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1.
基于表型和基因组信息评价北京油鸡保种群保种情况 总被引：1，自引：1，他引：0
旨在利用表型和基因组信息对北京油鸡随机交配保种群体近交系数、有效群体大小进行研究,评价北京油鸡保种群体保种情况。本研究以国家级北京油鸡保种场北京油鸡2019年随机交配保种群体40只鸡为研究对象,对表型记录进行整理,同时利用基因组SNP信息,使用PLINK软件分别计算基于ROH的近交系数（FROH）、基于纯合基因型的近交系数（FHOM）、基于联合配子之间相关性的近交系数（FUNI）;使用GCTA和R软件计算基于基因组关系G矩阵的近交系数（FGRM）;使用SNeP软件估计北京油鸡历史世代的有效群体大小;使用NeEstimator软件估计基于连锁不平衡方法的当前世代的有效群体大小;使用R软件的PerformanceAnalytics包对FROH、FHOM、FGRM和FUNI等不同算法所得近交系数进行相关性分析,评价北京油鸡的保种情况。结果显示,1979—2019年以来,北京油鸡保种群体凤冠、胫羽、五趾等典型的外貌特征明显且百分比稳定;保种群有效群体大小从98世代前的595逐渐降至13世代前的176;2019年北京油鸡随机交配保种群体FROH为0.079 8,与FGRM显著相关（P<0.01）,且相关系数为0.45;除此之外,FHOM与FGRM,FHOM与FUNI以及FGRM与FUNI之间也存在较高的线性相关。北京油鸡1979—2019年以来近交系数增长缓慢,国家级北京油鸡保种场随机交配保种群体的保种工作是十分有效的。基于目前情况,本研究建议每年随机选取一定数量的北京油鸡随机交配保种群体的个体,进行全基因组二代重测序检测,有利于对保种状况进行动态监控,以便随时调整保种工作方案。 相似文献
2.
不同来源大白猪总产仔数近交衰退评估 总被引：2，自引：2，他引：0
旨在评估两个不同来源大白猪群体经过近8个世代的选育后总产仔数（total number of piglets born，TNB）近交衰退的程度。本研究对1 937头大白猪使用GeneSeek GGP Porcine HD芯片进行分型，其中1 039头来自加系大白猪和898头来自法系大白猪，且两品系均有表型记录和系谱记录，系谱共由3 086头大白猪组成。分别使用系谱、SNP和ROH进行个体近交系数估计，并将近交系数作为协变量利用动物模型对总产仔数进行近交衰退评估。为了精准定位导致总产仔数衰退的基因组片段，又进一步对每条染色体以及显著染色体分段计算近交系数并估计其效应，检测是否能引起总产仔数发生近交衰退现象。对于加系群体，FROH、FGRM和FPED估计的近交系数均值分别为0.124、0.042和0.013，其中FROH和FPED相关最高，相关系数为0.358；对于法系群体，FROH、FGRM和FPED均值分别为0.123、0.052和0.007，其中FROH和FGRM相关最高，相关系数为0.371。利用3种不同计算方法所得近交系数用于估计近交衰退时，加系群体的总产仔数均检测到显著的近交衰退，而且当FROH、FGRM和FPED每增加10%时，总产仔数分别减少0.571、0.341和0.823头；但法系群体仅有FROH估计的总产仔数检测到显著近交衰退，FROH每增加10%时，总产仔数减少0.690头。为了锁定相关的染色体和基因组区段，首先利用ROH估计每条染色体近交系数并进行近交衰退分析发现，加系群体中检测到第6、7、8和13号染色体产生了显著近的总产仔数交衰退，而法系群体未检测到与近交衰退相关的染色体。然后，又将与加系总产仔数近交衰退显著相关的4条染色体平均分为2、4、6、8个片段进行近交衰退检测，其中平均分成8段后的染色片段的长度范围为15.1~25.8 Mb。在第6、7和8号染色体分别检测到1、2和3个与总产仔数相关的近交衰退染色体片段。这些区域注释到了CUL7、MAPK14和PPARD基因与胎盘发育相关，AREG和EREG基因与卵母细胞成熟有关。本研究利用3种近交系数计算方法对两个不同来源的大白猪总产仔数进行近交衰退评估，在加系大白猪中3种估计方法都能检测到近交衰退的现象，而法系群体中只有FROH才能检测到。而且通过ROH方法进一步确定了能引起加系大白猪总产仔数衰退的4条染色体和6个特定的染色体区段，还注释到了与繁殖相关的候选基因。这为揭示近交衰退的遗传机制提供了新的研究手段，也为基因组选种选配提供了参考依据。 相似文献
3.
