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1.
基于重测序进行金兰柚全基因组InDel标记开发。利用二代测序技术对‘金兰柚’进行全基因组重测序,运用BWA软件将测序得到的片段与参考基因组序列进行比对,利用严格的参数筛选杂合InDel,结合Primer 3.0设计扩增引物,进行PCR扩增并利用琼脂糖凝胶电泳验证,以重测序材料‘金兰柚’和47份柚品种检测其有效性。在全基因组范围内共筛选出81对扩增条带清晰的引物。筛选出的多态性标记涵盖了整个‘金兰柚’基因组,平均每条染色体上9个。选取的24对InDel标记可以将48份柚品种有效区分,最少使用2对引物就可将‘金兰柚’与其他47份柚品种完全区分。利用UPGMA构建48份柚品种的聚类树状图,在遗传相似系数为0.611的阈值处可将48个柚品种分为3大类群。本研究中的InDel标记带型简单易读,适宜柚DNA指纹图谱构建和品种鉴定,可为柚名优品种保护、原产地溯源管理等提供科学依据。 相似文献
2.
【目的】对杂交后代进行真实性鉴定是进行猕猴桃分子遗传学研究的前提。通过筛选InDel引物对软枣猕猴桃2个杂交后代群体进行InDel标记研究,以鉴定杂种后代的真实性。【方法】采用高通量磁珠法提取软枣猕猴桃‘永丰1号’(♀)、‘RB-3’(♀)、‘11-17’(♂)、‘魁绿雄’(♂)亲本基因组DNA,以及‘RB-3’ב魁绿雄’子代175株和‘永丰1号’ב11-17’子代531株的基因组DNA;根据重测序数据设计InDel引物,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳在4个亲本中进行多态性验证,选择扩增带型清晰、稳定以及在父本中出现特异性条带的引物用于杂种子代鉴定,根据所选引物中InDel片段长度选择琼脂糖凝胶电泳或聚丙烯酰胺凝胶电泳,对‘RB-3’ב魁绿雄’和‘永丰1号’ב11-17’2个杂交F1代群体进行真实性鉴定。【结果】在‘RB-3’ב魁绿雄’的杂交组合中,共筛选出4对引物,作为杂种鉴定的标记,鉴定杂交后代的真杂种比率为92.00%。在‘永丰1号’ב11-17’杂交组合中,同样筛选到4对,杂交后代的真杂种比率为99.24%。【结论】InDel标记可有效地对猕猴桃杂交后代进行真实性鉴定,真杂种的鉴定为后续的分子标记辅助育种、遗传图谱构建等奠定基础。 相似文献
3.
《果树学报》2017,(6)
【目的】从分子水平探究南丰柑橘种质间的亲缘关系。【方法】应用SSR技术对28份南丰柑橘种质进行基因组的多态性分析。【结果】从91对引物中筛选得到13对SSR引物,可区分全部供试材料。共扩增得到64个等位基因,平均每个位点4.92个等位基因。以遗传相似系数0.18为界,金柑属金柑单独聚为1类,柑橘属27份供试样品聚为1类。以相似系数0.59为阈值,27份柑橘属供试种质分为5个类群,其中南丰蜜橘品种群(包含小果系、大果系、桂花蒂系、早熟系)所有20份供试种质与‘蜜广’聚为一类,‘小叶广’‘火广’‘火橘’聚为一类,‘红广’‘红橘’‘本地早橘’各为一类。【结论】南丰广橘品种群中‘蜜广’与南丰蜜橘品种群有较近的亲缘关系,而‘红广’与亲本南丰蜜橘和‘红橘’的亲缘关系均较远。‘小叶广’‘火广’和‘火橘’亲缘关系较近。 相似文献
4.
榧树转录组SSR信息分析及其分子标记开发 总被引：2，自引：0，他引：2
《果树学报》2017,(10)
【目的】基于‘细榧’(Torreya grandis‘Xifei’)和‘圆榧’(T.grandis‘Dielsii’)种子转录组数据,开发SSR分子标记,为榧属植物遗传多样性研究奠定基础。【方法】利用MISA软件对筛选得到的1 kb以上的Unigene做SSR分析,利用Primer 3.0设计引物,随机选择49对引物进行多态性扩增。【结果】在22 976条评估数目中,包含SSR位点5 458个,共鉴定出6种类型的SSR。单核苷酸重复、三核苷酸重复和二核苷酸重复分别占SSR总数的64.9%、18.56%和14.77%。对5 458个SSR位点设计出4 633对SSR引物,随机选择49对在10份榧属植物中进行多态性扩增,其中16对引物表现出多态性,各个位点的等位基因数为2~6个,平均等位基因数3个,多态信息含量PIC、观测杂合度Ho、期望杂合度He的平均值分别是0.464 4、0.283 7和0.500 6。【结论】榧树转录组测序数据能够提供丰富的SSR位点,用于快速高效地开发SSR引物。所开发的引物能为榧树遗传多样性研究、品种指纹图谱构建和分子标记辅助选择育种提供标记选择。 相似文献
5.
