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1.
【目的】InDel(insertion/deletion,插人/缺失)在基因组上数量多、分布广。InDel标记是近年来发展的一种新型共显性分子标记,以PCR技术为基础,检测方便、经济有效,且准确性高、稳定性好。因此,InDel标记已经广泛应用于动植物的基因型鉴定、遗传多样性分析、基因定位以及功能标记开发等。但是,目前菜豆资源遗传变异的InDel分子标记研究尚知之甚少。【方法】利用已报道的菜豆InDel序列,合成InDel引物,通过普通PCR扩增,检测25份菜豆种质资源的InDel多态性位点,分析遗传多样性参数,进行UPGMA聚类分析,结合菜豆籽粒农艺性状评价,研究菜豆种子遗传变异特点。【结果】25份菜豆的种子表型差异明显,包括单粒长度、单粒宽度、单粒厚度、百粒质量等。种皮的颜色大致可划分为纯色和花色两个系列。纯色主要包括为黄色(7份)、黑色(5份)、白色(4份)和红色(1份);种皮花色的类型包括红色带黄斑(4份)、黄色带红斑(2份)、红色带白斑(1份)和黄色带白斑(1份)。12对InDel多态性引物在25份菜豆中,共探测到26个InDel位点,平均位点数是2.17个。引物的平均有效等位位点数为1.78个,多态信息含量PIC平均值是0.33,期望杂合度(He)平均值为0.42,观察杂合度(Ho)平均值为0.52,群体的遗传多样性指数I为0.63。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似性系数为0.54时,25份菜豆资源可分为5个类群,聚类结果与其种皮颜色存在一定相关性。【结论】12个InDel标记检测出25份供试菜豆资源的中等遗传多样性水平,并揭示其种皮颜色的遗传分化特点。这将有助于菜豆遗传资源的评价、鉴定和保护利用等分子生物学研究。 相似文献
2.
【目的】了解辣椒种质材料的疫病抗性水平及材料的遗传多样性,以便为建立辣椒核心种质库和
辣椒抗疫病育种改良提供参考。【方法】采用改良后的辣椒疫病灌根接种法鉴定了 96 份辣椒种质材料的疫病抗
性水平,并利用全基因组筛选出的 20 个 SSR 分子标记对其进行遗传多样性分析。【结果】供试 96 份辣椒种质
材料中,免疫材料仅 1 份,高抗材料有 6 份,抗病材料有 24 份,感病和高感材料 分别有 53 份和 12 份,与田间
表现基本一致。遗传多样性分析结果显示,20 个 SSR 分子标记共检测出 79 个等位基因位点,每个标记检测到
的等位基因数为 2~9 个,平均等位基因数为 3.95 个;Shannon 信息指数在 0.2992~1.9893 之间,平均值为 0.9513,
表明所选用的 20 个 SSR 分子标记遗传多态性较高;Nei’s 遗传多样性指数在 0.1614~0.8440 之间,平均值为 0.5259,
表明材料间遗传多样性高。聚类分析结果显示,在遗传距离 0.37 处可以将供试材料分为 3 个大类群,分别包含
3、14、79 份材料,另外还有 8 组材料间的遗传距离接近为 0。【结论】改良后的辣椒疫病灌根接种法适用于辣
椒疫病鉴定,其结果与田间表现基本一致,且更简便。筛选出的 20 个 SSR 分子标记遗传多态性较高,适用于辣
椒种质材料的遗传多样性分析。96 份辣椒种质材料来源丰富,但存在同质材料,在种质保存时可以适当舍弃部
分材料。 相似文献
3.
广东花生品种遗传多样性ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】为花生种质资源的保存、评价、利用以及杂交亲本的选择提供依据,提高花生育种效率。【方法】用CTAB法提取花生基因组DNA,利用ISSR分子标记分析35份花生材料的遗传多样性和亲缘关系。【结果】筛选的11个ISSR引物从35份材料中扩增出60条清晰条带,其中37条具有多态性,多态性比率为61．67％,种质问遗传相似系数变化范围为0．65～0．97,平均值为0．820通过聚类分析,在35份材料中有33份材料可聚为一大类,而湛油26和湛油37独自聚为一类。【结论】广东省花生品种的遗传相似性较高,多态性不丰富,遗传基础极为狭窄,遗传改良后劲不足,高产优质、专用多抗品种的选育还需要引进优良外来亲本。 相似文献
4.
