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利用SNP标记构建茶树品种资源分子身份证 总被引：3，自引：0，他引：3
【目的】建立茶树品种的SNP分子标记数据库,结合茶树品种基本信息,将SNP位点组成的DNA指纹图谱构建28位数字组成的茶树品种资源分子身份证,便于茶树品种资源的保护与精准管理,避免“同名异物、同物异名”的现象。【方法】通过挖掘茶树的表达序列标签,获得大量的高质量表达序列标签,将其进行装配后,开发候选位点,将候选位点与茶树全基因组进行BLAST,得到其在全基因组染色体上的位置与具体关联基因。以铁观音、福鼎大白茶、龙井43、云抗10号等103份国内外不同类型的茶树品种资源为供试材料,提取基因组DNA,利用预扩增技术和微流体芯片法对供试茶树品种资源进行SNP基因分型,获得SNP位点数据及候选SNP位点的信息指数、观测杂合度、期望杂合度等信息,将多态性从高到低进行排序,进行SNP位点组合筛选,得到最优SNP位点组合后,结合茶树品种基本信息构建茶树品种资源分子身份证。【结果】从茶树的表达序列标签数据库中挖掘出1 786个候选SNP位点。根据序列保守性,筛选出96个SNP标记位点,与最新茶树基因组比对发现候选位点较均匀地分布于茶树全基因组的15条染色体上;对茶树品种资源的候选SNP位点的多态性信息进行分析,剔除10个不具多态性的位点,剩余86个位点的信息指数平均值为0.517,观测杂合度平均值为0.370,期望杂合度平均值为0.346,固定指数平均值为-0.036,次等位基因频率平均值为0.269。从86个SNP位点中筛选出24个多态性高的SNP位点,组成DNA指纹图谱,可区分出全部参试茶树品种资源。对24个SNP位点组成的DNA指纹图谱并结合茶树品种资源基本信息进行数字编码,最终形成由28位数字组成的茶树品种资源分子身份证。【结论】依据SNP标记的多态性信息,筛选SNP位点,精准区分全部供试茶树品种,并将24个SNP位点所构建的茶树品种资源DNA指纹图谱及品种资源的基本属性信息编码成特定的数字串,使每份茶树品种资源具有唯一的分子身份证,并生成相应的条形码和二维码,可快速被扫码设备识别。 相似文献
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【目的】农作物种质资源具有重要的战略地位。吉林省玉米种质资源库主要存储具有北方春玉米区特色的种质资源。鉴于在传统农作物种质资源管理过程中难以获取真实身份信息的现状,利用分子标记技术构建种质资源分子身份证可以有效鉴定种质资源真实身份,强化种质资源的分类管理。通过深度发掘吉林省玉米种质资源库的优异资源,推动共享利用。【方法】以吉林省玉米种质资源库中的2 918份玉米种质资源为研究对象,采用玉米品种鉴定检测标准中推荐的40对SSR标记,以及61 214个SNP标记来构建其分子身份证。根据获得的分子身份证信息将种质资源划分为核心、同近源、异质和群体等类进行管理,并进一步针对核心种质进行遗传多样性分析。【结果】为2 918份种质资源构建了SSR分子身份证,为除异质性种质外的2 502份种质资源构建了SNP分子身份证。分别制定了玉米种质资源SSR和SNP分子身份证的建设规范。其中,SSR分子身份证由40个SSR位点指纹转化为三位数字和一位字母的编码组合构成,并以二维码形式存储;SNP分子身份证由61 214个SNP位点指纹转化为可视化的条形码。根据样品纯合度和指纹特异性等特征,将样品划分为1 56... 相似文献
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【目的】揭可用于精准快速鉴别四川省名山茶树良种繁育场的茶树种质资源。【方法】利用微卫星标记技术对24份名山良种繁育场具有代表性的茶树品种进行指纹鉴定和种质识别研究。【结果】供试品种间的遗传距离为0.3～0.89,在0.89可将24份材料完全区分开,其中特色茶树品种紫嫣在0.3与其他23份品种分开,单为一类,反映出该品种与其他供试材料的亲缘关系较远。使用7对引物的PCR扩增基因型排列组合,赋予一定的阿拉伯数字,构建出的分子二维码,能被众多扫码机器识破进行快速解读。【结论】构建的二维码身份证可实现对24份茶树品种精确鉴定,为名山茶树良种场种质资源鉴定与保护提供了依据。 相似文献
