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“川麦42”和“川麦43”是源于CIMMYT硬粒小麦-节节麦人工合成种的姊妹系,具有高产、高抗条锈等特征。本实验利用小麦A、B、D基因组上的91对引物对“川麦42”和“川麦43”进行了SSR分子标记比较分析。结果表明,分析的91个SSR标记位点中有61个位点“川麦42”与“川麦43”多态性一致,占位点数的67.03%;有30个位点两个品种存在多态性差异,占位点数的32.97%;30个差异位点在A、B和D三个基因组的分布频率(占该基因组被检测位点数)不一致,其中A基因组分布最多,B基因组分布最少,其顺序为A>D>B。 相似文献
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"川麦38"遗传背景中人工合成小麦导入位点的SSR标记检测 总被引：1，自引：0，他引：1
利用人工合成小麦基因资源与四川小麦杂交、回交,育成了优质、抗病小麦新品种“川麦38”。本文利用205对微卫星(SSR)引物检测“川麦38”遗传背景。其中21个位点来源于人工合成小麦亲本,占所用引物数的10.24%,远小于理论值25%。川麦38遗传背景中人工合成小麦导入位点在A、B和D染色体组分布频率不均衡,分布频率B组>A组>D组;人工合成小麦导入位点在“川麦38”各染色体间差异也很大,其中在1B和1A、5A染色体导入频率较高,而在2A等13条染色体上则无导入位点分布;人工选择压力可能是导致遗传位点出现偏分离行为的重要原因。 相似文献
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小麦新品种川麦104的遗传构成分析 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】解析突破性高产小麦新品种川麦104的遗传构成,探讨双亲川麦42和川农16对其高产特性的贡献。【方法】利用已构建的遗传连锁图谱上的176个SSR和683个DArT标记对川麦104及其亲本进行分析,了解川麦104的遗传构成;根据已定位到的产量性状QTL,分析来源于双亲的染色体区段对川麦104产量相关性状的贡献。【结果】在川麦104的双亲具有差异的859个多态位点中（22个位点缺失）,有522个位点上的等位基因来源于川麦42,315个位点上的等位基因来源于川农16;川麦104更多地继承了川麦42的遗传成分（60.8%）;川麦104中来源于双亲的遗传位点在A、B和D基因组分布不同,来源于川麦42的等位位点在A、B和D基因组所占比例分别为55.00%、60.20%和67.27%;川麦104中来源于双亲的等位位点在21条染色体上的分布也不同,来源于川麦42的等位位点主要分布于3A、5A、7A、1B、5B、7B、3D、4D、5D和7D染色体上,来源于川农16的等位位点主要分布于4A、3B、4B、6B、1D、2D和6D染色体上。川麦104来源于双亲的染色体区段（遗传距离大于5 cM）共68个,总长度为3 089.6 cM;来源于川麦42和川农16的染色体区段分别为36和32个,来源于川麦42的染色体区段主要分布在3D、5D、7A、7B和7D染色体上,来源于川农16的染色体区段主要分布在3B、4B和6D染色体上;在A和D基因组川麦104来源于川麦42的染色体区段比川农16的多,B基因组中来源于川农16的染色体区段比川麦42的多。在1B、1D、2B、4A、4D、5A、5B、5D和7A染色体上,9个来源于川麦42的染色体区段以及5个来源于川农16的染色体区段富集了与产量性状相关的QTL,其中,在1BS和4A染色体上来源于川麦42的染色体区段携带增加穗粒数的QTL等位位点;在1D、2B和4A染色体上来源于川农16的染色体区段携带增加单位面积穗数的QTL等位位点;5B染色体上来源于川麦42的染色体区段和4A、4D染色体上来源于川农16的染色体区段均携带增加千粒重的QTL等位位点,这些QTL的聚合对川麦104的产量三因素有增效作用。【结论】小麦新品种川麦104的高穗粒数特性来源于川麦42,多穗数特性来源于川农16,其千粒重特性双亲均有贡献,表明双亲的正效产量性状QTL重组是川麦104的高产遗传基础。 相似文献
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《中国农业科学》2020,(4)
【目的】鉴定花生RNA-seq数据中的SSR位点,明确转录组中SSR位点的分布和结构特点,开发与花生基因相关联的SSR标记,为花生重要功能基因的挖掘、等位变异研究和分子标记辅助育种奠定基础。【方法】根据栽培种花生全生育期中22种不同类型的组织RNA-Seq数据,使用MISA软件分析SSR位点分布及特征,采用Primer3设计基因关联的SSR引物,并利用电子PCR软件对引物的质量进行检测,随机合成38对引物,进行多态性检测。【结果】从52 280条转录本中共鉴定19 143个SSR位点,分布于14 084条转录本,发生频率为26.94%。重复单元类型为单核苷酸—五核苷酸,以单核苷酸和三核苷酸为重复单元的SSR位点数最多,分别占位点总数的39.24%和38.40%。各重复单元优势基序类型分别为A/T、AG/CT、AAG/CTT、AAAG/CTTT和AACAC/GTGTT,占所在重复单元中的比例分别为97.62%、72.01%、30.96%、24.59%和16.67%。