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1.
为建立猪IFN-β及IRF-3基因实时荧光定量PCR检测方法,依据GenBank中IFN-β和IRF-3基因的保守序列,设计并合成各自特异性引物,并以β-actin为内参基因,采用SYBR Green-Ⅰ为染料,建立实时荧光定量检测方法。提取猪肺泡巨噬细胞总RNA,经反转录得cDNA,用特异性引物经PCR扩增得到IFN-β和IRF-3基因,将其克隆至pMD-19T载体,经测序鉴定后得重组质粒,依次10倍稀释做为标准品,建立标准曲线及溶解曲线。结果表明,β-actin基因、IFN-β基因和IRF-3基因标准曲线线性关系较好,R2≥0.997;溶解曲线为特异性单峰,无非特异性扩增,检测下限可达100个拷贝/μL。建立的猪IFN-β和IRF-3基因实时荧光定量RT-PCR检测方法,特异性强、重复性好,为从分子水平上研究猪的免疫应答奠定了基础。 相似文献
2.
《新疆农业科学》2017,(2)
【目的】以盐生植物盐穗木为材料,研究不同引物对和不同退火温度对盐穗木内参基因β-actin扩增效率的影响。【方法】设计扩增β-actin基因的两对引物,标记为β-actin1和β-actin2,分别建立这两对引物扩增盐穗木β-actin基因和特异性引物扩增该物种的过氧化物酶基因POD(盐响应的代表性基因),在不同退火温度下的标准曲线和扩增曲线。【结果】不论55还是58℃退火温度,引物对β-actin1比引物对β-actin2有更好的扩增效率;在55℃退火温度下,引物对β-actin1有更高的扩增效率。在这两个退火温度下,分别以β-actin1和β-actin2引物对扩增β-actin基因作为内参,盐穗木POD基因的相对表达水平具有一定的差异性。【结论】引物和退火温度会影响荧光定量PCR的扩增效率,进而会影响靶基因的相对表达水平。 相似文献
3.
《沈阳农业大学学报》2016,(1)
为克隆米蛾[Corcyra cephalonica(Stainton)]β-actin基因cDNA片段,建立米蛾β-actin基因实时荧光定量PCR(qRT-PCR)方法,并评估其在实时荧光定量研究中作为内参基因的可靠性,利用反转录PCR(RT-PCR)技术克隆获得米蛾β-actin基因cDNA片段,采用SYBR GreenⅠ染料法建立qRT-PCR方法,检测在米蛾卵、幼虫、蛹和成虫4个虫态中β-actin基因的表达量。获得了长为822bp的米蛾β-actin基因片段(Gen Bank accession:KJ599569),编码273个氨基酸残基;荧光定量标准曲线的Ct值检测范围为13~28,扩增效率为90.1%,相关系数R~2=0.992,溶解曲线分析结果显示产物为特异的单峰,其Tm值为(84±0.5)℃,符合定量要求;实时荧光定量结果表明,β-actin基因在米蛾不同发育历期中的表达水平无显著性差异(p0.05)。成功建立了米蛾β-actin基因qRT-PCR方法 ,β-actin基因可以作为米蛾基因表达定量研究中的可靠内参基因。研究结果为β-actin作内参基因进行米蛾功能基因表达差异研究奠定了分子基础。 相似文献
4.
