利用siRNA高通量测序技术检测烟草病毒   总被引：2，自引：1，他引：1  

王芳  周本国  许大凤  高正良 《植物病理学报》2015,45(1):97-100

<正>烟草是我国的主要经济作物之一,病毒病是烟草生产上的重要病害。常见的烟草病毒主要有马铃薯Y病毒(Potato virus Y,PVY)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)、烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus,TMV)、烟草脉带花叶病毒(Tobacco vein banding mosaic virus,TVMBV)等[1]。此外,近年来在烟草上还发生一些新的病毒病害,如南美红辣椒脉斑驳病毒(Chilli veinal mottle virus,ChiVMV)[2]、番茄环纹斑点病毒(Tomato zonate spot virus,ZTSV)[3]和番茄斑萎病毒(Tomato spotted wilt virus,TSWV)[4]。这些病毒  相似文献   

利用小RNA测序技术鉴定吉林省甘薯病毒     

张春雨  李小宇  刘峰  王永志 《植物保护》2021,47(3):165-169

在吉林省7个主要甘薯种植区共采集85份甘薯叶片样品,利用小RNA深度测序技术对混合样品进行检测,经RT-PCR和测序验证,鉴定出样品中存在10种病毒,包括6种RNA病毒和4种DNA病毒。分别是马铃薯Y病毒科马铃薯Y病毒属的甘薯羽状斑驳病毒Sweet potato feathery mottle virus (SPFMV)、甘薯潜隐病毒Sweet potato latent virus (SPLV)、甘薯G病毒Sweet potato virus G (SPVG)、甘薯C病毒Sweet potato virus C (SPVC)、甘薯2号病毒Sweet potato virus 2 (SPV2);长线形病毒科毛形病毒属的甘薯褪绿矮化病毒Sweet potato chlorotic stunt virus (SPCSV);双生病毒科菜豆金色花叶病毒属的甘薯曲叶病毒Sweet potato leaf curl virus(SPLCV);玉米线条病毒属的甘薯无症状1号病毒Sweet potato symptomless virus 1 (SPSMV1);花椰菜花叶病毒科杆状DNA病毒属的甘薯杆状DNA病毒B Sweet potato badnavirus B (SPBV-B)和甘薯隐症病毒Sweet potato pakakuy virus (SPPV)。  相似文献   

河南温县地黄上瓜类褪绿黄化病毒的鉴定及其CP序列分析     

庄新建  郭枭  丁诗文  董卓倬  贺振  张坤 《植物病理学报》2022,52(2):296-300

<正>0引言地黄(Rehmannia glutinosa Libosch．)为玄参科(Scrophulariaceae)多年生草本植物,根部为传统中药材,主要产区分布在山东、山西、河南、河北、北京等地。地黄栽培中通常使用块根进行无性繁殖,易导致病毒病积累发生,从而严重影响地黄的产量与质量^[1]。目前侵染地黄的植物病毒主要有烟草花叶病毒(tobacco mosaic virus,TMV)、地黄花叶病毒(rehmannia mosaic virus,ReMV)、油菜花叶病毒(youcai mosaic virus,YoMV)、蚕豆萎蔫病毒2号(broad bean wilt virus 2,BBWV2)、车前草花叶病毒(plantago asiatica mosaic virus,P1AMV)等^[2]。  相似文献   

从葎草中检出复合侵染的多种病毒   总被引：2，自引：0，他引：2  

青玲  杨水英  孙现超  王进军  周常勇 《植物保护》2009,35(4):138-139

采用抗原直接包被酶联免疫吸附测定法（ELISA）对采自重庆近郊的34个葎草样品进行了主要病毒种类的检测。其中马铃薯Y病毒(Potato virus Y, PVY)的侵染最普遍,其阳性检出率达44.12%;马铃薯X病毒(Potato virus X, PVX)的阳性检出率最低,仅为26.47%,其余5种病毒,烟草花叶病毒(Tobacco mosaic virus, TMV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus, CMV)、番茄花叶病毒(Tomato mosaic virus, ToMV)、芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus, TuMV)及蚕豆萎蔫病毒2号(Broad bean wilt virus 2, BBWV-2)的阳性检出率均为35.29%。葎草样品受多种病毒的复合侵染现象非常严重,15个阳性样品中病毒复合侵染率为80%,其中75%的样品检测到7种病毒复合侵染。  相似文献   

