共查询到20条相似文献，搜索用时 31 毫秒
1.
【目的】阐明昭通牛群体遗传背景信息。【方法】采用PCR产物直接测序技术对98头昭通牛样品的mtDNA D-loop区全序列变异进行检测,进一步将昭通牛的数据与已发表的云南文山牛、德宏高峰牛、滇中牛和迪庆牛的mtDNA数据进行联合分析。【结果】昭通牛mtDNA D-loop区序列共检测到73个核苷酸替换位点和3个插入/缺失。核苷酸替换位点约占检测核苷酸位点总数的8.13%,其中18个为单一信息位点,55个为简约信息位点,碱基替换主要为转换。在昭通牛群体中共确定36种单倍型,其中38.78%的个体属于H01～H09单倍型,源于瘤牛已发现的2个mtDNA世系,I1世系占37.76%,I2世系占1.02%;其余61.22%昭通牛个体分布于H10～H36单倍型中,都源于已发现的普通牛mtDNA世系,其中T2世系占5.10%,T3世系占43.88%,T4世系占12.24%。昭通牛群体的单倍型多样度为0.880±0.027,核苷酸多样度为0.024 43±0.000 94,群体内遗传距离为0.026±0.004,群体内遗传多样性指数为0.027±0.004。昭通牛与迪庆牛间的遗传距离和遗传分化最小,... 相似文献
2.
[目的]研究皖北黄牛品种的遗传多样性、亲缘关系及起源进化。[方法]采集50个皖北黄牛和14个地方黄牛品种的血样,根据黄牛MHC基因序列设计1对引物,进行PCR扩增。对50个皖北黄牛个体和14个地方黄牛品种个体的MHC基因进行序列比对分析,检测MHC单倍型及核苷酸多态性指标,并构建分子系统发育树。[结果]共检测到7种MHC基因单倍型,核苷酸多态位点24个,占分析位点的7.86%,包括18个转换,1个颠换,5个转换/颠换。皖北黄牛品种单倍型间的序列差异在0.26%4.53%之间,单倍型多样度（H）为0.6020.617,核苷酸多样度（π）为0.0120.019。[结论]皖北黄牛的遗传多样性不丰富,与鲁西黄牛具有较近的亲缘关系,二者聚为姐妹群。 更多还原 相似文献
3.
【目的】明确海南黄牛胰岛素样生长因子2受体基因（IGF2R）遗传多态性及其在海南黄牛群体中的遗传分布情况，为进一步揭示IGF2R基因对海南黄牛生长性状的调控机理提供理论依据，也为分子标记辅助选择提供新的候选位点。【方法】构建海南黄牛DNA混池，通过PCR扩增和测序技术对海南黄牛IGF2R基因编码区（CDS）进行基因多态性分析，并以Chromas序列比对筛选出错义突变SNP位点；应用PCR-RFLP对202头海南黄牛个体进行基因型鉴定，同时对筛选到的SNP位点进行连锁不平衡及单倍型分析，评估海南黄牛群体中各单倍型的分布情况；通过生物信息学方法分析各单倍型和SNP位点对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构、蛋白理化性质及蛋白二级结构的影响。【结果】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点，分别为SNP1（g.63977A>G）、SNP2（g.63999T>C）、SNP3（g.69772G>A）和SNP4（g.94987A>C），其中SNP1、SNP2和SNP3位点间呈强连锁不平衡状态。4个SNPs位点在海南黄牛群体中均表现为中度多态性，且处于Hardy-Weinberg平衡状态（P>0.05）。海南黄牛群体中存在4种单倍型（F>0.01），分别是H1（ATG）、H2（GCA）、H3（ACA）和H4（GCG）；各单倍型及SNP4突变型对海南黄牛IGF2R基因CDS区mRNA二级结构及其最小自由能均有影响。海南黄牛IGF2R蛋白为亲水蛋白，存在跨膜结构和信号肽，其二级结构主要由无规则卷曲和延伸链构成，α-螺旋和β-转角的占比较小。【结论】在海南黄牛IGF2R基因CDS区共检测到4个错义突变SNPs位点，在海南黄牛群体中均表现为中度多态性，且处于Hardy-Weinberg平衡状态。海南黄牛IGF2R基因SNP位点突变对其mRNA二级结构及稳定性均会造成影响，致使IGF2R蛋白二级结构肽链构象发生改变，进而对海南黄牛生长性状的调控造成影响。 相似文献
4.
