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【目的】分析灵芝属（Ganoderma）真菌的线粒体基因组特征及进化,为灵芝属物种分类、分子进化和系统发育分析提供理论依据。【方法】基于灵芝属真菌15个线粒体基因组序列,利用MEGA X、MISA、mVISTA、MAFFT、DnaSP、PAML X和IQ-TREE等生物信息学软件对基因组特征、序列多态性、简单重复序列（SSR）、基因进化和系统发育进行分析。【结果】灵芝属真菌线粒体基因组全长为50603~124588 bp,GC含量为25.4%~27.3%,含有15个保守的蛋白编码基因（PCG）、2个rRNA基因和25~29个tRNA基因。SSR主要由AT构成,单核苷酸重复类型比例最高,其次为三核苷酸重复和四核苷酸重复。种间线粒体基因组序列差异较大,非编码区的变异水平高于编码区,nad6、nad3和cob基因编码序列的变异度较高,内含子长度与线粒体基因组大小呈显著正相关。15个保守的线粒体蛋白编码基因主要受纯化选择影响,其中cob、cox1和nad2基因含有正选择位点。基因编码偏好A/T含量高的密码子,27个高频密码子中,13个以A结尾,14个以T结尾。系统发育分析结果显示,灵芝属真菌主要分为2个聚类组,其中紫芝、狭长孢灵芝和G.wiiroense聚为一组;喜热灵芝、白肉灵芝和铁杉灵芝聚成一支,与树舌灵芝、梅氏灵芝、四川灵芝和亮盖灵芝构成姊妹类群,共同构成另一组。【结论】灵芝属真菌的线粒体基因组在进化过程中发生明显的遗传变异,基因组长度主要与内含子插入和删除有关,蛋白编码基因密码子使用偏性强。 相似文献
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应用DNA序列研究昆虫的系统发育和进化规律已成为当今分子系统学研究的热点，结合国内外最新研究成果对线粒体基因和核基因在蝶类分子系统学中的应用进行系统归纳和总结。主要从线粒体基因(常用分子标记如：16S rDNA、Cyt b、COⅠ、COⅡ、ND5等)以及线粒体基因组、核基因［常用分子标记如：28S rDNA、视蛋白(OPS1)基因、周期(Period)基因、丙糖磷酸异构酶(Tpi)和甘露糖磷酸异构酶(Mpi)基因、延长因子(EF-1α)基因、无翅基因(Wingless)等］、多基因联合等3方面阐述蝶类不同分类阶元系统发育研究的进展。线粒体基因与核基因、多基因联合分析已成为当前蝶类分类和系统关系研究的主要手段，未来更多基因片段将被用于蝶类分子系统学研究，更多的蝶类线粒体基因组全序列将被测序；最后，也探讨了目前分子系统学研究中存在的一些问题。 相似文献
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应用DNA序列研究生物的系统发育和进化规律成为当前分子系统学研究的热点,在现阶段的研究中,线粒体DNA序列分析已经被广泛的的用于林蛙的系统学研究,成为研究系统发育以及生物地理演化的重要手段,但核基因在系统发育研究中的作用不可忽视。近些年来研究者们发现核基因包含有更加丰富的生物学信息,运用核基因序列或将核基因序列与线粒体基因序列相结合研究两栖动物的系统发育正成为分子系统学领域的新的发展趋势。正因为对林蛙的研究多只局限于线粒体DNA,使得研究结果并不完善甚至存在一定的问题,因此需要借鉴研究者对其他两栖类的研究经验,利用核基因与线粒体基因结合对中国林蛙进行进行系统研究。 相似文献
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通过测序分析了福周艾蕈甲的线粒体基因组结构,并基于线粒体基因组数据,分别利用最大似然法和贝叶斯法重建了扁甲总科的系统发育树,内群包含扁甲总科的50种昆虫,外群为2种象甲总科昆虫。结果表明：福周艾蕈甲的线粒体基因组包含37个基因[13个蛋白质编码基因、2个核糖体RNA(rRNA)基因和22个转运RNA(tRNA)基因]和1个非编码控制区;整个线粒体基因组全长为15 716 bp(GenBank序列号：OP354255)。13个蛋白质编码基因中除cox1和nad1的起始密码子为TTG外,其余以ATT、ATA或ATG为起始密码子;4个蛋白质编码基因cox1、cox3、nad5和nad4的终止密码子为T或TA,其余9个蛋白质编码基因的终止密码子为TAA或TAG。除trnS1因缺少二氢尿嘧啶(DHU)臂而无法构成稳定的三叶草结构外,其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构;trnS1的反密码子不是常见的GCU,而是UCU。rrnL基因的全长为1 281 bp, A+T含量为81.73%;rrnS基因的全长为761 bp, A+T含量为79.50%。两种系统发育分析方法构建的系统发育树基本一致：大... 相似文献
