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1.
来源于猕猴桃的柑橘叶斑驳病毒的RT-PCR检测及外壳蛋白基因序列分析 总被引：4，自引：1，他引：3
柑橘叶斑驳病毒(Citrus leaf blotch virus,CLBV)为柑橘病毒属(Citrivirus)代表种。本研究采用RT-PCR技术从我国栽培猕猴桃上首次检测到CLBV,总检出率为13.3%。测定了5个CLBV分离物的外壳蛋白基因(coat protein gene,cp)序列,全长均为1 092核苷酸(nt),分离物间cp基因核苷酸和编码氨基酸序列相似性分别为83.2%~99.7%和91.9%~98.9%,这些分离物与新西兰报道的CLBV猕猴桃分离物M3-A核苷酸序列相似性仅为83%左右,与来源于柑橘及近缘种的CLBV分离物cp基因核苷酸序列相似性为84%~86%。在基于该病毒cp基因核苷酸序列的系统进化树中,本研究所测定的CLBV猕猴桃分离物与新西兰报道的除M3-A外的猕猴桃分离物聚在同一组群。研究结果为进一步明确CLBV在我国猕猴桃上的侵染和危害特点及建立该病毒的分子检测技术提供了重要信息。 相似文献
2.
南方菜豆花叶病毒(Southern bean mosaic virus,SBMV)是我国二类检疫性有害生物,以南方菜豆花叶病毒日本分离物(SBMV-J)总RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增病毒外壳蛋白基因及其上游基因的cDNA片断并将其克隆到pMD18-T载体上。序列分析结果表明:SBMV-J cp基因由801个核苷酸组成,编码266个氨基酸,SBMV-J与其它分离物及株系cp基因的核苷酸序列同源性为83%～97%,氨基酸序列同源性为86%～97%。由于SBMV各分离物及株系cp基因的同源性较低,难于设计出较长的普通PCR引物。通过较短引物设计和TaqMan-MGB探针技术,建立了SBMV的实时荧光RT-PCR一步检测方法。该方法的检测低限是0．16 pg,最佳检测总RNA的量是0．16 ng。 相似文献
3.
锦葵脉明病毒中国蜀葵分离物cp基因序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
本研究利用双链RNA(double-stranded RNA,dsRNA)和非序列依赖性PCR扩增技术(sequence-independent amplification,SIA)对表现出条斑症状的感病蜀葵进行了病原鉴定,结果发现侵染蜀葵的病原为锦葵脉明病毒(Malva vein clearing virus,MVCV),这是锦葵脉明病毒在国内首次报道。为进一步明确锦葵脉明病毒中国蜀葵分离物(MVCV-AR)的来源及进化关系,克隆获得其外壳蛋白(coat protein,cp)基因(Gen Bank登录号为KX619649)。通过与其他MVCV分离物的核苷酸及氨基酸序列比对分析可知,MVCV-AR与Mexico的tomato分离物(FJ561293)的核苷酸同源性最高为90.5%;与来自Italy的DS-Ba-01分离物(FM 212972)的氨基酸同源性最高为98.3%。系统进化分析表明,MVCV-AR与DS-Ba-01分离物聚为一簇,形成独立的分支。 相似文献
4.
黄瓜绿斑驳花叶病毒山西西瓜分离物外壳蛋白基因序列分析 总被引：3，自引：0，他引：3
通过病毒dsRNA分离技术、非序列依赖性PCR扩增(sequence-independent amplification,SIA)技术和RTPCR等手段对采自山西太谷的西瓜病样进行了检测与鉴定,确定其为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)所侵染。为明确CGMMV西瓜分离物(CGMMV-SXTG)的分类地位,本研究进一步克隆了CGMMV-SXTG的外壳蛋白基因(coat protein,CP)全序列并进行序列分析,系统进化树分析显示该分离物与亚洲分离物亲缘关系较近,而与欧洲分离物亲缘关系较远,表明该病毒的不同分离物在分组上可能与地域有一定的关系;接着对不同分离物的CP基因核苷酸序列和氨基酸序列进行同源性比对分析,结果表明该分离物与中国山东分离物(TANG)同源性最高,分别达到99.8%和99.6%。 相似文献
5.