【目的】明确不同水域黄河高原鳅群体免疫基因多样性水平和遗传组成,为黄河高原鳅自然种质资源现状的评估、保护及合理开发提供理论依据。【方法】采集黄河中上游不同河段的黄河高原鳅自然群体［青海循化（XH）群体、青海大通（DT）群体及甘肃景泰（JT）群体］样品,基于重组激活基因（Rag1）序列对不同黄河高原鳅群体的遗传多样性水平和遗传组成差异进行研究。【结果】在不同黄河高原鳅群体的Rag1基因序列中共检测到8个单倍型（H1~H8）,其中有5个单倍型（H1、H2、H3、H4和H6）在2个以上的群体间相互共享,尤其是单倍型H1、H4和H6在所有群体中均有分布。黄河高原鳅总群体的单倍型多态性为0.742,核苷酸多态性为0.003,在3个黄河高原鳅群体中共检测到28个多态位点。不同黄河高原鳅种群间的单倍型多态性范围在0.575~0.872,核苷酸多态性范围在0.002~0.003。XH群体与JT群体间的遗传分化系数（Fst）为0.037,XH群体与DT群体间的Fst为-0.041,JT群体与DT群体的Fst为-0.022;不同黄河高原鳅群体的分子遗传变异主要发生在群体内（占99.56%）。单倍型网络结构图及NJ聚类树和ML聚类树均显示,不同黄河高原鳅自然种群个体相互混合在一起,未按照采样河段地理位置形成明显的聚类结构,即黄河高原鳅不同单倍型间呈现混合的分布格局。【结论】黄河高原鳅群体遗传多样性水平中等,不同自然群体间的遗传多样性水平存在一定差异,但并未检测到显著的遗传差异,建议在野外进行管理和保护时仍可视为一个整体。 相似文献
5.
贵州关岭黄牛线粒体DNA D-loop区全序列遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为了解贵州关岭黄牛的遗传多样性及遗传背景,测定了22个个体的线粒体DNAD—loop区全序列。结果表明,关岭黄牛D—loop区全序列中,A T平均含量为61．5％,G c含量为38．5％。经比对,共检测到关岭黄牛D—loop区14种单倍型,核苷酸多态位点54个,其中12种为普通牛血统的单倍型,2种为瘤牛血统的单倍型,说明关岭黄牛同时受到普通牛和瘤牛的影响。在关岭黄牛22个个体中,其单倍型多样度为0．909,核苷酸歧异度(π值)为2．29％,表明关岭黄牛品种的遗传多样性丰富。 相似文献
6.
为探究柴达木黄牛的母系遗传多样性及遗传背景，本研究随机选取柴达木黄牛5个主产区268个个体，通过PCR方法和直接测序技术得到其mtDNA Cyt b基因全序列，使用生物信息学软件分析其遗传多样性、分化及母系起源，进而在分子水平上揭示其母系遗传多样性水平、分化程度及母系遗传背景。结果表明：柴达木黄牛Cyt b基因核苷酸序列长度为1 140 bp,比对分析共检测到29个核苷酸多态位点，其中单一多态位点4个，简约信息位点25个；依据序列间核苷酸变异共确定了12种单倍型，其中优势单倍型为H2,品种单倍型多样度为0.588 2±0.030 0,核苷酸多样度为0.004 0±0.002 2,表明柴达木黄牛具有较丰富的母系遗传多样性。柴达木黄牛品种内5个群体间分化指数Fst值在-0.010 4～0.161 8,提示品种内群体间分化程度存在差异，其中格尔木群体与乌兰群体间分化程度最大(Fst=0.161 8),大柴旦群体和茫崖群体间的分化程度最小(Fst=-0.010 4)。基于UPGMA法的品种内群体间聚类关系表明，柴达木黄牛品种内5个群体可聚为2类，其中格尔木群体与都兰群体最先聚在一起，大柴旦群体... 相似文献
7.
通过线粒体DNA上12S、ND5、Cytb和D-loop 4个基因或区域对分布于吉林省通化地区的矮小梅花鹿群体进行群体结构和起源进化分析,结果表明,各基因在群体中均包括3种单倍型,且每种单倍型个体组成相同。将4个基因整合后形成组合单倍型H1～H3,结合系统发育树判断,H1和H2单倍型与梅花鹿东北亚种聚为一类,而H3单倍型与梅花鹿四川亚种聚为一类,种群历史分析表明,该群体没有经历过扩张。因此认为,该矮小群体有3个母系起源,其中,H1和H2起源于东北亚种,H3可能起源于四川亚种,因为不确定四川亚种群体是否受到东北亚种影响。 相似文献
8.
