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番茄S-腺苷蛋氨酸脱羧酶基因SlSAMDC1的克隆与序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
以蔓陀罗S-腺苷蛋氨酸脱羧酶全长cDNA序列为信息探针, 筛选NCBI番茄EST数据库, 依据同源EST信息,经人工拼接、RT-PCR及RACE技术验证,获得了1个新的SAMDC基因家族成员,命名为SlSAMDC1(GenBank登录号：EF550528),并利用染色体步移技术克隆了879 bp的上游调控区域。SlSAMDC1 cDNA序列全长1 847 bp, 5′-UTR和3′-UTR分别长523 bp、241 bp;存在3个ORF(微型uORF、小型uORF和主ORF),主ORF编码360个氨基酸的SAMDC酶原;SlSAMDC1基因组序列全长3 648 bp,有3个内含子,均位于5′-UTR,所有内含子的剪切位点均符合真核生物“GT-AG”规则。SlSAMDC1基因与其它植物来源SAMDC基因同源性较高,与人、大肠杆菌以及酵母的同源性较低。表达谱分析发现,SlSAMDC1基因在番茄根、茎、叶、花蕾、果实等器官中均表达,果实中的表达量相对较高。生物信息学分析表明,SlSMDC1基因的上游调控序列存在多个顺式作用元件,如W-box、TATA-box、CAAT-box等。 相似文献
2.
接头连接介导的PCR 扩增马铃薯抗晚疫病基因侧翼序列研究 总被引：1，自引：0，他引：1
利用接头连接介导的PCR 技术，以前期NBS profiling 试验获得的1 条马铃薯抗晚疫病基因
片段为基础，设计巢式基因特异性引物，扩增获得两侧序列。结果表明：基因组DNA 经DraⅠ酶切后，
在已有536 bp 片段的左侧和右侧均得到序列延伸，右侧扩增得到2 301 bp，左侧扩增得到820 bp，去除
边界序列后，向左延伸789 bp，向右延伸2 273 bp，拼接后共长3 443 bp。采用GENSCAN 进行基因预测，
发现包含内含子在内的晚疫病抗性基因全长2 413 bp，在该预测基因 的UTR 区域设计特异性引物，在马
铃薯抗病和感病的基因型中扩增包含完整基因在内的2 571 bp 序列，发现该特异候选基因与晚疫病抗性相
连锁。 相似文献
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番茄S-腺苷蛋氨酸脱羧酶基因SlSAMDC1的克隆与序列分析 总被引：2，自引：0，他引：2
以蔓陀罗S-腺苷蛋氨酸脱羧酶全长eDNA序列为信息探针,筛选NCBI番茄EST数据库,依据同源EST信息,经人工拼接、RT—PCR及RACE技术验证,获得了1个新的SAMDC基因家族成员,命名为SISAMDC1（GenBank登录号：EF550528）,并利用染色体步移技术克隆了879bp的上游调控区域。SISAMDC1 eDNA序列全长1847bp,5′-UTR和3′-UTR分别长523和241bp;存在3个ORF（微型uORF、小型uORF和主ORF）,主ORF编码360个氨基酸的SAMDC酶原;SISAMDC1基因组序列全长3648bp,有3个内含子,均位于5′-UTR,所有内含子的剪切位点均符合真核生物“GT-AG”规则。SISAMDCl基因与其它植物来源SAMDC基因同源性较高,与人、大肠杆菌以及酵母的同源性较低。表达谱分析发现,SISAM-DCl基因在番茄根、茎、叶、花蕾、果实等器官中均表达,果实中的表达量相对较高。生物信息学分析表明,SISMDC1基因的上游调控序列存在多个顺式作用元件,如W—box、TATA—box、CAAT—box等。 相似文献
4.
