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1.
为了揭示水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)北方菌株的遗传结构组成,利用rep - PCR 技术对103个从辽宁、吉林、河北、山东稻区采集的Xoo菌株、9个标准小种(R1 -R9)代表菌株和13个水稻细菌性条斑病菌(X.oryzae pv.oryzicola,Xoc)菌株进行了遗传多样性分析.结果表明,ERIC -PCR和BOX-PCR分析均能较好地揭示出测试菌株的遗传多态性,分别获得了84种和90种分子谱型;在相似系数为70%时,ERIC -PCR将所有测试菌株聚类为17个簇群,其中1个为优势簇群;BOX - PCR将测试菌株聚类为10个簇群,其中2个为优势簇群.在相似系数为50%时,Xoo与Xoc测试菌株分别聚类为2个不同的簇群. 相似文献
2.
江苏省稻曲病菌的群体遗传结构 总被引：3，自引：0，他引：3
为了分析来源于江苏省徐州市、苏州市、南京市、盐城市和南通市的48个稻区稻曲病菌[Ustilaginoideavirens(Cook.)Tak.]的群体遗传多样性,通过Rep-PCR技术,用3对特异性引物BOX、REP和ERIC对48个菌株基因组DNA进行了PCR扩增,以彼此间的带位相似率达90%为界,BOX扩增的谱型被分为4簇,REP的谱型被分为4簇,ERIC的谱型被分为5簇。48个稻曲病菌株接种于感病品种两优培九上,被划分为3个致病力类型,其中弱致病性类型占50%,为优势致病性类型。由于参试菌株遗传多样性值最大(0.55),簇群分类与地理位置显著相关,所以BOX引物较其他两种引物更适合进行稻曲病菌的群体遗传多样性分析。群体遗传多样性值BOX为0.55,REP为0.44,ERIC为0.42,说明江苏省这5个地区稻曲病菌群体的遗传分化不明显,遗传多样性稳定。江苏省5大稻区48个稻曲病菌的BOX、REP、ERIC簇群分类与地理位置、致病性类型均无显著的相关性。 相似文献
3.
对江苏省道地药材茅苍术叶片可培养内生细菌的多样性及其固氮、解磷、解钾、产生长素的能力进行研究.依据菌落形态的不同,共分离得到52株内生细菌.能正常传代培养的45株内生细菌经ARDRA分析后归入14个聚类簇,簇内菌株的BOX-PCR指纹图谱相似度不高,在属水平上显示出茅苍术内生细菌丰富的多样性.各聚类簇代表菌株16S rDNA的序列分析表明分离得到的内生细菌与泛菌属、微杆菌属、短杆菌属、农杆菌属、假单胞菌属、芽孢杆菌属细菌亲缘关系相近,优势内生细菌与假单胞菌属细菌亲缘关系相近.45株能正常传代培养的内生细菌中,有10株能够在无氮培养基上正常生长,具固氮潜力.使用nifH基因通用引物对其基因组进行扩增后,除ALEB 33外,其它9株内生细菌均可获得与nifH基因片段大小相近的条带.分别使用NBRIP培养基和蒙金娜有机磷培养基筛选后获得19株和15株能够溶解磷酸钙和卵磷脂的内生细菌,其中ALEB 43溶解无机磷的能力最强,达(251.43±6.55) mg/L;ALEB 4A溶解有机磷的能力最强,达(23.63±1.46) mg/L.部分内生细菌溶解无机磷的能力与其产酸能力呈正相关,而菌株溶解有机磷的能力却无此相关性.通过硅酸盐培养基的筛选,获得具有解钾潜力的菌株24株.43株内生细菌能够将色氨酸转化为生长素,其中ALEB 44产生长素的能力最强,达(268.44±10.12) μg/mL.本研究首次揭示了江苏省道地药材茅苍术体内丰富的内生细菌资源及其促生长潜力,对进一步阐述茅苍术与内生菌之间的相互关系具有重要意义. 相似文献
4.
