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1.
转录组测序可在各种环境条件下对物种进行高通量测序,通过基因结构分析和功能注释,探讨特定条件下相关基因的功能和表达情况。该研究分别获取低盐胁迫组(盐度0.2)和自然海水组(盐度31)脊尾白虾(Exopalaemon carinicauda)样品,通过Illumina平台进行转录组测序,获得13.92 Gb高质量测序数据,组装得到111 618条转录本和72 734条Unigenes,其中有22 879条Unigenes得到注释,比对到Nr数据库的Unigenes为21 931条;筛选出1 492条脊尾白虾低盐胁迫差异显著表达基因,包括829条上调基因和663条下调基因,其中有810条差异表达基因得到注释。通过差异表达基因GO功能注释和富集分析及KEGG通路富集分析,锁定大量脊尾白虾在自然海水和淡水环境下的差异表达基因,为深入探讨脊尾白虾在低盐胁迫条件下的生理保护机制提供了技术支撑。 相似文献
2.
为分析“褐色沉积症”形成分子机制,探究筏式养殖虾夷扇贝(Mizuhopecten yessoensis)贝壳内侧褐色沉积症状形成原因,采用Illumina高通量测序平台对感染“褐色沉积症”虾夷扇贝和健康虾夷扇贝外套膜组织进行转录组测序分析。结果显示,患病和健康扇贝外套膜分别获得43862251和41806737条clean reads。经参考基因组比对分析,患病和健康扇贝外套膜表达基因数量分别为17835个和16816个,差异表达基因208个,其中上调基因170个,下调基因38个。选取6个差异表达基因进行荧光定量PCR (q RT-PCR)验证,结果证明转录组测序分析可靠。GO功能富集发现差异基因主要富集在几丁质代谢、含氨基葡萄糖化合物代谢、几丁质结合和氨基糖代谢等与几丁质合成代谢相关的通路;KEGG通路富集分析发现差异基因主要参与内质网蛋白质合成、内吞作用、剪接体和谷胱甘肽代谢等途径;对差异表达倍数显著的前40个基因分析发现,编码类咖啡酰辅酶A-O-甲基转移酶(caffeoyl-Co A O-methyltransferase-like,CCOAOMT-L)、类1-氨基环丙烷-1羧酸... 相似文献
3.
采用不连续聚丙烯酰胺凝胶电泳技术对雅鲁藏布江中游6种裂腹鱼(尖裸鲤Oxygymnocypris stewartii、拉萨裸裂尻鱼Schizopygopsis younghusbandi、巨须裂腹鱼Schizothorax macropogon、拉萨裂腹鱼S.waltoni、双须叶须鱼Ptychobarbus dipogon和异齿裂腹鱼S.o'connori)的心肌、肌肉、肝脏、肾脏和晶状体5种组织的LDH(乳酸脱氢酶)同工酶进行比较分析。结果表明LDH同工酶的表达具有明显的组织和种间差异性。尖裸鲤、拉萨裸裂尻鱼和双须叶须鱼由LDH-A、LDH-B和LDH-B1基因编码,5种组织中分别检测到16、13和9条酶带;拉萨裂腹鱼和巨须裂腹鱼由LDH-A、LDH-B和LDH-C基因编码,5种组织中分别检测到9和6条酶带;异齿裂腹鱼由LDH-A和LDH-B基因编码,5种组织中检测到6条酶带。根据酶谱特征对其生物演化进行了探讨,发现尖裸鲤和拉萨裸裂尻鱼特化程度最高,其次是双须叶须鱼,巨须裂腹鱼、拉萨裂腹鱼和异齿裂腹鱼特化程度最低,与形态学特征所划分的三个类群吻合。 相似文献
4.
