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基于颌骨长度和线粒体Cytb序列变异探讨短颌鲚的分类地位 总被引：3，自引：0，他引：3
鲚属Coilia鱼类外形十分相似,该属刀鲚C.nasus、短颌鲚C.brachygnathus的分类问题一直存在较大争议。通过分析比较长江流域刀鲚、短颌鲚的纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数以及颌骨长度的变异情况,结合线粒体DNA Cyt b序列分析,研究了短颌鲚的分类地位。结果表明：虽然纵列鳞数、臀鳍数、幽门盲囊数等特征在刀鲚与短颌鲚的区分上有一定的倾向,但重叠较大,难以截然分开。对110尾刀鲚、40尾短颌鲚以及36尾定居型刀鲚——湖鲚C.nasus taihuensis的上颌骨长度进行测量,与刀鲚的上颌骨长度/头长（1.125±0.091）相比,湖鲚、短颌鲚的上颌骨长度/头长（1.022±0.045、0.981±0.095）均有所降低,其中刀鲚、短颌鲚的上颌骨长度/头长变异系数较大（8.01%和9.77%）,而湖鲚的最小（4.55%）。三者的上颌骨长度/头长变异范围存在一定的交叉,表明鲚属鱼类上颌骨长度不是一种稳定的特征,推测其受生态环境、生活习性影响较大,不能作为判定物种有效性的主要依据。用PCR产物直接测序法测定了刀鲚、短颌鲚、湖鲚、凤鲚的mtDNACyt b基因序列,刀鲚与短颌鲚间的平均遗传距离为0.002,刀鲚与湖鲚间的遗传距离为0.003,而湖鲚与短颌鲚之间的遗传距离仅为0.001。以鳀科鳀属的Engraulis encrasicolus和E.japonicus为外群,用NJ法、ML法以及MP法进行系统发生分析,结果表明：凤鲚C.mystus分化较早,推测其在进化上处于比较原始的地位,而刀鲚、短颌鲚与湖鲚之间构成多岐分枝,三者之间不能明确区分。综合颌骨长度变异以及mtDNA Cyt b序列分析,认为短颌鲚和湖鲚一样,属于刀鲚在长江的一个淡水生态型种群,而非一个独立的物种。 相似文献
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鳜属5种鱼类微卫星遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用8对已发表的翘嘴鳜微卫星引物,对5种鳜属鱼类翘嘴鳜、大眼鳜、斑鳜、波纹鳜和暗鳜共147个个体进行跨种扩增和遗传多样性的研究。结果发现,8个微卫星标记除位点HW8在波纹鳜中无多态性外,其他位点在5种鳜属鱼类中都具有较高的多态性。每个位点等位基因数为4~8个不等,平均等位基因数为6.13;在5个物种中分析的平均有效等位基因数为3.58,平均观测和期望杂合度分别为0.75和0.59,平均多态性信息含量0.51,为高度多态,表明鳜属鱼类物种的遗传多样性比较丰富。采用Nei’s遗传距离和遗传相似性系数分析5种鳜属鱼类系统发育关系,并构建UPGMA聚类图,结果显示翘嘴鳜和大眼鳜、斑鳜和波纹鳜分别有较近的亲缘关系,斑鳜和暗鳜亲缘关系最远。 相似文献
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【目的】为了探讨线粒体COI基因作为DNA条形码在鳅科鱼类物种鉴定中的有效性及在系统进化关系分析中的适用性,对鳅科鱼类3亚科18属61种共358条线粒体COI基因序列进行了分析。【结果】61种鳅科鱼类的种内和种间的平均遗传距离分别为0.010和0.162,种间平均遗传距离是种内平均遗传距离的16.2倍。鳅科鱼类遗传距离在种内、种间重叠较少,能形成一定的DNA条形码间隙。ABGD分类把61个物种划分为66个OTUs,OTUs的划分与距离法基本一致。系统聚类中,有6组鱼类物种个体间相互混杂,不能按各自的物种聚类,有4个物种分化成明显的两支,46个物种能按各自的形态学分类分别聚成单支。南鳅属、花鳅属、似鳞头鳅属、瘦身鳅属和泥鳅属中部分物种没有按其形态学分类的属聚在一起。沙鳅亚科能形成单系,但条鳅亚科和花鳅亚科不能形成单系。在研究中,COI条形码可以鉴定鳅科鱼类75.41%的物种,另外,COI条形码也能够明确大多鳅科鱼类属和亚科的分类地位,研究结果可为鳅科鱼类的物种鉴定和系统分类提供参考。 相似文献
