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《分子植物育种》2017,(4)
银叶真藓是世界广布种。对于分布在中国新疆维吾尔自治区不同地理居群的银叶真藓的遗传结构及遗传多样性的研究还未见报道。本研究以采集的新疆地区18个居群的银叶真藓共47株植物样品,采用改良的快速提取法提取随机单株植物总DNA,运用分子生物学技术分析银叶真藓居群的遗传多样性。研究结果表明:新疆不同地理居群银叶真藓nrDNA ITS序列可分为35种单倍型,存在537个变异位点;分子变异分析(AMOVA)显示有88.76%的遗传变异发生在居群间水平,居群内部的遗传变异为11.24%,银叶真藓居群间的遗传分化程度大于居群内的遗传分化。居群遗传变异的分化系数(Fst)为0.887 59,基因流值(Nm)为0.063 3,由于Nm值小于1,可以说明各居群间的基因流低。单倍型多态性水平(Hd)为0.982±0.010,核苷酸多态性水平(Pi)为0.170 87±0.028 67。 相似文献
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《分子植物育种》2016,(11)
利用AFLP技术对12个梭罗草(Kengyilia thoroldiana)居群和4个近缘草种居群进行遗传多样性研究,分析梭罗草居群的遗传多样性,探讨不同生境及栽培条件对梭罗草居群遗传多样性的影响,为梭罗草的育种提供帮助。本研究用38对AFLP引物对16个居群进行遗传多样性分析,扩增出122个多态性条带。12个梭罗草居群间的遗传同一性变异范围为0.683 7~0.885 9,遗传距离变异范围为0.121 2~0.380 2,梭罗草居群间的遗传变异占总遗传变异的Gst=42.82%,大部分(57.18%)遗传变异存在于居群内部。海拔、生境及栽培条件都能够影响梭罗草的遗传多样性和聚类分析。 相似文献
4.
广东高州野生稻应用核心种质取样策略 总被引：1，自引：0，他引：1
广东省高州野生稻(简称“高野”,下同)具有丰富的遗传多样性,是水稻遗传改良的重要基因库。以217份高野保存材料为对象,结合按居群分类和系统聚类选择的方法,通过多重比较认为20%为最佳取样比例,从中筛选出了43份材料作为应用核心种质。对表型保留比例、表型方差、多样性指数、变异系数、极差符合率、均值符合率、标准差符合率等重要检验指标的分析表明,该应用核心种质很好地代表了总样品的遗传多样性和变异幅度。利用34对SSR引物对应用核心种质进行分析表明,其平均等位基因数为6.879,平均遗传多样性指数达0.656,基因杂合度达0.558,76.7%的材料在遗传背景上不同,且各居群材料相对较为独立。高野应用核心种质的筛选为该资源的高效研究利用奠定了良好的材料基础。 相似文献
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广东高州野生稻应用核心种质取样策略 总被引：2，自引：2，他引：0
广东省高州野生稻(简称“高野”,下同)具有丰富的遗传多样性,是水稻遗传改良的重要基因库。以217份高野保存材料为对象,结合按居群分类和系统聚类选择的方法,通过多重比较认为20%为最佳取样比例,从中筛选出了43份材料作为应用核心种质。对表型保留比例、表型方差、多样性指数、变异系数、极差符合率、均值符合率、标准差符合率等重要检验指标的分析表明,该应用核心种质很好地代表了总样品的遗传多样性和变异幅度。利用34对SSR引物对应用核心种质进行分析表明,其平均等位基因数为6.879,平均遗传多样性指数达0.656,基因杂合度达0.558,76.7%的材料在遗传背景上不同,且各居群材料相对较为独立。高野应用核心种质的筛选为该资源的高效研究利用奠定了良好的材料基础。 相似文献
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通过分析评价野生刺梨(Rosa roxburghii Tratt.)资源居群遗传多样性和遗传结构,同时构建核心种质,为刺梨资源的保护和发掘利用提供科学依据。本研究利用10对EST-SSR引物和9个果实品质性状指标对收集的12个刺梨自然居群(共102份种质)的遗传多样性及遗传结构进行分析,同时结合原贵州省32份初级核心种质,采用位点优先取样策略进一步构建西南地区核心种质。结果表明,黔西(QX)居群拥有最高的Shannon信息指数I=0.6965,基因多样性指数h=0.3935,多态位点百分率p=84.62%;而古丈(GZ)居群则无论在分子数据还是表型数据都表现为遗传多样性最低;AMOVA分析表明刺梨居群内遗传变异在87%以上,居群间基因流Nem在3.5以上、平均Nei’s遗传距离(GD)0.223。构建的19份核心种质等位基因保留率和稀有等位基因保留率均为100%,能够代表原种质的遗传多样性。西南地区野生刺梨的遗传变异主要发生在居群内,居群间具有基因交流频繁、Nei’s遗传距离小等特点,构建的19份核心种质从等位基因保留率、稀有等位基因保留率及地理分布均能够较好地代表原种质的遗传多样性。自然居群以黔西(QX)居群遗传多样性最高。因此,野生刺梨的保护策略可采用就地保护黔西(QX)居群与迁地保护19份核心种质相结合的方法进行。 相似文献
7.
