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1.
芜菁花叶病毒山东分离物外壳蛋白基因的克隆及序列分析 总被引：5，自引：0，他引：5
从山东省3地市感病的白菜和萝卜上分离到芜菁花叶病毒6个分离物，将其分别命名为TuMV-SD1、TuMV-SD2、TuMV-SD3 、TuMV-SD4、 TuMV-SD5和TuMV-SD6。利用RT-PCR克隆了这6个分离物的外壳蛋白基因，测定了它们的核苷酸序列，并进行了序列分析。结果表明，6个分离物的CP基因均为867个碱基，核苷酸序列同源性较高, 达97.0%～99.4%；它们与World-B组分离物的同源性最高，达91.8%～100%；与Brassica- Raphanus (BR) 致病型分离物的同源性次之，在89.1%～91.0%之间；与basal-B组分离物的同源性最低，仅86.0%～90.3%。基于TuMV的CP基因核苷酸序列的分子进化树显示，TuMV分离物可分为4组，本研究所分离到的6个TuMV山东分离物属于第四组，即world-B组。用分离到的6个TuMV分离物对已获得的转TuMV CP基因的抗病毒大白菜进行攻毒试验。结果表明，尽管作为转基因的CP基因与这6个分离物的CP基因只有88.2%～88.9%的同源性，但转基因大白菜对这6个分离物均具有明显抗性。 相似文献
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芜菁花叶病毒杭州分离物(HZWT)和昆明分离物(YNQC)在7种寄主上的致病性相似.利用IC-RT-PCR对两分离物的CP和HC-Pro基因进行PCR扩增,扩增产物克隆后进行序列测定,CP基因序列长度均为864个核苷酸,编码288个氨基酸;HC-Pro基因序列长度均为1374个核苷酸,编码458个氨基酸.两分离物的CP和HC-Pro基因的核苷酸同源率分别为99.3%和94.5%,氨基酸同源率分别为100%和98.7%.HZWT和YNQC的CP基因与已报道的TuMV其他分离物的核苷酸序列同源率为89.2%～99.3%,氨基酸同源率分别为88.5%～99.7%;HC-Pro基因与TuMV其他分离物的核苷酸序列同源率分别为80.6%～97.0%,氨基酸同源率分别为95.0%～99.6%. 相似文献
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芜菁花叶病毒萝卜与甘蓝分离物P3基因的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)危害范围广,变异快,对其序列进行分析,能对病毒的演变与进化有深入的了解,为抗病育种打下基础.P3蛋白是TuMV高度容易变异的蛋白之一,包含一个对Brassica属和Raphanus属不同宿主侵染能力的决定因子,决定了宿主范围.笔者分别从北京感病的萝卜和甘蓝上分离得到4个TuMV分离物BJ - R01和BJ - 1301、BJ - B02、BJB03.利用RT - PCR克隆了这4个分离物的P3基因,测定了它们的核苷酸序列,并进行了序列分析.结果表明,4个分离物的P3基因均为1 065个碱基,编码355个氨基酸.4个分离物P3基因的同源性较高,核苷酸序列同源性在92.6％ ～99.3％,氨基酸同源性在93.5％ ～99.7％.根据系统进化树分析,4个TuMV分离物均属于world -B组.经对宿主的致病性鉴定,4个TuMV分离物均为BR致病型.4个TuMV分离物对Brassica属植物均表现出强致病性,但对Raphanus属植物致病性显现出明显的差异. 相似文献
4.