为挖掘我国名优鱼类长吻鮠 (Leiocassis longirostris)生长相关基因,本研究运用Illumina高通量测序技术比较分析了快速生长组[平均体质量为(534.02±53.68) g]和缓慢生长组[平均体质量为(108.41±4.96) g]各9尾长吻鮠的脑组织基因表达谱。测序共获得267 404 674个高质量测序片段(clean reads),通过2种不同生长速率长吻鮠脑组织转录组比较筛选出518个差异表达基因,其中,412 个基因表达量上调,106个基因表达量下调。对12个差异表达基因进行实时荧光定量PCR验证的结果与转录组测序结果一致。GO功能分类显示,大量差异表达基因富集到生长(growth)、生长因子活性(growth factor activity)和激素介导的信号通路(hormone-mediated signaling pathway) GO条目中。KEGG富集分析显示,一些差异表达基因在MAPK信号通路(MAPK signaling pathway)、转化生长因子β信号通路(TGF-beta signaling pathway)、钙离子信号通路(calcium signaling pathway)和神经活性配体–受体相互作用(neuroactive ligand-receptor interaction)等途径中富集。根据GO功能注释和KEGG富集分析,筛选出gnrh、thr、egr1、fgf18、sst、gipr、cart和crf等基因是调控长吻鮠生长发育的关键候选基因。本研究结果为后续深入研究长吻鮠生长调控机制提供了重要的参考资料。 相似文献
5.
采用实时定量RT-PCR方法研究斑点叉尾在不同病原(链球菌、嗜水气单胞菌、迟钝爱德华菌、斑点叉尾病毒)感染后TICAM基因在mRNA水平的组织和时空表达特征。感染嗜水气单胞菌可引起TICAM基因在肝脏和脾脏中的上调表达,在注射后24h和12h后上调最大分别为2.3倍和1.9倍;而在头肾和后肠中的表达则下调到感染后48h的0.15倍和24h的0.53倍;感染链球菌后则导致在肝脏、脾脏、后肠和头肾中TICAM基因表达的强烈上调,最大上调幅度为感染后7d肝脏中表达提高了23倍,其次,在脾脏和头肾中基因表达最大可上调到感染前的10倍左右;在感染迟钝爱德华菌后,TICAM基因在肝脏、脾脏、后肠和头肾中表达上调。其中,感染后7d脾脏中的表达提高到感染前的23.1倍。而感染叉尾病毒后,TICAM基因在肝脏、头肾和后肠的表达上调但幅度不大,基因表达在4种组织内表达变化量在1.5～3.7倍范围内波动,而在脾脏中TICAM表达下调,在感染24h后达到最低为感染前的0.13倍。以上实验结果显示,斑点叉尾TICAM基因表达变化与病原感染密切相关,暗示TICAM基因在斑点叉尾天然免疫中起重要作用。 相似文献
6.
为了探究低氧胁迫下中华圆田螺(Cipangopaludina cathayensis)肝脏组织基因的差异表达,本研究通过高通量测序技术,分析中华园田螺低氧胁迫组(2.5 mg/L)和常氧组(6.9 mg/L)某些基因的差异表达,并对差异基因进行生物信息学分析,进一步采用实时荧光定量PCR (RT-qPCR)对关键差异表达基因进行验证。结果显示,测序共获得232 379条基因(unigenes),与对照组比较,低氧胁迫组筛到176个差异基因,包含64个上调基因和112个下调基因。GO功能注释分析显示,差异基因主要富集在生物学过程中的几丁质代谢过程和含氨基葡萄糖的复合代谢过程,细胞组分中的胶原三聚体成分,分子功能中的几丁质结合功能和糖衍生物结合功能。KEGG通路富集分析显示,差异基因主要集中于环境信息处理、遗传信息处理、代谢和生物系统这4大类通路。6个关键差异基因的RT-qPCR结果显示,热休克蛋白70B2和热休克蛋白β-6基因表达量上调,几丁质酶蛋白4、α-1胶原蛋白(XIV)、α-4胶原蛋白(XIV)、5-磷酸酶蛋白基因表达量下调,证实了转录组测序结果的可靠性。本研究发现,低氧胁迫激活了中华圆田螺适应缺氧的生理活动,并获得了低氧胁迫下中华圆田螺肝脏组织中相关功能基因的表达信息,为深入研究中华圆田螺响应低氧胁迫的调控机制提供了基础数据和理论依据。 相似文献