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【目的】分析永泰县茶树种质资源的遗传多样性及群体结构,探明不同茶树资源群体的亲缘关系,为当地茶树种质资源的收集和优异种质利用提供依据。【方法】利用EST-SNP分子标记技术对77份永泰及其周边地区茶树种质资源进行亲缘关系和遗传多样性分析。【结果】筛选出48个适用于鉴定永泰茶树种质的SNP位点。这些SNP位点的多态性信息指数平均值为0.407,观测杂合度平均值为0.303,期望杂合度平均值为0.271,固定指数平均值为-0.092,次等位基因频率平均值为0.268。通过主坐标分析、聚类分析和Structure群体结构分析,发现永泰茶树种质的同一群体内部的交流多于不同群体之间的交流,且梧桐的茶树种质与洑口、丹云等地的种质差异较大,两者间的遗传距离较远,但又与尤溪和大田的茶树亲缘关系较近。此外,应用筛选出的48个高质量SNP位点构建了54份永泰茶树种质的DNA指纹图谱,可用于相关茶树种质的精确鉴定。【结论】永泰县茶树种质资源多样性丰富;永泰县茶树种质资源按照地理位置可划分为梧桐镇产区和其他地区两个类群;梧桐茶树资源与大田和尤溪的茶树资源亲缘关系较为密切,而洑口、丹云等地的茶树资源与永泰县北部... 相似文献
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《江苏农业学报》2018,(6)
采用SSR分子标记技术建立云南省163个粳稻品种指纹图谱,针对云粳系列水稻品种进行二次引物筛选,筛选出最佳引物组合,构建35个云粳系列水稻品种的分子身份证。利用30对SSR多态性引物,对35个云粳系列水稻品种进行等位基因多样性和聚类分析。共检测到等位基因133个,每对引物检测到的等位基因数为1～9个之间,平均为4个。基因多样性指数变异范围为0～0. 74,平均为0. 40;多态信息含量(PIC)的变异范围为0～0. 72,平均为0. 36。根据引物扩增等位基因数和多态信息含量(PIC)指数,从1对引物开始逐步增加引物数量筛选可将供试材料全部区分的引物组合,最终确定5对核心引物可以区分全部供试品种。基于供试品种5个SSR位点指纹图谱的编码和品种商品信息,构建云粳系列水稻品种分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到了利用最少引物区分云粳系列水稻品种的目的。 相似文献
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【目的】 利用SSR标记技术开展19个葡萄品种(系)的指纹图谱构建,为种苗认证、品种登记和植物新品种保护提供依据。【方法】 以19个葡萄品种(系)为试材,利用16对SSR标记荧光引物,对其进行PCR扩增和毛细管电泳,获得指纹条带,构建指纹图谱,并筛选可以将19个品种(系)区分的引物组合,绘制种质分子身份证数字码。【结果】 从16对SSR标记引物选择了VRZAG67、VVS2、VVMD7、VCHR4a、VVMD5等5对多态性信息量相对较高的SSR标记,完成了品种(系)的指纹图谱构建,并对其进行了赋值编码,形成了身份识别码。【结论】 构建的指纹图谱和分子身份证可以鉴定和区别19个品种(系),但由于葡萄种质较多,如果继续区别更多的品种,需要增加的 SSR 引物数量。 相似文献
