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为了有效区分15份果桑种质资源,利用分子标记SRAP技术进行遗传差异分析并构建DNA指纹图谱。从42对SRAP引物组合中筛选出17对引物进行PCR扩增,得到306条清晰条带,其中多态性条带253条,多态性比率为82.68%,供试材料间的遗传相似系数(GS)在0.390 9～0.811 1之间。选用2对多态性引物（Me2/Em1 和Me7/Em5）,初步构建了15份果桑种质材料的DNA指纹图谱。经过非加权组平均法(UPGMA)聚类分析,以遗传相似系数0.666为阈值,将供试材料分为3组;根据条带的有无转换为二进制编码形成数字指纹图谱,简便快速区分每份种质材料。采用SRAP分子标记建立的指纹图谱适合于果桑品种的分类和鉴定。 相似文献
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狼尾草属优质牧草SRAP 遗传多样性分析与指纹图谱构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨狼尾草属优质牧草的遗传多样性,利用SRAP分子标记方法,对13份狼尾草属优质牧草种质进行遗传多样性分析,并构建了DNA指纹图谱,结果表明:(1)从72对SRAP引物中筛选出16对引物进行PCR扩增,共扩增出278条带,其中有218条具有多态性,平均多态率为78.42%。(2)Shannon信息指数(I)和Nei's基因多样性指数(H)平均值分别为0.5017、0.3306,说明13份供试品种(系)具有较为丰富的遗传多样性。(3)利用UPGMA构建13份狼尾草种质资源的聚类图,在遗传相似系数为0.86处可将13份狼尾草品种(系)分为5类。(4)13个狼尾草品种(系)间存在较大的遗传差异,遗传距离在0.0206～0.9740之间。(5)利用1对引物扩增的17个多态性位点构建了狼尾草13个品种(系)的DNA指纹图谱,能有效区分13个品种(系)。 相似文献
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利用ISSR分子标记技术，对101份橄榄种质资源进行遗传多样性分析，并绘制指纹图谱。从96条ISSR引物中筛选出10条引物，对广东省农业科学院果树研究所橄榄资源圃和潮州市果树所资源圃内101份资源进行分子标记，使用UPGMA聚类分析橄榄种质资源遗传多样性，从10对引物中挑选扩增条带清晰、多态性好的核心引物进行遗传多样性分析，并构建橄榄DNA指纹图谱。分析结果显示，10条ISSR引物对101份橄榄样品进行扩增，共得到136条条带，其中多态性条带135条，多态率为99.26%,平均每条引物扩增得到条带13.60条，平均每条引物扩增得到多态性条带13.50条，表明供试材料间遗传多样性较高。通过UPGMA聚类分析可知，101份橄榄种质资源样品间的遗传相似性系数为0.58～0.97,表明品种间亲缘关系较近。在遗传相似性系数为0.68时，可将101份橄榄种质资源分为5组，第1组包含种质48份，第2组包含种质45份，第3组包含种质5份，第4组包含种质2份，编号C74的大纳甜橄榄单独为第5组，说明该品种与其他样品相比发生了明显的遗传变异。利用筛选得来的6条核心引物组合成功构建了橄榄DNA指纹图谱，为供... 相似文献
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槭属种质遗传多样性及亲缘关系的SRAP分析 总被引：1，自引：0，他引：1
采用SRAP分子标记分析31份槭属植物材料的遗传多样性及亲缘关系。从90对SRAP引物中筛选出11对引物分别对供试材料基因组DNA进行扩增,共获得186条清晰可辨谱带,其中183条为多态性谱带,多态性位点比率为98.04%,多态性较高。用NTSYS-pc软件计算得到31份槭属植物间相似系数介于0.462和0.849之间,采用UPGMA法在相似系数0.594处将31份材料划分成6大类。根据SRAP聚类结果探讨了供试材料间的亲缘关系及新品种选育前景。 相似文献
