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1.
基于SSR标记的江苏省花生地方品种遗传多样性分析 总被引：2，自引：0，他引：2
《中国油料作物学报》2017,(2)
为进一步了解江苏省花生地方品种的遗传多样性,用25对SSR引物评价了133份地方品种,共扩增出93个等位基因,平均3.72个;多态性信息量(PIC)变幅为0.066~0.749,平均为0.374;Shannon’s信息指数变幅为0.161~1.385,平均为0.671。品种间相似系数变幅为0.416~1.000,平均为0.830,4种类型品种相似系数均值排序为:普通型(0.899)龙生型(0.776)珍珠豆型(0.710)多粒型(0.700)。采用非加权平均法(UPGMA)进行聚类分析,在遗传相似系数0.600时,将133份地方品种划分为三大类群。研究结果表明,江苏省花生地方品种遗传多样性较丰富,普通型品种的遗传多样性低于其它3种类型。聚类分析结果为地方品种有效利用提供重要依据。 相似文献
2.
利用SSR标记对中国水稻品种进行遗传多样性评价和品种分类的研究 总被引：6，自引：0，他引：6
利用54个水稻SSR标记对来自我国六大稻区22个省(市)在20世纪30~90年代育出,并在水稻育种中具有重要利用价值的94份种质材料进行了研究,用以评价SSR标记在检测DNA多态性、鉴别品种类型及种质资源遗传多样性的作用,了解中国常用育种材料的遗传多样性背景。54个引物对在供试品种上扩增得到311条多态性带,58个位点的平均等位基因数为5.36;各位点的平均多态性信息量(PIC)的变幅为0.452~0.833,平均值为0.647;94×94对基因型的遗传相似系数(SM)变幅为0.009~0.845,平均为0.259。利用UPGMA法进行聚类分析,可将供试材料分成两大类,分别符合于籼、粳类型,符合系数95.7%。结果表明,可以有效利用微卫星标记来检测DNA多态性,并进行品种鉴定及遗传资源多样性的分析;中国水稻品种种内具有较高的遗传多样性,但亚种内遗传多样性偏低,其中籼稻内遗传多样性要比粳稻内遗传多样性高。 相似文献
3.
调查收集了80份布朗族当前仍在种植的稻作地方品种,利用分布于水稻12条染色体上的72对SSR引物,进行了遗传多样性分析。共检测出271个等位基因,平均每对引物3.764个;197个有效等位基因,平均每对引物2.739个;多态性信息含量变幅为0.163~0.827,平均为0.582;稀有等位基因数20个。云南省内3个不同地区布朗族种植的地方品种遗传多样性有差异,表现为勐海县>双江县>墨江县。地方品种的遗传相似系数变幅为0.111~0.875,平均为0.411;在相似系数0.266处可以将供试品种分为籼粳两大类,但不能再将布朗族同一集居区的地方品种完全聚成同一亚类,暗示着布朗族不同集居区的条件对地方品种进化的影响还比较有限。最后还就布朗族对地方品种多样性的贡献及可能的原因等进行了讨论分析,对如何防止地方品种收集中同名异种和同种异名问题发生提出了建议。 相似文献
4.
利用SSR分子标记分析云南陆稻品种遗传多样性 总被引：6，自引：0，他引：6
利用24对SSR引物对云南131个陆稻品种进行遗传多样性分析。共检测到195个等位基因。每个位点的等位基因数平均为8.125个,范围在5(RM55)～13(RM218、RM241)之间;平均表观杂合度为0.0014,平均期望杂合度为0.6545;平均Shannon Weaver指数(I)为1.381;Nei基因多样性指数(H)平均为0.6543,变幅为0.2073(RM235)～0.8689(RM218)。不同地区间陆稻种质资源遗传多样性比较分析表明,滇西南和滇南地区存在丰富的遗传变异,是云南陆稻品种遗传多样性的分布中心。藏缅语族和孟 高棉语族所种植的陆稻品种遗传多样性最丰富。AMOVA分析表明陆稻的遗传变异主要存在于地区内品种间(82%),只有3%遗传变异存在于地区间,品种内的遗传变异占15%。聚类分析显示Nei遗传相似系数为0.22时,云南陆稻品种分为籼粳两个类群,主坐标分析与UPGMA聚类结果基本吻合,并将类群Ⅳ的4个偏籼品种从粳稻类群中重新划归到籼稻类群中,校正了UPGMA聚类的误差,但是不能区分地理组。 相似文献
5.
