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微生物群落在水产养殖环境中起着重要作用,深入了解微生物群落组成及其构建机制对了解池塘生态功能具有重要意义。本研究通过高通量测序技术研究斑点叉尾鮰（）养殖池塘底泥中细菌群落机构特征,并分析了细菌群落的主要影响因素。结果显示,斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构呈现出季节性变化,冬春季样品相似性较高。斑点叉尾鮰养殖池塘底泥优势菌群主要为变形菌门（Proteobacteria）、绿弯菌门（Chloroflexi）、拟杆菌门（Bacteroidetes）、厚壁菌门（Firmicutes）和酸杆菌门（Acidobacteria）,与池塘水体细菌群落间有明显的差别。线性判别分析显示,冬、春和秋季的特异性优势菌群较为丰富,冬季和春季分布较为集中,分别集中于浮霉菌、拟杆菌门、绿弯菌门和厚壁菌门、拟杆菌门,秋季特异性优势菌群分布特别分散,而夏季优势细菌类群最少,只有绿弯菌门厌氧绳菌属1个属具有显著优势。环境因子中,透明度和总溶解性悬浮物与斑点叉尾鮰养殖池塘底泥细菌群落结构有显著相关（<0.05）,对细菌群落结构的影响也最大。本研究旨为斑点叉尾鮰池塘微生物群落的变化和调控提供借鉴。 相似文献
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为了探讨不同鱼种的养殖模式对养殖池塘沉积物微生物结构的影响,利用聚合酶链反应-变性梯度凝胶电泳(PCR-DGGE)技术分析了珠三角地区2种常见养殖鱼种草鱼(Ctenopharyngodon idellus)和乌鳢(Channa maculate♀×Channa arguss♂)养殖池塘围隔中沉积物的微生物。结果显示,2种养殖模式PCR-DGGE电泳样品共获得72个条带,草鱼模式有67个条带,乌鳢模式有70个条带。克隆测序了37个条带,共获得48条序列,其中变形菌门为优势类群,占总序列的52.80%。微生物群落结构分析结果表明草鱼和乌鳢2种养殖模式间差异显著,2种养殖模式微生物的Shannon-Weiner指数和Simpson指数存在显著性差异,乌鳢模式的微生物多样性指数高于草鱼模式,说明微生物群落结构的差异可能受不同营养成分的饲料及鱼种的生活方式的影响。每种养殖模式月间差异性分析得出2种养殖模式差异均不显著,说明微生物群落结构在养殖过程中变化不大。 相似文献
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为探究凡纳滨对虾养殖过程中其肠道和养殖环境微生物群落的结构及变化,本实验采用Illumina MiSeq测序平台,基于16S rRNA基因的测序结果,对46和86 d虾龄的凡纳滨对虾肠道以及养殖水样、底泥中的微生物群落进行分析。结果显示,86 d时微生物Shannon-Wiener多样性指数显著高于46 d,水样中的Shannon-Wiener指数显著低于底泥和凡纳滨对虾肠道;有35个门、70个纲、152个目、274个科以及420个属在水样、底泥和虾肠道中均能检测到,其中虾肠道和底泥间共有菌类较水样中更多。微生物群落随养殖时间增加发生变化,46与86 d的差异性门类为放线菌门、绿菌门、丝状杆菌门、浮霉状菌门和TM6,相对丰度随时间增加而增高。水样、底泥和虾肠道中有相对固定的优势菌群,在水样、底泥和虾肠道中主要的门类均为变形菌门、拟杆菌门和放线菌门,优势纲类为α变形菌纲、β变形菌纲以及放线菌纲,除此以外,虾肠道与底泥共有的优势纲为δ变形菌纲、γ变形菌纲以及芽单胞菌纲;从目、科、属的分类水平上看,水样、底泥和虾肠道中菌类相对丰度各异,鲜有明显重叠的优势菌类,在水样、底泥和虾肠道中均为一种未分类的属占优势地位,水样中优势属为hgcI_clade,底泥和虾肠道中优势属为Ambiguous_taxa。研究结果进一步解释了虾肠道和环境微生物群落结构之间的相关性以及随虾龄增长呈现的差异性。 相似文献
