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1.
南瓜蚜传黄化病毒(cucurbit aphid-borne yellows virus,CABYV)近年来发生普遍,严重威胁甜瓜的生产。前期构建了一个CABYV丝瓜分离物(CABYV-QY)的侵染性克隆,但其在甜瓜中的侵染率偏低,不宜用于甜瓜接种。本研究以CABYV甜瓜分离物CABYV-WS为研究对象,通过RT-PCR扩增、拼接获得全基因组序列,通过构建全长基因组cDNA克隆,分析其侵染性。结果显示,该分离物基因组全长为5682 nt,与CABYV-QY(MT943520)的核苷酸序列一致性为88.61%~100.00%,氨基酸为84.94%~100.00%。将cDNA克隆接种分析,发现所用的8个甜瓜品种均能被系统侵染并引起典型的黄化症状,侵染率为70%~100%。其中,甜瓜品种‘新密杂11号’和‘新密25号’感病性较强,接种CABYV后发病周期短且侵染率可达100%。CABYV侵染性克隆的成功构建有助于该病毒的分子致病性和寄主的抗病性等研究。 相似文献
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为明确黄瓜花叶病毒（cucumber mosaic virus,CMV）甜瓜分离物的分子变异情况及其侵染性,对2个甜瓜分离物CH99和XH18的基因组进行克隆、测序和分析,并通过构建全长cDNA克隆分析其侵染性。结果显示,黄瓜花叶病毒甜瓜CH99分离物3条RNA长度分别为3 356、3 049和2 211 nt,甜瓜XH18分离物3条RNA长度分别为3 381、3 048和2 217 nt。分离物CH99与XH18的核苷酸序列一致性为89.40%～95.80%,氨基酸序列一致性为90.00%～97.80%,CH99分离物与其他CMV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性平均值分别为79.23%～89.29%和73.52%～93.90%,XH18分离物与其他CMV分离物的核苷酸和氨基酸序列一致性平均值分别为79.81%～89.83%和74.02%～95.14%。遗传发育分析显示,这2个分离物均属于亚组IB成员。接种试验结果显示,分离物CH99和XH18的侵染性克隆构建成功,这2个分离物均能系统侵染本生烟、甜瓜和黄瓜,并在本生烟和甜瓜上引起较严重的症状,在黄瓜上引起的症状较弱,而二者均不能侵染西... 相似文献
3.
为明确采集自我国广西壮族自治区玉林市博白县的疑似为双生病毒侵染并表现叶片黄脉症状薇甘菊的病原物及其基因组分子特征，利用双生病毒DNA-A通用引物SPG1/SPG2和特异性引物WGJ-F/WGJ-R扩增获得病毒基因组，利用β卫星通用引物检测卫星病毒，使用Vector NTI Advance 11.5.1软件进行序列拼接，运用MEGA 7.0和RDP 3.44软件进行系统发育树的构建和重组分析。结果表明：引起薇甘菊叶片黄脉症状的病原物为中国胜红蓟黄脉病毒（Ageratum yellow vein China virus，AYVCNV），该分离物命名为AYVCNV_WGJ，GenBank登录号为MK880139，但未扩增得到β卫星。该病毒DNA-A基因组全长为2 755 bp，含有6个开放阅读框。AYVCNV-WGJ分离物与AYVCNV鳢肠Eclipta prostrata分离物（GenBank登录号MN218667）的核苷酸序列同源性最高，为90.1%，其中AC4编码的蛋白变异较大。重组结果分析显示AYVCNV_WGJ分离物是由AYVCNV-Tomato分离物（GenBank登录号KU954388）和1个未知病毒（GenBank登录号EU487047）重组得到，重组区域为其基因组2 046~2 612 bp区域。 相似文献
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为明确引起我国山西晋中地区苘麻叶片表现皱缩和花叶症状的病原物及其基因组分子特征, 本研究利用双生病毒简并引物扩增获得病毒基因组部分序列,经测序、比对后设计特异性引物扩增病毒基因组序列, 进而通过生物信息学方法构建系统发育树并进行序列分析。结果表明:引起苘麻叶片皱缩、花叶的病原物为番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus, TYLCV), 将该分离物命名为TYLCV-Abu, GenBank登录号为OP293347, 但未扩增到β卫星。该病毒DNA-A基因组全长为2 782 bp, 含有6个开放阅读框。TYLCV-Abu分离物与TYLCV茄子分离物KSQ1-3(GenBank登录号KC428753)的核苷酸序列一致性最高, 为98.99%, 其中C4和V2编码的蛋白变异较大。重组结果分析显示,分离物TYLCV-Abu是由TYLCV-F(GenBank登录号KY971326)和TYLCV-KSQ1-3重组得到, 重组区域为其基因组2 617－2 782 nt区域。这是首次从苘麻样品中扩增到TYLCV全基因组序列并进行分析。 相似文献
5.
