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Hiroyuki UGA Yuki O. KOBAYASHI Kyoji HAGIWARA Yohachiro HONDA Toshihiro OMURA Takahide SASAYA 《Journal of General Plant Pathology》2002,68(4):378-381
The causative virus (isolate No. 4) of gentian (Gentiana spp.) mosaic, which had been identified previously as Clover yellow vein virus (C1YVV) on the basis of host range and serological reactions, was re-identified as Bean yellow mosaic virus (BYMV) on the basis of the nucleotide sequences of the gene for the coat protein (CP) and the 3′-noncoding region, as well
as the predicted amino acid sequence of CP.
Received 16 April 2002/ Accepted in revised form 19 June 2002 相似文献
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菜豆黄花叶病毒中国和叙利亚蚕豆分离物外壳蛋白的序列分析 总被引：1，自引：0，他引：1
病毒病是影响云南省蚕豆生产的重要病害。对采集的蚕豆病毒病标样进行了组织印迹法检测,表明菜豆黄花叶病毒(BYMV)是最主要的病原。据此,以BYMV基因的保守序列设计了一对特异性引物,用BYMV的5个中国云南蚕豆分离物和1个叙利亚蚕豆分离物侵染的蚕豆叶片总RNA为模板,RT-PCR扩增获得了长度为907bp的目标片段。序列分析显示,此片段中包含822bp的外壳蛋白序列。6个分离物间的外壳蛋白核苷酸和推导编码蛋白质的氨基酸序列的同源性分别为86.4%~100.0%和96.7%~100.0%。与GenBank登录的34个具有完整外壳蛋白序列的BYMV分离物进行同源性和系统进化树分析的结果表明,6个分离物在核苷酸和氨基酸水平上与其它分离物的同源性分别为79.1%~97.9%和83.5%~98.5%,BYMV中国蚕豆分离物与日本蚕豆分离物同源性最高。外壳蛋白基因的序列特征揭示,在BYMV中的蚜传相关基序为NAG。 相似文献
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核苷酸序列分析结果表明,小麦黄色花叶病毒(W YMV)不同分离物的外壳蛋白基因存在一定的差异。邓州分离物CP基因在其31~33nt处均缺失了3个核苷酸,其余分离物与潢川分离物及日本分离物长度一致,均为882nt。不同分离物CP基因核苷酸序列同源性为97.3%~98.9%,由此推导的氨基酸序列同源性为97.6%~99.3%,外壳蛋白N末端的110个氨基酸和C末端的55个氨基酸在各个分离物间是高度保守的。潢川分离物有5个氨基酸与其它5个分离物明显不同。WYMV不同分离物外壳蛋白序列分析结果进一步确认了WYMV与WSSMV为Bymovirus属的2种不同病毒。 相似文献
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西瓜花叶病毒2号南瓜分离物的鉴定及其外壳蛋白基因序列分析 总被引：5，自引：1，他引：5
利用电镜和酶联免疫吸附测定法(ELISA)在黑龙江省采集的南瓜病样中检测到西瓜花叶病毒2号(WMV-2)。再利用免疫PCR (IC-PCR)和反转录PCR (RT-PCR)方法,扩增获得其外壳蛋白(CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,该分离物CP基因全长为852个核苷酸,编码由284个氨基酸组成的31.8 kDa蛋白。与国外已报道的WMV-2 CP基因相比,其核苷酸序列同源性为92.2%~94.0%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.5%~98.1%。与国内2个分离物相比,和山西分离物核苷酸和氨基酸的同源性都达到98.5%,和郑州分离物核苷酸和氨基酸的同源性分别为91.5%和95.0%。 相似文献
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A whitefly transmitted begomovirus was detected by PCR using begomovirus-specific primers from naturally infected Calendula officinalis plants showing yellow vein disease symptoms. An approximately 800 bp PCR amplicon was cloned and sequenced to identify the species of the virus isolate. Analysis of nucleotide sequence data resulted in its identification as the complete coat protein gene open reading frame (CP ORF) of 771 bp, which encoded 256 amino acid residues. The coat protein of the virus isolate shared maximum identities of 96–97% with four strains of Tobacco curly shoot virus (ToCSV) and an Ageratum enation virus (AgEV) during BLAST analysis of sequence data. Nucleotide- and amino acid-based phylogenetic analysis revealed the close relationship of the isolate with ToCSV strains, therefore it has been identified as an isolate of ToCSV and C. officinalis is considered to be a new host of ToCSV begomovirus. Association of a DNA-β molecule with the virus isolate was also detected by PCR and Southern hybridization tests using DNA-β specific primers and probe. 相似文献
