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《林业科学》2021,57(2)
【目的】准确界定物种是野生植物资源开发与利用的前提。鉴于叶绿体片段无法区分贵州百里杜鹃区域的杜鹃花属植物,本研究采用基于基因组水平的RAD-seq技术探讨该区域杜鹃花属的系统进化关系,以期为复杂植物类群的物种鉴定提供参考。【方法】对百里杜鹃保护区的34种杜鹃花进行RAD-seq技术测序,统计测序深度、覆盖度及多态性位点等基本指标;用de novo方法获得高质量SNP位点,以Tajima’s D为指标筛选中性的SNPs,最后用中性SNPs通过fastStructure、PCA、GCTA及IQ-Tree软件对其进行基因分型、聚类与系统树构建。【结果】共获得42 083个高质量SNP位点,其中28 983个为中性SNP位点。基于PCA、fastStructure及系统发生树的分析结果,支持目前34种杜鹃花在亚属水平的形态学分类处理,6个亚属中的常绿杜鹃亚属、马银花亚属、羊踯躅亚属和映山红亚属能明显分开,而糙叶杜鹃亚属与杜鹃亚属不能区分开,表明二者亲缘关系较近。物种水平能区分绝大部分的种,相比前期研究有了大幅度提升,但一些形态特征极相似的种如繁花杜鹃与皱叶杜鹃无法区分。【结论】RAD-seq数据产生大量的中性SNP位点,可在亚属水平和物种水平区分百里杜鹃保护区杜鹃花属的大部分植物,同时证实RAD-seq技术在复杂植物类群的物种分类方面相比传统分子标记,具有明显优势。 相似文献
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从粗毛杯果木和软叶杯果木基因组中克隆CCR基因,经测序验证扩增片断长度均为2321bp,包含部分外显子3、4和部分5,以及内含子3和4。同源性比较分析表明:粗毛杯果木与伞房属树种CCR的同源相似性达到98%～87%,与桉属树种CCR的同源相似性达到97%～84%;而软叶杯果木与伞房属树种CCR的同源相似性达到98%～87%,与桉属树种CCR的同源相似性达到95%～84%。总体上,该2个杯果木树种与伞房属CCR同源相似性较高,而与桉属CCR同源相似性较低。3个属中最长保守序列位于Exon5的第3147～3175位点,共29个碱基。保守区域主要集中于Exon5,少数于Intron4。桉属总变异率大于杯果木属和伞房属。桉属Exon4变异率大于属内其它Exon或Intron;同样发现Exon4的简约信息位点百分数大于属内其它Exon或Intron,但杯果木属中的Intron3变异率高于属内其它Exon或Intron。伞房属以Exon5的变异率最高。Exon或Intron平均变异率均以桉属最多,其次是杯果木属,最少的是伞房属。使用MEGA3.1软件构建的CCR进化树表明,桉属、伞房属和杯果木属分别形成单系,其亲缘关系可... 相似文献
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【目的】根据基因组浅层测序结果,解析无毛青藤叶绿体基因组的结构、大小、基因组成、密码子偏好性、简单重复序列（SSR）位点及系统发育关系。【方法】以无毛青藤为材料,对其叶绿体基因组进行测序,组装后获得其叶绿体DNA全长序列并进行基因组特征、密码子偏好性、SSR位点及系统发育分析。【结果】无毛青藤叶绿体基因组全长为156 513 bp。其中,GC含量为39.1%。其结构包括大单拷贝区（LSC,85 225 bp）、小单拷贝区（SSC,18 779 bp）以及反向重复序列（IRs,26 254 bp）。4个区段中,IR区的GC含量最高（43.3%）,LSC区的GC含量为37.7%,SSC区最低。共注释得到131个基因,其中,84个位于LSC区,SSC区13个,两个IR区各17个。鉴定出61个SSR位点,碱基组成以A/T碱基类型为主;33个无毛青藤叶绿体基因组密码子的使用具有偏好性,并以A/U碱基结尾。系统发育进化树表明,青藤属6个种分为两支,其中大花青藤与无毛青藤具有较近的亲缘关系,IR/SC边界分析结果显示除红花青藤外,其余5种青藤属植物的JLB(LSC/IRb)边界较为保守。6种青藤叶绿... 相似文献
