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一种引起香石竹黄化病植原体的初步鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
植原体(phytoplasma)(原称类菌原体Myco- plasma-like Organism,简称MLO)是一类无细胞壁,存在于植物筛管细胞内的原核生物。迄今为止,世界上报道的植物植原体病害多达300余种, 且有不断增加的趋势。其主要症状包括丛枝、黄化、花变叶、花器褪化等。由于植原体至今未能分离培养成功,其培养性状、生化特性、营养需求等都无从得知,所以长期以来对其检测及鉴定技术的发展都没有突破性进展。近十多年来,PCR技术使植原体检测、鉴定与分类取得了令人瞩目的进展,对植原体16S rRNA基因的分析使人们从遗传本质上认识到了植原体与其它原核微生物间的差异,也使人们对植原体的检测达到了单拷贝基因水平。目前, 根据植原体16S rRNA和核糖体蛋白(rp)基因的序列分析形成了植原体分类和鉴定的基本框架。 相似文献
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植原体16S rDNA RFLP指纹图谱分析软件研究 总被引：1，自引：0，他引：1
植原体是一类寄生于植物韧皮部的原核生物。目前国际上主要根据植原体16S rDNA RFLP图谱的比对进行分类及鉴定。传统的PCR-RFLP试验步骤繁琐、重复性差,误差大,尤其在检测鉴定大量植原体病原时,耗时、耗力。通过对目前已公布的全部植原体16S rDNA序列进行比对整理,并生成16S rDNA RFLP电子指纹图谱库。在此基础上开发了指纹图谱分析软件DNA-FP Cluster1.0。该软件可基于序列或图谱形式进行比对,并自动输出比对结果。结果呈现形式为3种:即一种16S rDNA RFLP图谱与多种图谱间相似性分析;多种16S rDNA RFLP图谱间相似性分析;16S rDNA RFLP图谱间相似度树状图。该软件在不需要酶切试验操作的情况下实现了对植原体的快速分类与鉴定,并解决了因植原体材料不全而无法进行植原体酶切后比对的难题,为今后植原体候选种内的细化分类提供了方法与工具。 相似文献
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植原体病害是喜树上危害最严重的病害之一,传播喜树植原体病害的主要媒介昆虫是喜树上的一种小绿叶蝉,为进一步分析媒介昆虫传播植原体机制以及植原体在昆虫体内的侵染循环过程,为植原体病害的科学防控提供参考,媒介昆虫的种类及分类地位必须先行明确。通过网捕法采集云南文山喜树上的小绿叶蝉标本,在体视显微镜下根据各龄期外部形态以及雄性外生殖器特征进行种类鉴定,结合PCR扩增线粒体COⅠ基因序列片段进行测序和比对,利用Kimura 2-parameter模型计算出平均遗传距离并用最大似然法构建系统发育树,进一步明确其分类地位,再根据前人制作的属及亚属分类检索表明确其分类地位。共检视并解剖小绿叶蝉雄虫标本100余头,提取20余头DNA进行测序,得到16条709 bp大小的COⅠ基因序列片段,结合NCBI上相关的叶蝉COⅠ序列,建立基因进化树。综合分析其外部形态、雄性外生殖器特征以及COⅠ序列比对,明确了喜树丛枝植原体主要媒介昆虫是拟帕小绿叶蝉Empoasca(Matsumurasca)paraparvipenis Zhanget Liu-CA,分类地位为小绿叶蝉属Empoasca Walsh, 1862,... 相似文献
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利用植原体16SrRNA基因序列设计合成的引物,对表现丛枝的竹子植株总DNA进行直接PCR及巢式PCR扩增,得到长1.2kb的目的片段。将此片段与pGEMTEasy载体连接并转化到大肠杆菌DH5α感受态细胞中。通过酶切、PCR鉴定,对筛选得到的重组阳性克隆进行核酸序列测定及同源性比较分析,结果表明其与植原体16SrⅠ组中的西方翠菊黄化植原体(SAY)同源率为99%。依据16SrDNA序列建立了竹子丛枝病植原体株系的系统进化树。对云南竹子丛枝病植原体株系分类鉴定与已报道的结果相似。 相似文献
