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1.
萝卜基因组DNA RAPD与ISSR-PCR反应体系优化 总被引：1，自引：1，他引：1
对影响PCR反应的主要因子———模板DNA、引物、dNTPs和Mg2 浓度进行优化,建立起适合于萝卜基因组DNA的RAPD和ISSR反应体系。RAPD反应体系(18μl)为随机引物0.4~0.6μmol/L,dNTPs0.15~0.2mmol/L,Mg2 2.0mmol/L,模板DNA10~40ng,TaqDNA聚合酶0.8U;ISSR反应体系(16μl)为引物0.5μmol/L,dNTPs0.16mmol/L,Mg2 2.5mmol/L,模板DNA10~40ng,TaqDNA聚合酶0.64U。对扩增程序中复性温度进行了梯度PCR试验,表明35~42℃(37℃)与52.4~58.3℃(55℃)分别适于萝卜基因组DNA的RAPD-PCR和ISSR-PCR反应;应用优化的RAPD和IS-SR反应体系对17个萝卜品种进行了鉴定分析。研究结果将为萝卜分子育种、品种鉴定与种子纯度检测提供重要的技术基础。 相似文献
2.
花生SSR-PCR体系的优化 总被引：2，自引：1，他引：1
以花生品种丰花3号为材料,研究了花生SSR技术中PCR反应体系的主要成分对SSR 扩增效果的影响及不同引物的退火温度。结果表明dNTP 对扩增影响较大,每对引物都有其扩增适合的退火温度。确立了适合花生SSR 分子标记研究的优化体系。最终确定总反应体系为20 μl,其中25 mM MgCl2 1.5 μl,2.5 mM dNTP 1.6 μl,5 U/μl Taq 酶 0.17 μl,100 ng/μl模板DNA 0.4 μl,2.5 mM 引物 5 μl。优化后的扩增程序退火温度为54℃。 相似文献
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36个马铃薯品种的SSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
为明确36个马铃薯品种在DNA分子水平上的遗传差异,利用SSR分子标记技术对其多态性进行了分析。试验从90对SSR引物中筛选出适宜于36个马铃薯品种基因组DNA扩增的引物10对,PCR扩增获得301个SSR条带,多态性条带百分率为71.1%。引物STACCA3和SSR111扩增的SSR指纹图谱差异明显,可作为36个马铃薯品种间鉴别的分子依据。36个马铃薯品种间的遗传距离(GD)变幅为0.33～0.85,平均为0.54,其中,大于GD平均值的品种有20个,占供试品种的55.56%。以GD值0.57为基准,将36个马铃薯品种划分成7类,从DNA分子水平揭示出各供试品种间的亲缘关系。 相似文献
4.
茶花品种SSR指纹图谱分型技术反应体系优化 总被引：4，自引：1，他引：3
建立茶花品种分子指纹图谱对茶花品种鉴别、品种选育和深入实施品种产权保护等具有重要意义。为筛选适用于茶花品种SSR指纹图谱构建的引物及其最优反应体系,采用梯度退火温度和正交试验设计的方法,对4对SSR引物反应条件进行了研究。结果表明,2对引物扩增出目的条带,其中引物MSCjaF25最适退火温度52.9℃,10 mL体系中各组分含量为Mg2+ 1.2 mmol/L、dNTPs 0.2 mmol/L、Taq DNA聚合酶0.5 U、引物0.2 mmol/L以及模板DNA 40 ng时图谱质量最优;引物MSCjaF37最适退火温度58.2℃,10 mL体系中各组分含量为Mg2+ 0.8 mmol/L、dNTPs 0.1 mmol/L、Taq DNA聚合酶1.0 U、引物0.3 mmol/L以及模板DNA 40 ng时,图谱质量最优。以12个茶花品种进行扩大试验证明,优化的体系重复性和稳定性良好。研究为茶花品种分子指纹图谱的构建奠定重要基础。进一步分析显示,全面开展茶花品种分子指纹图谱研究还面临着筛选更多通用SSR引物的挑战。 相似文献
5.
