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1.
摘 要: 利用ISSR-抑制PCR法结合Primer 3软件开发香菇特异性的SSR引物,并采用L16（45）正交试验设计,对影响香菇SSR-PCR的主要因素进行了优化筛选，建立了最佳的SSR-PCR反应体系。在20μl反应体系中，包含1.5mmol/L Mg2+，75ng模板DNA，0.25mmol/L dNTPs，0.50μmol/L引物及1.5U Taq酶。梯度PCR试验筛选得到相应引物的最佳退火温度为62℃。以该体系为基础，应用5对引物扩增8个香菇菌株的基因组DNA，均能获得理想结果，聚类分析结果能较好地反映供试菌株的地理来源关系。以0.5 的相似性为分割点，8个菌株可分成2大类群。类群Ⅰ主要由北方菌株组成，类群Ⅱ由南方菌株组成。 相似文献
2.
为了开发香菇反转录转座子间扩增多态性标记(IRAP),建立稳定的IRAP-PCR反应体系,对影响IRAP-PCR的主要因素进行了优化筛选.确定了最佳反应体系为:20μl反应体系中,包含30ng模板DNA,0.30μmol/L引物,0.3mmol/L dNTPs,2.0 mmol/L Mg2+及0.75UTaq酶.梯度PCR试验筛选得到的最佳退火温度为56.1℃.采用上述最佳反应体系和引物LTR1L-MarY1L对香菇18个菌株进行了IRAP-PCR扩增,验证了该体系的可靠性. 相似文献
3.
以"美登"、"北春"、"蓝丰"为试材,用TIANGEN植物基因组试剂盒提取基因组DNA,对SSR反应体系中的Mg2+浓度、dNTPs浓度、TaqDNA聚合酶用量、引物浓度、DNA模板浓度以及引物CA344F的退火温度进行了优化筛选,探讨了越橘SSR技术中PCR反应体系的主要成分对扩增结果的影响.确定了适合越橘的SSR反应体系:在20μL反应体系中,Mg2+2.0 mmol/L,dNTPs 0.20 mmol/L,TaqDNA聚合酶0.5 U,引物浓度0.8μmol/L,DNA模板1.5ng/μL;引物CA344F的最佳退火温度为58℃.利用此反应体系对部分越橘品种进行PCR扩增并用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,扩增结果清晰且DNA谱带多态性丰富,表明该体系稳定可靠,适合越橘的亲缘关系分析. 相似文献
4.
为了丰富梨分子遗传图谱的SSR标记,以鸭梨、京白梨及鸭梨×京白梨的实生后代为试材,对影响梨SSR技术PCR反应体系中的模板DNA用量、Mg2+浓度、dNTP浓度、引物浓度、Taq DNA聚合酶用量以及每对引物的退火温度进行了探索,确立了适宜梨的SSR反应体系,即在20 μL反应体系中, 模板DNA用量为30 ng,Mg2+、dNTP和引物的最适浓度分别为1.2 mmol/L、0.15 mmol/L、0.8 μmol/L.Taq DNA聚合酶的最适用量是1.0 U.最后利用该反应体系筛选出了19个适宜梨遗传分析的SSR引物,引物的最佳退火温度为49～55℃,通过8%变性聚丙烯酰胺凝胶电泳进行检测,表明该反应体系扩增的多态性条带清晰稳定可靠. 相似文献
5.
以巴西橡胶树无性系针选2号为试验材料,对橡胶树SSR-PCR反应的5个主要因素:TaqDNA聚合酶、Mg2 、引物、DNA模板及dNTPs进行优化试验。筛选出了各反应因素的最佳水平,建立了橡胶树SSR-PCR最佳反应体系(20μl):TaqDNA聚合酶0.8U;Mg2 浓度为1.5mmol/L;引物浓度0.5μmol/L;模板DNA含量50ng;dNTPs浓度0.25mmol/L。并利用此反应体系,用引物1对14个巴西橡胶树品种进行SSR分析,8%的非变性聚丙稀酰胺凝胶电泳检测显示不同品种间DNA谱带多态性丰富。结果证明,此反应体系是稳定可靠的。这为下一步进行的遗传多样性分析、指纹图谱构建等研究奠定基础。 相似文献
6.
树莓SSR反应体系的优化及应用 总被引：2，自引：1，他引：1
本研究主要对树莓SSR-PCR体系进行优化,以‘来味里（Reveille）’红树莓为试材,利用L9（34）正交试验设计和两因素完全随机试验,研究各主要参数的适宜浓度,建立适合树莓SSR反应的最佳体系,并通过16个不同的树莓栽培品种对优化后的体系进行验证。结果表明：各影响因素中,引物浓度的变化对扩增结果的影响最大,优化后的最佳反应体系（25μL）中,Taq DNA聚合酶和DNA最适用量分别为1.0U和30ng;Mg2＋、dNTP和引物最适浓度分别为1.5、0.2mmol/L和0.4μmol/L。利用优化后的反应体系和10对SSR引物对16个树莓品种进行PCR扩增,不同品种间扩增结果稳定,多态性位点丰富,共有54个等位位点,表明该体系稳定可靠,适合树莓的SSR分析。 相似文献
7.