绵羊朊病毒受体37kD/67kD LRP/LR实时荧光定量PCR标准质粒和标准曲线的构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为实时相对荧光定量PCR检测绵羊组织中朊病毒受体LRP/LRmRNA表达水平,构建目的基因LRP/LR、内参基因β-actin的标准质粒和标准曲线;根据GeneBank中绵羊37 kD/67 kDLRP/LR(LRP/LR)和β-actin基因编码区保守序列,设计特异引物;提取肠道组织mRNA,经反转录RT-PCR扩增,产物回收纯化后,与pGEM-T-easy载体连接,转化大肠杆菌感受态细胞DH5α;质粒提取后经酶切、PCR和测序鉴定后,获得阳性LRP/LR,β-actin重组质粒;将阳性重组质粒107~102梯度稀释作为模板,然后进行实时荧光定量PCR;系统软件自动生成标准曲线及回归方程。结果显示产物溶解曲线峰值单一,说明无引物二聚体及引物特异性高;LRP/LR和-βactin标准曲线相关系数分别为r2=0.999,r2=0.997,说明线性关系好;重复性试验结果显示所构建的重组质粒10次同条件扩增均Ct值具有较好的重现性,且变异率均小于5%,说明标准曲线重复性好,稳定性高。说明成功构建目的基因LRP/LR,内参基因β-actin标准质粒和标准曲线,为实时荧光定量PCR检测绵羊组织中朊病毒受体mRNA表达水... 相似文献
5.
为建立及应用定量检测猪促炎细胞因子mRNA表达水平的方法,从分子水平研究脑心肌炎病毒(EMCV)的致病机制,分别构建含有猪促炎细胞因子IL-1β、IL-6、TNF-α以及管家基因β-actin基因片段的重组质粒标准品,建立了检测IL-1β/β-actin、IL-6/β-actin、TNF-α/β-actin的多重TaqMan real-time PCR检测方法。标准曲线的相关系数均达到0.998以上;初始模板的检出下限均达到10拷贝/μL;只有以目标cDNA为模板,并加入特异性引物和探针的反应才能检测到荧光信号;组内与组间的变异系数均小于2%。应用所建立的检测方法,对猪源EMCV GXLC株感染仔猪心肌中IL-1β、TNF-α、IL-6mRNA的表达水平进行检测。结果表明,所建立的多重TaqMan real-time PCR检测方法灵敏度高、特异性强、重复性好,可以用于猪IL-1β、IL-6、TNF-α基因的检测及定量分析。 相似文献
6.
β-actin在真核细胞的生理过程中起着重要的作用,其表达范围广、表达量恒定,常作为内参基因应用于real time PCR中。本文通过RT-PCR克隆出建鲤(Cyprinus carpio var.jian)β-actin的部分cDNA序列,其长度为424 bp,翻译成138个氨基酸,计算的蛋白质分子量为15.4 ku。氨基酸同源性分析显示,建鲤β-actin与斑马鱼(Danio rerio)相似性最高,为99.3%。与其他鱼的相似性也较高,为97.8%～98.6%。同时也克隆出了建鲤β-actin相应的DNA序列,其长度为590 bp。cDNA和DNA的序列比对显示克隆出的建鲤β-actin含有2个内含子,设计一对跨越内含子的引物,采用SYBR GreenⅠ染料建立了real time PCR方法。以肝脏cDNA为标准品,建立了标准曲线,并进行了溶解曲线分析。结果表明,所建立的方法具有特异性强、相关系数高、线性范围广等优点,可应用于建鲤的功能基因表达研究。 相似文献
7.
《南方农业学报》2015,(3)
【目的】建立奶牛G蛋白偶联受体109A基因(GPR109A)的实时荧光定量PCR检测方法,为开展奶牛产后脂类代谢紊乱及酮病发生机理研究奠定基础。【方法】根据Gen Bank中奶牛GPR109A基因和β-actin基因(内参基因)的m RNA保守序列设计合成两对引物,以奶牛肝脏组织c DNA为模板,PCR扩增目的基因后与载体连接构建重组质粒,以SYBR Green I实时荧光定量PCR进行扩增,绘制标准曲线,并对其特异性、敏感性、重复性等进行检验。【结果】GPR109A基因和β-actin基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程分别为y=-3.309x+10.92(R2=0.9985)和y=-3.289x+9.794(R2=0.9997),扩增效率分别为101.0%和100.0%。特异性试验结果显示,GPR109A基因和β-actin基因的溶解曲线峰单一,无引物二聚体和非特异性扩增产物生成;敏感性试验结果显示,线性扩增范围广,可检测到1.8×102个拷贝的GPR109A基因;重复性试验结果显示,各扩增反应的变异系数(CV)小于或等于1.7%。【结论】基于GPR109A基因建立的SYBR GreenⅠ实时荧光定量PCR具有操作简便、敏感性高、特异性强和重复性好等特点,可用于牛源性GPR109A基因表达量的快速检测和定量分析。 相似文献
8.