二月兰SSR-PCR反应体系的优化及引物筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
为建立适合二月兰的SSR-PCR反应体系,采用正交试验设计方法对影响二月兰SSR反应体系的5个因素(DNA模板、Mg~(2+)、d NTPs、引物和Taq聚合酶)进行优化试验,筛选出每个因素的最佳水平。结果表明,10μL反应体系中,Mg~(2+)浓度2.0 mmol/L,d NTPs浓度0.4 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,DNA模板量20 ng,Taq聚合酶量0.6 U。以3份二月兰基因组DNA为模板,利用优化后的SSR-PCR反应体系进行引物筛选,从50对SSR引物中成功筛选出扩增条带清晰、具有多态性的引物有12对,证明该反应体系具有较好的稳定性和通用性。研究建立和优化的二月兰SSR-PCR反应体系,为进一步利用SSR标记技术开展二月兰分子生物学研究提供了理论依据和技术参考。 相似文献
6.
以鼠尾草属植物叶片为材料,提取基因组DNA,并对RAPD反应条件进行了系统优化.结果表明,采用核DNA法提取的DNA质量较高,适宜于RAPD分析;RAPD扩增最佳反应体系为20μl反应体系中,10×buffer 2.0μl,模板DNA 20 ng,Mg 浓度2.0 mmol/L,引物浓度0.6μmol/L,dNTPs浓度0.2mmol/L,Taq酶1.0U.扩增反应程序为94℃预变性5min,94℃变性1min,36℃退火1main,72℃延伸2main;40个循环;72℃后延伸10main,4℃保存. 相似文献
7.
大白菜SSR检测体系的优化 总被引：12，自引：3，他引：9
以不同地区栽培的5份大白菜品种为试材,从PCR反应组成、扩增程序、电泳检测等环节对SSR技术进行了优化,建立了一套适用于大白菜品种鉴定的SSR-PCR体系.即10 μL反应组成为:1×buffer;2.50 mmol/L MgCl2;0.10 mmol/L dNTPs;0.35 μmol/L SSR引物;1.00 ng/μL模板DNA和0.40 U Taq酶.适宜的扩增程序为72℃热启动3 min,94℃预变性2 min后进行20个迫降循环:94℃变性60 s,68℃退火60 s,72℃延伸45 s(-1℃ /2 cycles);再进行20个循环:94℃变性60 s,58℃退火60 s,72℃延伸45 s,72℃延伸10 min.应用SDS-聚丙烯酰胺凝胶(银染)电泳检测并取得很好的效果.选用108对芸薹属SSR引物,对这5份品种的基因组进行扩增,筛选出具有2条以上特异扩增条带的SSR引物22对.用这些引物对5份品种进行扩增,初步分析了SSR标记的多态性及用于大白菜指纹分析的潜力. 相似文献
8.
杏ISSR反应体系的建立 总被引：3，自引：1，他引：2
为建立杏适宜的ISSR反应体系,以红玉杏为试材,探讨影响ISSR扩增的主要因素包括模板浓度、MgCl2浓度、dNTPs浓度、引物浓度及循环次数。通过筛选及优化,确定杏ISSR的适宜扩增条件。结果表明,在25 μl PCR反应体系中,各组分的适宜浓度配比为：模板1 μl（40 ng）、dNTPS 2.5 μl（2.5 mmol/L）、Taq DNA聚合酶0.5 μl（2.5 U）、引物1 μl（20 μmmol/L）、10×PCR Buffer 2.5 μl、MgCl2 2.5 μl（2.5 mmol/L）、ddH2O 15 μl,反应循环次数40次。同时利用建立的ISSR反应体系对3种普通杏品种进行扩增,证明该体系完全适合此标记对杏不同品种的遗传分析,从而为下一步杏资源遗传多样性的研究提供理论依据和参考价值。 相似文献
9.
芝麻SRAP反应体系的建立与优化 总被引：5，自引：0，他引：5
以芝麻幼叶提取的DNA为试验材料,通过对影响SRAP扩增结果的重要反应因素dNTPs、Mg2 + 、Taq酶、随机引物及模板DNA进行优化,建立了芝麻扩增多态性高、稳定性强、带型清晰的SRAP最佳反应体系：dNTPs（10mmol／L）0.30μl,Mg2 +（25mmol／L）1.20μl,Taq酶1.00U,正反引物各50ng,DNA模板80ng,10×Buffer 1.5μl,总体积15μl,为SRAP标记技术在芝麻分子生物学研究方面的应用奠定了基础。 相似文献
10.