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《水产科学》2015,(10)
在底部埋有生物饵料培养基的克氏原螯虾池塘中,利用变性梯度凝胶电泳和基因测序技术,研究了2种放养密度(375 kg/hm2、600 kg/hm2,即A和B组)和2种水草覆盖率(占水域面积比20%、35%,即C和D组)条件下(每组设2个重复),底泥中微生物菌落结构特征。试验结果表明:4个试验组池塘底泥中微生物种类和数量存在一定差异。各试验组池塘底泥微生物的Shannon指数分别为2.72、2.94、2.82和2.96,说明水草覆盖率35%试验组池塘底泥微生物种类最丰富。聚类分析表明,不同月份不同处理组池塘底泥微生物群落结构相似度偏低,而放养密度600 kg/hm2试验组和水草覆盖率20%试验组在8月份相似度较高(70%以上),整体上,各样品在时间上的相似度比空间上的相似度高。对微生物组成多样性的分析表明,4组池塘底泥微生物克隆主要隶属于4个门:变形菌门(71%)、疣微菌门(9%)、放线菌门(8%)、绿弯菌门(11%)及其他门类未知的菌群,其中变形菌门的Ideonella属占主要优势,占总比例的24%。 相似文献
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不同养殖年份鱼塘底泥细菌群落多样性及演替分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为探究不同养殖年份的鱼塘底泥中细菌多样性及演替关系,通过构建16S rRN A基因文库,比较分析养殖1年和养殖4年池塘底泥样品细菌的群落构成,分别由养殖1年和养殖4年文库获得145和172个克隆子,香农—威纳多样性指数分别为2．37和2．22,辛普森优势度指数分别为9．36和7．58,覆盖度指数分别为100％和93．3％。 Prolixibacter （34／145）、荚硫菌属（17／145）、浮霉菌属（15／145）和脱硫微菌属（12／145）为养殖1年样品优势菌群,长绳菌属（41／172）、Prolixibacter （31／172）、黄色单胞菌属（22／172）、Cetobacterium （21／172）和噬纤维菌属（15／172）为养殖4年样品优势菌群。养殖1年和养殖4年文库细菌菌群结构在种分类水平上的相似度系数为0．6171。由此可知,养殖池塘底泥中蕴含着复杂的微生物群落体系,长期的积累促使该微生物群落发生了演替。 相似文献
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应用高通量测序技术分析拟穴青蟹肠道及其养殖环境菌群结构 总被引：2，自引：1，他引：1
采用基于Illumina Hi Seq测序平台的高通量测序技术,对拟穴青蟹(Scylla paramamosain)肠道及其养殖池塘水体、底泥中细菌种类及丰度进行了研究。测序结果显示,3个样品共获得有效序列234575条,可聚类于2812个分类操作单元(OTUs),归属于拟穴青蟹肠道、养殖水体、池塘底泥样品的操作分类单元(OTU)个数分别为453、706和2547,其中有184个OTU均能在3个样品中检测到,在青蟹肠道和养殖水体、青蟹肠道和池塘底泥中分别检测到197和309个共有OTU。物种注释结果显示,拟穴青蟹肠道中优势细菌种类为变形菌门(Proteobacteria)(39.96%)、柔膜菌门(Tenericutes)(23.09%)和厚壁菌门(Firmicutes)(16.58%);养殖水体中优势细菌种类为变形菌门(63.02%)、放线菌门(Actinobacteria)(24.96%)和拟杆菌门(Bacteroidetes)(8.41%);池塘底泥中优势细菌种类为变形菌门(75.23%)、拟杆菌门(5.72%)和放线菌门(3.83%)。此外,对各样品中丰度最高的前10位OTU分析显示,不同样品中占优势地位的10种细菌在数据库(SILVA)缺乏相关已知序列,并且各样品中的优势细菌种类完全不同。实验结果表明拟穴青蟹肠道与其池塘养殖环境中菌群结构存在着密切的相关性,但肠道菌群同时具有一定的独立性,其优势细菌种类与养殖环境中优势细菌种类无关。本研究旨在为拟穴青蟹健康养殖和微生态调控提供实验依据。 相似文献