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【目的】探究国兰种质资源遗传多样性水平,并构建分子指纹图谱及分子身份证,为在分子水平上鉴定国兰种质提供技术支撑,也为国兰种质资源开发、保存利用及种质创新奠定基础。【方法】以收集于华南及邻近地区的139份国兰栽培品种和野生种质为材料,采用改良的CTAB法提取基因组DNA,由13条正向引物和16条反向引物随机组成208对SRAP引物,每对引物用品种‘宋梅’和‘大勋’扩增产物进行筛选;PCR扩增产物应用6%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳,电泳胶图进行人工读带,并计算多态性引物的总扩增条带数、多态性条带数和多态性条带比率。按照Botstein公式计算多态信息含量;用POPGENE32软件计算观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s基因多样性指数、Shannon’s信息指数,并进行遗传多样性分析。用NTSYS-pc2.10e软件UPGMA方法进行聚类分析,并计算遗传相似性系数。采用引物对组合的方法,构建139份国兰种质资源数字指纹图谱。【结果】从208对SRAP引物中共筛选出17对多态性好且重复性高的引物,对供试材料进行PCR扩增,共扩增出DNA条带489条,其中多态性谱带484条,多态性比率(PPB)为98.89%,观测等位基因数平均值为2.00,多态性信息含量平均值为0.94,每个位点的有效等位基因数平均值为1.49,Nei’s基因多样多样性指数平均值为0.30,Shannon信息指数平均值为0.45。UPGMA聚类分析表明,139份国兰种质资源的遗传相似系数变化范围为0.51-0.91。在相似系数为0.70时,可划分为6个类群。用SRAP多种引物组合方法可有效区分所有材料,并构建出139份国兰种质资源特异性分子身份证,置信概率达到99.99%。根据聚类结果可以将国兰种质分为４组：一为春兰组,由春兰种质单独构成;二为建墨兰组,主要由建兰和墨兰种质组成;三为寒蕙兰组,主要由寒兰、蕙兰和杂交系组成;四为剑莲兰组,由春剑和莲瓣兰种质组成。而四组之间剑莲兰组与寒蕙兰组亲缘关系最近,与建墨兰组次之,与春兰组亲缘关系较远。【结论】所试国兰种质具有较丰富的遗传多样性水平,基于17对SRAP引物组合所构建的139份国兰种质的分子身份识别体系具有唯一性和高效性,SRAP标记是在分子水平鉴定国兰种质的有效方法之一。 相似文献
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《浙江农业学报》2017,(9)
利用SRAP标记技术对18份皂荚种质材料进行了遗传多样性分析。结果表明,从64对SRAP引物中筛选了17对引物进行PCR扩增,共扩增出222个条带,其中多态性条带213个,多态性比率为95.95%。各引物多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon's信息指数(I)的平均值分别为0.861 1、1.962 3、1.415 3、0.257 2和0.406 6,18份皂荚种质资源间遗传相似系数(GS)为0.522 5~0.955 0。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数为0.66处可将18份皂荚种质资源分为3组,其中,野皂荚单独为1组,山皂荚和皂荚-T聚为1组,其他皂荚材料聚为1组。利用4对引物扩增的9个多态性位点构建了18份皂荚种质资源的DNA指纹图谱,可以将其区分并精准鉴定。该研究结果将为皂荚种质的鉴定、保存和新品种选育提供一定的理论依据。 相似文献
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小白菜种质遗传多样性与亲缘关系的SRAP 和SSR 分析 总被引：1，自引：0，他引：1
利用SRAP和SSR标记对小白菜进行遗传多样性分析,从666对SRAP、160对SSR引物中筛选出59对多态性明显、条带清晰、稳定可靠的引物,对41份小白菜材料进行扩增,共扩增出519条带,平均每对引物扩增出6.2条,扩增出多态性条带数171条,多态性比例为32.9%。利用聚类软件进行分析,41份小白菜种间遗传距离在0.58~0.87之间,在遗传相似系数0.58处可将41份小白菜材料分为两大类。研究表明,小白菜品种具有丰富的遗传多样性,大多数小白菜种质资源之间的亲缘关系与其地理来源有较大的相关性。SRAP标记适用于分析种质的遗传距离,从种质资源保存的角度分析,SSR标记能够较全面地保证种质资源遗传多样性。 相似文献