【目的】病毒病是萝卜（Raphanus sativus）生产上的主要病害之一,严重危害萝卜生产安全及产业发展。本研究旨在鉴定侵染广东萝卜的病毒种类,探究侵染萝卜的油菜花叶病毒（youcai mosaic virus,YoMV）分子特征及致病性,为萝卜病毒病的防控提供科学依据。【方法】从广东省惠州市萝卜种植基地采集了3个疑似病毒病侵染的萝卜病样及1个无症状样品,提取样品总RNA,利用小RNA深度测序初步探明病毒种类,然后根据测序结果设计病毒特异引物进行RT-PCR验证。应用分段克隆方法扩增病原病毒YoMV基因组1—3 405 nt片段和3 194—6 304 nt片段,然后通过同源重组克隆到pCB301双元载体上,得到YoMV-GD分离物基因组全长序列,同时构建该病毒分离物的侵染性克隆。利用MEGA7软件对YoMV-GD及其他分离物全长核苷酸序列进行系统进化分析。通过侵染性克隆人工注射接种本生烟和普通烟,检验pCB301-YoMV-GD的侵染性,然后再注射接种萝卜和菜心,测定YoMV-GD分离物的致病性。【结果】侵染广东萝卜的病毒包含萝卜隐状病毒3（Raphanus sativus cryptic virus 3,RsCV3）、萝卜黄病毒1（Raphanus sativus chrysovirus 1,RasCV1）、芜菁花叶病毒（turnip mosaic virus,TuMV）、YoMV 4种;YoMV-GD分离物全长序列为6 304 nt,编码4个蛋白,分别为124.7 kD复制相关蛋白、183 kD复制酶、30 kD运动蛋白MP、17.7 kD外壳蛋白CP,与YoMV英国分离物（GenBank登录号：AY318866）核苷酸相似性最高,为99.18%;YoMV-GD分离物与英国、德国及我国上海、重庆分离物的亲缘关系较近;构建的侵染性克隆pCB301-YoMV-GD可以系统侵染本生烟和普通烟,引起严重的坏死、枯斑等症状,具有较强的侵染性;YoMV-GD可以系统侵染萝卜和菜心,引起轻微的黄化和花叶等症状,致病力较弱。【结论】侵染广东萝卜的病毒包含RsCV3、RasCV1、TuMV和YoMV,且以复合侵染形式存在;YoMV遗传进化并没有明显的地域性;YoMV-GD对烟草致病力较强,而对萝卜和菜心致病力较弱。 相似文献
5.
【目的】明确贵州省甘蓝芜菁花叶病毒(Turnip mosaic virus,TuMV)的发生分布,为科学防控提供指导。【方法】在贵州省安顺市、威宁县和修文县采集甘蓝病毒病样品,采用酶联免疫吸附试验法(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)和RT-PCR对病样进行TuMV检测,利用相关生物学软件分析TuMV CP基因序列的一致性,并构建系统进化树。【结果】152份甘蓝样品中66份检测出阳性,检出率为43.42%;测序的15个TuMV CP基因核苷酸同源性为88.70%～100%,与已报道TuMV 6个组的分离物构建系统进化树发现,14个分离物属于basal-BR,1个分离物属于world-B组。【结论】TuMV在贵州省甘蓝不同种植区普遍发生,且basal-BR为感染甘蓝的优势毒源。 相似文献
6.
利用我国新筛选的6种鉴别寄主和新的株系划分方法,对山东大白菜 TuMv6个分离物进行株系分化鉴定。结果表明,引起山东大白菜病毒病的主导毒原 TuMV6个分离物,同属于海洋白菜株系;同一株系在同一寄主上出现不同反应症状,确认存在着不同的侵染类型。 相似文献
7.
