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1.
【目的】 类胡萝卜素裂解双脱氧酶基因（Carotenoid Cleavage Dioxygenases 4,CCD4）控制桃果肉颜色（白/黄）,CCD4存在3种等位基因。本研究利用Indel、SSR荧光标记毛细管电泳及SNP鉴定等基因分型技术分析我国主要桃黄白肉品种（系）中CCD4等位基因的差异,为主要黄/白肉品种（系）的基因型鉴定、亲本选配和选择相应的分子标记对不同来源子代的果肉颜色进行鉴定奠定基础。【方法】利用已经报道的桃不同果肉颜色中CCD4等位基因3种突变类型,合成不同引物进行PCR扩增,LTR反转录转座子插入突变经1%的琼脂糖凝胶电泳检测,CT单元重复的PCR产物在ABI3730XL测序仪上进行SSR荧光标记毛细管电泳检测,SNP标记经Sanger测序后利用ContigExpress软件分析CCD4等位基因的碱基替换（A→T）。综合以上结果,统计每份材料中CCD4等位基因的突变类型与果肉颜色的一致性。【结果】通过对不同来源的122份桃品种（系）材料进行基因型分析,发现CCD4发生LTR反转录转座子插入突变材料的基因型共有31份,占总材料的25.4%,其中纯合插入突变材料的片段扩增长度为729 bp,共有8份,占总突变的25.8%;CCD4发生微卫星重复序列突变材料存在2 bp的插入,扩增片段长度为179 bp,该类型共有68份,占总材料的55.7%,其中纯合插入材料25份,占总突变的36.8%;CCD4发生A→T碱基替换突变的材料较少,仅有1份,占总材料的0.82%,实际应用中可以不考虑该种类型。CT和LTR插入的两种突变类型的黄肉品种（系）有7份,占总材料的5.7%。研究结果表明,LTR反转录转座子插入突变和微卫星序列重复突变是黄肉桃中CCD4等位基因的主要突变类型。其中CCD4发生一种纯合突变或两种杂合突变桃品种（系）为黄肉类型,分子标记鉴定结果与调查的122份桃品种（系）黄白肉表型性状完全一致,准确率为100%。【结论】采用分子标记明确了122个桃品种（系）黄/白肉性状的基因型,为不同亲本组合子代表型鉴定的标记类型选择提供了技术支撑,为建立桃种质材料黄/白性状的分子辅助育种体系和黄肉桃的选育奠定了基础。 相似文献
2.
【目的】为开发准确的枇杷果肉颜色早龄鉴定分子标记,加速枇杷品种改良进程。【方法】基于枇杷八氢番茄红素合成酶基因EjPSY2A在黄肉和白肉枇杷品种间的序列差异设计2对InDel分子标记,经初步筛选后选取分型结果清晰的引物PSY2A-2对85份枇杷种质资源与杂交后代分型鉴定的准确性进行验证,并通过TA克隆方法对EjPSY2A位点扩增片段的正确性进一步验证。【结果】所有42份白肉枇杷材料具有纯合的EjPSY2Ad基因型,而43份黄肉枇杷材料全部为纯合的EjPSY2A基因型或者EjPSY2Ad与EjPSY2A杂合基因型,并通过TA克隆的方法证实了‘大五星’枇杷的扩增大片段为纯合EjPSY2A等位基因。【结论】开发的PSY2A-2分子标记可以准确地将黄肉和白肉枇杷种质资源区分,对指导枇杷杂交后代早龄选择育种具有重要意义,有助于加速枇杷育种工作的进程。 相似文献
3.
为了解云南糯玉米地方品种糯性waxy基因的等位变异类型与构成,有针对性地保护和利用携带稀有基因的珍稀遗传材料,在用糯玉米已知基因wx-D7、wx-D10、wx-Cin4、wx-124和wx-Reina等的特异分子标记检测并获得携带有未知糯性基因的云南糯玉米地方品种基础上,设计出能检测waxy全基因的11对分子标记,检测10份带有未知waxy等位基因的云南糯玉米地方品种,发现来自云南曲靖市辖宣威市的糯玉米地方品种糯包谷(统一编号232248)带有的waxy基因的突变位点。用简化的热交错不对称PCR(Tail-PCR)对该突变位点作进一步扩增和测序,并分析包含突变点在内的waxy基因的分子特征。宣威糯包谷的waxy基因在其第14外显子中插入了约4.9 kb的未命名反转录转座子,本研究将其命名为xuanwei(宣威)。该反转录转座子属于长末端重复(Long terminal repeat,LTR)反转录转座子,具有序列完全相同的LTR结构。因此waxy基因wx-xuanwei是一个反转录转座子插入造成的新的等位突变基因。 相似文献
4.