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基于转录组分析筛选凡纳滨对虾低温胁迫下的差异表达基因 总被引：1，自引：0，他引：1
凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)是中国主要的对虾养殖品种之一,对低温的耐受性较差,低于18℃就会停止摄食。为了探究凡纳滨对虾耐低温性状相关基因,选用凡纳滨对虾低温胁迫组(18℃)和常温组(24℃)肝胰腺组织为实验材料,进行Illumina HiSeq 2500测序,对测序原始数据进行拼接、注释,以及筛选分析低温胁迫下的差异表达基因。结果显示,测序共获得50921条基因(unigene),平均长度为828 bp, N50为1589 bp,其中28.13%为已知基因。基因差异表达分析共筛选得到243个低温胁迫相关基因,其中89个上调表达, 154个下调表达。功能富集分析发现,差异表达基因多富集在生物结合和催化过程、过氧化物酶、溶酶体、精氨酸和脯氨酸的代谢以及氨基酸的生物合成途径中。进一步根据Q-值共筛选出10个差异表达最显著的基因,其中ATP结合盒B亚家族6转运蛋白基因(ATP-binding cassette sub-family B member 6, ABCB6)、C型凝集素基因(C type lectin)、谷氨酰胺合成酶基因(glutamine synthetase, GS)在低温胁迫下均呈下调表达,推测可能参与了凡纳滨对虾低温应答反应。利用Real time RT-PCR验证转录组数据,结果证明基于转录组测序筛选低温胁迫下的差异表达基因是可行的。本研究为揭示凡纳滨对虾耐低温分子调控机制提供了基础数据和理论依据。 相似文献
8.
为探讨胆汁酸对齐口裂腹鱼幼鱼生长、脂肪沉积、脂肪代谢及相关基因表达的影响;实验以360尾初始体质量为(12.74±0.14) g的健康齐口裂腹鱼幼鱼为对象,随机分为4组,每组设3个重复组,每个重复组放养30尾,分别投喂胆汁酸含量为0、75、150和300mg/kg的4种饲料,养殖时间为70 d。结果显示,随着胆汁酸含量的升高,齐口裂腹鱼的增重率(WGR)呈先升高后降低的变化趋势,且在胆汁酸含量为150 mg/kg时达到最大,为226.63%;其肠脂肪酶(LPS)、肝酯酶(HL)、脂蛋白脂酶(LPL)和总脂酶(TL)活性均呈先升高后趋于稳定的变化趋势;而脂肪酸合成酶(FAS)活性则呈相反的变化趋势;齐口裂腹鱼肝脏LPL mRNA表达量呈先上调后趋于稳定的变化趋势,FAS mRNA表达量呈先下调后趋于稳定的变化趋势;肝脏、肌肉及全鱼中粗脂肪含量均随胆汁酸含量的升高呈先降低后趋于稳定的变化趋势,胆汁酸含量对实验鱼的成活率及脂肪沉积效率无显著性影响。研究表明,本实验条件下,添加适量的胆汁酸可有效上调齐口裂腹鱼LPL mRNA的表达量,下调FAS mRNA的表达量,增强脂肪代谢酶活性,促进对饲料... 相似文献
9.
为研究饲料中添加维生素D_3对黄颡鱼基因表达的影响,实验基于RNA-Seq技术对用添加不同水平维生素D_3[0(VD0),1243(VD2),22700(VD20)IU/kg]的饲料喂养的黄颡鱼肾脏和小肠的转录组数据进行分析。通过对305 568982条原始reads的筛选和排除,得到了83 265条unigenes,平均长845.38 nt,N50为1620 nt。利用Blast等相关软件对数据进行深度分析,得到功能注释基因共29 224个。根据GO富集分析发现,差异表达基因主要集中在细胞过程、代谢通路、生物调控等通路中,KEGGpathway富集分析结果显示,代谢通路涉及基因最多,有1532个。相对于对照组,添加1243和22700 IU/kg的VD_3(VD0 vs VD2/VD0vs VD20)可得到共同上下调基因共380个,其中上调基因266个,下调基因114个;3种水平下共同上下调的基因共2 1个,其中上调基因4个,下调基因1 7个。研究表明,在饲料中添加不同浓度维生素D_3会对黄颡鱼的生长代谢和生物调控等相关基因表达产生影响,且不同浓度实验组,相关基因的表达存在差异。本实验通过对差异表达基因的后续分析及预测,为黄颡鱼的生长代谢及疾病预防等方面的研究提供了丰富的数据来源。 相似文献
