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1.
为探究解偶联蛋白3（uncoupling protein 3,UCP3）基因在巴马猪和藏猪皮下脂肪组织中的表达和甲基化水平,试验采用实时荧光定量PCR技术检测UCP3基因在巴马猪和藏猪皮下脂肪组织中的mRNA表达水平;针对猪UCP3基因启动子区域（-3 580~+920 bp）,利用在线软件MethPrimer对该区域进行CpG岛预测,并采用亚硫酸氢盐测序法（bisulfite sequencing PCR,BSP）检测其甲基化水平,探究UCP3基因甲基化水平在巴马猪和藏猪中的差异。结果显示,巴马猪皮下脂肪组织UCP3基因表达量显著高于藏猪（P<0.05）;在UCP3基因启动子区预测到3个CpG甲基化岛,分别是CpG island1（-3 171~-2 928 bp）、CpG island2（-154~-2 bp）和CpG island3（+648~+806 bp）,其中CpG island1和CpG island3的甲基化水平在巴马猪和藏猪中差异较小,而藏猪CpG island2的甲基化水平（42.61%）高于巴马猪（24.49%）。本研究绘制了2个猪种CpG island2甲基化水平的黑白点图,其中CpG位点为4、8、9、10、11、12、15,藏猪甲基化频率分别比巴马猪高28.26%、17.39%、26.09%、26.09%、26.09%、23.91%和34.78%。在CpG island2处预测到3个转录因子结合位点（SP2、PPARγ和EGR1）。结果表明,巴马猪和藏猪皮下脂肪组织中UCP3基因mRNA水平的表达差异可能是由于CpG island2的甲基化水平不同所导致,藏猪DNA甲基化水平在一定程度上阻碍了转录因子与启动子调控区域的结合,从而抑制了UCP3基因的表达。 相似文献
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为了探讨G-蛋白偶联受体1(GPR1)基因启动子甲基化对其在陆川猪和杜洛克猪背最长肌组织中差异表达的影响,试验采用实时荧光定量PCR方法检测GPR1基因mRNA在两个品种猪背最长肌中的表达水平,在线预测的方法预测GPR1基因启动子区CpG岛,亚硫酸氢盐测序(BSP)法分析猪GPR1基因启动子区CpG岛的甲基化水平。结果表明:GPR1基因在两品种猪背最长肌组织中的相对表达量差异显著,在陆川猪背最长肌中的相对表达量明显高于杜洛克猪;GPR1基因启动子区存在一个CpG岛,长度为103 bp,位于-1 031~-929 bp处;GPR1基因启动子区CpG岛在两品种猪背最长肌中的整体甲基化水平差异不显著,但在-126,-116,-64,-10位点甲基化水平差异显著。说明GPR1基因启动子甲基化程度与肌内脂肪沉积存在一定关联。 相似文献
4.
《中国畜牧兽医》2019,(12)
为探究解偶联蛋白3(uncoupling protein 3,UCP3)基因在巴马猪和藏猪皮下脂肪组织中的表达和甲基化水平,试验采用实时荧光定量PCR技术检测UCP3基因在巴马猪和藏猪皮下脂肪组织中的mRNA表达水平;针对猪UCP3基因启动子区域(-3 580～+920 bp),利用在线软件MethPrimer对该区域进行CpG岛预测,并采用亚硫酸氢盐测序法(bisulfite sequencing PCR,BSP)检测其甲基化水平,探究UCP3基因甲基化水平在巴马猪和藏猪中的差异。结果显示,巴马猪皮下脂肪组织UCP3基因表达量显著高于藏猪(P0.05);在UCP3基因启动子区预测到3个CpG甲基化岛,分别是CpG island1(-3 171～-2 928 bp)、CpG island2(-154～-2 bp)和CpG island3(+648～+806 bp),其中CpG island1和CpG island3的甲基化水平在巴马猪和藏猪中差异较小,而藏猪CpG island2的甲基化水平(42.61%)高于巴马猪(24.49%)。本研究绘制了2个猪种CpG island2甲基化水平的黑白点图,其中CpG位点为4、8、9、10、11、12、15,藏猪甲基化频率分别比巴马猪高28.26%、17.39%、26.09%、26.09%、26.09%、23.91%和34.78%。在CpG island2处预测到3个转录因子结合位点(SP2、PPARγ和EGR1)。结果表明,巴马猪和藏猪皮下脂肪组织中UCP3基因mRNA水平的表达差异可能是由于CpG island2的甲基化水平不同所导致,藏猪DNA甲基化水平在一定程度上阻碍了转录因子与启动子调控区域的结合,从而抑制了UCP3基因的表达。 相似文献
5.