高通量测序发现河南开封、中牟西瓜病毒病由多种病毒复合侵染导致   总被引：2，自引：2，他引：0  

姜军  吴楠  辛敏  曹孟籍  王锡锋 《植物病理学报》2020,50(3):286-291

 调查发现河南省开封市祥符区和郑州市中牟县西瓜田病毒病严重发生,症状表现为叶片黄化、蕨叶、皱缩、卷曲,枝梢翘起,果实变小和瓜纹不清。为明确其病毒种类,通过小RNA测序及生物信息学分析发现采集的西瓜样本中存在8种病毒。其中包括5种已知病毒:小西葫芦黄花叶病毒(Zucchini yellow mosaic virus, ZYMV)、甜瓜蚜传黄化病毒(Melon aphid-borne yellows virus, MABYV)、西瓜花叶病毒(Watermelon mosaic virus, WMV)、黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mo-saic virus, CGMMV)和西瓜隐潜病毒(Citrullus lanatus cryptic virus, CiLCV);3种为新检出的RNA病毒:西瓜病毒A(Watermelon virus A, WVA)、西瓜皱叶相关病毒1号(Watermelon crinkle leaf-associated virus 1, WCLaV-1)和西瓜皱叶相关病毒2号(Watermelon crinkle leaf-associated virus 2, WCLaV-2)。RT-PCR检测田间66个西瓜标样发现,WMV、CiLCV和ZYMV是侵染两地西瓜的主要病毒,其阳性检出率分别为61%、56%和52%,两种及以上病毒复合侵染的比率达68%。  相似文献   

甘薯病毒2中国分离物全基因组序列克隆及遗传进化分析     

秦艳红  乔奇  王爽  张德胜  王永江  田雨婷  张振臣 《植物病理学报》2020,50(4):505-508

正甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)是马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员。SPV2也称为甘薯脉花叶病毒(ipomoea vein mosaic virus,IVMV)和甘薯Y病毒(sweet potato virus Y,SPVY)~[1],是甘薯上常见的病毒之一。SPV2病毒粒体为线条状,长度为850 nm,在细胞质中形成风轮状或卷轴状内含体~[2]。SPV2可由桃  相似文献   

北京月季病原病毒的高通量测序鉴定和RT-PCR检测   总被引：1，自引：1，他引：0  

张秀琪  刘松誉  杨一舟  李梦林  胡安安  刘唱  张宗英  韩成贵  王颖 《植物病理学报》2021,51(4):525-535

 本研究利用高通量测序技术对北京地区的月季染病样品进行了病毒鉴定,通过序列比对和拼接获得了李属坏死环斑病毒(prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、苹果茎沟病毒(apple stem grooving virus,ASGV)、柑橘碎叶病毒(citrus tatter leaf virus,CTLV)、月季黄叶病毒(rose yellow leaf virus,RYLV)、月季黄花叶病毒(rose yellow mosaic virus,RoYMV)、月季潜隐病毒1(rose cryptic virus1,RCV1)和玫瑰黄脉病毒(rose yellow vein virus,RYVV)等7种已知病毒和2种未知病毒的序列信息。分别对PNRSV,ASGV和RYLV园博园分离物的外壳蛋白基因进行系统进化分析,结果表明PNRSV-YBY归属于PV32组,ASGV-YBY归属于Ⅰ组,RYLV-YBY为玫瑰叶畸形病毒(Rosa rugosa leaf distortion virus, RrLDV)的一个新的分离物。对中国农业大学校园、北京植物园、北京动物园和北京园博园的37份样品进行了PNRSV、ASGV和RYLV的RT-PCR检测,检出率分别为41.7%、44.4%和10.8%。本研究初步明确了侵染北京月季的病毒种类和侵染情况,为月季病毒病的检测和防控提供参考。  相似文献   

