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1.
对分离自西北地区6个矿区采样点的68株天蓝苜蓿根瘤菌进行了生理生化特性和16S rDNA PCR-RFLP分析.唯一碳源利用结果表明:供试菌株均能利用丁二酸钠等7种碳源,均不能利用马尿酸钠等4种碳源.在苯酚作为唯一碳源的培养基上生长试验表明:所有菌株可以在400 mg/L的苯酚培养基上生长;5株菌可以在700 mg/L浓度下生长;所有菌株都不能在800 mg/L浓度以上的苯酚培养基上生长.重金属耐受性结果表明:供试菌株对重金属有不同程度耐受性,筛选出1株具有优良重金属耐受性的菌株CCNWGS0037.16S rDNA PCR-RFLP分析结果表明:所有菌株可以分为3种类型,全序列测定结果分析表明分别属于中华根瘤菌属(Sinorhizobium)、根瘤菌属(Rhizobium)和土壤杆菌属(Agrobacterium).综合分析,矿区天蓝苜蓿根瘤菌多样性比较单一. 相似文献
2.
采用组织分离法分离纯化取自西藏砂生槐不同部位组织的内生真菌,依照其形态学特征将菌株初步归类;挑选代表性菌株进行核糖体内转录间隔区(r DNA-ITS)序列分子鉴定,采用MEGA5.10软件构建系统进化树,对菌株进行聚类分析;采用SPSS13.5软件进行砂生槐内生真菌的多样性分析。结果表明,从砂生槐不同部位共分离得到77株内生真菌,其荚果中的分离几率最高,达到45.68%,而叶片中内生真菌分离几率最低,仅为4.63%。其形态学特征和ITS-r DNA序列表明,供试的16株菌分别归属于11个不同的种,其中茎点霉属(Phoma sp.)为优势种群。系统进化树显示,4个菌株在96%相似水平上聚在一个分枝上,与茎点霉属关系最近;2个菌株在92%相似水平上聚在一个分枝上,与壳二孢属亲缘关系最近;2个菌株在97%相似水平上聚在一个分枝上,与盘菌属亲缘关系最近。荚果中的内生真菌多样性指数和均匀度指数均为最高,分别为1.078 1和0.601 7,刺中的内生真菌丰富度指数最高,达到0.836 8。 相似文献
3.
为了明确福建青枯雷尔氏菌（简称青枯菌）的遗传多样性,综合菌株的演化型、生化型及基于内源葡聚糖酶基因egl的序列变种鉴定,对福建省8个地区的番茄、辣椒和茄子寄主分离的56株青枯菌进行分析。结果表明：供试的56株青枯菌均属于演化型Ⅰ;53株为生化型Ⅲ（占94.64%）,1株为生化型Ⅱ,2株为非标准生化型;从序列变种来看,4株来自茄子的青枯菌均属序列变种15,24株来自辣椒的青枯菌中,23株属于序列变种14,1株为序列变种16,28株番茄青枯菌鉴定出7个序列变种。进一步,选择上述鉴定的生化型Ⅲ和生化型Ⅱ的代表菌株为靶标菌进行生防菌筛选。结果表明,供试14株放线菌中,筛选到1株对生化Ⅲ青枯菌有拮抗作用的放线菌FJAT-31535。基于菌落形态特征和16S rRNA基因序列相似性分析,菌株FJAT-31535属于链霉菌属（Streptomyces sp.）。 相似文献
4.
选用分离自陕西商洛多花胡枝子的59株根瘤菌和15株参比菌,进行了125项表型性状测定和聚类分析。结果表明:未知菌能够利用的碳氮源比较广泛,生长的温度和pH范围较宽,对抗菌素、染料和重金属分别具有抗性的菌株以及产氧化酶菌株的数量比例较高,部分菌株具有耐高浓度盐或碱的性能,其中大约67%的菌株能耐受3.0%的NaCl,25%的菌株可在初始pH12的YMA培养基上生长。从数值分类树状图谱发现,在80.5%的相似性水平上,除CCNWSX0922外,供试菌株聚成8个表观群,群Ⅰ包含6株未知菌和3株已知中慢生根瘤菌属参比菌,群Ⅱ包含19株未知菌和6株中华根瘤菌属参比菌,群Ⅲ包含1株未知菌和3株根瘤菌属参比菌,群Ⅳ和群Ⅴ皆含根瘤菌属参比菌株。群Ⅵ、群Ⅶ和群Ⅷ三个类群未能与参比菌株聚在一起,为新类群,其分类地位需进一步研究确定。 相似文献
5.