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为探讨病原菌胁迫下刺参(Apostichopus japonicus)基因组DNA甲基化水平和转录组表达的差异,本研究采用人工攻毒侵染胁迫,获得刺参化皮体壁组织,并以未攻毒组的健康体壁组织为对照,对刺参2种体壁组织进行全基因组甲基化测序(WGBS)和转录组高通量测序,解析刺参体壁基因组DNA甲基化差异,筛选响应病原胁迫的差异甲基化区域和差异表达基因。同时,通过基因组甲基化和转录组联合分析,筛选负相关关联基因,为解析刺参响应灿烂弧菌(Vibrio splendidus)侵染的分子机理提供基础数据。结果显示,刺参对照组和侵染组基因组总甲基化水平分别为(3.59±0.04)%和(3.87±0.27)%,侵染组甲基化水平显著升高;在发生甲基化的位点中,攻毒组和对照组的mCpG占比分别为83.06%和81.91%,mCpG为最主要的甲基化形式。本研究共筛选出差异甲基化区域(DMRs) 626 677个,注释到23 706个功能基因。转录组测序共检测到29 290个基因,筛选到差异表达基因496个,其中,上调基因214个,下调基因282个。在基因组甲基化与转录组的关联分析中,筛选到180个负相关关联基因,其中,差异甲基化区域位于启动子区域的负相关基因为60个。对负相关关联基因的GO和KEGG富集分析,筛选到相关通路和LRR、hsp20和CARD等关键基因。本研究将为解析刺参抗病的表观遗传调控机制提供数据,也为刺参抗病性状选育提供科学参考。 相似文献
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利用cDNA-AFLP技术研究副溶血弧菌感染下拟穴青蟹的基因差异表达 总被引：1，自引：0，他引：1
研究以实验室分离自汕头牛田洋青蟹养殖区的副溶血弧菌感染的健康拟穴青蟹,利用cDNA-AFLP技术分析感染前后拟穴青蟹肝脏组织基因的转录表达差异,最终获得了23个差异片段,其中20个片段成功测序。BLAST分析表明,序列与已知功能基因具有同源性的有6个,其中5个经real-time PCR重新验证为上调表达,主要涉及参与能量代谢的精氨酸激酶(arginine kinase)和甘油醛3磷酸脱氢酶(glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase)、磷酸烯醇丙酮酸羧激酶(phosphoenolpyruvate carboxykinase),以及参与转运过程的精氨酰tRNA合成酶(arginyl-tRNA synthetase),同时,还有直接参与免疫防御反应的凝乳状蛋白酶(chymotrypsin-like proteinase)。另外,8个差异片段与已知基因或序列无同源性。 相似文献
13.
对前期获得的中国明对虾头胸部、血液、眼柄、卵巢4种组织的EST测序数据进行了生物信息学挖掘和分析.4种组织的原始EST序列分别为10 446条、2 690条、1 067条和1 282条,通过聚类拼接得到unigene 3 454条、1 053条、406条和544条,对其进行了NR、GO、KEGG等数据库的功能注释,并在此基础上进行了组织差异分析.通过同源比对的方法找出了各组织特异的转录本,并根据注释信息将其进行了GO功能分类.结果显示,血液组在细胞杀伤、迁移和节律等功能分类上特异性富集;眼柄组在色素生成、信号传递和生物学调控等功能分类上特异性富集;卵巢组在营养贮存运输、繁殖和定位等功能分类上特异性富集.拼接时聚类到一起的EST数目在一定程度上可以代表基因的表达量,据此对各组织的高表达基因进行了分析.结果显示,peritrophin、elongation factor 1-alpha、thrombospondin和arginine kinase 4个基 因在组织中分布较为广泛且表达量高,提示其可能参与对虾多种重要的生物学过程.而在血液组中注释到的高表达基因还包括penaeidin、cytochrome c oxidase和14-3-3 like protein基因,在眼柄组中注释到的高表达基因还包括arrestin和rhodopsin基因.此外,为了解各组织共有基因的差异表达情况,对peritrophin和peroxiredoxin进行了分析,发现了peritrophin基因的多形式和高表达现象. 相似文献