山东泰安甜樱桃“花叶病”树体症状观察及病毒检测     

王文文  宗晓娟  魏海蓉  王甲威  朱东姿  谭钺  刘庆忠 《植物保护》2015,41(2):97-101

为了探明山东泰安患有"花叶病"的甜樱桃树体内感染病毒的种类,本研究以嫁接在3种不同砧木上的甜樱桃品种‘红灯’叶片为试验材料,提取植物样本总RNA,采用随机六聚体引物反转录,选取10种甜樱桃病毒作为检测对象,根据各病毒基因组序列设计特异引物,进行RT-PCR检测。结果显示,10种甜樱桃待检病毒中,5种病毒检测结果呈阳性,分别为PNRSV(Prunus necrotic ringspot virus,PNRSV)、PDV(Prune dwarf virus,PDV)、CVA(Cherry virus A,CVA)、CGRMV(Cherry green ring mottle virus,CGRMV)、LChV-2(Little cherry virus-2,LChV-2),各病毒检出率较高。各"花叶病"甜樱桃样品均至少同时感染2种病毒,多病毒复合感染比例较高。  相似文献   

浙江省马铃薯病毒病检测分析     

陈莹  田艳珍  王芳  胡淑珍  陈步扬  彭杰军  鲁宇文  燕飞  陈剑平 《植物保护》2020,46(5):110-115

马铃薯病毒病是影响马铃薯产量和品质的主要因素之一,其症状表现为花叶、黄化和卷曲等。2019年4月-5月,在浙江省湖州、杭州、绍兴、宁波、金华、台州和丽水等7个地市的主要马铃薯产区采集了具有典型病毒病症状的马铃薯样品,采用转录组测序和RT-PCR验证的方法进行病毒检测,共筛查并验证出6种马铃薯病毒,包括马铃薯X病毒Potato virus X(PVX)、马铃薯Y病毒Potato virus Y(PVY)、马铃薯S病毒Potato virus S(PVS)、马铃薯H病毒Potato virus H(PVH)、马铃薯M病毒Potato virus M(PVM)以及马铃薯奥古巴花叶病毒Potato aucuba mosaic virus(PAMV)。检测结果表明,在调查的这7个地市中每个地市都具有2种以上的病毒发生,其中PVH作为一种新鉴定的麝香石竹潜隐病毒属成员在除宁波以外的各地区都有发生;此外杭州市、湖州市以及绍兴市均检测出了PAMV。对检测到的PVS、PVH、PVM和PAMV外壳蛋白(coat protein,CP)序列进行系统发育分析表明,这些病毒均存在地域差异性。本研究为浙江省马铃薯病毒的防控奠定了重要基础。  相似文献   

湖北甘薯病毒病的检测与鉴定   总被引：2，自引：0，他引：2  

彭小琴  王浩然  张俊  张玮华  郭灵芳  方守国  章松柏 《中国植保导刊》2017,(8):20-23

2013—2015年采集了湖北黄冈、鄂州、武汉、荆州以及宜昌等5个地区的甘薯病毒病样品,通过双生病毒通用引物PCR扩增、ds RNA技术和序列分析等方法,鉴定了这5个地区甘薯病毒病的病原。结果显示,甘薯羽状斑驳病毒(Sweet potato feathery mottle virus,SPFMV)、甘薯褪绿矮化病毒(Sweet potato chlorotic stunt virus,SPCSV)、黄瓜花叶病毒(Cucumber mosaic virus,CMV)和甘薯卷叶病毒(Sweet potato leaf curl Georgia virus,SPLCGV)等4种病毒被检出。其中,SPFMV SPLCGV这两种病毒在湖北皆为首次报道。  相似文献   

