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1.
中国南海海域斑节对虾群体与西印度洋、西太平洋群体种群遗传结构的比较分析 总被引：4，自引：1，他引：3
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚、深圳、湛江、北海4个斑节对虾群体共95个个体的延伸因子1-alpha 内含子序列进行了扩增,对扩增产物进行克隆转化,并将阳性克隆产物进行序列测定,最终获得了大小约216bp的可供分析的核苷酸序列。将获得的序列与从Genbank上下载的西太平洋、西印度洋序列进行比较分析。数据分析结果表明：北太平洋中国海域的基因多样性最低,西太平洋海域基因多样性水平最高;通过对遗传分化指数Fst的分析,发现西太平洋群体和西印度洋群体之间以及两者与北太平洋中国海域群体间遗传分化具有极显著性差异（P < 0.001）。UPGMA系统树显示,10个斑节对虾群体形成两大分支,一支由西太平洋群体和北太平洋中国海域群体组成,另一支由西印度洋群体单独组成;北太平洋中国海域群体中北海群体单独聚成一支。从序列差异的分析中得出,北太平洋中国海域群体与西印度洋群体之间的亲缘关系最远,与西太平洋群体之间的亲缘关系较近;中国海域内部各群体之间,北海群体与海南、深圳、湛江群体之间的亲缘关系较远,形成一个独特的地理种群。 相似文献
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中国南海野生斑节对虾5个地理群体线粒体16S rRNA基因序列比较分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对中国南海海域5个斑节对虾野生群体三亚群体(SY)、深圳群体(SZ)、阳江群体(YJ)、湛江群体(ZJ)、北海群体(BH)100个样品的16S rRNA 序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序.用CLUSTAL_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对.通过ARLEQUIN软件对所得100个16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型.三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性(π)依次分别为0.004 35,0.005 86,0.010 50,0.010 81,0.011 68.三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单倍型多样性(H)依次分别为0.689 5, 0.521 1, 0.573 7, 0.600 0, 0.721 1.对5个野生群体的16S rRNA序列进行FST分析,结果表明湛江、北海群体分别与三亚、深圳两个群体有显著的遗传差异,其余群体之间的遗传差异不显著.对5个群体进行AMOVA分析结果表明,5个群体间存在显著性遗传差异.对5个群体构建分子系统树,结果表明,三亚和深圳群体之间的亲缘关系最近;北海、湛江群体与三亚、深圳群体的亲缘关系很远.实验表明,中国南海海域5个斑节对虾野生群体可以为斑节对虾的选择育种提供两个基础群体:一个是三亚、深圳野生原种基础群体;另一个是湛江和北海野生原种基础群体. 相似文献
3.
摘要：本文对中国南海海域5个斑节对虾野生群体（三亚群体（SY）、深圳群体（SZ）、阳江群体（YJ）、湛江群体（ZJ）、北海群体（BH））100个样品的 16SrRNA 序列进行PCR扩增,并对扩增产物进行了测序。用Clustal_X排序软件对测序所得的100个16S rRNA序列进行比对。通过ARLEQUIN软件对所得100个mtDNA16S rRNA序列进行比较分析,共检测出28个变异位点,19种单倍型。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的核苷酸多样性（π）依次分别为0.00435,0.00586,0.01050,0.01081,0.01168。三亚、深圳、阳江、湛江以及北海等5个野生群体的单倍型多样性（H）依次分别为0.6895, 0.5211, 0.5737, 0.6000, 0.7211。对5个野生群体的16S rRNA序列进行FST分析,结果表明湛江、北海群体分别与三亚、深圳两个群体有显著的遗传差异,其余群体之间的遗传差异不显著。对5个群体进行AMOVA分析,结果表明5个群体间存在显著性遗传差异。对5个群体构建分子系统树,结果表明：三亚和深圳群体之间的亲缘关系最近;北海、湛江群体与三亚、深圳群体的亲缘关系很远。以上结果表明,中国南海海域5个斑节对虾野生群体可以为斑节对虾的选择育种提供两个基础群体：一个是三亚、深圳野生原种基础群体;另一个是湛江和北海野生原种基础群体。 相似文献
4.
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段.用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析.16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型;控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型.该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0.700和0.0045;控制区序列的H和π分别为0.984和0.0480.研究结果表明16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析;控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究. 相似文献
5.
