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应用高通量测序技术对宁夏中卫地区不同连作年限硒砂瓜土壤细菌群落结构和多样性进行研究,旨在揭示不同连作年限对硒砂瓜土壤细菌群落结构的影响。结果表明:随着连作时间的增加,细菌多样性指数和丰富度指数逐渐增加。从5份不同连作年限硒砂瓜土壤样本中共获得39门、98纲和620属的细菌;优势门为放线菌门(Actinobacteria)、变形菌门(Proteobacteria)、绿弯菌门(Chloroflexi)、酸杆菌门(Acidobacteria);随着连作时间的增加,放线菌门、酸酐菌门丰度先增加后降低,变形菌门丰度逐渐降低,绿弯菌门丰度呈先降低后增加又降低现象;优势纲分别为放线菌纲(Actinobacteria)、酸杆菌纲(Acidobacteria)、α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、芽单胞菌纲(Gmmatimonadetes)、杆菌纲(Bacilli)、热原体纲(Themomicrobia)、γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria);优势目为norank_c_Acidobacteria、芽孢杆菌目(Bacillales)、芽单胞菌目(Gemmatimonadales)、根瘤菌目(Rhizobiales)。RDA分析表明,有机质、速效磷是硒砂瓜连作土壤细菌群落组成的主要影响因子。研究表明,引起硒砂瓜连作障碍发生主要因素不是由于土壤理化性质变化引起的,而是随着连作时间的增加,放线菌门、变形菌门、绿弯菌门、酸杆菌门、厚壁菌门等有益微生物丰度下降造成的。 相似文献
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基于高通量测序的南泥湾湿地土壤细菌多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究南泥湾湿地细菌群落类群结构,本研究利用Illumina高通量测序技术,对土壤样品中细菌的16S rRNA基因进行测序分析。各样地共检测到细菌类群27门、106纲、163目、306科、534属,主要的优势菌门为变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)和酸杆菌门(Acidobacteria),主要的优势菌纲为α-变形菌纲(Alphaproteobacteria)、β-变形菌纲(Betaproteobacteria)和γ-变形菌纲(Gammaproteobacteria)。不同退化湿地土壤细菌的数量和种类各不相同。随着退化程度加深,土壤细菌群落多样性降低,南泥湾湿地土壤细菌菌种多样性在不同退化阶段的差异较大。通过典型对应分析发现,土壤p H值、有机质和全钾对南泥湾湿地土壤细菌分布影响较大。人为开垦活动会降低土壤微生物多样性,退耕还湿措施对湿地微生物群落结构有影响。 相似文献
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准格尔露天矿区复垦对土壤细菌多样性的影响研究 总被引：2，自引：0，他引：2
运用PCR-DGGE技术对我国准格尔露天煤矿不同复垦时间土壤细菌组成及其多样性变化进行了研究,结果表明:1)复垦区的土壤细菌主要是厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门、变形菌门、酸杆菌门、芽单胞菌门和未知细菌类7类,其中,放线菌门、拟杆菌门和变形菌门为优势类群,占到全部细菌的81.2%;2)成功完成矿山土壤样品微生物总DNA提取和PCR-DGGE的分析检测,在69个测序序列中,不可培养细菌占到总数的62.3%;3)各复垦阶段存在共有细菌类群,但更多的细菌类群是随复垦时间不同而发生变化的。4)豆科-禾本科牧草种植区的土壤细菌多样性指数要高于乔灌草类型,这可能与豆科植物中丰富的根瘤菌利于土壤细菌生长发育有关。 相似文献