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从患病许氏平鲉的病灶处分离得到一株优势菌,记为SS-1。通过两点背部肌肉注射进行人工感染实验,证明该菌对健康许氏平鲉的半数致死浓度为9.6×106CFU/mL,可感染许氏平鲉的多种内脏和组织。细菌形态学和生理生化特征测定结果显示,菌株SS-1为革兰氏阴性,短杆状,极生单鞭毛;氧化酶阳性、接触酶阳性、硝酸盐还原阳性、吲哚产生阳性、V-P试验阳性、精氨酸双水解酶阳性、H2S产生阴性等,与鳗利斯顿氏菌特征相符。16S rRNA基因序列分析结果表明,该菌与鳗利斯顿氏菌的同源性达到了99%,因此,将菌株SS-1鉴定为鳗利斯顿氏菌。 相似文献
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大黄鱼高温适应的转录组学分析 总被引：3，自引：3，他引：0
为了探究大黄鱼高温胁迫条件下基因表达水平的变化,实验利用Illumina Hiseq 2500的125 pair-ended测序模式分别对大黄鱼高温处理组和常温对照组进行了转录组测序。对照组(3个生物学重复)和高温处理组(3个生物学重复)分别获得15.28和13.92 Gb测序数据,GC含量平均值约为51%。过滤后的高质量测序reads使用Bowtie2软件比对到大黄鱼参考转录组序列上估计基因表达量,进而进行基因表达差异统计学检验。以常温对照组为参比,高温处理组中阈值设为|log2(FC)|2和FDR0.05,共检测到1 259条显著差异表达基因。其中,821条基因为高表达,438条基因为低表达。随机选取12条差异表达基因,运用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)进行了验证,结果证实转录组分析可靠。进一步将所有差异表达的基因进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,结果发现大量差异表达基因的功能与氧化还原反应、蛋白质折叠和去折叠、糖和脂代谢以及某些疾病的发生相关。该研究结果为下一步深入研究大黄鱼高温适应的调控机制提供了重要的参考材料。 相似文献
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引起混养塘中异育银鲫和鲢发病死亡的病原及组织病理 总被引：1，自引：1，他引：0
混养的异育银鲫和鲢鱼种大批死亡,为明确发病死亡的病原和组织损伤并提供相关的疾病防控措施,进行了病鱼肉眼和显微镜检查、细菌学检测、病毒学检测、组织病理和药敏试验研究。结果发现,除在患病鱼体表偶然发现有少量不会引起充血等症状的杯体虫和车轮虫外,未在体内外发现其他寄生虫和真菌类病原;通过细菌分离、人工回感试验、生理生化特性和16S r RNA基因序列分析,从患病异育银鲫和鲢分离到的致病菌株均为嗜水气单胞菌;根据异育银鲫和鲢病毒性疾病的现状,使用鲤疱疹病毒2型(Cyprinid herpesvirus 2,Cy HV-2)DNA聚合酶基因的特异性引物分别对自然发病的异育银鲫和鲢进行PCR检测,只有异育银鲫检测到Cy HV-2,分别用它们的除菌组织上清液进行人工感染试验,只有异育银鲫出现充血症状和死亡现象;由此得出嗜水气单胞菌是异育银鲫和鲢发病死亡的主要病原,Cy HV-2是异育银鲫混合感染的次要病原。患病鲢与患病异育银鲫呈现出类似的组织病理现象,又有一些各自特有的组织病理表现,单纯细菌感染的鲢轻度病变以细胞颗粒变性为主,坏死细胞以核溶解为主,细菌和病毒混合感染的异育银鲫肝脏轻度病变以细胞滴状玻璃样变的变性为主,坏死组织细胞以核固缩和核碎裂为主,在肾脏和脾脏出现染色质边集于核膜的肿大细胞核,主要组织器官出现从变性到坏死的病理变化过程,最终失去应有的功能而死亡。依据药敏试验结果,建议内服诺氟沙星和氟苯尼考等抗生素防治本病的嗜水气单胞菌感染,混合感染Cy HV-2的异育银鲫可以通过注射Cy HV-2疫苗和生态养殖的方法控制和减少该病毒病感染和发展。 相似文献