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[目的]分析贵州5种忍冬属药用植物的遗传多样性,为忍冬属药用植物鉴定、良种筛选及开发利用提供理论依据.[方法]采集贵州6份忍冬属药用植物材料的嫩芽为试验材料,采用SRAP分子标记研究其遗传多样性,并利用NTSYS-pc2.1计算各材料间的遗传相似系数,利用UPGMA进行聚类分析.[结果]从154对SRAP引物组合中筛选出15对重复性好、条带清晰、多态性丰富,且扩增条带(100~1000 bp)数目≥5的引物组合.15对SRAP引物共扩增出197条带,其中178条为多态性条带,多态性条带比率为90.36%,平均每对引物扩增11.87条多态性条带.引物组合Me8-Em10扩增的多态性条带数最多(16条);引物组合Me2-Em2扩增的多态性条带最少(8条);引物组合Me4-Em2扩增条带数为15条,均为多态性条带,但从5种忍冬属药用植物的扩增条带数不同.聚类分析结果显示,6份忍冬属药用植物材料间遗传相似系数为0.4213~0.8477,平均0.5672;其中,野生忍冬与栽培忍冬间遗传相似系数最大(0.8477),二者亲缘关系最近,灰毡毛忍冬与野生忍冬遗传相似系数最小(0.4213),二者亲缘关系最远.在遗传相似系数0.4873处,6份忍冬属药用植物分为两大类,第Ⅰ类包括灰毡毛忍冬、红腺忍冬和黄褐毛忍冬,均为山银花的基源植物;第Ⅱ类包括野生忍冬、栽培忍冬和红白忍冬,均为金银花的基源植物.[结论]贵州5种忍冬属药用植物具有丰富的遗传多样性,SRAP分子标记能有效分析其遗传多样性及亲缘关系,其引物组合Me4-Em2可用于鉴别5种忍冬属药用植物. 相似文献
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花生优异种质的分子标记与遗传多样性分析 总被引：8，自引：0，他引：8
【目的】通过对花生遗传多样性的研究,为花生育种提供理论依据。【方法】运用ISSR和SRAP2种标记对24份重要花生种质资源的遗传多样性进行分析。【结果】32条ISSR引物中的13条引物共扩增出390条条带,其中多态性条带有293条,75.13%的条带可以揭示材料之间的遗传差异;252对SRAP引物中有229对引物为有效引物,共扩增出5827条可读的条带,其中多态性条带为3966条,平均每对引物可扩增17.32条条带。利用2种分子标记计算的相似系数的变化范围为0.60—0.80,将24份种质按系统聚类分析可以分为7组,按主坐标分析可以分为8组,从分子水平上解释了这些种质资源的遗传多样性水平和亲缘关系。【结论】ISSR和SRAP是非常有效、稳定和可靠的分子标记,可为花生育种的亲本利用及遗传连锁图的构建提供重要的科学依据。 相似文献
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采用ISSR和SRAP分子标记研究16个分布于不同地区无患子种质的亲缘关系。基于优选出的13条ISSR引物和3对SRAP引物介导的稳定PCR扩增图谱,采用NTSYS数据分析软件计算材料间的Dice相似系数,利用UPGMA法进行聚类分析。结果表明,ISSR和SRAP条引物共扩增出90个稳定条带,平均每个引物扩增出5条,其中多态性条带共55条,多态性条带比率约为61％,表明分布于不同地区的无患子种质间存在较高的多态性,遗传多样性较为丰富,各地区种质间的遗传差异较大。基于UPGMA法构建的分子树状图,可将16个无患子种质划分为3个大类,其中分布于福建与分布于四川的无患子种质亲缘关系最远,分子聚类结果并不完全与其地理分布一致。 相似文献
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猕猴桃种质资源的SRAP遗传多样性分析及指纹图谱构建 总被引：1，自引：0，他引：1
为探讨猕猴桃种质资源的遗传多样性,利用SRAP标记对32份猕猴桃种质资源进行遗传多样性分析,并构建其DNA指纹图谱。结果表明,从49对SRAP引物中筛选出12对引物进行PCR扩增,共扩增出191条带,其中多态性条带186条,多态性比率为97.38%。各引物多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(N_a)、有效等位基因数(N_e)、Nei’s基因多样性指数(H)和Shannon’s信息指数(I)的平均值分别为0.893 3、1.969 0、1.400 6、0.221 0和0.387 9,说明32个猕猴桃品种(系)间具有较丰富的遗传多样性。分子方差分析(AMOVA)结果显示:32个猕猴桃种间遗传变异占总变异的51.87%,种内遗传变异占总变异的48.13%。利用UPGMA构建32份猕猴桃种质资源的聚类树状图,在遗传相似系数为0.77处可将32个猕猴桃品种(系)分为4组,聚类结果与猕猴桃传统分类基本一致。利用4对引物扩增的15个多态性位点构建了32个猕猴桃品种(系)的DNA指纹图谱,可以将32个猕猴桃品种(系)区分并准确鉴定。 相似文献