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石斑鱼不仅是重要的海水经济鱼类,而且具有重要的生态地位.但是,石斑鱼的分类、物种多样性、资源保护及其合理开发等需要对石斑鱼系统发育的分析与研究.线粒体基因是研究石斑鱼系统进化的理想分子标记,因此获得了青石斑鱼E.awoara长度为1 039bp的16S rDNA、tRNA-Leu和NA1部分序列,基于其及ND2、cyt b对石斑鱼系统发育进行了分析,结果表明石斑鱼遗传多样性与地域分布关系不大,不同系统树分析都表明同一石斑鱼物种的系统发生关系基本一致,石斑鱼种间亲缘关系较近.此外,也发现某些异种间亲缘关系比同种间亲缘关系近的现象. 相似文献
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淀山湖鱼类多样性分析 总被引：16，自引：0，他引：16
2006年5-12月,对淀山湖进行了5次刺网调查和3次拖网调查,收集鱼类样本1983尾,隶属9科18属、23种,多数种类属鲤科鱼类。优势种为刀鲚、鲫和子陵吻鱼叚虎鱼分别占样本个体总数的40.09%、20.52%和10.29%。人工放养的鲢、鲫、鲤、鳙是淀山湖目前主要的经济种类。多样性指标选择种类丰富度、平均种类丰富度、多样性指数、均匀度指数、优势度指数、相对稀有种类数。目前的多样性指数为1.8996,比1959年调查的下降了49%,均匀度也相应降低,优势度则由1959年的0.034上升为0.2264。水质污染等环境的恶化,加上过度捕捞等人为因素,使淀山湖鱼类物种多样性正逐渐降低。 相似文献
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根据西沙和中沙群岛海域鱼类调查研究的历史资料,对鱼类物种组成进行了系统整理,发现该海域记录的鱼类种类有620种,隶属于26目98科301属。地理分布以印度-太平洋、印度-西太平洋、西太平洋3种类型为主,典型珊瑚礁鱼类的科属类型突出,证实了该水域高生物多样性、丰富生物量以及高生产力的特性。采用分类阶元包含指数分析得出,西沙和中沙群岛海域鱼类组成目、科、属所分别拥有的(科、属、种),(属、种)和(种)的平均数目分别为(3.77、11.58、23.85),(3.07、6.33)和(2.06),与东沙群岛海域较为接近,且明显高于东海陆架区海域,证明低纬度海域的鱼类分类多样性低,种类组成主要集中分布于较少数的分类类群。使用PRIMER5.2软件计算了平均分类差异指数△+和分类差异变异指数∧+,数值分别为60.0和164.0,其中△+低于东海陆架区(65.7),高于东沙群岛海域(55.2),说明西沙和中沙群岛海域鱼类组成之间的亲缘关系比东海陆架海区近而比东沙群岛海区远,这可能与西沙和中沙群岛海域主要受南海反气旋式环流系统所支配,环境因子变化大有关。对比我国同处于海洋生物物种多样性最高的印度尼西亚-马来西亚-菲律宾海区的东沙群岛和南沙群岛海域,并对10科典型的珊瑚礁鱼类进行相对丰富度和相似性指数分析,发现任意两海域之间典型珊瑚礁鱼类科的相对丰富度差异均不显著,这可能是由于他们同处西太平洋地区物种多样性中心,起源同源有关。西沙和中沙群岛与南沙群岛珊瑚礁海域较为相似,基本体现了距离越远,相似性系数越小的特点;其鱼类组成的多样性符合以世界物种多样性高的三角区为中心,呈降低的梯度分布的特点。研究结果支持西沙和中沙群岛海域鱼类地理位置靠近世界物种多样性高的三角区。 相似文献
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淀山湖鱼类多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
2006年5-12月,对淀山湖进行了5次刺网调查和3次拖网调查,收集鱼类样本1983尾,隶属9科18属、23种,多数种类属鲤科鱼类。优势种为刀鲚、鲫和子陵吻鱼叚虎鱼分别占样本个体总数的40.09%、20.52%和10.29%。人工放养的鲢、鲫、鲤、鳙是淀山湖目前主要的经济种类。多样性指标选择种类丰富度、平均种类丰富度、多样性指数、均匀度指数、优势度指数、相对稀有种类数。目前的多样性指数为1.8996,比1959年调查的下降了49%,均匀度也相应降低,优势度则由1959年的0.034上升为0.2264。水质污染等环境的恶化,加上过度捕捞等人为因素,使淀山湖鱼类物种多样性正逐渐降低。 相似文献
