,单个SSR位点的长度的分布范围为10—47 bp,基序长度主要集中在10—14 bp;复合SSR位点的长度范围为21—249 bp,以31—40 bp为主。鉴定的SSR位点中共有13 477个SSR位点可以进行引物设计,其中5 020条转录本序列对应到特定的基因,共包含5 859个可进行引物设计的SSR位点,这些SSR位点在A基因组和B基因组共20条染色体上不均匀分布,其中B03染色体上SSR位点最多,为484个。对特定基因SSR引物进行电子PCR检测,在A.duranensis、A.ipaensis、A.hypogaea基因组中有效扩增位点分别为4 468、4 929和10 188个,有效引物数分别为3 968（67.74%）、4 232（72.25%）和5 174（88.33%）对,在A. hypogaea基因组中,SSR引物扩增位点主要以2个位点为主,其中,有1 477对引物单位点扩增。根据SSR引物扩增位点在栽培种花生基因组中的位置信息绘制了SSR位点的物理图谱。在38对SSR引物中,共有35对（92.1%）SSR引物可以扩增出清晰的条带,其中,有11对（28.9%）SSR引物在2个品种间扩增出差异条带。【结论】鉴定了13 477个可进行标记开发的SSR位点,开发、检测了5 859个基因相关SSR标记,在栽培种花生基因组中具有较高的扩增效率,并构建了基因相关SSR位点的物理图谱。 相似文献
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栽培种花生EST-SSR引物的开发及应用 总被引：1，自引：0，他引：1
从高油抗青枯病花生新品系"06-4104"构建的5个cDNA文库获得了63207条EST,经序列拼接,获得14547条Uni-EST。经MISA检索,在这些Uni-EST中共检测出2643个SSR位点,分布于2250条EST中,发生频率为15.5%,平均每3.1kbEST序列含有一个SSR位点。其中,三核苷酸重复类型出现频率最高,占SSR总数的49.1%,其次是二核苷酸重复类型,占SSR总数的45.8%。在发现的46类重复基序中,AG/TC重复基序的频率最高,AAG/TTC次之。利用Primer3从含有SSR的2250条EST中共设计引物100对,利用这些引物检测花生栽培品种的多态性。结果表明,在所设计的100对引物中有91对在供试的6个花生栽培品种中得到有效扩增,其中13对得到了多态性的扩增产物,每对引物检测出的等位基因数2～3个,平均2.2个。 相似文献
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目的 明确不同花生品种对氮素响应的特点。方法 本试验以来自全国各地的81份花生种质资源为材料,设置正常施氮与低氮胁迫2种大田试验处理,测定81份花生品种苗期的叶绿素含量及收获期的产量、干物质积累及农艺性状等19项指标。以测定的19项指标的氮响应系数为基础进行主成分分析,筛选出6个新的独立的综合指标,通过计算其隶属函数值与各综合指标权重得出花生氮敏感综合评价D值,通过聚类分析对花生品种进行分类。进一步分析不同类型花生品种的氮响应系数及指标间的相关性。结果 81份花生品种分为氮敏感型品种(13)、中间型品种(33)及氮不敏感型品种(35)。正常施氮处理下,氮不敏感型花生品种农艺性状的响应差异不显著,但氮敏感型和中间型花生品种产量及干物质积累的上升幅度显著高于氮不敏感型品种。不同性状的相关性分析表明,施氮主要通过影响花生干物质积累与分配及株型结构进而影响花生产量的形成。结论 花生苗期叶绿素含量、单株生产力与收获期干物质积累可作为花生氮敏感品种的筛选指标,研究结果可为花生氮高效品种的筛选与培育提供依据。 相似文献
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【目的】通过对四倍体野生种花生Arachis monticola（AABB,2n = 4x = 40）全基因组SSR位点搜索,研究其全基因组SSR分布特征及规律,开发并验证其全基因组SSR引物,为花生属植物遗传进化分析及重要性状分子标记开发提供依据。【方法】在华大基因GigaScience数据库下载A.monticola全基因组序列,并利用生物信息学软件MISA进行SSR位点搜索,Primer 3进行引物设计,通过电子PCR进行单位点SSR分析,并随机合成100对SSR引物验证通用性。【结果】SSR在四倍体野生种花生A.monticola基因组上共搜索到SSR位点676 878个,平均每3.8 kb就会出现一个SSR,分布于5 127条scaffold中,单核苷酸至六核苷酸均有分布,且数量上差异较大,以单碱基、二碱基、三碱基为主,三者占SSR总数的94.28%,其中单碱基重复数量最多,占46.71％,密度最高;六核苷酸重复数目最少,分布最稀疏。