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基于ISSR标记的西南地区石斛资源亲缘关系分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为石斛属种质资源保护与开发及新品种选育提供理论指导,采用ISSR分子标记技术对采自西南地区的23份石斛属植物和1份金石斛属植物资源进行遗传多样性和亲缘关系分析,并采用非加权平均距离法(UPGMA)进行聚类分析。结果表明:从20条ISSR标记引物中筛选出11条扩增条带清晰的引物,共检测出151个扩增位点,平均每条引物扩增位点为13.7个;其中多态性位点148个,多态性条带比率为98.01%;24份石斛总扩增条带为1 084条,平均45.17条,其中多态性条带有1 012条,占比为93.4%;24份石斛材料遗传多样性指数为0.63～0.78;在相似系数0.68处将24份石斛材料分为7个类群。西南地区石斛资源的遗传多样性非常丰富。 相似文献
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【目的】分析广西乐业县野生春兰种质资源的遗传多样性,构建其DNA指纹图谱,为野生春兰种质资源的分类和鉴定提供科学依据。【方法】采用iPBS分子标记分析收集于广西乐业县81份野生春兰种质资源和4个春兰栽培品种的多态性位点比率(PPL)、多态性信息含量(PIC)、观测等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei’s基因多样性(He)和Shannon信息指数(I)。从83条iPBS引物中筛选出扩增条带清晰、多态性高、重复性好的引物,对供试85份春兰种质的基因组DNA进行PCR扩增,统计凝胶电泳特征性谱带;采用POPGEN 1.32计算各野生春兰种质的遗传多样性指数,并基于其遗传相似系数进行UPGMA聚类;利用引物扩增条带多态性位点构建春兰种质数字指纹图谱。【结果】筛选出的6条引物扩增获得105条清晰谱带,其中,多态性条带95条,多态性比例为90.48%;85份春兰种质的平均PIC、平均Na、平均Ne、平均He和平均I分别为0.8050、1.7923、1.2204、0.2765和0.4590。供试春兰种质间的遗传相似性系数变辐为0.690～0.981,在相似系数0.704处,可将85份春... 相似文献
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为深化韭菜种质资源遗传多样性研究,应用ISSR分子标记方法,进行韭菜资源遗传多样性和亲缘关系分析。筛选15条多态性好的ISSR引物,对36份韭菜种质资源建立起DNA指纹库,扩增指纹多态性比率达96.3%,是韭菜种质资源研究的一种有效分子标记;应用Nei-li相似系数法估算出36份材料间的遗传相似系数(genetic similarity)为0.60～0.82,遗传多样性比较丰富。可见,ISSR分子标记是进一步开展韭菜种质资源DNA指纹库构建与分子标记辅助育种技术研究的有效手段。 相似文献
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[目的]利用SRAP分子标记分析35份甘蔗种质的遗传多样性,并构建其DNA指纹图谱,为甘蔗种质资源的分子鉴定提供技术支持.[方法]以凉蔗系列(26份)为主的35个甘蔗品种(系)为供试材料,利用SRAP分子标记的8条正向引物和14条反向引物随机组成112对引物组合,从中筛选出核心引物对35份甘蔗材料进行遗传多样性分析,并利用POPGENE 1.32计算各材料间的Nei's遗传相似系数,使用Ntsyspc 2.1 UPGMA方法进行聚类分析,并构建DNA指纹图谱.[结果]从112对引物组合中筛选出4对核心引物组合(Me3/Em8、Me4/Em8、Me5/Em8和Me6/Em2),利用其从35份甘蔗材料中共扩增出102条条带,平均每对引物的扩增条带数、多态性条带数和多态性比率分别为25.5条、21条和81.20%,各引物组合扩增的条带数为21~30条,多态性比率为61.90%~96.55%.