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黄浦江上游渔业水域鱼类组成及多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
2007～2008年在黄浦江上游渔业水域横潦泾和斜塘分别设立1个监测点,分春、夏、秋、冬季采集鱼类样品。横潦泾共采集2 521个鱼类标本,隶属4目、8科、34属,主要优势种有麦穗鱼(Pseudorasbora parva)、鲫(Carassius auratus)、斑条鱊(Ataenianalis)等。斜塘共采集2 088个鱼类标本,隶属5目、12科、27属,主要优势种有似鳊(Pseudobrama simoni)、麦穗鱼(Pseudorasbora parva)、鲫(Carassius aura-tus)等。利用香农威纳指数(H')、物种均匀度指数(J)和物种丰富度指数(D)方法分析2个水域鱼类组成及多样性。结果表明,2个水域四季的香农威纳指数(H')和物种均匀度指数(J)均为春季秋季冬季夏季,物种丰富度指数(D)为春季秋季夏季冬季。横潦泾水域全年的物种丰富度指数(D)要明显高于斜塘。刀鲚(Coilia ectenes)、日本鳗鲡(Anguilla japonica)等的洄游活动以及溶解氧、水温等环境因素对物种多样性的季节变化起到明显的作用。浮游植物丰度的区域差异影响到植食性鱼类种类的分布,进而影响到了鱼类多样性指标的空间分布。此外,水流等环境因素以及航运等人为因素对鱼类多样性指标的空间分布也起到明显作用。 相似文献
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黄河口、长江口和珠江口水域鱼类分类学多样性的对比研究 总被引：2，自引：0，他引：2
为了解黄河口、长江口和珠江口水域鱼类分类学多样性及物种之间的差异关系,根据对3个河口水域鱼类的调查资料,采用Nelson分类系统对鱼类名录进行系统整理,运用分类学多样性指数、各分类单元相似性指数和物种相对丰富度指数方法,对3个河口水域鱼类物种组成进行了研究分析。结果表明：3个河口水域共有鱼类1210种,其中黄河口水域198种,长江口水域338种,珠江口水域1009种,各水域鲈形目种类最多,且目级相对丰富度也以鲈形目最高;等级多样性指数(△+)和分类差异变异指数(Λ+)均以珠江口水域最低,说明珠江口水域鱼类较其他2个河口水域鱼类群落间的亲缘关系较近,且不同分类阶元间物种分布较均匀;相似性分析表明,黄河口水域和珠江口水域鱼类相似性在各分类阶元均最低,说明两个河口水域之间鱼类种类组成差异较大。 相似文献
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秦岭生态保护区野生鱼类的物种多样性及其保护对策 总被引：1，自引：0，他引：1
秦岭生态保护区地表径流众多,南北气候差异明显,因而孕育了种类丰富的野生鱼类。实地鱼类资源考察、检视鱼类标本以及参考鱼类分类、分布的文献表明,区内现有野生鱼类共7目16科75属141种（亚种）。通过物种多样性G-F指数的比较分析表明：区内鱼类的物种多样性在邻近省份中是最高的,而且该地区的鱼类区系地跨古北界和东洋界,具有显著的过渡区特点;区内不同水系间鱼类组成差异显著。目前,秦岭生态保护区野生鱼类的物种多样性正面临来自不合理捕捞、水工程建设、环境污染以及生态破坏等多方面的压力。为恢复和保护这一地区的野生鱼类的物种多样性,本文提出了有针对性的建议。 相似文献
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应用单核苷酸多态性(SNP)标记鉴定短颌鲚、湖鲚和刀鲚 总被引：3，自引：2，他引：1