【目的】以菜心抗小菜蛾品种Caixin65和感小菜蛾品种Caxixin69及其杂交后代所得的54份F2∶3家系为实验材料,利用SCo T标记检测亲本及子代分离群体的遗传多样性,为新品种选育和分子标记辅助育种提供基础材料和理论基础。【方法】利用筛选的17条SCo T引物检测54份菜心F2∶3家系及2个亲本的遗传多样性。【结果】17对引物共扩增出条带161条,其中多态性条带共61条,多态性条带百分率为38.80%;平均每条引物扩增出条带9条,其中多态性条带4条。平均多态性位点百分率为45.02%,平均观察等位基因数(Na)为1.1613;平均有效等位基因数为1.3184;平均Shannon多样性指数(I)为0.2723;平均期望杂合度(He)为0.1865;平均Nei遗传距离为0.225。表明多数家系的分子遗传距离相近,F2∶3家系的遗传多样性较低,但少数家系之间已经发生了遗传多样性变化。在Nie遗传距离0.080之处,可以将56份菜心分为5类。SCo T标记没有检测出多数家系间的显著的基因组变化,少数家系呈现出Sco T多态性,表明SCo T标记可以继续用于优异家系选育。【结论】SCo T标记具有操作简单、重复性高、多态性较丰富等优点,通过SCo T检测表明大部分菜心F2∶3家系间遗传距离接近,但少数家系间已经发生了分离,将SCo T标记用于菜心F2分离群体的遗传多样性检测,结合表型筛选将有助于品种选育效率的提高。 相似文献
5.
利用SRAP和SSR标记对汉中地区主要油菜品种的遗传多样性分析 总被引：1，自引：1，他引：0
《四川农业大学学报》2013,(4):370-376
【目的】掌握陕西省汉中地区主要推广油菜品种的遗传多样性,了解其遗传背景,明确各品种间的亲缘关系,为油菜育种提供理论依据。【方法】利用24对有多态性的SRAP标记和17对SSR标记,PCR扩增采用复性变温法,对34份陕西省汉中地区主要推广的油菜品种资源进行遗传多样性分析。【结果】2种不同的复性温度都取得了好的扩增条带,SRAP标记共检测到145个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SRAP位点的遗传多态性信息含量在0.190.74之间,平均值为0.48。供试材料的遗传相似系数集中在0.560.74之间,平均值为0.48。供试材料的遗传相似系数集中在0.560.94之间。SSR标记共检测到99个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.120.94之间。SSR标记共检测到99个等位变异,平均每个标记检测到6个等位变异,每个SSR位点的遗传多态性信息含量在0.120.74之间,平均值为0.40,遗传相似系数集中在0.620.74之间,平均值为0.40,遗传相似系数集中在0.620.91之间。【结论】SRAP标记的遗传多态性比SSR标记高,SRAP标记聚类更接近系谱分析。陕西省汉中地区主要推广的油菜品种遗传相似度较高,亲缘关系较近。 相似文献
6.
小麦果聚糖合成酶基因6-SFT-A单核苷酸多态性分析及其定位 总被引：3，自引：1，他引：2
【目的】小麦果聚糖合成酶基因6-SFT是果聚糖合成过程中的关键酶基因,研究6-SFT-A的多态性,分析其与小麦苗期抗旱性的关系,并进行遗传定位。【方法】以苗期抗旱性不同的30份六倍体小麦和4份小麦A基因组供体种乌拉尔图小麦为材料,通过直接测序分析6-SFT-A的单核苷酸多态性（SNP）及其与抗旱性的关系;开发基因分子标记,利用RIL群体（偃展1号×内乡188）对该基因进行遗传定位。【结果】在30份六倍体小麦材料中检测到14个核苷酸多态性位点,包括13个SNP和1个InDel,平均234 bp检测到一个多态性位点,仅在1 727和1 781 bp 2个位点检测到非同义突变;在4份乌拉尔图小麦中检测到28个SNP和4个InDel,其频率明显高于普通小麦。该基因的内含子1、2、3和外显子3为变异富集区,其它区域变异较小,外显子2变异最小,π值为0。34份材料分为3种单倍型,HaplⅠ主要包括中等抗旱材料和水敏感材料,Hapl Ⅲ中主要包括强抗旱材料和中等抗旱材料。利用RIL群体将该基因定位于染色体4A的标记Xcwm-27与Xwpt688之间,遗传距离分别为5.3和7.9 cM。【结论】单倍型分析表明,小麦果聚糖合成酶基因6-SFT-A单倍型与小麦苗期抗旱性有一定的相关性。 相似文献
7.