以拟南芥C-8, 7甾醇异构酶的氨基酸序列为信息探针搜索GenBank数据库, 对高度同源的马铃薯EST序列进行拼接、引物设计和RT2PCR扩增, 扩增产物测序结果证实获得一个马铃薯C-8, 7甾醇异构酶基因(StSI1) 的全长cDNA序列。序列分析结果显示, StSI1全长886 bp, 包含59 bp的5′非编码序列、161 bp的3′非编码序列和一个长度为666 bp编码221个氨基酸的开放阅读框, 分子量约为25 kD。氨基酸结构分析显示该蛋白的N端含有一个长度由35个氨基酸残基组成的信号肽, C端成熟肽区域含有典型的类EBP结合域。氨基酸比对分析表明, StSI1与已知C-8,7甾醇异构酶同源性介于32.9% ～61.3%之间, 与拟南芥AtSI1相似性最(61.3% ) 。RT-PCR 表达谱分析显示, StSI1在马铃薯的块茎芽眼和表皮组织中均能表达, 并且该基因的表达水平受贮藏温度升高和光照增强的正向调节。 相似文献
5.
冬枣两个乙烯受体编码基因的克隆及序列分析 总被引：4，自引：0，他引：4
根据植物乙烯受体ETR1家族氨基酸和核苷酸的保守区序列设计简并引物, 通过RT2PCR从半红期冬枣果实中分离了两个1 058 bp的乙烯受体cDNA片段。在分析已知序列基础上, 分别通过3′RACE及对两个基因上游5′端编码区的扩增, 得到了两个包含完整开放阅读框(ORF) 以及3′端非编码区( 3′UTR) 的乙烯受体编码基因, 即ZjETR1和ZjERS1。它们分别编码738个和632个氨基酸。这两个编码基因的氨基酸与其它植物乙烯受体氨基酸高度同源, 分别属于ETR1亚类和ERS1亚类乙烯受体。 相似文献
6.
《果树学报》2020,(1)
【目的】枇杷基因组数据尚未公布,限制了枇杷分子生物学的研究。当前很多研究集中在上游转录因子和下游基因启动子之间的调控关系上,所以获得目的基因的启动子显得尤为重要。传统方法使用PCR方式进行染色体步移来获得启动子区域,耗时且难出结果。【方法】对‘火炬’枇杷进行二代测序,二代测序为双端测序,片段含盖200到500bp的序列。根据下游基因序列通过测序片段来实现染色体步移。使用现有程序Magicblast和新开发的Promoter_Scan脚本程序来快速获取目的基因启动子区域。Promoter_Scan对每对Reads构建10 bp的索引序列,先使用索引匹配目的基因,匹配后使用目的基因前30 bp序列再次匹配目标Reads,最后完成拼接。【结果】通过二代测序共获得61.77 GB的‘火炬’枇杷基因组数据,测序深度约为85倍。使用Magicblast检索匹配Reads耗时长,难以二次开发,需要手动拼接延伸,每个基因启动子挖掘需要9.5 h。新开发Promoter_Scan脚本程序通过两次匹配,能够更快更准确地找到启动子序列。对枇杷中8个基因进行启动子查找,向上延长2 000 bp序列平均需要拼接11.7次,耗时21.3 min。根据步移后的序列设计引物进行验证,结果显示:Sanger测序结果和预测的序列高度一致。【结论】使用Magicblast检索方式能够达到实验要求,不需要编程技能,但是耗时长。Promoter_Scan能够实现自动延伸,显著缩短启动子挖掘时间。本研究中的两种方法不仅可以用于枇杷分子生物学的研究,对其他未公布基因组数据的物种同样适用。 相似文献
7.