《江苏农业科学》2017,(11)
为探索适宜小豆SSR-PCR反应的最佳条件以筛选具有多态性的SSR引物,采用L16(45)正交设计优化影响小豆SSR-PCR反应的5个因素(Mg~(2+)浓度、dNTPs浓度、Taq用量、引物浓度、模板DNA用量),利用优化后的SSR-PCR体系,以10份小豆种质为模板,对80对小豆(50对)和绿豆(30对)的SSR引物进行多态性筛选,得出小豆SSR-PCR的最佳反应体系(20μL):Mg~(2+)浓度2.5 mmol/L,dNTPs浓度1.0 mmol/L,Taq活性1.5 U,引物浓度0.6μmol/L,模板DNA用量30 ng。利用优化后的体系在小豆和绿豆引物中筛选出31对条带清晰、多态性丰富、重复性好的SSR引物,有效扩增率为38.75%。小豆SSR-PCR优化体系的建立及多态性引物的筛选为进一步开展小豆遗传育种研究奠定了基础,为小豆遗传多样性分析和遗传图谱库构建等研究提供了技术参数和理论依据。 相似文献
8.
以鸡心槟榔为试材,用QIAGEN公司的DNeasy Plant Mini Kit提取基因组DNA,对SSR反应体系进行建立与优化,探讨了槟榔SSR技术中PCR体系的主要成分对扩增结果的影响。最终确定了引物C7549的最佳退火温度为56℃,在PCR反应体系中最佳条件:Mg2+浓度为3.0 mmol/L,dNTPs浓度为0.1 mmol/L,Taq酶量为1.5 U,引物浓度为0.8μmol/L,DNA模板为2.0 ng/μL。利用此反应体系对部分槟榔品种进行PCR扩增并Page胶电泳检测,扩增结果清晰且有较高的多态性,表明该体系适合槟榔的亲缘关系分析。 相似文献
9.
正交设计优化广藿香基因组SRAP扩增体系的研究 总被引：1，自引：0，他引：1
以改良CTAB法提取的广藿香叶片DNA为模板,采用正交试验设计,从Mg2+、dNTP、引物浓度和DNA聚合酶4因素3水平,对SRAP扩增效果进行研究,比较不同模板DNA浓度对PCR扩增的影响,确立适合广藿香SRAP-PCR反应的最佳体系.利用SRAP-PCR优化体系对引物进行了全面筛选.结果表明:各因素不同水平浓度对PCR反应结果均有显著影响,总体积20μL的SRAP-PCR优化反应体系中含有:2 μL 10×buffer、20 ng模板DNA、1.5 mmol/L Mg2+、250 μmol/L dNTP、0.3 μmol/L Primer、Taq DNA聚合酶1.5 U.运用该体系对部分广藿香单株进行检验,证明该体系稳定可靠;以此体系为基础从90对引物中共筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SRAP引物18对. 相似文献
10.
油松是我国特有的重要乡土针叶树种,开发合适的油松PCR-SSR引物并建立优化的反应体系,是开展油松天然群体和种子园人工群体遗传研究的基础.该研究以油松总DNA为材料,分析了Taq聚合酶、样本浓度、Mg2+浓度、dNTP浓度以及引物浓度对PCR SSR扩增结果的影响,筛选出扩增条带清晰、多态性丰富的SSR引物12对,建立了稳定的、可重复的油松PCR-SSR最佳反应体系及PCR扩增参数.研究结果表明:在15 μL SSR -PCR反应体系中,样本最适宜浓度为30 ng,Mg2+的最适浓度为0.25 mmol/L,dNTP最适浓度为0.2 mmol/L,单引物的最适浓度均为250 nmol/L;Taq聚合酶在15 μL反应体系中宜加入0.375 U.统计利用所选12对引物,对辽宁兴城油松种子园内49个建园无性系进行了SSR-PCR反应,通过6%的变性聚丙稀酰胺凝胶电泳检测,每对引物扩增产物在100～250 bp之间的等位谱带数最大为10,最小为5,不同无性系间DNA谱带多态性丰富.油松SSR-PCR引物筛选及反应体系的建立,为今后利用SSR标记技术开展油松种子园的父本分析及选择性受精研究提供了一个标准化程序和强有力的工具. 相似文献