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1.
利用磁珠富集高效微卫星分离法,设计生物素标记的寡核苷酸（AG）15与（AC）15作为探针,快速分离油茶微卫星序列并建立其SSR分子标记体系。从获得的52份具微卫星序列的克隆测序结果中,成功开发40对油茶SSR引物,序列开发引物成功率在76.9%;对扩增结果进行比较分析后,共得到14对具有清晰扩增条带的SSR引物,占总引物的35%;进一步利用18个油茶无性系开展引物多态性检测,显示6对SSR引物具良好的多态性。研究结果可为油茶遗传学研究提供新的分子标记工具,同时为山茶属其他重要经济树种的相关研究提供很好的借鉴。 相似文献
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为解决白皮松分子标记资源相对匮乏的问题,对其针叶转录组测序结果进行检测分析及引物开发,结果在针叶转录组数据中共检测到精确型SSR位点3 268个以及复合型SSR位点104个,序列长度为10～27 bp的短序列(2 954,93.36%)占主导地位;SSR重复单元的重复次数在4～30次之间,重复次数为9次的重复单元数量最多,所占比例最大(684,20.93%);在所有142个重复单元中,A/T所占比例最大(1 508,46.14%),其次为AT/CA(280,8.57%)和TA/TC(245,7.50%);从所设计的1 151对引物中,随机选择60对EST-SSR引物,对来自不同地区的50株白皮松优树进行PCR扩增,有28对引物能扩增出清晰的条带,有效扩增率为46.67%,其中多态性引物2对,引物多态率为7.14%,多态性信息含量PIC分别为0.375、0.305。为了检验引物的多态性,又选择了7对已发表的对白皮松基因型具有多态性的SSR引物进行验证分析,结果发现,这7对引物均能扩增出清晰的条带,但对50株白皮松优树均无多态性,也侧面说明了白皮松基因序列的相对保守性。该研究结果为白皮松种质资源评价、分子标记辅助育种等方面的研究提供了参考。 相似文献
3.
利用直接测序法开发小叶杨抗逆转录因子基因内一套新的核基因组SSR标记。通过对3个抗逆转录因子共21个成员在36个小叶杨基因型个体中的序列比较分析后共检测到31个SSR多态性位点,SSR出现的频率为1/1916bp。在小叶杨自然群体中,SSR多态性位点的碱基重复呈现出2～5碱基形式,基元重复次数变异范围为3～20次,其中以二碱基重复的位点较多,占总数的51.6%。在此基础上,依据SSR位点两侧的保守序列,设计31对SSR位点PCR扩增引物对。利用设计的引物检测所开发的SSR位点在杨属内22个基因型个体中PCR扩增的有效性及SSR位点的保守性。PCR扩增结果显示,93.5%的SSR位点能够在杨属内至少4个派内有效扩增,每对引物组合可检测到SSR多样性位点数3～12个,平均6个。基于抗逆转录因子基因内开发的SSR标记位点为分子标记辅助小叶杨抗逆性状育种提供工具。 相似文献
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[目的]基于转录组数据开发适用于桤木属树种的SSR标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。[方法]利用Micro SAtellite(MISA)软件对所有转录组序列进行SSRs搜索,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计100对SSR引物,采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对3种不同倍性桤木属植物(12份材料)进行遗传多样性检测,确定引物多态性及通用性。[结果]85 769条Unigenes序列中发现8 678个SSR位点,分布在8 298条Unigenes中发生频率为9.67%,转录组序列中平均每14.04 kb长度就有一个SSR位点分布。其中,二核苷酸重复类型数量最多,占65.87%。根据转录组Unigenes序列,利用Primer 3软件共设计出4 531对符合要求的引物,挑选出的100对SSR引物中,获得18对多态性高、稳定性好的SSR引物。[结论]本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于桤木属转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的引物为桤木属遗传多样性分析、分子育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了丰富的候选分子标记。 相似文献
6.
