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1.
近年来实时荧光定量PCR已经成为研究基因表达的标准方法,稳定的内参基因可使反应标准化进行,并提高该方法的敏感度和重复性。许多研究表明不同组织、细胞和不同条件下内参基因的表达存在很大差异,因此在研究基因表达分析时,需要以内参基因对目标基因的表达量进行校准,由此来获得更为准确的结果。本研究以番茄经过果糖、蔗糖、葡萄糖、高温和低温处理的材料为研究对象,利用实时荧光定量PCR方法,对Actin、CAC、TIP41、Expressed、SAND 5个内参基因m RNA水平的表达量进行分析。经ge Norm和Norm Finder软件分析5个内参基因的表达稳定性,以期为番茄果实基因表达调控相关的研究提供内参基因。研究结果为番茄植株在非生物胁迫下的实时定量RT-PCR分析中内参基因的选择提供了理论与实验依据。 相似文献
2.
实时荧光定量PCR具有灵敏度、特异性和重复性好等优点,是植物中常用于基因表达和转录分析的重要手段。在分子生物学的研究中,选择表达相对稳定的内参基因是分析实时荧光定量实验数据的前提。本研究以菊芋(Helianthus tuberosus)开花时期的幼根、嫩茎、叶片、块茎和花瓣为材料,运用荧光定量PCR方法分析了18S rRNA、EF1α、Actin、β-actin、GAPDH、25S rRNA和UBQ5 7个内参基因的表达量,通过Ge Norm、Norm Finder和Best Kkeeper软件的综合分析,发现25S r RNA的稳定性最好,可用于菊芋基因表达的内参基因。而GAPDH在不同样品中稳定性最差,不适合作为内参基因。本研究为菊芋实时荧光定量PCR中内参基因的选择提供了参考。 相似文献
3.
百合体胚诱导、发育及不同组织实时定量PCR内参基因筛选 总被引：2，自引：0，他引：2
本研究筛选观赏百合(Lilium oriental×Trumpet hybrid)体胚诱导、发育不同时期及不同组织中稳定表达的内参基因,以观赏百合品种‘Conca D'Or’为研究对象,采用实时荧光PCR分析百合8个候选内参基因(18S,ɑ-TUB,GAPDH,UBQ,b HLH,ACT,EIF,EF1)在体胚诱导不同时期、体胚发育不同阶段及不同组织中的扩增效果,并采用Genorm、Norm Finder和Best Keeper三种软件对候选内参基因在百合中的表达稳定性进行综合评价。结果表明:b HLH在体胚诱导、发育及不同组织中的稳定性优于其他基因;GAPDH及ACT在观赏百合‘Conca D'Or’上扩增效果差。将体胚诱导不同时期、体胚发育不同时期及不同组织的扩增数据放在一起分析,Ge Norm和Norm Finder软件评估最适内参基因为b HLH和EIF,Best Keeper软件评估最适内参为EF1和b HLH。本研究建立了观赏百合实时荧光定量PCR内参基因的筛选体系并选出观赏百合体胚诱导、发育及不同组织表达最稳定的前三个内参基因分别为b HLH、EIF和EF1。 相似文献
4.
大蒲莲猪不同发育阶段组织RT-qPCR分析中适宜内参基因筛选 总被引：1，自引：0，他引：1
《华北农学报》2018,(Z1)
利用适宜数量且表达稳定的内参基因对目的基因的表达量进行标准化是获得准确、可靠RT-qPCR数据的重要条件。以不同日龄大蒲莲猪8种组织(心脏、肝脏、脾脏、肺脏、肾脏、肠组织、肌肉、血液)为试验材料,使用ge Norm、Norm Find软件对8个常用候选内参基因(ACTB、B2M、GAPDH、RPL4、SDHA、TBP、YWHAZ、PPIA)的表达稳定性进行分析,筛选适宜内参基因及其组合。ge Norm、Norm Find软件联合分析结果表明,不同日龄大蒲莲猪心脏中表达最稳定的内参基因为TBP、PPIA和YWHAZ,肝脏、肾脏、肠组织和肌肉中最稳定的内参基因均为TBP和PPIA,脾脏中表达最稳定内参基因为TBP和RPL4,肺脏中表达最稳定内参基因为TBP、RPL4、PPIA和ACTB,血液中表达最稳定内参基因为ACTB、YWHAZ和GAPDH。由于大蒲莲猪8种体组织中最适宜内参基因组合和数量不同,因此内参基因筛选是进行RT-qPCR数据分析的必要条件。结果可为研究大蒲莲猪目的基因表达时适宜内参基因的选择提供帮助。 相似文献
5.