【目的】分析地方柑橘资源‘枳雀’的亲本类型和来源,为进一步改良、开发与利用地方柑橘资源提供理论依据。【方法】以包含‘枳雀’在内的分属于柑橘属、枳属、金柑属的21份柑橘种质为材料,运用cpSSR和nSSR标记计算各SSR位点等位基因数(Na)、观察杂合度(Ho)、期望杂合度(He)、Shannon信息指数(I)、多态性信息含量(PIC),构建基于DICE相似系数的UPGMA(非加权配对算术平均法)聚类树,进而分析‘枳雀’的亲本来源。【结果】10对cpSSR引物扩增出37个多态性条带,平均每个位点3.70个,平均Shannon信息指数(I)为0.98;14对nSSR引物扩增出62个多态性条带,平均每个位点4.43个,平均多态性信息含量(PIC)为0.57,平均期望杂合度(He)为0.63。【结论】根据cpSSR和n SSR分析,结合形态学证据,认为‘枳雀’的母系亲本为柚类或者具有柚类母本血缘的杂交柑橘品种,父本是一个具有枳的血缘的杂交柑橘品种。cpSSR与nSSR结合使用可比较准确地鉴定柑橘杂种。 相似文献
6.
以207株‘金冠’与‘富士’苹果的F1杂交分离群体实生树为试材,挑选抗炭疽菌叶枯病基因R_(gls)位点区域内的,第15条染色体上,位于SSR标记S0304673和S0405127之间500 kb物理距离内,由全基因组重测序技术所获得的与抗该病相关的10个SNP及10个InDel标记,通过高分辨率熔解曲线(High Resolution Melting,HRM)技术筛选出与基因R_(gls)位点紧密连锁的2个SNP及4个InDel标记。通过对重组个体的基因型及表型分析,发现标记InDel4227和InDel4254表现出与R_(gls)基因位点共分离,将基因R_(gls)精细定位于标记InDel4199和SNP4299之间100 kb的物理距离内。对该基因位点两侧4.1~4.3Mb距离内的基因进行统计分析,表明在该区段内存在40个有功能注释的基因,涉及到细胞组成、分子功能和生物过程方面共19个GO分类。 相似文献
7.
《果树学报》2016,(4)
【目的】明确‘芙蓉李’转录组SSR总体特征,开发SSR引物,为李种质资源多样性分析和品种鉴定等奠定基础。【方法】采用MISA分析‘芙蓉李’转录组SSR位点信息,利用Primer3设计引物,并随机选择40对引物对8个李品种进行多态性分析。【结果】在‘芙蓉李’转录组中,共检测到7 601个SSR位点,分布于5 434条Unigene,SSR位点出现频率为54.51%(SSR位点数7 601与大于1 kb的Unigene数13 944的比值)。其中,单核苷酸重复是主要类型,占总SSR的42.19%。其次是二、三核苷酸重复,分别占总SSR的37.72%和18.48%。A/T和AG/CT是单核苷酸和二核苷酸的优势重复基元。对7 601个SSR位点设计出4 235对SSR引物。随机选择40对引物进行PCR扩增,其中17对在8个李品种中表现出多态性。【结论】李转录组数据是开发SSR标记的有效来源,开发的SSR标记可为李种质资源遗传多样性分析等提供了丰富的候选标记。 相似文献
8.
通过白菜型油菜‘R-O-18’和菜薹‘L58’的基因组重测序数据与白菜基因组的参考序列（‘Chiifu-401-42’的基因组序列）的比对,在全基因组范围内检测到了18 479 个短插入缺失变异位点（≤5 bp）。从中挑选了500 个插入/缺失片段为4 ~ 5 bp 的InDel 变异位点,将其设计成InDel 分子标记并进行试验验证,结果有452 个标记通过PCR 扩增出单一条带,但仅有106 个在‘R-O-18’和‘L58’间表现出多态性,346 个没有多态性,48 个在PCR 中没有扩增。亲本间具有多态性的106 个InDel 标记可用来检测以‘R-O-18’和‘L58’为亲本构建的RILs 基因型,并构建了一张包含99 个标记的遗传连锁图谱。 相似文献
9.
