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用随机回归模型估计宁夏地区荷斯坦牛头胎测定日产奶量遗传参数 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】通过拟合泌乳曲线对影响宁夏地区荷斯坦牛测定日产奶量的诸多因素进行分析,并采用随机回归测定日模型估计遗传参数,为后续估计乳成分和体细胞数遗传参数及个体育种值估计奠定基础,同时也为制定适合该群体的优化育种方案提供参数。【方法】收集了2009—2013年间,宁夏地区24个牛场38 592头荷斯坦牛原始DHI数据,共包含550 078条测定日产奶量记录。质控标准为:产犊月龄为22—36 mo、泌乳天数为5—305 d及日产奶量为5.9—53.3 kg。质控后,共得到14 320头母牛的127 478条测定日记录(占原始记录的23.14%)。将有表型的母牛至少向上追溯三代(父母、祖父母、外祖父母),得到遗传评估所用的系谱文件,共包含24 272头奶牛。使用Excel 2013计算各测定日的平均产奶量,利用SAS 9.1软件的非线性回归过程(NLIN)结合Wood模型拟合群体水平的泌乳曲线。采用随机回归测定日动物模型,通过DMU 5.2软件对头胎产奶量进行遗传参数估计。随机回归测定日模型中包括了一般固定效应、固定回归项及随机回归项三类效应。研究中使用场-测定日作为固定效应、产犊年季效应作为固定回归项,并将加性遗传效应和永久环境效应作为随机回归项。测定日子模型采用4阶勒项德多项式(Legendre polynomials)。根据宁夏地区气候特点,将产犊季节划分为春(3月11日至5月20日)、夏(5月21日至8月25日)、秋(8月26日至10月15日)和冬(10月16日至3月10日)四季。【结果】宁夏地区荷斯坦牛头胎测定日产奶量群体均值为29.66 kg,在泌乳90 d时达到泌乳高峰,高峰产奶量为31.84 kg。通过不同产犊年份、产犊季节和牧场效应组合下的泌乳曲线拟合效果分析,以上因素通过影响泌乳曲线拟合效果进而影响头胎产奶量。在使用测定日模型估计头胎遗传参数时均应通过子模型拟合考虑其泌乳曲线的差异,在产奶量遗传评估模型中予以考虑。产奶量性状5—305d的遗传力在0.08—0.29之间,305d产奶量的总遗传力为0.16。【结论】通过使用wood模型拟合宁夏地区荷斯坦牛头胎泌乳曲线,优化了适合于该群体的测定日模型。利用修改后的测定日模型,估计了宁夏地区荷斯坦牛测定日产奶量的遗传参数。305 d遗传力(0.16)略低于其他群体的同类文研究结果。在测定日模型评估生产性能记录时,应注意对残差方差的处理并关注构建分子亲缘关系矩阵所需系谱的完整性,以保证遗传评估的可靠性。本研究为日后使用多性状随机回归测定日模型估计泌乳性状遗传参数研究奠定了基础。 相似文献
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文章用随机回归模型对奶牛泌乳性状中产奶量的遗传参数进行估计,在Bayesian理论的基础上用Gibbs抽样法估计方差组分。数据来自1988～1999加拿大奶牛育种中心,共计768 205个测定日记录,研究中处理后符合要求的个体为4 686个,测定日记录有43 661个。随机回归模型中加性遗传效应和永久环境效应分镶嵌了5阶和7阶Legendre多项式。5～330 d产奶性状的遗传力在0.2707到0.4291之间变化,0～22 d有明显下降,而在22～125 d迅速上升,在125～190 d有些微的下降而后有缓慢上升。 相似文献
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采用计算机模拟方法系统比较了目标数量性状的遗传力和标记密度对F2设计下单个性状数量性状座位(QTL)区间定位效果的影响。研究结果表明：随着性状遗传力的升高，QTL的检测效率以及QTL位置估计的准确性和精确性也提高，但对QTL加性效应和显性效应估计的效果则无明显影响；在一定范围内提高遗传图谱上的标记密度对保证QTL的定位效果具有积极的意义，但当相邻标记间的图距缩小到一定程度（5~10 cM）时，进一步增加标记密度并不能改进QTL定位的效果。同时，对遗传力过低的性状实施QTL定位，单纯增加标记密度无益于改进QTL定位的效果。 相似文献