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尼罗罗非鱼肠道及养殖环境中菌群结构与链球菌病的相关性 总被引：1，自引：1，他引：0
为研究尼罗罗非鱼肠道和池塘养殖环境中菌群结构变化与链球菌病暴发的相关性,实验采用16S r DNA高通量测序方法对比分析发病和健康池塘水体、底泥和尼罗罗非鱼肠道菌群的结构特征。结果显示,底泥中微生物多样性最高,水体和肠道中微生物多样性次之;肠道菌群与水体中菌群的相似性较高,而与底泥中菌群相似性较低;发病组的尼罗罗非鱼肠道和池塘底泥中微生物的多样性均低于健康组,而发病组池塘水体中微生物多样性高于健康组。OTU聚类分析发现,发病与健康尼罗罗非鱼肠道微生物差异极显著,大部分健康尼罗罗非鱼肠道微生物样品单独聚为一支。菌群结构组成分析结果表明,虽然发病组和健康组水体或底泥中优势菌群结构组成的差异较小,但在非优势菌群中存在一定差异,发病组水体中变形菌门和梭杆菌门的比例显著高于健康组水体,疣微菌门和浮霉菌门的丰度显著低于健康组水体;发病组池塘底泥中厌氧粘细菌属、甲烷丝菌属和枝芽孢菌属等具有降解有机质和生态修复功能,菌群的丰度显著低于健康组底泥,而具有致病能力的曼氏杆菌属丰度却显著高于健康组底泥。发病组尼罗罗非鱼肠道菌群中链球菌属、分枝杆菌属和曼氏杆菌属等致病菌群的丰度显著高于健康组尼罗罗非鱼肠道,而乳球菌属、鲸杆菌属和红球菌属等益生菌的丰度显著低于健康尼罗罗非鱼肠道。无乳链球菌普遍存在于发病和健康养殖环境,以及尼罗罗非鱼肠道中,无乳链球菌的丰度在发病和健康养殖环境之间无显著差异,但其在发病尼罗罗非鱼肠道中的丰度要显著高于健康组。研究表明,尼罗罗非鱼链球菌病发病池塘水体和底泥中有益菌丰度降低和致病菌丰度的升高反映其养殖环境出现恶化,尼罗罗非鱼链球菌病的暴发与肠道微生态平衡破坏后无乳链球菌丰度增加密切相关,但肠道中无乳链球菌丰度的剧增与养殖水体和底泥中该病原菌的丰度水平之间并无直接关联。 相似文献
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为探究江苏省射阳地区沿海滩涂中华绒螯蟹(Eriocheir sinensis)生态育苗池塘细菌群落结构,分别对养殖池塘水体(S7,S8,S9)和池塘底泥(N7,N8,N9)细菌群落16SrDNA的V3、V4、V5可变区进行扩增,检测合格的文库进行高通量测序;利用Qiime(v1.7)软件,对序列阈值97%相似性水平进行聚类分析;分别以门、纲、目、科和属的分类水平对样本进行α-多样性指数分析;以Chaol指数和Shannon指数评估菌种丰富度和多样性。结果表明,3个生态育苗池塘得到OTU分别为8 881、7 406、8 566个。S7微生物归属于16门、29纲、58目、97科、191属;S8为9门、18纲、38目、68科、132属;S9为17门、32纲、60目、111科、227属。N7为41门、103纲、198目、325科、572属;N8为42门、103纲、203目、318科、534属;N9为40门、99纲、196目、323科、578属。养殖水体优势菌群以变形菌门(Proteobacteria)为主,其次是拟杆菌门(Bacteroidetes);池塘底泥优势菌群以变形菌门为主,其次为拟杆菌门、绿弯菌门(Chloroflexi)和浮霉菌门(Planctomycetes)。养殖池塘底泥中细菌群落的丰富度和物种多样性明显高于养殖水体,水体中细菌群落的丰富度S9S7S8,物种的多样性S7S9S8。池塘底泥中细菌群落的丰富度N7N9N8,物种的多样性N7 N9N8。 相似文献
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精养团头鲂池塘沉积物微生物群落的结构特征及组成多样性分析 总被引：3，自引：1，他引：2
