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1.
应用RT-PCR对9个传染性支气管炎病毒(in fection broch itis v irus,IBV)广西分离株的S1基因高变区Ⅰ(HVRⅠ)进行扩增和序列测定及分析,并用DNA star软件将这些分离毒株与我国常用疫苗毒株、国际上其它血清型的代表参考毒株分别进行核苷酸和氨基酸系统发生进化关系分析。核苷酸与氨基酸序列分析结果表明,这9个广西分离毒株可形成两个分支:第一分支与弱毒疫苗株H 120、H 52、M a5和参考株M 41、B eaudette的亲缘关系比较近,第二分支与疫苗株H 120、H 52、M a5的亲缘关系比较远。研究结果提示,广西养鸡业现场流行的IBV毒株已经发生了变异,实际免疫中要根据流行毒株的特性来生产和选择合适的疫苗。 相似文献
2.
对猪繁殖与呼吸综合征病毒（porcine reproductive and respiratory syndrome viurs, PRRSV）分离株NB/04的全基因组序列测定与分析。该毒株基因组全长15408bp,包含9个开放式阅读框,5’Untranslating Region(UTR)含有189nt,3’UTR含有150nt,其中包含28个Poly（A）。基因组序列分析结果表明,该毒株的Nsp2存在3个核苷酸缺失,3’UTR缺失一碱基。通过与国内外美洲型PRRSV分离株比对分析可知,非结构蛋白区的Nsp2和结构蛋白区的ORF5变异率最大。特别是Nsp2与国内主要分离株的氨基酸相似性在79.3%-96.4之间,ORF5与国内主要分离株的相似性介于86.1%-95.5%。依据Nsp2的推导氨基酸序列进行的系统进化分析可知,NB/04属于北美洲基因型,与BJ-4属于同一分支,而与中国标准株Ch-1a分属于不同的分支,表明浙江PRRSV已发生较大的变异。本研究结果丰富了我国PRRSV毒株的基因组信息数据,为深入研究该毒株的遗传变异与生物学特性之间的关系奠定了基础。 相似文献
3.
本研究应用鸡胚尿囊腔接种的方法,从广西患传染性支气管炎的免疫失败的病鸡中分离到一株传染性支气管炎病毒（IBV）（命名GX-YL5）,通过间接血凝试验、动物回归试验和气管环交叉中和试验对该毒株进行鉴定和主要生物学特性的研究,同时利用RT-PCR技术扩增克隆该病毒的S1基因和N基因并测定其核苷酸序列。结果表明：该病毒株有间接血凝性;致病性较强;血清型不同于常用疫苗株H120、Ma5、4／91。同源性分析表明,S1基因核苷酸和氨基酸序列与参考株的同源性分别为63.5％-81.2％和50.7％-78.8％;N基因核苷酸和氨基酸序列与参考株的同源性分别为85.7％-87.2％和89.5％-91.7％;S1基因和N基因系统进化分析表明分离株与其它参考毒株的亲缘关系较远。S1基因和N基因分型与血清学试验结果相吻合。本研究结果提示了广西分离株GX-YL5可能是一个新的变异株,这可能是目前免疫失败的重要因素,同时也为研制适合本地使用的IBV疫苗提供了科学依据和物质基础。 相似文献
4.
肉鸡H9N2亚型禽流感病毒全基因测序及遗传进化分析 总被引：3，自引：0，他引：3
根据GenBank登陆的H9N2亚型禽流感病毒（AIV）的全基因序列,设计11对引物,运用RT-PCR方法扩增A／Chicken／Zhejiang／HJ／2007(H9N2)毒株8个基因片段,并克隆到pMD18-T载体中进行序列测定。基因序列比较及遗传进化分析结果表明,所克隆的8个基因片段均有HJ毒株完整的开放阅读框（ORF）,其血凝素（HA）基因蛋白裂解位点的氨基酸组成为-PSKSSR*G-,为不连续的碱性氨基酸,符合低致病性AIV HA基因裂解位点的序列特征;与QA/HK/G1/97的进化关系较近,处在同一分支。其神经氨酸酶（NA）基因在63、64、65位点上有3个氨基酸（T、E、I）缺失,在遗传进化上属于常见的CK/BJ/1/94（DK/HK/Y280/97）群系。核蛋白（NP）基因整合有同地分离的H5N1亚型流感病毒NP基因片段,进化关系较近。基质蛋白（M）基因与1999年香港感染儿童的两株流感病毒（HK/1073/99和HK/1074/99）进化关系属于同一分支。非结构蛋白（NS）基因与近年来分离的猪源H9N2亚型流感病毒进化关系相近,和1998年首次报道的猪源H9N2亚型流感病毒（SW/HK/9/98）处在同一进化分支。聚合酶蛋白（PA、PB2、PB1）中,PB1从33-47位存在15个连续碱基缺失,是首次报道该基因ORF内存在缺失,从遗传进化上和近年来分离的H5N1亚型流感病毒处在同一分支上;PA基因从遗传进化上和PB1基因类似;PB2基因与常见的流感病毒毒株的遗传进化关系较远,在相应的进化树另成分支。因此,A／Chicken／Zhejiang／HJ／2007(H9N2)是由不同流感病毒基因亚系间发生自然重排的产物。 相似文献
5.