【目的】基于全基因组重测序结果,开发与高蛋白、耐荫、抗倒伏等性状紧密相关的分子标记,同时利用开发的分子标记构建遗传连锁图谱,并对籽粒蛋白质含量进行QTL定位,为后续高蛋白、耐荫、抗倒育种研究提供参考和分子标记资源。【方法】以大面积栽培品种南豆12和地方品种十月黄为亲本,构建F2分离群体。对亲本材料进行覆盖度约为40×的全基因组重测序,用BWA、GATK及Breakdancer等软件比对,检测亲本材料在全基因组范围内的突变类型,挖掘相关变异基因。结合种子不同发育时期和荫蔽处理获得的转录组数据,结合qRT-PCR对发生突变的储藏蛋白、环境适应相关基因进行表达规律分析。同时,基于重测序数据,挖掘亲本间存在于基因编码区的SNP位点,对其进行酶切位点分析,将SNP标记转化为CAPS或dCAPS标记。此外,搜索亲本间存在的插入/缺失变异位点,在插入/缺失位点两侧高度保守的区域设计引物开发InDel标记。对开发的CAPS标记和InDel标记进行多态性筛选,选取具有多态性的CAPS分子标记和InDel标记,对F2材料进行基因分型。根据分型结果,利用JoinMap 4.0软件进行遗传连锁图谱的构建。依据构建的遗传图谱,结合近红外分析获得F2材料的籽粒蛋白质含量数据,使用Windows QTL Cartographer V2.5软件对大豆籽粒蛋白质含量进行QTL分析。【结果】测序结果显示,南豆12大量储藏蛋白、环境适应相关的重要基因或同源基因发生突变。转录组数据分析结果显示部分变异基因呈现不同的表达模式且差异显著,qRT-PCR分析进一步验证了该结果。此外,经检测开发的540个CAPS分子标记中有332个具有酶切多态性,300对InDel引物中有201对引物能扩增出多态性。基于533个多态性分子标记构建了一张包含20个连锁群的遗传连锁图谱,覆盖长度2 973.87 cM,标记间平均遗传距离5.58 cM。利用此图谱对大豆籽粒蛋白质含量进行QTL定位,共检测到QTL位点6个,可解释4.68%—18.25%的表型变异。【结论】基于亲本间的变异位点,共开发了533个多态性分子标记（包含8个基因特异性分子标记）,检测到6个大豆籽粒蛋白质含量QTL位点,其中,主效QTL位点1个（qSPC-6）。 相似文献
8.
【目的】为花生种质资源的保存、评价、利用以及杂交亲本的选择提供依据,提高花生育种效率。【方法】用CTAB法提取花生基因组DNA,利用ISSR分子标记分析35份花生材料的遗传多样性和亲缘关系。【结果】筛选的11个ISSR引物从35份材料中扩增出60条清晰条带,其中37条具有多态性,多态性比率为61.67%,种质间遗传相似系数变化范围为0.65～0.97,平均值为0.82。通过聚类分析,在35份材料中有33份材料可聚为一大类,而湛油26和湛油37独自聚为一类。【结论】广东省花生品种的遗传相似性较高,多态性不丰富,遗传基础极为狭窄,遗传改良后劲不足,高产优质、专用多抗品种的选育还需要引进优良外来亲本。 相似文献
9.
【目的】本研究旨在为紫花苜蓿分子育种提供基础。【方法】基于SSR分子标记,对20份新疆紫花苜蓿种质资源进行遗传多样性分析,用梯度PCR仪对50对SSR引物进行扩增筛选,筛选出多态性好的引物用于20份种质材料的研究。【结果】从50对SSR引物中筛选得到9对多态性引物,共扩增出199个条带,多态性条带179个,多态带百分率89.95%。20份种质的遗传距离在0.010 4~0.086 0之间,Nei’s基因多样性指数和Shannon信息指数的平均值分别为0.164 0和0.254 4。UPGMA聚类分析显示:20份苜蓿材料在遗传相似系数为0.957 1时可分为5个类群。【结论】来自新疆的紫花苜蓿种质资源具有丰富的遗传多样性,种群间发生了较高的遗传分化。 相似文献
10.
