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对虾科线粒体基因组特征及基因差异位点分析 总被引：1，自引：0，他引：1
通过长PCR扩增获得凡纳滨对虾和中国明对虾的线粒体DNA,进而采用步移测序、序列拼接获得2个对虾类线粒体基因组的全序列.结合斑节对虾、日本囊对虾、细角滨对虾和加州美对虾的线粒体基因组,初步揭示了对虾科线粒体基因组的基本特征.6个对虾类线粒体基因组的基因排列与泛甲壳动物线粒体基因组的原始排列完全一致.对虾类线粒体基因组所有的主编码基因中,变异程度最高的是nad2和nad6基因.因此,nad2和nad6基因可以作为coxl基因辅助的分子标记,为对虾类生物多样性的保护及对虾类生物资源合理、高效利用等诸多方面提供参考. 相似文献
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测定了凡纳滨对虾(Penaeus vannamei)和中国明对虾(Penaeus chinensis)中5种溴苯酚物质2-溴苯酚(2-BP)、4-溴苯酚(4-BP)、2,4-溴苯酚(2,4-DBP)、2,6-二溴苯酚(2,6-DBP)和2,4,6-三溴苯酚(2,4,6-TBP)的含量,根据两种对虾的差异设计向凡纳滨对虾中添加不同浓度的溴苯酚,进一步研究溴苯酚对凡纳滨对虾风味的影响.结果表明,凡纳滨对虾和中国明对虾中溴苯酚含量差异显著,其含量范围分别是1.24～9.87 ng/g和1.66～20.88 ng/g.感官实验进一步证明溴苯酚影响凡纳滨对虾的海洋风味,其中2,4,6-TBP添加量在6～9 ng/g、2-BP在0.4～1.2 ng/g、2,6-DBP在1.5～4.5 ng/g、2,4-DBP在0.0～0.55 ng/g、4-BP在0.0 ng/g时凡纳滨对虾的气味最好,与中国明对虾最为接近,并且不会带来异味. 相似文献
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首先在凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)转录组测序的基础上, 应用RT-PCR方法获得了凡纳滨对虾泛素交联酶E2 (UE2)基因的开放阅读框序列。该序列长为447 bp, 编码148个氨基酸, 理论相对分子量为16.84 kD, 等电点为4.90。同源性比对和系统进化分析显示, 不同物种的UE2基因具有较高的同源性, 其中凡纳滨对虾与中国明对虾(Fenneropenaeus chinensis)的同源性最高并聚为一支。半定量RT-PCR分析表明, UE2基因在所检测的组织中均有表达; 实时定量PCR分析表明, UE2基因在肝胰腺和肠中的表达量最高, 在心脏、鳃、胃和肌肉组织中的表达量略低, 在血淋巴中的表达量最低。原核表达分析结果显示, PCR®T7/NT-Topo TA-UE2表达载体在1.0 mmol/L IPTG、37℃诱导3 h条件下可获得纯度较高的分子量约17 kD的蛋白。利用亲和层析的方法将蛋白进行纯化用以制备抗体。研究结果将为深入研究UE2基因在对虾白斑综合症病毒侵染过程中的作用机制奠定基础。 相似文献
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凡纳滨对虾（Penaeus vannamei）俗称南美白对虾、太平洋白虾等,原产于美洲太平洋海域,目前是世界上最重要的海水经济虾之一。自上世纪90年代开始,凡纳滨对虾逐渐成为我国最重要的对虾养殖品种,目前其养殖量占我国对虾养殖量的70％以上。本文就近年来国内外学者关于凡纳滨对虾营养研究结果进行综述,以期为凡纳滨对虾营养生理、饲料配制以及今后的相关研究提供科学参考。 相似文献
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养殖海水的质量是影响凡纳滨对虾生殖、发育、代谢生长的关键环境因素之一,因此明确不同养殖海水(天然海水、人工海水)对凡纳滨对虾的影响,对凡纳滨对虾养殖产业具有重要的实践指导意义。本研究通过养殖试验和荧光定量PCR技术,对比分析了天然海水、人工海水对雌、雄凡纳滨对虾10个生长与形态指标的影响,并探讨了其对雌、雄凡纳滨对虾关键代谢供能基因己糖激酶(HK)、丙酮酸激酶(PK)、异柠檬酸脱氢酶(IDH)和肉毒碱棕榈酰基转移酶(CPT1)表达的作用。研究结果表明,在天然海水中养殖的凡纳滨对虾,不论雌雄个体,其生长指标(体长、体重、头甲长、头甲宽、躯体周长、肌肉重)均显著高于人工海水饲养组(P0.05)。进一步的基因表达分析表明,除了雌性对虾的IDH基因被诱导表达之外,人工海水养殖显著抑制了雌、雄凡纳滨对虾代谢供能基因PK、HK、CPT1的表达(P0.05)。 相似文献