中国北方地区甘草根瘤菌表型及遗传多样性研究 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】了解中国北方地区甘草根瘤菌的生物多样性。【方法】采用表型数值分类、16S rDNA PCR-RFLP分析和BOX-PCR指纹图谱分析的方法对北方地区的甘草根瘤菌进行表型、遗传多样性分析。【结果】供试菌株在数值分类聚类分析中约85％的相似水平上产生2个表观群，有11株菌未与已知参比菌株聚群。16S rDNA PCR-RFLP分析表明，供试的20株菌共产生14种遗传型，表现出丰富的遗传多样性。BOX-PCR指纹图谱分析进一步证明与甘草共生的根瘤菌的基因组也具有多样性。【结论】在中国北方地区与甘草共生的根瘤菌在Sinorhizobium、Rhizobium和Mesorhizobium属中均有分布。 相似文献
5.
为了进一步研究云南省烟草赤星病病原的系统发育关系,提取28份供试菌株的菌丝基因组DNA,进行rDNA ITS序列及两侧ITS序列扩增。28个供试菌株与GenBank中登录的链格孢属7个种（包括5个小孢子种Alternaria citri,A．alternata,A．longipes,A．mali,A．gaisen和2个大孢子种A．porri,A．solani）14个菌株的序列进行聚类分析：42个菌株明显地分成两支,供试菌株与5个小孢子种聚为一个分支,序列同源性高达99％～100％,没有明显的地域性差异;但另2个大孢子种聚为单独的一支,明显地与供试菌株和其他5个小孢子种区分开。rDNA ITSl 58S ITS2序列在相对保守的基础上又存在一定变异,在一些菌物属的研究中可作为分类鉴定、分子标记、系统发育的重要依据,但通过对世界各地Alternaria菌株序列的分析发现,rDNA ITS1 58S ITS2仅能将大孢子种和小孢子种分开,还不能作为区分不同地域不同来源菌株的标准。 相似文献
6.
云南烟草靶斑病(Rhizoctonia solani Kühn)病原鉴定及其融合群研究 总被引：1，自引：0，他引：1
2016年云南省普洱市和临沧市烟草种植区大面积发生叶部病害,经鉴定为烟草靶斑病(Rhizoctonia solani Kühn),此病为云南烟区首次发现。广泛采集2个市的烟草靶斑病病叶标本59份,采用常规组织分离法获得58个菌株,将所获菌株分别与立枯丝核菌标准融合群菌株AG-1-IA、AG-2-1、AG-3、AG-4-HGⅡ、AG-5、AG-6GV、AG-8和AG-9进行载玻片对峙培养,并进行菌丝融合观察,结果表明:58个菌株均属于立枯丝核菌AG-3标准融合群,且不与其他标准融合群发生融合反应。随机选取云南省6个地区各1个代表性菌株,以待测菌株的基因组DNA为模板,利用真菌核糖体基因转录间隔区(ITS)通用引物ITS1和ITS4对病菌rDNA ITS序列进行PCR扩增,扩增产物序列在Gen Bank中进行BLAST同源性检索比对。应用MEGA 6.06软件和NeighborJoining法,分别计算遗传距离及构建系统发育进化树分析亲缘关系。基于5.8S rDNA-ITS区序列的系统发育树进一步分析,结果表明,Rhizoctonia solani菌株的ITS序列可明显的分为2个支系,同一菌株的不同ITS序列可分别存在不同的分支中,但所有菌株的序列均隶属相同的融合群即AG-3,且隶属相同融合群的不同菌株之间其序列的一致性可高达99%~100%。 相似文献
7.