椰子基因组DNA的提取及SSR反应体系的优化 总被引：4，自引：0，他引：4
以马哇、文椰78F1和海南高种为试材,利用改良的CTAB法提取的基因组DNA纯度高,完整性好。将PCR体系的主要成分设定5个梯度,根据每个成分的变化引起的PCR-SSR的效果差异,探讨了椰子SSR技术中PCR体系的主要成分对扩增结果的影响,并对引物co007的适宜退火温度进行优化。最终确定了引物co007的最适退火温度为46.4～54℃,20μlPCR反应体系的最佳条件为：Mg2＋浓度为2.0～4.0mmol/L,dNTPs的浓度为0.1～0.25mmol/L,Taq聚合酶用量为1.0～2.0U,引物浓度为0.5～2.0μmol/L。利用此反应体系对部分椰子品种进行PCR扩增并电泳检测,扩增结果清晰且有较高的多态性,表明该体系适合椰子的亲缘关系分析。 相似文献
11.
为了建立Lm型雌性系蓖麻不同发育时期的标雌/单雌/两性系花序MSAP反应体系,提取不同类型不同发育时期的花序基因组DNA,混合成基因池;用EcoRⅠ和HpaⅡ/MspⅠ的组合,12 h可将DNA酶切完全;16℃条件下,将酶切产物与EcoRⅠ、HpaⅡ/MspⅠ接头过夜连接;连接产物用于预扩增。优化后的预扩增反应体系为10×PCR Buffer 2.5μL、d NTPs(10 mmol/L)2.5μL、Mg2+(25 mmol/L)2.0μL、模板2.0μL、E0扩增引物(10pmol/μL)1.5μL、H0扩增引物(10 pmol/μL)1.5μL、LA Taq(5 U/μL)0.25μL、dd H2O 12.75μL。预扩增产物稀释10倍后用于选择性扩增。优化后的选择性扩增体系为10×PCR Buffer 2.5μL、d NTPs(10 mmol/L)2.0μL、Mg2+(25mmol/L)4.0μL、模板3.0μL、EX扩增引物(10 pmol/μL)1.0μL、H/MX扩增引物(10 pmol/μL)1.0μL、LA Taq(5U/μL)0.30μL、dd H2O 11.2μL。 相似文献
12.
在利用ISSR技术对攀枝花苏铁（Cycas panzhihuaensis）种质资源遗传多样性进行研究的实验过程中, 对影响PCR扩增效果的一些因素如DNA的提取、模板DNA质量浓度、Taq酶用量、引物用量、dNTP的用量以及退火温度等指标进行筛选和优化。试验结果表明,20μl的反应体系中采用15~25ng 的模板DNA、2.0~2.5mmol/L的Mg2 + 浓度、0.2mmol/L的dNTPs、0.2μmol/L ISSR 引物、0.2U Tag DNA 聚合酶、48 ℃~55 ℃(退火温度随引物不同而定)的复性温度,以及35个循环数为攀枝花苏铁ISSR—PCR 扩增条件的最佳选择。攀枝花苏铁ISSR—PCR 扩增条件的优化为进行攀枝花苏铁种群间遗传分化的研究奠定了基础。 相似文献
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香菇反转录转座子间扩增多态性（IRAP）PCR反应体系的研究 总被引：2，自引：0，他引：2
摘 要：为了开发香菇反转录转座子间扩增多态性标记(IRAP),建立稳定的IRAP-PCR反应体系,本文对影响IRAP-PCR的主要因素进行了优化筛选。确定了最佳反应体系为：20μl反应体系中,包含30 ng模板DNA,0.30μmol/L引物, 0.3mmol/L dNTPs,2.0 mmol/L Mg2+及0.75UTaq酶。梯度PCR试验筛选得到的最佳退火温度为56.1℃。采用上述最佳反应体系和引物LTR1L-MarY1L对香菇18个菌株进行了IRAP-PCR扩增,验证了该体系的可靠性。 相似文献
14.