大多数SSR分布在基因间区,基因区SSR多分布于内含子区域;全基因组共鉴定出395个不同的重复基元,其中A亚基因组342种,B亚基因组356种;A/T是最丰富的重复基元;在1—6个核苷酸的重复基元中,数量最多的依次是A/T、AT/AT、AAT/ATT,AAAT/ATTT、AAAAT/ATTTT、AAAAAT/ATTTTT;整体来看,重复基元的重复次数多集中在50次以内,不同类型的motif的重复次数差异很大;同一种类型重复基元的SSR位点,随着motif重复次数增加,SSR的数量逐渐降低;B03染色体上SSR数量最多,A08染色体中SSR密度最高。A.monticola全基因组SSR比A.duranensis、A.ipaensis基因组SSR数量多,密度也更高,A.monticola单核苷酸重复最丰富,2个野生种二核苷酸数量最多。共设计出SSR引物192 303对,单位点SSR标记检出率50.35%,单点SSR标记在基因组上的分布呈现两端密集,中间稀疏的特点;随机合成的100对引物中,90对能在A. monticola中扩增出稳定清晰的条带,且在4份不同的花生基因组DNA中扩增目的条带表现出不同的特点。【结论】A.monticola基因组内SSR种类和数量丰富,单核苷酸至六核苷酸均有分布,单核苷酸重复基元数量最多,且最密,六核苷酸重复基元数量最少,出现频率最低,不同重复基元频数高低与核苷酸数量没有严格相关性,SSR多分布在基因间区,基因区内含子区域SSR数量最多;A.monticola A、B亚基因组具有其各自特异的重复基元类型;单个类型重复基元数量最多的均为AT富集的重复基元,而GC富集的重复基元相对较少;同一种类型重复基元的SSR位点,随着motif重复次数增加,SSR的数量逐渐降低;A.monticola全基因组SSR较2个二倍体野生种数量更多,密度也更高且重复基元分布规律不同;经过初步验证,开发的SSR引物在4份花生材料中表现出部分通用性。 相似文献
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Construction of Genetic Linkage Map Based on SSR Markers in Peanut （Arachis hypogaea L.） 总被引：3，自引：0，他引：3
HONG Yan-bin LIANG Xuan-qiang CHEN Xiao-ping LIU Hai-yan ZHOU Gui-yuan LI Shao-xiong WEN Shi-jie 《中国农业科学(英文版)》2008,7(8):915-921
Molecular genetic maps of crop species can be used in a variety of ways in breeding and genomic research such as identification and mapping of genes and quantitative trait loci （QTLs） for morphological, physiological and economic traits of crop species. However, a comprehensive genetic linkage map for cultivated peanut has not yet been developed due to the extremely low frequency of DNA polymorphism in cultivated peanut. In this study, 142 recombinant inbred lines （RILs） derived from a cross between Yueyou 13 and Zhenzhuhei were used as mapping population in peanut （Arachis hypogaea L.）. A total 652 pairs of genomic-SSR primer and 392 pairs of EST-SSR primer were used to detect the polymorphisms between the two parents. 141 SSR primer pairs, 127 genomic-SSR and 14 EST-SSR ones, which can be used to detect polymorphisms between the two parents, were selected to analyze the RILs population. Thus, a linkage genetic map which consists of 131 SSR loci in 20 linkage groups, with a coverage of 679 cM and an average of 6.12 cM of inter-maker distance was constructed. The putative functions of 12 EST-SSR markers located on the map were analyzed. Eleven showed homology to gene sequences deposited in GenBank. This is the first report of construction of a comprehensive genetic map with SSR markers in peanut （Arachis hypogaea L.）. The map presented here will provide a genetic framework for mapping the qualitative and quantitative trait in peanut. 相似文献