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E75是对虾蜕皮激素信号通路的关键调控因子。为了深入了解E75基因的结构和功能,本实验从转录组数据中筛选得到注释为凡纳滨对虾E75基因的转录本,经与基因组序列比对分析,鉴定发现凡纳滨对虾E75基因至少存在6种可变剪接体,分别命名为LvE75-1、LvE75-2、LvE75-3、LvE75-4、LvE75-5和LvE75-6。其中LvE75-1/2/4/5/6均包含DBD和LBD结构域,与果蝇E75A/C有相同的结构域,而LvE75-3仅包含LBD结构域,与果蝇E75D相同。在凡纳滨对虾蜕皮过程中,LvE75-1/2/3/4在D3～D4时期高表达,而LvE75-5和LvE75-6表达量很低。在成体组织中,LvE75各种剪切形式在所有检测的组织中均有表达,且在表皮、肠和鳃中表达较高,在肝胰脏、血细胞和淋巴组织中仅LvE75-3表达较高。实验通过双链RNA干扰LvE75基因的表达,在干扰样品中,检测到Halloween基因中的spo、phm和dib表达下调,shd表达上调,表明LvE75可能通过调控Halloween基因的表达来影响蜕皮激素的合成;同时E75基因的干扰也使同为蜕皮激素早期应答基因的Br-C基因和Ftz-F1基因表达下调,HR3基因表达上调,表明LvE75基因对蜕皮信号通路上下游基因均有作用。在LvE75基因持续干扰12 d后,凡纳滨对虾的蜕皮率显著低于对照组,而死亡率显著高于对照组,说明LvE75基因对凡纳滨对虾的蜕皮和生存具有重要作用。 相似文献
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目前，我国养殖的对虾有10多种：凡纳滨对虾^*Litopenaeus vannamei(凡纳对虾、南美白对虾、万氏对虾)，中国明对虾^*Fenneropenaeus chinensis(中国对虾)。斑节对虾^*Penaeus monodon(草虾、虎虾)，日本囊对虾^*Marsupenaeus japonicus(日本对虾、竹节虾、车虾)。墨吉明对虾^*F．merguiensis(墨吉对虾)，长毛明对虾^*F．penicillatus(长毛对虾)，细角滨对虾^*L．stylirostris(蓝对虾)， 相似文献
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探究凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道微生物及抗生素抗性基因(antibiotic resistance genes, ARGs)种类的差异。通过高通量测序和变性梯度凝胶电泳(denaturing gradient gel electrophoresis, DGGE)技术分析2种虾肠道微生物群落结构差异和微生物多样性,并运用PCR方法检测了2种虾肠道细菌常见38种ARGs的携带情况。结果显示,获得凡纳滨对虾和罗氏沼虾肠道细菌有效序列分别为42 795和40 713条,物种注释单元(operational taxonomic unit, OTU)数目分别为124和82,分类地位明确的细菌种类分别隶属5个门、17个属和5个门、16个属。凡纳滨对虾肠道细菌的优势类群为变形菌门,所占比例为75.45%,优势菌属为副球菌属(25.83%)和不动杆菌属(25.24%);罗氏沼虾肠道细菌的优势类群是厚壁菌门(49.74%),优势菌属为乳球菌属(49.01%)和弧菌属(29.98%)。凡纳滨对虾肠道细菌(2.19)Shannon指数高于罗氏沼虾肠道细菌(1.78),表明前者肠道细菌多样性大于后者。DGGE图谱的分析结果与高通量测序一致,2种虾肠道细菌种类差异很大。PCR结果显示,凡纳滨对虾肠道细菌携带15种ARGs,罗氏沼虾肠道细菌携带14种ARGs。本实验表明凡纳滨对虾肠道细菌的群落种类多样性、OTU丰富度、物种总数和ARGs种类均高于罗氏沼虾肠道细菌,为后续肠道微生物资源的挖掘提供了理论依据。 相似文献
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草鱼野生与选育群体遗传变异微卫星分析 总被引：3，自引：1，他引：2
为探究经过2个选育世代后选育群体遗传多样性和遗传结构的变化,实验采用多重PCR技术对4个野生草鱼群体(邗江、九江、石首、吴江)和2个选育群体(F1和F2)进行了微卫星序列遗传变异分析。结果显示,6个草鱼群体遗传多样性水平较高,2个选育群体除了平均等位基因数外,其他遗传多样性参数均小于4个野生群体。哈迪—温伯格平衡(Hardy-Weinberg equilibrium)检测显示,在120个群体—位点组合中有62个位点显著偏离哈迪—温伯格平衡,62个群体—位点组合中只有11个组合其近交系数值为负值,其余的51个组合的Fis均为正值。6个草鱼群体AMOVA分析结果显示,3.75%的变异来自于群体间,96.25%的变异来自于群体内,整体的遗传分化指数值为0.038。进一步分析各个群体间Fst,只有石首群体与F1、F2群体之间的Fst大于0.05,处于中等分化,其余群体间分化程度较低,且F2群体与4个野生群体之间Fst比F1群体与4个野生群体之间的Fst大。奈氏标准遗传距离分析结果显示,2个选育群体与野生群体之间的遗传距离大于野生群体之间的遗传距离。基于Dn建立的UPGMA系统发育树得出了相同的结果,即2个选育群体与野生群体之间的亲缘关系比4个野生群体之间的亲缘关系要远。研究表明,经过2个世代选育后,相比4个野生群体,2个选育群体遗传多样性虽有部分下降,但仍处于较高的水平,2个选育群体的遗传结构已发生变化,但其遗传分化程度尚不明显。本研究结果为制定出更加完善有效的选育方案提供了重要参考。 相似文献