中国主要稻区稻曲病菌的生物学特性及群体遗传多样性 总被引：5，自引：0，他引：5
【目的】明确采自中国10个水稻主产省份111个稻曲病菌（Ustilaginoidea virens）菌株的生物学特性、群体遗传多样性与地理区域的关系。【方法】采用生物学方法测定111个稻曲病菌菌株的产孢能力、生长速率和致病力,并采用SPSS 20.0软件对稻曲病菌菌株的产孢能力、菌丝生长速率及致病力进行相关性分析。提取111个稻曲病菌基因组DNA,采用3对特异性引物BOX、REP、ERIC对稻曲病菌菌株的全基因组DNA进行PCR扩增,通过聚类分析对其群体遗传多样性进行研究。【结果】111个稻曲病菌菌株的致病力与产孢量的Pearson相关系数为0.765,显著性概率为0.001;致病力与生长速率的Pearson相关系数为0.035,显著性概率为0.685。采用3对特异性引物BOX、ERIC、REP对稻曲病菌菌株的全基因组DNA进行了PCR扩增,群体遗传多样性值分别为0.73、0.62和0.60。111个稻曲病菌菌株的DNA用BOX引物分别扩增出7-13条不等的带谱,DNA指纹相似性在0.70相似水平上,供试菌株被划分为6种基因类群,其中第1类群为优势类型,有57个菌株,占总数的51.4％;来自安徽、四川、广西、湖北和云南的菌株主要划分在类群1和4,第2类群主要是来自江苏的菌株,有18个菌株,占总数的16.2%;第3类群是来自浙江的菌株,有8个菌株,占总数的7.2%;第5类群是来自黑龙江的菌株,有9个菌株,占总数的8.1%,第6类群是来自辽宁的菌株,有12个菌株,占总数的10.8％。稻曲病菌基因类群与地理区域之间有一定的相关性,与致病力、生长速率和产孢量之间没有相关性。【结论】来自中国10个省份的111个稻曲病菌菌株的致病力与产孢量之间具有显著相关性,相关程度为中等;致病力与菌丝的生长速率没有相关性。根据BOX-PCR扩增的稻曲病菌菌株基因组DNA指纹图谱的多态性进行划分的基因类群与地理区域之间显著相关,推测稻曲病菌属于局域性传播;基因类群与生物学特性之间没有相关性。 相似文献
8.
广东省稻瘟病菌DNA指纹分析初报 总被引：1，自引：0，他引：1
通过ＭＧＲ５８６探针与经酶解的稻瘟病菌基因组ＤＮＡ杂交，以彼此间ＲＦＬＰ单型带的位置相似率达８０％为度，把采用广东省不同地区的２８个病原菌分离物分簇划分成６个宗谱。被测菌株的ＲＦＬＰ单型的多样性显示我省稻瘟病菌复杂的亲缘关系。初步结果表明，病原菌宗谱与水稻品质的遗传背景有关。 相似文献
9.
云南滇西高原粳稻区白叶枯病菌遗传多样性初探 总被引：5，自引：0，他引：5
用IS-PCR和rep-PCR法分析了17个采自云南滇西高原粳稻区的水稻白叶枯病菌(Xanthomonasoryzaepv.O-ryzae)和7个其他地区的水稻白叶枯病菌的群体遗传多样性。用2个适合中国水稻白叶枯病菌的引物J3和ERIC对这24个菌系基因组DNA进行PCR扩增反应,J3引物有14条条带,ERIC引物有13条条带,2个引物呈现18种谱型。用PHYLIPVersion3.6软件UPGMA聚类分析法分析白叶枯病菌系之间的遗传距离,可将24个病原菌分为4簇,3个来自菲律宾的白叶枯病菌与中国的菌系距离较远,云南高原粳稻区分离的菌系十分复杂,4个簇中都有,但主要集中在2个簇中,共有14个菌系。 相似文献
10.