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通过高通量测序和RT-PCR扩增,克隆并分析蟹爪兰X病毒(Zygocactus virus X,ZyVX)贵州分离物ZyVX-GZ基因组序列。对表现病毒病症状的红肉火龙果植株进行高通量测序,获得4条ZyVX相关contig。RT-PCR扩增并拼接获得ZyVX-GZ基因组,全长为 6 567 nt,5′-UTR和 3′-UTR分别为60 nt和70 nt。含有5个ORF,分别编码复制酶蛋白、TGB1、TGB2、TGB3蛋白和外壳蛋白。ZyVX-GZ与P39和B1分离物基因组序列一致性均为91%。TGB1-3、外壳蛋白基因与大多数分离物核苷酸和推导的氨基酸序列一致性分别为95%～99%和96%～100%;复制酶基因的核苷酸和推导的氨基酸序列一致性分别为80%～89%和92%～97%。系统进化分析表明,ZyVX群体的遗传分化与寄主种类、地理分布不存在相关性。本研究结果丰富了ZyVX群体的基因组序列信息,为ZyVX的监测和防控提供了基础。 相似文献
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西瓜花叶病毒2号新疆昌吉分离物外壳蛋白基因核苷酸序列分析 总被引：6，自引：1，他引：5
利用RT-PCR从新疆昌吉地区表现花叶、疱斑、扭曲等症状的南瓜病株上检测到西瓜花叶病毒2号新疆昌吉分离物(简称WMV-2-XJ-CJ),并测定了该分离物外壳蛋白(CP)基因序列。序列分析表明,新疆昌吉分离物CP基因全长850个核苷酸,编码197个氨基酸。与国内外报道的12个WMV-2CP基因相比,其核苷酸序列同源性为92.6%~98.3%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.7%~99.3%。新疆昌吉分离物在CP N'端可变区明显不同于国内外报道的核苷酸序列。WMV-2新疆昌吉分离物与日本和郑州分离物较其它国家和地区的分离物多出6个核苷酸,但其核苷酸及其推导的氨基酸序列差异较大。新疆昌吉分离物外壳蛋白有2个氨基酸残基明显不同于其它分离物,其中蚜传株系的特征结构域DAG突变为DAE。 相似文献
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香石竹斑驳病毒(Carnation mottle virus, CarMV)是侵染香石竹的主要病毒之一。本试验从12 个香石竹品种中获得CarMV 分离物,通过RT-PCR 扩增包含p7、p9、CP 3 个主要基因的片段,并对扩增产物进行克隆测序。通过序列比对发现CarMV 的p7、p9、CP 3 个基因有较高的稳定性,p7 基因核苷酸序列相似性为98. 10% ,氨基酸序列相似性为97. 81% ,其中氨基酸的第11 和14 位存在显著差异;p9 基因核苷酸序列的相似性为98. 80% ,氨基酸序列相似性为99. 13% ,氨基酸序列在第4 差异明显;CP 基因核酸序列相似性为97. 58% ,氨基酸的相似性为98. 43% ,氨基酸序列的第164 和331 位的变异存在相关性,整个CP 变异位点比较分散。证实p7 和p9 的变异位点主要集中在暴露与寄主互作相关的N 端,推测这是导致病毒变异,与寄主互作变异的重要位点。 相似文献
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van der Vlugt RA Steffens P Cuperus C Barg E Lesemann DE Bos L Vetten HJ 《Phytopathology》1999,89(2):148-155
ABSTRACT An antiserum to shallot yellow stripe virus (SYSV) was raised and used in combination with a range of other antisera to potyviruses of Allium spp. in electron microscopic decoration experiments. The serological results corroborated an earlier finding that the type isolates of SYSV and Welsh onion yellow stripe virus (WoYSV) are closely related to each other and only distantly related to onion yellow dwarf (OYDV) and leek yellow stripe (LYSV) viruses, the two other major potyviruses infecting Allium spp. Moreover, the decoration results indicated that Japanese potyviruses named OYDV and Wakegi yellow dwarf virus are isolates of SYSV. Sequence analysis of the 3'-terminal regions of the SYSV and WoYSV ge-nomes revealed coat protein (CP) amino acid and 3'-nontranslated region (3'-NTR) nucleotide sequence identities of 95 and 89%, respectively. The CP amino acid