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SHAN Shi-hua WANG Hai-xia LI Chun-juan WAN Shu-bo LIU Hong-tao JIANG Guo-yong 《中国农业科学(英文版)》2006,5(6):478-482
There was an obvious relationship between seed testa structure, storage material and resistance to A. flavus of peanut. Results showed that seed testa of peanut germplasm with high resistance （HR） to A. flavus infection had thicker wax layer, integrated and tight epidermis layer, regular vascular tissue range. However, the seed testa of peanut germplasm with high sensitivity （HS） to A. flavus had the reverse results, and results of those with medium resistance （MR） to A. flavus lay in between, but changes of testa thickness were not significant among different resistance kinds. Results also showed that some seed storage materials were closely related with resistance potential to A. flavus. It seemed that varieties with higher resistance to A. flavus had higher oleic acid and protein content, lower linoleic acid and fat content. Content of palm acid, total sugar and VE did not show positive relationship with the resistance to A. flavus. 相似文献
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为了探讨花生连作后土壤中脂肪酸类物质的累积与花生连作障碍间的关系,为花生连作障碍机理的研究提供新的理论依据,以田间土壤为介质,采用盆栽试验的方法研究了花生根系分泌物中3种长链脂肪酸,即:豆蔻酸、软脂酸和硬脂酸的混合物,对花生植株生长、产量和土壤酶活性的影响。结果表明,当土壤中脂肪酸的初始含量较低时(80 mg/kg土),对花生植株的生长和产量有微弱的促进作用(P > 0.05),当土壤中脂肪酸的初始含量较高时(160 mg/kg土和240 mg/kg土),显著抑制了花生植株的生长和产量(P < 0.05)。叶片叶绿素含量、根系活力、土壤酶(蔗糖酶、脲酶、磷酸酶)活性在低脂肪酸含量处理下升高,在高脂肪酸含量处理下显著降低(P < 0.001)。光合产物、根际有效养分的减少和根系养分吸收能力的降低,可能是导致花生植株生长和产量降低的原因之一。花生连作土壤中豆蔻酸、软脂酸和硬脂酸的累积与花生的连作障碍有着密切关系。 相似文献
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为研究小麦-豆粕-花生粕型基础饲粮中添加不同水平单宁复合蛋白对1～48日龄黄羽肉鸡生长性能、血浆生化指标、免疫功能、抗氧化能力以及脂代谢的影响,540只初始体重为(40.33±0.05) g且健康状况良好的1日龄快大型麻黄肉公雏按照体重一致原则随机分为对照组(基础饲粮),单宁复合蛋白1组(基础饲粮添加300 mg/kg单宁复合蛋白),单宁复合蛋白2组(基础饲粮添加500 mg/kg单宁复合蛋白)共3个处理组,每组6个重复,每个重复30只鸡。试验期48 d。结果表明：1)不同处理组之间肉鸡生长性能差异不显著(P>0.05)。2)与对照组相比,单宁复合蛋白1、2组血浆中谷丙转氨酶(ALT)活性和尿酸(UA)含量均显著升高(P<0.05),且单宁复合蛋白2组血浆中葡萄糖(GLU)含量显著降低(P<0.05),单宁复合蛋白1组血浆中总胆红素(TBIL)含量显著降低(P<0.05)。3)与对照组相比,空肠黏膜中白细胞介素6(IL-6)含量在单宁复合蛋白1组中显著降低(P<0.05)。4)与对照组相比,单宁复合蛋白2组血浆中微量丙二醛(MDA)含量显著降低(P<... 相似文献