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功能定位的实质是将动态性状变化过程的基本规律镶嵌在QTL定位框架内。拟合与时间相关的QTL基因型的期望均值向量和剩余误差的协方差矩阵是动态性状功能定位的核心内容。根据QTL的统计检测效率,通过比较关于QTL基因型的期望均值向量和剩余误差的协方差矩阵的子模型的不同组合,来筛选优化的功能定位模型。以水稻一个DH群体的叶龄性状为例,我们分别用3个具有生物学意义的子模型和2阶Legendre多项式去拟合QTL基因型的均方向量,用13个平稳和非平稳模型去描述剩余协方差的变化。其结果GM2和“衰减”指数模型组合被确定为用来检测水稻第3个连锁群控制叶龄动态变化QTL的优化模型。 相似文献
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根据Legendre多项式的正交、可加和普适的特性,将关于时间的Legendre多项式镶嵌在遗传模型的每个遗传效应中,建立了动态性状主基因分离分析的数学模型,采用极大似然法求解模型参数。同建立在混合Logistic模型基础上的动态性状主基因分离分析法相比,新的方法在理论和实践上具有明显的优势：1）适合任何动态性状;2）能够同时分析主基因遗传效应和各种系统环境因素对动态性状变化过程的影响;3）便于计算;4）很容易推广到其他资源群体和复杂交配群体,充分利用多世代的资料实现对主基因的联合分离分析。以大豆1个F2群体为例采用新方法探索影响豆荚生长发育过程的主基因,结果表明：用2阶Legendre多项式能最佳的拟舍主基因的作用和豆荚生长发育的变化规律;豆荚的生长发育过程受1对呈完全显性的主基因控制。 相似文献
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以F2设计为资源群体，以区间定位分析为QTL定位的方法，通过计算机模拟，系统地比较了不同资源群体规模和性状遗传力下QTL检测效率,QTL位置和效应估计的准确性和精确性，以期揭示出两个因素对QTL定位效果影响的一般性规律。结果表明：适当扩大资源群体的规模，不仅有助于提高QTL的检测效率，而且还可提高QTL位置和效应估计的可靠性；当对高遗传力性状的QTL实施定位时，QTL的检测效率以及QTL位置估计的准确性和精确性相对较高，但QTL效应估计的可靠性则会有所降低。 相似文献
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为分析不同遗传世代QTL定位结果的差异,鉴定新的稳定表达的主效QTL,为水稻高产和穗型性状育种提供参考信息。以沈农0530-9和北陆129杂交衍生的F2群体和F2∶3家系为试验材料,对穗部性状和籽粒大小性状进行QTL(Quantitative trait loci)分析。共检测到47个穗粒性状相关的QTL,分布于12条染色体上,F2和F2:3群体分别均检测到30个QTL,2个群体检测到的QTL的LOD值、贡献率和效应值存在明显差异,仅有13个QTL能在2个群体中稳定表达;QTL存在明显的遗传重叠现象,成簇分布在第1、2、3、6和9号染色体上,5个区段包含23个相关QTL,占QTL总数的55.32%,其它QTL在染色体上相互独立。不同遗传世代QTL定位结果存在一定差异,位于第2和9号染色体上位点是调控穗粒性状的稳定表达的多效性热点区域,其中位于第2染色体上QTLq PL2、q PW2和q ST2是3个新的稳定表达的QTL,值得做进一步深入研究。 相似文献
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【目的】利用近等基因系构建的分离群体精细定位QTL。采用数量性状分析方法研究样本容量、QTL遗传率和分子标记密度如何影响其精度。【方法】通过Monte Carlo模拟方法,首先模拟了用近等基因系构建的BC、RIL及F2群体,然后用区间作图法定位了该QTL。通过不同样本容量、QTL遗传率和分子标记密度多种试验方案的模拟,【结果】QTL定位精度同上述三因素呈非线性关系,在Darvasi和Soller模型基础上拓展的新模型的拟合精度明显提高,且新模型包含了标记密度这个新变量。【结论】为制订QTL精细定位试验方案提供理论依据。 相似文献