重复单元的重复次数为5—47次,单个SSR位点的长度的分布范围为10—47 bp,基序长度主要集中在10—14 bp;复合SSR位点的长度范围为21—249 bp,以31—40 bp为主。鉴定的SSR位点中共有13 477个SSR位点可以进行引物设计,其中5 020条转录本序列对应到特定的基因,共包含5 859个可进行引物设计的SSR位点,这些SSR位点在A基因组和B基因组共20条染色体上不均匀分布,其中B03染色体上SSR位点最多,为484个。对特定基因SSR引物进行电子PCR检测,在A.duranensis、A.ipaensis、A.hypogaea基因组中有效扩增位点分别为4 468、4 929和10 188个,有效引物数分别为3 968(67.74%)、4 232(72.25%)和5 174(88.33%)对,在A. hypogaea基因组中,SSR引物扩增位点主要以2个位点为主,其中,有1 477对引物单位点扩增。根据SSR引物扩增位点在栽培种花生基因组中的位置信息绘制了SSR位点的物理图谱。在38对SSR引物中,共有35对(92.1%)SSR引物可以扩增出清晰的条带,其中,有11对(28.9%)SSR引物在2个品种间扩增出差异条带。【结论】鉴定了13 477个可进行标记开发的SSR位点,开发、检测了5 859个基因相关SSR标记,在栽培种花生基因组中具有较高的扩增效率,并构建了基因相关SSR位点的物理图谱。 相似文献
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小麦株高的QTL分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】研究控制小麦株高的数量性状位点(QTL)。【方法】利用SSR和AFLP分子标记构建连锁图谱,在3种不同试验环境(2003~2004年北京、2004~2005年北京和河南安阳)下分析百农64×京双16组合的218个F2:3株系群体的株高。【结果】构建了由158个分子标记(100个SSR标记和58个AFLP标记)位点组成的遗传连锁图谱,覆盖了除1D连锁群外小麦全基因组的3 114 cM;检测到3个控制株高的QTL,分别位于2B、4D和6A染色体上,贡献率分别为7.3%~11.5%,7.4%~12.9%和5.7%~11.3%。【结论】3个株高QTL位点在不同环境下表现稳定,其紧密连锁的分子标记可用于矮秆、半矮秆小麦的标记辅助育种。 相似文献
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为了研究小麦穗粒数与小麦雌性育性之间的关系,以含小麦雌性不育系(S)的由小麦品种(系)组成的含S种质双向极端小群体和不含小麦雌性不育系的品种双向极端小群体各60个品种(系)为目标群体,以小麦基因组中42个多态性SSR为背景控制标记,用STRUCTRE软件进行群体结构评估,并利用TASSEL软件的MLM模型检测210个多态性标记与小麦雌性育性I.F.(国际法育性)和D.F.(国内法育性)2种表型值的关联程度,确定入选标记,再对入选标记所在的连锁群进行分析,找到与小麦穗粒数(小穗基部小花数)更加紧密关联的标记。经关联分析,在2个极端小群体里发现,小麦小穗基部小花数关联的标记共有2个(Xgwm570-6A,Xwmc776-4A);2个品种群体中与小麦穗粒数关联的标记共有2个(Xwmc25-2B/2D,Xwmc168-7A)。认为2D、5B连锁群可能有小麦穗粒数形成的遗传位点。 相似文献
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川86-741,是采用CIMMYT小黑麦与小麦杂交培育出的高穗整齐度、实心矮秆种质。以四川地方品种中国春(CS)和育成普通小麦品种川麦47为对照,选用小麦A,B和D基因组的166个SSR标记,对实秆材料86-741的遗传背景进行了比较分析,共检测到264个等位变异,每对引物可检测到1~3个,平均1.59个;小麦遗传材料86-741与中国春在66个位点(39.76%)上存在差异;与川麦47在58个位点(34.94%)上存在差异。 相似文献
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为了评价新疆小麦地方品种的遗传多样性,利用42对SSR引物对75份新疆小麦地方品种进行遗传多样性分析。结果表明：在75份地方品种中42个SSR位点共检测到317个等位变异,等位变异变化范围为2~15个,平均7.55个;多态性信息指数(PIC值)变化范围为0.169~0.905,平均0.696。基因组的平均等位变异是D＞B＞A,遗传多样性指数为B＞D＞A。聚类分析表明75份供试新疆小麦材料可划分为3大类8亚类,聚类结果与材料的生态型密切相关,冬小麦地方品种和春小麦地方品种分别归属不同的类或亚类,春小麦地方品种的遗传多样性高于冬小麦地方品种,同时也反映了一定的地域特性。总之,新疆小麦地方品种具有丰富的遗传多样性,可用以拓宽育成品种的遗传基础。 相似文献
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小麦RIL群体遗传连锁图谱的构建及其多态性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