试验旨在获得鸡热休克蛋白90α(HSP90AA1)基因序列并分析其基因结构和相关遗传变异,检测HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化状态,初步探索HSP90AA1基因在肌肉组织生长发育中的作用。以文昌鸡和北京油鸡为试验材料,利用PCR扩增鸡HSP90AA1基因组序列;通过基因测序寻找该基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点;使用在线软件MethPrimer预测鸡HSP90AA1基因中CpG岛的位置;应用MassArray质谱法检测鸡胸肌中HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化水平,比较分析文昌鸡和北京油鸡HSP90AA1基因的甲基化差异。结果显示,在鸡HSP90AA1基因组中共发现7个SNPs位点,分别位于启动子区(A-189G,C-109T)、第1外显子(A+6G)、第2外显子(C+343T)、第2内含子(A+634G、A+836G)和第7内含子(A+3449G);鸡HSP90AA1基因包含10个外显子和9个内含子,其启动子区存在1个CpG岛,位于-1 802～-469bp处;在HSP90AA1基因启动子区共检测了42个CpG位点的甲基化水平,文昌鸡和北京油鸡中分别有9个(CpG_16.17.18、CpG_21.22.23、CpG_32.33和CpG_57)和4个CpG位点(CpG_1、CpG_5.6和CpG_57)在胸肌生长发育过程中发生甲基化改变。结果表明,文昌鸡与北京油鸡HSP90AA1基因序列信息和启动子区CpG岛的甲基化水平不同,这可能导致两种鸡对于应激反应具有不同的耐受程度。以上试验结果将为文昌鸡和北京油鸡生长发育规律、系统选育等方面的研究提供表观遗传学依据。 相似文献
6.
试验旨在获得鸡热休克蛋白90α(HSP90AA1)基因序列并分析其基因结构和相关遗传变异,检测HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化状态,初步探索HSP90AA1基因在肌肉组织生长发育中的作用。以文昌鸡和北京油鸡为试验材料,利用PCR扩增鸡HSP90AA1基因组序列;通过基因测序寻找该基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点;使用在线软件MethPrimer预测鸡HSP90AA1基因中CpG岛的位置;应用MassArray质谱法检测鸡胸肌中HSP90AA1基因启动子区CpG岛的甲基化水平,比较分析文昌鸡和北京油鸡HSP90AA1基因的甲基化差异。结果显示,在鸡HSP90AA1基因组中共发现7个SNPs位点,分别位于启动子区(A-189G,C-109T)、第1外显子(A+6G)、第2外显子(C+343T)、第2内含子(A+634G、A+836G)和第7内含子(A+3449G);鸡HSP90AA1基因包含10个外显子和9个内含子,其启动子区存在1个CpG岛,位于-1 802～-469bp处;在HSP90AA1基因启动子区共检测了42个CpG位点的甲基化水平,文昌鸡和北京油鸡中分别有9个(CpG_16.17.18、CpG_21.22.23、CpG_32.33和CpG_57)和4个CpG位点(CpG_1、CpG_5.6和CpG_57)在胸肌生长发育过程中发生甲基化改变。结果表明,文昌鸡与北京油鸡HSP90AA1基因序列信息和启动子区CpG岛的甲基化水平不同,这可能导致两种鸡对于应激反应具有不同的耐受程度。以上试验结果将为文昌鸡和北京油鸡生长发育规律、系统选育等方面的研究提供表观遗传学依据。 相似文献
7.