利用酶联免疫和RT-PCR技术对采自安徽地区的蚕豆病株进行检测,确定其病原为蚕豆萎蔫病毒2号Broad bean wilt virus 2(BBWV2)。为明确BBWV2安徽分离物(BBWV2-AH)的分类地位,克隆了该分离物的全基因组序列,分析了其基因组特征。结果表明,BBWV2-AH RNA1全长为5 944 bp(GenBank登录号:KY606992),含有1个ORF;BBWV2-AH RNA2全长3 587bp(GenBank登录号:KY606993),含有1个ORF。全序列核苷酸和氨基酸相似性分析显示,BBWV2-AH RNA1与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为78.4%~96%和87.1%~99%;BBWV2-AH RNA2与BBWV2其他分离物的核苷酸、氨基酸相似性分别为76.8%~95.5%和88.2%~98.3%。全基因组核苷酸序列系统发育分析显示,BBWV2-AH RNA1与中国的BBWV2-Hunan RNA1的亲缘关系最近,而BBWV2-AH RNA2与韩国的多个分离物聚集在一起,再与中国的分离物BBWV2-B935形成一个分支。 相似文献
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为明确我国油桃茎痘相关病毒(nectarine stem-pitting-associated virus,NSPaV)基因组的分子特征,利用RT-PCR和RACE技术对NSPaV中国分离物NSPaV-T04基因组进行克隆,采用最大似然法对得到的NSPaV基因组序列和GenBank中的5条NSPaV基因组序列构建系统发育树,应用RDP软件对NSPaV基因组序列进行重组分析。结果表明:中国分离物NSPaV-T04基因组序列全长为4 991 nt,包括4个开放阅读框(open reading frame,ORF),其中ORF1与ORF2共同编码1个RdRp P1-P2融合蛋白,ORF3编码1个CP,ORF5与ORF3共同编码CP通读蛋白。系统发育树和序列比较分析结果显示,中国分离物NSPaV-T04(MN095353)与美国分离物NSPaV/12P42(KT273410)的亲缘关系最近,核苷酸序列同源性最高,为96.4%;NSPaV-T04的RdRp P1变异较大,与GenBank中5条NSPaV基因组核苷酸序列的同源性为90.5%~96.1%,CP较为保守,核苷酸序列的同源性为96.6%~98.7%。重组分析结果显示,中国分离物NSPaV-T04为鉴定的一个重组体(韩国分离物SK)的亲本序列,表明中国分离物NSPaV-T04可能是一个实际的重组体。 相似文献
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为明确番茄黄化曲叶病毒北京分离物（Beijing isolate of tomato yellow leaf curl virus,TYLCV-BJ）致病性的强弱,以感染TYLCV-BJ的番茄叶片DNA为模板PCR扩增获得该分离物基因组全长序列,并构建该分离物的侵染性克隆,将其分别接种到番茄、烟草和拟南芥植株上,比较该分离物和TYLCV上海分离物2(TYLCV-Shanghai 2,TYLCV-SH2)致病性的差异。结果显示,该分离物基因组全长序列同TYLCV-SH2的相似度为99.03%,在番茄和烟草植株上TYLCV-BJ比TYLCV-SH2发病更早,症状更重,TYLCV DNA和外壳蛋白积累量更高。TYLCV-BJ可以通过农杆菌Agrobacterium tumefaciens注射法在拟南芥中复制和系统侵染,而TYLCV-SH2不能有效侵染拟南芥。表明TYLCV-BJ的致病性强于TYLCV-SH2,所建立的侵染性克隆有广泛的研究和应用价值。 相似文献
