共查询到20条相似文献，搜索用时 187 毫秒
1.
利用新型分子标记EST-SSR鉴定湖北省内的主栽黑杨品种 总被引：4，自引：0，他引：4
EST-SSR标记是基于表达序列标签(expressed sequence tags,EST)数据信息,并结合SSR标记特点开发出的一种新型分子标记.本文利用12对EST.SSR标记对湖北省内目前主要栽培的8个黑杨品种进行分子鉴定,同时对不同EST.SSR位点进行相关遗传参数分析.品种鉴定结果表明,仅需4对EST-SSR引物即可将8个亲缘关系较近的黑杨品种完全区别开来.遗传多样性分析显示,多态位点百分比为58.3%,平均有效等位基因数为2.09个,平均Shannon信息指数0.61,平均杂合度为0.35.这些结果表明,杨树EST-SSR标记完全可以应用于品种鉴定及群体遗传多样性分析. 相似文献
2.
大白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV)EST-SSR信息分析与引物筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
为了研究大白菜抗芜菁花叶病毒(TuMV),对大白菜及芸薹属中与抗性有关的EST序列进行了搜索和SSR筛选,并根据SSR两端的序列设计引物,以1对大白菜TuMV抗、感材料的基因组DNA为模板,对上述引物进行了筛选。结果表明,在132条大白菜EST和895条芸薹属抗性EST序列中,共筛选出166个符合条件的SSR(16.2%)。其中包含6种核苷酸重复基元,占主导地位的分别是二核苷酸重复(33.7%)和三核苷酸重复(50.0%),其余重复类型所占比例较小。根据上述SSR两翼的序列,共设计引物196对。引物筛选结果表明,能够进行成功扩增的有156对,占79.6%,其中35对引物在2份材料中具有多态性。因此,利用芸薹属中抗性有关的EST序列设计SSR引物,可用于大白菜TuMV抗性有关基因的标记。 相似文献
3.
4.
利用生物信息学方法对NCBI公共数据库的1 458条三浅裂野牵牛ESTs序列进行EST-SSRs信息特征分析。结果显示,剔除低质量的和冗余的序列后,得到总长度为334.368 kb无冗余序列868条。这些无冗余序列中有35个微卫星简单重复序列(Simple sequence repeat,SSR),分布于35条EST中,出现频率为4.03%,平均分布距离为9.55 kb。在2～6核苷酸的重复类型中,二、三核苷酸SSR之和占总EST-SSR的68.57%,其中三核苷酸SSR占总SSR数量的45.71%。在所有重复单元中,所占比例最高的是AT/AT(14.29%),其次是TCT/AGA为11.43%,TAA/TTA为8.57%列第3位。在所有的SSR中,EST-SSRs重复次数5次的有13个,占全部SSR的37.14%,其次是重复次数为4次和7次,各有5个,占全部SSR的14.29%。结果说明,甘薯近缘野生种三浅裂野牵牛的EST-SSR出现频率较高、类型丰富、具有一定的研究利用价值。 相似文献
5.
芝麻EST-SSR标记的开发和初步研究 总被引：15，自引：4，他引：11
为了加速分子标记在芝麻研究中的应用,利用网上现有的芝麻EST(expressed sequence tags)数据信息,开展了芝麻EST-SSR功能性标记的开发和利用研究。 在所有的3 328条芝麻EST序列中共确认得到1 785条非冗余EST序列。其中,在含有微卫星重复的148条序列中共检测有155个EST-SSR。非冗余EST序列总长为774.266 kb,平均每4.99 kb含有一个EST-SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,以AG/TC为重复基元(motif)的SSR出现最多,占总SSR的37.42%。利用这些序列,设计开发了50对EST-SSR引物,并分别选用36个芝麻、2个棉花、2个大豆和2个油葵进行多态性和通用性研究。其中44对引物在供试芝麻材料中扩增出条带,共产生108个位点,平均每对引物产生2.45个位点,多态信息含量(polymorphism information content, PIC)平均值为0.390。根据遗传相似性系数进行聚类,有26个芝麻材料聚类在两个大的亚类(III和IV)中,聚类结果表明芝麻的基因型与地理来源之间没有必然的联系。此外,分别有2对、3对和4对引物可以在棉花、大豆和油葵中进行通用性扩增。本研究证实这种全新开发的芝麻EST-SSR标记在芝麻遗传多样性分析、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。 相似文献
6.