猪繁殖与呼吸综合征病毒(PRRSV)ORF5基因的变异分析 总被引：9，自引：1，他引：9
从河北、江西猪场中分离到3株猪繁殖与呼吸综合征病毒(HB-1(sh)／2002、HB-2(sh)／2002和JX-1／2002)。采用RT-PCR方法扩增其完整的ORF5基因片段，进行了序列测定，并与其它5个国内毒株的ORF5基因序列进行了比较和变异分析。所有这些毒株的ORF5基因均编码200个氨基酸，推导的氨基酸相似性在88．2％～99．0％之间。其中BJ4、S1及J1间的相似性较高，在98％～99％之间；HB-1(sh)／2002，HB-2(sh)／2002，JX-1／2002及CH-1a间的相似性为92％～96％之间。根据ORF5基因核苷酸序列的遗传进化距离，这些毒株可分为两个亚群，BJ4、S1和J1为一个亚群，与VR2332及疫苗毒株接近；HB-1(sh)／2002、HB-2(sh)／2002、JX-1／2002和CH-1a为另一个亚群。 相似文献
6.
猪流行性腹泻病毒纤突蛋白基因克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
对猪流行性腹泻病毒(Porcine epidemic diarrhea virus,PEDV)DX株纤突蛋白基因进行了克隆与测序。结果表明,该基因核苷酸序列长为4152bp,推导氨基酸序列为1383aa,与比较毒株氨基酸同源性都在90%以上。系统发生树分析结果表明,比较毒株可分为3个基因群,而且每个群的毒株均来自同一个国家。利用生物软件分析结果表明PEDV发生微小的变异,尤其在韩国变异明显,而DX株与中国JS-2004-2株亲缘关系很近。 相似文献
7.
牛、羊促卵泡素受体(FSHR)基因转录调控区的序列特征 总被引：7，自引：0，他引：7
测定了山羊、绵羊和牛的FSHR基因启动子区序列。比较发现序列长度存在差异，碱基变异率分别为3．14％、6．12％和6．72％。有2处较大的碱基插入／缺失突变。在检索出的转录调控元件（或潜在调控元件）中，3畜种在7个元件序列有碱基突变。与人和大鼠FSHR基因不同的是，在牛羊的FSHR基因启动子区检索出了TATA盒基元和多个类CAAT盒序列，且在山羊、绵羊和牛之间没有碱基差异。分析认为：（1）牛羊的FSHR基因启动子属TATA启动子型，而不是InR型。（2）尽管目前在绵羊的FSHR基因只发现1个转录起始点，但启动子区的序列特征表明牛羊可能存在第2转录起始点。（3）3畜种在转录调控元件的碱基变异和在不同位点的较大插入／缺失突变，可能影响基因的转录，从而造成双胎率的差异。因此，对牛羊FSHR基因转录启动和表达调控值得作进一步研究。 相似文献
8.