[目的]建立奶牛G蛋白偶联受体109A基因(GPR 109A)的实时荧光定量PCR检测方法,为开展奶牛产后脂类代谢紊乱及酮病发生机理研究奠定基础.[方法]根据GenBank中奶牛GPR 109A基因和卢-actin基因(内参基因)的mRNA保守序列设计合成两对引物,以奶牛肝脏组织cDNA为模板,PCR扩增目的基因后与载体连接构建重组质粒,以SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR进行扩增,绘制标准曲线,并对其特异性、敏感性、重复性等进行检验.[结果]GPR109A基因和β-actin基因的实时荧光定量PCR标准曲线方程分别为y=-3.309x+10.92(R2=0.9985)和y=-3.289x+9.794(R2 2=0.9997),扩增效率分别为101.0％和100.0％.特异性试验结果显示,GPR 109A基因和β-actin基因的溶解曲线峰单一,无引物二聚体和非特异性扩增产物生成;敏感性试验结果显示,线性扩增范围广,可检测到1.8×102个拷贝的GPR109A基因;重复性试验结果显示,各扩增反应的变异系数(CV)小于或等于1.7％.[结论]基于GPR109A基因建立的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量PCR具有操作简便、敏感性高、特异性强和重复性好等特点,可用于牛源性GPR109A基因表达量的快速检测和定量分析. 相似文献
9.
根据剑尾鱼Xiphophorus helleri IgM和β-actin基因序列,分别在保守区域设计并合成引物,从注射免疫后的剑尾鱼头肾中提取总RNA逆转录合成cDNA,对目的片段进行PCR扩增、电泳纯化、T-A克隆及测序鉴定。将所得标准品质粒以10倍梯度进行稀释,采用SYBR Green I染料进行荧光定量扩增,构建标准曲线并进行融解曲线分析。结果表明：构建的剑尾鱼IgM和β-actin基因的标准品Ct值检测范围分别为7~21和8~25,扩增效率分别为2.025、1.970;融解曲线分析结果显示具有特异的单个峰,其Tm值分别为82.43℃、86.09℃,表明扩增产物特异性非常好。本实验中建立的剑尾鱼IgM基因实时荧光定量PCR方法可用于对剑尾鱼IgM基因的转录水平进行测定。 相似文献
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为建立一种定量检测禽呼肠孤病毒δC和δNS基因的SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法,针对δC、δNS基因分别设计了1对特异性引物,同时选择了1对内参基因β-actin引物,将常规PCR扩增的片段分别连接到pMD18-T载体上构建重组质粒,经筛选、鉴定纯化后,梯度倍比稀释作为标准品,用于构建SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR检测δC、δNS基因及内参基因β-actin的标准曲线.结果表明,建立的标准曲线具有良好的线性关系,R2均在0.99以上;最小检出量为10拷贝/μL的阳性标准品,且具有良好的重复性,能够校正抽提样品中细胞数量不均带来的差异.可见,SYBR Green Ⅰ实时荧光定量RT-PCR方法能满足检测微量样品中禽呼肠孤病毒δC和δNS基因表达的要求,具有快速、敏感性高、重复性好等特点. 相似文献
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以转rolABC基因枳橙B、D、E系及野生植株为材料,制备标准品,采用SYBR Green I染料,构建rol基因和β-actin基因的双标准曲线,校正引物扩增效率后,用2-△△Ct法对rol基因在嫩茎、嫩叶、功能叶、树皮和根中的mRNA水平进行相对定量,建立适合于rolA、rolB、rolC基因实时荧光定量RT-PCR分析方法.初步认为rolC基因在嫩茎、嫩叶、功能叶和树皮中表达量最高;其次是rolA基因,主要在嫩茎中表达;rolB基因表达量最低,主要在根系中表达. 相似文献
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《河北农业大学学报》2017,(5)
为建立用荧光定量PCR方法检测猪IGF1、EGFR、EGF、β-actin基因表达量的标准曲线,本试验根据目的基因在NCBI上CDS区序列,设计合成引物,构建目的基因重组质粒,采用SYBR GreenI荧光定量RT-PCR的检测方法,构建检测猪IGF1、EGFR、EGF、β-actin基因表达量的标准曲线。结果显示,由pEASY-T1目的基因所构建的标准曲线线性关系良好,线性回归系数(R2)均大于或等于0.99,起始模板与Ct值之间呈良好的线性关系,溶解曲线峰值单一,表明引物具有很好的特异性,结果准确可靠。本研究成功构建了用荧光定量RT-PCR方法检测猪IGF1、EGFR、EGF、β-actin基因表达量的标准曲线,为后续检测基因相对表达量的变化奠定基础。 相似文献
13.