试验采用PCR-RFLP技术分析猪Ⅰ型胶原α1亚基基因(Collagen typeⅠalpha1,COL1A1)的多态性,检测该基因在杜洛克猪、长白猪和大白猪群体内的基因型频率、等位基因频率以及群体遗传学指标。结果表明,COL1A1基因在3个猪群体内呈现3种基因型。在杜洛克猪群体内AA基因型为优势基因型,A等位基因频率为优势等位基因;在长白猪和大白猪群体内AG基因型为优势基因型,G等位基因为优势等位基因。COL1A1基因在杜洛克猪、长白猪和大白猪群体内PIC值在0.25～0.5之间,表现为中度多态。 相似文献
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为获得五指山猪FUT1基因序列并分析其基因结构,检测FUT1基因中的单核苷酸多态性(SNP)位点在五指山猪群体中的分布情况,本试验利用PCR扩增猪FUT1基因组序列,通过基因测序寻找该基因中的SNP位点,使用PCR-RFLP方法对120头五指山猪进行了FUT1基因型检测,并运用生物信息学方法对FUT1基因序列进行分析。在猪FUT1基因组中共发现两个单碱基突变,分别位于编码区(A+307G)和3'非翻译区(A+1856C);在FUT1基因A+307G突变位点上,五指山猪均为GG基因型;此外,FUT1基因启动子区域和第2外显子处存在CpG岛。本研究成功获得五指山猪FUT1基因序列信息,为下一步五指山猪FUT1基因的功能研究奠定基础。 相似文献
10.
试验检测猪黑素皮质激素受体4基因（melanocortin-4 receptor, MC4R）在杜洛克猪、长白猪、大白猪、申农猪和梅山猪群体内的基因型频率、等位基因频率以及群体遗传学指标。结果表明：MC4R基因在杜洛克猪、长白猪、大白猪和申农猪群体内检测出AA基因型、GG基因型和AG基因型,在梅山猪群体内检测出GG基因型和AG基因型。在杜洛克猪和大白猪群体内AG基因型为优势基因型,A等位基因频率为优势等位基因;在长白猪、申农猪和梅山猪群体内GG基因型为优势基因型,G等位基因频率为优势等位基因。群体遗传学指标分析结果显示,MC4R基因在杜洛克猪和大白猪群体内PIC值在0.25～0.5之间,表现为中度多态;在长白猪、申农猪和梅山猪PIC值小于0.25,表现低度多态。 相似文献
11.
为验证和探索香猪卵巢转录组RNA测序检测到的视黄酸受体应答1（retinoic acid receptor responder 1,RARRES1）基因在香猪高、低产仔组之间差异表达的原因,本试验针对RARRES1基因第1外显子ATG下游富含CpG位点区段设计特异性引物,采用亚硫酸氢盐测序法（bisulfite sequencing PCR,BSP）研究卵巢RARRES1基因中的甲基化修饰水平;利用实时荧光定量PCR方法检测高、低产仔组香猪卵巢RARRES1基因的表达量,并探究其与基因甲基化水平之间的相关性。结果表明,与低产仔组相比,香猪高产仔组的甲基化水平较高;4个CpG位点均未被甲基化（CpG_7、CpG_11、CpG_12和CpG_15）,另外3个CpG位点（CpG_8、CpG_17和CpG_18）基本上全部发生了甲基化。此外,与低产仔组相比,香猪高产仔组中CpG_4（P>0.05）、CpG_9（P<0.05）和CpG_16（P<0.05）位点的甲基化占比较高,而CpG_6位点在香猪低产仔组中的甲基化比例较高,两组差异极显著（P<0.01）。实时荧光定量PCR结果显示,高产仔组香猪RARRES1基因的表达水平较高（P<0.05）。Spearman相关分析结果显示,CpG_9和CpG_16两个位点的甲基化比例与RARRES1基因的表达水平高度正相关（R2=0.896,P<0.01）,提示这两个位点的甲基化可能是香猪高产仔组RARRES1基因表达量较高的原因。 相似文献
12.