黑果枸杞基因组SSR标记开发及遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】开发黑果枸杞基因组SSR标记并验证其有效性,为黑果枸杞SSR分子开发应用提供依据。【方法】利用Illumina Hiseq 2500测序平台对2年生的黑果枸杞Lr-01无性系的基因组进行PE150测序,用MISA软件对获得的基因组序列进行检索与分析。在此基础上,以18份宁夏枸杞、1份中国枸杞、23份黑果枸杞和6份其他枸杞种质为供试材料,利用Primer 3.0设计SSR引物,进行SSR引物筛选和多样性验证。【结果】在黑果枸杞中共检索到2 326条Scaffolds, 含有2 494个SSR位点,每5.29 kb就有1个SSR位点,优势重复基序为单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸,分别占总SSR位点的59.18%,27.11%和11.75%。重复基元类型共21种,其中类型最多的为单核苷酸重复A/T,占总数的56.05%;其次为二核苷酸重复AT/AT,占总数的12.35%。从设计的SSR引物中,随机挑选合成150对引物进行PCR扩增,筛选出10对高多态性SSR引物,分析其在48份枸杞种质中遗传参数,结果共检测到186个等位基因,平均为19个;观察杂合度、期望杂合度和多态信息含量平均值分别为0.615,0.834和0.817。UPGMA聚类分析结果表明,48份枸杞种质被分为2个类群,其中类型Ⅰ包括23份种质,全部为黑果枸杞;类型Ⅱ包括25份种质,主要为宁夏枸杞。分析结果显示,48份枸杞种质群体结构和群体种质资源遗传结构均可分为2个类群,与聚类分析结果基本一致。【结论】通过高通量测序技术开发黑果枸杞SSR标记是一种简单而高效途径,这些SSR标记为黑果枸杞种质资源的遗传多样性分析及遗传图谱构建等研究提供了可靠的标记选择。 相似文献
11.
曾晶 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2015,(2):133-139
为了最大限度地弥补SSNIP测试不精确与无法涵盖所有现实情况的短板，世界各国反垄断执法机构在其实践中，发掘出一系列辅助性分析方法，如价格弹性分析法、价格差异分析法、价格相关性分析法等。我国作为反垄断的后发国家，尚没有完全掌握相关市场的界定方法，尤其是SSNIP测试的具体操作，因而对这些辅助性分析方法进行研究将有利于我国形成一套行之有效的相关市场界定方法，从而促进我国反垄断的有效执法。 相似文献
12.
王火红 《农业图书情报学刊》2010,22(6):74-78
运用文献计量学方法,对人大《复印报刊资料》G9分册《图书馆学、信息科学、资料工作》2008年所载论文的载文、作者情况进行文献计量分析,揭示该刊载文的特点及规律。 相似文献
13.
周秋霞 《农业图书情报学刊》2007,19(11):163-165,168
运用文献计量学方法，对2006年《西安邮电学院擘报》所载的学术论文、作者及引文情况进行统计分析，从中归纳出该刊一些特点。该刊通信、计算机科学载文较高，这体现了本校科研方向和专业特色。而所载文章作者地区分布很不平衡，主要集中在本省。篇均引文量偏低。 相似文献
14.
《图书与情报》2000-2002年载文、作者及引文统计分析 总被引：4，自引：1，他引：4
殷黎 《农业图书情报学刊》2004,15(7):80-82,88
本文采用文献计量学的方法，对2000—2002年出版的《图书与情报》载文、作者及引文情况进行统计和分析，归纳该刊的载文、作者及引文特点。 相似文献
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逐步回归及通径分析在主成分分析中的应用 总被引：5，自引：0，他引：5
[目的]探讨多指标体系中对测定指标的评价、排序及简约,实现对多指标体系的降维.[方法]举例将逐步回归分析和通径分析引入主成分分析中.[结果]测定指标对主成分逐步回归分析保留了对主成分影响显著的指标,剔除了对主成分作用较小或存在共线性的指标;通径分析揭示了测定指标对主成分的直接影响和间接影响体现了指标间的相互作用.通径分析中测定指标对主成分决定系数的分解结合主成分特征值的百分贡献率可对测定指标进行评价,提取反映总体主要信息,真正实现测定指标的简约.[结论]主成分分析结合逐步回归分析和通径分析可对多指标体系中的指标进行评价,实现测定指标的真正降维. 相似文献
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The quantification of the plant phenotype via image analysis has the potential to objectively evaluate its growth and quality, and is compatible with databases which aim to combine phenotypic and genotypic data. The muskmelon epidermis netting is one of the most important phenotype traits, because it directly reflects fruit’s growth condition and directly relates to the commercial value of the product. Classical measures of muskmelon netting, including netting coverage rate, netting (non-netted, sparsely netted, partially netted and completely netted), and wrinkled skin or not, are employed study in breeding and cultivation. These measurements were proven to be sufficient for some studies. However, they are less well suited for quantifying changes in the netting distribution and the last two methods are mainly through subjective evaluations by eyes. This study focuses on the benefits of multifractal and lacunarity analysis in quantifying the muskmelon epidermis netting. We applied the multifractal analysis and lacunarity analysis on three cultivars (Wanglu, Feicui and Luhoutian) and four different growth stages. Their efficiencies were proved by comparison to the classical texture features (co-occurrence matrices, Gabor filters and the wavelet transform) in supervised classification processes (AdaBoost and support vector machine classifiers). Based on the images from growth monitoring system, some image processing-mathematical morphology operations, the watershed transformation and overlap were used before analysis. We found that the epidermis netting showed fractal properties. Comparisons among cultivars showed that the extracted generalized dimensions of netting were significantly different while their coverage rate is less different. The generalized dimensions D0, D1, D2 and the lacunarity parameter b could be used to discriminate netting from different growth stages. Using multifractal analysis and lacunarity analysis, we present an automated extraction tool of the muskmelon epidermis netting. These results demonstrate that multifractal dimension and lacunarity are valuable additions to classical measures of epidermis netting. Features obtained by combining fractal, lacunarity, multifractal features contributed to new texture characterization and complementary for classical features (co-occurrence matrices, Gabor filters and the wavelet transform) used in fruit epidermis netting. 相似文献
17.
