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1.
表达序列标签（expressed sequence tags,EST）是开发SSR标记的重要资源.本研究从NCBI中大麻EST数据库中检索到1114个SSR,分布于989条EST序列中,占EST总数的7.66％.其中三、六核苷酸重复基元类型居多,分别占EST-SSR总数的39.84％和34.56％,统计得到三核苷酸重复类型47种,六核苷酸重复类型113种.利用部分EST-SSR序列设计49对SSR引物,其中40对引物有扩增产物,占所设计引物总数的81.63％.进一步用这些引物在24个大麻品种进行多态性检测,29对引物显示多态性,占可扩增引物的72.5％.利用E-7、E-8、E-11、E-18、E-21、E-39及E-48共7对引物构建了24份供试材料的SSR指纹图谱.本研究结果证明了基于大麻EST信息建立SSR标记是一种有效而又可行的方法,并且为这些品种的真伪鉴定和保护提供科学依据. 相似文献
2.
大豆EST资源的SSR信息分析 总被引：5，自引：0，他引：5
微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressed sequence tags,ESTs)中.为了在大豆中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的394 370条大豆ESTs序列进行EST-SSRs特征分析.剔除冗余序列,得到全长为51 332.21 kb的无冗余EST 80 735条.在这些序列中搜索出7 754个SSR,分布于6 674条EST中,出现频率是8.27%.这些EST-SSR的平均长度为15.26 hp,平均分布频率是1/6.62 kb.在1～6 bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(43.72%),其次是二核苷酸(37.34%)、单核苷酸(15.92%).AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的62.83%和25.22%.本研究为开发多态性大豆微卫星标记提供了候选序列. 相似文献
3.
将NCBI公共数据库62 592条蓖麻EST序列进行拼接,得到无冗余Unigene 11 708条,总长度921 kb.在无冗余序列中发现含有SSR的EST序列2471条,共3 271个位点.SSR发生频率为27.94％,平均分布距离为2.81 kb.在1～6 bp的重复基元中,单核苷酸重复基元出现频率最高(37.51％),其次是三核苷酸重复基元(34.63％)、二核苷酸重复基元(25.61％).出现较多的重复基元是A/T(36.32％),其次是AG/CT(18.28％).蓖麻的EST-SSR出现频率较高、类型较丰富、多态性潜能较高,具有较高的利用价值.对蓖麻的EST-SSR功能注释(COG,SwissProt,KEGG),有9条序列注释到脂肪酸合成与代谢相关的基因,为后续有针对性开发EST-SSR标记提供重要依据,也为进一步开发蓖麻EST-SSR标记奠定基础. 相似文献
4.
利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列（EST-SSRs）,为 SSR 标记在油梨种质资源鉴定、品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用 Illumina 二代测序的技术,共获得 37 639 条无冗余的序列,对其进行 SSR搜索,共获得 6 419 条简单序列重复（SSR）。利用 Primer 3.0 软件设计 SSR 引物,并以 11 份油梨种质筛选多态性引物。基于转录组序列开发出的 EST-SSR 的分布频率为 17.05%。在油梨 EST-SSR 中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主导,占总数的 99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总 SSR 的 37.47%、31.80%和 29.80%;出现频率最高的二核苷酸重复基元是 AG/CT,占总数的 29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为 AAG/CTT,占 12.01%。随机选择 315 个SSR 位点合成引物,经 11 份油梨种质筛选鉴定,227 对引物可扩增获得产物,有效扩增率为 72.06%;其中 34 对引物表现出良好多态性,占有效引物的 12.78%,占总引物的 10.79%。在 34 对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数 2~12个。利用高通量测序开发 SSR 引物有较好的实性,开发获得的 34 个具有多态性的油梨 SSR 标记可用于研究油梨及其相关近缘物种的遗传变异。 相似文献
5.