本研究通过分析候选内参基因的表达稳定性,筛选出适合梨花芽休眠进程中microRNA实时荧光定量PCR(qRT-PCR)的内参基因。本研究以休眠不同时期的砂梨花芽为材料,挑选了15个候选内参基因,用qRT-PCR技术检测候选基因在休眠不同时期的表达量,利用geNorm、Norm Finder和Best Keeper软件进行表达稳定性综合分析。研究结果表明,梨花芽休眠不同时期中表达最稳定的单个内参基因是miR3.0_22782,最稳定的内参基因组合是miR3.0_22782和miR171。本研究为准确探究梨花芽休眠进程中miRNAs的表达及进一步研究提供科学依据。 相似文献
6.
以油茶、沙棘、文冠果和油用牡丹的成熟种子为材料,利用实时荧光定量PCR分析了7个内参候选基因GAPDH、Actin、TUB、eEF1α、RPL4、UBQ和e IF4A在四种木本油料中的表达稳定性,并进一步验证了Actin基因在沙棘不同发育期种子和果肉中的表达。结果表明,6个内参候选基因GAPDH、TUB、eEF1α、RPL4、UBQ和e IF4A的表达水平在四种本油料种子间存在明显差异(p0.05),内参候选Actin基因在四种木本油料种子中的表达较稳定(p0.05)。Actin基因在沙棘种子和果实的不同发育期表达稳定(p=0.380和p=0.603),且在果肉和种子间在各个时期不存在明显差异(p0.05)。这不仅可为沙棘果实不同器官基因表达差异研究提供内参基因,而且可为四种木本油料基因表达研究内参基因的选择提供科学参考。 相似文献
7.
生长素响应因子(auxin response factor,ARF)是一类重要的转录因子,通过特异性地结合生长素响应元件调节下游靶基因的转录,参与诸多植物生长发育过程的调控。玉米中有许多ARF家族基因,但其表达模式有待深入研究。本研究分析了玉米ARF家族基因在不同组织器官中的表达,发现除ARF10、ARF16和ARF34组成型表达外,其余32个ARF基因的表达水平在生殖器官中要明显高于营养器官。对ARF基因启动子区的顺式作用元件分析显示,28个ARF基因的启动子区含有逆境胁迫相关顺式元件,实时定量PCR分析结果显示,多个ARF基因分别响应冷、热、盐和渗透胁迫。研究结果不仅暗示了ARF家族基因在玉米生殖生长和非生物逆境胁迫响应中的重要性,也为全面解析ARF基因在玉米中的生物学功能提供有用信息。 相似文献
8.
本研究以传统藏药翼首草为材料,利用翼首草转录组数据库和RT-qPCR技术分析6个植物常用的候选内参基因(Actin,18S,TUBa,TUBb1,TUBb2和GAPDH)。选用geNorm、NormFider和BestKeeper 3款分析软件进行候选内参基因稳定性分析,以期筛选出翼首草不同组织中表达稳定的内参基因。内参基因Ct值分析、geNorm和NormFider软件分析结果表明Actin基因表达量最高,表达最稳定。BestKeeper软件分析结果表明GAPDH和Actin基因表达最稳定。综合分析结果说明,运用RT-qPCR技术研究翼首草关键基因表达量时,可选用Actin基因作为内参基因。翼首草合适内参基因的确定,可为今后其相关基因表达研究的开展提供依据。 相似文献
9.
