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1.
利用直接测序法开发小叶杨抗逆转录因子基因内一套新的核基因组SSR标记。通过对3个抗逆转录因子共21个成员在36个小叶杨基因型个体中的序列比较分析后共检测到31个SSR多态性位点,SSR出现的频率为1/1916bp。在小叶杨自然群体中,SSR多态性位点的碱基重复呈现出2～5碱基形式,基元重复次数变异范围为3～20次,其中以二碱基重复的位点较多,占总数的51.6%。在此基础上,依据SSR位点两侧的保守序列,设计31对SSR位点PCR扩增引物对。利用设计的引物检测所开发的SSR位点在杨属内22个基因型个体中PCR扩增的有效性及SSR位点的保守性。PCR扩增结果显示,93.5%的SSR位点能够在杨属内至少4个派内有效扩增,每对引物组合可检测到SSR多样性位点数3～12个,平均6个。基于抗逆转录因子基因内开发的SSR标记位点为分子标记辅助小叶杨抗逆性状育种提供工具。 相似文献
2.
为解决白皮松分子标记资源相对匮乏的问题,对其针叶转录组测序结果进行检测分析及引物开发,结果在针叶转录组数据中共检测到精确型SSR位点3 268个以及复合型SSR位点104个,序列长度为10～27 bp的短序列(2 954,93.36%)占主导地位;SSR重复单元的重复次数在4～30次之间,重复次数为9次的重复单元数量最多,所占比例最大(684,20.93%);在所有142个重复单元中,A/T所占比例最大(1 508,46.14%),其次为AT/CA(280,8.57%)和TA/TC(245,7.50%);从所设计的1 151对引物中,随机选择60对EST-SSR引物,对来自不同地区的50株白皮松优树进行PCR扩增,有28对引物能扩增出清晰的条带,有效扩增率为46.67%,其中多态性引物2对,引物多态率为7.14%,多态性信息含量PIC分别为0.375、0.305。为了检验引物的多态性,又选择了7对已发表的对白皮松基因型具有多态性的SSR引物进行验证分析,结果发现,这7对引物均能扩增出清晰的条带,但对50株白皮松优树均无多态性,也侧面说明了白皮松基因序列的相对保守性。该研究结果为白皮松种质资源评价、分子标记辅助育种等方面的研究提供了参考。 相似文献
3.
[目的]基于转录组数据开发适用于桤木属树种的SSR标记,揭示其在转录组序列中的分布类型及特征,为桤木属树种分子标记辅助育种提供有利工具。[方法]利用Micro SAtellite(MISA)软件对所有转录组序列进行SSRs搜索,并对SSR位点的数量、分布特征进行统计分析。设计100对SSR引物,采用琼脂糖凝胶电泳和毛细管电泳分离检测方法对3种不同倍性桤木属植物(12份材料)进行遗传多样性检测,确定引物多态性及通用性。[结果]85 769条Unigenes序列中发现8 678个SSR位点,分布在8 298条Unigenes中发生频率为9.67%,转录组序列中平均每14.04 kb长度就有一个SSR位点分布。其中,二核苷酸重复类型数量最多,占65.87%。根据转录组Unigenes序列,利用Primer 3软件共设计出4 531对符合要求的引物,挑选出的100对SSR引物中,获得18对多态性高、稳定性好的SSR引物。[结论]本研究可扩增出多态性位点的引物重复单元以二、三核苷酸重复为主。基于桤木属转录组序列的SSR标记开发是可行的,开发的引物为桤木属遗传多样性分析、分子育种、遗传图谱构建和功能基因的挖掘提供了丰富的候选分子标记。 相似文献
4.