杜梨叶绿体基因组分析 总被引：2，自引：0，他引：2
利用高通量测序平台对杜梨（Pyrus betulaefolia）进行测序，并对其叶绿体全基因组序列的结构特征进行分析。结果表明，杜梨叶绿体基因组与大多数高等植物一样，具有典型的环状双链四分体结构。其叶绿体基因组大小为160 058 bp，共检测到61 个SSR 位点（58 个单核苷酸重复和3 个二核苷酸重复）和56 个RNA 编辑位点，这些RNA 编辑位点均引起了氨基酸的变化。与砂梨（Pyrus pyrifolia）、川梨（Pyrus pashia）和桃叶梨（Pyrus spinosa）的叶绿体基因组比较，其基因种类和数量都比较保守，表明了梨属植物进化的缓慢性。在4 个梨属植物中共检测到351 个SNP 和217 个InDel。 相似文献
10.
《果树学报》2015,(4)
【目的】杨梅一般为雌雄异株,风媒传粉。现有栽培品种都来源于优良雌株的无性系。为探索杨梅栽培品种间杂交育种的技术途径。【方法】以著名的杨梅品种‘荸荠’为母本,‘东魁’雌株上偶尔出现的雄花为父本,这2个品种在遗传和果实表型上差异较大,通过人工套袋授粉获得杂交实生苗。然后用8个在父母本上表现多态性的SSR标记进行杂种鉴定。【结果】成功获得杂交实生苗117株,经过SSR分子鉴定,其中83个同时拥有父母本来源的特征片段,为真杂种,其余34株的母本为‘荸荠’,父本混杂。根据共显性SSR标记在F1代中的分离类型,对8个标记同一位点上不同等位基因的分离比例进行χ2检验,发现6个SSR位点符合孟德尔分离定律,2个出现偏分离现象。双亲和83个真正杂种后代的遗传聚类分析可分为2组:一组包含39个后代,与‘东魁’聚在一起;另一组包含44个后代,与‘荸荠’聚到一起。【结论】应用杨梅雌性栽培品种偶尔出现的雄花粉可以实现栽培品种间的杂交育种,SSR标记可以有效鉴别真杂种。获得的杂交群体可用于构建杨梅连锁图谱,对现代杨梅分子遗传学研究和杂交育种具有重要意义。 相似文献
11.
【目的】基于重测序数据开发一种快速筛选样品间SSR标记多态性的方法。【方法】通过基因组重测序技术对2个砂梨品种'早生新水’和'秋水’、1个西洋梨栽培品种'早红考密斯’以及3个梨属野生种豆梨、川梨和杜梨进行重测序,对已报道的446对梨SSR引物和新开发16对引物进行多态性测试,使用Magicblast匹配测序产生的Reads到上述SSR位点序列,获得SSR两侧保守序列之间的长度,筛选出多态性的引物。使用荧光PCR对部分筛选出的多态性引物进行验证。【结果】单个SSR位点在不同样品间获得匹配的平均Reads数能够超过16条,每个样品均获得了220个以上位点的信息,380对引物在不同样品间能够获得多态性的片段。精确分析了梨LG3早熟候选区域29个SSR位点在'早生新水’和'秋水’中的扩增情况,共鉴定出9个多态性表现好的位点。荧光PCR验证结果显示,通过预备筛选的引物表现出良好的多态性。【结论】本研究的方法一次能够筛选多对SSR引物,在常规PCR前可以预先获得不同引物的多态性信息,从而提高引物筛选效率。本方法不仅能应用于梨重测序数据快速筛选SSR引物,对其他动植物上的类似研究同样适用。 相似文献
12.
以韭(Alliumtuberosum)叶绿体基因组为研究对象，利用Illumina NovaSep高通量测序技术对韭叶绿体基因组进行测序，研究了韭叶绿体基因组结构、密码子偏好性、简单重复序列、叶绿体基因组的比较和系统发育，以期为韭分子标记开发、种质资源鉴定和开发利用提供参考依据。结果表明：韭叶绿体基因组全长154 056 bp,共注释133个基因，包括tRNA 38个，rRNA 8个，蛋白编码基因87个；韭cpDNA密码子偏爱以A或U结尾，Leu使用频率最高，Cys使用频率最低；在叶绿体基因组中共检测250个SSR位点，其中单核苷酸重复数量最多(164个),六核苷酸重复最少(1个);基因组IR边界未出现明显的扩张和收缩；系统发育分析显示，野韭和韭亲缘关系最近。 相似文献
13.