【目的】研究牛Toll样受体蛋白2基因(TLR2)的多态性及其与中国荷斯坦奶牛乳房炎的关系。【方法】以中国荷斯坦奶牛、鲁西黄牛和渤海黑牛为研究对象,利用DNA测序、PCR-RFLP和创造酶切位点RFLP(CRS-RFLP)技术对TLR2基因多态性及其与中国荷斯坦奶牛乳房炎的关系进行研究。【结果】经DNA测序,在牛TLR2基因的3′非翻译区发现1个新的SNP,即mRNA序列的3 008位发生了T/C突变。TLR2基因编码区(c.651G>A,c.827A>G)和3′非翻译区(c.3008T>C)有3个突变位点,分别是PstI,Hin1Ⅱ和HhaI限制性内切酶的酶切多态位点。3个多态位点在各品种牛之间的基因型频率和等位基因频率差异较大;经χ2适合性检验,除鲁西黄牛的HhaI酶切位点处于非Hardy-Weinberg平衡状态外,3种牛在其他位点均处于Hardy-Weinberg平衡状态(P>0.05)。只有Hin1Ⅱ酶切多态位点与牛乳中的体细胞评分(SCS)存在相关性,含有B等位基因的个体SCS显著低于含有A等位基因的个体(P<0.05)。中国荷斯坦奶牛在3个酶切位点形成了H1-H8共8种单倍型,产生了H1H1、H1H2、H1H3、H1H4、H1H7和H1H8等6种单倍型组合,其中H1H1的频率最高(55.89%),H1H4的SCS最低(3.17),且不同单倍型组合与SCS存在相关性。【结论】TLR2基因可用作奶牛抗乳房炎性状的辅助选择标记。 相似文献
9.
以0、5、10和15世代狼山鸡保种群为研究对象,利用DNA测序技术测定了线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ(cytochrome c oxidaseⅠ,COⅠ)基因全长序列多态性,以分析COⅠ基因DNA条形码在狼山鸡保种群不同世代的变化情况。结果表明,COⅠ基因序列在狼山鸡0和5世代中存在相同的6个突变位点,为4个单倍型;在10和15世代存在相同的3个突变位点,为3个单倍型;4个世代122个个体存在相同的2个突变位点,为5个单倍型,其中106个个体COⅠ基因分布于H2单倍型。狼山鸡0、5、10和15世代COⅠ基因单倍型多样度分别为0.276、0.333、0.119和0.252,平均核苷酸差异(K)分别为0.707、1.083、0.182和0.314,核苷酸多样度(Pi)分别为0.00046、0.00070、0.00012和0.00020。结果说明COⅠ基因DNA条形码在0~15世代间稳定遗传,表明狼山鸡保种群保种效果良好。 相似文献
10.
【目的】研究中国荷斯坦牛MBL1基因第一内含子与第二外显子多态性及分析MBL1基因遗传多态性与乳腺炎和乳品质的关联性,为培育优质抗性奶牛提供参考依据。【方法】采用PCR、DNA测序和PCR-RFLP技术,对596头中国荷斯坦牛的MBL1基因内含子1和外显子2序列进行了研究,通过SHEsis软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。【结果】发现3个新的SNPs,包括内含子1上G855A1个SNP位点;外显子2上G2651A突变为错义突变,导致第24位氨基酸由缬氨酸变为异亮氨酸;T2686C突变为同义突变,仍编码丙氨酸。单位点基因型与泌乳性状关联分析表明,G2651A突变位点AA基因型个体体细胞评分(SCS)显著高于GG、GA基因型个体(P0.05);G855A、T2686C位点的突变与体细胞评分、乳脂率、乳蛋白率、305d产奶量相关性都不显著。共构建出8种单倍型,发现19种单倍型组合;其中H2H2单倍型组合个体乳蛋白率、体细胞评分为最高;H3H7单倍型组合个体体细胞评分最低,与H2H2个体差异极显著;H4H4单倍型组合个体305d产奶量最高。【结论】H3H7可作为乳腺炎抗性选择的分子标记。H2H2单倍型组合个体虽然乳蛋白率最高,但体细胞评分也最高,对乳腺炎易感,为不利单倍型组合。H4H4单倍型组合305d产奶量最高,对乳蛋白率、乳脂率和体细胞评分影响不大,所以此种基因型组合可以用来提高产奶量。 相似文献
11.