以羽衣甘蓝（Brassica oleracea var. acephala）自交不亲和系（S13-b S13-b）为试材,从柱头中分离Exo70A1基因,命名为BoExo70A1,GenBank登录号为JF919716。BoExo70A1全长cDNA序列为2 184 bp,包含56 bp的5′非编码区,211 bp的3′非编码区和一个长度为1 917 bp的开放读码框（ORF）,对应编码一个含有638个氨基酸残基的蛋白质。氨基酸序列比对分析表明,羽衣甘蓝BoExo70A1与油菜BnExo70A1、拟南芥AtExo70A1的一致性分别为99%和94%;BoExo70A1基因结构含12个外显子和11个内含子,内含子5′供体位点和3′受体位点边界序列符合GU-AG规则;Southern杂交结果显示,BoExo70A1在羽衣甘蓝基因组中存在多拷贝;Northern杂交结果显示BoExo70A1在茎、叶、花瓣、花药、柱头、花柱和子房中表达,而且在叶中的表达量最低。 相似文献
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柑桔LEAFY同源基因片段分离及特性研究 总被引：16，自引：0，他引：16
根据不同植物LEAFY ( LFY) 同源基因3’端序列高度保守性, 设计合成简并引物, 采用PCR 技术首次从柑桔基因组DNA 中分离出一条长883 bp 的柑桔LFY 同源基因( csLFY) 片段。序列分析表明, 所扩增的883 bp DNA 片段中包含一个长476 bp 的内含子, 拼接位点与其他植物的LFY 同源基因一致。由外显子推导的氨基酸序列与其它植物LFY 同源基因的相应区域氨基酸序列同源性为77 %～97 % , 其中与烟草NFL 和矮牵牛ALF 的同源性最高, 达到97 %。RT—PCR 研究表明, csLFY 在柑桔成年结果枝上的花芽和营养芽以及童期幼苗的营养芽中均有表达, 但童期营养芽中的表达强度明显低于花芽。 相似文献
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砂梨果实ACC氧化酶cDNA克隆及其反义表达载体构建 总被引：3，自引：1，他引：2
利用RT-PCR和RACE技术从'早生新水'砂梨成熟果实cDNA中克隆出ACC氧化酶基因保守片段及其5'和3'端,拼接后获得砂梨果实ACC氧化酶cDNA全长。该cDNA全长1 225 bp,将其命名为Pyp-ACO,GenBank登录号为EF451060。Pyp-ACO核苷酸序列有一个945 bp的开放读码框,5'端非翻译区为63 bp,3'端非翻译区为217 bp,与西洋梨和苹果的编码区核苷酸序列有较高的相似性,分别为98.3%和98.1%。Pyp-ACO推导编码314个氨基酸,该序列具备非血红素二价铁离子依赖型的氧化/加氧酶类的12个保守氨基酸和催化活性所需的3个氨基酸。将Pyp-ACO编码区序列反向插入pYPX145载体,构建了由双35S启动子所控制的双元表达载体,同时已成功将表达载体导入根癌农杆菌菌株LBA4404,为耐贮藏转基因梨选育奠定了基础。 相似文献
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利用与柑桔黄龙病相关的韧皮部杆菌("Candidatus Liberibacter sp.",简称Ca.L.sp.)16SrDNA基因、β-操纵子核糖体蛋白基因、外膜蛋白基因以及16S-23SrRNA间隔转录区基因位点的4对特异性引物,对采自云南瑞丽柠檬园的柚木虱(Psylla citrisuga)DNA样品进行PCR扩增,将扩增产物进行纯化、回收,连接至PEASY-T3载体并转化大肠杆菌感受态细胞Trans1-T1,筛选阳性克隆进行测序,利用NCBI Blastn软件以及MEGA5.05软件对所克隆的序列进行同源性分析与聚类分析。结果表明:柚木虱体内韧皮部杆菌亚洲种在这4个基因位点与已报道的Ca.L.asiaticus psy62株系全基因组相应基因位点的同源率均为99%。本研究证实柚木虱能够携带韧皮部杆菌亚洲种,是该菌新的昆虫宿主。 相似文献
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柑橘黄龙病、裂皮病和衰退病病原的多重RT-PCR检测 总被引：2，自引：0，他引：2
