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《中国南方果树》2016,(5)
从已报道的韧皮部杆菌基因组的23个SSR位点中筛选出3个位点(LasSSR-C、LasSSRD、CWBJ44),用于赣南14个县(区、市)的342份柑桔黄龙病菌样品的遗传多样性及各地种群结构的分析。结果表明,赣南地区柑桔黄龙病菌种群在LasSSR-C、LasSSR-D和CWBJ44位点的Nei’s多样性指数H分别为0.734 6、0.576 2和0.291 3,赣州西南部县(区、市)的多样性指数H比东北部高;大余县的等位基因与其他县(区、市)区别较大。Powermarker软件UPGMA聚类分析将所有样品分为两个组群,大余县单独列为一个组群,其余县(区、市)聚为一个组群。Structure软件聚类分析也得出了相似的结果,大余县的种群构成较为单一,91.8%的样品属同一组群,而其他县(区、市)的种群则是由两个组群菌株按不同比例混合构成。 相似文献
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《中国南方果树》2017,(2)
为探究赣南地区柑桔黄龙病菌的遗传多样性,从赣南16个县(市、区)采集32份具典型柑桔黄龙病症状的脐橙叶片样品,运用PCR-RFLP(聚合酶链式反应-限制性长度多态性分析)技术研究柑桔黄龙病菌16SrDNA序列、16S/23SrDNA间隔区序列和核糖体蛋白基因的多态性,并对3个基因片段进行测序,分析序列的碱基含量、碱基转换率与颠换率、相似性、核苷酸遗传距离和系统进化特征。结果表明,供试赣南柑桔黄龙病菌样品在3个基因片段上的RFLP指纹图谱均一致,未表现出多态性,且序列相似性均在98%~100%;序列碱基中的GC含量以16SrDNA最大,序列碱基的转换率/颠换率以16SrDNA最小;赣南柑桔黄龙病菌样品与亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus之间的序列相似性最大、核苷酸遗传距离最小,在系统进化中归属亚洲种。 相似文献
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为探明湖南省草莓灰霉病菌群体遗传结构、分化及变异规律,采用荧光标记技术对湖南省9个地理菌群的180株草莓灰霉病菌基因组DNA进行SSR分析。结果表明:9对SSR引物共检测到56个观察等位基因(Na),平均值为6.22;有效等位基因(Ne)为1.27~4.89,平均值为3.44;不同位点的基因多样性指数(H)为0.21~0.80,平均值为0.65;不同位点Shannon’s信息指数(I)为0.37~1.83,平均值为1.34。供试180株样品9个SSR多态性位点上多态性信息量PIC变化范围为0.13~0.91,不同位点PIC差异大,这一规律与I和H基本一致。不同SSR位点总的遗传多样性(Ht)为0.21~0.77,平均值为0.65;群内遗传多样性(Hs)为0.19~0.50,平均值为0.40;遗传分化系数(Gst)为0.10~0.46,平均值为0.37;基因流(Nm)为0.58~4.47,平均值为1.16。不同地理菌群平均观察等位基因(Na)、有效等位基因数目(Ne)分别为2.93和2.07,Shannon’s信息指数(I)平均为0.67,基因多样性指数(H)平均为0.40,平均多态性位点数(NP)、多态位点百分率(P)分别为6.78和75%。依据不同地理菌群之间的遗传距离(0.2797~1.9225),将供试湖南省9个地理菌群分为4大类:第Ⅰ大类主要由长沙、邵阳、岳阳、衡阳、张家界、湘潭种群组成;第Ⅱ大类主要由郴州种群组成;第Ⅲ大类主要由株洲种群组成;第Ⅳ大类由常德种群组成。总之,湖南省各地草莓灰霉病菌群体遗传多样性丰富,但地理群体间差异小,病菌遗传变异主要来自群体内部,不同地区间存在病菌的移动。 相似文献
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二倍体马铃薯基因组相对简单,借助二倍体进行育种可以加速马铃薯的育种进程,因此评价二倍体马铃薯种质的遗传多样性,挖掘和有效利用优良性状显得非常必要。为了筛选多态性的SSR标记,用55对SSR引物扩增39个遗传关系相对较远的二倍体马铃薯材料。选取分布在12条染色体上的12个具有高多态性的SSR标记评价192份二倍体马铃薯栽培品种的遗传多样性,共检测到98个等位位点,其中97个为多态性位点;每对SSR引物扩增出的等位位点为6~18个,平均8.2个。用非加权配对算术平均法(UPGMA)进行聚类,显示出所有供试材料的遗传关系:12对SSR引物可以将192份材料中的186份区分开;这192份材料被划分为11个组群,其中第一个组群包含了83.3%的材料。 相似文献