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【目的】利用近等基因系构建的分离群体精细定位QTL。采用数量性状分析方法研究样本容量、QTL遗传率和分子标记密度如何影响其精度。【方法】通过Monte Carlo模拟方法,首先模拟了用近等基因系构建的BC、RIL及F2群体,然后用区间作图法定位了该QTL。通过不同样本容量、QTL遗传率和分子标记密度多种试验方案的模拟,【结果】QTL定位精度同上述三因素呈非线性关系,在Darvasi 和Soller模型基础上拓展的新模型的拟合精度明显提高,且新模型包含了标记密度这个新变量。【结论】为制订QTL精细定位试验方案提供理论依据。 相似文献
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【目的】对水稻F8重组自交系群体穗长QTL进行检测,并比较分析相同亲本衍生的不同群体的遗传图谱、QTL位置、QTL效应的异同,鉴定稳定表达的穗长QTL,以期增加对穗长遗传行为的了解,且有助于通过分子聚合育种手段改良穗长性状。【方法】以籼稻品种泸恢99和粳稻品种日本晴（基因组测序）为亲本构建的F8重组自交系群体中的188个家系为研究材料,利用包含207个标记的遗传连锁图谱,采用基于混合线性模型的QTL定位软件QTLNetwork 2.0,对水稻穗长QTL进行定位和效应分析,并比较分析F8、F2群体的QTL定位和遗传图谱异同。【结果】在F8群体中检测到7个与穗长性状相关的QTL,分别位于第2、3、6、7、8、10染色体上,QTL对表型变异的贡献率为3.38%—14.8%,总贡献率为52.5%。F8、F2群体在5条相同染色体上都定位到了穗长QTL,这些QTL所在标记区间物理位置大部分是重叠和包含关系。F8、F2图谱在定位标记数、标记的位置顺序、遗传距离、平均图距等方面发生了变化。【结论】在F8、F2群体检测到一个稳定遗传的主效应QTL位点,位于第6染色体,并发现了4个尚未报道的穗长QTL。 相似文献
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采用最大似然区间定位法对阈性状的标记QTL进行连锁分析,并对影响阈性状QTL检测效率的主要因素(性状遗传力、QTL的方差贡献率、标记间重组率、阈值)进行了模拟研究。实验设计的群体为利用标记位点和QTL位点上都为杂合子的公畜与来自随机平衡群体的母畜群交配产生的半同胞个体组成,模拟产生的资源群体大小为500头。研究结果表明:当性状的遗传力较高,QTL方差贡献较大时,检验统计量LR值较大,检验效果较好;遗传力较低,QTL方差贡献较小时,LR值较小,QTL检测效果较差。另外,标记间重组率和阈值对QTL定位的准确度也有直接的影响,随着标记间重组率的增大,QTL定位的效果越差,当阈值在0.2~5之间时,QTL检测效果最好。 相似文献
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本文采用计算机模拟方法研究了 ＢＣ１和 Ｆ２设计不同资源群体规模、性状遗传力、ＱＴＬ效应 （ＱＴＬ方差占加性遗传方差的比例）和标记 －ＱＴＬ间图距下单标记分析对 ＱＴＬ的检测效率。结果表明：当资源群体的规模较大,目标性状的遗传力较高,ＱＴＬ效应较大,所检测的标记距离 ＱＴＬ的距离较近时,无论是 ＢＣ１设计还是 Ｆ２设计,都可获得较高的 ＱＴＬ检测效率。但在其他条件相同时,Ｆ２设计对 ＱＴＬ的检出率明显高于 ＢＣ１设计。 相似文献
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随机效应模型下标记-QTL连锁分析方法 总被引：4，自引：0，他引：4
在QTL随机模型的框架内，通过对QTL方差组分的最大似然估计，进行家畜一般系谱群体的QTL-标记连锁分析，研究中同时考虑了性状遗传力和QTL效应的不同水平对QTL定位效果的影响。结果表明，采用QTL随机效应模型可以有效地进行标记-QTL间的连锁分析并可获得较高的检验功效，QTL位置与效应参数的估计均在合理的范围内；同时，性状遗传力和QTL方差贡献对QTL定位准确度和功效均有较大的影响，随着性状遗传力和QTL方差贡献的增大，参数估计的准确性和检验功效提高。固定性状遗传力的情况下（h^20=0．1），QTL效应由0．1→0．5时，相应的检验功效由17％提高到49％；当遗传力和QTL效应均提高到0．5时，QTL检验功效最高达到88％。 相似文献
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A stable and major QTL region on chromosome 2 conditions pod shape in cultivated peanut (Arachis hyopgaea L.) 