深圳海域斑节对虾野生种群线粒体控制区序列的多态性分析 总被引：3，自引：2，他引：3
采用聚合酶链式反应技术对深圳斑节对虾种群的20个个体进行了分析,通过对mtDNA的控制区基因序列进行扩增,获得了大小约为650bp的扩增产物。PCR产物经纯化后进行序列测定,得到了526bp的核苷酸序列。用Clustal_X排序软件对控制区序列进行了对位排列。通过Mega软件对所得线粒体控制区序列的片段进行比较,共检测出114个碱基存在变异,其中包括84个简约信息位点,5个碱基存在插入/缺失;并用Mega的“Pairwise distance”计算个体间的相对遗传距离。结果表明:其序列差异(转换 颠换)在0·010~0·154之间,得出20个个体有20种单倍型;并构建了UPGMA和NJ系统树。运用DNASP软件计算所得该群体核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0·05278和27·500。研究结果表明:深圳斑节对虾野生种群控制区序列个体变异程度很大,该种群的遗传多样性水平很高,适合于群体内及群体间不同个体的遗传多样性分析。 相似文献
6.
海南三亚斑节对虾野生种群mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列的多态性 总被引：1，自引：0，他引：1
采用聚合酶链式反应(PCR)技术对海南三亚野生斑节对虾(Penaeus monodon)20个个体的mtDNA 16S rRNA基因和控制区序列进行扩增,PCR产物经纯化后进行测序,得到16S rRNA基因的495 bp的核苷酸序列和控制区序列470 bp的核苷酸片段。用Clustal X软件对16S rRNA和控制区序列进行了比对,通过ARLEQUIN 2000软件对所得线粒体16S rRNA基因片段和控制区序列进行了比较分析。16S rRNA序列检测出17个多态位点,8种单倍型；控制区序列检测出100个多态位点,17种单倍型。该种群16S rRNA序列基因多样度(H)和碱基多样度(π)分别为0．700和0．0045；控制区序列的H和π分别为0．984和0．0480。研究结果表明：16S rRNA序列不适应斑节对虾的种群遗传多样性分析；控制区序列适应斑节对虾种群遗传多样性研究。 相似文献
7.
采用聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）和RAPD方法对厦门养殖斑节对虾（Penaeus monodon Fabricius）群体的遗传多样性进行分析。9种同工酶共检测到21个座位，其中多态座位13个，多态座位比例为61．90％，预期杂合度0．151，观察杂合度0．120，Hardy—Weinberg遗传偏离指数（d）为-0．208，存在杂合子缺失。经x^2拟合度检验，多数座位偏离Hardy—Weinberg平衡，表明群体未达到随机交配。14个10bp引物共获得了83个标记，单个引物获得的标记数为2～11个，平均每个引物扩增出5．93个座位，其中多态标记数68个，多态位点比例为81．93％，杂合度为0．246，基因多样性为0．260，Shannon’S信息指数为0．397。两种方法均表明该斑节对虾养殖群体的遗传多样性水平较高，但可能已有近交衰退发生。 相似文献
8.
运用线粒体DNA(mtDNA)控制区部分基因序列测序技术对6个凡纳滨对虾养殖群体(S1、S2、G1、G2、K1和Sg)的遗传多样性和系统进化关系进行了分析.结果显示,在检测到的146个单倍型中,144个为单群体特有,其余两个为群体S1和S2共享.6个群体的单倍型多样性(Hd)为0.42-0.99,核苷酸多样性(π)为0.00-0.08,其中,单倍型多样性最高的是群体K1 (Hd=0.99±0.01),核苷酸多样性最高的是群体S2 (π=0.08±0.04).综合考虑,遗传多样性最低的为群体S1(Hd=0.42±0.08,π=0.00),遗传多样性最高的是群体S2 (Hd=0.88±0.02,π=0.08±0.04).AMOVA分析结果显示,来自群体间的遗传差异(46.98％)略低于来自群体内的遗传差异(53.02％).各群体间的遗传分化Fst值均为正值(0.173-0.974),表明6个群体间存在较大程度的遗传分化差异.基于遗传距离的构建的UPGMA系统进化树和基于单倍型结果构建的NJ聚类图显示,系统进化树主要分为两支:S1和S2群体聚在一起成为一支;G1和G2群体首先聚在一起,再与Sg群体聚在一起,随后与K1群体聚成另一支,6个群体单倍型的聚类关系与遗传距离的进化关系类似.进一步对群体内雌雄群体间遗传差异进行分析发现,同一群体的雌雄群体间遗传多样性水平相近,雌雄群体间基本出现轻微到明显的遗传分化;比较相同群体不同生长速率的个体的遗传参数发现,生长较快群体与生长较慢群体间可能出现一定程度的遗传分化差异;对同一公司不同时间购买的群体分析发现,购买间隔较长(7-9个月)的群体之间的遗传分化值可能会大于不同种虾公司间群体的遗传分化值. 相似文献
9.