基于转录组Unigene序列信息,结合RACE技术,克隆罗汉果生长素响应因子基因Sg ARF8的全长。采用同源克隆法获取罗汉果Sg ACTIN基因,以该基因为内参,通过实时荧光定量PCR检测Sg ARF8在罗汉果不同器官组织中的时空表达。结果表明:获得Sg ARF8基因c DNA全长序列3 266 bp,Gen Bank登录号KU949383,最长ORF为2 547 bp,编码848 aa的蛋白质,预期分子量94.42 k D,等电点5.67,该编码蛋白具有DBD、CTD和MR等转录因子ARF特征性结构域,其5'端和3'端区域比较保守;克隆得到罗汉果内参基因Actin基因部分序列,命名为Sg ACTIN,Gen Bank登录号为KU949382;实时荧光定量分析表明,罗汉果Sg ARF8在茎、叶、芽、雌蕊、雄蕊、幼果中普遍表达,并且在雌蕊和15 d幼果中表达量较高。可见Sg ARF8广泛参与罗汉果生长发育调节过程,尤其与雌蕊和幼果的器官形态建成密切相关,也暗示该基因在罗汉果性别调控和单性结实遗传改良中具有重要应用价值。 相似文献
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以黄金梨不同发育时间的新梢茎尖为试材,应用实时荧光定量PCR技术,对18S rRNA、Actin、GAPDH和S19这4个常用内参基因在梨茎尖组织中的表达稳定性进行了评估.GeNorm软件分析显示,它们表达稳定度的平均值(M)依次是0.365,0.392,0.457和0.517,即表达稳定性从高到低的排序是:Actin＞18SrRNA＞GADPH＞S19.选择Actin作为校正内参基因,对处于不同发育时期的新梢茎尖组织中贝壳杉烯氧化酶基因PpKO的表达量进行研究,发现该基因在新梢生长过程中出现2次表达高峰,基本与春梢、秋梢的快速生长期吻合,且秋梢中的表达量远高于春梢. 相似文献
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梨茎尖中PpKO基因表达量的实时荧光定量PCR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
以黄金梨不同发育时间的新梢茎尖为试材,应用实时荧光定量PCR技术,对18S rRNA、Actin、GAPDH和S19这4个常用内参基因在梨茎尖组织中的表达稳定性进行了评估。GeNorm软件分析显示,它们表达稳定度的平均值(M)依次是0.365,0.392,0.457和0.517,即表达稳定性从高到低的排序是:Actin18S rRNAGADPHS19。选择Actin作为校正内参基因,对处于不同发育时期的新梢茎尖组织中贝壳杉烯氧化酶基因PpKO的表达量进行研究,发现该基因在新梢生长过程中出现2次表达高峰,基本与春梢、秋梢的快速生长期吻合,且秋梢中的表达量远高于春梢。 相似文献
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脱水素(DHN)是一种在逆境下起重要作用的功能性蛋白。为了分析脱水素蛋白在抗盐碱方面的作用机制,本研究以从盐地碱蓬中克隆获得的脱水素(Ss DHN)基因为研究对象,对基因序列进行生物信息学分析,结果表明盐地碱蓬的脱水素蛋白为部分无序的亲水性蛋白,含1个S-片段和3个K-片段,属于SKn型脱水素蛋白。通过实时荧光定量PCR分析,结果表明碱蓬SsDHN基因受盐胁迫诱导表达。实验结果证明了Ss DHN蛋白通过自身的无序性,以及S、K片段等结构特性来抵抗盐胁迫。本研究为进一步深入研究SsDHN基因的抗逆机制提供了基础。 相似文献
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香葱(Allium fistulosum L. var. Caespitosum Makino)响应高温胁迫过程中,差异表达基因的鉴定及表达验证对深入了解香葱的高温应答分子响应机理具有重要意义。为筛选高温胁迫下香葱稳定表达的内参基因,本研究以香葱耐热品种‘AF60’和不耐热品种‘AF35’的叶片为材料,分别进行高温胁迫不同时间处理,选取13个候选内参基因(Ac18S, Af18S, Af28S, AcActin, AcActin, AfTUA, AfTUB, AsSAND, AfMYH, AfGAPDH,AfUBQ, AfEF1α, AfCYC),利用实时荧光定量RT-qPCR技术检测香葱高温胁迫处理候选内参基因的表达,采用GeNorm、NormFinder、BestKeeper软件评价其稳定性,并进行综合分析。结果表明：13个内参基因在不同高温处理下的表达稳定性存在差异,综合分析香葱内参AcActin表达最稳定,其次为AfEF1α、Af28S;而AcActin表达最不稳定;同时,结果显示利用香葱转录组开发的内参基因普遍稳定性高于葱属其他作物开发的内参。该结果为香葱基因的表达分析提供了... 相似文献