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下载免费PDF全文 《农业科学学报》2023,22(8):2323-2334
Peanut pod shape is a heritable trait which affects the market acceptance of in-shell peanut products. In order to determine the genetic control of pod shape, six component traits of pod shape (pod length, pod width, pod length/width ratio, pod roundness, beak degree and constriction degree) were measured using an image-based phenotyping method. A recombinant inbred line (RIL) population consisting of 181 lines was phenotyped across three environments. Continuous distributions and transgressive segregations were demonstrated in all measured traits and environments. Significant correlations were found among most component traits with broad-sense heritability ranging from 0.87 to 0.95. Quantitative trait locus (QTL) analysis yielded 26 additive QTLs explaining 3.79 to 52.37% phenotypic variations. A novel, stable and major QTL region conditioning multiple shape features was detected on chromosome 2, which spans a 10.81-Mb genomic region with 543 putative genes. Bioinformatics analysis revealed several candidate genes in this region. In addition, 73 pairs of epistatic interactions involving 92 loci were identified for six component traits explaining 0.94–6.45% phenotypic variations. These results provide new genetic loci to facilitate genomics-assisted breeding of peanut pod shape. 相似文献
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谷物胚乳性状数量基因图的构建方法 总被引：12，自引：1，他引：12
将三倍体胚乳性状的数量遗传模型和二倍体数量性状基因（QTL）图构建方法相结合，导出双侧标记基因型下有关胚乳性状QTL的遗传组成、平均数和遗传方差分量，据之提出以某一区间双侧标记基因型胚乳性状的平均值为依变数，以该区间内任一点假定存在的QTL的加性效应d、显性效应h1和/或h2的系数为自变数，进行有重复观察值的多元线性回归分析，根据多元线性回归的显著性测验该点是否存在QTL，并估计出QTL的遗传效应。给定区间内任一点，皆可以此进行分析，从而可在整条染色体上作图，并以之确定QTL的数目和最可能位置。同时，在检测某一区间时，利用多元线性回归方法将该区间外可能存在的QTL的干扰进行统计控制，以提高QTL检测的精度。文中还讨论了如何将之推广应用于其他类型的DNA不对应资料以及具复杂遗传模型的胚乳性状资料。 相似文献
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水稻分蘖数和株高是两个重要的农艺性状.为剖解它们的遗传结构,本研究用一套来源于籼粳组合IR64×Azucena的DH群体对这两个性状进行了QTL定位分析.表型数据来源于两个生长季节,采用基于混合线性模型的方法分析.结果表明,分蘖数主要由普通遗传因素和互作遗传因素控制(呈现61.7%的普通遗传率和17.2%的互作遗传率),共有19个QTLs与分蘖数有关,其中9个和6对QTLs分别具有单位点的遗传效应和2位点的互作效应,QTL1-8和QTL 1-12的上位性效应由于在春季的贡献率达21.6%,因而认为是一对主效.株高主要由普通遗传因素控制,普通遗传率为92.6%,共受到15个QTLs的影响,其中8个QTLs具有加性效应,1个QTL具有加性与环境的互作效应,4对上位性QTLs具有加性与加性互作效应.QTL 1-15被认为是主效QTL,而其余的是微效QTLs.两个性状表型之间存在显著的负向部分相关,然而,性状相关的遗传基础仍需做进一步的探讨. 相似文献
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将曾氏的复合区间法推广到多个相关数量性状基因（ＱＴＬ）图谱的联合构建。以Ｆ＿２世代３个性状为例，列出联合构建的混合模型，以及参数的极大似然估计和假设的似然比测验的方法。模拟示范构建的ＱＴＬ图谱表明，当基因的多效性存在时，与各个性状的独立构建相比联合构建可大大提高ＱＴＬ的检测效率。 相似文献