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微卫星用于凡纳滨对虾育种过程中亲权分析及遗传多样性的变化监测 总被引：1，自引：0，他引：1
利用7个微卫星标记分析了6个凡纳滨对虾家系的亲本（G0）及其后代（G1）的基因型分离情况,同时对G0和G1的所有座位期望杂合度进行配对比较分析,并且通过对G1群体每个位点的F-statistics分析检验群体的遗传分化,以期对凡纳滨对虾育种进行遗传监测。结果表明：共检测到44个等位基因。G0和G1的平均每个座位的等位基因数目分别为6.14和6.27,平均期望杂合度为0.786和0.733,平均多态性信息含量为0.709和0.695。7个微卫星座位的累计排除概率为0.99,并且在有亲本存在的情况下,能够将6个家系分开。G0与G1的所有座位期望杂合度的配对比较分析结果表明G0平均期望杂合度要显著高于G1(P<0.01)。G1各座位的遗传分化指数FST在0.270 3～0.465 4,平均分化系数为0.358 4。说明亚群间属于高度遗传分化。最后,根据6个家系的遗传距离,利用UPGMA法对G1个体聚类分析,结果表明亲缘关系较近的家系A和B以及C和D的相似系数很高分别各聚为一类,E和F分别聚为一类。 相似文献
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中国明对虾在养殖中表现出较强的竞争行为,对其生长性能产生了较大的影响,然而,到目前为止其发生的分子机制尚不清楚。钙调神经磷酸酶(calcineurin,CN)是高度保守的Ca2+/钙调蛋白(calmodulin,CaM)依赖性丝氨酸/苏氨酸磷酸酶,由催化亚基(CNA)和调节亚基(CN-B)组成,是参与许多重要生理过程的多功能蛋白质。CNB在Ca2+/CaM的介导下主要在动物的中枢神经系统发挥重要作用。另外,前期通过比较转录组分析筛选出的与中国明对虾竞争行为相关的候选基因中包括CNB基因。为了进一步明确CNB在中国明对虾竞争过程中的作用,实验通过RACE技术克隆了中国明对虾CNB基因(FcCN-B)的全长cDNA序列,并利用Real-time PCR技术分析了其在高竞争能力组(HCG)和低竞争能力组(LCG)组间不同组织(神经节、心脏、胃、肝胰腺和肠)中的表达情况。结果显示,FcCN-B的cDNA全长序列为2867 bp,包括95 bp的5′非编码区(UTR),540 bp的开放阅读框(ORF),和2232 bp的3′UTR,其中ORF中具有4个保守的EF-hand Ca2+结合结构域。蛋白质同源性分析显示,FcCN-B的氨基酸序列与其他物种具有较高的同源性(78.8%~93.8%),其中最高的是中华绒螯蟹(93.8%)和黑腹果蝇(90.5%);系统进化关系分析显示,脊椎动物和无脊椎动物分别独立为一支,且中国明对虾与中华绒螯蟹单独聚为一支,之后与黑腹果蝇聚类关系最近,提示FcCN-B在中国明对虾中可能具有与其在中华绒螯蟹和果蝇中相类似的功能。Real-time PCR定量结果显示,FcCN-B在HCG组的神经节中的表达极显著高于LCG组,而其在HCG组的心脏中的表达极显著低于LCG组。研究结果表明,calcineurin B基因在中国明对虾的竞争行为中可能发挥一定的作用,将为解析中国明对虾竞争行为的分子机制奠定重要的基础。 相似文献
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中国明对虾眼柄微结构与其生长的关系 总被引：1，自引：0，他引：1
观察了采集于江苏南通近海的69只中国明对虾的眼柄微结构,分析了其体长和体质量的生长。结果显示,眼柄由表层、色素层、钙化层和膜层4个部分组成。眼柄内存在明显的生长宽带和细纹,其中宽带数0~1个,细纹数27~37个。最小AIC法拟合分析显示,中国明对虾体长、体质量的生长与眼柄细纹数都呈显著的Logistic关系。研究表明,中国明对虾眼柄中的宽带与其年龄相关,细纹可用来分析中国明对虾的生长,而细纹的形成周期是否与个体差异、生长环境差异等相关还需要进一步验证。 相似文献
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凡纳滨对虾肠道内产消化酶益生菌的分离与筛选 总被引：2，自引：1，他引：1