《江西农业学报》2022,(3)
为了解云南糯玉米地方品种糯性waxy基因的等位变异类型与构成,有针对性地保护和利用携带稀有基因的珍稀遗传材料,在用糯玉米已知基因wx-D7、wx-D10、wx-Cin4、wx-124和wx-Reina等的特异分子标记检测并获得携带有未知糯性基因的云南糯玉米地方品种基础上,设计出能检测waxy全基因的11对分子标记,检测10份带有未知waxy等位基因的云南糯玉米地方品种,发现来自云南曲靖市辖宣威市的糯玉米地方品种糯包谷(统一编号232248)带有的waxy基因的突变位点。用简化的热交错不对称PCR(Tail-PCR)对该突变位点作进一步扩增和测序,并分析包含突变点在内的waxy基因的分子特征。宣威糯包谷的waxy基因在其第14外显子中插入了约4.9 kb的未命名反转录转座子,本研究将其命名为xuanwei(宣威)。该反转录转座子属于长末端重复(Long terminal repeat,LTR)反转录转座子,具有序列完全相同的LTR结构。因此waxy基因wx-xuanwei是一个反转录转座子插入造成的新的等位突变基因。 相似文献
5.
[目的]研究与桃果肉颜色和果皮茸毛性状相关的SSR标记,为桃早期分子标记辅助育种提供参考依据.[方法]以油蟠桃98-5-8与普通桃91-42-51杂交的F1分离群体74个单株为材料,对其果实白肉/黄肉、有毛/无毛两个性状进行SSR分子标记.[结果]在66对引物中,引物UDP96-005和pchgms3、UDP97-401和CPSCT030分别在白肉/黄肉单株、有毛/无毛单株及混合基因池间扩增出差异条带.表型性状与标记连锁结果表明,SSR标记UDP96-005（164 bp）与白肉性状连锁,遗传距离为4.06 cM; SSR标记CPSCT030（191 bp）与有毛性状连锁,遗传距离为8.2 cM.对20个桃栽培品种进行验证,UDP96-005标记对白、黄肉品种的检测符合率为85％,CPSCT030标记对有无茸毛品种的检测符合率为50％.[结论]筛选获得分别与桃白肉、有毛性状连锁的SSR标记UDP96-005与CPSCT030,可用于桃分子标记辅助育种,并为发掘与桃果肉颜色和茸毛性状相关基因奠定基础. 相似文献
6.
3种果肉颜色桃原花青素积累 总被引：2，自引：0，他引：2
以瑞光19号(白肉)、浙金3号(黄肉)、红肉大红袍(DBF-基因型,红肉)桃果实为试验材料,研究了3种果肉颜色的桃原花青素积累动态及其机制。结果表明,在果实发育过程中,3种不同肉色的桃原花青素含量和积累趋势差异明显。白肉桃和黄肉桃中原花青素积累都伴随着果实成熟而降低;DBF-基因型红肉桃则恰好相反,含量随果实发育急剧升高,成熟时达到最高。无色花青素还原酶(LAR)、花青素还原酶(ANR)的酶活力及其编码基因在转录水平的表达量,分别在3种肉色桃中与原花青素积累趋势一致;在白肉桃和黄肉桃中,LAR与原花青素的积累更为密切;而在红肉桃中,ANR与原花青素的积累更为密切。 相似文献
7.