为了研究精养团头鲂池塘冬季不投饵期间沉积物不同层次细菌群落结构的特征,实验分层次采集池塘沉积物,采用PCR-DGGE(变性梯度凝胶电泳技术)及基因测序技术,对池塘沉积物垂向空间分布的微生物群落特征及多样性的组成进行分析。结果显示:精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物微生物群落的丰富度(平均为38)和多样性指数(平均为3.18)均较高,说明精养池塘沉积物中微生物数量多、种类丰富。上层(0~10 cm)和中层(10~20 cm)沉积物的微生物群落Shannon指数(3.29、3.27)略高于下层(20~30 cm)的Shannon指数(3.17),底层沉积物样品的指数最小(2.96),说明在底层沉积物中微生物群落结构趋于稳定,菌群多样性变化较小。精养团头鲂池塘的整个停饵期间沉积物样品中上层(0~10 cm和10~20 cm)微生物的群落结构相似性较高(80%以上),而底下层(20~30 cm和30~40 cm)与中上层微生物的群落结构相似性较低(63%以上),说明通过微生物群落结构的相似性程度可以大致看出样品的空间顺序。微生物群落组成多样性的结果显示:精养团头鲂池塘沉积物在整个停饵期间包含的菌群分属于8个门:变形菌门(β-、γ-、δ-亚群)(33.33%)、绿弯菌门(19.05%)、拟杆菌门(14.29%)、蓝细菌门(9.52%)、螺旋体门(9.52%)、硝化螺旋菌门(4.76%)、酸杆菌门(4.76%)、厚壁菌门(4.76%);结果表明变形菌门为精养团头鲂池塘沉积物在停饵期间的优势菌群,δ-变形菌亚群(14.29%)是变形菌门中的优势菌群。本实验以期得到不同种类微生物的分子信息从而为以后筛选有益菌群奠定基础,并为团头鲂精养池塘微生态环境的人工调控提供依据,从而为适时监测养殖生态环境运营状况建立快速的分子生物学分析方法。 相似文献
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鱼藕轮作对池塘底泥微生物群落代谢功能的影响 总被引：2，自引：0，他引：2
借助BIOLOG检测法,研究了栽种莲藕池塘及养殖黄颡鱼池塘底泥微生物群落代谢功能多样性的变化。结果表明:种植莲藕后底泥中有机质(OM)含量分别减少11.45%(深度0~5 cm)、19.12%(深度5~10 cm),莲藕的生长能促进根区底泥有机质的消耗,对底泥中的总氮(TN)、总磷(TP)均有一定的吸收作用;种植组与对照组在养殖周期后的平均颜色变化率(AWCD)均高于初始值,且种植组AWCD变化率更显著,表明栽种莲藕的底泥微生物群落代谢活性更;对0~5 cm与5~10 cm底泥微生物群落代谢活性比较发现同一环境不同深度微生物群落代谢活性不同;养鱼组(0~5 cm)底泥中微生物Biolog代谢功能多样性显著降低(P<0.05),莲藕种植可保持底泥较高的微生物代谢功能多样性。 相似文献
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强天气干扰条件下粤西凡纳滨对虾养殖池塘细菌群落动态特征 总被引：1，自引：0，他引：1
于暴雨频发的华南雨季（2009年5月-8月）对粤西凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）养殖池塘水体和底泥进行调查,研究在强天气干扰条件下养殖池塘细菌数量动态及多样性指数变化情况。结果发现,水体异养细菌在104-106 cfu？mL-1间波动,弧菌数量在养殖初期高达105 cfu？mL-1, 虾池301# 和404# 自6月18日开始施用芽孢杆菌（Bacillus subtilis）等微生态制剂后,其弧菌（Vibrio sp.）数量维持在104 cfu？mL-1以下,403# 和305# 波动较大且多次超过105 cfu？mL-1;4口虾池水体弧菌与异养细菌的数量比值在养殖初期均超过20%,之后301# 和404# 保持在12%以下,403#和305# 在养殖后期分别达到21%和33%。底泥异养细菌先升高后稳定,弧菌数量除305# 较稳定外,其他虾池波动较大（103-107 cfu？g-1）。施用微生态制剂池塘301#和404#水体微生物群落多样性较前期降低,305#和403#较前期升高;底泥微生物群落多样性则呈现相同的变化规律,群落的丰富度、常见种的优势度和群落均度较前期有所降低。结果表明,施用微生态制剂的虾池可在气候多变的情况下保持养殖水体细菌群落的相对稳定,抑制弧菌滋生,降低微生态环境风险。 相似文献