斑节对虾等位酶遗传分析 总被引：6，自引：0，他引：6
应用聚丙烯酰胺凝胶电泳技术，对斑节对虾的养殖群体进行了8种等位酶的电泳检测和谱带遗传分析，确定了15个等位酶位点和19个等位基因，其中只有1个位点是多态的，它是Est-1（P0.95标准），有一个等位基因的位点有Est-2、Sod-1、Ldh-1、Adh-1、Sdh-1、Sdh-2、Me-1、Me-2、Mdb-1、Mdh-2、Mdb-3；有二个等位基因的位点有Est-1、Sdh-3、Aat-1、Aat-2、本研究揭示了斑节对虾群体等位酶位点及其等位基因带谱的变异式样，为斑节对虾的遗传育种及遗传结构的研究提供了一批 等位酶位点及其等位基因的参考图谱。 相似文献
10.
通过同源克隆和RACE技术获得斑节对虾(Penaeus monodon)亲环素A(cyclophilin A,CYPA)的cDNA序列.根据已克隆的cDNA序列设计引物,利用染色体步移技术(Cenomic DNA walking)从斑节对虾卵巢组织中克隆了CYPA基因的启动子和基因组DNA序列.测序结果表明,斑节对虾亲环素A(PmCYPA)cDNA全长834 bp,其中开放阅读框(open reading frame,ORF)为495 bp,可编码164个氨基酸;5'非编码区为31 bp,3'非编码区为308 bp.从斑节对虾基因组文库中扩增的CYPA基因组DNA全长3 181 bp,其中包括启动子区域1 173 bp,1个内含子426 bp,2个外显子序列:分别为101 bp和399bp.在5'UTR上游区域有明显的启动子序列,包含一个GC盒和2个CAAT盒,同时还包含AP1、CRE等调控元件,符合真核生物典型的启动子特征.分析基因的结构表明所克隆的PmCYPA符合PPlase家族成员特征,属于此基因家族成员. 相似文献
11.
中国对虾5个地理群体的RAPD分析 总被引：17，自引：0，他引：17
采用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对取自辽东湾、渤海湾、海州湾、乳山湾及海洋岛5个群体的中国对虾共95个个体的遗传多样性进行分析。14个随机引物共检测出103个位点(200～2500bp),各群体的多态位点比例在31．07％～34．95％之间。遗传距离显示中国对虾群体间有一定遗传分化,其中辽东湾和乳山湾群体问的遗传距离最大(0．0742),而辽东湾和渤海湾群体间的遗传距离最小(为0．0243),群体间的遗传分化系数为0．2083。整体来看,中国对虾的遗传变异水平较低,遗传多态度为0．1621。用UPGMA对5个群体进行聚类分析,构建谱系关系图。 相似文献
12.
基于AFLP的海萝野生群体遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
应用AFLP分子标记技术对广东深圳、汕头和山东长岛的海萝(Gloiopeltis furcata)群体进行遗传多样性分析。应用筛选出的10对多态性丰富的AFLP引物,对这3个地理群体的90个个体进行扩增,共得到427个位点,多态性位点数为392(91.75%),各引物扩增位点数为30~59。长岛群体扩增位点最多,多态性也最高。群体内的等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、遗传多样性指数(H)和Shannon信息指数(I)变化趋势一致,均由高到低依次为长岛群体、汕头群体、深圳群体,表明长岛群体遗传多样性最高。3个海萝群体遗传变异主要来自群体间。群体间的基因流为0.368 9,群体分化系数(Gst)为0.575 4,表明群体间有高度分化。深圳群体和汕头群体的遗传距离最小(0.110 2),与长岛群体的遗传距离最大(0.357 7)。UPGMA聚类分析显示广东深圳和汕头群体聚为一支,山东长岛群体为另一支,表明群体间的遗传差异与地理距离有关。本研究结果为海萝资源的保护与利用提供了基础数据。 相似文献
13.