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由发病蛋鸡体内分离得到一株禽流感病毒,经PCR、血凝试验和免疫荧光鉴定为H9N2亚型,命名为A/Chicken/henanxy/2010(H9N2),病毒对SPF鸡无致病性,对其HA基因进行克隆测序,HA基因氨基酸裂解位点为PSRSSRGLF,符合低致病性禽流感的分类标准;并将HA基因和自GenBank读取的H9N2病毒的HA基因序列比较,表明河南分离株属于欧亚分支中的Y280-like分支,与A/Chicken/shandongHL/2010(H9N2)氨基酸同源性94.8%,可能是Y280-like个别核苷酸突变的一株。 相似文献
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以北柴胡根为试材,采用高通量转录组测序方法,获得uingene序列信息,研究分析SSR分布、基元特征,设计、验证EST-SSR引物的有效性,为开发、丰富EST-SSR分子标记奠定基础。结果表明：从北柴胡根转录组中共筛选到31 176个SSR位点,分布于21 732条unigenes,出现的频率为20.08%,分布密度为3.20个/10 kb,主要重复基元类型以二核苷酸最为丰富,共21 056个,占SSR位点总数的67.54%;其次是单核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR的19.05%和12.07%;四核苷酸～六核苷酸重复基元数量均较少。不同核苷酸基序类型共有131种基元,重复基元次数在5～11次的数量最多,占SSR总数的91.7%,且长度基本小于15 bp,其中AT/AT和AC/GT这两种基元在二核苷酸中出现频率最高。2 064条和1 004条含有SSR位点的unigenes分别注释到GO和KEGG通路,获得注释的基因功能主要与基础代谢相关。从22 090对具有潜在多态性的EST-SSR引物中,随机挑选20对引物对3个北柴胡种质DNA进行PCR扩增,扩增成功率最高达85%。北柴胡根转录组S... 相似文献
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LI Wei-tao JIANG Qian-tao CHEN Guo-yue PU Zhi-en LIU Ya-xi WANG Ji-rui ZHENG You-liang WEI Yu-ming 《中国农业科学(英文版)》2011,10(9):1313-1322
The Hina gene is one of the two known Hin genes for hardness, and its RNA expression is correlated with grain hardness and dry matter digestibility variation. In this study, only one clone of Hina gene was obtained from one barley accession. A total of 121 Hina gene sequences were isolated from 121 wild barley {Hordeum spontaneum) accessions in Israel, Iran, and Turkey, and then their molecular characteristics were compared with 97 Hina gene sequences from 74 cultivated barley (H. vulgäre) lines in Europe and 23 landrace (H. vulgäre) with global distribution and other 26 Hina gene sequences from cultivated barleys (H. vulgäre) with unknown global distribution. C/s-acting regulatory element (CARE) searching revealed that there were different types of regulatory element for the Hina gene in wild and landrace/cultivated barleys. There were six consistent cw-acting binding sites in wild and landrace/cultivated