建立了一种同时检测柑橘黄龙病病原类细菌(Candidatus L iberibacter asiaticus, HLB) 、柑橘裂皮类病毒(Citrus exocortis viroid, CEVd) 、柑橘衰退病病毒(Citrus tristeza virus, CTV) 的多重RT-PCR技术体系。运用根据3 种病原核苷酸保守区序列设计的特异性引物, 成功的对同一样品中的HLB、CEVd、CTV进行多重RT2PCR扩增, 得到1 160 bp、371 bp、273 bp 3条特异性大小与试验设计相符的条带。就影响多重PCR 的主要因素引物浓度和退火温度进行了一系列优化, 建立了能同时检测HLB、CEVd、CTV的多重RT2PCR技术体系。该体系最低能从10 pg总RNA中检测出黄龙病类细菌和柑橘裂皮类病毒, 从1 pg总RNA中检测到柑橘衰退病毒。对采自田间37份材料的实际检测表明: 存在两种或3种病原的复合侵染。 相似文献
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中国柑橘黄龙病菌16S rDNA序列研究 总被引：7，自引：0，他引：7
运用PCR技术对来自中国7省区不同寄主上的黄龙病菌16S rDNA基因区进行了PCR-RFLP-SSCP分析, 采用3种限制性内切酶进行单酶切、双酶切及三酶切反应,对酶切产物进行了单链构象多态性（SSCP）分析,结果表明来自7省区不同寄主上9个黄龙病病菌分离物的16S rDNA无可见变异;同时对9个代表性的分离物16S rDNA进行了克隆测序,序列多重比对结果与PCR-RFLP-SSCP一致,从而在分子水平上证明了中国柑橘黄龙病病菌的16S rDNA序列高度保守, 在不同的地域、寄主内没有发现分子变异,为进一步研究柑橘黄龙病菌系统进化奠定了基础。 相似文献
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胼胝质由胼胝质合成酶合成,胼胝质沉积是植物对入侵病原的防御反应。为了探索胼胝质合成酶(Callose synthase,CalS)基因在柑橘中对黄龙病的应答情况,从甜橙基因组中筛选并利用生物信息学分析了柑橘胼胝质合成酶(CsCalS)家族的12个基因。这些基因编码的氨基酸序列与拟南芥中的胼胝质合成酶具有较高的同源性。荧光实时定量PCR结果显示,CsCalS5和CsCalS12在柑橘健康叶片中的表达量高于其他胼胝质合成酶基因。比较黄龙病感病材料和健康对照材料,发现CsCalS5、CsCalS7和CsCalS8在感病的‘砂糖橘’和‘强德勒’柚中均上调表达,可能参与柑橘对黄龙病病原的应答反应。 相似文献
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黄龙病(Huanglongbing,HLB)会造成柑橘韧皮部坏死堵塞,导致光合同化物运输不畅,淀粉大量积累。在感染HLB的4年生Valencia夏橙病株上分别注入0.1和0.2 g·株~(-1)土霉素(Oxytetracycline,OTC),90 d后运用qPCR检测,病株中HLB病原菌(Candidatus Liberibacter asiaticus,Las)含量均明显降低,且0.2和0.1 g·株~(-1) OTC处理的效果相当。I2/KI显色及LM观测表明,0.2 g·株~(-1) OTC处理后植株的淀粉含量从注射前的18.58μg·mm~(-2)减少至90 d的5.24μg·mm~(-2),而0.1 g·株~(-1)的处理90 d仅降至11.88μg·mm~(-2)。高效液相色谱(HPLC)检测结果表明,注射后90 d内,试验用浓度0.2 g·株~(-1) OTC在植株体内可降解至200μg·kg~(-1)以下。基因表达结果表明,注射0.2 g·株~(-1) OTC后30和90 d,淀粉合成及分解相关基因表达量均下降,其中淀粉合成相关基因AGPase表达量下降最显著,这与OTC注射后30和90 d叶片内淀粉含量下降结果一致。 相似文献
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柑橘黄龙病和衰退病的同步PCR和RT-PCR检测 总被引：1，自引：0，他引：1