以普通小麦重组近交系(recombinant inbred lines,RIL)‘Q9086×陇鉴19’为作图群体,利用SSR标记构建小麦遗传连锁图谱.结果表明:通过选用2 187对SSR引物筛选出RIL群体双亲表现多态性的引物共405对,多态性频率为18.52%.不同类型SSR标记多态性频率从小到大依次为Xpsp(4.4%)相似文献
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青海省小麦主栽品种遗传多样性的SSR标记分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用SSR标记对青海省66份小麦主栽品种进行遗传多样性分析,筛选出20对扩增谱带稳定的引物,共检测出81个等位基因,平均每个位点检测出的等位基因为4.05个,变异范围2～8个,引物xgwm133-6B和xgwm3-3D的等位位点最多,均为8个;其次是xgwm2-3A和xgwm107-4B,均为6个。66份小麦材料的遗传相似系数为0.530 9～0.975 3。多态信息含量PIC为0.686 5,用popgene算出Shannon’sInformation index为0.367 2,Nei’s gene diversity为0.237 6。聚类分析结果显示,66份材料聚为4大类群,部分材料在聚类时从亲缘关系上没有被明显区分,说明这些材料的生长习性与所研究的SSR引物位点相关性状存在独立性,但总体上基于SSR多态性的聚类与材料来源地区存在一定的相关性,在一定程度上反映了供试材料间的亲缘关系。 相似文献
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四川育成小麦品种的SSR遗传多态性及系谱关系(英文) 总被引：4，自引：0，他引：4
选用小麦染色体上的60 SSR标记,对来自四川3个不同单位近30年育成的47个普通小麦品种的遗传多样性进行了分析。60个SSR位点中共检测到118个等位变异,每个位点的等位变异范围为1~5个,平均为1.08个。品种的遗传相似系数从1980年以来有逐渐升高的趋势。育成小麦品种的3个染色体组以B染色体组遗传多样性最高,D染色体组最低。通过UPGMA聚类,可以把47个品种分为3个松散的群,在每一个群内,很多品种都来自于同一个育种单位,与系谱来源一致。这些结果表明由于不同育种单位采用相似遗传特性的育种亲本,四川育成小麦品种的遗传基础越来越狭窄,种质资源的创新和遗传多样性拓宽是今后小麦育种和小麦生产成效的前提。比较而言,推广面积大的品种相互之间遗传多样性较大,归于不同的类群,具有更广泛的适应性。 相似文献
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利用基因芯片技术进行小麦遗传图谱构建及粒重QTL分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】小麦遗传图谱是进行小麦染色体分析和研究表型变异的遗传基础。通过利用传统分子标记和现代基因芯片技术相结合,构建高密度遗传图谱,重点开展主要产量主要构成要素--粒重的初级基因定位,确定影响粒重的主效QTL位点,为开发粒重CAPS分子标记及在分子标记辅助育种提供依据和指导,并为利用小麦粒重次级群体进行精细定位和基因挖掘奠定基础。【方法】利用90 K小麦SNP基因芯片、DArt芯片技术及传统的分子标记技术,以包含173个家系的RIL群体（F9：10重组自交系）为材料,构建高密度遗传图谱,并利用QTL network2.0进行了3年共4环境粒重QTL分析。【结果】构建了覆盖小麦21条染色体的高密度遗传图谱,该图谱共含有6 244个多态性标记,其中SNP标记6 001个、DArT标记216个、SSR标记27个,覆盖染色体总长度4 875.29 cM,标记间平均距离0.78 cM。A、B、D染色体组分别有2 390、3 386和468个标记,分别占总标记数的38.3%、54.3%和7.5%;3个染色体组标记间平均距离分别为0.80、0.75和0.80 cM。用该分子遗传图谱对4个环境下粒重进行QTL分析,检测到位于1B、4B、5B、6A染色体上9个加性QTL,效应值大于10%的QTL位点有QGW4B-17、QGW4B-5、QGW4B-2、QGW6A-344、QGW6A-137;其中QGW4B-17在多个环境下检测到,其贡献率为16%-33.3%,可增加粒重效应值2.30-2.97g,该位点是稳定表达的主效QTL。9个QTL的加性效应均来自大粒母本山农01-35,单个QTL位点加性效应可增加千粒重1.09-2.97 g。【结论】构建的覆盖小麦21条染色体的分子遗传图谱共含有6 241个多态性标记,标记间平均距离为0.77 cM。利用该图谱检测到位于1B、4B、5B、6A染色体上9个控制粒重的加性QTL,其中QGW4B-17是稳定表达的主效QTL位点,贡献率为16.5%-33%,可增加粒重效应值2.30-2.97 g。 相似文献
