绵羊BMPR1B基因的生物信息学分析     

焦丹  刘秀  李少斌  王继卿  闫伟  李文浩  罗玉柱 《甘肃农业大学学报》2016,(4):1-6

【目的】利用生物信息学软件对绵羊BMPR1B基因进行分析,并了解其功能和结构,为进一步探讨BMPR1B基因在绵羊生长繁殖以及绵羊卵泡生长和分泌和产羔率等研究奠定遗传信息基础.【方法】利用生物信息学对绵羊骨形态发生蛋白1β(bone morphogenetic protein 1beta,BMPR1B)基因的蛋白理化性质、亚细胞定位、潜在信号肽剪切位点、蛋白跨膜螺旋结构、糖基化和磷酸化位点、蛋白保守结构域、亲疏水性和编码产物进行功能预测分析,及其编码蛋白的二级结构和三级结构等进行分析预测.【结果】绵羊BMPR1B基因CDs编码蛋白质的502个氨基酸残基中,带电荷氨基酸、疏水氨基酸和极性氨基酸含量较高.相对分子量为56 907.4U,理论等电点pI为7.78;亚细胞主要定位于细胞核,不属于分泌蛋白;无信号肽序列;预测含有32个磷酸化位点和2个糖基化位点;存在一段跨膜结构且分别有一个GS和S-TKc的结构域,二级结构以无规卷曲为主.预测该蛋白在翻译和脂肪代谢过程中有着重要意义.【结论】绵羊BMPR1B蛋白包含502个氨基酸,为细胞核合成蛋白,该蛋白翻译后修饰的主要方式是磷酸化,在细胞内主要行翻译和脂肪代谢作用.蛋白二级结以无规卷曲为主,三级结构主要由α螺旋和无规卷曲缠绕折叠形成.  相似文献   

绵羊NRCAM基因的生物信息学分析   总被引：3，自引：1，他引：2  

靳泽希  冯芬  邓晓银  王维民 《甘肃农业科技》2020,(12):19-24

利用生物基因组学数据库,对绵羊神经原相关的细胞粘附分子基因(neuro-related celladhesion molecule,NRCAM)进行生物信息学分析,以初步了解其结构并对其编码的蛋白质的功能进行预测。结果表明,绵羊NRCAM基因含有1个最大长度为3 648 bp的开放阅读框,编码1215个氨基酸残基。NRCAM 基因编码产物的分子质量为134 367.13 KDa,理论等电点为5.49。亚细胞定位主要位于细胞质(26.1%),属于分泌蛋白,且存在信号肽序列。存在5段IGc2区、1段IG区,1段低复杂性区域以及4段FN3区,且有1段跨膜结构;二级结构以无规卷曲和β折叠为主,三级结构主要由无规卷曲和β折叠缠绕形成。  相似文献   

绵羊ADRA1B基因生物信息学分析   总被引：1，自引：1，他引：0  

李娜  王维民  张德印  张小雪 《甘肃农业科技》2019,(9):42-48

利用生物信息学数据库及软件,对绵羊ADRA1B基因进行生物信息学分析,初步了解其结构并进行预测。结果表明,绵羊ADRA1B基因含有1个1548 bp的开放阅读框,编码515个氨基酸残基。ADRA1B蛋白分子质量为56 385.55 KDa,理论等电点PI为9.53。亚细胞主要定位于质膜,不属于分泌蛋白。不存在信号肽序列。存在七段跨膜结构且有2段低复杂性区域,二级结构以无规卷曲为主,三级结构主要由无规卷曲缠绕折叠形成。参与心肌、血管、肌肉的收缩调节。  相似文献   

绵羊RXRG基因的生物信息学分析     

《甘肃农业科技》2020,(Z1)

以绵羊RXRG基因为目的基因,利用生物信息学软件预测其结构和功能。结果表明,绵羊RXRG基因编码463个氨基酸,开放阅读框长度为1 392 bp,起始密码子位于228 bp处,终止密码子位于1 619 bp处。RXRG基因编码蛋白的相对分子质量为50 845.19 Da,等电点为7.55,在氨基酸组成中亮氨酸所占比率最高,色氨酸占比最低。亚细胞定位主要位于细胞核中,不属于分泌蛋白;不存在信号肽序列;存在两个保守结构域,并且为疏水性蛋白,二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主,三级结构主要由无规卷曲缠绕折叠形成。  相似文献   