中国西南地区小麦品种(系)遗传多样性的SSR分析 总被引：4，自引：1，他引：3
为了给中国西南地区小麦新品种选育以及杂种优势研究提供依据,采用微卫星分子标记(SSR)对2005～2006年西南地区参加国家小麦区试及预试的33个小麦品种(系)进行了遗传多样性分析,筛选出24对扩增谱带稳定的引物,共检测到126个等位基因变异,每对引物检测等位基因3～11个,平均5.25个.33个品种(系)之间的遗传相似系数为0.373～0.794,平均为0.597.品种间遗传相似系数变幅较大,表明西南麦区小麦品种(系)间存在着不同程度的遗传多样性差异.用UPGMA法可将33个品种(系)分为6个类群,聚类结果在一定程度上反映了它们之间的亲缘关系. 相似文献
6.
《杂交水稻》2016,(2):47-53
以不同类型的90份常用水稻品种为材料,利用筛选的19对SSR多态性引物构建了其指纹图谱,并分析了其遗传多样性。结果表明,19对SSR引物在90份水稻材料中共扩增出71个多态性片段,每个SSR位点可检测到2~7个等位基因,平均为3.74个;多态信息含量(PIC)值在0.228 3~0.790 6之间,平均值为0.542 1;Shannon信息指数(I)在0.244 9~1.796 1之间,平均值为1.021。聚类分析表明,90份材料的遗传相似系数在0.59~1之间,以遗传相似系数值0.66为阈值,可以将供试材料分成5个群,聚类结果较好地体现了各品种之间的亲缘关系。 相似文献
7.
为了给中国西南地区小麦新品种选育以及杂种优势研究提供依据,采用微卫星分子标记（SSR）对2005～2006年西南地区参加国家小麦区试及预试的33个小麦品种（系）进行了遗传多样性分析,筛选出24对扩增谱带稳定的引物,共检测到126个等位基因变异,每对引物检测等位基因3～11个,平均5．25个。33个品种（系）之间的遗传相似系数为0．373～0．794,平均为0．597。品种间遗传相似系数变幅较大,表明西南麦区小麦品种（系）间存在着不同程度的遗传多样性差异。用UPGMA法可将33个品种（系）分为6个类群,聚类结果在一定程度上反映了它们之间的亲缘关系。 相似文献
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为了合理评价北方地区白菜型油菜种质资源,为抗寒育种及组合配制提供依据,从252对标记中筛选出9对SSR和36对In Del标记对感温性、抗寒性、品质等性状差异明显的19份白菜型油菜品种的遗传多样性和亲缘关系进行了分析。结果表明,共检测到95个等位变异,平均每个标记2.15个;有效等位基因变幅为1.05~3.27个,平均为1.70个。Shannon指数的变幅范围在0.121 7~1.269 5间,平均值为0.580 3;多态性信息量PIC变幅范围为0.049 9~0.637 7,平均值为0.308 1。通过NTSYS计算遗传相似系数GS并按加权配对法(UPGMA)聚类,结果表明19份材料的GS变异在0.52~0.86之间。在GS为0.605水平上可将19份材料按两室与多室性划分为I-1和I-2两大类群,I-1类群在GS为0.655水平上可按冬春性分为II-1、II-2两个亚类群。在GS为0.71水平上,可将冬性材料划分为4个小群。聚类结果表明北方地区白菜型油菜的遗传多样性丰富,冬、春性品种间及春性品种间亲缘关系较远,存在较大遗传差异。 相似文献
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为了解大麦种质资源的遗传多样性,利用位于大麦7条染色体上的42对SSR引物对42个大麦种质多态性及其亲缘关系进行了分析,结果表明,42对SSR引物在42个大麦品种间均有多态性,共检测到112个等位基因,每一对引物的等位基因个数在2～5之间,平均为2.591个。42对SSR引物的多态性信息含量(PIC)变幅为0.321～0.857,平均为0.433。聚类结果表明,这些大麦基因型间的遗传相似系数分布范围较小,为0.321～0.857,在遗传相似系数值0.550水平上,这些品种聚成4大类。SSR标记揭示多数二棱啤酒大麦和多棱饲料大麦品种分别聚在不同类群中,表明其遗传距离较远,遗传基础较广泛;同一类品种(系)间的分布范围相对较近,表明其遗传基础较狭窄;大麦地方品种遗传背景相对复杂。 相似文献
11.