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大豆胞囊线虫Heterodera glycinesIchinohe病害是大豆生产中的毁灭性病害,对世界大豆生产造成重大损失。采用根染色法和常规土壤线虫分类鉴定技术研究了连作和轮作两种耕作方式下大豆胞囊线虫群体数量和土壤线虫群落结构的变化。结果表明,连作使大豆田土壤中胞囊和根系上各龄期胞囊线虫数量显著增加(95.6→335.5),而轮作积累很少(10.3→31.8),感病品种中J2的侵入数量决定了大豆胞囊线虫形成胞囊的数量(22.8→95.6,129.4→335.5)。玉米-玉米-大豆的轮作方式使胞囊积累最少(10.3)。轮作大豆田土壤线虫总数高于连作,主要由于轮作大豆田土壤线虫的优势属Helicotylenchus和优势营养类群植物寄生线虫PP的相对丰度高于连作,但大豆胞囊线虫的相对丰度正相反,连作(33.65%)高于轮作(0.91%),说明Heterodera glycines可以作为土壤线虫的关键属种用以指示土壤发病的严重程度。研究中重要的优势属和关键属种cp值均为3,说明其繁殖和抗干扰能力比较强。研究证明土壤线虫优势营养类群、优势属种和关键属种可以有效地指示农业土壤健康状况和大豆田的大豆胞囊线虫病害的发生程度。 相似文献
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小麦幼苗内生菌多样性的宏基因组分析 总被引：3，自引：1，他引：2
小麦是世界各地广泛种植的重要禾本科作物,在生长过程中与内生菌形成和谐共生的微生态体系,内生菌次生代谢产物具有抗病、防虫与促生等重要作用。宏基因组技术是研究环境微生物及内生菌多样性的重要手段。本研究首先富集纯化幼苗期小麦内生菌的宏基因组DNA,PCR扩增内生细菌的16S rDNA及内生真菌rDNA-ITS序列,构建了大肠杆菌克隆文库,选取阳性克隆测序。根据16S rDNA信息及系统进化树对内生细菌群初步分析,划分为9个分类操作单元(operational taxonomic unites,OTUs),主要包括γ-变形菌纲肠杆菌科(95.59%)、梭菌纲(1.47%)及不可培养细菌(2.94%),其中肠杆菌科菌群为优势菌。内生真菌rDNA-ITS克隆序列根据序列相似性和系统发育分析划归为13个OTUs,主要为不可培养真菌(37.50%)与子囊菌(62.50%),后者分属于半子囊菌纲(30.00%)、座囊菌纲(5.00%)与粪壳菌纲(27.50%)3个菌纲,其中不可培养真菌为优势菌。上述研究结果表明小麦幼苗内生菌遗传多样性分布较广,本研究为进一步挖掘利用小麦内生菌资源提供了基础信息。 相似文献
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《中国植保导刊》2018,(11)
为明确山西省临汾市小麦—玉米轮作田土壤微生物多样性,采用高通量技术对该市洪堡国家试验基地小麦—玉米轮作田土壤微生物细菌16S r RNA和真菌ITS区进行了序列测定,并分析了土壤微生物群落特征。结果表明,获得细菌OTUs 522个,真菌OTUs 397个。物种分类显示,细菌隶属于21门46纲83目140科190属;其中,放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)为土壤细菌中的优势种群,相对丰度分别为25.21%和25.20%。真菌隶属于7门20纲43目79科142属;其中,子囊菌门(Ascomycota)为优势种群,相对丰度为66.81%。 相似文献
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采用未培养技术直接从根结线虫保护地土壤样品中提取微生物总DNA,分别构建土壤细菌和放线菌的16S rRNA基因克隆文库,通过Hinf Ⅰ和Hae Ⅲ限制性内切酶分别对两个基因文库中的克隆进行ARDRA分析,构建细菌和放线菌克隆文库的系统发育树,分析主要种群的组成.结果表明:根结线虫保护地土壤细菌种群主要包括α、γ、β变形细菌亚群,拟杆菌门,放线菌门等类群,其中能引起植物根癌病的根癌农杆菌所占比例较大.放线菌种群大约83.4%的克隆属于放线菌亚纲,放线菌亚目,包括微球菌亚目、小单胞菌亚目、丙酸杆菌亚目、棒状杆菌亚目和链孢囊菌亚目等,其余为未分类放线菌种类. 相似文献
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茴香轮作调控土壤细菌群落缓解三七连作障碍的效应及机制 总被引：1，自引：0，他引：1