为获得具有消化酶活性且安全的益生菌,从凡纳滨对虾肠道中初步分离得到576株细菌,对菌株进行产蛋白酶、淀粉酶和脂肪酶能力的定性及定量测试,筛选出产酶种类多且产酶能力强的菌株11株。对筛选出的11株菌进行了幼虾浸浴实验、药敏性实验和溶血性实验,以评价其生物安全性。将11株菌的菌悬液添加到凡纳滨对虾幼虾的养殖水体中进行浸浴实验,浸浴结束后用鳗弧菌进行刺激,测定不同浸浴组幼虾相关免疫基因的相对表达量,以确定其对幼虾的保护效果。综合消化酶活性、菌株对幼虾的保护效果及生物安全性,筛选得到4株效果较好的菌株。菌株的16S r DNA分子鉴定结果表明,细菌1号、2号和4号分别与芽孢杆菌(Bacillus sp.PCSAS2-38,GQ284495.1)、蜡样芽孢杆菌(B.cereus strain N419,JN400121.1)及苏云金芽孢杆菌(B.thuringiensis strain EA26.1,KC758847.1)的相似性均为100%,9号菌株与荚膜红细菌(Rhodobacter capsulatus strain PSB-03,FJ866782.1)相似性达到99%,为后续益生菌制剂的开发奠定了前期基础。 相似文献
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在室内条件下进行了玉足海参与凡纳滨对虾的混养实验,分析了单养与混养两种条件下养殖水体营养盐结构以及底质成分的变化,测定了对虾与海参的存活率与生长性能。结果显示,混养海参可以明显改变养殖系统的营养盐结构,可使水体中的磷酸盐和硝酸盐浓度有所升高,同时也可有效地控制系统中氨氮浓度。混养海参也可以大幅度地降低沉积物中有机质和硫化物含量,实验结束时混养组硫化物含量为(7.71±1.33)mg/kg,仅相当于单养组浓度的1/3。混养海参对对虾生长及存活具有明显的促进作用,其中混养组对虾体长特异增长率为(0.69±0.13)%/d,显著优于单养组(0.45±0.06)%/d;混养组对虾成活率可达72.5%±22.9%,显著高于对照组55.0%±17.5%。在混养系统内,对虾不会对海参的生存造成负面影响,海参能够有效地选择摄食和利用沉积物中的营养物质(对食物中有机质的同化率可达36.36%±13.79%),并以较快的速度生长。结果表明,在对虾养殖系统中混养玉足海参具有明显的环境与经济效益。本研究可为我国海水养殖业的可持续发展提供一定的科学依据。 相似文献
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为探究亚硝态氮胁迫下凡纳滨对虾[体长为(6.8±0.3) cm,体质量为(4.0±0.6) g]体内亚硝态氮的时空分布与能量代谢相关酶活性的响应,实验设置0(对照组)、0.8、4.0和8.0 mmol/L 4个处理组,进行持续96 h的亚硝态氮胁迫实验和12 h的恢复实验。结果显示,凡纳滨对虾死亡率与胁迫浓度呈现显著的正相关性。胁迫6 h内,亚硝态氮在凡纳滨对虾鳃、血淋巴、肠道、肝胰腺和肌肉组织中明显积累,且积累量与胁迫浓度呈现正相关。相同胁迫浓度组,亚硝态氮在对虾鳃中积累最多,肌肉中最少,鳃中的积累量约为肌肉的3倍。Na~+-K~+-ATP酶活性在0.8和4.0 mmol/L组对虾肝胰腺和肌肉中显著升高,而在8.0 mmol/L组的肌肉中显著降低。胁迫各组对虾肝胰腺AMPK活性显著上升,且与胁迫浓度呈现正相关性。恢复期间,除血淋巴(8.0 mmol/L组)外,各组织中亚硝态氮1 h恢复效率均超过50%,且肝胰腺和鳃的恢复效率最高,达到74%以上。血淋巴、鳃、肠道中亚硝态氮恢复到对照组水平的时间最短,均在6 h以内,而水体中亚硝态氮含量显著升高。以上研究表明,胁迫下亚硝态氮会在对虾组织中迅速积累,并引起能量代谢进程的加快;胁迫解除后,积累在体内的亚硝态氮能够迅速排出体外,以减轻毒性影响。本研究结果将为缓解亚硝态氮对养殖对虾毒性效应的研究提供参考。 相似文献
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为明确不同选育群体中间球海胆的遗传多样性和遗传结构,利用SSR-seq技术和15个微卫星位点,对1个家系选育群体(FP)、1个群体选育群体(IP)和1个未经选育的普通养殖群体(CP)的遗传多样性及遗传结构进行了分析。结果显示,15个微卫星位点共检测出112个等位基因,FP、IP、CP 3个群体的平均观测等位基因数(Na)分别为5.077、5.133和6.133个,平均有效等位基因(Ne)分别为2.816、2.873和3.638个,平均观测杂合度(Ho)分别为0.522、0.441和0.501,平均期望杂合度(He)分别为0.595、0.599和0.667,平均多态性信息含量(PIC)分别为0.546、0.543和0.623。家系选育群体(FP) He与Ho的差值(0.073)低于IP (0.158)和CP (0.166),平均固定指数(F)(0.115)低于IP (0.248)和CP (0.246)。3个群体间遗传分化系数(Fst)介... 相似文献