用微卫星标记分析不同形态变异类型日本囊对虾的遗传多样性 总被引：3，自引：1，他引：2
选用9个多态性微卫星分子标记,分析我国近海浙江舟山(ZS)、福建厦门(XM)、广东惠来(HLQ及HLB)、海南陵水(LS)及广西北海(BH)日本囊对虾6个群体2种形态变异类型群体间的遗传变异,探讨了日本囊对虾的种质资源状况。结果显示,9个位点在6个日本囊对虾群体中均为高度多态(PIC>0.5),共检测出235个等位基因;6个群体平均等位基因数在13.2～17.7;PIC平均值在0.851 2～0.903 5;平均观测杂合度(Ho)在0.729 6～0.788 9,平均期望杂合度(He)在0.880 5～0.925 1;表明群体遗传多样性水平较高。Hardy-Weinberg平衡检测显示,6个群体普遍存在杂合子缺失现象。分子变异方差分析(AMOVA)结果表明,遗传变异6.94%来自群体间,93.06%来自群体内。由ZS、XM和HLQ群体组成的形态变异类型Ⅰ与由HLB、LS和BH群体组成的形态变异类型Ⅱ之间的Fst均大于0.05,发生了中等程度的遗传分化;相同形态变异类型各群体间的Fst均小于0.05,遗传分化不明显。日本囊对虾群体间的遗传距离(DA)为0.178 5～0.621 8;UPGMA聚类分析表明,聚类关系符合距离隔离模式,BH群体和LS群体遗传距离最小,亲缘关系最近,它们首先聚在一起,然后与HLB群体聚为一支;XM群体和HLQ群体先聚在一起,再与ZS群体聚为另一支。 相似文献
14.
采用PCR扩增技术对脊尾白虾的莱州湾、海洲湾、象山湾的3个野生群体共计62个个体的线粒体COI基因片段进行扩增和测序,获得长度为658 bp核苷酸序列.62条序列T、C、A、G和A+T的平均含量分别为31.53％、22.63％、27.30％、18.53％和58.83％,A+T含量显著高于G+C含量,这一结果与甲壳类、双壳贝类等的COI线粒体基因片段中的观察结果相似.通过统计变异位点、核苷酸多样性指数和平均核苷酸差异数进行基因序列变异分析.AMOVA分析表明,3群体间总遗传分化系数Fst=0.3611(P＜0.01),群体间存在较高的遗传分化,其中象山湾群体与莱州湾群体之间的遗传分化系数最高,莱州湾群体与海洲湾群体之间的遗传分化系数最低.另外用MEGA4.0软件中的NJ法构建分子进化树,同时由NCBI下载同源序列,探讨了长臂虾亚科几个种的系统进化关系,用NJ法构建的系统树显示,脊尾白虾不同单倍型先与长臂虾属和小长臂虾属聚为一支,然后与沼虾属聚为一支. 相似文献
15.
斑节对虾Sox基因HMG盒的PCR扩增及SSCP分析 总被引：4，自引：0，他引：4
SRY基因是人类及哺乳动物睾丸决定因子的最佳候选基因,HMG盒是SRY基因编码蛋白质的唯一功能区,在性别决定中极其重要且高度保守,许多进化程度上明显不同的物种中都能检测出SRY基因的HMG盒,即Sox基因。斑节对虾是一种重要经济虾类,其性别决定机制研究薄弱,至今未找到性染色体。本研究根据人的SRY基因的HMG盒保守区的核苷酸序列,设计了1对兼并引物,通过PCR扩增出斑节对虾的Sox基因,并对扩增产物进行SSCP分析。结果表明,斑节对虾雌雄个体均存在Sox基因,从雌雄个体中均扩增出约350bp和220bp两条基因片段,推测其中350bp片段含内含子,SSCP结果显示斑节对虾内存在Sox基因家族的不同成员,且雌雄存在差异最后我们讨论了对虾性别决定可能的机制。 相似文献
16.
合浦珠母贝3个养殖群体遗传多样性的微卫星分析 总被引：2，自引：0，他引：2
采用微卫星分子标记对我国广东大亚湾、广西北海、海南三亚的合浦珠母贝养殖群体进行了遗传多样性分析.从49对引物中筛选出31对有效扩增引物,种群扩增获得9个多态位点,多态位点比例为29.03%.它们在3个群体共96个个体中产生了44个等位基因,平均每个位点产生4.889个.3个群体的平均期望杂合度分别为0.590、0.600、0.615;平均观察杂合度分别是0.393、0.425、0.325;平均多态信息含量PIC值分别是0.530、0.551、0.556.表明3个群体的遗传多样性处于较高水平.平均遗传偏离指数分别为-0.324、-0.336、-0.304;哈代-温伯格平衡检测发现,3个群体27个位点中21个位点偏离平衡状态.遗传分化和遗传距离分析表明,海南群体与广东群体之间的亲缘关系较近,而与广西群体的亲缘关系较远. 相似文献
17.