为明确口蹄疫病毒(Foot-and-mouthdisease virus,FMDV)持续感染与病毒基因变异潜在关系,研究FMDV持续感染分离株结构蛋白VP1和非结构蛋白3ABC基因在牛体内的动态变化.实验用O/Akesu/58毒株以104ID50/mL剂量舌面穿刺接种5头黄牛,出现临床或亚临床症状后痊愈动物会成为可能的FMDV带毒牛.用探杯定期采集实验牛咽喉部黏性液体(O/P液),接种BHK-21细胞增殖病毒后共分离到12株毒株.RT-PCR扩增持续感染分离毒株VP1和3ABC基因,克隆测序发现,所有持续感染分离毒株的VP1基因核苷酸和氨基酸同源性都在98%以上,且没有碱基缺失或插入现象;但与O/Akesu/58的核苷酸同源性仅为85%左右,氨基酸同源性也仅为90%.持续感染分离株VP1基因有多处位点发生突变,其中有16个核苷酸位点发生一致突变,但只有两个位点造成氨基酸突变(I56→T、A210→E);在所有FMDV持续感染分离毒株之间有4个核苷酸位点和3个氨基酸位点发生了颠换.非结构蛋白3ABC基因较为稳定,仅有13个核苷酸位点和5个氨基酸位点的颠换,与宿主嗜性相关的3A基因也没有缺失.推测FMDV持续感染的形成与主要结构抗原基因VP1和宿主嗜性相关基因3ABC变异的关系不显著. 相似文献
9.
传染性法氏囊病病毒YL051、YL052的分离及其VP2基因高变区序列的比较分析 总被引：10，自引：0，他引：10
应用鸡胚绒毛尿囊膜接种的方法,从一个疑患传染性法氏囊病的鸡群中分离到2株传染性法氏囊病病毒(IBDV)(分别命名为YL 051和YL 052);利用反转录-聚合酶链式反应技术扩增分离株VP 2基因的高变区序列,并采用限制性内切酶分析技术和核苷酸序列测定技术,对分离株进行致病型鉴定及其基因差异的分析。结果表明:分离株YL 051属IBDV的超强毒株(vvIBDV),而YL 052株既具有强毒株的特征即七肽区(SW SA SG S)和279D,但同时也具有284T的弱毒株特征,可能属于介于强毒株与弱毒株之间的一个中间型。与国内外参考毒株的序列比较分析发现:YL 051与其他vvIBDV的核苷酸同源性达94%~97%;YL 052则与经典毒株STC、疫苗株B 87的核苷酸同源性均为94.3%。 相似文献
10.
选取2002～2007年从上海市分离鉴定的11株鸡新城疫病毒（Newcastle disease virus,NDV）强毒株,克隆其融合蛋白（Fusion,F）基因片段,测序后登录GenBank,序列号分别为NDV 022433（EU258661）、022435（EU258662）、0210149（EU258653）、0210154（EU258654）、0210227（EU258656）、0210252（EU258658）、03024（EU258637）、04011（EU258639）、05013（EU258640）、07011（EU258642）和07023（EU258643）。序列分析结果显示：上述分离株的F基因扩增片段为1 654 bp,编码551个氨基酸,其核苷酸序列同源性为94.6%～100%,推导的F蛋白氨基酸序列同源性为93.0%～100%;各分离株F蛋白裂解位点序列均为112R-R-Q-K-R-F117,为基因Ⅶ型NDV强毒株。系统发育分析表明：这11株NDV分离株之间的遗传距离较近,而与传统疫苗株B1、La Sota、V4和F48E9的遗传距离较远。此外,这11株NDV强毒株均具有大多数鹅源NDV毒株特有的973和1 249 nt RsaⅠ位点。 相似文献
11.
从2005~2006年中国部分地区鸡场疑似鸡传染性支气管炎病毒(Avian infectious bronchitis virus)感染鸡分离到12株鸡传染性支气管炎病毒,并对其部分生物学特性及基因型进行了研究。发现其中11株病毒分属于LX4和CK/CH/LSC/99Ⅰ型。通过S1基因比较、进化树分析、BLAST搜寻和动物试验研究发现,CK/CH/LSD/05Ⅰ是一株新型变异毒株。动物感染试验表明,CK/CH/LSD/05Ⅰ感染鸡的肾脏病变不明显,仅有20%的感染鸡肾脏病毒分离呈阳性,但100%感染鸡呼吸道病毒分离阳性,表明该病毒不是中国普遍流行的肾型毒株,而其对呼吸道具有较强嗜性。同时,实验应用弱毒疫苗H120和本实验室致弱的3株异种毒株进行了动物保护试验,结果显示,用CK/CH/LSD/05Ⅰ攻毒后,这4株异种传染性支气管炎病毒的免疫对气管的保护率很低。初步揭示该毒株可能属新的血清型病毒。 相似文献
12.