《畜牧兽医学报》2015,(8)
为了研究Wif1基因在牛中的印记状态和调控印记的分子机制,本研究首先应用基于单核苷酸多态(SNP)的测序方法,分析了Wif1基因在牛组织中的印记状态,结果发现,Wif1基因在牛中的印记表现出组织特异性,在肺中为单等位基因表达,而在心、肝、脾、肾、肌肉和脂肪6个组织中为双等位基因表达。进一步应用亚硫酸氢盐测序法分析Wif1基因启动子区29个CpG位点在牛肺(单等位基因表达)和肝(双等位基因表达)组织中等位基因特异的甲基化状态,结果发现,在肺和肝中,两条亲本链间的甲基化水平无显著差异(P0.05)。进一步分析每个CpG位点在肺和肝中亲本链间甲基化率差异,发现与双等位基因表达的肝相比,肺中存在8个亲本链间甲基化率差异显著的CpG位点,其中3个(第1、2和6)位于转录因子的结合位点上。由于单个CpG位点的甲基化变化会影响转录因子的结合,推测这3个CpG位点的甲基化可能参与调控Wif1基因的组织特异性印记。 相似文献
13.
为探索钙黏蛋白13基因（cadherin 13,CDH13）甲基化在奶牛金黄色葡萄球菌乳房炎中的调控机制,本试验在已建立的金黄色葡萄球菌诱导型荷斯坦牛乳房炎模型的基础上利用重亚硫酸盐测序技术（bisulfite sequencing PCR,BSP）检测正常乳腺组织和乳房炎乳腺组织候选基因CDH13的甲基化程度,并分析其甲基化程度与基因表达水平的关系。结果显示,除金黄色葡萄球菌致病组（试验组）第12个CpG岛外,其余所有CpG岛均呈现不同程度的甲基化：-259处甲基化水平最高（50%~60%）,-144、-135和-126处甲基化均较低,为5%左右。试验组和对照组总体甲基化率分别为10.13%±1.81%和14.43%±0.55%,不同位点和总体甲基化率无显著差异（P>0.05）。与正常乳腺组织相比,乳房炎感染组乳腺组织CDH13基因表达上调,CDH13基因-162和-93两个CpG岛甲基化水平与其基因表达呈显著负相关（P<0.05）。本试验结果表明,CDH13基因甲基化影响其基因表达,从而影响乳房炎的发生,为进一步探索其在金黄色葡萄球菌致病型乳房炎中的发病机制提供了参考依据。 相似文献
14.
《中国畜牧兽医》2019,(12)
为探究MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性及其可能存在的影响基因表达的分子调控机制,试验采用PCR直接测序的方法对大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性进行检测,同时利用生物信息学分析方法预测了大白猪MYOD1和AKT3基因的核心启动子区、CpG岛和转录因子结合域。结果显示,MYOD1基因共预测到5个核心启动子区、1个CpG岛区域和10个转录因子结合域,且第5个核心启动子区位于CpG岛区域内;AKT3基因共预测到6个核心启动子区,未发现CpG岛的存在。通过直接测序的方法检测到MYOD1基因在G-361T处存在1个SNP突变,但在本试验群体中只发现1种基因型,同时该突变位点位于第1个核心启动子区内;AKT3基因在启动子区T-1709C处存在1个SNP突变,包括TT、TC和CC 3种基因型,其中TT基因型为优势基因型,T为优势等位基因。遗传多态性分析提示,该突变位点多态信息含量(PIC)介于0.25～0.5之间,表现为中度多态。本研究初步探究了大白猪MYOD1和AKT3基因启动子区的多态性并预测了启动子区可能的调控因子和调控元件,为进一步研究MYOD1、AKT3基因对肌肉生长发育的调控机制及将突变位点作为遗传标记用于分子选育提供指导和依据。 相似文献
15.