葡萄卷叶伴随病毒-3外壳蛋白的原核表达及其特异性抗血清的制备 总被引：2，自引：0，他引：2
利用RT-PCR技术扩增得到了葡萄卷叶伴随病毒-3(Grapevine leafroll associated virus-3,GLRaV-3)中国分离物的外壳蛋白(coat protein,cp)基因。序列分析结果表明,cp基因的长度为942bp,与已报道的其它GLRaV-3分离物的cp核苷酸相似性为91%～99%,编码的氨基酸相似性为95%～100%。将此基因克隆到原核表达载体pET-28a(+)上,转化大肠杆菌BL21(DE3)plysS后用终浓度为1mmol/L的IPTG进行诱导表达,SDS-PAGE及Western blotting分析表明,cp在大肠杆菌中可表达出分子量约为35kDa的蛋白。纯化表达产物后免疫家兔制备抗血清。A蛋白酶联免疫吸附测定(PAS-ELISA)及斑点免疫结合测定(DBIA)结果显示,制备的特异抗血清可用于检测田间感病葡萄样品中的GLRaV-3。 相似文献
6.
7.
从云南武定的滇重楼上得到一个病毒分离物Paris-YN,病毒粒体为弯曲线状。利用RT-PCR扩增获得一条1074bp的片段,序列比较分析发现其与马铃薯X病毒属(Potexvirus)病毒3′末端的结构最为相似,且与属内的白三叶草花叶病毒等20个不同分离物3′末端有36.7%～58.9%的同源性;该病毒cp基因长639个核苷酸,编码212个氨基酸(22.8kDa),与20个Potexvirus病毒分离物的CP氨基酸序列比较发现,Paris-YN与白三叶草花叶病毒的CP氨基酸同源性最高(60.1%)。证据表明,该分离物可能为Potexvirus的新成员,暂命名为重楼X病毒(Paris polyphylla virus X)。 相似文献
8.
我国马铃薯病毒主要有马铃薯Y病毒(PVY)、马铃薯X病毒(PVX)、马铃薯S病毒(PVS)、马铃薯卷叶病毒(PLRV),常发生复合侵染。根据GenBank中4种马铃薯病毒的外壳蛋白(coat protein,CP)基因全长设计引物,通过RT-PCR扩增得到4种病毒CP基因全长片段,测序结果显示序列同源性96%以上;针对4种病毒CP基因的保守序列分别设计引物,在一个PCR体系中同步对4种病毒进行扩增,得到421、202、516、330bp的特异性条带,优化建立了能同步检测PVY、PVX、PVS和PLRV的多重RT-PCR检测体系。检测结果证明优化后的多重RT-PCR体系能在田间样品中快速、高效地检测出4种病毒。 相似文献
9.
从云南武定的滇重楼上得到一个病毒分离物Paris-YN,病毒粒体为弯曲线状。利用RT-PCR扩增获得一条1074bp的片段,序列比较分析发现其与马铃薯X病毒属(Potexvirus)病毒3'末端的结构最为相似,且与属内的白三叶草花叶病毒等20个不同分离物3'末端有36.7%~58.9%的同源性;该病毒cp基因长639个核苷酸,编码212个氨基酸(22.8kDa),与20个Potexvirus病毒分离物的CP氨基酸序列比较发现,Paris-YN与白三叶草花叶病毒的CP氨基酸同源性最高(60.1%)。证据表明,该分离物可能为Potexvirus的新成员,暂命名为重楼X病毒(Paris polyphylla virus X)。 相似文献
10.