本研究从2005到2006年中国部分地区鸡场疑似鸡传染性支气管炎病毒感染鸡分离到12株鸡传染性支气管炎病毒,并对其部分生物学特性及基因型进行了研究。发现其中11株病毒分属于LX4和CK/CH/LSC/99I型。通过S1 基因比较、进化树分析、BLAST搜寻以及动物试验等方面研究发现CK/CH/LSD/05I是一株新型变异毒株。动物感染试验表明CK/CH/LSD/05I感染鸡的肾脏病变不明显,仅有20%的感染鸡肾脏病毒分离呈阳性,但100%感染鸡呼吸道病毒分离阳性,表明该病毒不是中国普遍流行的“肾型”毒株,而其对呼吸道具有强的嗜性。同时,试验应用弱毒疫苗H120和本实验室致弱的3株异种毒株进行了动物保护试验,结果显示用CK/CH/LSD/05I攻毒后,这4株异种传染性支气管炎病毒的免疫对气管的保护率很低。初步提示该毒株可能属新的血清型病毒。 相似文献
13.
李建强 《农业生物技术学报》2007,15(4)
摘要:对猪源冠状病毒PEDV DX株纤突蛋白基因进行了克隆与测序。结果表明该基因核苷酸序列长为4152 nt, 推导氨基酸序列为1383aa，与比较毒株氨基酸同源性都在90%以上。系统发生树分析结果表明，比较毒株可分为3个基因群，而且每个群的毒株均来自同一个国家。利用生物软件分析结果表明PEDV发生着微小的变异，尤其在韩国变异明显，而DX株与中国JS-2004-2株亲缘关系很近。 相似文献
14.
2008年至2009年间,在湖南和湖北两省的活禽市场中分离到了14株H6亚型禽流感病毒,为了解这14株病毒之间的分子特征和差异,我们运用PCR和测序鉴定对这14株病毒的NA基因进行了分型,并对其表面基因HA和NA进行序列测定及序列分析。14株H6亚型病毒中,H6N2亚型12株,H6N6亚型2株。序列测定和进化分析结果显示：DK/HN/284的HA基因与其它13株的HA差异性较大,差异性达到19.4%～20.2%,其余13株毒同源性在94.2%～99.9%;N2亚型NA基因的同源性在91.1%～99.9%,差异性比较大;两株N6亚型NA基因同源性为89.5%,差异明显。这些数据表明：不同毒株呈现一定的地域性差异。与我国周边其它地区的H6亚型禽流感毒株序列进行比较发现,只有DK/HN/284的HA基因与香港早期的毒株可能有着共同的来源,其余都与香港和韩国等的毒株有着较大的差异性,并且各个毒株的HA基因上潜在的糖基化位点和受体结合位点也有所不同,这些数据表明,这些毒株表现出明显的异源性。 相似文献
15.
猪霍乱沙门氏菌C500株crp-/gfp+缺失株的构建及鉴定 总被引：1，自引：0，他引：1
为研究crp（cAMP受体蛋白）基因缺失及插入绿荧光蛋白基因gfp后对猪霍乱沙门氏菌弱毒疫苗株C500株的毒力及免疫原性的影响,同时为下一步构建以crp基因缺失C500为载体的外源基因-猪霍乱沙门氏菌双价口服疫苗奠定理论基础与技术基础,本文构建了C500株的crp缺失并插入gfp基因的crp-/gfp+缺失株。首先构建含缺失320bp的crp基因并插入gfp基因的重组自杀性质粒,与C500接合转移,两步法筛选无抗性的crp-/gfp+缺失株,经PCR和荧光显微镜观察证实在C500的基因组上缺失crp基因并正确插入gfp基因。 相似文献
16.
根据合子阻滞因子1(zygotearrest 1,ZAR1)基因GenBank的DNA序列(DQ231443,gi:83727928)设计2对引物,用直接测序和PCR-SSCP相结合的方法,进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)检测,分析该基因在5个品种猪(小梅山、清平、杜洛克、长白和大白)中变异特征及其与产仔数的相关性。测序后在内含子2、3和外显子3中存在6个SNP及在内含子3中存在1处5bp的插入/缺失变异。在5个品种猪群中,对外显子3中的第54碱基处C→T突变(Exon3-BstUⅠ)和内含子3中的5个碱基插入/缺失的变异(Intron3-TspRⅠ)进行了PCR-RFLP检测,并与产仔数进行了关联分析,结果表明,Exon3-BstUⅠ多态对杜洛克母猪第1胎和2胎总产仔数产生显著(P<0.05)影响,对经产母猪总产仔数产生极显著(P<0.01)影响,对经产母猪的产活仔数影响极显著(P<0.01),携带CC基因型母猪的产仔数均高于TT基因型的;Intron3-TspRⅠ多态对杜洛克母猪第1胎和经产胎次总产仔数和产活仔数有显著(P<0.05)影响,NN基因型高于MN和MM基因型的产仔数。 相似文献
17.