《分子植物育种》2020,(16)
为明确云南草果遗传多样性水平,本研究以草果主产地红河州4个居群48份草果为实验材料,利用SRAP分子标记分析草果遗传多样性。结果表明:12对SRAP引物共扩增181个条带,多态性条带比率(PPB)为99.45%,平均多态信息含量(PIC)为0.276。在群体水平上,PPB从72.93%到77.35%,平均为75.55%;Nei's基因多样性指数(H)从0.197到0.234,平均为0.216;Shannon信息指数(I)为0.312到0.357,平均值为0.334。草果总遗传多样性的92.49%(Hs=0.215 5)来自于居群内部,居群间遗传变异只占7.51%(Gst=0.075 1),AMOVA分析进一步证明草果的遗传变异主要存在居群内部。4个草果居群遗传一致度分析显示各居群的遗传一致度较高(0.958 2～0.983 3),其中元阳居群和绿春居群的遗传关系相对较近,金平居群和屏边居群的遗传关系相对较远,居群间遗传变异较小。本研究可为草果资源的保护及利用提供重要的理论依据。 相似文献
8.
《分子植物育种》2017,(10)
本研究利用9对AFLP引物对河南省4个不同种群黄连木材料进行遗传多样性研究。结果表明,在4个不同的黄连木种群中,Nei's基因多样性指数He和Shannon信息指数I反映出其遗传多样性水平均处于中等水平,其中长葛(CG)种群尤为突出(I=0.45,He=0.30)。其次,在本研究中不同种群黄连木遗传分化系数Gst为0.108 1,这表明居群间的遗传变异占总遗传变异的10.81%,而89.19%的遗传变异存在于居群内,AMOVA分析表明7.89%的变异存在于居群间,92.11%的变异存在于居群内,两者都说明黄连木总的遗传分化主要来自居群内部,较低遗传分化则在其居群间存在。基因流Nm为4.13,表明较高的基因流可能是导致不同的黄连木居群具有较高遗传多样性的主要原因之一。 相似文献
9.
中国绿豆种质资源初选核心种质构建 总被引：8，自引：2，他引：6
以国家作物种质资源数据库中5 072份国内绿豆资源为材料, 根据14个农艺性状, 利用地理来源(省)和性状群进行分组, 分别采用比例法、平方根法和多样性指数法确定取样数及聚类选择和随机选择2种个体选择法构建了13个不同的绿豆初选核心样本, 对不同的取样方法及总资源间进行了品种间平均相似性系数、性状符合度、遗传多样性指数和数量性状变异系数的比较。结果表明, 聚类选择取样优于随机取样, 按照性状群分组优于按省分组; 在聚类选择条件下采用多样性指数法确定取样数优于平方根法和比例法。最终确定按性状群分组, 利用多样性指数确定取样数, 聚类选择个体为绿豆核心种质构建的最佳方案。用此方案, 构建了包含719份绿豆种质的初选核心种质, 取样比例为14.2%, 性状符合度达100%。 相似文献
10.
以国家甘蔗种质资源圃中1 202份甘蔗杂交品种为材料,根据23个数量和质量性状,从分组原则、组内取样比例、组内取样方法3个层次探讨构建甘蔗杂交品种初级核心种质的最佳取样策略,共形成26种取样策略;同时设10个总体取样量梯度,确定最佳的总体取样量。分组原则以原产地、种植区域、总体聚类进行分组及不分组的大随机;组内取样比例按组内个体数量的简单比例(P)、平方根比例(S)、对数比例(L)和多样性比例(G)确定;组内取样方法采用聚类(C)和随机(R) 2种方法;10个总体取样量梯度为5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%和50%。应用变异系数、遗传多样性指数、表型保留比例、表型频率方差、表型方差等5个参数来检验各取样策略的优劣。结果表明,聚类取样优于随机取样;总体聚类分组优于其他分组;在聚类取样中,平方根比例最好,在随机取样中,多样性比例最好;根据取样策略及总体取样量的分析结果最终确认按10%总体取样量,以总体聚类分组、按对数比例在组内聚类取样为构建甘蔗杂交品种初级核心种质的最佳策略组合,其遗传多样性明显高于总资源库。在此初级核心种质的基础上,加入极值材料和取样极易丢失表型性状的材料共计136份组成最终初级核心种质,占总资源的11.31%。 相似文献
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以湖南和湖北大豆[Glycine max（L.）Merr.]为例分析影响遗传多样性评价的因素 总被引：6，自引：2，他引：4
以不同来源大豆种质为材料进行基因组SSR分析,探讨大豆遗传多样性研究方法,旨在为科学评价大豆种质资源提供参考。当取样比例相同时,湖北大豆的遗传丰富度显著高于湖南大豆,但两省大豆遗传多样性指数之间没有显著差异。当取样量相同时,利用随机取样法比较,湖南大豆的遗传多样性显著高于湖北,而利用聚类取样比较,两省大豆的遗传多样性没有显著差异。在遗传多样性指数相同情况下,湖北大豆的遗传丰富度显著高于湖南大豆。取样数与三个遗传多样性评价参数（等位变异数、Shannon指数、He）之间均达到显著和极显著相关。以湖南大豆为例,估算出在大豆SSR遗传多样性分析中,至少需要50~60个样本,即占总体9.0%~10.8%的取样比例,才能代表总体的遗传变异。提出在评价大豆遗传多样性时,应用大豆样本数对其遗传多样性指数计算公式进行修正,建议将Shannon指数计算公式改为H＝－lnN ∑Pi lnPi (N为样本数)。根据修正公式分析,结果表明,湖北大豆的遗传多样性高于湖南大豆。 相似文献
12.