【目的】 评估当前西藏主要牦牛群体遗传多样性，梳理不同地区群体间遗传结构，明确西藏5个牦牛群体（阿里牦牛、斯布牦牛、娘亚牦牛、类乌齐牦牛和帕里牦牛）的保种情况和种群间系统发育关系。【方法】 利用13个微卫星标记（SSR）对5个牦牛群体共计195个个体进行基因分型，并对各群体的等位基因数量、基因杂合度、多态信息含量及群体间遗传距离等遗传参数进行评估。【结果】 阿里牦牛群体等位基因数最多（6.43），类乌齐牦牛等位基因数最少（5.00）；观测杂合度范围为0.5311（娘亚牦牛）~0.5995（类乌齐牦牛）。各群体内偏离Hardy-Weinberg平衡的位点数为5（类乌齐牦牛）~9（阿里牦牛）个；群体内近交系数最高为0.172（阿里牦牛），且4个群体（阿里牦牛、娘亚牦牛、斯布牦牛和帕里牦牛）存在显著近交风险（P<0.05）。从遗传结构来看，所有群体间均为显著遗传分歧（P<0.05），STRUCTURE分析结果显示，5个牦牛群体划分为3个簇，其中阿里牦牛较其他牦牛群体具有更为丰富的遗传背景。系统发育树结果表明，不同群体间系统发育关系相对独立，且与种群栖息地分布不一致。主坐标分析（PCoA）结果显示，不同群体间部分个体存在较近亲缘关系，表明不同群体间存在遗传物质交流。【结论】 5个西藏牦牛群体具有丰富的遗传多样性水平，且种群系统发育关系相对独立，但多数群体存在群体事件风险。本研究不仅有助于明确西藏牦牛地方种群遗传多样性水平，同时可为今后的保种策略提升提供理论参考。 相似文献
4.
为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头（26头公猪,115头母猪）健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为（0.260 4±0.025 2）,26头种公猪的遗传距离为（0.263 3±0.023 7）。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段（runs of hemozygosity,ROH）,78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。 相似文献
5.
《中国畜牧杂志》2020,(4)
本研究通过对莱芜猪国家级保种场进行调研,探讨目前我国地方猪保种场在系谱记录、档案管理、系谱应用中存在的共性问题。利用中国地方猪品种登记平台的登记规范对个体进行重新编码并梳理个体系谱信息,在此基础上利用R语言及MEGA软件进行遗传结构分析。通过利用平台及新建电子档案系谱纠正了系谱不完整、不准确等问题。遗传结构分析结果显示:当代群体理论平均近交系数(Ft)为2.15%,实际平均近交系数(Ft。)为3.5%,群体有效含量为92.19头,表明保种群部分个体采用了随机留种方式。所有个体可分为13个家系,但家系中个体数量分布不均衡。调研发现,保种场的系谱仍存在完整性、准确性等影响保种效果评价和影响开发利用的瓶颈问题,故在选种选配时应与时俱进,注重利用平台进行个体信息登记及育种软件利用。此外,本研究仅依靠系谱分析可能并不能反映群体真实的遗传结构,故有必要通过构建分子系谱开展进一步研究。 相似文献
6.
本研究以33头广西巴马小型猪为研究对象,利用19个微卫星标记,通过估算其等位基因数(N)、多态信息含量(PIC )和近交系数(F)等参数,对广西巴马小型猪近交群F10~F15世代进行了遗传学检测。试验结果显示,19个微卫星座位上共检测到31个等位基因,其中F10~F15分别具有27、29、28、27、26和25个等位基因,平均每个位点分别仅有1.42、1.53、1.47、1.42、1.37和1.32个等位基因;6个世代群体平均多态信息含量为0.1044。广西巴马小型猪F10~F15世代的平均近交系数分别为0.8070、0.8263、0.8491、0.8710、0.8904、0.9118。结果表明,广西巴马小型猪近交群体的基因多态性低、近交程度高,是一个遗传性稳定的群体。 相似文献
7.