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利用1 286对SSR标记和66对SFP标记对水稻转绿型新叶黄化突变体ygr和正常绿叶水稻品种日本晴(NBP)的基因组进行多态性研究。结果表明:1 236对SSR标记和63对SFP标记有扩增产物,扩增效率为96.08%;亲本间共筛选到248对SSR多态标记和12对SFP多态标记,平均每条染色体有22对,多态检出率为19.23%;多态标记覆盖水稻基因组达1 626.2 c M,相邻多态标记间平均遗传距离为6.25 c M。不同类型标记间比较发现,SSR标记的多态检出率比SFP标记高1.1个百分点,两者相差不大。 相似文献
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REN Li-juan SHEN Xiao-rong ZHOU Miao-ping ZHANG Xu MA Hong-xiang LU Wei-zhong Paul Nichoson 《中国农业科学(英文版)》2003,2(9)
The objective of this research is to identify DNA markers linked to QTLs controlling FHB resistance in wheat, and to compare if the QTLs in three resistant germplasm are common. Three wheat recombinant inbred populations derived from the crosses between Alondra (susceptible) and three resistant lines, Wangshuibai, Sumai3, and 894037, respectively, were evaluated for reaction to Fusarium graminearum in greenhouse and in field conditions over years. Simple sequence repeat (SSR) markers were screened in the populations and regression analysis was used to identify markers associated with FHB resistance. For the population of Sumai3 (resistant)/Alondra (susceptible), which contained 161 recombinant inbred lines, two SSR markers located on chromosome 3B were found to be associated with resistant QTLs. These markers accounted for 2.6-6.7% phenotypic variation. The 894037 (resistant)/Alondra (susceptible) population was consisted of 147 recombinant inbred lines. A total of 59 SSR primers were screened in this population and seven of them were linked to resistant QTLs. The QTLs on chromosome 3B accounted for 47.4% phenotypic variation. Minor QTLs were also located on 2D, 7A, 6B, and 4B chromosomes, and the resistant QTLs on 2D and 4B chromosomes were from Alondra. The last population of 80 recombinant inbred lines was from the cross Wangshuibai (resistant)/Alondra (susceptible). A total of 120 SSR primers were screened in this population, eight of which were linked to resistant QTLs. These markers were located on 3B, 4B, 2D, 4D, and 6D (uncertain) chromosomes respectively. The QTLs on chromosome 3B accounted for 8.9-27.0% phenotypic variation. The resistant QTLs on chromosomes 4B and 6D (uncertain) were from Alondra. The other QTLs were from Wangshuibai. SSR markers linked to resistant QTLs on chromosome 3B were found in all three populations, and account for higher phenotypic variation. So these markers should be useful in marker-assisted selection. 相似文献