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【目的】近年来,油茶（Camellia oleifera）产业发展迅速,已成为中国四大油料之一。油茶良种不断涌现,但品质参差不齐,“同名异物、同物异名”等现象时有发生。建立油茶品种资源的单核苷酸多态性（single-nucleotide polymorphism,SNP）分子标记数据库,筛选重要SNP位点,开发油茶品种资源DNA指纹图谱,构建油茶品种资源的分子身份证,为品种鉴别、品种追溯等提供分子水平鉴别技术支撑。【方法】以221份普通油茶品种资源为材料,提取未成熟种子RNA,进行转录组测序。以二倍体南荣油茶基因组为参考,识别供试油茶品种资源的SNP位点并基因分型,利用SNP数据分析油茶群体及亚群的遗传多样性,分析SNP位点的观测杂合度、期望杂合度、多态信息含量（PIC）等信息,筛选核心SNP位点并采用Sanger测序验证,得到最优SNP位点组合后,结合品种资源基本信息构建油茶品种资源分子身份证。【结果】从油茶转录组中共检测到1 849 953个高质量SNP位点。群体遗传多样性分析发现,油茶群体观测杂合度为0.2966,期望杂合度为0.2462,固定指数为-0.2048,PIC为0.2... 相似文献
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选用4份咖啡种质资源为材料,对S1-S100共100个RAPD引物进行筛选,选出多态性好的引物10个。利用这10个RAPD引物对28份咖啡资源进行扩增,共获得86条带,平均每个RAPD引物扩增出8.6条带,多态性谱带74条,多态性条带比率为86.0%。结果表明:供试咖啡种质资源遗传多样性较丰富;10个多态性好的RAPD引物中S8的鉴别效率最高,能将全部供试材料全部区分开,通过整合软件录入如所属种类、种质名称、采样地点、引物、RAPD-PCR扩增数据以及电泳图片等相关信息,形成指纹图谱二维编码,构成咖啡种质资源的DNA指纹图谱,为咖啡种质资源品种权益保护及分子身份证构建奠定了基础。 相似文献
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28份余甘子品种遗传多样性的ISSR分析及指纹图谱构建 总被引：1，自引：0，他引：1
【目的】利用ISSR分子标记技术对28份余甘子种质资源进行遗传多样性分析,并构建其指纹图谱。【方法】从96条ISSR引物中筛选得到9条核心引物,用作广东省农业科学院收集的华南地区28份余甘子品种分子标记,利用UPGMA聚类分析余甘子种质资源遗传多样性,以核心引物UBC809和UBC886组合构建余甘子DNA指纹图谱。【结果】9条ISSR核心引物对28份余甘子样品扩增共得到686条条带,其中多态性条带667条,多态率为97.23%。通过聚类分析将28份余甘子样品聚为4类,其中大果油甘和甜油甘5号遗传分化较大,各单独聚为一类,珍珠油甘、甜油甘2号和甜油甘4号聚为一类,其余23个品种聚为一类。利用核心引物UBC809和UBC886组合,成功构建了余甘子DNA指纹图谱,供试28份余甘子品种(系)每个都有一套唯一的指纹图谱编码。【结论】成功构建了28份余甘子种质的指纹图谱,可用于余甘子种质资源的分类与鉴定,同时可用于余甘子杂交新品种选育。 相似文献
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利用ISSR分子标记技术，对101份橄榄种质资源进行遗传多样性分析，并绘制指纹图谱。从96条ISSR引物中筛选出10条引物，对广东省农业科学院果树研究所橄榄资源圃和潮州市果树所资源圃内101份资源进行分子标记，使用UPGMA聚类分析橄榄种质资源遗传多样性，从10对引物中挑选扩增条带清晰、多态性好的核心引物进行遗传多样性分析，并构建橄榄DNA指纹图谱。分析结果显示，10条ISSR引物对101份橄榄样品进行扩增，共得到136条条带，其中多态性条带135条，多态率为99.26%,平均每条引物扩增得到条带13.60条，平均每条引物扩增得到多态性条带13.50条，表明供试材料间遗传多样性较高。通过UPGMA聚类分析可知，101份橄榄种质资源样品间的遗传相似性系数为0.58～0.97,表明品种间亲缘关系较近。在遗传相似性系数为0.68时，可将101份橄榄种质资源分为5组，第1组包含种质48份，第2组包含种质45份，第3组包含种质5份，第4组包含种质2份，编号C74的大纳甜橄榄单独为第5组，说明该品种与其他样品相比发生了明显的遗传变异。利用筛选得来的6条核心引物组合成功构建了橄榄DNA指纹图谱，为供... 相似文献