三七是我国特有的中药材，但连作障碍严重制约了其产业发展，轮作是生产上最常用且有效的缓解措施。本研究在三七收获后的土壤上轮作茴香，通过测定轮作土壤水浸液对三七存苗的影响来评价轮作对三七连作障碍的缓解效果，并从轮作对土壤细菌群落的影响方面深入阐释轮作缓解连作障碍的机制。结果表明，茴香轮作后的土壤水浸液可以显著提高三七的存苗率。土壤细菌分析表明，茴香轮作后土壤细菌群落发生了明显改变。细菌的丰富度增加，相对丰度>1%的优势菌门变形菌门Proteobacteria和放线菌门Actinobacteria的相对丰度呈增加趋势。属水平上，轮作茴香使66个属的相对丰度显著增加，其中相对丰度>0.2%的优势菌属有14个；30个属的相对丰度显著降低，其中优势菌属有8个，总体上看相对丰度显著增加的属多于显著降低的属。在相对丰度显著增加的优势菌属中包含常见的拮抗菌属假单胞菌属Pseudomonas和芽孢杆菌属Bacillus细菌。本研究也分离到2株假单胞菌和1株芽孢杆菌对三七根腐病菌腐皮镰刀菌Fusarium solani和Monographella cucumerina具有明显的拮抗活性。因此，轮作茴香可以改善三七连作土壤细菌群落结构，增加土壤中拮抗细菌的丰度，提高三七的存苗率。生产上利用茴香与三七轮作对缓解连作障碍具有一定潜力。 相似文献
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为探明河北昌黎野生大豆内生细菌的多样性,寻找新的具有杀线虫活性的微生物资源,采用平板稀释法从野生大豆根、茎、叶等组织中分离内生细菌,结合形态特征以及16S rDNA基因序列进行比对分析,并对大豆孢囊线虫Heterodera glycines进行杀线虫活性比较.从野生大豆分离获得内生细菌180株,分属于7大类群:变形菌门α亚群、变形菌门β亚群、变形菌门γ亚群、厚壁菌门、放线菌门、酸杆菌门和疣微菌门,其中变形菌门α亚群和厚壁菌门为优势类群,分别占分离细菌总株数的48.9％和18.9％,野生大豆组织内生细菌Shannon-Wiener多样性指数为2.11 ～2.91.内生细菌Bacillussubtilis WSR93和B.megaterium WSR22菌株能明显地抑制大豆孢囊线虫卵的孵化,相对抑制率分别为97.9％和98.2％,对2龄幼虫也有较强的毒杀作用,校正死亡率分别为88.9％和90.9％.研究表明,野生大豆组织中内生细菌具丰富的多样性,其胞外分泌物中存在天然杀线活性物质. 相似文献
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Soil bacterial communities have significant influence on soilborne plant pathogens and, thus, crop health. The present study focuses on ribotyping soil bacterial communities in different peanut-cropping sequences in Alabama. The objective was to identify changes in microbial assemblages in response to cropping sequences that can play a role in managing soilborne plant pathogens in peanut. Four peanut-cropping sequences were sampled at the Wiregrass Research Station, Headland, AL in 2006 and 2007, including continuous peanut, 4 years of bahiagrass followed by peanut, peanut-cotton, and peanut-corn-cotton. Soil sampling was done at early and mid-season and at harvest. Bacterial community structure was assessed using ribosomal intergenic spacer analysis (RISA) combined with 16S rRNA cloning and sequencing. RISA results indicated >70% dissimilarities among different cropping sequences. However, 90% similarities were noticed among replicated plots of the same cropping sequences. Cropping sequences and time of soil sampling had considerable effect on soil microbial community structure. Bahiagrass rotation with peanut was