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为了解VvMSA基因的功能,以抗性葡萄品种Vidal Blanc组培苗为试材,克隆得到VvMSA基因,对其序列进行了生物信息学分析,并利用实时定量PCR分析了其组织表达特性和多种非生物胁迫和信号应答表达特性。结果表明,VvMSA基因片段大小为450 bp,编码149个氨基酸序列。生物信息学分析结果显示,VvMSA蛋白分子量约为16.703 k Da,等电点为5.68,不稳定系数为41.71,推测为不稳定蛋白。VvMSA含有65个氨基酸组成的ABA/WDS保守结构域。在进化上属于单独一个分支,它和已报道过的番茄Le ASR1分别属于同一个祖先进化出的2个分支。实时荧光定量PCR分析显示,VvMSA在葡萄不同组织中均有表达,花中表达量最高。多种逆境胁迫因子如盐、干旱和低温等能诱导VvMSA不同程度的上调表达,盐胁迫3 h时诱导表达量最高。同时,VvMSA受逆境胁迫信号分子NO和H_2S不同程度诱导表达上调,而SA则抑制VvMSA表达。激素ABA、GA_3、IAA和ET均能不同程度诱导VvMSA表达上调,并且VvMSA盐处理下的表达模式与ABA诱导的类似。综合以上结果推断VvMSA可能通过调控ABA信号途径来调节葡萄对盐胁迫应答。 相似文献
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为筛选适用于文冠果(Xanthoceras sorbifolium Bunge)性别分化过程研究和不同器官的内参基因,本研究以文冠果性别分化关键期的顶芽和侧芽、根、茎、叶、种仁、雌能花和雄能花为材料,通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)鉴定7个候选内参基因(Actin,UBQ,EF-1α,TUB,eIF-4α,18S rRNA和GAPDH)在各样品中的表达量,并评价7个基因的表达稳定性。结果表明,7个候选内参基因在不同样品中的表达量存在明显差异,各基因在雌能花中的表达均显著高于其他材料,在雄能花中的表达处于较低水平;适用于文冠果性别分化过程的最优内参基因为UBQ和eIF-4α,适用于不同器官的最优内参基因为EF-1α和GAPDH。研究结果将对今后进行文冠果性别分化过程研究和不同器官中的基因表达分析提供参考。 相似文献
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《分子植物育种》2021,(13)
为分析盐生植物海马齿(Sesuvium portulacastrum L.) SpSOS1基因的表达模式,本研究利用实时荧光定量PCR技术分析SpSOS1在海马齿不同组织以及不同胁迫条件下的表达情况。空间表达模式分析表明,SpSOS1在海马齿根中表达量最高,在花中的表达量最低。不同胁迫条件下SpSOS1基因的表达分析表明,在干旱、高温(42℃)、低温(4℃)以及氧化胁迫下表达量无明显变化;在ABA处理后,SpSOS1基因呈现上调表达,且在6 h表达量达到峰值,与盐胁迫处理下的表达趋势基本一致。为进一步探究盐胁迫下SpSOS1的上调表达是否受ABA的诱导,使用钨酸钠和氟啶酮作为ABA生物合成抑制剂和清除剂处理海马齿,结果表明,用钨酸钠和氟啶酮处理后,盐胁迫下SpSOS1的表达增加量从9.8倍分别降为起始表达量的1.8和2.1倍,表明盐胁迫下SpSOS1的上调受ABA信号途径诱导。本研究为进一步探究SpSOS1的耐盐调控途径提供参考依据。 相似文献
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为了提高实时荧光定量PCR分析大白菜基因表达的准确性,选取添加结球甘蓝4号染色体片段的大白菜-结球甘蓝易位系营养生长阶段的幼苗期、莲座期、包心期、结球期的叶片和不同大小花蕾,及生长素(Indole-3-acetic acid,IAA)和生长素抑制剂(2,3,5-triiodobenzoic acid,TIBA)处理后的叶片为材料,运用ge Norm和Norm Finder这2种分析方法,对Apr、BcTIP41、U34559、EF1α、TUB4、CYP、DNAJ、HIS、TUA5、UKN1、SKIP16、CAC、ACTIN、ACTIN-1、ACTIN-2、GAPDH、UBC30、UBQ、PPR、PP2A、MDH共21个内参基因进行稳定性鉴定。结果表明,不同发育时期、不同组织部位的材料,以及在不同激素处理条件下,大白菜-结球甘蓝易位系qRT-PCR最适内参基因各不相同。在营养生长阶段(从幼苗到结球),内参基因UKN1和TUB4表达最为稳定。在大白菜-结球甘蓝易位系包心期利用生长素IAA处理后,最稳定的内参基因为BcTIP41和ACTIN;生长素抑制剂TIBA处理后,最稳定的内参基因为UKN1和BcTIP41。在花发育的6个等级大小花蕾中,发现DNAJ、ACTIN和PP2A最为稳定。研究结果为大白菜-结球甘蓝易位系基因表达量的精确分析奠定了基础,同时也为芸薹属其他植物不同发育时期及激素处理对内参基因的选择提供了参考。 相似文献