剑麻斑马纹病是剑麻生产中具有破坏性的一种真菌病害。本研究从Gen Bank(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/nucest)中随机下载10 525条寄生疫霉EST序列,经过去冗余处理后得到5 519条无冗余EST。利用MISA(MIcro SAtellite identification tool)软件进行SSR发掘,从中共搜索到199个1~6碱基SSR,其中三核苷酸重复基元类型最多,共鉴定到55个,占SSR总数的27.6%;其次是二核苷酸重复基元类型和单核苷酸重复基元类型,分别鉴定到51和47个,各占所鉴定SSR总数的25.6%和23.6%。进一步分析表明,AG/CT二核苷酸重复基元类型为优势重复类型,占二核苷酸SSR总数的76.5%。而AAG/CTT和AGC/CTG 2个基元类型在三核苷酸中出现频率最多,分别为15和11次,分别占三核苷酸SSR总数的27.3%及20.0%。从鉴定的199个SSR中,选取含有SSR的合适区段设计了22对引物,并通过18个剑麻斑马纹病菌菌株的基因组DNA进行了评价,结果只有其中9对引物能从剑麻斑马纹病菌基因组DNA中有效扩增,其扩增移效率为40.9%。由此表明,利用此方法来开发剑麻斑马纹病菌的分子标记具有可行性,只是存在一个转移效率问题。 相似文献
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利用转录测序技术,开发油梨表达序列标签-简单重复序列（EST-SSRs）,为 SSR 标记在油梨种质资源鉴定、 品种选育及遗传连锁图谱构建奠定基础。采用 Illumina 二代测序的技术,共获得 37 639 条无冗余的序列,对其进行 SSR 搜索,共获得 6 419 条简单序列重复（SSR）。利用 Primer 3.0 软件设计 SSR 引物,并以 11 份油梨种质筛选多态性引物。 基于转录组序列开发出的 EST-SSR 的分布频率为 17.05%。在油梨 EST-SSR 中,单核苷、二核苷和三核苷的重复占主 导,占总数的 99.07%。单、二、三核苷酸重复单元分别占总 SSR 的 37.47%、31.80%和 29.80%;出现频率最高的二核 苷酸重复基元是 AG/CT,占总数的 29.15%,出现最高的三核苷酸重复基元为 AAG/CTT,占 12.01%。随机选择 315 个 SSR 位点合成引物,经 11 份油梨种质筛选鉴定,227 对引物可扩增获得产物,有效扩增率为 72.06%;其中 34 对引物 表现出良好多态性,占有效引物的 12.78%,占总引物的 10.79%。在 34 对多态性引物中,每对引物扩增等位基因数 2~12 个。利用高通量测序开发 SSR 引物有较好的实用性,开发获得的 34 个具有多态性的油梨 SSR 标记可用于研究油梨及 其相关近缘物种的遗传变异。 相似文献
7.
甜菜EST-SSR引物的开发与应用 总被引：3，自引：0，他引：3
利用NCBI公共数据库现有的甜菜(Beta vulgaris L.)表达序列标签(expressed sequence tags,EST)数据信息,开发了甜菜EST-SSR标记。在所有的29830条甜菜EST序列中共确认得到20109条非冗余EST序列,总长为11287.6kb。在含有微卫星重复的6951条EST序列中按照SSR引物设计要求,最终获得了2845个EST-SSR,平均每3.96 kb含有1个SSR。EST-SSR的分布频率和特征分析表明,A/T单碱基重复最多,其次是AAG/CTT三核苷酸重复,AG/CT二核苷酸重复,ACCTCC/AGGTGG等六核苷酸重复最少。随机合成了100对SSR引物,并分别选用6个甜菜品种进行多态性检验,将其按遗传相似性分为两组,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)平均值为0.47。本研究证实这种全新的开发甜菜SSR标记的方法具有高效、多态性较高的特点,在甜菜遗传多样性分析、功能基因定位、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景。 相似文献
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大豆EST序列长度与SSR特性的关系 总被引：6，自引：2，他引：4
为了分析大豆EST-SSR的特征和比较其不同长度EST序列中的SSR特性,从NCBI下载了大豆EST序列,应用SSRIT搜索SSR,分析了20 183个无冗余的EST序列,发现了1747个EST序列(8.66%)含有SSR,长度超过400 bp的EST序列含SSR的比例为10.05%,而长度在400 bp以下的EST序列SSR的比例为4.74%.二核苷酸和三核苷酸SSR是大豆EST-SSR的主要类型,分别的60.45%和37.04%,最常见的SSR基元是:AT、AG、AAT、AC、AAG、ACG.在1798个EST-SSR中,51.45%的长度大于12 hp,13.35%长度大于20 hp.推断NCBI大豆EST数据库中含有12 3527个SSR,大豆EST-SSR可用于大豆分子标记,具有重要的开发价值,为有针对性设计EST-SSR引物奠定基础. 相似文献
9.