用已鉴定的广西鸡传染性支气管炎病毒(IBV)分离株G,C,Z和Q分别通过鸡胚传代进行致弱,在一定代次时分别接种敏感鸡作毒力测定试验.然后用已致弱的毒株在实验室进行攻击保护试验,最后取已致弱而且抗原性良好的毒株在广西各地鸡场进行田间应用试验。结果表明,C株在传至40代时,G,Z和Q株分别传至20代时对鸡的毒性均已大大降低;免疫鸡用标准强毒株(M_(41))攻击,然后用病毒回收的技术来衡量其免疫力,结果各株经免疫两次后均有很好的保护率(60％～100％),均显著优于对照组(P<0.01);致弱株分别在南宁、柳州、容县、岑溪和博自5县市的11个鸡场进行田间试验,试验的鸡有30群共103761羽,试验时分别对疫苗免疫对鸡生产性能的影响、安全性和育成率进行观察和测算,结果表明,作者培育的IBV弱毒苗对鸡是安全的,使用C_(60)或C_(80)和G_(20)株先后两次免疫鸡,对IB有较好预防效果,这些弱毒株有希望成为供生产使用的疫苗。 相似文献
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以合子阻滞因子1（Zygote arrest 1, ZAR1）基因GeneBank的DNA序列（DQ231443，gi:83727928）设计了2对引物，用直接测序和PCR-SSCP相结合的方法，进行单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism , SNP)检测，分析该基因在5个品种猪（小梅山、清平、杜洛克、长白和大白）中变异特征及其与产仔数的相关性。测序后在内含子2、3、外显子3中存在6个SNP及内含子3中存在1个5bp的插入/缺失变异。在5个品种猪群中，对外显子3中的第54碱基处C→T突变（Exon3-BstU I）和内含子3中的五个碱基插入/缺失的变异（Intron3-TspR I）进行了PCR-RFLP检测，并与产仔数进行了关联分析，结果表明Exon3-BstU I多态对杜洛克母猪第一胎和二胎总产仔数产生显著（P<0.05）的影响，对经产母猪总产仔数产生极显著（P<0.01）影响，对经产母猪的产活仔数影响极显著（P<0.01），携带CC基因型母猪的产仔数均高于TT基因型的；Intron3-TspR I多态对杜洛克母猪第一胎和经产胎次总产仔数和产活仔数有显著（P<0.05）影响，NN基因型高于MN、MM基因型的产仔数。 相似文献
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鸡传染性支气管炎病毒嗜腺胃毒株（ZJ971）核衣壳蛋白基因的克隆 总被引：2，自引：0，他引：2
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以线粒体功能性蛋白替代氧化酶(alternative oxidase,AOX)为研究对象,对隐孢子虫(Cryptosporidium)分离株进行扩增和测序,并对测得的序列进行种系发育关系研究,以确定不同隐孢子虫分离株之间的进化关系,并以18SrRNA和HSP70基因构建的进化树作参照,评价AOX基因是否适合作隐孢子虫基因分型和进化关系分析的基因座。结果表明,在AOX序列构建的进化树上Cryptosporidum分为两大类:Cryptosporidium baileyi和C.meleagridis处于一个进化枝上,C.hominis、C.suis、C.parvum牛基因型和C.parvum鼠基因型处于另一个进化枝上。在C.parvum内,鼠基因型分离株和猪基因I型(即C.suis)分离株与牛基因型和人基因型(即C.hominis)在AOX基因序列上都存在着差异。鹌鹑源C.meleagridis分离株与禽源C.baileyi3个分离株在AOX基因序列的同源性显著高于前者与C.parvum的同源性,在进化树上C.meleagridis与C.baileyi的亲缘关系也较其与C.parvum密切。AOX基因不仅可作为隐孢子虫分离株种系发育的遗传标记,又为发现隐孢子虫新的遗传特性提供了一种途径。 相似文献