我国长江流域和南方地区花生青枯菌遗传多样性分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为明确不同青枯菌的遗传多样性和其在花生植株上的致病力差异,采用国际上新的青枯菌演化型分类模式,对从我国长江流域和南方地区9个花生种植区分离的95株花生青枯菌Ralstonia solanacearum菌株进行遗传多样性分析,基于内源葡聚糖酶基因egl对青枯菌进行系统发育研究,并对供试青枯菌的致病力进行测定。结果表明,所有95株菌株均属于青枯菌演化型I型,即亚洲分支类型。在序列变种分类上,所检测的9个花生种植区中有8个种植区的花生青枯菌菌株属于序列变种14,仅有1个种植区(广西壮族自治区贺州市)的花生青枯菌菌株属于序列变种48,表明我国长江流域和南方地区花生青枯菌群体遗传多样性水平较低。青枯菌致病力测定结果表明,来自赣州市的菌株GZ-1、贺州市的菌株HZ-2和宜昌市的菌株YC接种到花生植株14 d后,花生的病情指数分别为43.8、75.0和87.5,而来自其它6个花生种植区的菌株接种花生后,其病情指数均为100.0,表明菌株GZ-1和HZ-2的致病力较弱,而其它7个花生种植区代表性菌株的致病力均较强。 相似文献
6.
尖镰孢菌EST-SSR遗传多样性分析及通用性评价 总被引：2，自引：1，他引：1
为了解38株尖镰孢菌的遗传多样性并开发可在近缘镰孢菌种中通用的尖镰孢菌EST-SSR标记,利用设计和筛选的18对多态性EST-SSR引物对38株尖镰孢菌和5种近缘镰孢菌进行SSRPCR扩增,经6%非变性聚丙烯酰胺凝胶分离扩增产物,并用NTSYS软件分析供试尖镰孢菌的PCR扩增结果。结果表明,18对EST-SSR标记引物在38株尖镰孢菌中检测到75条多态性条带,多态性比率达92.6%,平均每对引物可扩增4.2条;各菌株间的遗传相似系数介于0.565~0.946之间,平均为0.721;来源于同科寄主植物群体的菌株间的平均遗传相似系数以葫芦科最大,锦葵科最小,依次为葫芦科兰科豆科亚麻科茄科锦葵科。在相似系数为0.756时,供试38株菌有35株按照不同科寄主植物聚为不同的类群,说明尖镰孢菌SSR类群的划分与其寄主来源具有一定的相关性。18对EST-SSR引物在近缘镰孢菌种中均能有效扩增的引物数及通用性比率为10对和55.6%,均显示多态性的引物有2对,占供试引物总数的11.1%。表明尖镰孢菌ESTSSR区域遗传多样性丰富,基于尖镰孢菌EST序列开发镰孢菌通用SSR标记是可行的。 相似文献
7.
采用17株分离于苜蓿和草木樨的根瘤菌为研究对象,进行了RAPD分子标记技术检测和耐盐碱筛选实验。结果显示:供试根瘤菌菌体基因组RAPD电泳图谱分为6组不同的条带,说明17株菌中有6个不同菌系。不同菌系的根瘤菌耐盐碱筛选试验表明,来自临泽的根瘤菌耐盐碱能力均比来自天水的强,其中两株能在pH14的YMA培养基上生长,一株可耐1.539 mol/L的NaCl,两株能耐1.971 mol/L的Na2SO4,尤其菌GL007对高pH和两种盐都有较强的忍耐性,是实验筛选出的珍贵耐盐碱菌种资源。 相似文献
8.