花生EST资源的SSR信息分析 总被引：6，自引：0，他引：6
微卫星或简单重复序列(simple sequence repeats,SSR)存在于表达序列标签(expressedsequence tags,ESTs)中。为了在花生中开发EST-SSR功能性标记,利用生物信息学对NCBI公共数据库中的41501条花生ESTs序列进行EST-SSRs特征分析。剔除冗余序列,得到全长为5125.94kb的无冗余EST8391条。在这些序列中搜索出1109个SSR,分布于946条EST中,出现频率是11.27%。这些EST-SSR的平均长度为18.16bp,平均分布频率1/4.62kb。在1～6bp的重复基元中,三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高(49.23%),其次是二核苷酸(32.83%)、单核苷酸(14.88%)。AG/CT和AAG/CTT是二、三核苷酸中的优势重复基元,分别占二、三核苷酸重复的71.43%和31.50%。本研究为开发多态性花生微卫星标记提供了候选序列。 相似文献
10.
为丰富芝麻EST-SSR引物,本研究从实验室构建的高油芝麻品系中芝14号的不同种子发育期cDNA文库中获得45 569条表达序列标签（expressed sequence tags,EST）,通过前处理得到总长17.428Mb的无冗余EST共32 421条。利用MISA和SSR finder软件包工具对EST序列进行SSR位点查找,在这些序列中发现有1 688条Unigene,共有1 949个SSR。共226个序列含2个或2个以上SSR位点。这些SSR中出现频率最高的重复基序类型为三核苷酸(74%)。为开发芝麻EST-SSR引物,探讨EST-SSR用于芝麻品种遗传差异研究的可行性,用12份不同含油量品系材料评价其中34对与油脂代谢相关的基因SSR引物,全部成功扩增,共有3对引物获得多态性条带。结果表明,芝麻EST-SSR 标记开发效率较高,是芝麻SSR标记开发的重要措施,对于芝麻品种的鉴定与遗传多样性分析具有很高的应用价值。
相似文献
11.
《Journal of Cereal Science》2009,49(3):843-847
The effects of recipe formulation in terms of leavening agents (ammonium and sodium bicarbonates), sugars (sucrose and glucose), initial moisture content, and baking conditions (temperature and time) on furosine formation in cookies were studied. The cookies were baked at different temperatures for different times to monitor the progress of the early stage of the Maillard reaction. Change in furosine levels as an indicator of the Amadori products showed a typical kinetic behavior with a rapid increase to an apparent maximum followed by exponential decrease during baking. Initial water activity of cookie dough had no remarkable effect on the apparent maximum, but lowering the water activity decreased the time required to attain it. In addition, levels of furosine in the final product are highly correlated to the initial water content of dough at the same baking conditions. The levels of furosine attained were significantly lower in cookies composed of sucrose than in cookies composed of glucose. Early stage of the MR is rapidly overcome during baking as the Amadori product degraded in the advanced stage. Among the leavening agents, ammonium bicarbonate was the most effective for the progress of the Maillard reaction in cookies during baking. 相似文献
12.