《林业科学》2021,57(6)
【目的】基于转录组测序数据开发苦楝SSR标记,为苦楝种质资源的选育、评价和遗传改良提供理论基础和科学依据。【方法】利用Illumina Hi Seq~(TM)2500平台对苦楝叶片进行高通量测序,分别利用Trinity、MISA软件对转录组数据进行拼接组装、序列检索及SSR分布类型和特征分析。采用Primer 3软件设计合成100对SSR引物,分别用2%琼脂糖凝胶电泳和PAGE凝胶电泳进行初步筛选和多态性筛选。【结果】共获得Unigenes 20 077条,平均长度为1 431.82 bp,N50为1 955 bp;对Unigenes进行SSR位点的发掘和分析,发现4 116条Unigenes序列中含有5 469个SSR位点,SSR的发生频率为20.50%,平均分布距离为8.74 kb;单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的50.23%、24.43%和22.11%; SSR重复单元以6～10次重复的最多,占总数的51.27%。筛选出16对多态性引物并进行PCR扩增,共检测到56个等位基因片段,平均每个位点含3.5个,平均有效等位基因数为2.31个,平均Shannon多样性指数I为0.861,平均多态性信息含量PIC为0.507。【结论】苦楝转录组SSR位点具有较高的出现频率和分布密度,基元类型和重复次数相对较高,具有高多态性的潜能,可以进行有目的的引物设计和开发。开发的16对SSR引物在苦楝上可检测到较高的多态信息含量,进一步丰富了楝科现有SSR标记数据库资源,可为楝科植物在基因组水平上的遗传多样性分析和分子辅助育种等提供参考。 相似文献
7.
《经济林研究》2021,39(2)
【目的】为了探究银杏叶片转录组中简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR)的位点信息,以丰富银杏分子标记库,为日后银杏SSR分子标记的筛选和开发、SSR遗传多样性分析、遗传图谱构建和品种鉴定及种质资源保护奠定理论基础。【方法】利用Illumina HiSeq~(TM)2500高通量测序平台获得银杏叶片转录组数据,然后采用MicroSAtellite(MISA)软件对测序获得的299 373条Unigenes序列SSR位点的分布特征进行分析;再利用转录组数据开发SSR分子标记,对6份不同品种(单株)的银杏叶片材料进行扩增和筛选。【结果】通过组装得到了299 373条Unigenes序列,其总长为232 983.457 kb,其中,G+C的占比为42.82%。通过检测,共搜索到SSR位点17 821个,SSR位点的出现频率为5.95%,即平均长为13.07 kb的序列中就含有1个SSR位点,其中,有16 163条Unigenes序列含有1个以上的SSR位点;SSR位点重复类型中最主要的类型是二核苷酸和三核苷酸,分别占SSR位点总数的74.46%和23.37%,其中的AG/CT、AAG/TTC分别是二核苷酸、三核苷酸的优势重复单元,分别占SSR位点总数的31.19%和4.65%;对5种不同SSR位点重复类型的重复次数的统计结果表明,重复次数为5～11次的不同SSR位点类型占SSR位点总数的90.21%;基序长度为10～20 bp的SSR位点数占SSR位点总数的83.17%。利用6个不同品种(单株)的银杏叶片材料对所有引物进行筛选,得到了条带清晰、稳定且多态性好的引物。【结论】根据转录组测序数据中不同SSR位点的分析结果可知,转录组中SSR位点的出现频率相对较高、平均距离较短,说明转录组中SSR位点的数量和种类均较多。随着重复次数的增加,SSR位点的出现频率随之降低。重复次数和基序长度也都说明了转录组测序所得的SSR位点大部分具有多态性的潜能。试验筛选出了条带清晰、稳定且多态性好的引物,其不仅适用于后续的银杏遗传多样性分析,还可以用于银杏的遗传图谱构建和品种鉴定等方面的研究之中。 相似文献
8.
毛白杨木材形成功能基因内SSR标记的开发及评价 总被引：2，自引：0，他引：2
利用直接测序法开发木材形成功能基因内一套新的核基因组SSR标记.通过对参与木材形成的16个基因在40个毛白杨基因型个体中的序列比较分析,共检测剑20个SSR多态性位点.在毛白杨自然群体中,SSR多态性位点的碱基重复呈现出二碱基、三碱基、五碱基、六碱基与七碱基形式,基元霞复次数变异范围为2～34次,其中以二碱基重复的位点较多,占总数的55.0%.在此基础上,依据SSR位点两侧的保守序列,设计20对SSR位点PCR扩增引物对.利用设计的引物检测开发的SSR位点在杨属内15个基因型个体中PCR扩增的有效性及SSR位点的保守性.PCR扩增结果显示,90.0%的SSR位点能够在杨属至少2个派内有效扩增,每对引物组合可检测到SSR多样性位点数为3～9个,平均5.3个.开发的这些SSR位点在功能基因内小同区域的分布频率不同. 相似文献
9.