花生EST-SSR分子标记的开发 总被引：2，自引：0，他引：2
利用NCBI的Genbank数据库中公布的花生53177条EST序列以及本实验室创造的花生栽培品种E12(Arachis hypogaea L.)所构建的Unigene文库中的4 074条EST序列,对这些序列进行前期处理(去除冗余序列,对含有重叠区域的EST序列进行拼接),总共获得非冗余且拼接较长的序列11 260条.通过软件分析发现两个EST库中共包含有1 323个SSR位点,主要是2个和3个核苷酸重复,除此之外也有少量的4核苷酸重复以及复合重复.这些EST-SSR平均长度为18.88 bp,平均每8.5条EST序列就包含有一个SSR位点.其中AG/TC、CTY/GAA重复出现的频率最大,分别占到2个核苷酸重复和3个核苷酸重复的39.3%和22.6%. 相似文献
7.
猕猴桃EST序列的SSR信息分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从NCBI公共数据库中最新公布的猕猴桃表达序列标签（Expressed Sequence Tag,EST）中随机抽取56,400条序列,应用SSRHunter软件查找微卫星（Microsatellite,SSR）重复序列。研究结果表明,从猕猴桃EST序列中获得了7939条SSR,其中包括二核苷酸重复5131条（64.63%）,三核苷酸重复1237条（15.58%）,四核苷酸重复284条（3.58%）,五核苷酸重复397条（5.00%）, 六核苷酸重复890条（11.21%）。大约每2.48kb 长度的单一基因序列中即存在1个SSR, 即平均7个单一基因中存在1个SSR。二核苷酸重复序列是最丰富的重复单元,其次为三核苷酸重复和六核苷酸重复。在所获得的SSR重复单元中,AG/CT为优势重复,共分布4654条（90.70%）。通过筛查猕猴桃EST序列中的SSR,可为猕猴桃基于EST-SSR的分子生物学研究奠定理论基础。 相似文献
8.
辣椒EST-SSR标记的开发 总被引：9，自引：0，他引：9
对4000条辣椒EST序列进行筛选,获得了119条含有SSR的EST,共设计出35对EST—SSR引物,占所有EST序列的0．87％。在所有的SSR—ESTs中,二核苷酸重复含量最高,其次是三核苷酸重复。GA和AGA分别是二,三核苷酸重复中含量最高的重复基元。以不育系（cytoplasmic male sterility,CMS）,保持系基因组DNA为模板,对EST—SSR引物进行筛选,首次获得Pe21、Pe26和Pe27等3对特异引物,并扩增出特异片段分别为CMSPe2160、CMSPe260、CMS Pe27300. EST—SSR标记作为功能基因的一部分,可以直接揭示或反映相关基因功能,特异标记基因的一部分序列,它的应用将对进一步研究辣椒胞质雄性不育分子机理带来一定的促进作用。 相似文献
9.
木薯EST资源的SSR信息分析 总被引：3，自引：1，他引：2
为了进一步利用现有木薯 EST-SSR 资源.笔者从 NCBI 公共数据库下栽了 38411 条木薯 EST,去除低质量的和冗余的的序列后,得到全长为 4.16×103kb 的无冗余序列5401条.在无冗余序列中发现含有 SSR 的 EST 序列595条.共691个SSR,平均相隔 6.02 kb 出现一个 SSR.这些 SSR 的出现频率和平均长度分别是 11.02%和 18.89 bp.在 1～6 bp的重复基元中,二核苷酸重复基元出现频率最高(36.03%),其次是三核苷酸重复基元(31.84%)、单核苷酸重复基元(30.10%).出现较多的重复基元是 A/T(29.23%),其次是 AG/CT(24.75%).结果说明,木薯的 EST-SSR 出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值. 相似文献
10.
11.
本研究利用NCBI的GenBank数据库中公布的花生86 132条EST序列以及利用高油酸品种E12所创建的cDNA文库中的12 501条EST序列,对这些序列进行前期处理,总共获得非冗余且拼接较长的singleton 11 260条,contig 9 972条.通过MISA软件分析发现两个EST库中共包含有3 104个SSR位点,占到总共非冗余序列的11.08%.这些SSR位点被分成二核苷酸重复、三核苷酸重复、四核苷酸重复、五核苷酸重复、六核苷酸重复以及混合核苷酸重复等,其中三核苷酸重复占的比例最多,分别占到NCBI和cDNA文库的43.0%和56.8%,二核苷酸和五核苷酸重复占到所有重复位点的第二位和第三位,六核苷酸重复的比例最少.在所有重复基序中,AG/TC重复的数量最多,分别占到NCBI和cDNA文库的8.65%和13.42%.在三核苷酸重复中,CTT/GAA出现的频率最大,分别占到6.7%和13.42%.所有这些SSR基序的长度在4～51个之间. 相似文献
12.