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基于ITS和18S rRNA基因片段对我国网柄细胞状黏菌进行分类学研究。以11种网柄细胞状黏菌为研究对象,对网柄菌进行多基因片段的扩增与分析,并构建系统发育树。共得到基因序列42条,其中ITS基因序列26条,18S rRNA基因序列16条,系统发育树表明,在物种鉴定上,分子系统学方法具有较高的准确性,但是亲缘关系分支与形态分类学并不完全一致。 相似文献
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为了从线粒体基因组水平探讨小片蝽Sciocoris lateralis在蝽科的分类地位,丰富蝽科线粒体基因组基本数据,为蝽科系统发育进化研究提供一定的理论依据,通过高通量测序,首次测定并分析了小片蝽完整线粒体基因组（Genbank登录号：OP531920）,提取蝽科物种的13个蛋白编码串联序列（PCGs）,使用最大似然法、贝叶斯法构建系统发育树。结果显示,小片蝽昆虫的线粒体全基因组长度为15 445 bp,包括13个蛋白编码基因（Protein-codinggenes,PCGs）、2个rRNA基因（ribosomeRNAs,rRNAs）、22个tRNA基因（transferRNAs,tRNAs）和1个控制区（Control region）。小片蝽线粒体基因组结构排序与其他蝽科物种一致,均无基因重排现象。小片蝽线粒体全序列AT含量为74.26%,GC含量为25.74%。13个蛋白编码基因中,cox1、nad1和nad6的起始密码子为TTG,其余10个蛋白编码基因的起始密码子是ATT、ATA、ATG。在所测得的tRNA基因中,trnS1和trnV缺失DHU臂,其他20个tRNA均能折叠形成... 相似文献
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侧耳属蕈菌是具有重要经济价值的食用大型真菌。侧耳属种类繁多,系统发育关系一直不甚明确,给科学研究和学术交流带来困难。可用于侧耳属蕈菌分子系统发育研究的基因片段很多,核糖体DNA(rDNA)的部分序列已成为国际公认的较为理想的系统发育标记。rDNA的内转录间隔区(Internal transcribed spacers,ITS)、大亚基(Large subunite rDNA,LSU rDNA)片段(即28S rDNA)等是在侧耳分子系统发育与分类研究中采用较多的序列,为侧耳属系统发育研究提供了可靠的标记手段。更深入的分子系统发育研究将为侧耳的分类工作奠定坚实的基础。 相似文献
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【目的】探究锯谷盗Oryzaephilus surinamensis的线粒体基因组结构特征及扁甲总科的系统发育关系。【方法】利用下一代测序方法获得了锯谷盗线粒体基因组的全序列，并基于扁甲总科65个物种(内群)和2个象甲总科物种(外群)的13个蛋白质编码基因、通过最大似然法和邻接法构建扁甲总科的系统发育树。【结果】锯谷盗的线粒体基因组包含37个基因(13个蛋白质编码基因、22个tRNA基因和2个rRNA基因)和一段控制区。整个线粒体基因组全长为15 711 bp(GenBank登录号：OM215199)。锯谷盗线粒体基因组的3个蛋白质编码基因(cox1,nad2和nad1)的起始密码子是ATC或GTG,其余10个蛋白质编码基因都是以ATT或ATG开头；cox1,cox2,nad2,cox3和nad3以不完整的终止密码子T结尾，其余蛋白质编码基因以完整的终止密码子TAA或TAG结尾。除trnS1因缺少DHU臂而形成一个简单的环，无法形成稳定的三叶草结构外，其余tRNA基因均能形成典型的三叶草结构。此外，trnS1的反密码子不是常见的GCU,而是UCU。rrnL基因的全长为1 281 bp,... 相似文献
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回顾了真藓科植物经典分类及其分子系统学研究进展,根据基因组的结构特性,选择适用于不同分类阶元的基因及内含子或基因间隔区DNA序列,并开展多基因联合分析,再结合形态学研究提供的系统发育的信息证据,以期最终合理解释真藓科的系统发育规律。 相似文献