核苷酸序列分析结果表明,小麦黄色花叶病毒(W YMV)不同分离物的外壳蛋白基因存在一定的差异。邓州分离物CP基因在其31~33nt处均缺失了3个核苷酸,其余分离物与潢川分离物及日本分离物长度一致,均为882nt。不同分离物CP基因核苷酸序列同源性为97.3%~98.9%,由此推导的氨基酸序列同源性为97.6%~99.3%,外壳蛋白N末端的110个氨基酸和C末端的55个氨基酸在各个分离物间是高度保守的。潢川分离物有5个氨基酸与其它5个分离物明显不同。WYMV不同分离物外壳蛋白序列分析结果进一步确认了WYMV与WSSMV为Bymovirus属的2种不同病毒。 相似文献
11.
An isolate of PVS, HZ00P1, was obtained from nature infected Solanum tuberosum from Hang-zhou, Zhejiang province. It was primarily identified by DAS-ELISA and host reaction tests. 3' end partial sequence of the virus isolate was cloned. Nucleic acid sequence of the cp gene and deduced cp amino acid se-quence alignments were compared with 16 other isolates registered in GenBank. The results showed that the 17 PVS isolates were divided into two groups. Among them, two Andean isolates were classified to group Ⅱ, HZ00P1 and the other 14 isolates were assigned to group Ⅰ. Compared with other PVS isolates in group Ⅰ, PVS HZ00P1 had 93.1%-98.1% and 95.9%-99.3% homologies of nucleotide sequence and deduced amino acid sequence respectively, whereas its similarities to the group Ⅱwere 81.4%-81.7% and 93.5%-93.9%. A survey of PVS occurrence in Zhejiang province was achieved by RNA spot hybridization (RSH). Among the 30 samples collected from different areas of the province, 26.7% were found to have the infection of PVS. It is concluded that PVS has become a common virus in Zhejiang province. 相似文献
12.
辽中地区西瓜花叶病病原的分子鉴定 总被引：21，自引：1，他引：20
利用ELISA和RT-PCR方法对采自我国辽中地区的西瓜花叶病样品进行检测,表明其病原为黄瓜绿斑驳花叶病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)。将此分离物(CGMMV-Wcn)的外壳蛋白基因克隆后进行序列分析,结果表明其cp基因由486个碱基组成,编码161个氨基酸,与已报道的其它分离物一致;CGMMV-Wcn所致症状与西瓜株系(CGMMV-W)相同,且二者cp基因的氨基酸序列完全一致,因此该分离物应为CGMMV-W。 相似文献
13.
甘蔗黄叶病毒外壳蛋白基因克隆及其实时荧光RT-PCR检测 总被引：1，自引：0，他引：1
甘蔗黄叶病毒（Sugarcane yellow leaf virus, SCYLV）引起的甘蔗黄叶病是一种新的全球性病毒病害。本文以YLSCPF1和YLSCPR591为引物,采用RT-PCR方法克隆了甘蔗黄叶病毒福建分离物（CHN-FJ1）外壳蛋白（CP）基因,编码196个氨基酸。分析不同地理来源的SCYLV病毒分离物cp基因核苷酸及其推导编码的氨基酸序列,同源性达95%以上。根据cp基因的保守序列,设计1对特异性引物和TaqMan探针,建立了SCYLV的TaqMan实时荧光RT-PCR方法。结果表明,检测下限为初始质粒模板DNA 1 000拷贝/μL（约3.61 fg/μL）,比常规PCR方法的灵敏度提高100倍。检测甘蔗花叶病毒、宿根矮化病菌和黑穗病菌,没有典型的扩增曲线和无Ct值。应用实时荧光RT-PCR、常规RT-PCR和组织印迹免疫杂交（TBIA）对田间甘蔗叶片样品进行检测,阳性检出率分别为100%、61.5%和69.2%,表明该方法比常规RT-PCR和TBIA具有更高的灵敏度,适合于对SCYLV的检测。 相似文献
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来源于桃和苹果的苹果褪绿叶斑病毒的部分分子生物学特性和cp基因的原核表达 总被引：1，自引：0，他引：1