found to have the highest bacterial diversity, as indicated by a high Shannon Weaver Diversity index. Overall, higher bacterial diversity was observed with bahiagrass and corn rotations compared with continuous peanut. The bacterial divisions Proteobacteria, Acidobacteria, Firmicutes, Bacteroidetes, and Actinomycetes were the predominant bacterial phyla found in all peanut-cropping sequences. The Proteobacteria taxa in these soils were negatively correlated with the abundance of members of division Firmicutes but, conversely, had a significant positive correlation with Gemmatimonadetes taxa. The prevalence of the division Actinomycetes was negatively correlated with the relative abundance of members of division Verrucomicrobia. These results indicate complex interactions among soil bacteria that are important contributors to crop health. 相似文献
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为了解土壤微生物在青藏高原的分布状况及环境依赖特点，对青藏高原5种不同类型的土壤微生物群落结构、组成及其与环境关系进行了研究。通过高通量测序技术研究青藏高原不同生境土壤细菌的组成和多样性，共获得1 463 157条16S rRNA基因序列。各样品中可操作分类单元(Operational taxonomic units, OTUs)在4 344~5 764 之间。土壤样品中细菌以变形菌门(35.5%)、放线菌门(20.4%)、酸杆菌门(12.5%)、拟杆菌门(7.3%)、绿弯菌门(6.1%)和厚壁菌门(5.3%)为主，其中变形菌门最为丰富。在变形菌门中，α-变形菌纲是第一大纲，占有45.9%的OTUs，其后是γ-变形菌纲和β-变形菌纲。Person相关性分析和RDA分析表明，土壤含水量、有机碳含量与钾含量对细菌群落分布起主要作用。 相似文献
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明确葱轮作后对三七连作土壤微生物的影响,为利用葱与三七轮作缓解三七连作障碍提供依据。本研究在三七连作土上连续种植两茬小葱,以休耕连作土壤为对照,采用细菌16S rRNA和真菌ITS区测序,研究葱轮作后对土壤微生物多样性、物种组成及关键微生物的影响;然后分离可培养的关键细菌假单胞菌属,验证其对三七根腐病菌的拮抗功能。结果表明,葱轮作后显著提高了三七连作土壤细菌和真菌的丰富度,两种处理后的细菌和真菌在PCoA图上均能明显分开。门水平上,葱轮作后细菌变形菌门的相对丰度显著增加,酸杆菌门、绿弯菌门等显著降低;真菌子囊菌门的相对丰度显著降低,担子菌门显著增加。LEfSe分析表明,变形菌门及其下属的假单胞菌属等关键细菌在葱轮作后丰度显著增加,丛赤壳科中可以引起三七根腐的Fusarium和Ilyonectria等真菌在轮作后丰度降低。从轮作土壤中分离到22株假单胞菌,其中15株铜绿假单胞菌对三七根腐病菌有较好的拮抗效果。综上,葱轮作可以显著改善三七连作土壤的微生物状况,有益菌相对丰度增加而根腐病原菌相对丰度降低。利用葱与三七轮作对缓解三七连作障碍具有一定的潜力。 相似文献