2018年8月至2019年3月,在浙江舟山、福建福州、福建厦门、广西北海和广东湛江5个近海水域,各采集约20尾日本囊对虾,取其腹部第六腹节肌肉,利用线粒体细胞色素b基因和DNA控制区分析方法,研究日本囊对虾这5个地理群体的种群遗传结构及变异情况,探明我国日本囊对虾种质资源现状。Cytb和D-Loop序列分析发现,5个群体中A+T含量分别为60.65%和82.54%,明显高于C+G含量(39.35%和17.46%)。在Cytb和D-Loop序列中分别检测到了76和75个简约信息位点,55和78个单倍型。Cytb和D-Loop单倍型多态性分别为0.969和0.995,核苷酸多态性分别为0.033和0.036,群体内遗传距离分别为0.004～0.022和0.005～0.017,群体间遗传距离分别为0.007～0.068和0.012～0.075。分子方差分析显示,群体间变异是变异的主要来源,占总变异的70.01%和74.39%。单倍型系统发育树显示,北海和湛江群体聚为一支,其他3个群体聚为另外一支,同一单系间又有不同程度的分化。种群历史动态显示种群相对稳定,近期未曾经历过瓶颈效应和明显扩张。综上所述,5个日本囊对虾群体区域分化较为明显,具有较高的遗传多样性,呈现出较高的单倍型和核苷酸多态性。 相似文献
18.
为评估增殖放流对日本囊对虾(Marsupenaeus japonicus)群体遗传多样性的影响,本研究分析了放流前捕捞渔获群体(FLQ)、放流后捕捞渔获群体(FLH)以及放流虾苗群体(FLXX)的遗传多样性水平。3个群体共测定了135尾日本囊对虾的线粒体D-loop序列,经比对分析确定测得的序列长度为938 bp,检测到237个变异位点,177个简约信息位点,定义了100种单倍型。经分析,核苷酸多样性指数由大到小依次为FLQ、FLH、FLXX,单倍型多样性指数大小为FLQ=FLHFLXX。AMOVA分析表明FLQ和FLH群体的遗传分化系数(F_(st))值为0.00629,其小于0.05,表明变异主要来自于群体内,且群体间无分化。FLH与FLXX的F_(st)值为0.08151(P0.01),其大于0.05,表明遗传变异大多发生在群体内,但群体间呈低度分化。Tajima’s D和Fu’s Fs中性检验结果均为负值,表明这3个群体偏离了中性模式,可能受到群体扩张和自然选择的作用。综上所述,增殖放流前后日本囊对虾群体均保持较高的遗传多样性水平,变异不存在显著性差异,且群体间无分化,说明增殖放流是目前维持日本囊对虾种质资源量较为有效的措施之一。 相似文献
19.
利用ISSR分子标记技术对长江下游苏州段野生和野生F1代人工养殖的2个鳡群体遗传多样性进行分析研究.从77个ISSR引物中筛选出4个引物对鳡2个群体48个样品进行扩增,得到41个清晰的扩增位点.鳡野生和野生F1代人工养殖2个群体的多态位点比率和群体内遗传多样性指数分别为21.95%、17.07%,0.0724、0.0426;前者遗传多样性较后者略高.基因分化系数Gst和群体内遗传多样性指数估算分析均显示2个鳡群体之间出现一定遗传分化.鳡UPGMA系统树有较明显的歧化,表现出一定的遗传趋异.结果分析表明,鳡群体的遗传多样性相对贫乏;野生F1代人工养殖群体尚未形成自己独立的遗传结构,但2个群体间已经产生了一定的遗传分化,经过较多世代的人工繁育有可能形成自己独立而稳定的遗传结构. 相似文献
20.
采用扩增片段长度多态性分子标记技术对中国对虾的40个家系共200个样品进行了家系水平的遗传多样性分析。利用10对引物共产生307个表达清晰可用于分析的标记,其中189个标记表现为多态性,占总标记数的61.56%;中国对虾各个家系多态位点百分率在12.7%～34.2%之间;各个家系基因多样性指数在0.0494～0.122之间,Shannon指数的范围在0.0725～0.182之间(家系水平为0.1975)。对40个家系的AMOVA分析结果显示,家系间的基因分化系数Gst=0.4713,即总的遗传变异中有47.13%的变异存在于家系间,家系内的遗传变异占总遗传变异的52.87%。采用UPGMA法对中国对虾的40个家系进行了聚类分析,确定了各个家系之间的遗传亲缘关系;并且对200个个体进行了聚类分析。结果表明,90%同一家系的子代个体能完全聚类在一起。通过家系间的遗传分化系数Gst对中国对虾的40个家系间的基因流进行了估测,结果显示,Nm=0.5609,表明基因流处于较低水平。 相似文献