[目的]鉴定广西地方香稻品种的香味及其香味基因型,为开发和利用广西香稻地方种质资源及选育优质特色香稻品种提供理论依据.[方法]将传统香味鉴定方法(KoH浸泡法和籽粒咀嚼法)与分子标记技术结合,对179份广西地方香稻种质资源的香味及其香味基因型进行鉴定.[结果]179份供试材料中,KOH浸泡法检测到具有香味的材料167份,籽粒咀嚼法检测到具有香味的材料124份.籽粒咀嚼法鉴定为香稻的品种中97.58%能用KOH浸泡法鉴定出香味,但KOH浸泡法鉴定为香稻的品种中仅72.46%能用籽粒咀嚼法鉴定出香味.利用分子标记法能检测到等位基因的有71份,占供试材料总数的39.66%,主要以InDel7和InDel4-5等位基因为主,其中仅1份检测到InDel2等位基因,40份检测到InDe17等位基因,37份检测到InDel4-5等位基因,未检测到InDel13等位基因,但有7份同时检测到In-Del7等位基因和InDel4-5等位基因.71份能检测到等位基因的材料中有69份被籽粒咀嚼法和/或KOH浸泡法鉴定为香稻品种,正确率达97.18%.在籽粒咀嚼法和KOH浸泡法均鉴定为香稻的121个品种中,香味表型明确,但仅有55个品种能检测到等位基因,检出率为45.45%.来自百色市的供试材料中能检测到等位基因的品种占该市香稻品种总数的53.19%,含有InDe12、InDel7和InDel4-5等位基因型,但以Indel7等位基因型为主;来自河池市的供试材料中能检测到等位基因品种占该市香稻品种总数的比例最高,达64.10%,但只检测到2种基因型,以Indel4-5等位基因型为主;柳州市及其他市能检测到等位基因的比例远低于百色市和河池市.[结论]广西香稻地方品种具有较强的地域特色,不同地区的香稻香味等位基因存在明显差异,且可能存在已报道的等位基因之外的香味基因或香味等位基因,仅用4个已报道的等位基因不足以检测出全部的香稻品种,应将分子标记法与传统鉴定方法相结合,才可更准确鉴定出香稻品种. 相似文献
8.
采用HPLC测定不同时期红肉桃品种天仙红、白肉桃品种金华大白桃和黄肉桃品种锦香果实中的儿茶素和表儿茶素含量。结果表明,红、黄、白肉桃果皮中儿茶素含量分别为66.2～170.1、64.9～169.5和18.6～146.3μg/g·FW,果肉中儿茶素含量分别为0.2～31.7、7.6～33.8和2.1～25.1μg/g·FW,果皮中表儿茶素含量分别为4.9～24.3、8.4～17.2和2.8～7.2μg/g·FW,果肉中表儿茶素含量分别为1.0～35.8、1.5～29.5和1.6～4.8μg/g·FW。桃果实果皮中儿茶素含量显著高于表儿茶素,果皮中儿茶素含量高于果肉,在成熟早期白肉桃、成熟中期黄肉桃和成熟后期红肉桃果实中儿茶素和表儿茶素含量较高。 相似文献
9.
《江西农业大学学报》2015,(6)
以红肉桃18(离核、红肉)、红肉桃6(粘核、红肉)、沙红桃(白肉)和锦香(黄肉)4个桃品种为试材,分析了果实生长发育过程中果肉、果皮、叶片中色素含量的变化。结果表明:随着果实的生长发育,4个品种叶片中叶绿素、类胡萝卜素、花青素含量及果皮、果肉中叶绿素含量略有波动或缓慢下降;红肉桃6、红肉桃18和沙红桃3个品种果皮、果肉中类胡萝卜素含量缓慢下降,锦香果肉中类胡萝卜素含量6月上旬开始快速上升,到6月12日时最高达0.014 mg/g;4个桃品种果皮和果肉中花青素含量6月上旬开始上升,其中红肉桃18含量最高,到6月12日达0.15 mg/g;与类胡萝卜素含量一样,果皮、果肉中花青素含量远低于叶片中含量。相关性分析表明,4份桃品种果皮、果肉中叶绿素和类胡萝卜素含量均呈显著正相关,红肉桃6、红肉桃18果皮、果肉花青素含量与叶绿素、类胡萝卜素含量均呈负相关。 相似文献
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为探索新疆桃自交亲和的原因及其与普通桃的分类关系,以4个新疆桃(Prunus ferganensis Kost.et Riab)品种为试材,分别在花柱S-RNase和花粉SFB基因保守区设计引物,在DNA中鉴定其S基因型,并通过全长引物分别克隆4个品种中的S-RNase和SFB全长基因。测序后经分析确定S基因型分别是:‘和田黄肉’S2S2m,‘喀什1号’S1S2,‘喀什4号’S2S2,‘黄李光’S1S2。DNAMAN软件比对结果表明:S2m-RNase的第602个碱基鸟嘌呤G变成了腺嘌呤A,导致半胱氨酸变成了酪氨酸;SFB1m在第978个碱基后插入155bp的片段,导致蛋白质翻译提前终止;SFB2m基因由于在第492个碱基处有5bp的片段插入,使翻译在525bp处终止。RT-PCR组织特异性分析发现新疆桃4个品种的S-RNase均具有花柱组织特异性表达,SFB均具有花粉组织特异性表达;酵母双杂交试验显示突变的SFB1m和SFB2m能分别与S1-RNase、S2-RNase和S2m-RNase相互作用。以上结果表明新疆桃的S基因与桃其他栽培品种一致,自交亲和性可能与S基因的突变相关,且S基因的突变类型与目前鉴定出的普通桃(Prunus persica L.)突变类型一致,该研究进一步说明新疆桃与普通桃的进化关系较近。 相似文献
12.