and 3'-NTR nucleotide sequences of these viruses differed from those of OYDV and LYSV by >25 and >67%, respectively. The serological and molecular studies showed that SYSV and WoYSV are different strains of a potyvirus distinct from OYDV and LYSV. For priority reasons, we propose that these strains together with the Wakegi-type isolates of OYDV described in Japan be referred to as SYSV and that SYSV isolates from Allium spp. other than shallot be designated as the Welsh onion strain of SYSV (SYSV-Wo). 相似文献
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利用电镜和酶联免疫法在云南省采集到的5份南瓜病样中检测到番木瓜环斑病毒(Papayaring spot virus,PRSV)。为了进一步从分子水平确定云南省南瓜病毒病原种类,并为下一步转基因育种提供抗性基因,采用反转录PCR(RT-PCR)方法扩增了5个分离物的外壳蛋白(coat protein,CP)基因片段,并克隆到pGEM-T载体中。核苷酸序列测定表明,番木瓜环斑病毒石屏分离物(PRSV-SP)和番木瓜环斑病毒蒙自分离物(PRSV-MZ)的CP基因长873nt,编码290个氨基酸,番木瓜环斑病毒峨山分离物(PRSV-ES)、番木瓜环斑病毒版纳分离物(PRSV-BN)和番木瓜环斑病毒宾川分离物(PRSV-BC),3个分离物CP基因长867nt,编码288个氨基酸。PRSV5个分离物核苷酸序列的同源性在94%以上,氨基酸序列的同源性在96%以上。与国内外17个分离物相比,核苷酸序列同源性为89.6%~98.7%,氨基酸序列同源性为86.5%~99.6%。其中PRSV-SP和来自于越南分离物PRSV-V47无论是核苷酸序列,还是氨基酸序列同源性都达到了最高,而5个分离物与来自于巴西(PRSV-BR)、美国(PRSV-USA)、墨西哥(PRSV-Y)核苷酸序列同源性均低于90%。 相似文献
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南方菜豆花叶病毒(Southern bean mosaic virus,SBMV)是我国二类检疫性有害生物,以南方菜豆花叶病毒日本分离物(SBMV-J)总RNA为模板,采用RT-PCR方法扩增病毒外壳蛋白基因及其上游基因的cDNA片断并将其克隆到pMD18-T载体上。序列分析结果表明:SBMV-J cp基因由801个核苷酸组成,编码266个氨基酸,SBMV-J与其它分离物及株系cp基因的核苷酸序列同源性为83%～97%,氨基酸序列同源性为86%～97%。由于SBMV各分离物及株系cp基因的同源性较低,难于设计出较长的普通PCR引物。通过较短引物设计和TaqMan-MGB探针技术,建立了SBMV的实时荧光RT-PCR一步检测方法。该方法的检测低限是0．16 pg,最佳检测总RNA的量是0．16 ng。 相似文献
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百合斑驳病毒云南分离物 全基因组序列分析及CP结构预测 总被引：1，自引：0，他引：1
对云南嵩明百合上发生的百合斑驳病毒(Lily mottle virus, LMoV)进行全基因组序列测定及分析,并对LMoV嵩明分离物(LMoV-SMi1、LMoV-SMi2)和玉溪分离物(LMoV-YXi1、LMoV-YXi2)外壳蛋白(coat protein,CP)基因进行序列比较,发现云南的LMoV分为2个类群,玉溪分离物属于种群I,嵩明分离物属于种群II。2个类群间的核苷酸和氨基酸同源性分别为86.7%~89.5%、90.1%~92.7%,玉溪分离物和嵩明分离物相比,cp基因发生了3个核苷酸的缺失。对国内外LMoV所有分离物的cp基因氨基酸序列进行系统进化分析,结果表明所有LMoV分离物可划分为2个种群,种群I分离物较种群II分离物几乎均存在1个苏氨酸缺失的差异。此外,对LMoV-SMi2的CP相关特性和空间结构进行了初步预测,认为该蛋白为球状,具有较强的表面可能性,不存在跨膜区域,大多数区域能够形成主要的抗原决定簇,主要集中在aa12-22、aa31-42、aa83-99、aa179-191、aa215-223、aa249-259区段,可作为制备抗血清选择抗原的参考。LMoV-SMi2和LMoV-YXi1在二级结构和三级结构上存在一定的差异,但总体空间结构差异不大。 相似文献
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葡萄卷叶伴随病毒2号和3号辽宁分离物部分基因组的序列分析 总被引：3，自引：1，他引：2
将采自辽宁兴城地区在生长期间具典型卷叶病症状的金星无核(Venus Seedless)葡萄品种休眠枝条,用RT-PCR检测4种葡萄卷叶伴随病毒(Grapevine leafroll-associated viruses,GLRaVs),扩增得到了葡萄卷叶伴随病毒2号(GLRaV-2)和葡萄卷叶伴随病毒3号(GLRaV-3)两种病毒的主要外壳蛋白(major coat protein,CP)基因的完整序列(GenBank登录号分别为FJ786017和FJ786016)。这表明该葡萄植株受到了GLRaV-2和GLRaV-3辽宁分离物(GLRaV-2-LN和GLRaV-3-LN)的复合侵染。根据检测结果,克隆了GLRaV-2-LN基因组3'端CPm (minor capsid protein)、p19(19-kDa protein)和p24(24-kDa protein)基因(GenBank登录号分别为FJ786018、FJ786019和FJ786018)。序列分析表明,GLRaV-3-LN的CP基因全长942 nt,与已报道的国内外其它分离物CP基因全序列相比,核苷酸序列同源性为89.8%~91.8%,由此推导的氨基酸序列同源性为94.9%~97.4%。GLRaV-2-LN的CP、CPm、p19和p24基因全长分别为597 nt、672 nt、486 nt和618 nt。与国外报道的几个分离物的相应蛋白基因全序列相比,核苷酸序列同源性分别为88.3%~100.0%、78.7%~99.9%、75.1%~99.4%和87.5%~99.5%;由此推导的氨基酸序列同源性分别为92.9%~100.0%、89.2%~100.0%、73.9%~99.4%和89.3%~99.0%。 相似文献