西畴乌骨鸡mtDNA D-loop区遗传多样性分析* 总被引：2，自引：0，他引：2
为了从母系遗传角度深入阐明西畴乌骨鸡的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了36只西畴乌骨鸡的线粒体DNA D-loop区第I高变区520 bp序列。结果表明：在所分析的西畴乌骨鸡D-loop区序列中,T,C,A和G平均含量分别为30.3%,29.7%,27.4%和12.6%;共检测到核苷酸变异位点26个,核苷酸多样度为0.01452±0.00098;D-loop区序列存在12种单倍型,单倍型多样度为0.884±0.027,表明西畴乌骨鸡遗传多样性较丰富。聚类分析显示西畴乌骨鸡聚为A,B两大支,其中,A世系分为3小支,B世系分为2小支,说明西畴乌骨鸡在母系血统上存在较大遗传分化。 相似文献
12.
为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列.结果表明:文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.02416;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富.聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统. 相似文献
13.
牛线粒体CYTB基因的序列分析及进化关系 总被引：6，自引：0，他引：6
对CYTB基因全长1140bp序列进行分析的结果表明，10个品种的20条CYTB碱基序列中共发现10种单倍型，黄牛中单倍型较少．共检测到98个变异位点，未发现插入和缺失，牦牛和黄牛除了异亮氨酸以外有着相同的密码子偏好．将核酸序列转换成氨基酸序列后，黄牛表现的遗传差异更小，18个个体分享5种氨基酸序列单倍型，共有6个氨基酸突变位点，8个突变氨基酸． 相似文献
14.
《山西农业科学》2016,(4):432-435
测定铁倍蚜属枣铁亚种7个种群共58个个体的mt DNA COI基因部分序列,分析其种群遗传结构和变异。结果表明,在测得的1 257 bp COI基因序列中有100个变异位点,58条序列共产生23个单倍型,其平均单倍型多样度为0.943±0.015,核苷酸多样度为0.020±0.002,其中,4个单倍型为不同种群的共享单倍型(2个单倍型为主体单倍型),11个单倍型为独享单倍型,8个单倍型为同一种群不同个体共享。AMOVA分析显示,枣铁亚种种群间的遗传变异较高,且分化显著。TCS网络图和聚类关系综合分析显示,不同单倍型按地理分布形成较明显的簇群,其中,云南水富所有个体单独构成一个分支,与其余种群关系较远,该种群可能属于不同的种。 相似文献
15.
【目的】分析638头中国荷斯坦牛HSF1基因多态性与耐热性的关系,以期为中国耐热奶牛分子育种提供参考依据。【方法】设计引物扩增HSF1基因,通过DNA测序、PCR-SSCP和PCR-RFLP技术筛查SNPs并分型,利用miRBASE数据库定位microRNA SNPs,利用SHEsis软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型构建,利用SAS软件对不同基因型和单倍型组合个体耐热指标包括红细胞钾浓度、产奶量下降率、直肠温度和耐热系数进行相关分析。应用荧光定量RT-PCR技术研究热应激状态下HSF1 mRNA的转录水平。【结果】发现2个microRNA种子序列新 SNPs,T909C和G4693T。其中909位碱基距离microRNA种子序列5'端3 bp,4 693位突变直接使microRNA种子序列破坏。909位点CC、CT基因型奶牛耐热性能显著高于TT基因型（P＜0.05）;4693位点TT基因型奶牛耐热性能显著高于GG基因型（P＜0.05）。共构建出4种单倍型、发现10种单倍型组合。其中H2H4单倍型组合红细胞钾浓度和直肠温度显著低于H1H3单倍型组合（P＜0.05）,耐热系数显著高于H1H3组合（P＜0.05）,H2H4组合个体产奶量下降率显著低于H1H1组合个体（P＜0.05）,H2H4为耐热单倍型组合。热应激状态下HSF1 mRNA的转录水平在不同组织中存在差异,在心脏中最高,是肌肉中的11.24倍（P＜0.05）。【结论】HSF1基因microRNA SNPs可作为奶牛抗热应激的候选分子标记应用于育种实践。 相似文献
16.