BoCAL基因是控制花椰菜花球发生的关键基因之一。为了提高对花椰菜BoCAL基因型鉴定效率,根据该基因第5个外显子中第16个碱基（Ex5+16）G-T的功能性单核苷酸多态性（SNP）突变,开发了竞争性等位基因特异性PCR（KASP）标记(BoCAL-KASP1)。利用该标记对甘蓝类7个变种的蔬菜作物与野生种共计86份材料进行了BoCAL等位基因的分型,发现共有36份材料的基因型是T:T,包括28份花椰菜、6份青花菜与2份引进的地方种材料;43份材料的基因型是G:G,包括2份花椰菜、9份青花菜、6份结球甘蓝、5份芥蓝、3份苤蓝、7份羽衣甘蓝、2份抱子甘蓝、4份引进的地方种与5份甘蓝野生种材料;7份材料显示杂合基因型T:G,包括2份青花菜、2份羽衣甘蓝和3份引进的地方种材料。这86份材料的BoCAL基因型KASP鉴定结果和酶切扩增多态性标记(BoCAL-CAPS1)的鉴定结果完全一致。以上结果说明BoCAL-KASP1标记可以高效准确地鉴定BoCAL基因目标位点的基因型,从而为花椰菜花球发育研究和分子育种提供可靠的功能性标记。 相似文献
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红肉桃种质资源的AFLP分析 总被引：4，自引：0，他引：4
利用AFLP技术对24份红肉桃和5份白内桃对照品种进行了DNA多态性分析,从64对E 2/M 3引物组合中筛选出6对引物用于扩增基因组DNA.共获得清晰可辨的174个标记.其中多态性标记为108个,多态性检出率为62.1%.UPGMA聚类分析结果显示.在遗传相似系数0.916处,红肉品种与白肉品种分别聚成了两大类(第6类和第7类),说明两类群间存在较明显的差异;红肉桃14、粘核红肉桃、黑桃1、黑桃2、红肉桃2与红肉桃4几个红肉桃品种独自成类.与其他绝大部分品种遗传距离较远.具有独特的基因型,故应作为重点种质保存. 相似文献
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为实现高效分子标记对育种资源的辅助选择,通过对现有的与桃果皮茸毛相关的5对分子标记进行对比研究,发现IndelG分子标记与桃有毛/无毛表型的符合率最高,为100%。根据IndelG分子标记条带类型,将107份桃种质资源果皮茸毛性状分为PP(941941)型、nn(197197)型和Pn(941197)型3种基因型,基因型与表型符合率为100%。IndelG分子标记应用于桃有毛/无毛性状杂交群体的子代鉴定,基因型的分离规律符合孟德尔遗传规律,基因型与其表型符合率为100%。 相似文献
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【目的】果肉颜色是柚类品种重要的外观性状以及品质性状,挖掘与柚果肉颜色显著相关的变异位点及相关基因,为进一步理解柚类品种果肉呈色机理以及分子标记辅助育种奠定基础。【方法】通过表型调查及色差仪测量,对100份柚类种质的果肉颜色进行评价和分类,利用GBS(genotyping-by-sequencing)测序技术对所有材料进行简化基因组测序。将测序得到的基因型数据通过GCTA软件计算特征值及特征向量分析群体结构,利用plink 2.0软件计算不同果肉颜色群体的遗传分化系数（Fst）,选用GEMMA软件中GLM模型进行全基因组关联分析,选取与颜色表型显著关联的变异位点进行等位变异分析,根据柑橘LD大小对变异位点邻近位置进行基因注释,筛选出与果肉颜色形成相关的候选基因,随机选择4份白肉柚和4份红肉柚材料在不同发育时期对候选基因表达进行初步验证。【结果】根据果肉颜色将100份柚类种质分为白肉柚和红肉柚两大类,其中包含58份白肉柚和42份红肉柚。通过Fst遗传分化指数分析和GWAS全基因组关联分析共筛选到Fst系数大于0.4且-log10(P)>9的位点6个,对6个变异位点进行基因分型,根据... 相似文献