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为了解香鱼白细胞介素17(interleukin 17,IL-17)的序列特征、系统发育及其与鳗利斯顿氏菌侵染的相关性,实验采用RACE-PCR方法扩增出香鱼IL-17C基因c DNA序列,并通过实时荧光定量PCR(q RT-PCR)技术检测了鳗利斯顿氏菌侵染后香鱼各组织中IL-17C基因的表达变化。结果显示,香鱼IL-17C基因c DNA序列全长1 087 bp,含534 bp的开放阅读框,在3′端非编码区存在7个m RNA不稳定信号(ATTTA)。预测该基因编码177个氨基酸,N端19个氨基酸为信号肽序列,成熟蛋白中含有8个半胱氨酸残基。系统进化树分析显示不同物种的相同IL-17亚型聚为一支,香鱼IL-17C与其他脊椎动物IL-17C聚为一支;同源比对结果显示香鱼IL-17C与虹鳟的IL-17C1和IL-17C2亲缘关系最近,相似性分别为40.72%和33.51%。q RT-PCR检测显示IL-17C基因在健康香鱼的心、肝、脾、头肾、鳃、脑、肌肉和肠等组织中均有表达,鳃和头肾中表达量较高。经鳗利斯顿氏菌侵染后,香鱼肝脏中IL-17C基因表达变化最大,菌侵染8 h时的表达量为对照组的9.17倍;其次为脾,菌侵染4 h时的表达量为对照组的6.69倍。研究表明,香鱼IL-17C基因的表达与病原菌侵染密切相关,可能在免疫功能中具有重要作用。 相似文献
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大口黑鲈致死性结节病病原的分离、鉴定及组织病理学观察 总被引：1，自引：0，他引：1
2018年4月四川邛崃地区某养殖场大口黑鲈感染致死性结节病,死亡率高达80%。为明确病因,通过常规微生物分离、鉴定,从患病鱼皮肤溃疡灶、鱼鳔腔积液和肝脏组织中分离到同一株优势菌,命名为HSY-NS02。经菌体形态观察、革兰氏染色和抗酸染色镜检、生理生化实验、16S rDNA序列扩增及系统发育分析和特异性PCR扩增,确定该菌为诺卡氏菌。进一步对健康大口黑鲈进行分离菌的人工感染实验以确定其致病性,结果显示,人工感染鱼出现与自然发病相似症状,且从人工感染鱼体中再次分离到相同菌。组织病理学观察显示,皮肤溃疡灶、心脏、肝脏、脾脏、肾脏和鳃发生不同程度的慢性炎性肉芽肿病变,其中脾脏病变最为严重。对菌株HSY-NS02进行药物敏感性实验,结果显示,该菌对庆大霉素、新霉素和制霉菌素3种药物敏感,对其他18种药物耐受,呈多重耐药性。 相似文献
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为研究抗菌肽NK-LYSIN在团头鲂免疫系统中的可能功能,本实验从团头鲂转录组中钓取到2个NK-lysin基因(nkla和nklb),通过PCR扩增并测序验证其ORF序列。通过荧光定量PCR检测其在健康组织和嗜水气单胞菌感染后免疫组织中的表达,并构建其原核表达体系。结果显示,团头鲂nkla和nklb分别编码122和136个氨基酸,NKLA和NKLB均属于鞘脂激活蛋白样蛋白家族成员,各含有6个高度保守的半胱氨酸及1个Sap B结构域。在健康团头鲂各组织中,nkla在脾脏中表达量极高,在肌肉和血液中表达量极低;而nklb则在肠中表达量较高,在头肾中表达量较低,在其他组织均有表达。nkla和nklb不同的表达模式暗示它们可能存在功能上的分化。经嗜水气单胞菌感染后,团头鲂nkla与nklb表达变化模式相似,头肾中,表达量在4 h时显著下降;肝脏中,表达量在4 h达到最高,而后回落到正常水平;在脾脏和肠中4 h时开始下降,72 h时达到峰值,暗示NK-lysin可能在团头鲂抗嗜水气单胞菌感染过程中发挥重要作用。另外,本实验对nkla和nklb进行了原核表达,为进一步研究NK-lysin的功能奠定了基础。 相似文献