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白蜡是我国一种常见绿化树种,因纬度位置、海拔高度和海陆分布等自然地理因素不同,造成地区之间种质资源的自然差异。真实性和纯度是种质资源检测的重要指标之一,因此建立快速、精准、便捷的SSR分子标记技术对于白蜡种质的溯源及新品种授权具有重要意义。本研究以2013年山东省林业科学研究院在白蜡种质资源调查项目中采集并保存的38份白蜡为试材,利用SSR分子标记技术对我国不同纬度地区的白蜡种质资源进行指纹图谱构建,从150对候选引物中成功筛选出15条特异性强、条带清晰的引物作为核心引物,共检测出3.8个基因型,每对引物扩增的基因型2~6个不等。并构建白蜡DNA指纹图谱,采用5对引物组合即可将38份白蜡种质完全区分。聚类分析结果表明,白蜡种质间的亲缘关系与纬度因素具有一定的相关性。 相似文献
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针对当前分子标记的研究进展及其在小麦分子育种的应用现状,介绍了几种常用分子标记RFLP、RAPD、AFLP、SSR和SNP的原理和特点,着重论述了分子标记技术在构建遗传图谱、标记和定位目的基因、鉴定与标记外源染色体片段、鉴定种质资源和绘制指纹图谱以及分子标记辅助育种的应用。 相似文献
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为了高效快速地区分浙茄类型茄子品种,并为鉴定浙茄品种的特异性和真实性提供依据,利用46份茄子材料,对48个单核苷酸多态性(SNP)标记进行核心SNP标记筛选,并利用筛选到的核心SNP标记,构建了6个浙茄类型茄子品种的SNP指纹图谱。结果表明:48个SNP标记均可转化为KASP标记,对46份茄子材料进行SNP标记的KASP分型,根据分型结果和多态性信息含量,34个SNP标记可作为核心标记,利用这些核心标记构建了6个浙茄类型茄子品种的指纹图谱;通过指纹图谱可以快速高效区分6个浙茄类型茄子品种,为茄子品种鉴定和知识产权的保护提供了理论依据。 相似文献
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采用ISSR分子标记技术获得华中利川莼菜和华东苏杭莼菜品种间的DNA指纹图谱,以构建其分子身份证。利用莼菜基因组DNA的ISSR扩增带型多态性分析数据,对居群间UPGMA聚类分析显示6个莼菜居群形成华中利川和华东苏杭2个分支。个体间UPGMA聚类分析也显示华中利川3个居群的23个莼菜个体聚类成一个分支,而华东苏杭3个居群的23个个体聚类成另一分支。其中,3条核心ISSR引物(P817、P825、P845)扩增产生的指纹图谱,可用于构建苏杭莼菜和利川莼菜2个地域性品种特异的分子身份证。研究结果表明:ISSR标记用于鉴别华中利川和华东苏杭莼菜品种种质资源是有效的,同时揭示了地理位置的隔离及气候地带的差异化与它们在分子水平上的分化是一致的;采用多种分子标记联合构建不同莼菜品种的分子身份证数据库,并与传统性状特征相结合,将有利于更准确地鉴定莼菜品种资源。 相似文献
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苹果部分种质资源分子身份证的构建 总被引：2，自引：0，他引：2