barleys, whereas 8 to 16 inconsistent TATA-boxes were observed. In addition, three special elements (E2Fb, Spl, and boxS) were only observed in wild barley, while one (AT 1 -motif) was only found in landrace/cultivated barley. Forty-four deduced amino acid sequences of HINA from wild and landrace/cultivated barleys were obtained by deleting repetitive amino acid sequences, and they were clustered into two groups on the basis of Neighbor-Joining analysis. However, there was no obvious difference in the amino acid sequences of HINA between wild and landrace/cultivated barleys. Comparing to protein secondary structure of wheat PINA, it was indicated that HINA also existed a signal peptide. In addition, HINA was a hydrophilic protein on the basis of the protein properties and composition. 相似文献
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根据铜藻转录组测序数据来进行微卫星标记的发掘,共获得2 800个微卫星位点。二碱基重复出现的次数最多,占32.82%,其次是三碱基重复,占25.21%;在所有重复单元类型中,AC/GT出现频率最高,占9.18%;重复序列的长度则主要集中在12～20 bp,占72.79%;重复次数主要集中在5～10次,占74.14%。随机选取74对引物进行验证,最终获得18个具有多态性的微卫星标记。对31株铜藻个体进行检测和评价,共扩增得到43个等位基因,每个位点平均等位基因数为2.39,平均有效等位基因数为1.91,平均观测杂合度(H_o)为0.318,平均期望杂合度(H_e)为0.449,平均多态信息含量(PIC)为0.365,在18个位点中有11个显著偏离Hardy-Weinberg平衡(P0.05)。开发的微卫星标记为后续铜藻多样性、起源和迁移等遗传学问题研究提供了有力支撑。 相似文献
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饲喂高蛋白饲粮对雏鹅盲肠微生物菌群的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】研究饲喂不同蛋白质质量分数的饲粮对雏鹅盲肠微生物菌群结构和数量的影响。【方法】选取1日龄雁鹅72只,随机分成3组:A、B和C组分别饲喂质量分数为16%、20%和24%的粗蛋白。在第14天每组取6只雁鹅盲肠内容物,进行细菌培养、分离和计数;另每组取3只雁鹅盲肠内容物,根据细菌16S rDNA的保守性设计引物,采用IlluminaHiSeq测序平台对细菌16S rDNA的V4区基因进行测序,根据序列进行微生物物种多样性分析。【结果】A、B和C组共获得1 066 175条高质量的细菌16S rDNA序列,3组共有操作分类单元(OTU)数目为1 013个,主成分1(PC1)对检测到的总微生物的贡献率为46.64%,主成分2(PC2)的贡献率为16.46%。门水平上的优势菌群为放线菌门Actinobacteria、拟杆菌Bacteroidetes、厚壁菌门Firmicutes、变形菌门Proteobacteria和疣微菌门Verrucomicrobia等;科水平上的优势菌群为拟杆菌科Bacteroidaceae、肠杆菌科Enterobacteriaceae、毛螺菌科Lachnospiraceae、疣微菌科Ruminococcacea和理研菌科Rikenellaceae;属水平上的优势菌群为艾克曼菌属Akkermansia、拟杆菌属Bacteroides、棒状杆菌Corynebacterium和乳酸菌属Lactococcus。与A组相比,C组双歧杆菌Bifidobacterium的数量显著降低(P0.05),C组大肠埃希菌Escherichia coli和沙门氏菌Salmonella数量显著升高(P0.05)。【结论】饲喂高蛋白饲粮使雏鹅盲肠微生物菌群多样性和丰度发生变化,使双歧杆菌和乳酸杆菌的数量减少,使大肠埃希菌和沙门氏菌数量增加。 相似文献