《林业科学》2021,(6)
【目的】基于转录组测序数据开发苦楝SSR标记,为苦楝种质资源的选育、评价和遗传改良提供理论基础和科学依据。【方法】利用Illumina Hi Seq~(TM)2500平台对苦楝叶片进行高通量测序,分别利用Trinity、MISA软件对转录组数据进行拼接组装、序列检索及SSR分布类型和特征分析。采用Primer 3软件设计合成100对SSR引物,分别用2%琼脂糖凝胶电泳和PAGE凝胶电泳进行初步筛选和多态性筛选。【结果】共获得Unigenes 20 077条,平均长度为1 431.82 bp,N50为1 955 bp;对Unigenes进行SSR位点的发掘和分析,发现4 116条Unigenes序列中含有5 469个SSR位点,SSR的发生频率为20.50%,平均分布距离为8.74 kb;单、二、三核苷酸重复单元分别占总SSR的50.23%、24.43%和22.11%; SSR重复单元以6～10次重复的最多,占总数的51.27%。筛选出16对多态性引物并进行PCR扩增,共检测到56个等位基因片段,平均每个位点含3.5个,平均有效等位基因数为2.31个,平均Shannon多样性指数I为0.861,平均多态性信息含量PIC为0.507。【结论】苦楝转录组SSR位点具有较高的出现频率和分布密度,基元类型和重复次数相对较高,具有高多态性的潜能,可以进行有目的的引物设计和开发。开发的16对SSR引物在苦楝上可检测到较高的多态信息含量,进一步丰富了楝科现有SSR标记数据库资源,可为楝科植物在基因组水平上的遗传多样性分析和分子辅助育种等提供参考。 相似文献
5.
欧洲榛微卫星对我国榛属种质资源的分析 总被引：3，自引：0，他引：3
利用多态性高、重复性好的11对欧洲榛微卫星引物对榛属6个近缘种的34个DNA样本进行扩增,共获得81个等位基因,每个座位的等位基因数在4～13之间,平均数目为7.36个,位点的多态信息含量(PIC)介于0.47～0.86,平均为0.73.PCR扩增产物的DNA测序证明欧洲榛SSR基因座位中微卫星序列在6个种内的保守性,而在CAC C28位点,一个被忽略的短三碱基重复序列也表现出长度多态性.另外,对于具有商业潜力的平榛、毛榛、川榛3个种的遗传多样性分析表明,平榛的遗传多样性最高,为0.59.研究结果表明欧洲榛微卫星是用于榛属资源保护、品种改良以及种问遗传图谱构建的有力工具. 相似文献
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杨树EST-SSR标记的开发 总被引：7，自引：0，他引：7
利用来自美洲黑杨及欧美杨的20 023条EST序列,进行EST-SSR标记开发研究.首先对这些EST序列进行序列拼接,然后在非重复序列中发现由二核苷酸至五核苷酸组成的SSR重复序列.共在10 816个非重复序列中发现1 604个序列含有SSR,占总非重复序列的14.8%.在发现的1 918个SSR重复序列中,二核苷酸重复是最丰富的重复类型,占总类型的62.3%.设计合成48对SSR引物,利用6个不同的杨树品种对其进行验证.结果约90%的引物获得扩增产物,58%的引物在6个不同杨树品种中产生多态性分离.另外,还对重复序列的数量及重复类型进行了讨论. 相似文献
8.
《林业科学》2017,(8)
【目的】棕榈藤是重要的森林植物,纤鞭是其重要的攀援器官,也是重要的分类依据。研究黄藤NAC(NAM,ATAF和CUC)转录因子基因的分子特征并开发SSR分子标记,以期为棕榈藤的分子育种和辅助分类提供参考依据。【方法】以黄藤为材料,借助转录组数据,采用同源克隆的方法从黄藤中分离NAC基因,采用生物信息学方法进行基因结构、蛋白性质与结构分析和SSR位点预测,采用实时定量PCR技术分析基因的组织表达特性,利用PAGE电泳和测序技术分析SSR分子标记在不同棕榈藤样品中的通用性和多态性。【结果】从黄藤叶片中获得了2个NAC同源基因DjNAC3(Gen Bank登录号:KU556738)和DjNAC4(Gen Bank登录号:KX579750),二者的开放阅读框长度分别为729 bp和1 326 bp,对应的基因组序列为850 bp和1 441 bp,均包含2个外显子和1个内含子。DjNAC3和DjNAC4编码的蛋白分别为242 aa和441 aa。蛋白结构分析表明,DjNAC3和DjNAC4具有典型的NAC转录因子结构特征,属于NAC家族的CUC亚家族,但二者之间的相似系数仅为23.6%,表明它们在黄藤生长发育过程中可能具有不同的功能。DjNAC3和DjNAC4在不同组织中的表达模式存在明显差异,DjNAC3在发育成熟纤鞭中的表达丰度最高,叶片中的表达丰度最低,而DjNAC4则在发育成熟的钩刺中表达丰度最高,而发育初期的钩刺中最低。在DjNAC3和DjNAC4的基因组序列中分别包含1个SSR位点,其中前者的SSR位点位于内含子区域,为(TA)6,后者的SSR位点位于第1个外显子区域,为(GCA)5。根据DjNAC3和DjNAC4中SSR位点旁侧序列设计引物,以黄藤和另外20个不同棕榈藤样品的基因组DNA为模板进行扩增,PAGE电泳结果分析表明,引物具有较高的通用性,且扩增产物具有多态性。6个样品的测序结果证实,用DjNAC3设计引物的扩增产物测序获得的SSR位点序列存在着一定的差异,既包括SSR类型变异、重复次数变化等多态性,又有SSR位点缺失的现象;而根据DjNAC4设计引物扩增获得的SSR位点序列差异主要为重复次数的变化。【结论】黄藤DjNAC3和DjNAC4基因的基因结构、表达模式、SSR位点等均存在明显的差异,这表明它们在黄藤生长发育中可能具有不同的功能,二者所包含的SSR分子标记具有通用性和多态性,可以作为分子标记应用于棕榈藤的辅助分类和分子辅助育种。 相似文献
9.