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《中国南方果树》2017,(1)
2013—2015年果实成熟采收期,先后从江西赣州18个县(市、区)115个乡镇随机采集883份脐橙果实样品进行病原菌的分离和鉴定。结果表明,发现有柑桔青霉病菌Penicillium italicum、柑桔绿霉病菌P.digitatum、柑桔扩展青霉病菌P.expansum、柑桔炭疽病菌Colletotrichum gloeosporioides、柑桔干腐病菌Fusarium moniliforme、柑桔疫霉病菌Phytophthora citrophthora、柑桔黑腐病菌Alternaria citri、柑桔黑斑病菌Phoma citricarpa等8种病原真菌,以及柑桔溃疡病菌Xanthomonas axonopodis pv.citri、柑桔黄龙病菌亚洲种Candidatus Liberibacter asiaticus等2种病原细菌。其中,柑桔青霉病菌+柑桔绿霉病菌的检出率分别为40.7%,柑桔炭疽病菌的检出率为23.2%,柑桔溃疡病菌的检出率分别为7.0%,其余病原菌的检出率在0.1%~1.6%之间。赣南脐橙贮藏期,柑桔青霉病与绿霉病是重点防治对象,且要加强柑桔炭疽病的防治。 相似文献
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利用叶绿体DNA非编码区序列acc D-psa I和17对SSR引物对原产于福建省的49个梨地方品种的遗传多样性进行分析,旨在为育种利用提供参考。获得49份福建地方品种的acc D-psa I序列,并检测到4个多态性位点,包含5个叶绿体单倍型(Hap1~Hap5),其中核苷酸多态性(Pi)为0.00139,单倍型多样性(Hd)为0.660。TCS网络图显示Hap5是最古老的单倍型,其仅在两个样品中检测到。17个SSR位点共检测到211个等位基因位点,有效等位基因数(A)为5~23个,平均值为12.41;观察杂合度(Ho)和期望杂合度(He)的平均值分别为0.5802和0.7549;17个SSR位点的Shannon’s信息指数(I)值为0.5830~2.7683,平均值为1.8661,表现出较高的遗传多样性。基于Nei和Li的遗传距离的邻接法(Neighbor-Joining,NJ)将49份样品聚为9个组,其中大部分聚类结果与单倍型类型表现的亲缘关系较为一致。叶绿体单倍型和SSR多态性位点信息证实福建地方品种具有较为丰富的遗传多样性。 相似文献
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《中国果树》2014,(5)
为了揭示河北省苹果树腐烂病病菌的群体遗传多样性,应用5条随机引物对采自河北省张家口、石家庄、邢台、廊坊、衡水、秦皇岛、唐山、沧州和保定9个苹果产区的、具有代表性的44个苹果树腐烂病病菌分离株的DNA进行了RAPD分析。结果表明:这些分离株共产生了89条谱带,并且均为多态性条带,多态性位点率为100%;应用NTSYS 2.1软件对所得到的RAPD图谱进行聚类分析,以遗传距离0.72为阈值,所有的菌株可划分为7个遗传群体,这说明河北省苹果树腐烂病病菌具有丰富的种内遗传多样性,然而,这种群体多样性与地理来源并无直接关系;鉴于黄色、浅黄色和灰白色菌株为河北省苹果树腐烂病病菌的优势菌株,特选出分别来自第ⅠⅦ组的6号、8号、27号、37号、14号、20号和31号菌株作为备用菌株,供今后在抗病种质材料测试中使用。 相似文献