《畜牧兽医学报》2020,(2)
为了更好地了解青峪猪在世代更替过程中遗传结构的变化,更好的保护和利用青峪猪遗传资源,本研究利用50K SNP芯片,对青峪猪保种群内141头(26头公猪,115头母猪)健康成年个体进行SNP测定,通过多种分析软件对青峪猪保种群体和各个世代进行系谱校正,进而实施群体遗传多样性、遗传距离以及遗传结构变化等分析。结果显示,该封闭保种群由3个重叠世代构成,群体有效含量为12头,且整个群体可以分为6个含有公猪的家系和1个不含公猪的家系。其中,第3世代的有效群体含量最少,仅为3头,多态性标记比例随着世代的增加不断下降;141头青峪猪的平均遗传距离为(0.260 4±0.025 2),26头种公猪的遗传距离为(0.263 3±0.023 7)。随着繁殖世代的增加,各世代群体的遗传距离有轻微的上升趋势,部分种猪之间的亲缘关系和遗传距离较近;在141头青峪猪群体中共检测到1 481个基因组上长纯合片段(runs of hemozygosity, ROH),78.01%的长度在200 Mb以内,基于ROH值计算的近交系数表明整个群体的平均近交系数为0.055,且各世代的近交系数在不断上升,到第3世代时已经达到了0.075。综上所述,通过对青峪猪分子水平的群体遗传结构研究表明,该保种群体在闭锁的继代繁育过程中存在群体遗传多样性损失,需要加强选配或导入外血以确保青峪猪遗传资源的长期保存。 相似文献
8.
为研究新疆大叶苜蓿抗旱机制,以新疆大叶苜蓿为材料进行盆栽控水试验,设定正常供水(CK)、轻度胁迫(T1)和重度胁迫(T2)3个处理,分析干旱胁迫后复水对新疆大叶苜蓿光合和叶绿素荧光的影响。结果表明,随干旱胁迫的加剧,叶绿素a (Chl a)、叶绿素b (Chl b)、叶绿素总含量[Chl (a+b)]、净光合速率(Pn)、胞间CO2浓度(Ci)、蒸腾速率(Tr)、气孔导度(Gs)、最大光化学效率(Fv/Fm)、电子传递速率(ETR)、光化学猝灭系数(Qp)和实际光合量子产量(Yield)均呈下降趋势,而初始荧光(Fo)、非光化学猝灭系数(NPQ)及叶片水分利用速率(WUE)均呈上升趋势。T1处理在复水3 d后,Chl a,Chl (a+b),Ci,WUE,Fv/Fm,ETR,Qp和Fo恢复至对照,而T2处理则在复水第5 d时恢复到对照。其中Chl a,[Chl (a+b)],Ci,Gs,Fv/Fm,ETR和Qp在复水第7 d后出现超补偿效应。该研究表明新疆大叶苜蓿的抗旱性强,为全面了解新疆大叶苜蓿的干旱适应能力提供理论依据。 相似文献
9.
[目的] 对广灵驴脂肪和肥胖相关基因（fat mass and obesity-associated gene,FTO）进行克隆及序列分析,同时检测其在广灵驴各组织中的表达差异,以探究广灵驴FTO基因结构对其生理代谢功能的影响。[方法] 运用RT-PCR技术扩增并克隆广灵驴FTO基因CDS序列,进行基因及蛋白质功能分析,同时运用实时荧光定量PCR方法检测FTO基因在广灵驴7种组织（心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌及皮下脂肪）中的差异表达。[结果] 广灵驴FTO基因CDS区序列长1 518 bp,编码505个氨基酸,序列提交至NCBI,登录号：MZ169553。广灵驴FTO基因与马、猪、牛、人、羊驼、绵羊和山羊的相似性为99.3%、90.3%、89.5%、90.8%、90.7%、89.2%和89.2%;系统进化树分析发现,广灵驴与马的亲缘关系最近。FTO蛋白分子质量为58.35 ku,理论等电点为5.07,脂肪系数为80.36,不稳定系数为48.82,平均疏水指数为-0.550,为不稳定的酸性亲水蛋白。FTO蛋白无信号肽和跨膜区,主要定位于细胞质中,具有34个磷酸化位点与5个糖基化位点。FTO蛋白二级结构主要以α-螺旋（43.96%）和无规则卷曲（37.82%）为主。实时荧光定量PCR分析发现,FTO基因在广灵驴7个组织中均有表达,其中在肺脏和皮下脂肪中的表达量极显著高于其他组织（P<0.01）,在背最长肌中表达量最低。[结论] 本试验结果可为下一步基因表达与调控脂肪沉积机制及改善驴肉品质的研究奠定基础。 相似文献
10.