【目的】对贵州省白菜、萝卜和甘蓝感染芸薹黄化病毒（Brassica yellows virus,BrYV）进行分子检测及基因型鉴定,为马铃薯卷叶病毒属病毒的防治提供理论参考。【方法】在贵州省遵义市、威宁县、关岭县、平坝县等县（市）共采集284份蔬菜（白菜、萝卜和甘蓝）疑似病毒病样品,利用马铃薯卷叶病毒属的通用引物进行RT-PCR分子检测,并对检测出的16个BrYV分离物进行P0和CP基因序列扩增,再与已报道的BrYV基因序列进行比对,从而构建系统发育进化树,鉴定其基因型。【结果】284份疑似病毒病样品中,有43份样品检测出BrYV,检出率为15.14%,其中,感染BrYV白菜样品12份,占白菜总样品数的12.77%;感染BrYV萝卜样品14份,占萝卜总样品数的20.29%;感染BrYV甘蓝样品17份,占甘蓝总样品数的14.05%。贵州16个BrYV分离物P0基因核苷酸序列的相似性为89.9%~100.0%,CP基因核苷酸序列的相似性为93.5%~100.0%,二者编码的氨基酸序列相似性均为100.0%。基于P0基因构建的系统发育进化树可知,BrYV-Pingba-BC-2、BrYV-Zunyi-LB-1和BrYV-Zhijing-BC-1均与BrYV-BJS和BrYV-BBJ聚为一类,其余13个分离物均与BrYV-ABJ和BrYV-AJS聚为一类。基于CP基因构建的系统发育进化树可知,贵州不同地区不同蔬菜作物的16个BrYV分离与BrYV-A和BrYV-B基因型无明显分界,亲缘关系均较近。BrYV P0基因检测到5个重组事件,BrYV CP基因未检测到潜在重组事件。【结论】BrYV在贵州白菜、萝卜和甘蓝上普遍发生,但对萝卜的危害最重,主要存在BrYV-A和BrYV-B 2种基因型。 相似文献
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大白菜中与芜菁花叶病毒(TuMV)感病基因连锁的AFLP标记 总被引：17，自引：0，他引：17
TuMV是大白菜病毒病的主要病原物之一,所以抗TuMV病毒病成为白菜抗病育种的主要目标,寻找与抗性基因紧密连锁的分子标记,进行分子标记辅助育种,是提高白菜抗病育种效率的有效手段。以抗病自交系Brp0058和感病自交系Brp0181杂交后代的F2分离群体为试材,采用分离群体分组分析法(BSA),筛选到2个与TuMV感病基因紧密连锁的AFLP分子标记,利用MAPMAKER/EXP(Version3.0)作图软件统计,其遗传距离分别为7.5和8.4cM。 相似文献
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从呈花叶症状的芥菜病株上分离到毒源,经CP基因克隆、序列分析以及电镜观察鉴定为芜菁花叶病毒(turnip mosaic virus,TuMV).利用提纯的病毒免疫新西兰大白兔,获得TuMV多克隆抗体,其效价为1:40000,多抗仅对TuMV起特异性反应.以1:10000稀释度为TuMV多抗最适工作浓度,建立TuMV间接酶联免疫吸附测定法(ID-ELISA),该方法检测到提纯病毒的绝对量约1.765ng.说明本试验所建立的TuMV ID-ELISA检测方法可有效运用于TuMV的检测. 相似文献
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为了获得对芜菁花叶病毒（TuMV）高度稳定的抗性,选取TuMV的外壳蛋白（CP）基因近3′端保守区共377 bp的核苷酸序列,构建了抗TuMV的发卡结构RNAi载体,并转化了TuMV的天然宿主拟南芥。转基因植株用北京地区TuMV主要流行的强致病株系BJ-C4人工接种。鉴定的8个转基因株系中有3个株系表现出对TuMV的高度抗性。定量PCR结果显示,高抗转基因株系体内几乎检测不到病毒的积累。 相似文献
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【目的】了解中国CTLV分离物外壳蛋白（CP）基因的变异情况。【方法】对来源于中国不同地区、不同寄主品种的18个柑橘碎叶病毒（CTLV）分离物进行RT-PCR、克隆、测序,应用DNAMAN软件进行序列分析。【结果】18个分离物的CP基因全长714 nt, 推导的CP含237个氨基酸。CP核苷酸序列及推导的氨基酸序列最大相似性分别为88.5％～99.9％和91.1％～99.6％。与核苷酸序列G289→A或C、A409→C和G414→T的单碱基突变相对应,CTLV外壳蛋白第97、137、138位氨基酸在强、弱毒分离物之间存在差异,多数弱毒分离物为Q97或K97、Q137、H138,而多数强毒分离物为E97、R137或K137、Q138。在根据CP氨基酸序列构建的系统进化树上,本研究获得的18个CTLV分离物至少可以划分为2个组群,其中,在指示植物上表现较弱症状的多数(4/6)CTLV分离物划分在第Ⅰ组群,多数(10/12)CTLV强毒分离物划分在第Ⅱ组群。【结论】CTLV外壳蛋白基因相对保守,其第289、409、414位碱基在强、弱毒分离物之间存在差异,可能与病毒致病性相关。 相似文献