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线粒体DNA基因序列是研究昆虫属、种间系统发育理想的分子标记,其中12SrRNA、16SrRNA、COⅠ、COⅡ和ND5是应用频率最多的分子标记。综述了在昆虫分子系统学中应用较广的线粒体DNA标记基因及其研究范围和进展,分析了线粒体DNA的昆虫样本、标本的保存以及在应用中存在的问题。 相似文献
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研究了铬胁迫对2个玉米品种种子萌发初期的一些生理生态特征的影响,结果表明:随铬处理浓度的增大,紫香糯、白糯玉米种子萌发率、幼苗株高、根长、鲜物质量和干物质量均逐渐降低;脯氨酸、吸收铬量、可溶性蛋白质、超氧负离子(O2-)、丙二醛(MDA)含量逐渐上升,超氧化物歧化酶(SOD)、过氧化物酶(POD)和过氧化氢酶(CAT)活性则逐渐增加,但抗坏血酸和硝酸还原酶活性在2个品种玉米中变化趋势差异较大。2个玉米品种对Cr3 毒害的反应表现不同,紫香糯抗性较强,白糯抗性较弱。 相似文献
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研究报道了禾本科小麦族物种Psathyrostachys huashanica和Pseudoroegneria strigosa的细胞色素c成熟蛋白亚基ccmFN基因部分序列。序列分析显示,Psathyrostachys huashanica和Pseudoroegneria strigosa的ccmFN序列相似性为99%。它们与小麦的ccmFN具有98%的相似性,与水稻和玉米分别有97%和93%的相似性。还讨论了该基因具有的系统学意义。 相似文献
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[目的]获得玉米(Zea mays)的丙酮酸磷酸双激酶基因(以下简称ppdk),并对其进行生物信息学分析.[方法]使用Trizol提取玉米SC704的总RNA,并用特异引物对其进行RT-PCR扩增,将得到的cDNA片段连接到pGEM-T载体后转化大肠杆菌DH5α,然后对阳性克隆进行测序,并对序列进行生物信息学分析.[结果]获得的玉米PPDK基因CDS全长2781bp,与玉米z561ppdk基因同源性为99;;其编码的多肽链包含926个氨基酸,与玉米PPDK同源性为97;.[结论]克隆了玉米C4型丙酮酸磷酸双激酶(PPDK)基因,它所编码的氨基酸序列具备PPDK蛋白的保守序列和催化活性中心区域.该基因的成功克隆为今后利用其改造C3植物的光合效率以提高粮食单产奠定了良好的基础. 相似文献
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《湖南农业大学学报(自然科学版)》2007,(Z1)
Southern corn rust(SCR) caused by Puccinia polysora Underw and maize stalk rot caused by Pythium inflatum Matthews(MSR-2) are two destructive diseases of maize(Zea mays L.) in China.Our previous studies indicated that maize inbred line Qi319 is highly resistant to SCR but susceptible to MSR-2,while inbred line 1145 is highly resistant to MSR-2 but susceptible to SCR.The SCR resistant gene(RppQ) in Qi319 and MSR-2 resistant gene(Rpi1) in 1145 have been mapped on chromosome 10 and 4 respectively.In this resea... 相似文献
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甜质型与普通型玉米籽粒发育过程中糖代谢相关酶活性的比较 总被引：10，自引：0，他引：10
对甜质型(Zea mays L. Seccharata Sturt)和普通型玉米（Zea mays L. Indentata Sturt）籽粒发育过程中蔗糖代谢和淀粉合成相关酶活性的变化动态进行了比较研究。结果表明，甜质型玉米籽粒发育过程中，蔗糖合成酶（SS）（包括合成与降解两个方向）和酸性蔗糖转化酶（Invertase）活性高于普通型玉米。甜质型玉米籽粒腺苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶（ADPG-PPase）、尿苷二磷酸葡萄糖焦磷酸化酶（UDPG-PPase）、可溶性淀粉合成酶（SSS）活性高于普通型玉米，而束缚态淀粉合成酶（GBSS）、淀粉分支酶（SBE）和淀粉脱分支酶（SDE）活性低于普通型玉米，甜质型玉米SDE活性低是大量积累水溶性多糖（WSP）的直接原因，总淀粉积累量少和直链淀粉比例小是GBSS、SBE、SDE综合作用的结果。 相似文献