《果树学报》2016,(11)
【目的】对槜李进行分子鉴定并对其亲缘关系进行研究。【方法】采用植物DNA条形码标准序列ITS、mat K及rbc L对包括槜李在内的22个李品种(或品系)进行PCR扩增、序列比对及进化树分析。【结果】通过序列比对发现,ITS序列存在84个变异位点,其中3个位点为槜李的特异性变异位点,分别位于165 bp、182 bp及195 bp,另外有8个位点为槜李早、中、晚熟品种变异位点;mat K序列存在6个变异位点,rbc L序列无变异位点,mat K及rbc L序列均不存在槜李的特异性变异位点。相对于mat K及rbc L序列,ITS序列存在较多变异位点,进化速率快,更适宜用来进行槜李的分子鉴定及亲缘关系分析研究。基于ITS序列的进化树分析表明,嘉兴‘槜李’和福建‘芙蓉李’及美国‘恐龙蛋’亲缘关系较近。【结论】研究获得了槜李的分子鉴定方法及其亲缘关系,对于槜李的种质资源保护具有重要意义。 相似文献
14.
《果树学报》2020,(9)
【目的】筛选一套适合我国葡萄品种鉴定标准的SSR分子标记,用于构建葡萄品种DNA指纹图谱库,为国内葡萄新品种保护、品种登记和市场维权等提供技术支撑。【方法】基于国内外已报道的葡萄SSR标记,对不同葡萄品种进行PCR扩增,筛选验证相关标记,并分析其遗传多样性和鉴别效率。【结果】以76个葡萄品种为材料,从137个SSR标记中选出30个扩增结果稳定、多态性高、退火温度一致且在染色体上均匀分布的SSR标记;使用‘赤霞珠‘’霞多丽’和‘红地球’3个品种验证30个标记的稳定性和可靠性,并确定‘霞多丽‘’红地球’为参照品种;遗传多样性分析显示,30个标记的多态性高,在52份材料中共获得309个等位基因,变化范围为4～16个,VVMD28标记扩增等位基因数最多,其次是VVS2和VMC1C10,Vchr17a标记最少,PIC值变化范围在0.40～0.88,均值为0.75,最高的为VrZAG79标记;聚类分析结果与52个品种的系谱关系基本一致;仅用VMC4F3-1标记可区分25个品种,最多使用8个标记可完全区分52个品种。【结论】从137个葡萄标记中筛选出30个标记,构建了一套适用于中国的葡萄SSR分子标记体系,同时为保证鉴定效率和国际品种鉴定接轨,选择VVMD28、VVMD32、VVMD27、VrZAG79、VVMD7、VrZAG62、VVMD25、VVS2、VVMD5这9个标记作为体系的核心引物,其他标记作为扩展引物。 相似文献
15.
【目的】柑橘的遗传转化通常以实生苗上胚轴为外植体。作为基因组高度杂合的无融合生殖物种，柑橘多胚种子中常含有一定比例的、因遗传重组较亲本表现出遗传背景差异的有性后代，从实生群体中筛选无性后代进行遗传转化实验可有效保证外植体材料遗传背景的一致性及后续相关研究的科学性和可靠性。基于此，开发分子标记用于快速准确筛选柑橘短童期种质——多胚山金柑（Fortunella hindsii）子代中的珠心胚实生苗，以期为优化完善山金柑遗传转化体系提供基础。【方法】利用母本山金柑材料DB02重测序数据进行InDel标记的挖掘，筛选出可以区分有性后代和无性后代的InDel标记，通过琼脂糖凝胶电泳对DB02系山金柑的子代幼苗进行鉴定。【结果】开发出7对可以区分DB02系山金柑种子中有性和无性后代的InDel杂合位点标记（InDel1～InDel7），基于这些标记进一步研究，发现土播幼苗和试管幼苗中的珠心苗比例分别为87.5%和74.2%。【结论】利用InDel标记可以成功筛选出与DB02系山金柑遗传背景一致的无性克隆后代，进一步完善了山金柑实生苗上胚轴遗传转化体系。 相似文献
16.