为给杜仲SSR分子标记的选择提供参考依据,利用MISA软件对杜仲转录组序列进行了微卫星查找,共获得重复单元长度为1~6碱基的29 067个微卫星序列。分析这些微卫星序列后发现,在杜仲转录组中,长度为二核苷酸的微卫星重复单元最为丰富,占43.7%;在单碱基重复和二碱基重复这两种类型中,最主要的优势重复单元分别是A/T和AG/CT;在三碱基、四碱基、五碱基重复类型中,(AAN)n、(ANAT)n、(AANAN)n分别为其对应的优势重复单元。杜仲转录组中,微卫星的频率随着微卫星总长度的增加而降低。 相似文献
10.
《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2020,(8)
【目的】目前杉木分子标记数量无法满足种质资源评价及分子标记辅助育种等相关研究需求,需要开发更多的杉木SSR标记十分重要。【方法】以陈山红心杉转录组测序数据为基础,进行EST-SSR标记的检测和开发,并对陈山红心杉二代种子园进行遗传变异分析。【结果】转录组测序共获得99 122 394个reads片段,包含了14.87 Gb的序列数据。序列组装后,获得76 597个unigene,共计104.18 Mb数据,平均长983 bp。寻找到8 072个SSR位点,单核苷酸和三核苷酸是主要重复类型,分别占总数的66.30%和17.48%,其次是二核苷酸重复类型,占总数的12.31%。AT/TA和AG/TC是主要的双碱基重复序列,分别占总位点数的6.79%和1.93%。AGA/TCT和AAG/TTC是主要的三碱基重复序列,分别占总位点数的1.45%和1.44%。从随机挑选的150对SSR引物中筛选出11对多态性引物。陈山红心杉二代种子园SSR位点间的平均等位基因数为4.4个,有效等位基因为2.4个;群体平均观察杂合度、期望杂合度、Shannon多样性指数分别为0.533 5、0.563 8、1.003 4,表明该种子园遗传多样性较高。陈山红心杉二代种子园无性系间的遗传相似系数在0.240 0～0.977 8之间,平均值为0.589 3,说明这一群体有较宽的遗传基础。在阈值0.62处可将无性系划分为6个亚群体,亚群体内个体数量差异较大。【结论】本研究基于陈山红心杉转录组数据开发出11对EST-SSR标记,丰富了杉木分子标记库,这些标记可用于杉木种质资源评价、遗传多样性分析及分子标记辅助育种等方面。 相似文献
11.
为全面解读杜仲的遗传背景,本研究在基因组测序(数据未公布)的基础上,通过MISA软件搜索杜仲基因组(26 947/854 758 160 bp)中的完整型(1～7核苷酸重复)及复合型SSR序列,共查找出25 694个Scaffolds含有488592个SSR位点,占总Scaffolds的95.3％.从SSR位点分布密度上讲,平均每1 749 bp出现1个微卫星,其中单核苷酸重复单元的SSR含量最多,约占总数的54.34％,其次为二核苷酸(20.47％),而复合模式、三核苷酸、四核苷酸、五核苷酸、六核苷酸和七核苷酸重复分别占20.29％、23.89％、0.77％、0.13％、0.10％和0.01％,并发现SSR中均以含A、T的重复类型占主导地位.根据SSR位点设计并合成引物290对,162对SSR引物扩增出清晰的目的条带,其中16对引物多态性高、稳定性好,在8份杜仲资源中共检测到84个等位基因,平均每个SSR位点检测到5.25个等位基因.本研究对于进一步利用SSR分子标记分析杜仲遗传多样性、遗传图谱构建、杜仲雌雄株早期鉴定等具有较高的应用价值. 相似文献
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基于转录组序列的楠木SSR分子标记开发 总被引：2，自引：0，他引：2
《林业科学》2016,(11)
【目的】通过对楠木转录组数据的分析,开发楠木SSR分子标记技术,为楠木遗传多样性分析和资源保护提供保障。【方法】将楠木高通量转录组测序获得的67 331条Unigene进行简单重复序列(SSR)位点挖掘和分析,并结合引物验证,初步证明其可行性。【结果】通过软件分析,共获得9 405个SSR位点,出现频率为13.97%,涉及序列数量为6 667条,发生频率为9.90%。SSR序列中包括166种重复基元类型,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸为优势重复类型,SSR位点数分别为3 890(41.36%),2 885(30.68%),2 489(26.46%)。SSR位点重复次数差别较大,其中重复10次比例最高,SSR位点数为1 621(17.24%),其次是5次(1 549,16.47%)和6次(1 495,15.90%)。主导重复基元类型为A/T(40.67%),AG/CT(27.59%),AAG/CTT(11.29%)。运用多态性分析的方式初步验证了SSR位点在楠木标记中的可行性。同时,利用Primer 3.0进行引物设计,随机筛选18对进行验证,9对引物可以扩增出预期大小的条带。【结论】通过对楠木高通量转录组序列的SSR信息的研究,获得6 667条SSR序列,主导重复类型为A/T,AG/CT和AAG/CTT。同时随机挑选18对引物对SSR分子标记方法进行验证。本文对楠木SSR标记的研究将有助于楠木基因挖掘、分子标记育种和资源保护。 相似文献
14.