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《林业科学》2016,(9)
【目的】分析细叶桉天然群体的多样性水平和遗传结构,为种质资源管理和育种利用提供有用信息;检测细叶桉与原产地气候因子显著关联的基因组位点,探索气候适应过程中趋异选择的分子证据。【方法】以细叶桉9个群体的77株样品为材料,基于覆盖巨桉全基因组的108个SSR位点(包括44个基因组SSRs和64个ESTSSRs),利用不偏离哈-温平衡、F_(ST)值非异常的25个中性的基因组SSRs进行群体多样性水平和遗传结构分析,利用所有位点进行F_(ST)异常值检测、再利用空间分析法查找与原产地气候因子关联的适应性位点,注释适应性位点的功能,并通过等位片段在各群体的频率与气候因子的一元线性回归进一步验证关联的显著性。【结果】25个中性的基因组SSR位点对细叶桉9个群体扩增,共检测到556个等位片段、平均每个位点22.2个等位片段,位点多态性较高;群体多样性水平都较高,期望杂合度为0.711~0.847(平均0.800)、基因丰富度为3.054~3.386(平均3.246),各群体特有等位片段数为6~26(平均14.4);群体间分化水平较低,25个中性位点平均F_(ST)仅0.012,分子方差分析中群体间方差分量仅占1.2%,表明细叶桉遗传变异主要存在于群体内;聚类分析也表明群体分化水平较低。所有108个位点中,共检测到78个F_(ST)值异常的位点,与年均气温、年均降水、最热月最高温度和季节性降水变异系数相关的F_(ST)值异常的位点数分别为27,10,51和42个,即为受选择位点;其中,4个F_(ST)值异常的位点各有1个等位片段在空间分析法中与1个或者2个气候因子显著关联,EUCe SSR485与季节性降水变异系数相关、为富含羟脯氨酸的蛋白家族基因,EUCe SSR0497与年均气温和年均降水均相关、与跨膜内切1,4-β-葡聚糖酶基因同源,而另外2个没有明确的功能注释;线性回归分析验证了1个等位片段(EUCe SSR485-140 bp)与季节性降水变异系数的回归显著性(P≤0.05)。【结论】细叶桉群体的遗传多样性高,育种利用的潜力大,种质资源管理应重视多样性较高和特有等位片段较多的群体;细叶桉群体的遗传分化较低,其适于关联遗传分析;受选择位点的鉴定有助于理解林木适应环境的分子机制和探索林木环境适应性的潜力。 相似文献
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[目的]探讨RAD-seq技术在中国杜鹃花复杂类群分类与物种界定方面的优势。[方法]本研究对杜鹃花属85个种进行了RAD-seq测序,评估了数据的基本特征;同时,以马缨杜鹃基因组作为参考,获得高质量SNP位点,并进一步通过ADMIXTURE、PCA、GCTA及FastTree软件对其进行基因分型、聚类与系统树构建。[结果]本研究中85份材料比对至马缨杜鹃的平均比对率87.52%,在参考基因组上的平均覆盖度为5.21%,最终获得了620 371个SNP位点。基于PCA、Structure聚类及系统发育树的分析结果,本研究支持目前在亚属水平(杜鹃亚属、常绿杜鹃亚属、马银花亚属、羊踯躅亚属、映山红亚属和长蕊杜鹃亚属)的形态学分类处理,并突出了鳞片在杜鹃属植物分类中的重要作用。[结论]RAD-seq数据产生的大量SNP位点可区分杜鹃花亚属和组内的大部分物种,说明其在复杂类群分类与物种界定方面具有可行性。 相似文献