仿刺参β-actin基因的克隆及在各组织中的表达 总被引：1，自引：0，他引：1
参考海葵Nematoste Uavectensis在GenBank中的β-actin基因mRNA部分序列（XM_001630533）设计引物,对仿刺参Apostichopusjaponicus进行特异的PCR扩增,将扩增产物测序分析,再根据测序结果设计仿刺参专用β-actin引物ACT1／ACT2,对不同退火温度和循环次数条件下的该基因RT-PCR产物进行了对比。本研究中首次克隆了仿刺参的β-actin基因,为今后仿刺参目的基因表达的半定量分析研究奠定了基础。 相似文献
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【目的】筛选出合适的内参基因,为分析不同贮藏时期杏鲍菇(Pleurotus eryngii)子实体中木质化相关基因的表达提供支持。【方法】以4℃低温贮藏0,3,6,9,12,15和18d的杏鲍菇子实体为材料,采用实时荧光定量PCR(Quantitative real-time PCR,RT-qPCR)技术,分析了β-actin、18SrRNA、β-tubulin、ELF和GAPDH 5个候选内参基因在不同贮藏时期杏鲍菇的表达情况;通过GeNorm和NormFinder 2种软件筛选出最稳定的内参基因;选取最佳内参基因,采用相对表达定量法对木质素合成途径中的关键酶,即苯丙氨酸转氨酶(Phenylalanina ammonia-lyse,PAL)基因的表达进行定量分析。【结果】5个内参基因均能特异扩增,其中GAPDH基因表达丰度较低,不适合用作内参基因;经GeNorm软件分析计算,β-actin、β-tubulin、ELF、18SrRNA表达稳定度平均值M分别为0.527,0.527,0.584,0.875,最适内参基因组合为β-actin、β-tubulin和ELF;由NormFinder软件分析计算,β-actin、β-tubulin、ELF、18SrRNA稳定值S分别为0.221,0.356,0.583,1.092,β-actin稳定性最高;综合分析认为β-actin的表达稳定性最高,为最佳内参基因;以β-actin为内参基因,发现4℃低温贮藏3,6,9,12,15和18d的杏鲍菇子实体中PAL基因表达量分别比新鲜样品(0d)增加了11.3%,10.8%,11.3%,11.5%,11.4%,10.7%。【结论】β-actin可作为杏鲍菇子实体采后贮藏条件下品质变化相关基因表达研究的内参基因。 相似文献
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以β-actin为内参基因，根据已克隆的AlHAK1即β-actin碱基序列，分别设计了实时定量特异性引物，优化了反应的退火温度与引物浓度，并以优化的条件建立了相对定量标准曲线，同时对该方法的稳定性进行了评价。结果表明AlHAK1及β-actin基因的real-time PCR扩增效率分别为1．09和1．04，线性相关系数分别为0．996和0．997，批内及批间变异系数〈5％。所建立的AlHAK1 real-time PCR定量方法操作简便、定量准确、重复性好，为进一步探索AlHAK1的功能、mRNA表达水平的变化及转AlHAK1农作物的检测奠定了方法学基础。 相似文献
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以β-actin为内参基因,根据已克隆的AIHAK1及β-actin碱基序列,分别设计了实时定量特异性引物,优化了反应的退火温度与引物浓度,并以优化的条件建立了相对定量标准曲线,同时对该方法的稳定性进行了评价.结果表明AIHAK1及β-actin基因的real-time PCR扩增效率分别为1.09和1.04,线性相关系数分别为0.996和0.997,批内及批间变异系数<5%.所建立的A1HAK1 real-time PCR定量方法操作简便、定量准确、重复性好,为进一步探索AIHAK1的功能、mRNA表达水平的变化及转AIHAK1农作物的检测奠定了方法学基础. 相似文献
