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1.
从已构建的荔枝果皮cDNA文库中挑取克隆测序,获得一条荔枝快速碱化因子(LcRALF)基因(GenBank登录号:EU024484).该基因的cDNA全长为666 bp,含1个381 bp的开放读码结构,编码126个氨基酸.生物信息学分析表明,该基因的氨基酸序列与拟南芥、烟草等物种的RALF基因一致性较高,具有RALF基因氨基酸序列的典型特征.RT-PCR分析表明,该基因在荔枝果皮中特异表达,且在新采收的荔枝果皮中表达量最高.随着果皮的衰老该基因表达量逐渐下降. 相似文献
2.
以早钟6号枇杷试管苗叶片为试验材料,采用同源克隆方法从叶片mRNA中分离得到CAT基因的2个成员Ej-CAT1和Ej-CAT2,Ej-CAT1 cDNA序列全长1 738 bp,包括1 479 bp ORF和257 bp 3′-UTR;Ej-CAT2序列全长1 742 bp,包含1 479 bp ORF及261 bp 3′-UTR。2个CAT基因成员的核苷酸序列相似性为98.04%,其开放阅读框推导的氨基酸序列具有97.32%的相似性。生物信息学分析结果表明:2个蛋白均编码492个氨基酸,是亲水蛋白,不含信号肽,不存在螺旋卷曲结构,是非跨膜蛋白,亚细胞定位于过氧化物酶体;Ej-CAT1及Ej-CAT2蛋白分别有18、17个功能位点,22、19个磷酸化位点。CAT基因在枇杷试管苗离体保存过程中不同时期具有不同的表达量,整体趋势呈"W"形状,在离体保存1个月时表达量最高,保存7个月时表达量最低。CAT表达量变化可能跟枇杷试管苗的生长发育模式有关。 相似文献
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为了挖掘和利用滨麦(Leymus mollis,2n=4x=28,JJNN)的优良基因,以拓宽小麦非生物胁迫抗性基因资源,以滨麦为材料,利用RT-PCR结合RACE技术从滨麦叶片中克隆到6-SFT基因cDNA的全长序列,并对其进行生物信息学分析。结果表明,其cDNA全长为2 086bp,开放阅读框为1 866bp(命名为Lm-6-SFT),编码621个氨基酸;其推导的蛋白分子量为69.1kDa,理论等电点(pI)为5.18,属于酸性蛋白。保守结构域分析表明,该基因推导的氨基酸序列含有SDPDG、RDP和EC结构域。多序列比对及进化树分析表明,滨麦6-SFT与冰草6-SFT在氨基酸水平具有高度的序列相似性。 相似文献
4.
为探明荔枝谷胱甘肽转移酶基因(Lc GST)的表达与果皮褐变之间的关系,在荔枝c DNA芯片中获得了荔枝Lc GST全长c DNA序列(ABR15777)。该序列全长913 bp,5′-UTR长53 bp,3′-UTR长215 bp,含一个645 bp的完整开放阅读框,编码含214个氨基酸残基的多肽。该氨基酸残基序列与沙梨等物种的谷胱甘肽转移酶蛋白相似性较高。基因表达分析表明,Lc GST在常温储存条件下基因的最大表达量出现在24 h,在保湿储存条件下,Lc GST的最大表达量出现在48 h。GST酶活性测定结果表明,在常温储存条件下酶活性的最大值出现在24 h,在保湿储存条件下酶活性的最大值出现在48 h。说明Lc GST在荔枝果皮褐化过程中起重要作用。 相似文献
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根据荔枝果皮cDNA微阵列信号分析结果,对荔枝cDNA文库的BA05-H4克隆测序.NCBI(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)ORF分析发现其含有1个完整的开放读码框.编码152个氨基酸残基的多肽,为一全长cDNA序列.Blastx比对分析表明该基因编码的蛋白与其它植物来源的ASR(abscisic acid,stress and ripening indueible)蛋白高度同源,该基因被命名为LcAsr,通过PCR的方法获得其DNA全长序列.生物信息学分析结果表明,LcAsr基因的DNA序列全长为1 177 bp,读码框中间包含1个488 bp的内含子.Protparam预测分析结果表明LcAsr基因编码蛋白的分子式为C756H1130N228O238S1,相对分子质量为17 252.7,等电点pI6.10,富含Glu、His、Lys、Ala.Predict protein预测该蛋白的二级结构主要是α螺旋.有1个酪氨酸激酶磷酸化位点、2个酪蛋白激酶II磷酸盐化位点、3个豆蔻酰化位点等,并具有很高的亲水性,预测该蛋白位于细胞核.构建了植物荧光表达载体pCAMBIA-LcAsr,并通过基因枪转化法转化洋葱表皮细胞进行瞬时表达,对LcASR蛋白进行亚细胞定位,结果表明LcASR蛋白定位于细胞核. 相似文献
6.