从桃和苹果上分离得到苹果褪绿叶斑病毒ACLSV-HBP和ACLSV-C2个分离物,采用RT-PCR法进行扩增,所获扩增片段经序列测定,其全长分别为1768nt(ACLSV-HBP)和1751nt(ACLSV-C)。这2个分离物扩增片段全长的同源性为83%,mp基因片段核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为82.6%和87.1%;cp基因均由582nt组成,其核苷酸和推导编码氨基酸序列同源性分别为87.8%和95.9%。将2个分离物的cp基因与已报道ACLSV分离物进行序列同源性比较,结果显示ACLSV-HBP与SX/2的cp基因核苷酸序列及推导编码氨基酸序列同源性最高,分别为94.0%和96.4%。将ACLSV-HBP分离物的cp基因克隆到原核表达载体pGEX-KG,在大肠杆菌BL21(DE3)中诱导表达,SDS-PAGE分析表明,融合蛋白大小约为46kDa。Western-blot分析表明,该基因在大肠杆菌内得到高效表达,融合蛋白具有抗原性。 相似文献
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采用单雌产卵法获得来自江苏、云南、山东、河北等地灰飞虱（Laodelphax striatellus Fallén,SBPH）来源的21个水稻条纹病毒（Rice stripe virus,RSV）分离物,提取灰飞虱总RNA,经RT-PCR扩增,获得21个RSV分离物的包含外壳蛋白（cp）基因在内的约1 000 bp左右的DNA片段。测序结果显示,参试分离物的cp由969个核苷酸组成,编码322个氨基酸。采用DNASTAR软件进行分析,21个灰飞虱来源的RSV-cp核苷酸序列和推导出的编码蛋白的氨基酸序列同源性分别为95.7%~100%和96.0%~100%。与已报道水稻来源的32个RSV分离物一起进行序列同源性比较和系统进化树分析结果表明,总体而言RSV-cp较为保守,其遗传多样性首先与地缘相关,从地理位置上可以分成中国云南、中国沿海和日本3个地理种群;其次与寄主相关,在同一地理种群中可以划分为灰飞虱和水稻2个寄主种群。 相似文献
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小西葫芦黄花叶病毒山东南瓜分离物的分子特性 总被引：2，自引：0，他引：2
Zucchini yellow mosaic virus (ZYMV) was detected by RT-PCR from pumpkin (Cucurbita moschata) plant showing yellowing and mosaic symptom from Liaocheng, Shandong Province. The 3'-termial 1 684 bp genomic sequence covered 633 bp of NIb encoding sequence, 840 bp of cp gene and 211 bp of 3'-untranslated region of the isolate ZYMV-Liaocheng was determined. The cp gene of ZYMV-Liaocheng shared identities of 81.4%-98.8% and 89.4%-99.5% at nucleotide and amino acid levels, respectively, with other ZYMV sequences available in the GenBank. Phylogenetic analysis indicated that ZYMV could be clustered to 6 genotypes. ZYMV-Liaocheng belonged to genotypeⅠ, which contained isolates from Asia, Europe and America. Genotypes Ⅲ and Ⅴ were unique and contained only isolates from East Asia. The isolates from East Asia had the highest variability. 相似文献
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The nucleotide sequence of coat protein (cp)gene of Sowbane mosaic virus (SoMV)was determined. The cp gene of SoMV consists of 726 nucleotides and encodes a putative protein of 241 amino acid re-sidues. Sequence comparison showed that SoMV was most closely related to Rubus chlorotic mottle virus compared to other sobemoviruses. A primer pair was designed for the detection of SoMV based upon the determined cp nucleotide sequence. An expected fragment with 510 bp could be obtained from SoMV, while no specific band was observed from the healthy control. The result showed that the RT-PCR assay with the primer pair was suitable for the specific detection of SoMV. 相似文献