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为解析番茄乙烯受体基因SlETR6在非生物胁迫过程中的功能。以番茄为材料,克隆了番茄SlETR6基因,利用MEGA 5. 0软件对SlETR6基因编码的蛋白进行了聚类分析,并利用实时荧光定量PCR分析了SlETR6基因在番茄根、叶、花、果实不同发育时期的组织表达情况及对其在高盐、高温(40℃)、低温(4℃)、干旱胁迫条件下的表达模式。结果表明,SlETR6基因开放阅读框(Open reading frame,ORF)为2 265 bp,编码754个氨基酸,蛋白质分子质量为85. 05 ku,等电点为7. 28,与马铃薯St ETR-like蛋白的同源性最高;启动子分析显示,SlETR6基因含有热胁迫、干旱胁迫、低氧胁迫、光响应、乙烯、水杨酸及赤霉素应答等相关的顺式作用元件。实时荧光定量PCR分析表明,SlETR6在番茄不同组织中均有表达,且在花和转色期果实中有显著高表达。高盐胁迫6 h后,SlETR6基因呈现上调表达,12 h后达到峰值,而后回复正常表达水平;高温胁迫后,SlETR6基因表达量有明显的上升趋势;干旱胁迫早期SlETR6基因应答强烈,在胁迫处理1 h后表达量达到峰值。因此,推测SlETR6基因可能在番茄适应高盐、高温、干旱等逆境胁迫过程中发挥重要作用,可能参与番茄生长发育过程中的逆境调控。为番茄抗逆研究提供了新的候选基因资源。 相似文献
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《华北农学报》2021,36(2)
非生物胁迫环境严重制约了番茄的生产,因此挖掘番茄耐非生物胁迫相关基因尤为重要。前期通过高通量测序筛选获得的UDP-糖基转移酶基因能够参与番茄镉胁迫应答反应,以番茄为试材,进一步研究该基因参与番茄抗逆的功能。首先,利用同源克隆法获得UDP全长的cDNA序列,对该序列进行生物信息学分析,再利用系统进化树分析该蛋白与其他植物的亲缘关系。其次,采用实时荧光定量PCR分析该基因的组织表达特性及其在3种不同非生物胁迫条件下(Cd、PEG-6000、NaCl)的表达模式。进一步利用转基因酵母分析胁迫表型。测序结果显示,该基因的cDNA全长为1 486 bp,包含一个1 452 bp的开放阅读框(ORF),编码483个氨基酸,将其命名为SlUDP。系统进化树分析结果显示该蛋白与马铃薯的亲缘关系最近。实时荧光定量PCR分析结果表明,该基因在番茄不同组织中存在表达差异,在叶中表达量最高,各部位的表达量为叶片果实根部侧茎主茎花。转SlUDP基因酵母胁迫表型分析结果显示,该基因提高了酵母对Cd及干旱的耐受性。根据以上结果推测SlUDP可能在番茄响应重金属镉和干旱胁迫中起到了一定的作用。 相似文献
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红花檵木实时荧光定量PCR分析内参基因的选择 总被引：2，自引：1，他引：1
实时荧光定量PCR(qRT-PCR)是目前基因定量表达分析的重要方法,而适宜内参基因的选择对目的基因表达特征的准确分析至关重要。本研究以红花檵木‘大叶红’（ L. chinense var．Rubrum ‘Dayehong’）的芽、嫩茎、叶、花瓣、种子和愈伤组织为材料,采用qRT-PCR 技术比较了4个常用看家基因微管蛋白基因(α-tubulin)、肌动蛋白基因(β-actin)、18S 核糖体 RNA(18S rRNA)与甘油醛-3-磷酸-脱氢酶基因(GAPDH)的表达情况,结果表明：（1）4个看家基因均能特异扩增并显示较高的扩增效率;（2）经 geNorm 和 NormFinder 程序综合分析,当采用qRT-PCR分析红花檵木不同器官和组织中的基因表达差异时,以GAPDH表达最为稳定,可选择作为校正内参基因;在比较不同发育阶段的叶片及明暗处理的愈伤组织中的基因表达差异时,β-actin表达最为稳定,可以选择作为校正内参基因。 相似文献