[目的]全面了解滇东南特有濒危植物长梗杜鹃转录组SSR位点的分布及序列特征,为长梗杜鹃的保护和合理开发利用提供遗传学资料,为同属植物及近缘种SSR标记的开发及遗传研究提供便利。[方法]利用Illumina Hiseq 4000高通量测序平台对长梗杜鹃叶片进行转录组测序,再通过MISA软件对测序所得Unigenes进行SSR位点的发掘和分析。[结果]发现含SSR的序列17 354条,共得到23 192个SSR,出现频率为31.30%,平均每3 kb出现1个SSR。二碱基和三碱基重复为长梗杜鹃SSR主要重复单元类型,分别占SSR总数的69.25%和15.07%,187种重复基元中,所占比例最高的是(AG/CT)n(62.01%),其次是(A/T)n(12.34%)、(AC/GT)n(4.52%)和(AAG/CTT)n(4.23%)。在SSR和CDS的交集基因中,共发现15 908个SSR位点,其中2 792个位于编码区,出现频率为0.076 SSR/kb,而非编码区为0.344 SSR/kb,在基因编码区中出现频率最高的是三碱基重复(1 356,48.57%)。在不同长度重复单元中,二碱基重复SSR长度变异程度最高,其次是单碱基重复。长梗杜鹃SSR的频率和长度呈显著负相关(P0.01),相关系数为-0.566。[结论]长梗杜鹃转录组SSR位点的出现频率高、分布密度大、基元类型丰富、重复次数较高、长片段较多,具有较高的多态性潜能,用于遗传分析的潜力很大,能满足该物种的保护遗传学研究。 相似文献
15.
水杉基因组微卫星分析及标记开发 总被引：2，自引：0，他引：2
微卫星(microsatellite)又称简单重复序列(simple sequence repeat,SSR),是指以少数几个核苷酸为单位,多次串联重复的DNA序列,其普遍存在于真核生物及一些原核生物基因组中.基因组序列中微卫星重复序列变异最快,在群体间和不同个体间通常表现出很高的序列多态性,且呈共显性遗传.由于重复单元重复次数的高度可变性及其侧翼序列的相对保守性,微卫星作为一种分子标记被广泛应用于物种的指纹鉴定、亲子谱系分析、群体遗传结构分析、遗传图谱构建、比较基因组及分子标记辅助育种等诸多研究领域(李淑娴等,2010). 相似文献
16.
[目的]本研究通过对蒙古沙棘"向阳"品种的转录组序列进行SSR引物开发,为沙棘亲本分析、遗传多样性和遗传育种等研究提供支持。[方法]利用已测得的转录组序列进行分析和筛选,整理具有SSR位点的序列,进行引物设计,随机挑选179条引物进行验证。[结果]得到具有SSR位点的EST序列17 383条,其中,单核苷酸、二核苷酸和三核苷酸重复基元分别占62.77%、21.82%和13.77%;二核苷酸重复基元类型以AT和AG为主,三核苷酸重复基元类型以AAG、ATC和ATA为主。9 291条序列设计出扩增EST-SSR位点的引物,随机合成的179对引物中,142对扩增成功,选取其中92个位点的扩增产物上机检测,40个SSR位点(43.48%)呈现多态。对扩增稳定且峰图清晰的17个多态位点的进一步分析,得到蒙古沙棘天然群体在各位点的观测杂合度(HO)为0.083 0.875,期望杂合度(HE)为0.180 0.750。[结论]本研究开发出的EST-SSR标记,为后期进行沙棘属植物遗传多样性分析、遗传图谱构建及分子育种等研究提供了重要支持。 相似文献
17.