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为给古茶树遗传图谱构建、分子辅助育种和物种进化等研究提供参考,以48份贵州古茶树种质为研究对象,利用SLAF-seq技术,获取大量多态性SLAF标签,进而开发一批特异性强、稳定性高的单核苷酸多态性(SNP)位点。结果表明,利用猕猴桃参考基因组进行电子酶切预测,选择HaeIII酶进行酶切,得到237773个SLAF标签,其双端比对效率为91.40%,酶切效率为96.41%,说明SLAF建库正常。测序后各样品所获得的读长数为1279534~8460233,测序质量值Q30范围为92.61%~94.88%,均值为93.84%,测序获得的GC比例为43.52%~47.18%。共开发1656258个古茶树SLAF标签,样品的平均测序深度为24.21×,其中多态性SLAF标签有462897个,根据所获得的多态性SLAF标签来统计SNP位点信息,共得到2690638个群体SNP标记,根据完整度大于0.8且次要基因频率(MAF)大于0.05的标准进行过滤,得到283376个高一致性的群体SNP标记。 相似文献
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《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2019,(9)
以毛泡桐Paulownia tomentosa为母本、白花泡桐Paulownia fortunei为父本进行正反交,以杂交获得的子一代(F1)构建泡桐连锁图谱的作图群体,选取限制性内切酶EcoRI对185个样品的基因组进行酶切,利用Illumina Hiseq2000测序平台进行RAD测序建库,以白花泡桐基因组为参考,采用SOAP2软件进行序列比对,利用筛选到的单核苷酸多态性SNP(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)位点对该群体进行基因型分析,使用Joinmap version 4.0软件构建泡桐连锁遗传图谱。结果表明:利用RAD测序技术共获得551 894个SNP标记,构建了含20个连锁群的泡桐遗传连锁图谱,该图谱的总图距为2 050.77 cM,标记间平均图距为0.58 cM,图谱预期长度为2 064.29 cM,图谱基因覆盖度为99.35%。本研究构建的泡桐连锁遗传图谱具有高精度和覆盖泡桐基因组完整(构建连锁群数目等于泡桐单倍体基因组染色体的数目)的优点,为泡桐分子育种学研究奠定了基础。 相似文献
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《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2020,(10)
【目的】通过揭示不同树种桉树的木材纤维特性及其变异规律,为桉树的定向培育和木材合理加工利用提供参考依据。【方法】以广西国有东门林场6种桉树(细叶桉、赤桉、巨桉、尾叶桉、粗皮桉、大花序桉)为研究对象,借助数码显微图像电脑分析系统,对6种桉树木材的纤维长度、宽度、腔径和双壁厚四大纤维特性指标进行了测试,并分析其在径向和纵向上的变异规律和差异显著性。【结果】1)6种桉树在1.3 m树高处的纤维长度平均值在916～1 129μm之间,纤维宽度平均值在14.86～19.06μm之间,纤维腔径平均值在4.22～8.03μm之间,纤维双壁厚平均值在8.40～12.74μm之间;2)6种桉树自髓心向外,各木材纤维长度和纤维双壁厚先随树龄的增加而增大,之后趋于稳定;木材纤维宽度随着树龄的增加而略有增加;木材纤维腔径均随着树龄的增加而逐渐减少。6种桉树纤维长度、纤维宽度和纤维双壁厚随着树干高度增加总体变化幅度都不大,基本在一中心线上下波动;6种桉树木材纤维腔径均随着树高的增加总体呈减小趋势;3)经方差分析表明,6种桉树多数纤维特性指标随树龄的变化表现出极显著的差异性,少数纤维特性指标随树高的变化表现出极显著的差异性。【结论】6种桉树树种的纤维长度、宽度、腔径和双壁厚尺寸有所差异,但在同一纤维特性指标中,6个树种在径向或纵向上的变异规律基本一致,大花序桉的纤维长度、宽度和双壁厚均明显大于其它5个树种,相对具有更大的开展实木加工利用的潜在价值。 相似文献