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为揭示裸大麦育成品种与种质资源材料的遗传结构,利用反转录转座子标记(反转录转座子-微卫星扩增多态性,REMAP;反向反转录转座子扩增多态性,IRAP)与简单重复序列(SSR)标记,分析63份裸大麦的遗传多样性。IRAP、REMAP、SSR标记分别检测到315、143、38个等位变化,变异范围分别为9~58、7~25、2~4个,平均每对引物检测24.23、14.30、2.38个等位变化。REMAP和IRAP单一标记多态性位点贡献率高于SSR标记。反转录转座子标记揭示材料间遗传相似性系数(GS)为0.452~0.937,平均为0.674,在GS值0.620水平上将63份材料分为2大类,分别包含20份和43份材料。SSR标记结果显示材料间GS为0.351~0.973,平均为0.716,在GS值0.620水平上将63份材料区分为2大类,分别包含2份和61份材料。反转录转座子标记聚类结果在GS值0.740水平上能区分西藏野生资源和栽培资源,但SSR标记不能有效区分这2类材料。反转录转座子标记的主坐标及群体结构分析结果与GS聚类分析结果一致性较高;SSR标记群体结构与主坐标分析、GS聚类分析结果存在明显差异。本研究表明,裸大麦材料遗传背景简单,亚类间缺少基因交流,反转录转座子标记在裸大麦品种亲缘关系鉴定中有一定的优势。反转录转座子标记与SSR标记的协同使用可为裸大麦遗传多样性分析、种质鉴定及亲本选配揭示更多有用信息。 相似文献
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洋葱CMS-T型育性分子标记的筛选与鉴定 总被引：4，自引：0，他引：4
为筛选便于鉴定洋葱细胞质雄性不育类型及育性相关基因型的分子标记,采用cob(s)、cob(n)、orfA501、Cpp1和orf725共5个与CMS相关分子标记,jnurf13、AcSKP1、DNF-566、RNS-357、OPT和PsaO共6个与育性Ms位点相关分子标记分别对洋葱CMS类型和育性基因型筛选与鉴定。在洋葱不育类型分子标记鉴定中,Cpp1标记不适合本材料CMS分类,cob(s)、cob(n)和orfA501 3个标记联合鉴定洋葱CMS-T类型,筛选出orf725标记适合区分不育株及其不育类型;在34份洋葱育性相关基因型鉴定中,DNF-566、RNS-357、OPT和PsaO4个标记鉴定结果与表型不一致,筛选出jnurf13和AcSKP1 2个分子标记能够鉴定洋葱保持系基因型msms、不育系基因型msms、育性恢复基因型MsMs及杂合子(Msms)。结果表明洋葱CMS-T材料由单核基因Ms位点控制,并且首次报道AcSKP1标记用于CMS-T材料验证,但AcSKP1标记采用混合PCR,鉴定成本相对较高。所以,orf725和jnurf13标记适合田间筛选洋葱不育株类型和育性相关基因型。 相似文献
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SCoT分子标记具有简单易操作、成本低、灵敏度高、多态性好的特点,已经广泛应用于植物遗传多样性分析。本研究利用14条SCoT引物对11个桃品种(系)进行遗传多样性分析,共扩增出170条清晰的条带,其中多态性条带为118条,多态性比率69.41%。11份桃材料之间的遗传相似系数范围在0.37～0.89,平均值是0.69。聚类分析和主坐标分析结果表明,11份桃材料在遗传相似系数为0.72处可将所有材料分为3个类群;这三个类群与果实成熟期具有一定的相关性。SCoT分子标记可揭示桃品种资源的遗传多样性,为桃品种资源的鉴定和分类提供科学依据。 相似文献
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Pik位点包含Pi-k、Pi-km、Pi-kp、Pi1、Pi-kh等抗稻瘟病等位基因,在我国水稻抗病育种中具有重要应用价值。本研究对229份水稻品种及重要育种材料的Pik位点进行基因型鉴定。利用K/N-单元型分子标记对水稻材料Pik位点进行多态性分析,鉴定了80份材料为K1K2功能性基因型。进一步通过Pi-k、Pi-kp和Pi1功能分子标记检测,结合功能多态位点序列分析,从80份K1K2型材料中,鉴定了黑稻、京虎B为Pi-k基因型;软米谷为Pi-kp基因型;恩恢99-64为Pi1基因型。研究还发现,高配合力强优恢复系闽恢3301的Pik位点为功能性K1K2基因型,其K1K2片段的序列与已克隆Pi-k、Pi-km、Pi-kp、Pi1、Pi-kh等位基因的序列存在差异,表明闽恢3301的Pik位点可能存在一个新等位基因。本研究明确了229份水稻材料Pik位点的K/N-基因型,结果可为水稻抗稻瘟病育种和品种合理布局提供参考。 相似文献