白蜡属SSR-PCR反应体系优化及引物筛选 总被引：1，自引：1，他引：0
本研究建立了适合白蜡SSR-PCR反应的最佳体系,并利用该体系从50对白蜡引物中筛选出了3对条带清晰、多态性好的引物,用于白蜡SSR标记的进一步研究。该研究采用L16(45正交设计和单因素试验对影响白蜡SSR-PCR的Taq聚合酶用量、Mg2+浓度、DNA模板浓度、dNTP浓度和引物浓度等5个因素在4水平上进行筛选。优化后的白蜡SSR反应体系为：Mg2+ (25 mmol/L) 0.8μL、引物(10μmol/L) 0.2μL、DNTP (10 mmol/L) 0.3μL、Taq酶(5 U/μL) 0.05μL、DNA模板(5~10 ng/μL) 2.00μL、10×PCR缓冲液1.0μL,ddH2O 5.45μL,总体积10.0μL。该结果为今后利用SSR-PCR标记技术研究分析白蜡奠定了基础。 相似文献
15.
龙眼SRAP反应体系的建立和优化 总被引：3，自引：1，他引：2
采用分步优化的方法对影响龙眼SRAP-PCR反应的模板DNA用量、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、TagDNA聚合酶用量等进行了研究。确立了适合龙眼SRAP分析的反应体系,即体系总体积25μl,包含1×PCR Buffer ,Mg2+ 2.0mmol/L,dNTPs 0.5 mmol/L,引物0.3μmol/L,模板DNA 10ng, TaqDNA聚合酶1.5 U。结果表明,该体系能很好地满足龙眼基因组SRAP扩增的要求,SRAP标记应用于龙眼遗传研究是可行的。 相似文献
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湖南宽皮柑橘EST-SSR反应体系研究 总被引：3，自引：1，他引：2
首次以EST-SSR 技术应用于湖南宽皮柑橘的研究中,进行了引物的设计与筛选,建立了湖南宽皮柑橘的EST-SSR 的反应体系。共筛选了20对引物,其中12对引物扩增多态性较高,研究确定在25 uL的反应体系中, Mg2+浓度在2.5 mmol?L-1, dNTP 0.2 mmol?L-1,上下引物各为0.2umol?L-1, Taq酶浓度为1.0 U效果好 , 最佳PCR程序为94℃预变性１ min,然后94 ℃,1 min;52 ℃,1min;73 ℃,1min,45个循环,最后73 ℃延伸3 min,利用优化后的反应体系成功构建湖南宽皮柑橘EST-SSR的指纹图谱. 相似文献
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椰子ISSR体系优化 总被引：5，自引：0，他引：5
本实验旨在获得最佳的椰子ISSR－PCR反应体系,以海南本地高种和马来西亚高种为实验材料,采用单因素实验法将反应体系的五个主要因素设定五个梯度,根据每个因素量的变化对扩增结果产生的影响进行了研究;并利用梯度PCR仪得出引物807的最适退火温度为56.0℃;最后确定最佳反应体系为：总体积20μL,Taq聚合酶1.0U、Mg2＋浓度即10×Taq Buffer用量2.5mmol/L、模板DNA用量50ng、dNTPs浓度0.2mmol/L、引物浓度0.8μmol/L。 相似文献
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为了建立青蒿的SRAP最佳扩增体系,并筛选出SRAP多态性引物,本研究以青蒿叶片DNA为模板,采用正交试验设计,以Mg^2+、dNTP Mix、Taq DNA聚合酶、引物和DNA模板5种因素5个水平,对青蒿SRAP反应体系进行研究。结果表明,青蒿SRAP-PCR最佳反应体系为:引物0.6μmol/L、Mg^2+2.0 mmol/L、模板DNA 5.1 ng、Taq DNA聚合酶2.0 U、dNTPs 0.25 mmol/L,总体积为25μL。各因素对扩增反应均有不同影响,其中引物浓度的影响最大,dNTPs的影响最小。运用该体系对不同种质资源的青蒿进行验证,证明该体系稳定可靠,并在30个引物组合中筛选出了25对扩增条带清晰,多态性丰富的引物组合。这一结论为今后利用SRAP标记技术进行青蒿分子遗传学研究提供了科学依据。 相似文献