利用微卫星标记比较云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
为了揭示云南元阳哈尼梯田两个不同时期种植的水稻地方品种的遗传多样性,以元阳哈尼梯田过去种植（20世纪70年代收集于元阳县,现保存于种质库）的72个和当前种植的76个品种为材料,采用48个SSR分子标记进行多态性、遗传相似性和聚类分析。平均每个标记检测到的等位基因数、有效等位基因数、位点多态信息含量和基因型多样性指标在过去与当前的品种间,差异均未达显著水平。共有24个SSR标记的52个等位基因位点在过去与当前种植的品种中存在差异,其中,有18个SSR标记的32个等位基因位点在当前的品种中未检测到,同样,有16个SSR标记的20个等位基因位点在过去的品种中未检测到。基于48个SSR分子标记的平均遗传相似性系数,当前种植的品种为03340,过去为03313,过去与当前的品种分别在遗传相似性系数0203和0174处分为籼、粳两个亚种群。表明元阳哈尼梯田水稻地方品种经过30多年的自然与人工选择,虽有部分等位基因位点发生了变异,但仍保留了原有的遗传多样性;元阳哈尼梯田水稻地方品种存在明显的籼、粳分化。元阳哈尼梯田及其水稻地方品种是研究稻作籼粳演化的理想基地和材料。 相似文献
12.
Genetic diversity of rice landraces from lowland and upland accessions of China was investigated using 66 polymorphic simple sequence repeat (SSR) markers.The total number of alleles detected from all 324 tested accessions was 555 with an average allele number (Na) of 8.409 per locus,the average effective number of alleles (Ne) of 3.574 and the average Shannon’s information index (I) of 1.378.The genetic diversity was higher for the indica landraces compared to the japonica landraces,and the upland landraces were more genetically diverse than the lowland landraces.The SSR markers,RM72,RM232,RM219,RM241,RM224 and RM3 showed the highest rates of polymorphism and these SSR markers were suitable to assess the genetic diversity of rice germplasm resources.A dendrogram of 324 accessions of lowland and upland landraces showed that all rice accessions were mainly subdivided into two groups,japonica and indica,with some being intermediate.The distribution of lowland and upland landraces among the japonica and indica rice groups was distinct,with obvious differentiation between the lowland and upland landraces in japonica rice,but no such clear distinction in indica rice. 相似文献
13.
太湖流域粳稻地方品种的微卫星分析 总被引：4，自引：1，他引：3
采用45对SSR引物对224份太湖流域粳稻地方品种进行遗传多样性分析,共检测到162个等位变异,每个位点等位基因数的变幅为2～7,平均为3.6。各位点Nei基因多样性指数变异较大,为0.009（RM169）～0.663（RM444）,平均为0.197。青稻、黄稻、红稻和白稻各传统生态型均具较低的遗传多样性。分子方差分析表明,SSR遗传变异绝大部分存在于传统生态型内。青稻与红稻间、青稻与白稻、红稻与白稻、红稻与黄稻间遗传分化显著。太湖流域粳稻地方品种SSR多样性较低,稀有类型等位基因较多。这对科学制定太湖粳稻地方资源的保护和利用策略具有指导意义。 相似文献
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利用SSR标记和表型性状聚类分析食味优良粳稻多样性 总被引：4，自引：0，他引：4
用SSR分子标记、食味性状、农艺性状3种数据对来自国内外不同地域的食味表现优良的常规粳稻品种（系）进行了多样性分析。72对SSR引物在60份供试材料中检测到290个等位基因变异,以第5染色体上平均等位基因数目最多。大部分食味优良粳稻材料之间的遗传相似性较高,遗传相似系数范围为0600~0924,检测的标记是以3~4个等位基因为主的SSR引物位点。利用SSR标记检测等位基因的材料分群结果表现出一定程度的地域性,江苏省内大多材料可聚为一类,而其他少数及北方粳稻材料多与国外食味优异粳稻品种亲缘关系较近,与其系谱分析结果基本一致。以食味鉴定表型性状为依据,部分产地来源不同而食味优良的材料明显聚为一类,表明遗传基础是决定其食味的主要因素。农艺性状表现与材料来源有一致性,而与食味优良的关系有待进一步明确。 相似文献
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江淮稻区不同生态型粳稻品种的籼粳分化度和遗传多样性 总被引：1，自引：0，他引：1
摘要： 利用25对籼粳特异性SSR标记分析81份江淮稻区不同生态型粳稻品种籼粳分化程度,品种TDj值变异幅度为0773~0962,以中熟中粳类型品种最高,晚粳类型品种最低。49对多态性SSR引物共检测到131个等位基因,每个位点为2~5个,平均为267个; 多态性信息量（PIC）为0068~0657,平均为0362,第11染色体平均位点等位基因数和平均PIC值最高。在三个生态型粳稻品种群体中,中熟中粳品种检测出的等位基因数最多,而迟熟中粳品种的平均位点PIC值和Nei基因多样性指数（He）均高于中熟中粳和晚粳品种,表明在DNA水平上迟熟中粳品种的遗传多样性高于中熟中粳和晚粳品种。中熟中粳与迟熟中粳群体之间的遗传相似性最高,遗传距离最近,而中熟中粳与晚粳群体之间的遗传相似性最低,遗传距离最远。UPGMA聚类结果表明,同一育种单位育成品种的品种间遗传距离较小,亲缘关系较近。 相似文献
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Cluster Analysis on Japonica Rice （Oryza sativa L.） with Good Eating Quality Based on SSR Markers and Phenotypic Traits 总被引：1，自引：0，他引：1