石斛属植物rDNA ITS序列的克隆与分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对24种石斛属植物的rDNA ITS序列进行克隆分析,以期为石斛属植物的分子鉴定和遗传多样性研究提供依据。以叶片基因组为模板,利用通用引物分别扩增24种石斛属植物的ITS序列,结果表明,ITS全长为634～646 bp,其中,58S序列的长度十分保守,均为164 bp;而ITS1和ITS2序列长度变异较大,分别为226～235 bp和241～247 bp。ITS1和ITS2序列具有丰富的变异位点,分别为176和166个;其中,信息位点分别为114和104个,发现了大量的转换、颠换和插入/缺失现象。而58S序列相对保守,有36个变异位点,其中信息位点16个。本研究表明,利用ITS序列可将本研究中的24种石斛属植物完全区分,这24种石斛属植物的遗传距离为0007～0302,其中鼓槌石斛和粟斑鼓槌石斛的遗传距离最小,亲缘关系最为接近;而金耳石斛与短棒石斛的遗传距离最大,亲缘关系最远。 相似文献
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流沙河流域土壤自生固氮菌数值分类及BOX-PCR研究 总被引：4，自引：0，他引：4
对分离自流沙河流域不同海拔高度土壤中的53株自生固氮菌,进行了数值分类及BOX-PCR分析。数值分析结果表明,供试菌株在碳、氮源的利用及抗逆性能等方面存在明显差异,表现出丰富的表型多样性,在82.6%相似水平处,所有供试菌株被分成17个表观群,其中第5和第12表观群最大,分别由9个和14个菌株组成,表明它们是该区域的优势自生固氮菌;BOX-PCR较好地揭示了不同菌株间的差异,供试菌株被划分成10个不同的遗传类群,聚群结果与数值分类有较好的一致性。 相似文献
12.
【目的】鉴定外生菌根真菌土生空团菌（Cenococcum geophilum Fr.（Cg））菌种，分析土生空团菌的遗传多样性，探讨影响土生空团菌遗传分化的因素。【方法】采用形态特征结合PCR方法，从分离自6种寄主植物的27个中国菌株和来自法国的5个Cg菌株中鉴定出20个Cg菌株。利用PCR-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）和随机扩增片断多态性DNA（RAPD）两种分子标记方法对这20个Cg菌株进行遗传多样性分析。【结果】PCR-RFLP方法以通用引物ITS1和ITS4对20个Cg菌株的核糖体DNA转录间隔区（ITS）进行了PCR扩增，扩增产物用3种内切酶（EcoRⅠ、HinfⅠ和MboⅠ）酶切，酶切图谱显示菌株间有明显差异。RAPD方法用经过筛选的随机引物（5'-CGCACCGCAC-3'）对20个菌株的基因组DNA进行PCR扩增，扩增产物的片段大小在300～2 000 bp范围之间，共产生19个多态性位点。根据电泳图谱上DNA带的数目、位置及强度进行数值化，用聚类分析软件计算菌株间的遗传距离和遗传相似性，根据遗传距离构建20个菌株的系统聚类图。【结论】来源于不同寄主及地域的20株Cg有着较丰富的遗传多样性；地理环境和寄主对Cg遗传多样性的影响不大。 相似文献
13.
为准确鉴定收集的4株蝉花(Cordyceps cicadae)并比较其产透明质酸能力,利用内转录间隔区(ITS)序列及随机扩增多态性DNA(RAPD)技术对蝉花菌株CC1502、CC1504、CC1601和CC1602进行分子水平鉴定分析。结果表明:ITS序列不能区分4个蝉花菌株;随机引物AP-A20、AP-D18和AP-H18能够对4个菌株进行差异性扩增,获得RAPD多态性条带。聚类分析结果表明,菌株CC1504与其他3个菌株的遗传相似性最低,而菌株CC1601和CC1602的遗传相似性最高。液体发酵结果显示,菌株CC1502和CC1504能够产生透明质酸,葡萄糖和蛋白胨分别为最佳碳源和氮源。蝉花菌株CC1502产透明质酸的能力最强,产量可达2.45mg·mL~(-1),具有良好的开发潜力。 相似文献
14.
为保护开发野生桑树桑黄种质资源,对17个不同来源的野生桑树桑黄菌株开展种内遗传多样性分析,利用简单重复序列间扩增(ISSR)分子标记技术对桑黄菌株DNA进行扩增,分析扩增条带,利用NTSYS软件构建亲缘关系UPGMA聚类图。结果表明:16条ISSR引物中,有10条ISSR引物多态性丰富,条带清晰;10条引物共检测到904个位点,其中,多态性位点717个,多态性百分比79.3%。在DNA指纹图谱中,引物P5、P812扩增条带多态性最高。NTSYS-PC2.10e软件分析表明,17个桑树桑黄遗传相似系数为0.57~0.99。UPGMA聚类分析结果显示,在遗传相似系数(GS)约0.65处,可将17个桑树桑黄划分为2大类群: S4,S23,S26为一大类群,其余为一大类群。综上可知,桑树桑黄种质资源具有丰富的遗传多样性,ISSR分子标记可有效区分不同桑树桑黄菌株。 相似文献
15.