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Lynne van Herwerden William J. Aspden Stephen J. Newman Graham G. Pegg Leica Briskey William Sinclair 《Fisheries Research》2009,100(2):148-155
Lethrinus miniatus and Lutjanus sebae are important commercial and recreational species of reef fish. Within Australian waters the former species is less widespread than the latter and has a discontinuous distribution, whilst the latter is continuously distributed in tropical Australian waters. The demographic attributes of these species (e.g. long life span, low rates of natural mortality) make them vulnerable to over-exploitation. Consequently, conservative harvest strategies including no-take zones for these species have been adopted by fisheries management agencies to control exploitation. Information on the genetic stock structure of these species is important for developing specific management strategies. However, little is known about genetic stock structures within and between east and west Australian populations of these species. The current study used the mitochondrial genome hypervariable region 1 (HVR1) of the control region to examine variation between two sites from both the east and west Australian coasts for each species. HVR1 for L. sebae did not differ genetically either within or between coasts (Fst < 0.018, p > 0.15) at the sites studied, suggesting a panmictic population structure. Similarly, L. miniatus did not differ significantly between sites sampled within coast. However, the west coast HVR1 for L. miniatus east and west coast populations, were discrete (Fst of at least 0.92, p < 0.0001). The degree of genetic sub-division between east and west coast populations indicates that they should be managed as discrete stocks. Further, when considering both species, the lower genetic (both haplotype and nucleotide) diversity in three of the four sites on the west coast of Australia, indicates that this region is genetically impoverished and neutrality tests suggest that selection is responsible. Consequently, west Australian populations will be less resilient to perturbations (e.g. fishing, climate change) than east Australian populations, which have higher genetic diversity. 相似文献