甘蔗杂交品种初级核心种质取样策略 总被引：4，自引：1，他引：3
以国家甘蔗种质资源圃中1 202份甘蔗杂交品种为材料,根据23个数量和质量性状,从分组原则、组内取样比例、组内取样方法3个层次探讨构建甘蔗杂交品种初级核心种质的最佳取样策略,共形成26种取样策略;同时设10个总体取样量梯度,确定最佳的总体取样量。分组原则以原产地、种植区域、总体聚类进行分组及不分组的大随机;组内取样比例按组内个体数量的简单比例(P)、平方根比例(S)、对数比例(L)和多样性比例(G)确定;组内取样方法采用聚类(C)和随机(R) 2种方法;10个总体取样量梯度为5%、10%、15%、20%、25%、30%、35%、40%、45%和50%。应用变异系数、遗传多样性指数、表型保留比例、表型频率方差、表型方差等5个参数来检验各取样策略的优劣。结果表明,聚类取样优于随机取样;总体聚类分组优于其他分组;在聚类取样中,平方根比例最好,在随机取样中,多样性比例最好;根据取样策略及总体取样量的分析结果最终确认按10%总体取样量,以总体聚类分组、按对数比例在组内聚类取样为构建甘蔗杂交品种初级核心种质的最佳策略组合,其遗传多样性明显高于总资源库。在此初级核心种质的基础上,加入极值材料和取样极易丢失表型性状的材料共计136份组成最终初级核心种质,占总资源的11.31%。 相似文献
13.
利用SSR分子标记分析茶树地方品种的遗传多样性 总被引：3，自引：0，他引：3
正确评价茶树地方品种的遗传多样性是有效保护和利用茶树地方品种的前提条件。本研究从西湖龙井群体种中选取91个单株,用SSR分子标记分析其遗传多样性。采用计算机模拟方法,探讨了抽样群体样本量、SSR引物等位基因数影响茶树地方品种的主要遗传多样性参数值的变化规律。结果表明,样本量对茶树地方品种的遗传多样性参数值有不同程度的影响,当样本量达到15个单株时,各遗传参数值趋于稳定;SSR引物等位基因数对茶树地方品种各遗传多样性参数值的影响很大,而且达到总体遗传多样性90%所需的样本量也很不一样。当SSR引物等位基因数为5时,24个茶树单株才能达到茶树地方品种总体90%以上的遗传变异。本研究为茶树地方品种遗传多样性的评价和采用合理的保护策略提供了科学依据。 相似文献
14.
苎麻核心种质构建方法 总被引：6，自引：3，他引：3
选用国家长沙苎麻圃的790份种质资源,在已有的25个性状数据的基础上,采用不同取样方法、不同系统聚类方法、不同遗传距离方法构建苎麻核心种质,用质量性状的多样性指数均值、表型保留比率均值和数量性状均值差异百分率、方差差异百分率、极差符合率和变异系数变化率等6个指标评价不同方法组合(取样方法、聚类方法、遗传距离)构建核心种质的优劣。选出合适的构建方法,构建苎麻核心种质。结果表明,不同的取样方法对质量性状和数量性状的遗传多样性影响不同,就质量性状的最大遗传多样性而言,选择优先取样+多次聚类随机取样方法比较适宜,而对数量性状的最大遗传多样性而言,选择优先取样+多次聚类变异度取样方法则较适宜。用优先取样+多次聚类随机取样方法取样时,采用最短距离法和重心法构建的核心种质最好,用优先取样+多次聚类变异度取样时,采用离差平方和法则是构建苎麻核心种质的最佳聚类方法。苎麻核心种质构建与质量性状的不同遗传距离无关,但数量性状以欧氏距离最佳。 相似文献
15.