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【目的】利用简单重复序列标记(simple sequence repeats,SSR)和目标起始密码子多态性(start codon targeted polymorphism,SCoT)标记和表型性状分析探究香水柠檬×白花柠檬群体子代遗传多样性,为后续柠檬遗传连锁图谱构建、数量性状座位(quantitative trait locus,QTL)定位及遗传育种提供参考。【方法】对香水柠檬×白花柠檬群体子代的叶、花和果等15个表型性状进行观测描述,并结合SSR和SCoT标记,通过遗传多样性参数、相关性分析和非加权组平均法(unweighted pair-group method with arithmetic means,UPGMA)聚类分析等方法进行遗传多样性分析。【结果】香水柠檬×白花柠檬群体子代表型性状遗传变异丰富,变异系数为9.76%~45.37%,其中单果质量变异系数最大;叶形指数、果形指数、单果质量等13个性状在杂种后代中符合数量性状遗传特点,各性状中均存在一定比例超亲个体;嫩叶色和花色性状分离广泛;叶、花和果实之间存在多对性状呈极显著或显著相关。20对SSR标记扩增出57个等位基因位点,多态性为100%;11个SCoT标记共检测到49个等位基因位点,多态性位点35个,占71.43%。基于SSR和SCoT标记得到的基因多样性指数均值分别为0.460 9和0.158 3,这2个标记在杂种群体间的Nei’s遗传距离均值分别为0.247 7和0.176 2;聚类结果显示,在遗传距离小于0.1时,2个标记均表现出较少杂种后代与亲本聚为一组,单株间变异丰富;Mantel检验显示,SSR和SCoT标记在杂种群体的遗传距离相关性不显著(r=0.302 1,p=1.000)。【结论】香水柠檬×白花柠檬群体子代表型性状分离广泛,杂种群体内存在一定的基因重组,遗传多样性丰富。 相似文献
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柑橘溃疡病是柑橘生产上最严重的病害之一，由柑橘黄单胞杆菌柑橘亚种（Xanthomonas citri pv. citri,Xcc）引起。为了全面系统地研究广东省柑橘溃疡病菌的种群遗传结构，通过比对分析已报道的中国8个柑橘溃疡病菌全基因组序列的串联重复位点（ShortTandemRepeat,STR），筛选出6个高度变异位点，对广东省的15个市（县）14个品种共352个柑橘溃疡病菌菌株进行遗传多样性分析。结果表明，基于遗传多样性和遗传距离对广东省不同地区的柑橘溃疡病菌株鉴定出6组类群：潮州和汕尾为Ⅰ组，梅州和河源为Ⅱ组，肇庆、广州、江门、佛山和惠州为Ⅲ组，阳江、茂名和湛江为Ⅳ组，云浮为Ⅴ组，韶关和清远为Ⅵ组。基于遗传多样性和遗传距离对广东省不同品种的柑橘溃疡病菌株鉴定出5组类群：沃柑、贡柑、朱砂橘、砂糖橘、茶枝柑、红江橙、马水橘为Ⅰ组，脐橙和柠檬为Ⅱ组，蕉柑、茂谷柑和春甜橘为Ⅲ组，沙田柚为Ⅳ组。 相似文献
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《中国南方果树》2016,(2)
利用SSR、InDel及来自于lncRNA的分子标记对不同地区的45份野生、半野生及地方宽皮柑桔资源进行了遗传多样性分析。31对引物共获得81个多态性标记位点,多态性标记位点的平均香农多样性指数为0.725,平均期望杂合度为0.413。群体遗传结构、主坐标轴和聚类分析均表明,莽山野柑是一类原始、独特的柑桔种质;起源于南岭山脉的野生宽皮柑桔,如悬崖野桔、道县野桔、江永野桔-1、莽山桔、崇义野桔和江永野桔-5等构成了一类相对独特的原始野生类群;古老栽培柑桔中的皱皮柑类型,包括旺苍皱皮柑、皱皮柑、藏桔等构成了另一个原始古老类群,现代栽培柑桔城固冰糖桔中具有典型皱皮柑基因的渗入;宽皮柑桔中的一些育成品种及杂柑资源,具有较丰富的遗传多样性。本研究证实了起源于南岭山脉一带的野生宽皮柑桔在遗传背景上较为接近,其多样性也低于现代栽培宽皮柑桔,缺乏人为驯化和外源基因渗入,为南岭山脉是我国宽皮柑桔的起源中心这一论断提供了科学依据。由于长期的人为驯化和外源基因的渗入,宽皮柑桔的演化伴随着遗传多样性水平由低向高逐渐演变的过程。 相似文献
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新疆野苹果资源遗传多样性SSR分析 总被引：4，自引：0，他引：4
采用SSR标记技术对新疆野苹果7个天然居群180份样品进行了遗传多样性分析,旨在为新疆苹果的杂交育种及优良品种/品系的选育提供理论依据。13对SSR引物共扩增出119条多态性条带,各居群内的多态性位点比率为79.84%~92.25%;居群水平上新疆野苹果的遗传多样性变化趋势基本一致,其中新源居群的有效等位基因数(Ne)、Nei's基因多样性(H)和Shannon信息指数(I)在7个居群中最大;种级水平上的Shannon信息指数(I)为0.551 6,居群内为0.468 9;新疆野苹果居群的变异主要存在于居群内部,居群间和居群内遗传多样性分别为15%和85%,说明新疆野苹果居群的变异主要存在于居群内部。 相似文献