为了快速区分长江流域各水体中的鲚属鱼类,利用单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)标记对短颌鲚(Coilia brachygnathus)、湖鲚(C. nasus taihuensis)和刀鲚(C. nasus)进行物种鉴定。从120个在短颌鲚和刀鲚之间分化指数(Fst)为1的SNP位点中随机挑选出20个用于引物设计,从21个在湖鲚和刀鲚之间分化指数较高的SNP位点中随机挑选出10个设计引物。随机挑20尾短颌鲚、20尾湖鲚和12尾刀鲚用设计的引物扩增、测序。结果表明:洞庭湖和鄱阳湖的短颌鲚与刀鲚可以使用以上19个SNP分子标记中的任何一个完全分开,剩下1个SNP标记在所扩增的样本中没有发现多样性变异而被弃用。用于区分湖鲚与刀鲚的10个SNP分子标记中有8个在所测样本中可以扩增并用于物种鉴定。其中单独使用Ct-Cn_wtap位点时,湖鲚和刀鲚的基因频率相差最大,当使用Ct-Cn_wtap和Ct-Cn_eif2b4位点时,对湖鲚和刀鲚的鉴别准确率可以达到100%。本研究提供了稳定、高效和低成本识别短颌鲚和刀鲚、湖鲚和刀鲚的方法,为今后鲚属鱼类的物种鉴定和资源保护提供了有效的工具。 相似文献
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以刀鲚(Coilia ectenes)、湖鲚(C.ectenes taihuensis)、凤鲚(C.mystus)和七丝鲚(C.grayii)为研究对象,对其进行元素含量特征研究。利用电感耦合等离子光谱仪(ICP-OES)测定了23种元素(Al、B、Cd、Co、Ca、Cr、Cu、Fe、K、Li、Mg、Mn、Mo、Na、Ni、P、Pb、S、Se、Sn、Sr、Ti和Zn)的含量,其中10种元素(B、Cd、Co、Cr、Li、Mo、Pb、Se、Sn和Ti)低于检出限未被检出。针对不同种类的鲚鱼全鱼所测得的元素进行多元统计分析,结果表明4组样品元素含量差异显著:主成分分析结果显示不同组的鲚鱼样品可较好地被区分,聚类分析映证了这一结论,逐步判别分析显示对全部30尾个体判别正确率为100%。元素含量特征分析结果显示,鲚属鱼类不同物种可以有效被区分。 相似文献
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为揭示舟山近海常见鱼类分类多样性, 以及更合理地保护和利用舟山近海渔业资源, 根据舟山近海鱼类资源调查与文献数据资料, 基于Nelson分类系统对鱼类物种进行了系统整理, 利用分类阶元包含指数(TINCLi)、分类多样性指数 (Δ+和Λ+)、属间-科间多样性指数 (G-F指数) 和相对丰富度指数 (Rr)等, 从不同分类阶元分析了舟山近海常见鱼类的分类多样性.结果表明: 舟山近海常见鱼类共16目63科118属154种, 其中, 鲈形目种类占绝对优势; 鱼类组成目所拥有的科、属、种平均值分别为3. 88、 7. 38、9. 63, 科所拥有的属、种平均值分别为1. 90、 2. 48, 属所拥有的种平均值为1. 31, 在目、科级水平的分类阶元包含指数值高于唐山湾与东山湾, 但低于大亚湾与东海大陆架; 舟山近海常见鱼类的平均分类差异指数 (Δ+) 和分类差异变异指数 (Λ+) 分别为60. 0和340. 8, Δ+值低于唐山湾、东山湾、大亚湾、东海大陆架4个研究海域, 而Λ+值则高于上述研究海域; G-F指数分析显示, G指数为4. 67, F指数为23. 44, G-F指数为0. 80, 均高于浙江近海的杭州湾、象山湾、三门湾、台州湾、乐清湾等5个海湾; 相对丰富度指数结果显示, 目级水平上鲈形目最高 (462. 5), 科级水平上虾虎鱼科最高 (26. 98).研究表明, 舟山近海常见鱼类种类组成较为集中, 亲缘关系较近, 分类均匀程度较低, 在科、属水平上的多样性较高. 相似文献
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基于线粒体DNA D-loop序列分析养殖刀鲚与湖鲚的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