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桑树黄化型萎缩病植原体延伸因子基因的克隆及序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用已报道的引物对fTuf Ay/rTuf Ay,采用PCR技术对桑树黄化型萎缩病植原体延伸因子(EF-Tu)tuf基因片段进行了扩增、测序及序列分析。结果表明,从表现黄化型萎缩病症状的桑树样品中扩增得到预期大小的目的片段。经核苷酸序列测定,扩增得到的延伸因子基因片段为946 bp(GenBank登录号为:GQ268317)。对桑树黄化型萎缩病植原体及16Sr I组中的各亚组代表植原体的延伸因子tuf基因的相似性比较结果表明,桑树黄化型萎缩病植原体与16Sr I组中的MD、PRIVA亲缘关系最近,核苷酸的相似性为99.9%。该序列与已知的16Sr-I各亚组代表植原体构建的进化树表明,桑黄化型萎缩病植原体与tufI-B亚组聚类为一个亚组,归为翠菊黄化植原体组(Candidatus Phytoplasma asteris),即16Sr I组tufI-B亚组,该结果从亚组水平上进一步确定了桑树黄化型萎缩病植原体的分类地位。 相似文献
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植原体TaqMan探针实时荧光PCR检测鉴定方法的建立 总被引：19，自引：1，他引：19
本研究成功建立了植原体分类鉴定和检测的TaqMan探针实时荧光PCR方法,该方法根据植原体16S rDNA保守区设计了1个TaqMan广谱探针和3个植原体组间点突变特异性探针,并对9种植原体和5种细菌以及3个植物样本进行实时荧光PCR。结果表明,用广谱探针可检测到所有植原体产生荧光信号,而细菌不产生荧光信号。当用植原体组间特异性探针检测时,仅能检测到该组植原体产生荧光信号,检测的敏感性比常规的PCR-电泳检测高约100倍、检测速度有较大提高。由于PCR产物是荧光探针检测,本方法特异性强,并可以用组特异探针直接确定植原体种类。实验采用完全闭管检测,降低了污染机会。本研究为其它原核生物、特别是不能培养菌、难培养菌的检测鉴定和分类提供了新方法。 相似文献
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为确定在云南文山地区喜树上发生的疑似丛枝病的病原种类及快速检测喜树丛枝病,本研究利用植原体16S rDNA基因通用引物P1/P7和R16F2n/R16R2对感病喜树总DNA进行常规PCR和巢式PCR扩增、克隆和测序,通过系统进化分析,明确了喜树丛枝植原体属于16SrXXXII组。然后根据喜树丛枝病植原体16S rDNA基因保守区域设计并合成特异性引物和TaqMan探针,制备了喜树丛枝病植原体标准质粒,确定了最优引物浓度和最佳探针浓度,制作的标准曲线有极好的线性关系,决定系数(R2)达到0.999,建立的实时荧光定量PCR检测方法能够特异性地检测喜树丛枝植原体。本研究首次明确了喜树丛枝植原体的分类地位,优化和建立了喜树丛枝植原体TaqMan探针qPCR检测方法,为快速检测喜树丛枝病植原体提供参考。 相似文献
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枣疯病是枣树上的一种具有毁灭性的植原体病害,几乎分布于国内所有的枣树栽培区,造成了巨大的经济损失.对我国陕西、宁夏、甘肃3省枣疯病样品植原体核糖体蛋白基因进行克隆和测序,获得枣疯病植原体的核糖体基因片段为1 196bp,包含部分rps19,rpl22和rps3三个基因,其中rpl22和rps3大小分别354bp和753bp,分别编码118和251个氨基酸,且这两个基因为非重叠基因.序列同源性比较结果表明:我国陕西、宁夏、甘肃的枣疯病植原体的核糖体蛋白rp基因大小一致,归属于植原体16S rⅤ-B组;该植原体核糖体蛋白基因特性与樱桃致死黄化(CLY5)和桃树黄化印度分离株系(PY-In)植原体相似.首次报道了我国枣疯病核糖体蛋白基因rp基因的序列,把枣疯病植原体归到16S rⅤ-B组,为枣疯病植原体提供了新的分类依据. 相似文献