10株镰刀菌rDNA内转录间隔区(ITS)序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
[目的]探索镰刀菌菌株间的系统发育关系。[方法]采用氯化苄法从分离的10株镰刀菌菌株中提取基因组DNA,对其内转录间隔区(ITS)序列进行PCR扩增和序列测定。采用Blast方法将测序结果在GenBank中进行同源搜索,采用邻接法构建其与相关菌株的ITS序列系统发育树。[结果]供试菌株分别位于系统发育树的3个分支上,7株与腐皮镰刀菌为一个分支,序列相似性为98.61%~100%。菌株F94与尖孢镰刀菌为另一个分支,序列相似性为100%。菌株F83和F97与Fusarium incarnatum为另一个分支。各分枝内序列相似性均较高,为97.61%~100%,而不同分枝间菌株序列相似性较低。[结论]ITS序列系统发育分析可为镰刀菌属种的鉴定提供参考依据。 相似文献
16.
选用48株分离自关中部分地区苜蓿的根瘤菌和34株已知参比菌株,进行了营养利用、抗生素敏感性和耐逆性等113项生理生化表型性状研究。结果表明:有7株菌对白霉素、青霉素和洁霉素耐受性较强;全部供试菌对去氧胆酸钠、刚果红、孟加拉红、甲基橙和百里香酚兰的耐受性较强;有2株菌能在40g/LNaCl的YMA培养基上生长;大部分菌株能在初始pH值11条件下生长。同时通过MINTS软件分析,得到数值分类树状图。在89%的相似水平上,所有的供试菌株聚在一个不含已知参比菌株的新表观群中,该表观群与已知参比菌株USDA1002和USDA1037在鉴别特征上存在着较为明显的差异。 相似文献
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CHEN Li-hong YAN Wei XU Yan 《中国农业科学(英文版)》2007,6(8):956-963
To identify Cenococcum geophilum Fr., estimate their genetic diversity and study the effects on their genetic variation, 27 Chinese C. geophilum isolates from 6 host plant species and 5 French C. geophilum isolates were analyzed using morphological and molecular methods. The universal primers ITS1/ITS4 were used in PCR-RFLP to amplify the rDNA internal transcribed spacer （ITS） of tested C. geophilum isolates. The amplified products were digested with EcoR Ⅰ, Hinf Ⅰ, and Mbo Ⅰ, and the digested fragments of PCR products showed that there were obvious differences. A random primer （5′-CGCACCGCAC-3′） was employed in RAPD to amplify the genomic DNA of C. geophilum, and 19 detectable and reliable DNA bands of 300-2000 bp size were observed. According to the number, position, and strength of the DNA bands in agarose gel, the genetic distance and the genetic similarity among C. geophilum isolates were calculated using the PopGen Ver. 1.31 dendrogram analysis software. A phylogenetic tree was constructed based on the genetic distance by the Neighbor-Joining/UPGMA in PHYLIP. The results suggest the high level of genetic diversity among C. geophilum isolates from the same or different hosts. The effects of geographical factors or host plant species on C. geophilum genetic variation are not obvious. 相似文献
18.
利用AFLP技术对山东省核桃主要分布区收集的55份核桃材料进行遗传多样性分析。结果表明,9对AFLP引物共扩增出566条谱带,其中440条为多态性条带,占总条带数的77.82%。聚类分析表明,材料间的遗传相似系数变幅为0.67～0.86;位点多态性信息含量(PIC)变幅为0.705～0.904,平均值为0.786;在遗传相似系数0.738水平上,55份核桃种质资源可聚成3大类。AFLP标记揭示出该55份核桃各群体之间存在较大遗传变异,各地区群体内遗传相似系数较高。 相似文献