本研究旨在通过比对PolyI：C和Aza-CdR转染猪肾细胞后全基因组差异甲基化峰的分布特征，进而筛选Gene Ontology （GO）特有的差异甲基化基因，分析差异甲基化区域。首先，基于MeDIP-chip技术，采用猪385 K全基因组启动子和CpG岛甲基化芯片，分析3组试验材料（病毒模拟物Poly I：C转染的猪PK15细胞、甲基化酶抑制剂Aza-CdR转染的PK15细胞、无处理的mock细胞），通过Peak DM Value和Peak Score值获得试验组间显著性富集的差异甲基化峰；其次，对差异甲基化基因进行GO注释，筛选差异甲基化区域和差异甲基化基因。最终结合Bisulfite克隆测序和mRNA荧光定量表达试验验证差异甲基化区域DMR。试验初步揭示猪肾细胞全基因组DNA甲基化主要分布于5'调控区域。试验在组间比较后，特别是在P vs.C和A vs.C比较中发现DNA甲基化在基因组上的分布特征与CpG岛密度与距离TSS的位置有关，而在近启动子区域（0―+200 bp） DNA甲基化显著影响基因的表达。Poly I：C对PK15作用使得TSS附近200 bp （-200―+500 bp）低甲基化启动子增多，说明Poly I：C与Aza-CdR的作用相似，均具有潜在的去甲基化作用，特别是位于猪14号染色体上BNIP3L基因的10459946―10460615 bp区段共有669 bp Peak Length CG位点发生去甲基化。研究揭示，PolyI：C和Aza-CdR并不是对猪所有基因具有去甲基化作用，主要针对特有基因的特有启动子，证明这些特有启动子的CpG岛对Poly I：C和Aza-CdR具有特别的敏感性。 相似文献
16.
研究旨在探索以毛色基因MC1R、KIT等位基因基因型分析应用于瘦肉型黑猪毛色选育工作的可行性。实验群体包括从瘦肉型黑猪育种群中随机选择的长白猪、大白猪、杜洛克猪各108头,北京黑猪24头。另外选择杜洛克×民猪F1代15头作为对照。选择MC1R外显子区,KIT基因外显子3、18、19、21为候选目的片段。测序确认SNP位点后,进行PCR-RFLP并统计等位基因频率。结果表明:MC1R基因外显子区-51G/A(北京黑猪上携带)、-372G/A(长白猪,大白猪上携带)、-589,729T-G/C-A(杜洛克猪上携带)频率均为1,而KIT基因外显子19-156T/C(北京黑猪上携带)突变频率为0.938。结果提示,MC1R、KIT基因上的SNP位点结合PCR-RFLP方法可以应用于瘦肉型黑猪毛色选育工作。 相似文献
17.
旨在探究DCT基因启动子区甲基化水平和SNP突变对山羊毛色的影响,为探索DCT基因调控山羊毛色变化的机理提供理论依据。本研究以山羊为试验动物,对DCT基因启动子区进行CpG岛预测,设计引物对预测的2个CpG岛富集区域进行亚硫酸氢盐甲基化测序,使用甲基化水平分析软件BISMA统计甲基化位点,比较唐山奶山羊(白色)和南江黄羊(黑色品系)两种不同毛色山羊群体DCT基因启动子区甲基化水平差异。克隆DCT基因核心启动子区,筛选不同毛色山羊群体的SNPs,使用JASPAR和Nsite预测SNPs位点突变前后转录因子的改变,并检测比较突变前后DCT基因启动子活性变化。结果,成功克隆了山羊DCT基因启动子区甲基化序列及核心启动子区(g.-1045～-318)。在g.-348～-150区域和g.+222～+502区域分别发现6个和23个甲基化位点,其中g.+312、g.+352和g.+400位点与g.+389和g.+404位点白色山羊甲基化水平分别显著和极显著高于黑色山羊(P<0.05和P<0.01),并且g.+222～+502区域白色山羊甲基化平均水平极显著高于黑色山羊(P<0.01)。在DCT基因核心启动子区的g.-804T> G、g.-705C> T和g.-679G> A,3个SNPs位点的基因型构成在白色山羊和3个有色山羊群体中存在差异,g.-804T> G突变导致该区域的SOX10转录因子结合位点缺失,DCT基因启动子活性显著下降(P<0.05)。结果显示,白色山羊DCT基因g.+222～+502区域的高甲基化水平,g.-804、g.-714和g.-679 3个位点的突变,尤其是g.-804T> G造成SOX10转录因子结合位点的缺失,突变的G型DCT基因启动子活性显著降低。因此,DCT基因启动子区SNP突变和高甲基化水平可能抑制了基因的表达从而形成山羊白色被毛。 相似文献
18.