抗坏血酸过氧化物酶(Ascorbate peroxidase, APX)是植物重要的过氧化氢(Hydrogen peroxide, H2O2)清除酶之一。通过RACE(Rapid-amplification of cDNA ends)方法从香蕉根系cDNA均一化全长文库中获得一个抗坏血酸过氧化物酶基因,命名为MaAPX2基因。MaAPX2基因是香蕉APX基因编码框全长cDNA,包含一个750 bp的最大开放阅读框(Open Reading Frame, ORF),编码249个氨基酸的蛋白质。蛋白质序列结构域比对发现,在MaAPX2 N端具有典型的APX活性位点(APLMLPLAWHSA)和过氧化物酶近端血红素配体序列(DIVALSGGHTL)的保守结构域,属于典型的APX蛋白。系统进化树比对分析表明,MaAPX2与马蹄莲ZaAPX(AAC08576.1)的亲缘关系较近。组织特异性研究表明,MaAPX2基因组成型表达于香蕉各个组织,在叶片中表达量最大。在耐病和感病品种中,MaAPX2基因均上调表达,但在耐病品种中MaAPX2基因在所有时间点相对于对照增加的倍数均高于感病品种,表明该基因在香蕉的抗病性中起着重要作用。MaAPX2基因可以作为一个新的响应枯萎病侵染的标记基因。 相似文献
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荔枝是华南地区最具特色的水果之一，目前我国荔枝栽培面积约53万hm2，产量230万t。荔枝花序呈聚伞花序圆锥状排列，分枝数量过多会消耗树体大量营养，影响荔枝坐果。SUPPRESSOR OF MAX2 1-LIKE 7(SMXL7)是独脚金内酯信号途径的重要组分，是具有抑制子和转录因子双重功能的新型抑制子，参与调控植物的分枝发育。为了鉴定荔枝花穗分枝发育的调控基因，本研究以‘妃子笑/怀枝’砧穗组合荔枝结果树花穗为试材，利用RNA-seq数据克隆荔枝SMXL7基因家族成员LcSMXL7，并对其基因序列、理化性质、保守结构域、进化关系、组织表达特异性，基因功能及亚细胞定位进行分析。分析结果显示，该基因ORF全长3408 bp，编码1135个氨基酸；编码蛋白含有2个Clp结构域和1个AAA＿2结构域；在茎、种子和叶片中表达较高，在花穗、雄花和果皮中表达次之，而在雌花、果肉和根中的表达最低；LcSMXL7的分子式为C5429H8632N1530O1715S38，理论相对分子质量（Mw）为123.99 kDa，理论等电点（pI）约为5.96，蛋白脂溶指数为83.74，蛋白不稳定指数为46.38，亲... 相似文献
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热激蛋白70(HSP70)是原核和真核细胞中普遍存在的一种高度保守的分子伴侣。从玉米中克隆1个HSP70家族成员。该基因cDNA序列全长为1 992 bp,开放阅读框为2 352 bp,编码663个氨基酸,蛋白质分子量约75.0 kD。蛋白结构预测及同源比对分析表明,该基因编码蛋白含ATPase位点和HSP70保守结构域,与拟南芥AtHSP70-12序列高度相似,命名为ZmHSP70-12。蛋白亚细胞定位显示,ZmHSP70-12蛋白在内质网中表达。实时荧光定量PCR分析表明,ZmHSP70-12对非生物胁迫高温、干旱均具有明显的应答反应,推测ZmHSP70-12是玉米中与胁迫逆境相关的基因。 相似文献
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种子萌发是一个复杂的多步骤过程,而与花生种子萌发相关基因的研究鲜见报道。本研究以花育52号为试材,根据花生吸胀休眠和休眠释放转录组测序结果获得了一个与花生种子萌发相关的基因AhSGR。AhSGR基因cDNA全长1338bp,开放阅读框(ORF)为885bp,编码295个氨基酸,该基因编码未知蛋白,在44~122AA处含有DOG1保守结构域,分子量33.39kD,等电点为5.04,定位于细胞核内,未发现信号肽及其剪切位点,推测AhSGR可能是转录因子。荧光定量检测表明该基因与花生种子萌发密切相关。 相似文献
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通过RACE技术克隆龙血树CDPK基因的全长cDNA,并对基因序列进行相关分析与基因表达分析。结果表明:该基因全长为1 810 bp,编码区长度为1 587 bp,编码528个氨基酸,其氨基酸序列具有CDPK基因编码氨基酸的所有典型结构特征;经序列比对发现其核酸序列与玉米CDPK基因的同源性高达81%,氨基酸序列与其它植物中的CDPK氨基酸序列同源性很高。该基因命名为DCDPK2基因。对未经血竭诱导和诱导的龙血树组培苗进行半定量RT-PCR表达分析,发现在添加了诱导物的组培苗中DCDPK2基因的表达显著增强。 相似文献