柑橘黄龙病(HLB)和衰退病(CTV)是2种危害严重的世界性柑橘病害,国内外对其病原检测的研究相当多。研究建立了同时检测HLB和CTV的多重RT-PCR体系,从影响多重RT-PCR扩增的引物浓度、Mg2+浓度、Taq酶浓度、dNTPs浓度、退火温度等方面进行体系优化。结果表明,多重PCR反应的退火温度应优先考虑退火温度高的引物,退火温度高的引物所需浓度要大于相应退火温度低的引物。该体系实现了DNA病原和RNA病原的统一检测,进一步体现了多重RT-PCR的优越性。 相似文献
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柑橘响应黄龙病侵染的韧皮部蛋白2基因CsPP2B15的克隆与表达分析 总被引：1，自引：0，他引：1
黄龙病病原菌诱导柑橘筛孔胼胝体过度积累是其致病的一个重要因素。柑橘韧皮部蛋白（Phloem Protein,PP）在筛孔胼胝体积累中起着重要作用。为研究柑橘韧皮部蛋白响应黄龙病亚洲种（Candidatus Liberibacter asiaticus,CLas）侵染的功能,克隆获得了一个响应黄龙病侵染差异表达的PP基因CsPP2B15的编码区和长1.5 kb的启动子序列,并以高感品种锦橙和耐病品种酸柚老叶和嫩叶为材料,进行基因表达分析。结果发现,CsPP2B15在高感品种锦橙嫩叶中受CLas诱导显著上调表达,而在耐病品种酸柚嫩叶中受CLas诱导显著下调表达,且在叶肉中的表达量显著高于叶脉。嫩叶和嫩梢被认为是柑橘响应黄龙病侵染的早期原初侵染部位。因此,CsPP2B15可能在CLas侵染柑橘早期中起重要作用。CsPP2B15启动子的顺式作用元件预测分析发现,CsPP2B15启动子含有许多与逆境和激素有关的顺式作用元件。进一步构建了CsPP2B15启动子控制GUS报告基因的植物表达载体,转化枳[Poncirus trifoliata（L.）Raf.]上胚轴。GUS组织化学染色和GUS酶活性测定均表明,CsPP2B15启动子具有较强的韧皮部组织特异性。 相似文献
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羽衣甘蓝花粉SCR13-b基因的分离及其功能分析 总被引：2，自引：1，他引：1
以羽衣甘蓝(Brassica oleracea var. acephala) S13-bS13-b自交不亲和系为试验材料, 分离了控制花粉自交不亲和基因———S13-b单倍型富含半胱氨酸基因(SCR13-b) , GenBank收录号为EF577028。SCR13-b cDNA序列含有237 bp的开放读码框(ORF) , 编码一个含78个氨基酸的蛋白。SCR13-b gDNA含有一个758 bp的内含子, 内含子5′供体位点和3′受体位点边界序列符合GU2AG规则; DNA blot分析表明SCR13-b在基因组中只有单一拷贝; 授粉生物活性分析试验显示原核表达SCR132b融合蛋白能够启动SI反应, 抑制杂交亲和花粉的萌发和生长。 相似文献
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白菜亚硝酸还原酶基因BcNiR的克隆及表达分析 总被引：2，自引：0，他引：2
以白菜品种‘苏州青’自交系叶片cDNA为模板, 采用RT-PCR、3′RACE和5′RACE技术,
获得了编码亚硝酸还原酶基因(NiR) 的cDNA全序列1 852 bp, 包含有1 749 bp的开放阅读框, 编码583个氨基酸, 命名为BcNiR。所推导的氨基酸序列与拟南芥NiR1、烟草nii2编码的氨基酸序列具有较高同源性, 分别为83%和76%。生物信息学分析表明, BcNiR具有完整的NiR蛋白结构, 含血红素蛋白β - 化合物区域, 一个明显的西罗血红素siroheme结合位点和4Fe-4S区域, 可以在SWiSS-MODEL数据库中搜索到与之相近的三维结构。RT-PCR结果显示, 该基因在叶片中的表达量远远高于根系, 在以0、10、20、30、40 mmol·L - 1硝态氮各分别处理0、2、4、6、8、12 h的试验中, 30 mmol·L -1处理4 h可使BcNiR的表达量达到最大; 5和10 mmol·L - 1铵态氮处理试验表明, 高浓度的铵抑制该基因的表达。 相似文献