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为比较单养、混养草鱼(Ctenopharyngodon idella)养殖池塘的水质与生物组成特点，采取水质分析、环境DNA与传统鉴别方法对草鱼单养、混养(80:20)两类池塘的水质变化、浮游生物、底栖生物、菌群结构进行了分析。结果表明，混养池塘的水质优于单养池塘，混养池塘水体中总氮(TN)、硝态氮(NO3--N)、氨氮(NH4+-N)、亚硝态氮(NO2--N)的浓度比单养池塘分别低10.15%、3.78%、5.07%、80.18%，总磷(TP)和活性磷(SRP)的浓度分别低27.14%和56.26%；两类池塘中浮游植物均以绿藻门(Chlorophyta)、蓝藻门(Cyanophyta)、隐藻门(Cryptophyta)为优势种，但单养池塘中的藻类密度为30×106cells/L，低于混养池塘104×106cells/L；两类池塘中的浮游动物均以轮虫和原生动物为优势种，枝角类和桡足类生物数量较少，单养池塘中浮游动物密度高于混养池塘；在底栖动物方面，单养池塘存在螺类、水蚯蚓和摇蚊幼虫，而混养池塘仅有螺类和摇蚊幼虫。在菌群组成方面，单养池塘水体中以厚壁菌门(Firmicutes)为优势类群，混养池塘水体中以变形菌门(Proteobacteria)为优势类群；但在两类池塘底泥中，均以变形菌门为优势类群。以上结果表明，草鱼混养有利于改善养殖池塘水质，增加浮游植物丰富度，改变养殖水体菌群的结构。本研究为优化草鱼池塘养殖结构，改善水质，构建高效池塘养殖模式提供了依据。 相似文献
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微生物群落是养殖池塘生态系统的重要组成部分,了解环境微生物群落结构和功能,可有针对性地进行养殖环境微生态调控。在不同季节采集尼罗罗非鱼（Oreochromis niloticus）和斑点叉尾鮰（Ictalurus punctatus）池塘水样,分析硝酸盐氮(NO3-N)、亚硝酸盐氮(NO2-N)、氨氮(NH4-N)、总氮(TN)和总磷(TP)等理化指标,利用Biolog-Eco微平板技术分析水体中微生物对各类碳源代谢的平均颜色变化率,利用高通量测序技术分析其菌群结构。结果表明,1月淡水养殖池塘水质和菌群结构不同于其他采样时间,养殖鱼类种类对池塘理化指标和微生物菌群结构影响不大。不同采样时间的池塘理化指标差异显著,同一采样时间不同养殖鱼类池塘的理化指标之间无显著差异。其中,1月尼罗罗非鱼池塘中的NH4-N含量高于其他月份,且显著高于4月和7月（P<0.05）;1月TP含量显著高于4月、7月和10月（P<0.05）。1月斑点叉尾鮰池塘的TP和NO3-N含量显著高于其他3个月份（P<0.05）。Biolog-Eco微平板技术检测到尼罗罗非鱼和斑点叉尾鮰池塘中的微生物群落对碳... 相似文献
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复合池塘循环水养殖系统微生物群落结构分析 总被引：4，自引：1，他引：3