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稻水象甲卵巢内β1 微管蛋白基因cDNA全长的克隆及定量表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用cDNA末端快速扩增技术（RACE）和反转录聚合酶链式反应（RT PCR）分别对中国的孤雌生殖型和美国的两性生殖型稻水象甲卵巢内β1 微管蛋白基因进行了克隆,获得的cDNA全长分别为1727 bp和1730 bp,均包含1344 bp的完整开放阅读框(ORF),编码447个氨基酸,理论分子量约50 kD,等电点4.54。同源性分析表明,克隆的β1 微管蛋白基因与其他昆虫的β微管蛋白基因在氨基酸水平上是高度同源的,相似性介于95%~100%。荧光定量PCR分析表明,β1 微管蛋白在孤雌生殖型稻水象甲卵巢内的表达量（3.14×107 copies/μL±0.66×107 copies/μL）显著高于两性生殖型稻水象甲（508×106 copies/μL± 047×106 copies/μL）。推测该基因的差异表达对于稻水象甲孤雌生殖过程中纺锤体的组装具有重要意义。 相似文献
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为从木薯块根中获得苹果酸脱氢酶(MDH)基因,并研究其在转录水平的表达变化规律,利用RACE技术从木薯“华南8号”块根中克隆得到了苹果酸脱氢酶基因,其cDNA全长1 175 bp,包含999 bp的开放阅读框,共编码332个氨基酸.从木薯“华南8号”中获得的MDH氨基酸序列,与其它物种的该序列相似度达84％～94％,包含细胞质苹果酸脱氢酶中高度保守的NAD结合基元“TGAAGQI”和催化基元“IWGNH”.木薯MDH基因与块根淀粉合成相关,在块根发育前期表达量较低,膨大期表达量较高,膨大后期表达量逐渐降低. 相似文献
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从橡胶树体细胞胚中克隆了一个与体细胞胚胎发生相关的类受体蛋白激酶基因,命名为HbSERK1。HbSERK1长2 159 bp,含有一个1 482 bp的阅读框,编码493个氨基酸。HbSERK1序列与毛果杨、葡萄、胡萝卜、马铃薯、拟南芥和燕麦的体细胞胚胎发生相关类受体蛋白激酶同源性分别为91%、90%、88%、88%、87%、86%。生物信息学分析表明,HbSERK1含有一个高度保守的蛋白激酶家族结构域,同时含有ATP结合区、蛋白激酶活化位点和Ser/Thr活性位点。RT-PCR半定量分析表明,HbSERK1在叶、胶乳、雄花、生长在愈伤诱导培养基上30 d和50 d的愈伤组织及生长在胚状体诱导培养基上12 d的胚性愈伤组织中均未表达,而生长在胚状体诱导培养基上21 d和40 d的胚性愈伤组织及成熟体细胞胚中表达。橡胶树HbSERK1基因主要在体细胞胚发生的早期表达,表明其可能参与橡胶树的体细胞胚早期发生过程。 相似文献
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根据已发表的胡杨、毛白杨、蓖麻、番杏、番茄、盐角草等逆向转运蛋白基因的保守区设计兼并引物,通过RT-PCR和RACE技术,从木榄(Bruguiera gymnorrhiza)中克隆出Na+/H+逆转运蛋白的cDNA全长序列,长度为3 703 bp,其中,开放阅读框3 462 bp,编码1 154个氨基酸,含12个跨膜区。序列同源性分析表明,该氨基酸序列与毛果杨、蓖麻、胡杨、葡萄等Na+/H+逆向转运蛋白氨基酸序列具有很高的同源性(70%以上),表明该序列确属Na+/H+质膜型逆向转运蛋白的家族基因。 相似文献
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采用RACE技术从中国水仙‘金盏银台’(Narcissus tazetta var.chinensis)花芽中获得1个与花器官发育有关的MADS-box基因,命名为NtPI(GenBank登录号:JQ326272).该基因全长804 bp,含有1个618 bp的开放阅读框,编码205个氨基酸,具有典型的MADS结构域和K结构域,与仙客来水仙(Narcissus cyclamineus)同源性最高,达98％.系统进化树显示,NtPI属于B类MADS-box基因家族的PI/GLO类基因.半定量RT-PCR分析表明,该基因在‘金盏银台’和‘玉玲珑’2种水仙花朵的各个部位均有表达,但表达的水平有所不同.在‘金盏银台’中,雄蕊和雌蕊的表达量大于花瓣和副冠,而在‘玉玲珑’花瓣和副冠中,表达丰度远远大于雄蕊和雌蕊. 相似文献