【目的】常山胡柚是我国一个优良地方柑橘资源，但对其遗传背景一直存在争议，有必要进一步探究常山胡柚的遗传背景。【方法】本研究基于全基因组重测序数据结果，并用分子标记进行验证，同时结合形态特征以及果实品质数据，将常山胡柚与相关柑橘资源进行系统比较。【结果】基因组重测序数据表明，常山胡柚中超过87.91%的遗传组分为柚橘杂合，柚纯合的遗传组分为9.77%，且全基因组序列与酸橙相似度较高，其中与江津酸橙序列相似度达88.34%，表明常山胡柚是一种酸橙。根据不同位点开发的4对InDel分子标记进行检测，也印证了常山胡柚与酸橙亲缘关系较近的结论。表型和品质数据表明，常山胡柚在叶片形态上与酸橙相近，且翼叶较小，果实形态类似酸橙，且单果质量、果皮厚度、种子质量、果皮质量等形态指标也与酸橙无显著性差异，而与橘、柚及葡萄柚存在显著差异。常山胡柚可滴定酸含量、固酸比等品质指标较酸橙明显优化。【结论】常山胡柚为酸橙遗传背景，是经长期栽培驯化后形成的一种果实品质改良的酸橙。 相似文献
17.
【目的】鉴定我国西南地区两组疑似同物异名葡萄品种的真实身份。【方法】利用38对SSR荧光标记引物对葡萄品种‘尼加拉’及其疑似同物异名品种‘关口葡萄‘’云南水晶‘’贵州水晶’和葡萄品种‘巴柯’及其疑似同物异名品种‘盐井黑珍珠‘’茨中教堂葡萄’进行扩增,通过毛细管电泳进行基因分型,并对两组疑似同物异名葡萄品种进行田间形态特征观察,从而鉴定其身份。【结果‘】尼加拉’及其疑似同物异名品种和‘巴柯’及其疑似同物异名品种在38个SSR位点上分别具有相同的基因型,且两组疑似同物异名品种的田间形态特征也相似。【结论】初步认定‘云南水晶‘’贵州水晶‘’关口葡萄’为‘尼加拉’的同物异名品种‘;盐井黑珍珠’和‘茨中教堂葡萄’为‘巴柯’的同物异名品种,后期将通过DUS测试做进一步的鉴定。 相似文献
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为明确甜瓜品种‘红月亮’F1代的种子纯度,通过提取甜瓜‘红月亮’子叶DNA,利用SSR(Simple Sequence Repeats)分子标记对甜瓜品种红月亮F1代种子DNA进行了PCR扩增、检测与分析。结果表明,在20个SSR引物组合对亲本及F1代筛选中,共有6对引物组合具有多态性,多态率30%。选择CMBR026用于‘红月亮’F1代种子纯度鉴定,使用该标记共检测118株,其中2株为自交株,种子纯度为98.3%;试验用的‘红月亮’种子田间鉴定纯度为99.5%,鉴定结果一致。SSR分子标记方法更能准确鉴别出‘红月亮’中的不纯株,且大大缩短纯度鉴定周期。 相似文献
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为了从基因组水平解析马铃薯品种‘合作88’(Solanum tuberosum‘Cooperation 88’)叶绿体基因组多态性和遗传多样性,了解其自交分离群体叶绿体基因组遗传组成和变异,通过对‘合作88’及其30个自交分离群体材料的叶绿体基因组测序组装,并与其他11个茄科物种、拟南芥和水稻的叶绿体基因组序列进行比较分析。结果表明,‘合作88’叶绿体基因组为典型环状结构,长度为160 323 bp,GC含量为38.6%,共注释29个tRNA基因和77个蛋白质编码基因。30个自交后代叶绿体基因组大小在160 331～162 120 bp之间,注释预测基因数95～106个,GC含量36.7%～38.6%。进一步分析表明,‘合作88’和其30个自交后代叶绿体类型均为W型,未呈现出多态性。‘合作88’和其自交后代均偏好使用以A/U结尾的密码子,子代叶绿体基因组密码子4种碱基使用频率不同,推断其相对同义密码子使用度、有效密码子数和高频密码子数的差异为叶绿体基因组随机突变和翻译自然选择所导致。此外,16个正向重复序列中有12个存在于‘合作88’及所有自交后代中,另有4个为子代中新出现的。UPGM... 相似文献