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为了揭示黄瓜绿斑驳病毒(Cucumber green mottle mosaic virus,CGMMV)河北分离物分子变异及系统进化情况。本研究自河北省5个代表性西瓜产区采集病样,分离纯化获得5个CGMMV河北分离物,经RTPCR扩增、基因克隆获各分离物的外壳蛋白(Coat protein,CP)基因序列。使用Vector NTI 10.0软件(Informax,Frederick,MD,USA)和MEGA5.0软件(Koichiro,Tokyo,Japan)对河北省5个分离物及GenBank已登录其它分离物CP进行序列分析,构建系统发育树。系统进化关系分析表明:所有CGMMV分离物可划分为5个组,CGMMV河北分离物与中、日、韩三国分离物亲缘关系较近,位于同一组别。与希腊2个分离物(CGMMV-GR5、GR3)亲缘关系最远。CGMMV CP序列相似性分析结果表明:河北省5个分离物CP核苷酸、氨基酸序列相似性在99%~100%之间,与其它17个分离物序列相似性在92%~100%之间。与中国LN及Liaoning两个分离物及韩国Watermelon分离物相似性最高为100%,与希腊2个分离物(GR5、GR3)序列相似性最低为92%~99%。揭示了CGMMV河北分离物的分类地位及其与不同来源分离物之间的遗传进化关系,为进一步研究CGMMV株系划分、基因遗传变异提供了理论基础。 相似文献
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水稻条纹病毒云南分离物CP基因克隆及序列比较分析 总被引：3，自引：0，他引：3
对采自云南保山、楚雄、石林和宜良等4地的水稻条纹叶枯病感病稻株,提取病叶总RNA,经RT-PCR扩增,获得4个RSV云南分离物的CP基因片段。序列测定表明,该片段长999 bp,其中CP基因由969个核苷酸组成,编码322个氨基酸。与其它已报道的RSV分离物CP基因进行同源性比较,发现我国RSV分离物可以划分为2个不同的组,大部分RSV云南分离物为一组,其它的RSV 分离物为另一组。以RSV-CXi分离物的CP与纤细病毒属的其它5种病毒的CP进行氨基酸同源性比较,结果表明RSV与MStV亲缘关系最近,而与RGSV亲缘关系最远。 相似文献
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大白菜芜菁花叶病毒(TuMV)沈阳分离物,是本研究组分离和纯化的毒原。在无虫温室中以人工接种于大白菜(小白口)叶片,适期收获,称重,冰冻过夜。次日加适量0.02M磷酸缓冲液,pH7.2匀浆。并进行差速离心;低速离心3000rpm,30分钟去寄主细胞器,取上清液搅拌加4％聚乙二醇(PEG—MW6000)及3％NaCl(W/V),搅拌沉淀病毒粒体,进行一系列低速及超速离心。超速离心后的沉淀物用0.01M磷酸缓冲盐液(含0.015M尿素)悬浮,得到纯化的TuMV制品。经电子显微镜检查,提纯物中含有大量单个非集聚的TuMV粒体。粒体平均长度为720nm,结构保持良好,粒体断裂现象很少。提纯物经指示植物接种测定,具侵染性。这一简化提纯法可以免去蔗糖密度梯度离心等过程,取得较为相似的效果。 相似文献
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水稻条纹病毒外壳蛋白基因和病害特异性蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
水稻条纹病毒编码的外壳蛋白 (CP)和病害特异性蛋白 (SP)是两种与症状密切相关的蛋白 .本文对我国云南 YL分离物的 CP基因和 SP基因进行了克隆和测序 .结果表明 ,CP基因和 SP基因分别由 96 6和 534个核苷酸组成 .与已发表的一些分离物相比 ,YL分离物 CP基因与我国山东 C分离物和日本 T、M分离物的核苷酸序列一致性在 96 .0 %左右 ,氨基酸序列一致性为 97.0 % ,但从序列一致性和碱基变异方式来看 ,C分离物与 T、M分离物的亲缘关系稍近 .YL 分离物 SP基因和云南 CX分离物之间有 99.0 %的核苷酸序列一致性 ,但与 T、M分离物的核苷酸一致性只有 94 .0 %左右 .可见 ,不同分离物间 SP基因的变异与其地理分布有密切的关系 . 相似文献