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《林业科学》2021,(9)
【目的】对入侵性致瘿害虫桉树枝瘿姬小蜂(膜翅目:姬小蜂科)进行EST-SSR引物开发和隐种鉴定,为桉树枝瘿姬小蜂种群遗传学研究及其防治提供理论依据。【方法】采用Illumina HiSeqTM2000测序平台对3个地理种群的桉树枝瘿姬小蜂雌性成虫进行转录组测序,利用MISA和Primer Premier 3软件进行EST-SSR标记的搜索、挖掘和引物设计。选取400对EST-SSR引物,结合国外报道的14对多态性G-SSR引物,应用1%琼脂糖凝胶电泳检测扩增效率,并用8%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证引物多态性。基于桉树枝瘿姬小蜂COI基因序列数据对我国14个地理种群320个桉树枝瘿姬小蜂雌性成虫样本进行隐种鉴定。【结果】1)共获得277 048 525条clean reads,包括82.86 G个核苷酸,组装后得到44 878个unigene,平均长度1 082.76 bp,N50为1 976 bp;利用MISA软件搜索到EST-SSR位点14 190个,其中主要重复类型是单核苷酸重复(占总EST-SSR的69.63%),其次是二核苷酸重复和三核苷酸重复(分别占总EST-SSR的16.17%、13.51%)。2) 400对EST-SSR引物中有205对引物可有效扩增出目的片段,扩增效率51.25%,国外报道的14对G-SSR引物均能扩增出目的片段;3)用8%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳验证SSR引物多态性,最终筛选出10对多态性良好的EST-SSR引物,国外报道的14对G-SSR引物中仅有LiSS2、LiSS5、LiSS13在我国桉树枝瘿姬小蜂样本中存在多态性;4)从我国14个桉树枝瘿姬小蜂地理种群中共获得320条605 bp的COI基因序列,基于桉树枝瘿姬小蜂COI基因序列构建的NJ系统发育树表明,我国仅存在A、B 2种类型的桉树枝瘿姬小蜂隐种,样本比例约为1∶2。【结论】筛选出10对适合我国桉树枝瘿姬小蜂种群遗传学研究的EST-SSR引物。我国存在A、B 2种类型的桉树枝瘿姬小蜂隐种,其中隐种A首次在我国发现,桉树枝瘿姬小蜂的隐种鉴定可为该害虫在生物防治中采用正确的生物型提供依据。 相似文献
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我国耐寒桉树的种质资源及其遗传改良 总被引：9，自引：0，他引：9
本文概述了中澳合作“耐寒桉树”研究项目在良种筛选与遗传改良方面的主要工作。通过对我国耐寒桉树目标推广区气候特点的认识,及对20年来这些区域桉树引种试验的重新评估,项目筛选出一批耐寒能力在-5℃至-10℃的优良桉树,并它们把分为2类,一类为适生于高海拔地区树种,主要有:蓝桉、直干桉、史密斯桉和亮果桉;一类为适生于低海拔地区树种,包括:邓恩桉、赤桉、巨桉、柳桉。在耐寒桉树的遗传改良方面,该项目通过改建、新建等方式,在全国各地建立以上树种的种子园19个,并制定了各树种的详细改良计划。为获得更多优良耐寒树种,我国近年已建立了一大批耐寒桉树筛选试验,可望在耐寒能力的提高上取得突破。 相似文献