《中南林业科技大学学报(自然科学版)》2019,(9)
分析云南金花茶转录组中的SSR位点信息及其序列分布特征,为SSR引物的大量开发奠定前期基础。利用MISA软件分析了云南金花茶转录组数据155 011条Unigenes的SSR位点信息,在云南金花茶转录组中共检测到30 435个SSR位点,出现频率为19.63%,平均3.46 kb就出现1个SSR位点。而重复基元类型从二核苷酸到六核苷酸均有出现,其中二核苷酸重复基元为主要类型,占SSR总数的71.44%;其次是三核苷酸,占SSR总数的25.48%;四核苷酸到六核苷酸仅占3.08%。AG/TC与CT/GA是二核苷酸的优势重复基元,分别占总基元的26.75%与25.17%;CTT/GAA与AGA/TCT是三核苷酸的优势重复基元,分别占总数的2.64%与2.23%。根据云南金花茶转录组测序结果,云南金花茶转录组的SSR位点出现的频率较高,具有丰富的基元类型,并且有较高的重复次数,具有较高的多态性潜力。随机选出50对设计的SSR引物用于检测,其中有14对引物能扩增出清晰且单一的谱带。对云南金花茶转录组数据中SSR位点信息进行分析,可为其SSR引物的设计与筛选、SSR遗传多样性分析以及种质资源的保护提供理论依据。 相似文献
10.
杜鹃花表达序列标签资源中的微卫星信息分析 总被引：2，自引：0，他引：2
从NCBI数据库下载杜鹃花表达序列标签序列1323条,去冗余后得到912条EST。采用Tandemrepeatfinder软件分析,最终在61条EST序列中找到65个SSR位点,出现频率为7．1272％。二碱基重复是杜鹃花EST内SSR的主要重复类型,占66．1538％;单碱基和三碱基重复次之,分别占据15．3846％和9．2308％。四碱基、五碱基、六碱基类型的SSR相对比较少。多达90．7692％的SSR位点为完美型微卫星重复。这些富含SSR位点的EST序列将为开发微卫星特异性引物,并用于杜鹃花群体生物多样性和遗传结构分析提供理论依据。 相似文献
11.
W. E. Hillis 《Wood Science and Technology》1998,32(2):139-143
Summary Crystalline or almost pure organic compounds can be formed either alone or with two or three related compounds in juxtaposition in shakes in central heartwood. The compounds may not always be present in the more complex extractives formed at the heartwood periphery. The largest amounts of deposits are in the innermost or widest portion of the shake. No evidence could be found of a source of substrate, energy or specific enzymes necessary for the selective biosynthesis of these deposits. They are considered to be formedin situ by an undetermined mechanism during enlargement of the shake. 相似文献
12.
W. E. Hillis 《Wood Science and Technology》1998,32(2):129-137
Summary The heartshakes of some species can contain deposits of inorganic, metal organic, resinous or organic compounds in a pure or concentrated condition. The type of deposit in different genera is discussed. Morphological and chemical examinations have been made of the deposits in the heartshakes ofIntsia bijuga, Dacrydium spp.,Anisoptera curtisii, Pinus elliotii andOrites excelsa. The deposits were of a benzenoid or terpenoid nature or aluminium succinate.I thank Mr. R. Wearne for organic analyses 相似文献
13.