为明确甘肃省大麦条纹病病原菌麦类核腔菌Pyrenophora garminea的致病力分化、r DNA-ITS序列特征及变异,采用"三明治"法测定甘肃省大麦条纹菌的致病力,通过r DNA-ITS序列分析菌株间变异类型,并对菌株进行ISSR遗传多样性分析。结果表明,共筛选到43株大麦条纹病菌,生长7 d后的菌落直径为2.60~7.93 cm,其中菌株TB生长速度最快,菌株JT生长速度最慢,强、中等和弱致病力菌株分别为2、21和20株;43株菌的核糖体DNA-ITS序列与麦类核腔菌菌株SMCD2015同源性在99%以上;在9个菌株中检测到15个变异位点,共17种变异类型;8个ISSR标记从43个菌株中扩增出41条带,平均每个标记5.13条带,90.24%片段具有多态性,遗传相似系数为0.44~1.00,平均值为0.71,当遗传相似系数为0.68时,可将供试菌株划分为4个类群。表明甘肃省大麦条纹病病原菌存在致病力分化,菌株核糖体DNA-ITS序列变异丰富,且菌株间遗传结构复杂。 相似文献
9.
为明确中国东北地区水稻纹枯病病原菌种类及融合群的归属情况, 2015－2017年从黑龙江省、吉林省和辽宁省的17个水稻主产区采集水稻纹枯病标样, 分离获得水稻纹枯病菌214株, 运用水稻纹枯病菌的不同病原菌及融合群的特异性引物对214株水稻纹枯病菌进行病原菌种类和融合群鉴定, 并利用rDNA内转录间隔区(ITS)序列, 对供试水稻丝核菌的融合群归属进行了分析。结果表明:供试214株水稻纹枯病菌分属于茄丝核菌Rhizoctonia solani和水稻丝核菌Rhizoctonia oryzae-sativae, 菌株数分别为198株和16株, 占比分别为92.52%和7.48%。茄丝核菌菌株分属于2个融合群, 分别为AG1-IA和AG4, 菌株数分别为191株和7株, 占比分别为96.46%和3.54%。水稻丝核菌菌株均属于AG-Bb融合群, 菌株数为16株。不同年份水稻纹枯病的病原菌种类及融合群出现的频率和地域分布无明显变化, 而不同地域间水稻纹枯病病原菌的种类及融合群具有明显的分化特征, AG1-IA融合群在中国东北三省各个水稻产区均有分布且均为优势融合群, AG4融合群在辽宁省盘锦市出现频率最高, 水稻丝核菌AG-Bb融合群在吉林省吉林市、通化市和梅河口市出现频率最高。 相似文献
10.
北京地区草莓灰霉病菌的转座子及其分布频率 总被引：1，自引：0，他引：1
为了解北京地区草莓灰霉病菌的转座子类型及其分布,本研究用转座子Boty和Flipper的特异性引物对北京地区2012-2013年从12个草莓园采集和分离的60株草莓灰霉病菌进行PCR扩增。结果表明,北京地区草莓灰霉病菌群体中共存在3种转座子类型:transposa型、Boty型和Flipper型。其中,以transposa型菌株最多,占供试菌株的63.3%,Boty型菌株占供试菌株的28.3%,Flipper型菌株最少,仅占8.4%,未检测到vacuma型菌株。选取属于不同转座子类型的18株菌株测定其对草莓叶片的致病力,结果显示Boty型菌株所致病斑的平均直径显著大于Flipper型。草莓灰霉病菌转座子类型与致病力的关系有待进一步研究。转座子类型的检测为进一步研究灰葡萄孢的遗传多样性及遗传变异提供了基础。 相似文献
11.
甘肃中部及周边地区小麦条锈菌种群的遗传结构分析 总被引：1，自引：0，他引：1
为明确甘肃中部与周边地区小麦条锈菌种群的遗传结构及关系,利用SSR分子标记技术对采自甘肃、陕南、青海及新疆等7个地区共369份小麦条锈病菌标样的群体遗传结构进行了分析。结果表明,小麦条锈菌群体Nei’s基因多样性指数为0.39、Shannon信息指数为0.57,各地区条锈菌群体遗传多样性较为丰富,且在不同地区之间存在明显差异,7个条锈菌群体中以天水种群的遗传多样性相对较高,其Nei’s基因多样性指数为0.42、Shannon信息指数为0.61。该地区小麦条锈菌群体间和群体内都存在着一定的遗传分化,群体间遗传变异占总变异的2.24%,群体内遗传变异占总变异的97.76%。表明甘肃中部及周边地区小麦条锈菌群体存在一定的遗传分化,但遗传变异主要发生在群体内部;甘肃中部、陇南及陕南3地的小麦条锈菌种群遗传相似度较高,菌源交流密切。 相似文献
12.