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利用MISA(Micro SAtelite)软件对测序得到的蒙药冷蒿转录组序列143 700条跨叠群(contigs)进行简单重复序列(SSR)位点的挖掘,发现3 614条序列含有3 753个SSR位点,发生频率为2.51%,共有122种重复基元,平均每18.46 kb出现1个SSR位点。冷蒿转录组序列的SSR主要集中在三核苷酸重复(56.12%),其次是二核苷酸重复(31.60%)。AC/TG、AT/TA、CA/GT、AAT/TTA和AAC/TTG是二核苷酸、三核苷酸中的优势重复基元。冷蒿转录组SSR以5~12次重复为主,基序长度主要集中于12~36 bp。冷蒿转录组共注释43 415个contigs,其中578个SSRs位于编码区,主要以三核苷酸重复为主(397,68.69%)。从分子水平和生物信息学角度介绍了蒙药冷蒿转录组SSR信息的开发利用,其出现频率高、重复类型丰富,将为冷蒿的分子标记辅助育种、遗传多样性分析、遗传图谱构建和功能基因挖掘提供了候选序列。 相似文献
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以粗榧种子为试材,分析不同浓度的粗榧种子油脂提取物对常用食用油(核桃油、大豆油和花生油)过氧化值的影响,并与维生素E抗氧化性进行比较,探究粗榧种子油脂的抗氧化性,并通过气相色谱(GC)和高效液相色谱(HPLC)分别测定粗榧种子油脂的脂肪酸组成与脂溶性维生素质量分数。结果表明:粗榧种子出油率达31.45%,高于大豆等油料作物;3种食用植物油在16d内的抗氧化效果均随粗榧种子油脂提取物添加量的增加而增强,而粗榧种子油的过氧化值几乎没有变化;在核桃油中进行粗榧种子油脂和维生素E抗氧化性比较发现,粗榧种子油抗氧化性明显高于维生素E。此外,GC分析结果表明,粗榧种子油的脂肪酸组成以棕榈酸质量分数最高,达24.31%,其次是质量分数不等的硬脂酸(12.74%)、珠光脂酸(8.18%)、十五烷酸(7.69%)等脂肪酸;HPLC检测结果表明:粗榧种子油脂中维生素E质量分数为9.73mg/kg,维生素A质量分数为0.63mg/kg。可见,粗榧是一种天然抗氧化物质的良好来源,值得进一步开发和利用。 相似文献
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【目的】分析叶蝉EST序列信息,为其分子标记体系建立、遗传图谱构建及相关致害基因挖掘奠定基础。【方法】利用生物信息学技术对NCBI数据库中的4种叶蝉亚种EST序列进行SSR基序分析与统计,并对筛选出的SSR基序区段进行引物设计,开发出SSR标记。【结果】11044条叶蝉EST序列的总长为5866kb。按照引物筛选设定的参数,筛选获得1946条含有SSR基序的EST序列,占总EST序列的17．6％;其中包含2230个SSR基序并全部获得相应的SSR引物,平均间距为2．63kb。在2～5个核苷酸重复中,3个核苷酸重复为优势基序,占总基序的77．3％,尤以AAT类最丰富,占3个核苷酸重复总数的40．7％;双核苷酸重复中,AG类所占的比例最大,为39．1％。【结论】从叶蝉EST序列中筛选获得2230个SSR引物,以3个核苷酸重复基序所占比重最大。 相似文献
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为了利用生物信息学方法筛选绵羊微卫星标记,利用SSRIT和SSRFinder软件对绵羊UniGene数据库的4 081个簇进行搜索,筛选绵羊EST-SSRs标记。结果表明,从绵羊UniGene数据库中搜索到微卫星136个,含有微卫星的序列121个,占整个EST序列数据库的3.0%,其中双碱基重复47个,三碱基重复54个,四碱基重复3个,五碱基重复4个,六碱基重复28个。在这些微卫星序列中,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,CTG重复在三碱基类型中最常见,分别占双碱基和三碱基微卫星序列总数的64%和29%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物30对,在设计的30对引物中,20对引物有扩增产物,且条带清晰,其中有2对引物在小尾寒羊品种内呈现多态。 相似文献
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为明确气化渣与花生壳添加对作物生长的影响,实现气化渣与花生壳的资源化利用,本研究以气化粗渣和腐熟的花生壳为添加材料进行小白菜风沙土盆栽试验,研究了气化渣、花生壳和风沙土不同配比条件下小白菜的生长特征(出苗率、建值率、生物量)。结果表明：(1)与未添加气化渣处理相比,气化渣添加量占比为5%处理下,小白菜建植率显著提高,且生物量最大。(2)花生壳添加对小白菜出苗率和建植率无显著影响,但5%的花生壳添加量可有效提高小白菜的生物量。(3)隶属函数法分析表明,当气化渣与花生壳的添加总量与沙土量的比值为5%,气化渣占气化渣和花生壳添加总量的33%时,小白菜的综合生长状况最佳。该研究结果可为气化渣的资源化利用提供一定参考。 相似文献