中国大青金色花叶病毒浙江分离物全基因组序列测定与分析     

苏秀  陈莎  周湘  龙奎  刘颖  郭恺 《植物病理学报》2019,49(3):424-427

<正>大青(Clerodendrum cyrtophyllum Turcz),别名路边青、淡婆婆、臭叶树,为马鞭草科(Verbena officinalis Linn)大青属(Clerodendrum)野生落叶灌木,常生长在山地林下、平原、丘陵和溪谷旁,我国江苏、安徽、河北、河南、浙江等地为主产区。大青用途广泛,叶片可萃取靛蓝作为染料,嫩叶可食用,  相似文献   

Phylogeny of Egyptian isolates of <Emphasis Type="Italic">Cucumber mosaic virus</Emphasis> (CMV) and <Emphasis Type="Italic">Tomato mosaic virus</Emphasis> (ToMV) infecting <Emphasis Type="Italic">Solanum lycopersicum</Emphasis>     

Mona Rabie  Claudio Ratti  Matteo Calassanzio  Engy Abdel Aleem  Faiza Aref Fattouh 《European journal of plant pathology / European Foundation for Plant Pathology》2017,149(1):219-225

Four Cucumber mosaic virus (CMV) (CMV-HM 1–4) and nine Tomato mosaic virus (ToMV) (ToMV AH 1–9) isolates detected in tomato samples collected from different governorates in Egypt during 2014, were here characterized. According to the coat protein gene sequence and to the complete nucleotide sequence of total genomic RNA1, RNA2 and RNA3 of CMV-HM3 the new Egyptian isolates are related to members of the CMV subgroup IB. The nine ToMV Egyptian isolates were characterized by sequence analysis of the coat protein and the movement protein genes. All isolates were grouped within the same branch and showed high relatedness to all considered isolates (98–99%). Complete nucleotide sequence of total genomic RNA of ToMV AH4 isolate was obtained and its comparison showed a closer degree of relatedness to isolate 99–1 from the USA (99%). To our knowledge, this is the first report of CMV isolates from subgroup IB in Egypt and the first full length sequencing of an ToMV Egyptian isolate.  相似文献   

Molecular characterization of Cucumber mosaic virus strain causing severe mosaic disease on petunia in India     

Karmveer Kumar Gautam  Susheel Kumar  Sri Krishna Raj 《Phytoparasitica》2012,40(5):425-431

Severe mosaic, yellowing and stunting symptoms were observed on petunia (Petunia hybrida L.) growing in pots at NBRI and in various gardens of Lucknow, India. The association of Cucumber mosaic virus (CMV) with the mosaic disease was detected based on positive bioassay on susceptible hosts, isometric cored virus particles of ~28?nm during electron microscopic observations in leaf dip preparations and positive amplification of expected size (~650?bp) during RT-PCR using coat protein gene specific primers. Further, the complete RNA 3 genomic fragment of virus isolate was amplified by RT-PCR using RNA 3 specific primers. The obtained amplicons of ~2.2 Kb were cloned and sequenced. The analysis of sequence data of RNA 3 revealed highest sequence identities (96%) with several CMV strains which belong to subgroup IB. The virus isolate also showed closest phylogenetic relationships with banana strain of CMV of subgroup IB (Acc. EF178298) reported from India. To the best of our knowledge, we report the first molecular characterization of CMV strain of subgroup IB causing severe mosaic disease on petunia in India.  相似文献   