绵羊HMGA1基因的生物信息学分析   总被引：1，自引：0，他引：1  

靳皓宇  武顺  权洁  韩真真  张小雪 《甘肃农业科技》2022,53(2):78-83

高迁移率族蛋白A1基因（high mobility group protein A1,HMGA1）是一类对DNA转录起调控作用的基因,广泛存在于多种动物体内。为探究HMGA1基因在绵羊体内的功能,对该基因及其编码产物进行了生物信息学分析。结果显示,绵羊HMGA1基因编码152个氨基酸残基,其编码的蛋白质分子式为C443H759N151O151S1,分子质量为10.648 35 kDa,等电点pI为10.31。绵羊HMGA1蛋白为不稳定蛋白、亲水性蛋白、非分泌蛋白且无信号肽序列和跨膜结构;亚细胞定位主要存在于细胞核（95.7%）。绵羊与牛的HMGA1蛋白相似度为100%。其二级结构和三级结构主要以无规卷曲组成。  相似文献   

绵羊LDHAL6A基因的电子克隆与生物信息学预测     

闫秋良  翟洪军  马惠海  金海国  李双双  曹阳  武斌  赵玉民 《广东农业科学》2013,40(10):155-158

以人LDHAL6A基因的cDNA序列为探针,利用生物信息学方法,对绵羊LDHAL6A基因进行了电子克隆,并对推导出LDHAL6A基因编码的蛋白结构与性质进行了预测。结果表明：绵羊LDHAL6A基因的cDNA序列全长为1798bp,包括999 bp的编码区和149bp的5ˊ非翻译区（5ˊUTR）、650 bp的3ˊ非翻译区序列（3ˊUTR）,编码合成332个氨基酸的多肽;其编码蛋白属疏水性蛋白,不存在信号肽及跨膜结构,定位于内质网上;无规则卷曲、琢-螺旋是绵羊LDHAL6A蛋白主要的二级结构元件。绵羊LDHAL6A基因编码蛋白可能在精子生成过程中起重要作用。  相似文献   

绵羊HTR4基因的生物信息学分析   总被引：2，自引：1，他引：1  

刘佳  王祯  代友超  张小雪 《甘肃农业科技》2020,(10):35-40

利用生物信息学数据库及软件,对绵羊羟色胺受体4基因(hydroxytryptamine receptor 4,HTR4)进行生物信息学分析,以初步了解其结构并进行功能预测。结果表明,绵羊HTR4基因所含最大长度的开放阅读框为1 317 bp,编码438个氨基酸残基。HTR4基因编码的蛋白分子质量为49 437.09 KDa,理论等电点(pI)为8.32。亚细胞定位结果表明其编码产物主要定位于质膜(60.9%),且不属于分泌蛋白。HTR4蛋白不存在信号肽序列,存在7段跨膜结构且无低复杂性段区域,该蛋白的二级结构以α螺旋为主,且三级结构主要由α折叠缠绕形成。  相似文献   

绵羊STMN2基因生物信息学分析   总被引：3，自引：2，他引：1  

张小雪  李发弟  王维民 《甘肃农业科技》2016,(7):58-61

利用生物基因组学数据库,对绵羊微管解聚蛋白2基因进行生物信息学分析,从而预测STMN2基因编码产物的理化性质以及功能结构域,并构建STMN2同源基因的系统进化树。结果表明,绵羊STMN2基因含有1个540 bp的开放阅读框,编码179个氨基酸;STMN2蛋白分子质量约为12.5 KD,理论等电点为11.57;STMN2编码产物的二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主,主要位于细胞质中,作为一种生长因子参与机体的调控。  相似文献   

绵羊ANXA10基因生物信息学分析   总被引：6，自引：4，他引：2  

张小雪  李发弟  王维民 《甘肃农业科技》2016,(6):1-4

利用生物基因组学数据库,对绵羊膜联蛋白A10（AnnexinA10, ANXA10）基因进行生物信息学分析,从而预测ANXA10基因编码产物的理化性质以及功能结构域并构建ANXA10同源基因系统进化树。结果表明,绵羊ANXA10基因含有1个729 bp的开放阅读框,编码324个氨基酸; ANXA10蛋白分子质量约为25.0 KD,理论等电点为8.16; ANXA10编码产物的二级结构主要以α螺旋和无规则卷曲为主,主要位于细胞质中,作为一种生长因子参与机体的调控。  相似文献   

绵羊LHβ基因生物信息学分析   总被引：2，自引：2，他引：0  

王维民  李发弟  潘香羽 《甘肃农业科技》2013,(10):14-16

利用生物基因组学数据库，对绵羊促黄体生成都（Luteinizinghormonebeta，￡邵）基因进行生物信息学分析。结果表明，绵羊LHβ基因含有1个426bp的开放阅读框，编码141个氨基酸；LHβ蛋白分子质量为15．2KD，理论等电点为7．47；工邵编码产物的二级结构主要以β折叠和无规则卷曲为主，主要位于细胞质中，作为一种激素参与机体的生殖调控。  相似文献