Diversity of 60 conventional japonica rice accessions with good eating quality at home and abroad was analyzed using SSR molecular markers,agronomic traits and taste characteristics.A total of 290 alleles were detected in the 60 accessions at 72 SSR loci with the high similarity coefficients varying between 0.600 and 0.924.The loci on chromosome 5 showed the greatest value in average allele number.Additionally,most of the SSR loci could detect 3 to 4 alleles.An UPGMA dendrogram based on the cluster analysis... 相似文献
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Genetic Diversity and Allelic Frequency of Selected Thai and Exotic Rice Germplasm Using SSR Markers
Wanwarang PATHAICHINDACHOTE Natjaree PANYAWUT Kannika SIKAEWTUNG Sujin PATARAPUWADOL Amorntip MUANGPROM 《水稻科学》2019,26(6):393-403
A collection of 167 Thai and exotic rice accessions was subjected for evaluation of genetic diversity and assessment of relationship by simple sequence repeat(SSR) markers. Among a total of 49 SSR markers, 13 markers distributing over 12 rice chromosomes showed clear polymorphic band patterns, and they were selected for genetic assessment. A total of 110 alleles were detected with an average of 8.46 alleles per locus. The averages of gene diversity, heterozygosity and polymorphic information content were 0.59, 0.02 and 0.56, respectively. The unweighted-pair group method with arithmetic averages(UPGMA) clustering analysis was performed for genetic distance, and phylogenetic tree was constructed. The result showed that this rice collection was divided into two major groups, classified as japonica and indica subspecies. Within the japonica group, temperate japonica and tropical japonica subgroups can be clearly separated. Three-dimensional principal component analysis projection and model-based population structure analysis showed consistent clustering results with two major groups of UPGMA analysis, supporting the classification of japonica and indica subspecies. The indica allelic frequency was also investigated to provide an indicative guide for breeders to overcome the practical problems on sterility of inter-subspecies hybrid offspring. This rice collection and information obtained in this study will be useful for rice breeding programs. 相似文献
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Genetic Diversity of Seed Storage Proteins in Different Ecotype Varieties of japonica Rice and Its Application 总被引：1，自引：0，他引：1
JIN Wei-dong LI Na HONG De-lin 《水稻科学》2006,13(2):85-92
Plant endosperm storage proteins are coded by a group of enormous gene families, and a sub-family genes code a kind of protein respectively. These proteins are deposited in one kind of protein body and cannot be denatured during seed is formed. Thus, storage proteins as direct, stable products of genes can reflect DNA diversity of plants. The kind of diversity can be easily detected by various electrophoresis. So far, the polymorphism of seed storage proteins has already widely applied in pl… 相似文献
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利用分布在玉米10条染色体上的83对SSR引物,分析30份玉米地方品种和2份玉米骨干自交系的遗传多样性。结果表明,有47对引物在32份玉米品种间表现稳定多态性,共检测到475个等位位点,每条引物检测到3～24个,平均为10.1个。32份材料间的遗传相似系数在0.487～0.752之间,平均为0.626。采用UPGMA法进行聚类分析,以遗传相似系数0.63为阈值,可以将30份地方品种划分为4个大类群,该结果与地理来源和表型分类的结果基本一致。 相似文献