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多黏类芽胞杆菌对辣椒疫病有较好的防治效果,本文重点研究了其对辣椒根际细菌微生物的影响。收集了109 cfu/g多黏类芽胞杆菌WP、25%嘧菌酯SC、68%精甲霜·锰锌WG及对照处理后的辣椒根际细菌,通过高通量测序分析了根际细菌种群多样性和群落结构。多黏类芽胞杆菌处理后的辣椒根际细菌多样性最高,化学药剂处理后的辣椒根际细菌多样性也均高于对照。通过分析高通量测序结果,发现辣椒根际细菌包括变形菌门Proteobacteria、奇古菌门Thaumarchaeota、酸杆菌门Acidobacteria、绿弯菌门Chloroflexi、放线菌门Actinobacteria等13个门。变形菌门的丰度在对照(JD)中高达70.65%,而在嘧菌酯(JA)、精甲霜·锰锌(JB)和多黏类芽胞杆菌(JC)的处理中分别降至24.41%、25.64%和34.95%,但仍然是各处理的优势菌群。在化学药剂和多黏类芽胞杆菌的3种处理中酸杆菌门和绿弯菌门菌群的丰度远高于对照,特别是奇古菌门菌在化学药剂处理中的丰度极显著高于多黏类芽胞杆菌和对照处理。经多黏类芽胞杆菌处理后发现芽单胞菌门和芽单胞菌属远高于对照,分别为7.35%(JC)、0.11%(JD)。研究结果表明:施用多黏类芽胞杆菌不仅可以有效防治辣椒疫病,还可以改变辣椒根际土壤微生物区系,提高土壤中细菌种群的多样性。 相似文献
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秸秆还田对水稻根际微生物多样性和水稻纹枯病发生的影响 总被引：1，自引：0，他引：1
为探究稻麦轮作模式下秸秆还田对水稻根际微生物多样性与水稻纹枯病发生的影响，本研究采用Illumina测序技术结合生物信息学比较分析了秸秆还田与不还田处理的水稻根际微生物群落多样性差异，并采用实时荧光定量PCR （real-time fluorescent quantitative PCR，RT-qPCR）对这2种稻田土壤中水稻纹枯病菌Rhizoctonia solani含量进行测定，并采用随机五点取样法调查稻田中水稻纹枯病发病率和病情指数。结果表明，秸秆还田后水稻根际细菌群落Chao1丰富度指数和Shannon多样性指数均有所增加，分别增加14.42%和4.39%，其中前者增幅显著；根际真菌群落Chao1丰富度指数降低29.60%，而Shannon多样性指数略有增加，增加5.96%；在门水平上，秸秆还田和不还田处理的水稻根际土壤优势细菌门均为变形菌门、放线菌门、绿弯菌门和酸杆菌门，优势真菌门均为子囊菌门、接合菌门和担子菌门；在属水平上，秸秆还田处理的硝化螺旋菌属和芽胞杆菌属相对丰度分别比不还田处理的显著增加96.11%和106.19%；在水稻孕穗期秸秆还田土壤中水稻纹枯病菌含量比不还田处理的显著增加120.20%；秸秆还田后水稻纹枯病发生加重，病情指数比不还田处理的增加18.10%~45.41%。 相似文献
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以松嫩盐碱草原3种不同盐碱程度的盐碱土为材料,应用高通量测序技术,研究了3种不同程度盐碱土壤的细菌群落结构。结果表明:3种盐碱土的理化性质差异显著(P0.05),pH值、碱化度随着盐碱化程度增加而增大,而碱解氮、速效钾和有机质含量随着盐碱化程度增加而降低;3种盐碱土共获得2841个OTU,分属于39个细菌门,其中酸杆菌门、变形菌门等10个菌门是盐碱土中最主要的细菌门类;轻度盐碱土中酸杆菌门占主导地位,相对丰度为32.28%,中度盐碱土中变形菌门占主导地位,相对丰度为19.87%,重度盐碱土中放线菌门占主导地位,相对丰度为22.57%;RDA分析表明,酸杆菌门、硝化螺旋菌门、广古菌门、TM7等的相对丰度与碱解氮、有机质以及速效钾含量呈正相关,疣微菌门的相对丰度与有效磷含量呈正相关,放线菌门、浮霉菌门、拟杆菌门、芽单胞菌门、厚壁菌门的相对丰度与pH值、碱化度呈正相关。 相似文献
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连作对新疆绿洲棉田土壤微生物数量及酶活性的影响 总被引：15，自引：0，他引：15
对新疆绿洲棉田不同连作年限棉花根际土壤微生物数量、酶活性及土壤理化性质进行研究,结果表明:(1)随着连作年限的延长,细菌数量呈现先增加后减少的趋势,真菌数量则一直在增加,放线菌趋势不明显,说明新疆绿洲棉田土壤在连作一定年限后,棉田土壤由细菌型向真菌型转变;(2)脲酶和蛋白酶活性随连作年限增加表现出先增加后减少趋势;蔗糖酶、多酚氧化酶和过氧化氢酶活性与连作年限关系不明显;(3)对微生物数量、土壤酶和土壤理化性质的相关性分析表明,脲酶和蛋白酶与细菌数量呈现良好的正相关性,其中脲酶的相关性最好,呈极显著水平(ρ＜0.01),蛋白酶呈显著水平(ρ＜0.05);土壤酶与放线菌和真菌之间没有明显的相关性;细菌数量与有机质、全氮和速效氮之间呈显著正相关,与总盐含量呈显著负相关. 相似文献