欧洲榛微卫星对我国榛属种质资源的分析 总被引：3，自引：0，他引：3
利用多态性高、重复性好的11对欧洲榛微卫星引物对榛属6个近缘种的34个DNA样本进行扩增,共获得81个等位基因,每个座位的等位基因数在4～13之间,平均数目为7.36个,位点的多态信息含量(PIC)介于0.47～0.86,平均为0.73.PCR扩增产物的DNA测序证明欧洲榛SSR基因座位中微卫星序列在6个种内的保守性,而在CAC C28位点,一个被忽略的短三碱基重复序列也表现出长度多态性.另外,对于具有商业潜力的平榛、毛榛、川榛3个种的遗传多样性分析表明,平榛的遗传多样性最高,为0.59.研究结果表明欧洲榛微卫星是用于榛属资源保护、品种改良以及种问遗传图谱构建的有力工具. 相似文献
18.
[目的]探究锦绣杜鹃(Rhododendron pulchrum Planch.) EST-SSR的类型、分布频率和分布特征,开发有效的SSR标记,并验证其在遗传多样性研究和跨物种转移中的应用潜力。[方法]采用RNA-seq技术对锦绣杜鹃‘紫鹤’品种的花蕾进行转录组测序,MISA软件对组装的unigenes内部的SSR位点进行检索,分析其类型、分布频率。利用Primer 3.0软件设计引物,并对锦绣杜鹃群体和其近缘种映山红群体进行多样性检测,利用POPGENE-PC 2.2软件计算等位基因数、有效等位基因数、多态性位点百分率、Shannon’s信息指数、Nei氏多样性指数、观察杂合度、期望杂合度等参数。[结果]锦绣杜鹃‘紫鹤’花蕾转录组共有49 527个unigenes(43 766 249 bp),从中筛选出16 120个SSR位点(24.46%),发生频率为1·(2.7 kb)~(-1)。微卫星的重复次数主要集中在5～24次之间,二核苷酸发生频率最高(9 624个,59.70%),其次是单核苷酸(3 738个,23.19%),频率最低的为五核苷酸(42个,0.26%)。频率最高的重复基序有A/T、AG/CT、AAG/CTT、AGG/CCT、ACC/GGT、AGC/GCT、AAAG/CTTT、AAGAG/CTCTT、AGAGGG/CCCTCT等。选用13个多态性SSR标记对锦绣杜鹃群体进行PCR扩增,共得到71个等位基因,平均每个位点3～9个;有效等位基因数在各SSR位点之间变化范围为1.684～5.930;观察杂合度H_O和期望杂合度H_E的变化范围分别为0.000～1.000和0.433～0.848,平均值分别为0.696±0.426和0.705±0.129;Shannon’s信息指数I和Nei氏多样性指数h的变化范围分别为0.736～1.961和0.406～0.831,平均值分别为1.376±0.339和0.683±0.131。此13个标记在映山红群体中的跨物种扩增成功率为100%,并反映出丰富的遗传多样性。2个群体间的遗传差异93.4%存在于群体内部。[结论]基于AG/CT重复基序开发的13个SSR标记具有高度的多态性,为后续杜鹃花属植物的遗传多样性研究、遗传图谱构建、基因定位、分子标记辅助育种等研究奠定了基础。大别山野生映山红资源具有较高的遗传多样性,且杂合度过剩,遗传变异主要发生在群体内部。 相似文献
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四川不同地区硬头黄竹RAPD和ISSR分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以四川不同地区硬头黄为研究对象,通过随机扩增多态性DNA标记（RAPD）和简单序列重复区间（ISSR）标记进行扩增,探讨硬头黄竹的遗传多样性。研究表明,6个RAPD引物扩增出42条条带,多态性高达69．05％;5个ISSR引物扩增出47条条带,多态性为61．70％。利用Popgen32和NTYS软件进行聚类分析,可将不同地区硬头黄竹类型区分开来,其遗传距离分别为0．1823～0．6022和0．0435～0．6721,RAPD和ISSR分子标记为硬头黄竹的遗传改良提供理论依据。 相似文献