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为明确福建茶树潜隐病毒(camellia cryptic virus 1, CCV1)发生情况，探明其全基因组序列特征及其与油茶潜隐病毒1(camellia oleifera cryptic virus 1, CoCV1)的关系，本研究通过RT-PCR方法对采自福建7个茶树种植区疑似感染CCV1的叶片进行检测，并随机选取18个CCV1分离物，经扩增、克隆获得全基因组序列，对其序列特征和系统发育关系进行分析。结果显示，431份样品中共有94份样品检测出CCV1,检出率为21.81%。测定获得的18个CCV1分离物dsRNA1、dsRNA2和dsRNA3的核苷酸序列全长分别为1 722-1 725 bp、1 504-1 506 bp和1 497-1 499 bp。克隆获得的RdRp、CP和mCP的氨基酸序列与CCV1代表分离物Won(GenBank登录号MH898482-MH898484)和CoCV1代表分离物PXCS5(GenBank登录号MH814756-MH814758)的一致性值分别≥91%、≥84%和≥90%,超过了δ-分体病毒属(Deltapartitivirus)中种的界定标... 相似文献
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通过胶体金免疫层析试纸条和RT-PCR等手段对采自安徽和县的西瓜病株进行检测,确定其病原为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)。为明确CGMMV安徽分离物CGMMV-Anhui的分类地位,进一步克隆了该病毒的全基因组序列,分析了其基因组结构特征。结果表明,CGMMV-Anhui基因组全长为6 423bp(GenBank登录号KT236095),与已报道的CGMMV的编码区的基因结构一致,仅5′和3′端非编码区核苷酸数目略有差异。将CGMMV-Anhui与已报道的分离物的全基因组序列和外壳蛋白基因序列进行系统发育分析,显示CGMMV不同分离物可分为亚洲和欧洲两个组,安徽分离物CGMMV-Anhui与亚洲分离物亲缘关系较近,可能具有共同的侵染源。 相似文献
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香石竹斑驳病毒(Carnation mottle virus,CarMV)是危害香石竹的一种重要病毒,本研究通过构建农杆菌介导的CarMV侵染性克隆来进一步研究该病毒基因功能。首先获得CarMV云南分离物全长序列,与报道的上海分离物相似性达到94.78%;将CarMV全长cDNA基因序列构建到具有35S启动子的双元表达载体pCV-nGFP,通过农杆菌浸润到本氏烟中瞬时表达,本氏烟系统叶片RT-PCR能检测到CarMV。试验结果表明,本研究构建Car-MV侵染性克隆通过农杆菌介导可快速高效侵染植物,可以用于病毒基因功能研究;同时CarMV云南分离物全长序列测定结果表明其属于P164 K331组群。 相似文献
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黄瓜绿斑驳病毒河北分离物基因组克隆及序列分析 总被引：1，自引：1，他引：0
为揭示河北省黄瓜绿斑驳病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)分类地位及系统进化情况,通过分子克隆测定了来自河北省西瓜产区分离获得的分离物CGMMV-chb的近全基因组序列,分析其基因组结构特征;并依据近全基因组核苷酸序列及外壳蛋白氨基酸序列进行了系统进化关系分析。结果表明,CGMMV-chb近全基因组大小为6 383 nts,Gen Bank登录号为KJ658958,含4个开放阅读框,编码4种蛋白;与Gen Bank库中的其它12个CGMMV分离物的核苷酸相似性为92%~100%,氨基酸相似性为98%~100%。CGMMV-chb与韩国分离物CGMMV-KW基因序列相似性最高,为98%~100%,与以色列分离物CGMMV isolate Ec基因序列相似性最低,为92%~99%;系统进化关系中CGMMV-chb与其它中国分离物、日韩分离物亲缘关系较近,处于同一亚组的不同分支中,与以色列分离物亲缘关系相对较远。 相似文献