A. Lehtijärvi H. T. Doğmuş‐Lehtijärvi A. G. Aday Kaya S. Ünal S. Woodward 《Forest Pathology》2017,47(6)
Although several Armillaria species have been reported in Turkey, there is little information about their ecology in Turkish forests. In this study, we investigated five forest stands, approximately 5–74 ha in size, in Kastamonu province in the Black Sea Region of Turkey for the presence of Armillaria species in stumps and logs. The stands were mixed Abies nordmanniana ssp. bornmülleriana and Pinus sylvestris forests managed using a selective cuttings system; the proportion of fir in the total number of stems and stumps ranged from 36 to 98%. Based on sequence analysis of the internal transcribed spacer and intergenic spacer regions of the rDNA, all rhizomorphs sampled from the stumps and logs were of Armillaria ostoyae. The size of the genets was estimated with random amplified microsatellites analysis of the isolates and ranged from single stumps to approximately 450 m2. One to seven genets were found in each stand. These results indicate that the genets had arisen from spores and vegetative spread was limited on most sites. 相似文献
14.
寒地城市居住区冬季植物景观探讨 总被引：7，自引：0，他引：7
杨德威 《内蒙古林业调查设计》2005,28(1):49-51
寒地城市冬季漫长 ,如何创造良好冬季植物景观是居住区外环境建设的重要问题 ,文章探讨发挥寒地植物冬季景观特色 ,从植物形成景观的基础形态、干皮颜色、果实等 ,到形成景观 (配置 ,色彩 ,结构 ,认识 ,管理 )等 ,为寒地居住区环境建设提供参考 相似文献
15.
József Tóth 《Journal of pest science》1972,45(10):155-158
Zusammenfassung Seit 11 Jahren arbeitet in Ungarn ein zentralgeleitetes Lichtfallennetz. Die von den 21 Lichtfallen gefangenen Coleopteren-Arten sind vom Jahre 1969 an kontinuierlich bearbeitet. Es hat sich erwiesen, daß gradologische und phänologische Probleme mit Hilfe der Lichtfallen untersucht werden können. Als Beispiele werden die beiMelolontha melolontha L. undSerica brunnea L. gewonnenen Ergebnisse angeführt. Auch die Faunistik wird durch diese Methode bereichert.
Summary A total of 21 light-traps has been used for collecting Coleoptera-species in Hungaria forests since 11 years. Studies have been carried out on Population dynamics and Phenology ofMelolontha melolontha L. andSerica brunnea L. Some rare Coleoptera-species are reported.相似文献
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建平半干旱地区石质山地造林技术研究 总被引：1，自引：0，他引：1
研究了不同植物在石质山地的造林成活率、土壤化学性质随造林年限的变化和造林措施对土壤化学性质和植物胸径、树高年净生长量的影响。结果表明：不同植物在石质山地的成活率在21%～85%之间,其中白榆和沙打旺的成活率分别为81%和85%,而小叶杨、刺槐、栾树的成活率均在70%左右;植被能明显提高石质山地不同土层的有机质、全N、P2O5含量,但提高程度随土层深度、养分种类和造林年限的不同而不同;在同一土层,生物复合肥料、菌剂和保水剂均显著提高土壤有机质含量（p〈0.01）并显著降低土壤P2O5含量（p〈0.01）;只有保水剂可引起土壤全K含量的明显升高;生物复合肥料、菌剂和保水剂均显著提高白榆、小叶杨、刺槐、栾树树高和胸径的年净生长量,但保水剂的提高程度最高。 相似文献
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通过对上海松江中央公园内65株特大银杏树白蚁为害情况的调查,发现该公园银杏受害率为100%,其中存在活白蚁的银杏占总量的56.9%,采用毒土处理、粉剂疗法、建立白蚁监测点等措施,经过两次灭杀,活白蚁的灭杀率达到92.3%和93.3%,从而使存在活白蚁银杏树的比例从56.9%下降到2.7%,白蚁发生情况明显降低。
相似文献
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栎属植物遗传多样性研究进展* 总被引：6，自引：0，他引：6
综述了栎属植物种复合体（Complex)、种以及群体在表现型、同工酶和DNA3个水平上遗传多样性的最新研究进展。根据国内的研究现状，提出了当前我国栎属植物资源保存与利用研究中存在的问题以及今后的研究重点。 相似文献