《畜牧兽医学报》2017,(4)
旨在利用较少的经过优化的遗传标记组合达到快速高效的亲缘鉴定,最终可有效应用于奶牛群体亲子鉴定与系谱构建。本研究从国际动物遗传学会(ISAG)数据库中初步选择了18个多态性较高的微卫星位点,经PCR优化验证获得可高效扩增的8个位点,并检测其在300头中国荷斯坦牛群体中的多态性分布。这些微卫星位点的亲子鉴定效力检测结果表明,8个标记平均等位基因数为14.63,平均多态性信息含量(PIC)为0.747,群体平均观察杂合度(Ho)为0.718,平均期望杂合度(He)为0.773。3种不同情形下进行亲子鉴定时8个位点的结合排除概率(CPE)均≥0.990。8对父子牛亲权鉴定结果表明,利用该8个标记可以识别并剔除系谱中的错误记录。结合排除概率的分析结果表明,当微卫星位点数增加至4个(TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103)时,3种不同情形下的CPE均≥0.949,可以满足个别案例牛亲子鉴定的要求。群体分子系谱构建的结果表明,当微卫星位点数大于或等于6个时,群体内近交系数和总群体近交系数均明显升高。因此,在生产实践中推荐使用TGLA227、TGLA122、BMC1207、BM103、INRA037、INRA134位点进行小规模群体(200)的分子系谱构建或亲权鉴定。 相似文献
11.
试验旨在对广灵驴的激素敏感脂酶（hormone sensitive lipase，HSL）基因进行克隆和序列分析，并对HSL基因在广灵驴不同组织中的差异表达水平进行分析。使用RT-PCR法扩增并克隆广灵驴HSL基因CDS区部分序列，将序列拼接后得到HSL基因完整的CDS区全长序列，并对序列进行一系列生物信息学分析，通过实时荧光定量PCR检测HSL基因mRNA在广灵驴的心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌和皮下脂肪7个组织中的表达情况。结果显示，广灵驴HSL基因完整的CDS区全长为2 286 bp，共编码761个氨基酸，序列已提交到NCBI，登录号：MN231003。广灵驴HSL基因的核苷酸序列与马、羊驼、骆驼、猪、牛、山羊、小鼠、绵羊相应序列的同源性分别为99.6%、88.9%、88.6%、88.1%、86.9%、85.6%、80.8%、79.1%。系统进化树预测表明，广灵驴HSL基因与马的亲缘关系最近，与小鼠的亲缘关系最远。生物信息学分析发现，HSL蛋白的理论等电点为6.51，不稳定指数为56.83，亲水性的总平均值为-0.048，说明HSL是酸性不稳定的水溶性蛋白。蛋白保守域中存在N-末端结构域、α/β水解酶折叠结构域以及调节结构域。蛋白序列中共存在88个磷酸化修饰位点、25个糖基化修饰位点。蛋白中存在较强的疏水性区域，没有信号肽及跨膜区域。二级结构显示此蛋白是由α-螺旋、延伸链、β-转角和无规则卷曲构成的，分别占45.33%、11.70%、5.65%、37.32%。实时荧光定量PCR检测结果显示，HSL基因mRNA在广灵驴的7种组织中均有表达但存在差异，在皮下脂肪中表达量最高，在心脏中表达量最低，说明广灵驴HSL基因可能在体内脂肪沉积中发挥着非常重要的作用。该试验为进一步研究HSL蛋白功能及其在广灵驴脂肪沉积中代谢调控机制提供了理论基础。 相似文献
12.