我国烟草赤星病菌遗传多样性的ISSR分析 总被引：4，自引：1，他引：3
为明确我国烟草赤星病的2种主要致病菌链格孢菌Alternaria alternata和长柄链格孢菌A.longipes的地理差异与遗传结构,采用ISSR标记对分离自9个省市的135株烟草赤星病菌进行遗传多样性分析。结果显示,通过正交优化试验建立的烟草赤星病菌ISSR-PCR最佳反应体系稳定性较好,筛选出17条多态性高且稳定的引物,共扩增出192条谱带,其中有177条具有多态性,多态率为92.19%。UPGMA聚类分析结果显示,链格孢菌和长柄链格孢菌的遗传相似性系数分别在0.67~1.00和0.66~1.00之间,遗传相似性系数为0.83时可使链格孢菌和长柄链格孢菌分别划分为5个和6个亚群,其中前者不同地理种群间表现出地理相关性,后者不同菌株随机分组。烟草赤星病菌种群的基因多态性和遗传多样性丰富,链格孢菌和长柄链格孢菌的群体间遗传分化系数分别为0.36和0.37,均存在遗传分化;群居每代迁移数分别为0.89和0.85,不同地理种群间存在基因交流;2种烟草赤星病菌的遗传分化结构表现出相似性。表明我国烟草赤星病菌中的链格孢菌和长柄链格孢菌均存在丰富的遗传多样性,且二者进化方向相似,ISSR标记能较好地揭示烟草赤星病菌种群间的亲缘关系和遗传差异性,可用于其遗传多样性分析。 相似文献
13.
Mitsuo Horita Yasuhiro Suga Atsushi Ooshiro Kenichi Tsuchiya 《Journal of General Plant Pathology》2010,76(3):196-207
We assessed the geographic distribution, biovar, phylotype, DNA fingerprints (rep-PCR), and/or endoglucanase sequence of potato
bacterial wilt pathogen, Ralstonia solanacearum (Rs), in Japan. Rs has been isolated from potato fields in southwestern, warm, temperate regions. Of the 188 isolates, 74
belonged to biovar N2 (39%), 44 to biovar 3 (24%), and 70 to biovar 4 (37%). Biovars N2 and 4 strains were widely distributed,
from northern (Hokkaido) to southern (Okinawa) Japan. Based on the results of multiplex-PCR analysis, every potato strains
belonged to either phylotype I or IV. Phylotype I comprised both biovars 3 and 4 strains. On the other hand, phylotype IV
included biovar N2 strains. None of the strains belonged to phylotype II or III or biovar 1 or 2. Phylogenetic analysis based
on DNA fingerprints and endoglucanase gene sequences clarified the genetic diversity of the Japanese potato strains and the
close genetic relationship between the Japanese strains and the Asian strains in phylotypes I and IV. 相似文献
14.
Leah Tsror Valerie Hélias Sara Mordechai-Lebiush Orly Erlich Marina Hazanovsky Laura Chalupowicz Michal Reuven Orit Dror Lea Valinsky Angelique Laurent Shulamit Manulis-Sasson 《Plant pathology》2021,70(9):2179-2187
Pectobacterium brasiliense (Pbr) infects a wide range of crops worldwide, causing potato blackleg and soft rot and vegetable soft rots. This study aimed to characterize the genetic diversity and virulence variability among 68 Pbr strains isolated from either symptomless potato progeny tubers, diseased potato plants, ware potatoes wash water, or vegetables grown in Israel, as well as strains isolated from symptomless seed tubers grown in Europe, or diseased potato plants grown in France. The collection was typed using PCR and TaqMan real-time PCR analyses, dnaX sequence analysis, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and pectolytic activity. dnaX phylogeny grouped almost all strains in a common genetic clade related to Pbr, which was distinct from the other Pectobacterium species. PFGE analysis identified two main clusters, including one major group of 47 strains with 95%–100% similarity. Maceration assays on two potato cultivars showed significant differences between strains but with no correlations with the source of the strains nor the status of the host (with/without symptoms). Molecular (dnaX sequences and PFGE profiles) and phenotypic analyses (tuber maceration tests) showed that the tested Pbr strains are not a homogeneous group. Analysis of the tested Pbr strains isolated from potato and vegetables grown in fields with a history of potato cultivation suggests that seed tubers imported from Europe may be the main source for Pbr in Israel. To the best of our knowledge, this is the first study that describes biodiversity and population structure of P. brasiliense isolated from potato and vegetables under hot climate conditions. 相似文献
15.