Lixia Wang Yuan Guan Rongxia Guan Yinghui Li Yansong Ma Zhimin Dong Xian Liu Haiyan Zhang Yueqiang Zhang Zhangxiong Liu Ruzhen Chang Haiming Xu Linhai Li Fanyun Lin Weijiang Luan Zhe Yan Xuecheng Ning Li Zhu Yanhua Cui Rihua Piao Yan Liu Pengying Chen Lijuan Qiu 《Euphytica》2006,151(2):215-223
It is very important to efficiently study and use genetic diversity resources in crop breeding and sustainable agriculture. In this study, different sampling methods and sample sizes were compared in order to optimize the strategies for building a rationally sized core collection of Chinese soybean (Glycine max). The diversity in the core collection captured more than 70% of that in the pre-core collection, no matter what sampling methods were used, at a sampling proportion of 1%. Core collections established with both simple sequence repeat (SSR) marker data and agronomic traits were more representative than those chosen on an independent basis. An optimal sampling method for a soybean core collection was determined, in which strategy ‘S’ (allocating accessions to clusters according to the proportion of square root of the original sample size within each ecotype) was used based on SSR and agronomic data. Curve estimation was used to estimate the allelic richness of the entire Chinese soybean germplasm and a minimum sample size for a core collection, on which a sampling proportion of about 2% was determined to be optimal for a core collection. Further analysis on the core collection with fourteen agronomic traits and allelic constitution at 60 SSR loci suggested that it highly represented the entire collections both on genetic structure and diversity distribution. This core collection would provide an effective platform in proper exploitation of soybean germplasm resources for the study of complex traits and discovering important novel traits for crop genetic development. 相似文献
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以250份宁夏粳稻为材料,根据7个农艺性状的遗传多样性,研究粳稻核心种质的构建方法.采用混合线性模型统计分析方法无偏预测材料各性状的基因型值,根据2种遗传距离(马氏距离和欧氏距离),3种取样方法(多次聚类随机取样法、多次聚类优先取样法、多次聚类偏离度取样法),8种聚类方法(最短距离法、最长距离法、中间距离法、重心法、类平均法、可变类平均法、可变法、离差平方和法),用均值、方差、极差、变异系数及秩次评价不同遗传距离、取样方法、聚类方法的优劣.结果表明,马氏距离优于欧氏距离;偏离度取样法优于优先取样法和随机取样法,聚类方法最好的是最短距离法、可变类平均法,适宜取样比例是15％.用马氏距离、偏离度取样法、15％取样比例、最短距离聚类法构建了37份宁夏粳稻核心种质. 相似文献
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海南两个自然保护区野生荔枝遗传多样性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
采用常规聚丙烯酰胺凝胶电泳技术,对海南吊罗山和霸王岭两个国家级自然保护区野生荔枝等位酶遗传多样性进行了研究。13个酶系统、18个酶位点的检测结果表明,两个自然保护区野生荔枝具有较低的居群间遗传变异水平和较高的居群内遗传变异。吊罗山保护区野生荔枝的遗传多样性参数为:P=61.1%,A=2.05,He=0.27。霸王岭居群野生荔枝的遗传多样性参数为:P=61.1%,A=2.05,He=0.28。两个群体的遗传分化极小,GST=0.047.居群间遗传一致度较高I=0.977。共检测到7个稀有等位基因。两个自然保护区的野生荔枝均有各自特有的稀有等位基因,都应采取措施予以保护。 相似文献
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为更好地发掘和利用现有闽楠种质资源,本研究利用7个SSR位点对江西和福建16个闽楠群体的237份材料进行基因型分析,采用逐步聚类(随机取样策略,位点优先取样策略)和模拟退火算法(等位基因数目最大化策略,遗传距离最大化策略)4种取样方法构建闽楠核心种质,并将各遗传多样性指标进行分析。结果表明:7个SSR位点共检测到50个等位基因,平均为7.143,平均有效等位基因为2.115,Shannon信息指数为0.778,观测杂合度为0.302,期望杂合度为0.442。基于逐步聚类方法构建的核心种质相较于基于模拟退火算法构建的核心种质各遗传参数指标都相对较高。对其进行t检验后,选择以基于逐步聚类位点优先取样策略在25%的取样比例下选取的种质为核心种质,其等位基因数、平均有效等位基因数、多态性位点百分率、Shannon多样性指数的保留率分别为初始种质的98%、104.92%、90.09%、97.94%。筛选出的59份核心种质材料能够较好地代表闽楠种质资源的遗传多样性,为闽楠的种质资源保存提供科学依据。 相似文献