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《果树学报》2016,(3)
【目的】由丁香假单胞猕猴桃致病变种(Pseudomonas syringae pv.actinidiae,Psa)引起的溃疡病是猕猴桃生产中最具毁灭性的病害,明确病菌的群体遗传特性将对了解病害发生规律和防治策略的制定具有重要理论意义。【方法】采用ERIC-PCR(enterobacterial repetitive inter-genic consensus)和BOX-PCR指纹技术分析了陕西省猕猴桃主要栽培区Psa的遗传特性。【结果】ERIC-PCR聚类结果显示,相似系数为0.626时,72个Psa菌株被分为6个类群,其中供试菌株中的75.7%属于第Ⅱ类群,且菌株无明显的采集地和寄主品种的聚类。BOX-PCR指纹聚类分析可将86个Psa菌株分为8个类群(相似系数为0.668),其中第Ⅰ类群菌株数量最多,占供试菌株数量的69.8%,其地理来源为眉县、周至、杨凌及其全部的意大利供试菌株,其中来源眉县的81.6%的菌株都聚集在该类群;菌株未表现出明显的寄主品种类群。【结论】陕西省猕猴桃溃疡病菌基因组存在丰富的遗传多样性;ERIC-PCR和BOX-PCR多态性分析技术可为我国Psa基因多样性的研究提供一个有效途径。 相似文献
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以33份暗褐网柄牛肝菌样品为试材,采用SSR标记技术,对其遗传多样性进行研究,以期为暗褐网柄牛肝菌商业菌株鉴定奠定基础。结果表明:15个SSR标记中有5个标记在供试样品中表现出多态性,每个标记检测到2~6个等位基因,平均3.20个,Shannon′s信息指数平均值0.76,多态性信息含量平均值0.43。聚类分析结果显示,在相似系数为0.99时,供试材料可被分为11个类群,对应11种多位点分子表型,与样品的来源有较好的对应关系。根据多位点分子表型构建了供试材料的SSR指纹图谱。 相似文献
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利用分子标记技术选择柚类核心种质资源 总被引：23，自引：0，他引：23
根据678个SSR和AFLP分子标记聚类结果,对110份柚类资源采用逐级压缩法选择核心种质,比较了样本数不同的8个核心样本群的多态性位点数、多态性位点百分率、观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数等参数,最终选择了25个样本组成的样本群作为核心种质。用简明统计软件(CS10.1)对初始种质和核心种质群体的观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数和Shannon’s信息指数分别作t测验,可看出核心种质保留了初始种质22.73%的样品,多态性位点和多态性位点百分率保留率均达到了94.87%,观测等位基因数、有效等位基因数、Nei’s遗传多样性指数、Shannon’s信息指数的保留率分别为97.80%、99.86%、100.72%、101.16%,可见核心种质能很好的代表初始种质。 相似文献
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黑木耳栽培菌株的ISSR分析 总被引：2，自引：0，他引：2
应用锚定ISSR技术对21个栽培黑木耳(Auricularia auricula) 菌株进行了遗传多样性研究。从20个引物中选出10个ISSR引物, 扩增得到185个扩增位点, 大小分布在200～3 000 bp之间, 其中多态性位点181个, 多态性位点占97.84% , 表明ISSR标记的多态性非常高。平均每个位点的观察等位基因数(Na) 为1.9784, 每个位点的有效等位基因数(Ne) 为1.2396; 菌株间平均Nei基因多样性( h ) 为0.2732, Shannon信息指数( I) 为0.4278。Nei (1972) 遗传距离矩阵分析表明21个黑木耳菌株间遗传距离在0.36到0.55之间, 基因流(Nm ) 达到2.7528, 表明我国栽培黑木耳的遗传背景十分丰富, 遗传多样性很高, 同时表明我国各地域间栽培黑木耳菌株存在着很大的菌种交流。 相似文献