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Papaya Ringspot Virus Resistance of Transgenic Rainbow and SunUp is Affected by Gene Dosage, Plant Development, and Coat Protein Homology 总被引：7，自引：0，他引：7
Paula Tennant G. Fermin M.M. Fitch R.M. Manshardt J.L. Slightom D. Gonsalves 《European journal of plant pathology / European Foundation for Plant Pathology》2001,107(6):645-653
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Adnan Ahmad Muhammad Ashfaq 《European journal of plant pathology / European Foundation for Plant Pathology》2018,151(4):891-900
Chilli veinal mottle virus (ChiVMV), is a Potyvirus that causes severe yield losses in capsicum worldwide including Pakistan. In the current study, genetic diversity and molecular evolution of ChiVMV were explored based on the CP gene sequences. In multiple sequence alignments of the CP gene of 29 ChiVMV isolates, Pakistani isolates shared 82–92% and 78–96% nucleotide and amino acid identities, respectively with other ChiVMV isolates. In nucleotide and amino acid based phylogenetic analysis of the CP gene, the Pakistani isolates clustered with Indian (JN692501 and JN624776) and Chinese (KC711055, KC711055, JX088636 and HQ218936) isolates in a separate clade. In all Pakistani isolates, conserved motifs (DAG, WCIEN, QMKAAL, and AFDF) were located at 6–8, 141–145, 222–225, and 242-248th amino acid positions, respectively. Eleven recombination events were detected in the isolates investigated. One Pakistani isolate KX236451 was suggested to be a recombinant between the Pakistani isolate (KT876050) and the Indian isolate (JN692501). Most of the codons were found under negative selection except for codons at 28, 34, and 38th positions that were found under positive selection by REL method. An infrequent gene flow was observed between the ChiVMV isolates from Pakistan and other countries of the world. To our knowledge, this is the first report on genetic diversity of Pakistani isolates of ChiVMV based on recombination and phylogenetic analysis. Findings of this study may be helpful in developing sustainable management strategies against ChiVMV not only in Pakistan but also in other countries, ultimately resulting in enhanced and good quality production of chilli crop. 相似文献
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对山东省侵染马铃薯的一个马铃薯X病毒(PVX)分离物PVX—SD1的外壳蛋白(CP)基因进行了克隆和序列分析。以提纯的病毒RNA为模板，应用RT-PCR扩增目的基因，通过常规的基因克隆法将扩增的CP基因导入pUC19载体，测序。结果表明，PVX—SD1的CP基因长719bp，可编码248个氨基酸；与Gen—Bank中报道的15个有代表性的株系或分离物相比较，核苷酸同源性在80．1％-99．7％，氨基酸同源性在89．8％-100％；与欧洲株系UK3仅1个核苷酸不同，同源性为99．7％，氨基酸同源性达100％，表明它们可能为同一株系，属于X^3组． 相似文献