本研究旨在对广灵驴腺苷琥珀酸裂解酶（adenylosuccinatelyase，ADSL）基因进行克隆及生物信息学分析，并检测其在不同组织中的表达情况，为探究ADSL基因在广灵驴肌苷酸合成及风味形成中的作用机制提供理论参考。根据GenBank中公布的马（登录号：XM_001917207.5）、牛（登录号：NM_001102377.2）、猪（登录号：GU249574.1）等物种的ADSL基因mRNA序列，通过Primer Premier 3.0在线工具设计同源引物，RT-PCR法扩增并克隆ADSL基因序列，对编码序列进行结构与功能分析，最后用实时荧光定量PCR检测ADSL基因在广灵驴心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌组织中的表达水平。结果显示，广灵驴ADSL基因CDS长1 473 bp，编码490个氨基酸，提交至NCBI，登录号：MW037837，其核苷酸序列与马、牛、双峰驼、猪、绵羊、人、小鼠的相似性分别为99.5%、90.8%、92.3%、90.4%、90.7%、90.5%和86.0%。进化树分析结果表明，广灵驴与马的种属关系最近，与小鼠的亲缘关系最远。ADSL蛋白分子质量为55.44 ku，等电点为6.52，平均疏水指数为-0.243，是一种不稳定的酸性亲水蛋白。ADSL蛋白有41个磷酸化修饰位点，6个糖基化修饰位点，没有信号肽和跨膜结构，有1个卷曲螺旋。ADSL蛋白主要定位在细胞质，α-螺旋（68.98%）是主要的二级结构。ADSL基因在广灵驴6个组织中都有表达，其中肺脏中的表达量最高，显著高于其他组织（P<0.05），其次是心脏和肝脏，脾脏、肾脏和背最长肌中的表达量最低。本研究结果为今后探究ADSL基因在广灵驴肌苷酸合成及风味形成的分子机制奠定基础。 相似文献
13.
本研究旨在对广灵驴二酰基甘油酰基转移酶2（DGAT2）基因进行克隆，生物信息学分析和检测其在不同组织中的表达情况，为探究DGAT2基因在广灵驴脂肪沉积和提高乳脂率等方面的作用机制提供理论参考。根据GenBank上公布的马（登录号：XM_023645689.1）、双峰驼（登录号：XM_010973154.1）、绵羊（登录号：XM_027979550.1）等物种的DGAT2基因mRNA序列，利用Primer Premier 3.0在线工具设计同源引物，应用RT-PCR法扩增DGAT2基因序列，用生物信息学方法分析DGAT2基因编码序列，用实时荧光定量PCR技术检测DGAT2基因在广灵驴心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、背最长肌、肌间脂肪、皮下脂肪组织中的表达。结果显示，广灵驴DGAT2基因CDS序列1 086 bp，编码361个氨基酸，提交到GenBank，获得登录号：MT993643，其编码序列与马、牛、双峰驼、猪、绵羊、人、小鼠的同源性分别为99.0%、92.0%、93.5%、92.0%、92.7%、85.3%、84.1%。系统进化树分析表明，驴与马的亲缘关系最近，和小鼠的关系最远。DGAT2蛋白分子质量40.96 ku，脂肪系数92.85，等电点9.16，是一种具有跨膜区的稳定碱性疏水蛋白。DGAT2蛋白有28个磷酸化修饰位点，2个糖基化修饰位点，没有信号肽，主要定位在内质网，α-螺旋（39.89%）和无规则卷曲（36.01%）是主要的二级结构。DGAT2基因在检测的8个组织中都有表达，其中皮下脂肪中的表达量显著高于其余组织（P<0.05），其次是心脏、肝脏和肾脏，背最长肌中的表达量最低。本试验结果为探究DGAT2基因在广灵驴脂肪沉积和提高乳品质性状的作用奠定基础。 相似文献
14.