Vural Gkmen Arda Serpen
zge etinkaya Aar Francisco J. Morales 《Journal of Cereal Science》2008,48(3):843-847
The effects of recipe formulation in terms of leavening agents (ammonium and sodium bicarbonates), sugars (sucrose and glucose), initial moisture content, and baking conditions (temperature and time) on furosine formation in cookies were studied. The cookies were baked at different temperatures for different times to monitor the progress of the early stage of the Maillard reaction. Change in furosine levels as an indicator of the Amadori products showed a typical kinetic behavior with a rapid increase to an apparent maximum followed by exponential decrease during baking. Initial water activity of cookie dough had no remarkable effect on the apparent maximum, but lowering the water activity decreased the time required to attain it. In addition, levels of furosine in the final product are highly correlated to the initial water content of dough at the same baking conditions. The levels of furosine attained were significantly lower in cookies composed of sucrose than in cookies composed of glucose. Early stage of the MR is rapidly overcome during baking as the Amadori product degraded in the advanced stage. Among the leavening agents, ammonium bicarbonate was the most effective for the progress of the Maillard reaction in cookies during baking. 相似文献
13.
DNA分子多态性标记技术及应用 总被引：6，自引：0，他引：6
DNA分子多态性标记技术是DNA分子水平上的多态性检测技术,在生物多样性、遗传多样性、濒危物种的鉴定和保护等研究中得到广泛的应用。本文介绍了几种常用的DNA分子多态性标记技术,这些技术准确、可靠,但各有其优缺点,建议在进行DNA分子多态性标记的研究中,应该至少使用两种以上的方法进行比较研究,综合数据,得出结论。 相似文献
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RAPD分子标记技术及其在甜菜上的研究进展 总被引：6，自引：3，他引：6
ＲＡＰＤ技术自１９９０年由Ｗｉｌｌｉａｍｓ等首先创立以来,由于该项技术具有快速、简便、通用性好、ＤＮＡ用量少、标记的多态性高等优点,已被国内外学者广泛用于植物遗传资源的诸多研究领域中。近几年来,ＲＡＰＤ技术也被有效地应用到了甜菜的研究中。本文就该技术的原理、可靠性和应用以及在甜菜上的研究进展作一简要介绍。 相似文献
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根据从ＮＣＢＩ上随机选取的６７条油菜和拟南芥等植物的表达序列标签（Ｅｘｐｒｅｓｓｅｄｓｅｑｕｅｎｃｅｔａｇ,ＥＳＴ）设 计ＥＳＴ标记,以１４个不同地理来源或亲缘关系的甘蓝型油菜作为验证对象,系统研究油菜ＥＳＴ分子标记技术体系 及其在分析油菜遗传多样性和构建指纹图谱中的可行性。在６７对ＥＳＴ引物中,有６３对扩增出ＤＮＡ片段,其中４８ 对具有多态性,占总引物的７１．６％。用聚丙烯酰胺凝胶电泳共检测出３９２条带,其中２９３条带具有多态性,多态率 达７４．７％,平均每对引物获得８．２条带,多态性带６．１条。聚类分析表明,这些ＥＳＴ标记可较准确地反映１４个材 料间的不同亲缘关系或地理关系,并且其中２对多态性较好的ＥＳＴ引物（ＥＳＴＰ３６和ＥＳＴＰ３７）可用于构建１４个甘 蓝型油菜的指纹图谱。研究结果表明,ＥＳＴ作为一种新型的分子标记,具有信息量大、多态性和重复性好、设计简 便等优点,可以应用于油菜遗传多样性鉴定和构建指纹图谱。 相似文献
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分子标记技术在棉花遗传育种中的应用 总被引：4，自引：0，他引：4
介绍了分子标记的类型及原理，综述了该技术在棉花的种质进化及亲缘关系、遗传结构和多样性、遗传图谱的构建与目标基因的定位、品种指纹图谱的构建与品种（杂种）纯度鉴定及分子标记辅助育种等研究中的应用情况．同时对其应用前景也进行了展望。 相似文献
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为了建立以标记基因为检测靶标的高效定性检测方法,本研究系统地分析了目前中请商业化的转基因植物中标记基因的应用频率,选取了应用频率高或在未来应用潜力大的标记基因neomycin phosphotransferasell (NPTII)、phosphinothricin acetyltransferase(PAT)、5- ... 相似文献
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The waxy (Wx) gene of rice encodes the granule-bound starch synthase(GBSS), which was required in the synthesis of amylose in endosperm. The anylose content (AC) of rice endosperm played an important role in grain yield,palatability, and processing quality. 相似文献