枳壳EST-SSR标记的开发 总被引：2，自引：0，他引：2
GenBank上已公布的枳壳EST序列为开发新的SSR标记提供了宝贵的数据资源。本研究利用在线SSR鉴定软件SSRIT分析来自枳壳EST数据库的11029条Unigene序列。分析结果共发现327条EST序列含有348个SSR位点,占总数的2.96%。其中,三核苷酸重复的SSR类型最多,共有161个,占检索总数的46.26%。Primer 3.0设计合成58对EST-SSR引物,其中36对能扩增出产物,6对引物产生多态性分离,分别占所设计引物总数的62.07%和10.34%。本文研究成果为今后枳壳遗传多样性分析、遗传图谱构建及比较基因组等研究方面奠定了基础。 相似文献
13.
红麻是最重要的自然纤维作物之一,然而SSR标记的匮乏限制了其遗传改良。本研究从红麻90 175个EST序列中挑出含有转录因子的EST,开发了94对SSR引物。以24份不同红麻种质资源的DNA为模板,利用9%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测多态性。结果表明,85对引物(占90.4%)至少在2个材料之间存在多态性,表明开发的EST-SSR具有很好的多态性。其中,三核苷酸重复所占比例最多,重复基元AAT和ATG的多态性较高。聚类分析表明,24份红麻种质资源的遗传相似系数变化在0.62~0.92之间,表现出丰富的遗传基础。这些结果不仅丰富了红麻的分子标记数量,而且为红麻的遗传分析提供资源。 相似文献
14.
利用比较基因组学开发山羊草属InDel分子标记 总被引：2，自引：0，他引：2
为开发和利用小麦野生近缘种的有益基因, 采用比较基因组学方法, 通过拟斯卑尔脱山羊草EST(expressed sequence tag)与小麦UniGene序列的比对分析, 发现山羊草插入/缺失(InDel)位点137个, 在这些位点两端序列设计引物24对, 通过在15个小麦野生近缘属种基因组DNA的扩增分析, 发现11对引物具多态性, 可以作为InDel标记。这些包含突变位点的基因涉及亚细胞定位、蛋白质结合与催化以及代谢等过程。 相似文献
15.
16.
基于绵羊皮肤组织ESTs开发新型微卫星标记 总被引：1，自引：0，他引：1
利用生物信息学方法,在从国际公共生物数据库检索获得绵羊皮肤组织相关的3295条EST序列中筛选微卫星标记。结果表明,从绵羊皮肤组织相关的EST序列中搜索到微卫星209个,含有微卫星的序列196 个,占整个EST 序列数据库的6.3% , 其中双碱基重复150个,三碱基重复19个,四碱基重复12个,五碱基重复17个,六碱基重复11个。在这些微卫星序列中,AC/TG重复在双碱基类型中最丰富,占双碱基微卫星序列总数的71.8%。根据筛选到的微卫星序列设计并合成引物22对 ,其中18 对引物有扩增产物,且条带清晰, 6对引物在中国美利奴羊群内多态性丰富,平均PIC达0.7001,为后期与毛品质进行相关性分析,寻找毛用性状新型分子标记奠定了基础。 相似文献
17.
棉花非冗余性EST-SSR新标记的开发及其评价 总被引：2，自引：0，他引：2
利用Clustal X等软件对公共数据库现有的393 753条棉花EST序列分析,得到349 815条非冗余EST序列,借助自主开发的SSRmine软件共发掘SSR位点11 372个,分布于10 507条EST中,EST-SSR的频率是3%,平均相隔21 kb出现一个SSR。在2~6 bp的重复基元中,三核苷酸和六核苷酸分别占34.1%、40.6%,二、三、四、五和六核苷酸基序分别以AG/CT、AAG/CTT、AAAT/ATTT、AAAAG/CTTTT和AAAAAG/CTTTTT的类型最多。利用去冗余的且在亚洲棉、陆地棉、海岛棉中没有被开发过的410条EST序列设计开发了200对非冗余性SSR引物,利用自主开发的SSRD软件通过SSR引物序列下载、预处理、Blastn、提取相似性分值≥81%的引物编号、提取引物冗余对、冗余引物写成一行等6个步骤去除来源于自身部分同源序列以及与CMD释放的不同棉种相似性SSR引物,得到了非相似性引物,定名为CRIXXX (CRI即Cotton Research Institute)。并分别选用棉花12个种的代表性材料对其中100对进行引物功效评价,包括多态信息含量(polymorphism information content, PIC)及引物通用性研究。结果显示,从自主开发的100对SSR引物筛选出56对均能在12份材料间扩增出稳定明显的条带, 其中多态性引物35对,多态率占35%。引物的PIC变幅为0.097~0.888,平均为0.482;1对海岛棉EST-SSR引物在12份材料间的通用性为100%,25对亚洲棉引物通用性为81%,74对陆地棉引物通用性为80.1%。 相似文献
18.