侵染百合的黄瓜花叶病毒亚组Ⅱ分离物cp基因克隆和序列分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

赵丹  孔宝华  李凡  蔡红  王连春  陈海如 《植物病理学报》2007,37(5):456-460

 从云南大理的东方型百合上得到黄瓜花叶病毒分离物(CMV-DL), ELISA检测初步确定为CMV亚组Ⅱ分离物, 设计并合成CMV亚组Ⅱ的特异引物, RT-PCR扩增得到1条约800 nt的特异片段, 经克隆及序列测定, 该片段长828 nt, 包含的外壳蛋白(CP)基因由657 nt组成。将该分离物的cp基因与其它14个CMV分离物进行同源性比较, 在核苷酸水平上与CMV亚组I和亚组Ⅱ的同源性分别为76.8%~78.1%和98.6%~99.2%;在氨基酸水平上与CMV亚组I和亚组Ⅱ的同源性分别为82.0%~84.3%和95.9%~100.0%。结果表明CMV-DL为CMV亚组Ⅱ成员。  相似文献   

番茄斑驳花叶病毒在广东省的首次报道     

汤亚飞  李正刚  佘小漫  于琳  蓝国兵  李战彪  何自福 《植物保护》2023,49(3):219-225

番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus, ToMMV)是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种,目前在多国(地区)有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病毒广东分离物(ToMMV-GD-2020)。采用RT-PCR分段扩增获得了ToMMV-GD-2020的基因组全序列,该分离物基因组全长6 399 nt,包含4个开放阅读框,分别编码4个蛋白。序列相似性分析表明,ToMMV-GD-2020与已登录GenBank的14个ToMMV分离物基因组序列相似性分别为99.0%～99.7%,其中与中国辽宁分离物ToMMV-LN(GenBank登录号：MN853592)的相似性最高(99.7%),与危害我国番茄、同属烟草花叶病毒属的番茄花叶病毒(tomato mosaic virus, ToMV)、番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)代表分离物的相似性分别为84.6%和81.0%。系统进化分析表明,ToMMV-GD-2020...  相似文献   

甘蔗花叶病毒2个山东分离物的全基因组序列分析     

程德杰  闫志勇  黄显德  田延平  原雪峰  李向东 《植物病理学报》2017,47(3):357-363

甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus,SCMV)是引起我国玉米矮花叶病的主要病毒。本文从山东泰安采集到2个表现矮花叶症状玉米样品的分离物(命名为DWK1和DWK2),通过RT-PCR扩增全基因组片段并测定了其序列(GenBank登录号分别为KU171814和KU171815)。序列分析结果表明,DWK1和DWK2基因组全长分别为9 575和9 576个核苷酸(nucleotides,nt),开放阅读框均为9 192 nt,编码3 063个氨基酸的多聚蛋白。DWK1和DWK2的全基因组核苷酸一致率为81.7%,DWK1与山西分离物SX(AY569692)的核苷酸一致率最高,为90.9%;DWK2与河北分离物BD8(JN021933)核苷酸一致率最高,达99.4%。二者在系统进化树中分别被聚类到Ⅰ组和Ⅳ组。重组分析发现,DWK1是HN(AF494510)、Guangdong(AJ310105)和BD8 3个分离物的重组体。选择压力分析表明,SCMV 11个蛋白的dN/dS值都小于1,均处于负选择,但在P1、P3和CP中存在正选择位点。本研究结果可为甘蔗花叶病毒株系的监测及防控提供理论指导。  相似文献   

两种葫芦科病毒的分子检测和致病性研究   总被引：16，自引：2，他引：14  

陈洁云  陈集双  柴立红  王槐基  杨陈洁 《植物病理学报》2003,33(5):449-455

 小西葫芦黄化花叶病毒(ZYMV)和黄瓜花叶病毒(CMV)是浙江及其周边地区侵染葫芦科植物最主要的病毒种类。本文通过RT-PCR和基因克隆,获得了侵染南瓜的CMV杭州分离物(HZ01S10)的3'端序列,通过CP氨基酸序列同源性分析,确定其属于CMV亚组I;分别以³²P标记的ZYMV和CMV基因组cDNA作为探针,用RNA点杂交方法定点检测了浙江地区自然感病的葫芦科作物中以上2种病毒的发生情况。ZYMV和CMV在葫芦科作物上的发生表现出显著的季节性差异:夏季CMV发生普遍,只有部分南瓜和甜瓜感染ZYMV;ZYMV则主要发生在秋季,同一时期未检测到CMV。此外,幼苗期接种试验显示:以上2种病毒对西葫芦(早青一代)、丝瓜(中长)、黄瓜(津绿4号)的致病性存在明显差异,供试西葫芦对ZYMV比较敏感,供试丝瓜对CMV更敏感,而供试黄瓜品种对以上2种病毒均表现抗病。复合侵染在丝瓜和西葫芦上加重病害发生程度。  相似文献   