塔里木马鹿微卫星遗传多样性与产茸量的相关性研究 总被引：1，自引：0，他引：1
利用7个微卫星遗传标记,采用PCR扩增,12%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳、Sanguinetti银染法显色,对新疆塔里木马鹿亚种遗传多样性进行检测,统计各群体的等位基因组成、平均有效等位基因数(E)和平均基因纯合率(Rh),根据等位基因频率计算出各群体的平均遗传杂合度(h)、多态信息含量(PIC)和群体间的遗传距离,利用分子进化遗传分析软件(MEGA),采用邻结法(NJ)重建系统发生树。根据等位基因频率,利用PHYLIP(3.6)分析软件,采用最大似然法(ML)构建系统发生树,应用自举检验(bootstrap test)估计系统树中节点的自引导值(bootstrap value),并进行了系统发生分析。同时对部分马鹿群体个体基因型与产茸量之间进行了相关分析。结果表明:7个微卫星位点在3个塔里木马鹿中的多态信息含量除BMS2508和Celjp0023没有多态性,以及BM5004为中度多态外,其他4个微卫星均为高度多态,可作为有效的遗传标记用于3个塔里木马鹿群体遗传多样性和系统发生关系的分析。所有马鹿群体的平均PIC为(0.5196)、h(0.5552)和E(2.45),其基因多态性和遗传多样性相对丰富。塔里木马鹿35团群体与沙雅群体的血缘关系及遗传距离近于阿拉尔群体,3个塔里木马鹿群体的系统发育关系基本符合其地理分布和育成史。微卫星位点BM4208的166bp/185bp基因型和微卫星BM888的208bp/208bp基因型可以对塔里木马鹿35团群体高产茸量进行分子遗传标记。 相似文献
15.
六个家驴品种mtDNA D—Loop部分序列的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
对中国的6个家驴品种(关中驴、德州驴、庆阳驴、泌阳驴、广灵驴、晋南驴)利用PCR-SSCP技术分析了其mtDNA D-Loop部分序列的遗传多样性。87个个体共检测到19个单倍型,单倍型比例为21.8%。单倍型多样度以关中驴、晋南驴较高,分别为0.834和0.904;其次为泌阳驴和广灵驴,分别为0.629、0.529;德州驴和庆阳驴较低,分别为0.467、0.599。文章从分子水平上揭示了家驴的遗传多样性,为我国家驴品种资源的评价和利用提供了一些依据。 相似文献
16.
中国家驴生长激素基因内含子2的遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为了从分子水平揭示家驴的遗传多样性,本研究以中国7个家驴品种(临县驴、关中驴、新疆驴、广灵驴、淮北驴、德州驴、晋南驴)174个个体为试验动物,利用PCR-SSCP技术研究生长激素(GH)基因第2内含子的遗传多样性并进行序列分析.结果显示:第2内含子表现多态性,174个个体检测到3个单倍型,单倍型比例为1.7%.单倍型多样度以临县驴、淮北驴较高,分别为0.678和0.542.广灵驴与关中驴的单倍型多样度(Haplotype diversity,H)比较接近,分别为0.409和0.462.其次为德州驴和晋南驴,分别为0.355和0.304,新疆驴最低为0.077.对该片段的纯合型分别测序发现,B单倍型在第735位碱基G→C.A单倍型在869位碱基G→T.上述结果首次证实驴GH基因内含子2存在多态性. 相似文献
17.