为开发可用于拟轮枝镰孢菌Fusarium verticillioides及其近缘种遗传多样性分析的SSR引物,利用生物信息学方法和PCR技术,通过对从NCBI下载的87 086条拟轮枝镰孢菌的EST序列信息进行分析,设计EST-SSR引物,检测其在拟轮枝镰孢菌及其近缘种中的扩增情况,并用筛选出的多态性引物对15株拟轮枝镰孢菌进行SSR遗传多样性分析。结果表明,在EST序列中,共查找到11 952个SSR位点,592种重复基元,SSR出现频率为1.09%,重复基元出现数量最多的为三核苷酸(54.00%),其中(CAA/TTG)n基元出现频率最高。设计的25对EST-SSR引物在拟轮枝镰孢菌种内的有效扩增率和多态率分别为80.00%与32.00%,对5种近缘镰孢菌种的通用率和多态率分别为40.00%和8.00%。遗传多样性分析结果表明,在相似系数为0.664水平下,供试菌株可划分为4个SSR类群,但类群的划分与菌株的地理来源无关;不同菌株间存在明显的遗传分化。表明基于拟轮枝镰孢菌EST序列开发的SSR引物可用于拟轮枝镰孢菌及其近缘种的遗传多样性分析。 相似文献
16.
为有效防治辽宁省稻曲病菌Ustilaginoidea virens,利用重复序列PCR(repetitive elementbased PCR,rep-PCR)分子指纹技术,对2017年自辽宁省8个市8个主产稻区采集的51株稻曲病菌菌株进行遗传多样性和致病力分析。结果显示,在3对引物中,以BOX1/BOX2和ERIC1/ERIC2为引物扩增的DNA指纹图谱的遗传多样性值分别为0.764、0.707,均大于0.7,故选择这2种引物扩增的DNA指纹图谱进行遗传多样性分析;当DNA指纹相似系数为0.78时,以BOX1/BOX2为引物和以ERIC1/ERIC2为引物扩增的DNA指纹图谱分别将供试菌株划分为12个和10个遗传类群;供试菌株致病力可划分为弱致病型、中等致病型和强致病型3个致病型,所占比例分别为33.33%、58.82%和7.85%,强致病型菌株仅在沈阳市、鞍山市和大连市出现;所有优势类群均包含3种致病型菌株。表明辽宁省稻曲病菌遗传结构复杂,不同地理来源的稻曲病菌菌株致病力存在一定差异,相同致病型的稻曲病菌菌株分属于不同的遗传类群,同一遗传类群中包含不同的致病型菌株。 相似文献
17.
Kiomars Rouhrazi Gholam Khodakaramian 《European journal of plant pathology / European Foundation for Plant Pathology》2014,139(1):175-184
Northern Iran has one of the largest and most diverse populations of cultivated crucifers in Iran. Symptoms of black rot disease were observed in 40 % of fields. To assess the genetic diversity of Xanthomonas campestris pv. campestris (Xcc) strains, associated with black rot disease, 40 strains were isolated from infected samples of crucifers such as cabbage, radish, cauliflower, turnip and kohlrabi, and were collected from different geographic regions of northern Iran including West and East Azarbayjan and Ardabil provinces. Bacterial strains were characterized by their morphological, biochemical and physiological features and pathogenicity tests. Four races were found in northern Iran (1, 4, 5 and 6) and the majority of the tested strains belonged to either race 4 (45 %) or race 6 (20 %). To examine the distribution of dispersed repetitive DNA, Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus (ERIC), BOX, Repetitive Extragenic Palindromic (REP) and random amplified polymorphic DNA (RAPD) sequences in the genome of Xcc using conserved primers. The different markers produced characteristic banding patterns and the similarity matrices from binary banding data was derived with the similarity for qualitative data program (SIMQUAL). On the basis of the fingerprint patterns generated by the combination data set of both rep-PCR and RAPD, the Xcc strains were differentiated into seven clusters (A–G) at 76 % similarity level. The geographical origin of the Iranian strains does not seem to be correlated with the RAPD and rep-PCR clusters. The clusters seem to be more related to the race of the strains. This is the first study on genetic diversity of Xcc strains inducing black rot disease of crucifers in Iran. 相似文献