【目的】以国家果树种质兴城梨、苹果圃保存的131份苹果地方品种、育成品种及其野生近缘种为试材,利用TP-M13-SSR标记构建苹果种质分子身份证。【方法】基于TP-M13-SSR指纹图谱,筛选可以将苹果种质区分的引物组合,并对其等位基因进行编码建立种质分子身份证。【结果】（1）从131份材料中随机选取两份材料,对第一次PCR条件进行优化和引物筛选,从32对合成引物中筛选出16对稳定性高和重复性好的TP-M13-SSR引物用于131份苹果属植物指纹图谱构建。（2）16对SSR引物在供试种质间共检测出等位基因326个,每对引物平均检测到等位基因数为20.3个。CH05d04对种质扩增的等位基因数最多为49个,位点期望杂合度最高为0.878;其次是CH01f07a为48个。利用PopGen32软件计算引物的多态性信息含量,16对引物的平均多态性信息含量为0.7558。16对SSR引物可区分供试苹果种质资源数量从11份到71份不等,平均每对SSR引物可区分49份苹果种质,区分率为8.09%-52.21%。其中对苹果种质区分率最高的是CH01f07a,最低的为BGT23b。（3）根据引物扩增的多态性信息含量和对苹果种质的区分率,将两者均较高的引物CH05d04、CH01f07a、CH03d07、CH04e03、CH04h02和CH04g07两两组合,CH04h02和CH01f07a引物组合分辨率最高,可以区分120份苹果种质。继续增加组合中引物数量,在增加到3对引物时,即可将全部苹果种质区分开来。（4）把可以将全部供试苹果种质资源材料全部区分的3对核心引物CH04h02、CH05d04和CH01f07a获得等位基因按照从大到小的顺序排列,并用阿拉伯数字从01开始赋值;将每份材料在3个位点获得的等位基因按照赋值数字编码获得每份供试材料独有的字符串,利用条码技术将每对引物的分子身份证转化成可被机器快速扫描的条码分子身份证。【结论】依据引物扩增的多态性信息含量和对苹果种质的区分率,筛选核心引物组合,区分全部供试苹果地方品种、育成品种及其野生近缘种质资源,并基于指纹图谱构建其可被机器快速识别的分子身份证,使每份种质具有可辨的分子身份证,达到利用最少、最特异引物区分最多苹果种质的目的。 相似文献
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为了更好的保护并促进优异葡萄种质资源的有效区分和合理利用,利用SSR标记技术对酿酒葡萄品种(系)材料中选取的15份特异性资源进行亲缘关系的分析、分类、种质识别。从44对SSR引物中筛选出15对用于供试葡萄种质的SSR扩增,共扩增出74条带,其中多态性条带71条,多态性百分率为95.9%。根据SSR扩增结果,分析表明15份葡萄材料遗传距离的变异范围为0~1.092 4。UPGMA聚类分析表明,在遗传相似系数0.63处,可将15份供试材料分为2个类群,准确地检测出基因型之间的遗传背景与遗传关系。通过多态性谱带的有序编码转换,构建了15个葡萄品种的分子身份证系统,结果表明,利用SSR标记进行酿酒葡萄种质资源的鉴定和保护是可行的。 相似文献
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利用农业行业标准(NY/T1433-2007)推荐的12对引物,采用简单重复系列(Simple Sequence Repeats,SSR)标记和毛细管电泳方法,对黑龙江省建三江地区的12个主栽粳稻品种进行检测,构建DNA指纹图谱和品种的分子身份证。12对引物在12份品种中共检测到30个等位基因,每对引物检测到的等位基因数平均值为2.5个。根据引物在水稻品种中的扩增和毛细管电泳测定的结果,采用0/1矩阵构建由30位数字组成的DNA指纹图谱。分子身份证包括品种本身信息及SSR指纹信息,通过软件生成水稻品种身份证条形码和二维码,为水稻品种的鉴定及溯源管理提供技术支撑。 相似文献