根据Nei's遗传相似系数,在遗传相似系数为0.751时,可将35份甘蔗材料分为五大类,26个凉蔗系列品种(系)(除凉蔗07-54外)均归在I类和II类,说明凉蔗系列的亲缘关系较近;桂糖73-167和农垦2号分别被单独归为一类,说明这两个品种(系)间及与其他品种(系)间的亲缘关系较远;I类中除凉蔗系列之外,还包括粤糖91-976和ROC16,说明这两个品种(系)有可能是I类中凉蔗系列的杂交亲本或存在血缘关系;II类中除凉蔗系列外,还包括B8、ROC22、ROC24和ROC10,说明这4个品种(系)的亲缘关系较近,ROC系列可能存在II类中凉蔗系列的亲本.利用这4对核心引物组合构建的DNA指纹图谱均可将35份甘蔗材料鉴别开.[结论]35份甘蔗材料的遗传多样性丰富,构建的DNA指纹图谱可用于甘蔗品种(系)鉴定. 相似文献
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《西南农业学报》2020,(8)
【目的】分析24份金花茶组植物种质资源的遗传多样性和亲缘关系,为金花茶组植物种质资源的鉴定和杂交育种提供参考依据。【方法】以毛瓣金花茶和夏石金花茶DNA样品进行引物筛选,从50条iPBS(Inter primer binding site)引物中筛选出稳定、清晰的引物对所有供试材料进行PCR扩增,利用非加权平均距离法(UPGMA)构建系统发育进化树,采用iPBS分子标记技术分析其遗传多样性。【结果】从50条iPBS引物中筛选出10条多态性高、重复性好的引物,在24份金花茶组植物种质资源中共扩增出280条条带,平均每条引物扩增条带数为28条,多态性条带268条,多态性比率为92.68%,平均等位基因数(Na)、有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性指数(H)和Shannon多样性信息指数(I)分别为1.9571、1.3544、0.2332和0.3767,表明金花茶组植物种质资源具有丰富的遗传多样性;24份金花茶组植物种质资源的遗传相似系数为0.543～0.836,在遗传相似系数0.680处,可将24份金花茶组植物种质资源聚为3组。【结论】iPBS分子标记多态性高,重复性好,便于操作,能有效进行金花茶组植物种质资源的遗传多样性分析,可供金花茶种质资源的品种鉴定、亲缘关系分析和分子辅助育种参考应用。 相似文献
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为了从分子水平揭示果桑种质资源间的亲缘关系,指导其种质资源的鉴定和利用,以及快速选育优良果桑新品种,利用SRAP和EST-SSR 2种新型分子标记对供试果桑种质材料的遗传多样性进行分析。从42对SRAP引物中筛选出17对扩增条带清晰的引物,扩增得到306个位点,多态性位点达253个,多态性比率为82.68%,遗传相似系数(GS)为0.390 9~0.811 1。从26对EST-SSR引物中筛选出18对引物,扩增出297个位点,多态性位点236个,多态性比率为79.46%,遗传相似系数(GS)为0.506 8~0.858 1。综合2种分子标记得出供试材料的遗传相似系数(GS)为0.464 3~0.814 3。利用UPGMA构建聚类树状图,最终供试材料被聚为3个类群,呈现出明显的地理分布特征,并由此得出SRAP分子标记更适用于果桑种质亲缘关系的遗传差异分析。 相似文献
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李先信 《湖南农业大学学报(自然科学版)》2013,39(4):363-370
采用形态学标记与序列相关扩增多态性(SRAP)分子标记技术,对分布于湖南特定生态条件下的47份地方柚类种质资源的遗传多样性及亲缘关系进行分析。结果表明：①根据花与果实性状等形态学标记进行聚类分析,在欧式遗传距离10处可将柚类资源分为6个组群;②基于柚资源的SRAP分子标记进行分析,47份地方柚资源间的遗传相似系数为0.65～0.93,在相似系数0.798处可分为7个组群;③SRAP标记扩增结果表明,17对引物共扩增出319条带,其中275条带具有多态性,平均每对引物扩增出多态性带16.2条,多态性比率86.52%,基因多样度0.724 3,表明湖南柚类品种间具有丰富的遗传多样性;④将形态学标记聚类结果与SRAP分子标记聚类结果进行比较,发现二者都能很好地将柚类品种进行分类,SRAP标记不受环境因素影响,所揭示的柚类种质间的遗传差异更准确。综合以上结果,利用SRAP标记产生的特异性遗传标记可以区别大部分湖南地方柚类种质资源。 相似文献