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A rapid replication of mitochondria (20- to 40-fold increase) occurs between the precallose and tetrad stages in the tapetum of N and T corn (Zea mays) anthers, followed by mitochondrial, tapetal, and pollen breakdown in T anthers. It is suggested that the altered DNA in T mitochondria may malfunction under these stress conditions. 相似文献
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[目的]获得玉米的PEPC基因,并对其生物信息学进行分析。[方法]使用RT-PCR方法由玉米中获得PEPC全长c DNA,构建克隆载体后进行测序,并对其序列进行生物信息学分析。[结果]获得的玉米PEPC基因CDS全长2 913 bp,编码的多肽链包含970个氨基酸,为疏水性氨基酸,由α-螺旋(61.44%)、无规则卷曲(34.43%)和延伸链(4.12%)组成,定位于细胞质,不存在跨膜结构域,其175~970位氨基酸组成了磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶的功能结构域,在173~184、597~609位具有2个磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶活性位点。[结论]该研究克隆了玉米C_4型丙酮酸磷酸双激酶(PPDK)基因,它所编码的氨基酸序列具备PPDK蛋白的保守序列和催化活性中心区域。 相似文献
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甜质型和普通型玉米籽粒发育过程中糖组分比较研究 总被引：9，自引：1，他引：9
利用高效液相色谱 (HPLC)技术比较分析了甜质型 (ZeamaysL .SeccharataSturt)和普通型玉米 (ZeamaysL .IndentataSturt)籽粒中糖组分的动态变化规律。结果表明 ,籽粒发育初期 (授粉后 10d) ,2类型间糖组分差异不显著 ,均含有水溶性多糖 (WSP)、蔗糖、果糖、葡萄糖、山梨醇和甘露醇 ;授粉 2 0d后 ,甜质型玉米能积累 2种聚合度不同的WSP(其保留时间分别为 5 .2 8和 5 .98min) ,而普通型玉米仅有其中的 1种 (保留时间为 5 .98min) ;整个籽粒发育过程中未测得麦芽糖。甜质型玉米随籽粒发育其可溶性总糖 (TSS)含量增加 ,而普通型玉米的含量降低 ,其中WSP、蔗糖、葡萄糖、果糖、甘露醇、山梨醇在 2类型玉米籽粒发育过程中的动态变化不同。甜质型玉米的直链、支链淀粉含量较普通型玉米少 ,其中直链淀粉含量随籽粒发育而降低 ,支链淀粉含量则升高。 相似文献
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质体乙酰辅酶A羧化酶(ACCase)催化长链脂肪酸的合成。编码小麦质体ACCase的基因(Acc-1)已用于一年生小麦的系统与进化研究,但还未有多年生物种相应的研究报道。本研究发现,Elymus wawawaiensis的Acc-1基因第8外显子和第7内含子与其他已知该序列相比除核苷酸替代外,多了176个碱基,从而与现有已知的一年生小麦相应序列有显著差异。在NCBI中对该序列和已报道的Acc-1基因相应序列blast比对后,结果表明与Hordeum vulgare Acc-1具有87.15%的最高相似性。以Panicum virgatum、Zea mays和Lolim rigidum为外类群,最大简约法(MP)和邻接法(NJ)对该基因和已报道的Acc-1基因分别构建系统进化树,其中E.wawawaiensis和H.vulgare形成一个分支,自展支持率100%。研究同时表明该基因在小麦族多年生物种系统与进化研究中有重要的应用前景。 相似文献