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【目的】比较3个时间节点桉杂种亲本特点和评价子代生长及形质指标的变化,选择不同时间节点的优良家系/单株。【方法】利用方差分析、相关分析和家系/单株坐标综合法,分析连山林场测定林112杂种家系和2个对照无性系在3个时间节点的性状变化,评价树种、家系及单株的性状变化及差异。【结果】各个节点不同性状在杂种家系、家系与区组交互效应间均存在极显著差异;以11年生平均单株蓄积加1或2倍标准差为选择指标筛选生长优良家系,分别20个和3个家系入选,入选家系与5年生时不同;不同林龄生长性状存在相关关系,干形与生长性状均存在极显著相关,早期耐寒性与3年生生长存在极显著相关;以11年生生长和形质指标进行坐标综合法家系分类,优、中和差各有22、68和22个家系入选,其中22个优良家系中以尾叶桉、邓恩桉和巨桉为母本分别有14、5和3个家系,优良家系以巨桉和赤桉为父本分别8和4个;杂种家系单株选择中小于DH3229最优单株得分值（0.203 2）的共有46株,其中54号尾巨桉家系有3株入选,另有9个家系各有2株入选,入选46株优树分属10个家系,其中7个家系属于巨桉子代。【结论】通过性状选择可以获得不同时间节点下... 相似文献
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文章通过单项选择法和双向选择法对14种速生桉人工林心材的抗家白蚁(Coptotermes formosanus)蛀蚀性进行室内测试,比较各种桉树心材被白蚁蛀蚀程度及质量损失率,以评价各种桉树木材对家白蚁的抗蚁蛀性能.单项选择测试结果表明,不同桉树心材抵抗家白蚁的蛀蚀能力有很大差异,20 a生韦塔桉(Eucalyptus wetarensis)和14 a生细叶桉(E.tereticornis)心材对家白蚁的天然抗蛀性最强,平均质量损失率均小于10%,属于轻微蛀蚀等级;50 a生窿缘桉(E.exserta)和40 a生柠檬桉(E.citriodora)次之,平均质量损失率在10%~20%,属于轻度至中度蚁蛀等级;8 a生巨桉(E.grandis)的抗蚁蛀性能最差,平均质量损失率大于50%,属于严重蛀蚀等级;其余8种桉树心材包括蓝桉(E.globulus)、 赤桉(E.camaldulensis)、 粗皮桉(E.pellita)、 托里桉(E.torelliana)、 刚果12号桉(E.ABL12)、 尾叶桉(E.urophylla)、 尾巨桉(E.urophylla×E.grandis)和尾细桉(E.urophylla×E.tereticornis),年龄为6~28 a,平均质量损失率为30%~40%,属于中度至严重蛀蚀等级.双向选择测试结果表明,家白蚁对不同桉树心材有取食偏爱性,14种桉树心材被家白蚁取食喜好优先排序为:巨桉→托里桉→尾细桉→蓝桉→刚果桉12号→粗皮桉→尾叶桉→尾巨桉→柠檬桉(28 a生)→柠檬桉(40 a生)→赤桉→窿缘桉→细叶桉→韦塔按. 相似文献
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【目的】量化认识旱季尾巨桉的径向生长动态及其影响因素,为提高桉树林的木材产量及其科学经营提供数据支持及理论指导。【方法】应用DC3型径向变化记录仪对5.5年生尾巨桉旱季径向生长进行连续监测,同步观测林内外各环境因子,分析旱季径向变化与各个因子之间的相关关系。【结果】受树干水分平衡因素的影响,旱季晴天尾巨桉的树干径向日变化呈现出规律的周期性波动,其日最大值出现在9:00—10:00,而最小值出现在16:00—18:00;雨天树干呈持续膨胀后保持不变,最大值较晴天晚约2h。旱季尾巨桉树干径向累积增长为波动性上升过程,可分为相对稳定期、快速增长期及失水收缩期3个阶段。在整个旱季内,各个时期径向生长的主导影响因子不同,其中土壤含水量、土壤温度和大气温度是影响尾巨桉旱季径向生长的主要因素。【结论】土壤水分和温度是影响尾巨桉旱季径向生长的主要因素,若旱季能够通过采取提高土壤温度和土壤含水量(灌溉等)等有效的经营措施,将对尾巨桉树干的径向生长起到促进作用。 相似文献