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笔者通过RT-PCR方法对LMV北京分离物(LMV-BJ)基因组3''端1620nt的核苷酸片段进行了克隆和序列分析(GenBank登录号为EF423619)。所获片段含有NIb基因3''端的574nt,编码NIb C-端190个氨基酸;完整的CP基因,全长为834nt,编码一个由277个氨基酸组成的分子量约为30kDa的结构蛋白;3''非编码区含有209nt。通过序列分析软件将LMV-BJ与已经报道的法国分离物O(X97704)、法国分离物E(X97705),美国分离物(X65652),巴西分离物(AJ278854)和余杭分离物(AJ306288)基因组3''末端和CP基因的核苷酸序列与氨基酸序列分别进行了比较。 相似文献
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为了探明郑州地区感病菊花上病毒的种类及来源,采集有明显病症的菊花样品,根据已知的番茄不孕病毒(TAV)和菊花B病毒(CVB)的基因序列设计特异性引物,采用RT-PCR扩增其外壳蛋白(CP)基因的方法对这2种病毒进行了检测,然后进行序列同源性及系统进化分析。结果显示,所得TAV的CP基因序列长度为481 bp,NCBI登录号为KU873003;所得3条CVB的CP基因序列长度均为547 bp,NCBI登录号分别为KU873004、KU873005、KU873006。将郑州分离物的CP基因与NCBI上已登录的其他分离物进行比对,TAV核苷酸序列同源性为91%~99%,氨基酸序列同源性为86%~100%;CVB核苷酸序列同源性为76%~99%,氨基酸序列同源性为77%~99%。系统进化分析表明,菊花TAV郑州分离物与北京分离物KP019201、黑龙江分离物KP019202、河南分离物KP019200和山西分离物KP019204的亲缘关系最近;CVB郑州分离物与印度分离物AJ812569、AJ871367的亲缘关系最近。 相似文献
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地黄病毒病的检测与初步鉴定 总被引：2，自引：0，他引：2
利用DAS-ELISA和RT-PCR等检测方法,对感染地黄病毒病的地黄进行检测和初步鉴定,并结合该病毒地黄分离物CP基因的克隆及序列分析进行验证。结果表明,烟草花叶病毒（TMV）为侵染地黄的主要病毒;扩增产物序列测定结果表明：TMV地黄分离物CP基因的核苷酸序列与GenBank上已登录的TMV其他株系CP基因核苷酸序列的同源性在85％～98％之间,氨基酸序列同源性在84％～98％之间,同源性较高。根据不同株系CP基因氨基酸序列进化树分析,推测该分离物可能为TMV的已有株系。 相似文献
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水稻条纹病毒外壳白基因和病害特异性蛋白基因的克隆和序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
水稻条纹病毒编码的外壳蛋白（CP）的病害特异性蛋白（SP）是两种与症状密切相关的蛋白，本文对我国云南YL分离物的CP基因和SP基因进行了克隆和测序，结果表明，CP基因和SP基因分别由966和534个核苷酸组成，与已发表的一些分离物相比，LY分离物CP基因与我国山东C分离物和日本T，M分离物的核苷酸序列一致性在96．0％左右，氨基酸序列一致性为97．0％，但从序列一致性和碱基变异方式来看，C分离物与T，M分离物的亲缘关系稍近，YL分离物SP基因和云南CX分离物之间有99．0％的核苷酸序列一致性，但与T，M分离物的核苷酸一致性只有94．0％左右，可见，不同分离物间SP基因的变异与基地理分布有密切的关系。 相似文献
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从广东和山东呈现花叶病症的辣椒上分离纯化得到2个黄瓜花叶病毒Cucumber mosaic virus(CMV)的分离物.利用RT-PCR技术克隆了病毒分离物的外壳蛋白(CP)基因.核苷酸序列测定表明,CMV-GDLJ和CMV-SDLJ 2个病毒分离物CP基因序列长度为657bp,编码218个氨基酸.2个病毒分离物的CP基因序列与CMV亚组Ⅰ的6个株系CP基因序列同源性均在90%以上,而与亚组Ⅱ的3个株系同源性均低于80%,据此将分离物CMV-GD和CMV-TA归属于CMV亚组Ⅰ. 相似文献