选择HSD11B1和MyoG2个基因作为影响妊娠期长短的候选基因。在7个中外猪群体中采用PCR-RFLP技术研究了HSD11B1和MyoG2个基因多态性与妊娠期长短的关系。HSD11B1基因的PCR-Bsh1236Ⅰ-RFLP分析结果表明：清平猪、新清平猪母系、大白猪、长白猪、杜洛克猪、中国瘦肉猪新品系DIV1和DIV2系猪群中A等位基因的频率分别为0.538、0.752、0.522、0.941、1.000、0.889和0.594;除DIV2外,HSD11B1不同基因型与妊娠期长短无显著关系（P〉0.05）。MyoG基因的PCR-MspⅠ-RFLP分析结果表明：清平猪、新清平猪母系、大白猪、长白猪、杜洛克猪、中国瘦肉猪新品系DIV1和DIV2系猪群中M等位基因的频率分别为1.000、0.534、0.370、0.115、0.094、0.382和0.243;清平猪中只存在MM基因型,其他群体中3种基因型皆有分布;新清平猪母系MM比NN基因型母猪妊娠期要短,且在经产长白猪中差异极显著（P〈0.01）。 相似文献
19.
为研究从碎米花杜鹃叶中分离得到的化合物原花青素A-1（Proanthocyanidin A-1，简称PAA-1）的免疫增强活性，初步从细胞水平上探讨其免疫增强机制。体外试验采用流式细胞术，检测PAA-1体外对小鼠脾淋巴细胞T细胞亚群CD4和CD8单阳性和双阳性T淋巴细胞亚群百分率及CD4+/CD8+比值；体内试验通过饲喂不同剂量的PAA-1后，检测试验猪外周血淋巴细胞CD4和CD8单阳性以及CD4+/CD8+比值。结果证明，体外试验中同阴性对照组相比，PAA-1能单独或协同Con A提升具CD4+、CD8+及CD4+CD8+表型的T淋巴细胞亚群百分率，提高CD4+/CD8+的比值；体内试验中饲喂中、高剂量的PAA-1的试验猪外周血中具有CD4+、CD8+表型的T淋巴细胞的百分率及CD4+/CD8+的比值均有显著提高。说明PAA-1可通过增加辅助性T淋巴细胞和细胞毒性T淋巴细胞数量、促进T淋巴细胞的成熟以及增加CD4+/CD8+的比值发挥增强细胞免疫的作用，为其进一步开发为新型免疫增强剂提供试验依据。 相似文献
20.
《畜牧与兽医》2020,(11)
本研究通过直接测序检测PPARGC1A基因启动子区多态位点g.17949513GA在535头杜洛克猪、长白猪以及大约克猪中的遗传结构,并与达到目标体重日龄、平均日增重等生长性状进行关联分析。利用实时荧光定量PCR检测PPARGC1A基因在大约克猪和金华猪背脂和背最长肌组织中的表达量。结果表明,在试验群体中G等位基因的频率高于A等位基因。在长白猪中基因型频率最高的是GG,而杜洛克猪和大约克猪中GA基因型的频率最高。GG基因型个体达到目标体重日龄低于AA基因型和GA基因型,平均日增重高于AA基因型。不同基因型个体之间的100 kg体重活体背膘厚和料重比差异不显著(P0.05)。PPARGC1A基因mRNA水平在大约克猪中显著高于金华猪(P0.05)。综上所述,PPARGC1A基因g.17949513GA位点与生长性状显著关联,该基因的差异表达对生长发育具有一定的影响,可作为猪生长性状选育的潜在分子标记。 相似文献