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几个桉树优良无性系的ISSR指纹图谱分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用ISSR-PCR方法对尾叶桉广林4号、巨尾桉广林5号、巨尾桉广林9号3个优良桉树品种(无性系)及粗皮桉的34个个体进行了基因组多态性分析,从100个ISSR引物中筛选出4个多态性引物用于正式扩增,共扩增出63条DNA条带,其中多态性DNA条带54条,占其总扩增带数的85.7 %,平均每个引物扩增的DNA带的数目为13.5条.实验不仅检测到3组无性系之间、无性系和实生苗之间的特异性条带,还根据ISSR扩增结果,利用UPGMA法构建了3个桉树品种(无性系)及1个桉树外缘种的聚类树状图,在一定程度上反映了其种间的遗传关系. 相似文献
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《林业科学》2021,57(9)
【目的】分析由巨桉人工林转型的13年生青冈栎天然林特征,为探究中亚热带人工林成功转型为天然阔叶林的基本条件、人工林的植被控制、天然阔叶林的保护和乡土阔叶树的发展提供科学依据。【方法】在福建省永安市由巨桉人工林转型的青冈栎天然林内设置3块20 m×20 m样地,每块样地分割成4个10 m×10 m样方,对样方乔木层林木进行每木调查,并在每块样地内选择1个有代表性的样方进行灌木层调查,同时在每块样地中心各设置1个4 m×4 m的小样方进行草本植物调查。选用物种重要值、常用生物多样性指标和主要测树因子分析乔木层、灌木层的树种组成和多样性以及林分结构和生长状况等林分特征。【结果】由巨桉人工林转型的13年生青冈栎天然林的平均胸径、平均树高、密度和蓄积量分别为6.2 cm、9.5 m、6 308株·hm~(-2)和94.43 m~3·hm~(-2),林木高径比为41～380,平均高径比为155;直径和树高结构均表现出异龄林特征;林分内36.99%的林木为萌生林木,萌生林木中青冈栎最多,分别占萌生林木总株数和青冈栎总株数的57.86%和66.12%;巨桉以枯立木或枯倒木形式存在,枯立木密度为966株·hm~(-2);乔木层有45个树种,Shannon-Wiener指数、均匀度和生态优势度分别为3.74、0.68和0.14;乔木层内乔木和灌木树种分别有34和11种,重要值分别为88.65%和11.35%;常绿和落叶树种分别有30和15种,重要值分别为67.38%和32.62%;常绿阔叶乔木的株数、树种数和重要值均明显高于落叶阔叶乔木,常绿阔叶乔木是乔木层的主体;青冈栎是乔木层的优势种,其相对多度(32.36%)、相对频度(7.69%)、相对优势度(16.75%)和重要值(18.94%)均为层内最高;灌木层有27个树种,Shannon-Wiener指数、均匀度和生态优势度分别为3.69、0.78和0.13;乔木和灌木树种分别有15和12种,但灌木树种的株数占比(69.85%)和重要值(60.87%)均明显高于乔木树种(株数占比和重要值分别为30.15%和39.13%);常绿树种的株数、树种数和重要值均远高于落叶树种,灌木层的主体是常绿阔叶灌木,茶是灌木层的优势种;13年生青冈栎天然林特征与相近年龄的青冈栎天然林无本质区别,属典型的幼林阶段中亚热带天然阔叶林;林分乔木层和灌木层内均有不少珍贵或高价值用材树种。【结论】巨桉人工林已经成功转型为郁闭度高、株数密度大、林木高径比高、树种多样性丰富、异龄林特征明显的13年生青冈栎天然林,该林分与相近年龄的青冈栎天然林特征无本质区别,属典型的幼林阶段中亚热带天然阔叶林,是中亚热带人工林成功转型天然阔叶林的典型案例。 相似文献