B. Olasanmi M. O. Akoroda E. Okogbenin C. Egesi S. S. Kahya O. Onyegbule F. Ewa J. Guitierrez H. Ceballos J. Tohme M. Fregene 《Euphytica》2014,195(2):235-244
Late root bulking is a major factor leading to rejection and abandoning of improved cassava genotypes in sub-Saharan Africa. Early bulking (EB) varieties shorten the growth period from planting to harvesting, better fit into environments with short rainy season, and reduce exposure to biotic and abiotic stresses thereby increasing productivity. This study was carried out to identify molecular markers linked to EB in cassava. Nine cassava hybrid populations (COB-1–COB-9) were developed using six elite varieties (TMS 30572, TMS 97/2205, TMS 98/0505, TMS 30555, NR 8212 and NR 8083) from the African cassava germplasm as parents. The progeny in each of the nine populations (101–272 genotypes per population) were evaluated for EB at 7 months after planting at seedling, clonal, and preliminary stages of breeding evaluation at Umudike. The parameters measured are fresh root yield, harvest index, fresh shoot weight and number of storage roots per plant. The progeny in each of the nine populations were genotyped at 542 simple sequence repeat (SSR) marker loci. Bulked segregant analysis was used to identify the SSR markers associated with EB in the populations. Nine SSR markers (SSRY 106, (ESTs)SSRY 292, SSRY 239, (ESTs)SSRY 7, NS 194, (ESTs)SSRY 47, SSRY 63, SSRY 250, and NS 323) were found to be closely linked (r = 0.3–0.5; p < 0.05) to EB in six of the nine hybrid populations. Seven of the markers with 10 % or more coefficient of determination (R2) were linked to major quantitative trait loci associated with EB in cassava. The molecular markers identified in this study provide useful materials to select for EB in cassava and for further target-traits-improvement by pyramiding. 相似文献
19.
Homologous analysis of SSR-ESTs and transferability of wheat SSR-EST markers across barley, rice and maize 总被引：8，自引：1，他引：8
Summary Comparative genetic analysis has shown that different plant species often share orthologous genes for very similar functions, especially for cereal crops. In this study, we focused on analyzing the utility of EST-SSR markers among monocots in silico and by experiment. Based on 423,611 wheat ESTs, 101,299 were found to express commonly in rice, maize and barley ESTs, which accounted for 23.94% of wheat EST data. 1707 SSR-containing ESTs (SSR-ESTs) were mined from the 101,299 homologous ESTs, which accounted for 8.8% of all the 19,434 wheat EST-SSRs. It showed that the number of homologous SSR-ESTs much less than the homologous ESTs among grasses. The number of conserved ESTs and SSR-ESTs were inversely proportional to the evolutionary distance among species. Although these SSR-ESTs were in high similarity, the number of conserved SSRs between wheat and the other three crops decreased with the increased aligning regions, and only 13 types of SSR motifs in 21 ESTs were obtained by aligning sequences over a stretch of more than 40 bp. The variation at a microsatellite came from not only the differences in the numbers of repeat units and its location shift, but also base mutations flanking microsatellite repeats. From the 428 uni-SSR-ESTs universally in the four cereals, 243 primers were designed and tested in two genotypes of each species. 154 (63.4%) primers produced clear amplicons across the four species, which showed a high efficient transferability of wheat EST-SSR markers to the other three cereal crops. 相似文献
20.
鹅掌楸EST-SSR引物开发及通用性分析 总被引：4，自引：0，他引：4
通过对6520条鹅掌楸EST序列进行检索,在364条ESTs中发现394个SSRs,鹅掌楸EST-SSRs平均密度为每8.5kb含有1个SSR;在检索出的SSRs中,二核苷酸重复单元的SSRs类型最多,占总数的61.9%。利用SSR-ESTs序列共设计176对EST-SSR引物,其中132对在鹅掌楸上有扩增产物,66对扩增出多态,多态性引物占所设计引物的36.9%。这批EST-SSR引物在物种之间具有较高的通用性。研究表明在鹅掌楸中表现多态的66对EST-SSR引物,85%在中国马褂木中有扩增,54%在白玉兰中有扩增。 相似文献