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番茄斑驳花叶病毒(tomato mottle mosaic virus, ToMMV)是2013年发现的烟草花叶病毒属一个新种,目前在多国(地区)有发生。本文采用小RNA深度测序及RT-PCR检测方法在广东省广州市南沙区辣椒疑似病样中检测到ToMMV,命名为番茄斑驳花叶病毒广东分离物(ToMMV-GD-2020)。采用RT-PCR分段扩增获得了ToMMV-GD-2020的基因组全序列,该分离物基因组全长6 399 nt,包含4个开放阅读框,分别编码4个蛋白。序列相似性分析表明,ToMMV-GD-2020与已登录GenBank的14个ToMMV分离物基因组序列相似性分别为99.0%～99.7%,其中与中国辽宁分离物ToMMV-LN(GenBank登录号：MN853592)的相似性最高(99.7%),与危害我国番茄、同属烟草花叶病毒属的番茄花叶病毒(tomato mosaic virus, ToMV)、番茄褐色皱果病毒(tomato brown rugose fruit virus, ToBRFV)代表分离物的相似性分别为84.6%和81.0%。系统进化分析表明,ToMMV-GD-2020... 相似文献
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正甘薯病毒2(Sweet potato virus 2,SPV2)是马铃薯Y病毒科(Potyviridae)马铃薯Y病毒属(Potyvirus)成员。SPV2也称为甘薯脉花叶病毒(ipomoea vein mosaic virus,IVMV)和甘薯Y病毒(sweet potato virus Y,SPVY)~[1],是甘薯上常见的病毒之一。SPV2病毒粒体为线条状,长度为850 nm,在细胞质中形成风轮状或卷轴状内含体~[2]。SPV2可由桃 相似文献
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为明确甘薯病毒G(sweet potato virus G,SPVG)CH株系中国分离物SPVG-CH-Ch1和CH2株系中国分离物SPVG-CH2-Ch1的基因组结构特征及遗传变异情况,利用RT-PCR和RACE方法克隆获得分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组全序列,应用DNAMAN软件对基因组全序列及不同编码区序列进行分子变异分析,并基于多聚蛋白基因序列利用MEGA 7软件进行系统进化分析。结果表明,分离物SPVG-CH-Ch1和SPVG-CH2-Ch1的基因组分别包含10 813个和10 834个核苷酸,均包含1个开放阅读框,由10 467个核苷酸组成,编码含有3 488个氨基酸残基的多聚蛋白。分离物SPVG-CH-Ch1与SPVG-CH2-Ch1之间的基因组全序列核苷酸一致性为78.6%,二者与GenBank中登录的其它SPVG分离物基因组全序列核苷酸一致性分别为78.6%～99.1%和77.9%～98.6%,其中SPVG-CH-Ch1与IS103分离物(KM014815)的核苷酸一致性最高,为99.1%,与WT325分离物(KF790759)的核苷酸一致性最低,为78.6%;SPVG-CH2-Ch1与WT325分离物的核苷酸一致性最高,为98.6%,与66Al分离(KX279878)的核苷酸一致性最低,为77.9%。系统进化树显示,SPVG-CH-Ch1与CH株系的7个分离物形成1个分支,SPVG-CH2-Ch1与CH2株系的WT325分离物形成1个分支。表明SPVG的CH株系和CH2株系之间的变异较大,株系内较保守。 相似文献