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【目的】研究桉树响应从枝菌根真菌和青枯菌的生长和生理特征,为应用菌根化育苗技术防控桉树青枯病提供理论支撑。【方法】以巨桉幼苗为对象,研究摩西管柄囊霉菌根化和青枯菌侵染进程对寄主生长和防御相关酶活性的影响。【结果】1）摩西管柄囊霉能与巨桉根系良好共生,菌根化桉树株高、地径、干质量、根冠比分别为非菌根化处理的2.30、4.38、2.75和1.71倍。与非菌根化处理相比,菌根化巨桉幼苗根长、根直径、根表面积、根体积、根冠比、根系和叶片中氮、磷和钾含量均显著增加（P<0.05）。2）随青枯菌侵染时间的增加,菌根化桉树叶片中的防御相关酶活性显著高于对应的非菌根化处理,过氧化物酶（POD）和多酚氧化酶（PPO）、β-1,3-葡聚糖酶活性在菌根化桉树组织中先升高后降低,分别在青枯菌侵染48、24、144 hpi时达到峰值;菌根化桉树叶片中的超氧化物歧化酶（SOD）、苯丙氨酸解氨酶（PAL）和几丁质酶活性先升高后降低,在青枯菌侵染96 hpi后达到峰值。3）接种摩西管柄囊霉对桉树青枯病的防控效果为81.67%。【结论】接种摩西管柄囊霉显著促进桉树幼苗健壮生长,受青枯菌侵染后,菌根化桉树幼苗快速和... 相似文献
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《林业科学》2021,57(6)
【目的】基于转录组测序数据开发苦楝SSR标记,为苦楝种质资源的选育、评价和遗传改良提供理论基础和科学依据。【方法】利用Illumina Hi Seq~(TM)2500平台对苦楝叶片进行高通量测序,分别利用Trinity、MISA软件对转录组数据进行拼接组装、序列检索及SSR分布类型和特征分析。采用Primer 3软件设计合成100对SSR引物,分别用2%琼脂糖凝胶电泳和PAGE凝胶电泳进行初步筛选和多态性筛选。【结果】共获得Unigenes 20 077条,平均长度为1 431.82 bp,N50为1 955 bp;对Unigenes进行SSR位点的发掘和分析,发现4 116条Unigenes序列中含有5 469个SSR位点,SSR的发生频率为20.50%,平均分布距离为8.74 kb;单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的50.23%、24.43%和22.11%; SSR重复单元以6～10次重复的最多,占总数的51.27%。筛选出16对多态性引物并进行PCR扩增,共检测到56个等位基因片段,平均每个位点含3.5个,平均有效等位基因数为2.31个,平均Shannon多样性指数I为0.861,平均多态性信息含量PIC为0.507。【结论】苦楝转录组SSR位点具有较高的出现频率和分布密度,基元类型和重复次数相对较高,具有高多态性的潜能,可以进行有目的的引物设计和开发。开发的16对SSR引物在苦楝上可检测到较高的多态信息含量,进一步丰富了楝科现有SSR标记数据库资源,可为楝科植物在基因组水平上的遗传多样性分析和分子辅助育种等提供参考。 相似文献
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桉属树种在世界上的60多个国家和地区广为种植,在全世界的热带、亚热带地区,桉树人工林占全部人工林面积的40％。由于桉树人工栽培面积大,对良种的需求量也大,近年来世界上陆续开展了桉树分子生物学的研究,试图提高桉树改良的效果,加快改良速度。与其它主要造林树种的情况相似,桉树分子生物技术的研究起步晚于农作物,而且桉树本身也晚于杨树、松树等树种。主要工作都是在近5年内开展的,有关研究只集中在少数几个树种上,但桉树的分子生物学研究发展迅速,已取得了一些成果,包括群体遗传结构及亲缘关系分析,遗传图谱的构建,数量性状位点(QTLs)定位,遗传转化等。 相似文献