凡纳滨对虾新品系体形性状对其体质量的影响 总被引：2，自引：0，他引：2
以凡纳滨对虾(Litopenaeus vannamei)为材料,对其体质量(y)、全长(x1)、体长(x2)、头胸甲长(x3)、第1腹节高(x4)、第1腹节宽(x5)、第3腹节高(x6)和第3腹节宽(x7)等8个性状进行了测定,通过相关分析、逐步回归分析和通径分析的方法,计算了各性状间的相关系数、通径系数和决定系数,分析了不同体形性状对体质量的影响并建立性状对体质量的回归方程。结果表明:8个表型性状之间的简单相关系数均达到极显著水平(P0.01);逐步回归分析建立了全长、体长、第3腹节宽和第1腹节宽对体质量的回归方程,y=0.069x1+0.202x2+0.336x5+0.577x7-28.026(R2=0.955)。通径分析结果表明体长对体质量的直接影响程度最大,其次是全长、第3腹节宽和第1腹节宽。2个性状对体质量的共同作用中,体长和全长对体质量的共同作用最大,其次为体长和第3腹节宽。 相似文献
18.
杨林娜 《农业图书情报学刊》2007,19(9):141-143
运用文献计量学的方法,对《图书馆学刊》(2006年)载文、作者进行统计分析,从中总结一些规律,为图书馆学情报学学科的研究与发展提供参考依据。 相似文献
19.
【目的】揭示大果甜杨桃叶片表型性状的多样性及挖掘其优异种质资源,提高优胜大果甜杨桃种
质资源的保护和利用水平。【方法】以广西壮族自治区农作物品种审定委员会审定的 5 种大果甜杨桃种质资源
为研究材料,对 6 个复叶性状、3 个顶生小叶性状和 3 个侧生小叶性状进行测定,通过变异分析、相关性分析、
主成分分析和聚类分析研究其叶片表型及多样性特征。【结果】12 个性状的变异系数范围为 9.97%~28.94%,平
均变异系数为 16.86%,多样性较为丰富;大果甜杨桃叶片 12 个表型性状间存在不同程度的相关性,可为其叶片
性状的改良提供一定的理论依据;主成分分析将 12 个数量性状分为 4 个主成分,累计方差贡献率为 80.723%,
可作为大果甜杨桃叶片性状选择的综合指标;聚类分析结果表明,当平方欧氏距离为 5 时,将所有材料分为 3
个类群,第 2 类群在复叶长、复叶宽、复叶主轴长等 9 个表型性状指标中均最优,可作为叶片性状育种优先考
虑的种质资源。【结论】综合各供试杨桃品种表型性状的变异分析、相关性分析、主成分分析等分析结果,大
果甜杨桃 2 号在复叶长、复叶宽、复叶主轴长、复叶鲜质量、小叶数量、顶生小叶长、侧生小叶长、侧生小叶
宽和侧生小叶鲜质量 9 个表型性状指标中表现较优,可作为叶片性状育种优先考虑的品种。 相似文献
20.
利用安化国家基本气象站1980~2010年大气能见度观测资料,选取不受气象因素影响的数据,利用百分位分析法、等级分析法、Ridit分析法和小波分析,研究了安化山区大气能见度的变化趋势。结果表明:安化大气能见度整体上呈下降趋势,"较差"大气能见度出现频率明显增加,20世纪90年代大气能见度水平反常优于80年代,这在很大程度上由人类活动和降水偏多造成的。相对国内其他大城市而言,安化山区年和季大气能见度年际波动特征十分显著,这与山区复杂的气候特征、地形地貌是分不开的。复Morlet小波分析表明,1980~2005年的年Ridit值周期变化比较明显,周期为7年左右。 相似文献