中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因第4和第5外显子多态性与泌乳性状的关联分析 总被引：4，自引：1，他引：3
【目的】研究中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因第4和第5外显子多态性与泌乳性状的关联性,为培育高乳蛋白及高乳脂率奶牛提供参考依据。【方法】采用DNA测序、PCR-RFLP和CRS-PCR技术,对544头中国荷斯坦牛κ-酪蛋白基因的外显子4和5序列进行研究,通过SHEsis 软件和PHASE软件进行配对连锁不平衡分析和单倍型分析。【结果】发现6个新的SNPs,包括外显子5上A12907G、G12950A、C12989T、A13028G、T12980C共5个SNP位点,证实前4个位点紧密连锁;外显子4上A10996T共1个SNP位点。单位点基因型与泌乳性状关联分析表明,A10996T突变位点的TT和AT基因型个体乳脂率显著高于AA基因型个体(P＜0.05);T12980C突变位点的TC和CC基因型个体乳脂率、乳蛋白率分别极显著(P＜0.01)、显著(P＜0.05)高于TT基因型个体;紧密连锁的4个突变位点的DE基因型个体乳脂率极显著高于DD基因型个体(P＜0.01)。与泌乳性状的关联分析表明,共构建出7种单倍型,发现16种单倍型组合;其中H6H6单倍型组合个体乳脂率最高,H1H4次之;H1H4单倍型组合个体乳蛋白率最高;H5H6单倍型组合个体乳蛋白率及乳脂率最低。【结论】H1H4单倍型组合在乳蛋白率和乳脂率方面为有利单倍型组合,可作为选择高乳蛋白高乳脂率牛群的分子标记。 相似文献
17.
为了解陕北地区黄牛的遗传多样性及遗传背景,采用直接测序技术对55头饲养在陕北榆林地区的秦川牛及其多个杂交后代群体的线粒体DNA D-loop区826bp序列进行测定。结果表明,榆林地区黄牛D-loop区序列A+T平均含量为61.5%,G+C含量38.5%;共检测到33种单倍型和84个变异位点,核苷酸多样度(π)为0.021 43,单倍型多样度(h)为0.970,表明陕北榆林地区的黄牛具有丰富的遗传多样性。NJ法聚类结果显示,该地区的黄牛品种或群体有2个母系起源。 相似文献
18.
[目的]探究拟鲶高原鳅（Triplophysa siluroides）黄河种群与大通河种群的遗传多样性和分化水平。[方法]采用聚合酶链式反应（PCR）和直接测序方法获得拟鲶高原鳅线粒体DNA（mtDNA）细胞色素b（Cytb）基因的全序列。[结果]拟鲶高原鳅2个种群共47个个体均获得Cytb基因的全长序列（1140 bp）,共定义了12个单倍型。拟鲶高原鳅黄河种群遗传多样性低于大通河种群。[结论]人类活动的影响和引入外来种可能引起了拟鲶高原鳅黄河种群遗传多样性的下降;同时,拟鲶高原鳅黄河种群和大通河种群间存在显著的分化,建议在实践中应将2种群分开管理和保护。 相似文献
19.
根据北京鸭线粒体DNA( mtDNA)序列设计引物,对中国9个地方鸭和1个番鸭品种线粒体细胞色素氧化酶Ⅰ(CO Ⅰ)基因序列进行PCR反应和测序,并从起始密码子开始分析了1 520 bp的序列.结果显示:所有家鸭个体在1 517位点出现1个T碱基缺失,番鸭与家鸭的mtDNA COI基因碱基组成相似;9个鸭品种个体共检出11种单倍型,单倍型的多样度为0.856.聚类分析结果显示,所有家鸭品种间的遗传距离为0.001～0.002,种内平均值为0.001;番鸭与家鸭遗传距离为0.003 ～0.006.基于Kimura-2模型构建的系统发育进化树进行分析,发现所测定的鸭科物种个体大体分为3类:家鸭与栖鸭属的番鸭聚为第1类,应属于鸭亚科;雁属的白额雁、灰雁与天鹅属的黑天鹅聚为第2类,应属于雁亚科;鹊雁与中国骛一起聚为第3类,应属于鹊雁亚科.上述结果表明,基于COⅠ基因条形码,在亚科阶元上,所有鸭科物种分类与以往分类结果是一致的.因此,使用DNA条形码鉴定物种系统发育关系时,需考虑阶元划分标准. 相似文献
20.
为了从母系遗传角度深入阐明云南文山黄牛的群体遗传背景,采用PCR直接测序法测定了24头文山黄牛的线粒体DNA D-loop区全序列。结果表明：文山黄牛D-loop区全序列中,A,C,T和G平均含量分别为33.1%,25.1%,28.3%和13.5%;共检测到核苷酸变异位点50个,核苷酸多样度为0.02416;D-loop区序列存在11种单倍型,单倍型多样度为0.822±0.061,表明云南文山黄牛品种的遗传多样性较丰富。聚类分析显示文山黄牛聚为两大支,一支与普通黄牛聚在一起,另一支与瘤牛聚在一起,说明云南文山黄牛同时含有普通黄牛和瘤牛的血统。 相似文献