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大豆主要过敏原Gly m Bd 30K基因的克隆及其原核表达载体的构建 总被引：1，自引：1，他引：0
利用RT-PCR克隆大豆主要过敏原Gly m Bd 30K的全长基因,根据序列设计带有酶切位点的特异性引物,扩增大豆GlY m Bd 30K的完整开放阅读框,与pET一28a载体连接,构建原核表达载体.结果表明:克隆了大豆主要过敏原Gly m Bd 30K基因,且构建了其原核表达载体.该基因含有长度为1 140 bp的开放阅读框,编码379个氨基酸.该蛋白质的相对分子质量为42 758,等电点为5.08.序列同源性分析发现其与数据库中已知的Gly m Bd30K基因同源性很高,因此认为其是大豆的过敏原基因,在GenBank数据库中的登录号为EU883600.克隆的大豆主要过敏原Gly m Bd 30K基因及构建的原核表达载体,为大豆主要过敏原Gly m Bd 30K的重组表达和免疫活性鉴定等奠定基础. 相似文献
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一个辣椒倍半萜环化酶cDNA克隆及其经紫外线和CuCl2处理后的表达特征 总被引：1，自引：1，他引：1
从经紫外线处理的辣椒（Capsicum annuum)叶片mRNA建立的cDNA库中筛选出1个长度为1955bp的克隆，SCCCA＃2。该cDNA编码560个氨基酸的蛋白，与SCCCA＃1分别有80．0％和77．2％的核苷酸和推测氨基酸序列同源性，但在3′非翻译区核苷酸同源性很小，此外，还与烟草的TEAS，天仙子的CVS，辣椒的EAS（can5588),番茄的germacrene合成酶基因，棉花的（＋）-delta-cadinene合成酶基因等倍半萜环化酶基因分别有78．0％，71．6％，74．8％，74．6％，40．0％－50．0％的氨基酸序列同源，认为这是1个辣椒倍半萜环化酶的cDNA，Northern blot分析表明，正常情况下SCCCA＃2在辣椒叶片中不表达，而在紫外线，CuCl2作用下有不同程度的表达。 相似文献
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利用RT-PCR和RACE技术对海南龙血树查尔酮合酶基因进行克隆,得到1条1 456 bp的cDNA序列,命名为DcCHS。DcCHS含有1 173 bp的阅读框架、99 bp的5′非编码区和184 bp的3′非编码区,编码390个氨基酸。DcCHS与其他植物的CHS氨基酸序列同源性高达84%以上,具有高度保守的CHS_like结构域、活性位点以及信号序列。推测DcCHS的分子量为42.7 ku,等电点pI为6.14,稳定性极差,具有15个磷酸化位点,无跨膜结构,无信号肽,亚细胞定位在细胞质的可能性较大,并预测了蛋白质的二级、三级结构。组织特异性分析结果表明,DcCHS在花中的表达远远高于根、茎、叶和果实。 相似文献
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小麦AQPs蛋白TaPIP1基因cDNA克隆及其表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探索小麦水通道蛋白在氮素处理过程中的生物学功能,以0.1%尿素处理6.0 h的周麦19幼根为材料,利用RTPCR方法克隆了小麦PIPs类型的水通道蛋白基因TaPIP1,并分析了该基因的组织表达特性及其在尿素处理过程中的表达特征。TaPIP1全长1 062 bp,包括61 bp的5′非翻译区,128 bp的 3′非翻译区和一个长度为873 bp、编码290个氨基酸的开放阅读框。序列分析表明,TaPIP1基因与已知小麦（GQ452384和AAM00368）、大麦（BAA23746,CAA54233和BAA23745）、水稻（BAA24016）和玉米（AAK26754 ,ACG39699,ACG37183,CAA57955和AAK26756）等单子叶植物来源的同类基因同源性较高,相似性为85.9%～99.3%。半定量RTPCR表达谱分析显示,TaPIP1在抽穗期小麦的根、茎和旗叶中均能表达。氮素处理下该基因表达分析结果显示,TaPIP1在萌发期小麦根系中的表达受尿素的诱导。 相似文献