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把表型值随着时间(生命时期、年龄、胎次等)或其他可以量化的因素(生理状态、生产水平、代谢率和环境条件等)变化的性状称为动态性状。受动物遗传育种中用来估计动态性状育种值的随机回归测定日模型思想的启发,将关于时间(测定日期)的Legendre多项式镶嵌在遗传模型的每个遗传效应中,以刻画QTL对动态性状变化过程的作用,从而建立起动态性状基因定位的数学模型。以F2遗传设计群体为例,论述了动态性状基因定位分析的基本原理,推导了QTL效应大小和位置的极大似然法估计过程。选择3次Legendre多项式为子模型,采用MonteCarlo方法模拟F2设计群体,研究抽样群体大小和测定日密度对不同遗传力QTL检测效力的影响。利用正交设计安排因素试验组合,分析模拟试验结果表明:高遗传力的要比低遗传力的QTL在检测时需要较少个体数和测定日抽样;但不论QTL的遗传力多大,300以上的群体大小和5%以上的测定日密度都可以保证足够高的检测效力。 相似文献
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功能定位的实质是将动态性状变化过程的基本规律镶嵌在QTL定位框架内。拟合与时间相关的QTL基因型的期望均值向量和剩余误差的协方差矩阵是动态性状功能定位的核心内容。根据QTL的统计检测效率,通过比较关于QTL基因型的期望均值向量和剩余误差的协方差矩阵的子模型的不同组合,来筛选优化的功能定位模型。以水稻一个DH群体的叶龄性状为例,我们分别用3个具有生物学意义的子模型和2阶Legendre多项式去拟合QTL基因型的均方向量,用13个平稳和非平稳模型去描述剩余协方差的变化。其结果GM2和“衰减”指数模型组合被确定为用来检测水稻第3个连锁群控制叶龄动态变化QTL的优化模型。 相似文献
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以分子标记技术为基础的作物数量性状基因(QTL)的研究成为目前作物遗传育种研究的热点。QTL定位的基本原理是分析标记基因型和数量性状值之间的连锁关系。进行QTL定位通常需要适当的分离群体,群体的表型数据,群体的基于分子标记的基因型数据,然后统计分析所有的标记基因型和表型的关系,从而在全基因组上确定所有可能的数量性状在染色体上的位置及效应。QTL分析软件winQTLCart2.0使用程序包括:数据准备、软件运行、基因(QTL)定位和分析、制图。QTL定位分析的新方法关联分析利用不同基因座等位变异(基因)间的连锁不平衡关系,进行标记与性状的相关性分析,以达到鉴定特定目标性状基因(或染色体区段)的目的,关联分析大大提高了目标性状基因或者相关QTL的挖掘和定位。 相似文献
5.
【目的】利用近等基因系构建的分离群体精细定位QTL。采用数量性状分析方法研究样本容量、QTL遗传率和分子标记密度如何影响其精度。【方法】通过Monte Carlo模拟方法,首先模拟了用近等基因系构建的BC、RIL及F2群体,然后用区间作图法定位了该QTL。通过不同样本容量、QTL遗传率和分子标记密度多种试验方案的模拟,【结果】QTL定位精度同上述三因素呈非线性关系,在Darvasi 和Soller模型基础上拓展的新模型的拟合精度明显提高,且新模型包含了标记密度这个新变量。【结论】为制订QTL精细定位试验方案提供理论依据。 相似文献
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【目的】利用近等基因系构建的分离群体精细定位QTL。采用数量性状分析方法研究样本容量、QTL遗传率和分子标记密度如何影响其精度。【方法】通过Monte Carlo模拟方法,首先模拟了用近等基因系构建的BC、RIL及F2群体,然后用区间作图法定位了该QTL。通过不同样本容量、QTL遗传率和分子标记密度多种试验方案的模拟,【结果】QTL定位精度同上述三因素呈非线性关系,在Darvasi和Soller模型基础上拓展的新模型的拟合精度明显提高,且新模型包含了标记密度这个新变量。【结论】为制订QTL精细定位试验方案提供理论依据。 相似文献
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棉花许多重要的性状多为数量性状。现代分子生物技术的发展为植物数量性状基因的定位、分离等研究提供了条件。从数量性状基因座(QTL)作图群体类型及其特点,QTL定位方法,QTL精细定位、克隆、利用等方面进行了综述,并对今后QTL研究进行了展望。 相似文献
8.
朱军 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》2000,26(1):1-6
介绍了近年来我们研究发展的一系列新的遗传模型和相应的统计分析方法。这些模型包括农艺性状遗传模型、种子品质性状遗传模型、动物性连锁遗传模型、QTL基因定位的遗传模型等。基于混合线性模型的分析原理的统计分析方法包括方差和协方差估算方法、随机效应的无偏预测方法、条件遗传方差和条件遗传效应的分析方法、复合区间作图方法等。 相似文献
9.
数量性状遗传分析的新方法及其在育种中的应用 总被引：1，自引：0，他引：1
朱军 《浙江大学学报(农业与生命科学版)》1999,(6)
介绍了近年来我们研究室发展的一系列新的遗传模型和相应的统计分析方法。这些模型包括农艺性状遗传模型、种子品质性状遗传模型、动物性连锁遗传模型、QTL 基因定位的遗传模型等。基于混合线性模型的分析原理的统计分析方法包括方差和协方差估算方法、随机效应的无偏预测方法、条件遗传方差和条件遗传效应的分析方法、复合区间作图方法等。 相似文献
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在生存分析中,Cox比例风险模型和加速失效模型是研究控制数量性状位点(QTL)的生存时间的常用的方法。本文首先借助于Cox比例风险模型给出了半参数的区间定位方法去表征生存性状的印记数量性状位点(iQTL)。此方法的明显优势是无需估计复杂的"讨厌"的基线风险函数。然后构造偏似然函数并根据其推断出iQTL的参数估计。采用期望最大化算法求解iQTL位置和遗传效应的极大似然估计值。所给统计推断方法保证了整个基因组范围内的显著iQTL的估计和检验,在一系列的零假设下,给出了所检测到的iQTL的印记模式。最后,此方法应用于分析一个公开发表的小鼠模型系统数据集。 相似文献