本研究旨在对钙蛋白酶1（CAPN1）基因CDS区进行克隆及生物信息学分析，并鉴定其在广灵驴各组织中的表达量。应用生物信息学方法对广灵驴CAPN1基因CDS区进行序列分析，并对其编码蛋白的理化性质、亚细胞定位、翻译后修饰结构和蛋白结构进行预测；利用实时荧光定量PCR技术对CAPN1基因在心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏和背最长肌6种组织中的表达水平进行分析。结果显示，广灵驴CAPN1基因CDS区全长2 148 bp，可编码715个氨基酸，已提交至NCBI，登录号为：MN158194，其核酸序列与马、绵羊、牛、人、山羊、小鼠、猪的同源性分别为99.7%、92.3%、92.5%、92.0%、92.5%、85.9%和92.9%；CAPN1蛋白的分子质量为82.01 ku，理论等电点为5.59，平均疏水性为-0.374，不稳定系数为36.42，不存在跨膜区及信号肽；其编码蛋白的二级结构由无规则卷曲、α-螺旋、β-转角和延伸链组成；CAPN1基因在广灵驴的6种组织中均表达，其中在背最长肌中的表达量最丰富，其次是肝脏，在心脏中的表达最低。本研究成功克隆了广灵驴CAPN1基因CDS，并对其在不同组织中的表达量进行了分析，为进一步研究CAPN1基因在肌肉嫩度方面的表达调控功能及发展地方品种广灵驴肉制品产业提供了理论依据。 相似文献
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试验旨在建立广灵驴成纤维细胞库,以期在细胞水平上对广灵驴进行保护。本研究以1月龄广灵驴耳缘皮肤组织为试验材料,采用组织块贴壁法进行成纤维细胞培养,建立了广灵驴耳缘皮肤组织成纤维细胞系,并对其相关生物学特性进行了鉴定。结果发现,试验所建立的广灵驴成纤维细胞系大多数细胞呈长梭形,部分细胞呈三角状或星型。在培养过程中,广灵驴原代成纤维细胞在贴壁4 d时开始有细胞从组织边缘游离出来,贴壁14 d后,细胞汇合率达到80%,可以进行第一次传代培养;细胞生长态势良好,生长曲线呈典型的S型曲线;细胞冻存复苏后活率有所下降,但生长状态良好。细胞分裂中期染色体数2n=62,说明成功建立了广灵驴成纤维细胞系。通过本方法建立的广灵驴成纤维细胞系为后续广灵驴的相关研究奠定了基础。 相似文献
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基于HS-SPME-GC-MS和OPLS-DA模型探究不同嫩度驴肉的关键挥发性物质成分差异 总被引：1，自引：0，他引：1
旨在检测驴肉挥发性物质成分,探究与广灵驴嫩度相关的关键差异风味物质并解析关键挥发性物质与嫩度基因之间的功能与联系。本研究选用30头生长环境和饲养条件相同、年龄相近的雌性广灵驴为研究对象,进行剪切力和肌内脂肪的测定并依据含量差异将其分为高嫩度组(HT,n=4)和低嫩度组(LT,n=4)。通过HS-SPME-GC-MS技术检测广灵驴背最长肌挥发性物质成分,利用香气活性值(odor activity value,OAV)筛选驴肉关键风味物质,并结合多元统计分析方法获得变量重要性投影(variable importance in the projection,VIP)筛选与嫩度相关的关键差异风味物质,后基于Pearson系数与转录组学进行联合分析,寻找出驴肉嫩度关键风味物质与差异基因之间的联系。结果,在广灵驴背最长肌中共鉴定出41种挥发性物质,包括醇类、醛类、烃类、酮类、酯类以及2种其他物质。通过OAV筛选出13种关键风味物质,发现影响驴肉的主要挥发性物质和贡献者是醛类。通过VIP和OAV值筛选出1-辛烯-3-醇、1-辛醇以及月桂醛既是嫩度的差异物质又是对驴肉风味有贡献的关键风味物质。利用Pearson系数筛选与关键风味物质相关的差异基因并对其进行KEGG功能分析,发现1-辛烯-3-醇的相关基因主要富集在果糖和甘露糖代谢、糖酵解/糖异生、胰高血糖素信号通路等;1-辛醇相关基因主要富集在胰岛素信号通路、丁酸代谢、Ⅱ型糖尿病、多种脂肪细胞因子信号通路等;月桂醛相关基因则多富集在次生代谢物的生物合成、胰岛素信号通路、糖酵解/糖异生、戊糖磷酸途径等。这些通路可能参与了驴肉关键风味物质1-辛烯-3-醇、1-辛醇以及月桂醛的形成。本研究利用SPME-GC-MS技术检测了驴肉的风味挥发性物质并分析了驴肉不同嫩度风味差异,筛选出1-辛烯-3-醇、1-辛醇和月桂醛3种嫩度差异物质和关键风味物质。KEGG富集结果分析发现,酵解/糖异生、胰高血糖素信号通路、PPAR信号通路、果糖和甘露糖代谢、MAPK信号通路等可能参与了1-辛烯-3-醇、1-辛醇和月桂醛3的形成,这些都为广灵驴肉质嫩度和风味的分子改良与育种提供新的方向。 相似文献