于2008年6至10月逐月调查研究了新型复合池塘循环水养殖系统各塘水体理化和微生物分子特征.通过提取水样中细菌总DNA,扩增其16S rDNA基因V3区,再经DGGE分析获得图谱,选择其中主要的13条特征条带进行克隆测序.研究结果表现为,随水流方向(Pl→P5),各循环塘溶氧(DO)和透明度(SD)依次呈明显下降趋势,而NH4~+-N,TP和COD_Mn水平呈明显上升趋势;与对照塘相比,循环塘DO和SD升高,COD_Mn和营养盐水平降低.DGGE图谱分析显示,各养殖塘微生物种类丰富,循环塘与对照塘的群落结构存在明显差异,且差异主要表现在较弱的条带上;13条特征条带的测序结果表明,池塘优势菌群分属4个门:放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、蓝细菌门(Cyanobacteria)和拟杆菌门(Bacteroidetes),其中有2条属于蓝细菌门的条带特定分布于对照塘.典型对应分析(CCA)排序结果显示,DGGE图谱条带分布与理化因子密切相关.与传统池塘养殖相比,该养殖模式有助于改善养殖池塘微生态环境.本研究旨为池塘微生物群落结构及其功能关系研究提供借鉴. 相似文献
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为探究7—9月大口黑鲈生态养殖池塘微生物与水质理化指标的变化及关系，采用高通量测序法测定天津某大口黑鲈生态养殖池塘7—9月的微生物群落结构，并对养殖区和微生态区表层水理化指标进行监测。试验结果显示，该池塘微生物多样性在7—9月发生变化，底泥微生物α多样性始终高于水样和毛刷。各样本中优势菌均包含变形菌门；水体中蓝细菌门在9月发展为优势物种；毛刷样本各月份优势菌不同，9月时厚壁菌门比例最高。水体理化指标在7—9月发生变化，养殖和微生态区水体氨氮含量均在8月达到最高值，9月时两区域的总氮、正磷酸盐、高锰酸盐指数、固体悬浮物质量浓度、pH和总碱度最高。相关性分析表明：微生态区水体中硝态氮含量与毛刷中根瘤菌科丰度显著负相关；养殖区和生态区水中亚硝态氮含量分别与底泥中红杆菌科和毛刷中Norank＿o＿＿norank＿c＿＿Nitrospira丰度显著负相关(P<0.05)。研究结果可为大口黑鲈7—9月生态池塘水质及微生物的调控和二者相关的后续研究及修复水质功能菌的筛选提供参考。 相似文献
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推水养殖系统是集循环养殖、高效集污、生物净化及自动控制等技术为一体的生产方式。但该系统营养物质归趋尚未明晰,造成饵料资源浪费和养殖调控失策。该研究以草鱼(Ctenopharyngodon idellus)推水养殖系统为实验组,以普通池塘养殖系统为对照组,利用稳定同位素[碳(δ13C)、氮(δ15N)]技术研究两种养殖系统生物食物组成和系统食物网结构。结果表明,草鱼推水养殖系统各生物组分δ13C介于(-25.76±0.23)‰-22.26±0.20‰,普通池塘系统δ13C介于(-25.83±0.24)‰-22.38±0.15‰;推水养殖系统各生物组分δ15N介于(6.73±0.08)‰12.34±0.11‰,普通池塘系统δ15N介于(6.73±0.08)‰12.14±0.11‰。稳定同位素混合模型分析结果显示,两组系统中草鱼饲料和底泥碎屑是消费者的主要食物来源。其中,草鱼的主要食物来源是草鱼饲料,鳙(Aristichthys nobilis)的主要食物来源是草鱼饲料、大型浮游动物,鲫(Carassius auratus)的主要食物来源是底泥碎屑,底泥碎屑的主要来源是草鱼饲料。推水养殖系统草鱼饲料对草鱼的食物组成贡献率高于普通池塘系统。因此,采用推水养殖模式,可促进养殖生物对饲料的摄食,提高饲料利用效率。 相似文献
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为了解浮游生物在中华绒螯蟹成蟹养殖过程,尤其是前期蜕壳阶段的群落结构特征和池塘水质状况,于2021年3、5、6月,在成蟹2～4蜕壳期,对养殖池塘浮游生物群落及其水质状况进行了调查。结果表明,共发现浮游植物5门36属57种,浮游动物4类17属32种。浮游植物密度为2.57×103～1.15×105cells/L,平均生物量为(14.99～1 837.30)10-4mg/L;浮游动物密度为1.21×102～3.79×104ind./L,平均生物量为2.67～49.81 mg/L。指出,成蟹2～4蜕壳期,池塘水质为中污型水质;溶解氧和温度影响浮游生物结构变化的主要理化因子。 相似文献