以线粒体DNA D-loop全序列为分子标记,研究了灌江纳苗养殖刀鲚Coilia nasus子三代(F3)和湖鲚Coilia nasus taihuensis在淡水生活环境下两个群体的遗传多样性.结果显示:养殖刀鲚的D-loop序列长度为1 210 ～1 252 bp,湖鲚的序列长度为1 252～1 290 bp;在两个群体19个个体中,共检测到变异位点(S) 35个,其中单一多态位点14个,简约信息位点21个;有12种不同的单倍型,单倍型多态性(H)为0.924;核苷酸多样性(π)为0.0099,平均核苷酸差异数(K)为4.154;养殖刀鲚群体内的各遗传多样性参数稍高于湖鲚,说明养殖刀鲚比湖鲚的遗传多样性要丰富,保持着较高的遗传多样性;养殖刀鲚与湖鲚的平均遗传距离(0.0148)要远小于它们与七丝鲚Coilia grayi的平均遗传距离(0.0528、0.0537),同时系统发育树也表明,养殖刀鲚和湖鲚共同构成1个单系群,为两种生态型种群,尚未达到种或亚种的分化. 相似文献
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【目的】探究叶须鱼属的分子系统进化关系,筛选种间鉴定分子标记。【方法】构建叶须鱼属的cytb(5个种)和rag2(修长叶须鱼和裸腹叶须鱼)基因序列的NJ及贝叶斯系统进化树,并结合核苷酸多态位点、单倍型、核酸多态性、遗传距离、遗传分化系数和基因流等,分析种间进化关系和种内遗传多样性。【结果】叶须鱼属每个种的cytb序列单独聚为一支,表明cytb基因序列能将叶须鱼属5个种区分开;种间高度遗传分化(Fst>0.25),物种之间基因流较弱(Nm<1);修长叶须鱼遗传多样性水平最高,锥吻叶须鱼遗传多样性水平最低。基于rag2基因序列的分子系统发育进化树显示,修长叶须鱼和裸腹叶须鱼均单独聚为一支,为独立的种。【结论】cytb和rag2可作为叶须鱼属种间鉴定的分子标记基因,这为叶须鱼属物种的鉴定和系统分类奠定了基础,也为叶须鱼属鱼类保护措施的制定提供了遗传学依据。 相似文献
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《沈阳农业大学学报》2020,(3)
为阐明秆野螟属(Ostrinia)昆虫遗传多样性、系统发育及其种间亲缘关系,为秆野螟属昆虫的物种分化与鉴定研究奠定理论基础,利用DNAMAN 8.0、PAUP 4.0和MEGA 7.0等生物信息学软件对我国秆野螟属8个物种线粒体Cytb基因的碱基组成、碱基变异和偏向性等进行了分析,分别利用最大似然法(ML)、贝叶斯法(BI)和最大简约法(MP)重建其系统发育关系。结果表明:线粒体Cytb基因序列长度为1146bp,碱基组成和密码子碱基分布都表现出较强的AT偏向性;种间保守性位点1051个,可变性位点95个,变异率为8.29%;亚洲玉米螟6个不同地理种群间Cytb基因碱基差异位点0～4个,遗传距离在0～0.0052之间;种间遗传距离在0.0009～0.0698之间;所有样本Cytb基因的碱基替换随着遗传距离的增大呈现出明显的线性关系;利用ML、BI和MP法构建的系统发育关系基本一致,即8种秆野螟属昆虫分为亮大支系,虎杖螟单独形成一支系,亚洲玉米螟等7种螟虫聚在一起形成另一支系。秆野螟属昆虫线粒体Cytb基因序列多样性低,种间界限不明显;进化关系与传统分类结果基本一致。 相似文献
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基于线粒体DNA D-loop序列分析刀鲚与短颌鲚的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
《江苏农业科学》2017,(20)
以线粒体DNA D-loop全序列为分子标记,研究4个刀鲚群体(长江口刀鲚、鄱阳湖湖口刀鲚、鄱阳湖湖区刀鲚、鄱阳湖湖口刀鲚幼鱼)及鄱阳湖短颌鲚群体的遗传多样性。结果显示:刀鲚的D-loop序列长1 212~1 293 bp,短颌鲚的序列长1 210~1 252 bp;在5个群体的55尾个体中,共检测到变异位点72个,其中单一多态位点50个,简约信息位点22个;共检测到45个不同的单倍型,单倍型多态性为0.989,核苷酸多样性为0.009 1,平均核苷酸差异数(K)为10.079。5个群体的遗传多样性丰富程度排序为鄱阳湖刀鲚幼鱼鄱阳湖湖口刀鲚鄱阳湖短颌鲚鄱阳湖刀鲚长江口刀鲚;不同单倍型间的遗传距离为0.014~0.728,平均遗传距离为0.188。此外,系统发育树也表明,刀鲚、短颌鲚共同构成1个单系群,为2种生态型种群,尚未达到种或亚种的分化。 相似文献