侵染广西甜椒的西瓜银斑驳病毒分子鉴定     

谢慧婷  崔丽贤  秦碧霞  陈锦清  李战彪  蔡健和 《植物病理学报》2021,51(3):474-477

During a survey in 2019, sweet pepper plants (GXTJ) showing symptoms of ring spots and chlorotic on leaves and fruits were collected in Wuming district of Guangxi province. Serological tests by DAS-ELISA demonstrated that the GXTJ was reacted positively against to antisera of watermelon silver mottle virus (WSMoV), but negatively against to antisera of the tomato spotted wilt virus (TSWV), cucumber mosaic virus (CMV) and tobacco mosaic virus (TMV). Total RNA was extracted and 2 pairs specific primers were designed to amplify the WSMoV N gene sequence by RT-PCR. Two expected fragments (769 bp and 654 bp) were obtained from GXTJ, The results of sequence analysis showed that the sequence of N gene was 828 nt and sharing 100% identity with WSMoV isolates from Taiwan (X78556, U78734). Base on the phylogenetic analysis, the N gene sequence of WSMoV-GXTJ was grouped in the same clades as WSMoV isolates from Taiwan. These results indicate that the virus isolate from sweet pepper in Guangxi is an isolate of WSMoV.  相似文献   

白草花叶病毒承德玉米分离物3′-cDNA 片段序列分析     

崔小雯  高波  许斐斐  李向东  张春庆  苗洪芹 《植物病理学报》2012,42(1):32-36

 采自河北承德11 个表现矮花叶症状的玉米样品,用甘蔗花叶病毒(Sugarcane mosaic virus, SCMV)和白草花叶病毒
(Pennisetum mosaic virus, PenMV)简并引物扩增了基因组3′ 端约2. 1 kb 的片段并进行测序。Blast 结果表明其中8 个样
品含有PenMV。扩增到的PenMV 序列均为2 135 nt,包括部分NIb 基因(985 nt)、完整的CP 基因(909 nt)和3′-UTR(241
nt)。这8 个分离物CP 基因和3′-UTR 与GenBank 上其他PenMV 分离物相应序列的核苷酸一致率分别为89. 8% ~ 93． 4%
和95. 9% ~ 97. 9% 。根据扩增的2 135 nt 序列和CP 基因序列构建系统发育树,8 个分离物与GenBank 上其他PenMV 分离
物都分为2 个组:山西组和承德组。重组分析表明CD9 的CP 基因存在重组。  相似文献   

Biological, serological and molecular characterization of a cucumber mosaic virus isolate from India     

Q. M. R. HAQ  B. P. SINGH  K. M. SRIVASTAVA 《Plant pathology》1996,45(5):823-828

A. virus causing mosaic and leaf deformation of Physalis minima has been identified as an isolate of cucumber mosaic virus (CMV) on the basis of its transmission by aphids in a non-persistent manner, polyhedral particles of 29 nm diameter, molecular weight of coat protein subunits us 24-5 kDa. serological relationship with a CMV isolate and a tripartite single-stranded RNA genome with a subgenomic RNA4- Furthermore. cDNA representing coat protein gene was synthesized and cloned. Complete nucleotide sequences (890 nt) were obtained which showed a coat protein gene open reading frame of 657 residues. THE nucleotide sequences provided the 218 amino ACID sequences of the coat protein. Nucleotide as well as amino acid sequences revealed more than 90% identity with the CMV subgroup I strains.  相似文献