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【目的】克隆苹果蠹蛾(Cydia pomonella(L.))的β-actin基因cDNA全长,确定其作为内参基因的可能性。【方法】运用RT-PCR和RACE技术分段扩增苹果蠹蛾β-actin基因5′和3′非编码区及保守区,拼接后根据所获序列设计引物,完整克隆苹果蠹蛾β-actin基因。利用生物信息学软件对苹果蠹蛾β-actin基因编码的蛋白质进行分析预测;通过实时定量PCR和半定量PCR方法,检测不同发育阶段以及杀虫剂处理后苹果蠹蛾β-actin mRNA的表达情况。【结果】苹果蠹蛾β-actin基因cDNA全长1 466bp(GenBank登录号为KC832921),包括5′非编码区67bp、3′非编码区268bp和开放阅读框1 131bp,编码一个由376个氨基酸残基组成的蛋白质。推导的蛋白质相对分子质量为41.793 7ku,等电点为5.29,含有3个actin蛋白家族的典型识别特征以及6种类型的特定功能位点,氨基酸序列与其他昆虫β-actin一致性高达99%。实时定量PCR和半定量PCR结果表明,β-actin基因在苹果蠹蛾发育不同时期以及杀虫剂处理后表达量无显著差异(P0.05)。【结论】苹果蠹蛾β-actin基因可作为可靠的内参基因应用于基因mRNA的表达定量研究。 相似文献
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《福建林学院学报》2018,(1)
为筛选出桉树焦枯病菌在盐胁迫及侵染桉树叶片两种条件下表达稳定的内参基因,采用实时荧光定量聚合酶链式扩增反应(RT-q PCR)技术分析了桉树焦枯病菌中7个常用内参基因(GAPDH、α-tubulin-1、α-tubulin-2、18S rRNA、ubiquitin、β-actin、β-tubulin)的mRNA差异表达情况,并采用ge Norm软件分析了它们在两种条件下的表达稳定性。结果表明,ubiquitin和α-tubulin-2为桉树焦枯病菌在NaCl胁迫下表达最稳定的基因,且不需要引入第3个基因;18S rRNA和α-tubulin-1为侵染桉树叶片下表达最稳定的基因,但需引入第3个基因GAPDH。因此,ubiquitin和α-tubulin-2为桉树焦枯病菌在NaCl胁迫下较适合的内参基因,而18S rRNA、α-tubulin-1和GAPDH为侵染桉树叶片较适合的内参基因。 相似文献
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青海家牦牛HIF-1α基因组织特异性表达 总被引：2，自引：0，他引：2
[目的]探究青海家牦牛HIF-1α基因组织的特异性表达。[方法]应用半定量反转录PCR和实时定量反转录PCR(SYBRGreen)技术对青海家牦牛HIF-1α基因的组织特异性表达进行检测。通过提取不同组织总RNA,经DNase I消化后,用随机引物进行反转录合成cDNA,采用特异性引物分别对HIF-1α和β-actin基因进行RT-PCR和Real Time RT-PCR扩增。[结果]结果表明,HIF-1α基因在心、肝、脾、肺、肾、脑、肌肉、睾丸组织中均有表达,其中以睾丸和脾中HIF-1α基因表达量最高,肌肉的表达量最低。[结论]该研究为进一步揭示HIF-1α在高原土著动物低氧适应过程中的分子机制有着重要的意义。 相似文献